quote:

Terry Pratchett
"Most species do their own evolving, making it.v.p. up as they go along, which is the way Nature intended. And this is all very natural and organic and in tune with mysterious cycles of the cosmos, which believes that there’s nothing like millions of years of really frustrating trial and error to give a species moral fiber and, in some cases, backbone."

quote:

Op woensdag 5 december 2007 10:50 schreef wijsneus het volgende:

[..]

quote:

Op woensdag 5 december 2007 11:45 schreef Terecht het volgende:
Over dat nieuwsberichtje gesproken, ik heb laatst een cursus snellezen gevolgd en het grappige was dat je veel minder afgeleid bent als je de tekst niet woord voor woord in je opneemt. Bij de vragen die na het lezen van een tekst werden gesteld kon ik als het ware de tekst als een foto terughalen om antwoord te geven. Misschien dat apen eenzelfde manier gebruiken voor die geheugentests ofzo .

quote:

Op woensdag 5 december 2007 11:45 schreef Terecht het volgende:
Over dat nieuwsberichtje gesproken, ik heb laatst een cursus snellezen gevolgd en het grappige was dat je veel minder afgeleid bent als je de tekst niet woord voor woord in je opneemt. Bij de vragen die na het lezen van een tekst werden gesteld kon ik als het ware de tekst als een foto terughalen om antwoord te geven. Misschien dat apen eenzelfde manier gebruiken voor die geheugentests ofzo .

quote:

Op vrijdag 7 december 2007 15:46 schreef kazakx het volgende:

[..]

Wat het ook moge zijn, ze hebben een beter geheugen dan de mens. Dit zie ik als een bewijs voor het weerleggen van de evolutie theorie!!!

quote:

Op zaterdag 8 december 2007 00:34 schreef got.rice het volgende:
even een vraagje tussendoor, vriend van me had het erover dat hij een docu had gezien over dat de mensen duizenden jaren 4 meter lang waren of iets dergelijks, weet iemand meer hierover misschien?

quote:

Brown trout have fled their fish farm – via this “escape tunnel”. The intrepid fish leap 3ft from a breeding pond into a pipe bringing fresh water from a nearby stream. Then they swim the length of the 8in diameter pipe AGAINST the flow to reach freedom 30ft away.

quote:

Op woensdag 12 december 2007 09:58 schreef Monolith het volgende:

[..]

Voor zover ik weet zijn de meeste hominide fossielen een stuk kleiner dan wij tegenwoordig zijn. Talkorigins heeft wel een overzichtje van de verschillende hominiden. Die vriend van je is niet toevallig zo iemand die de bijbel vrij letterlijk neemt en gelooft dat er vroeger reuzen hebben geleefd?

quote:

Op zondag 16 december 2007 18:39 schreef got.rice het volgende:

[..]

Het is idd een docu dat hij in de kerk had gezien :p ik geloof er zelf ook niet veel van maar volgens dat docu van hem zijn er dus botten van gevonden maar of het zo is weet ik niet.. dubieus geval :/

quote:

Op maandag 17 december 2007 00:17 schreef Monolith het volgende:

[..]

Er zijn wel een aantal vermeende vondsten gedaan die achteraf nep bleken.

quote:

Op maandag 17 december 2007 02:27 schreef got.rice het volgende:

[..]

Heb je misschien bronnen hiervan? Ik heb op wikipedia gekeken maar kon er niks over vinden, eventjes op google ook niks, Wil namelijk dat hij zn klep houdt hierover

quote:

"Mij is geleerd dat paleontologie een massa bewijzen levert voor evolutie. Tot mijn verbazing ontdekte ik dat bewijzen ontbreken, niet alleen in de genetica maar ook in paleontologie, in sedimentologie, in dateringstechnieken, en in feite in alle wetenschappen.”
Maciej Giertych, professor in genetica

quote:

"Ik geloof dat de bewijzen tégen de evolutie zo afdoende en overweldigend zijn, dat niemand een echte evolutionist kan zijn op grond van wetenschappelijke feiten, maar alleen op grond van filosofische voorkeur."
Ben Hobrink, bioloog

quote:

”Er is wel evolutie in het klein (micro-evolutie, dus variatie binnen de grondsoort), maar niet in het groot (macro-evolutie).”
Conclusie Macro Evolution Congres (1980)

quote:

“Velen hoopten dat de moleculaire genetica evolutie zou bevestigen. Dat is niet gebeurd. Het bevestigt juist de taxonomische afstanden tussen organismen, maar niet de gepostuleerde phylogenetische sequenties [zie plaatje linksonder]. Het bevestigde Linnaeus [die diersoorten indeelde in grondsoorten] , niet Darwin.”
Giertych

quote:

Op dinsdag 25 december 2007 17:34 schreef erwindeheld het volgende:
_{Onderstaande vragen zijn ongetwijfeld al gesteld en mogelijk beantwoord maar ik heb geen zin om het hele topic door te spitten dus vandaar.}


Ik ben altijd - zonder al te moeilijke vragen te stellen en me er erg in te verdiepen - een aanhanger geweest van de evolutietheorie zoals omschreven in The Selfish Gene van Richard Dawkins: "Life results from the non-random survival of randomly varying replicators."
Net kwam ik echter op de site http://www.verzwegenwetenschap.nl/index.html die interessante vragen opriep over mogelijke gaten in de evolutietheorie. Hieronder een korte samenvatting met sappige quotes:

quote:

Het hele eieren eten in 11 stappen:
1. Mutaties zijn toevallige aanpassingen in de dna-codering.

quote:

2. Mutaties creëren nooit nieuwe systemen, maar verwarren enkel de bestaande systemen.

quote:

3. Evolutionisme zegt dat alle ontworpen organismen op aarde zijn ontstaan door mutaties, vanuit genetisch armere organismen.

quote:

4. De geneticaleer heeft bewezen dat mutaties geen nieuwe eigenschappen kunnen creëren. Een mutatie is een toevallige aanpassing of aantasting in het DNA door foutieve deling van genen. Ze maken er nooit genen bij en ontwikkelen nooit nieuwe informatie. 99% van alle mutaties zijn schadelijk voor het organisme, 1% is neutraal omdat het geen direct schadelijke gevolgen heeft. Nog nooit heeft iemand een mutatie aangetoond die nieuwe informatie creëerde of de soort verbeterde. Toch vormt het hypothetische geloof in reeksen van miljoenen informatietoevoegende mutaties het fundament van de evolutietheorie.
[ afbeelding ][ afbeelding ]

quote:

5. De overgangsmodellen die jou in evolutionistische studies, op school of in wetenschapsbladen getoond worden, zijn zuiver hypothetisch en bestaan alleen in de fantasie van de onderzoekers. Ze worden niet ondersteund door het fossielenbestand, noch door de genetische theorie. Nooit is er ook maar één overtuigend fossiel van een overgangsmodel gevonden.

quote:

6. Organismen verschijnen plotseling in de aardlagen als volledig ontwikkelde grondsoorten (�plotselinge verschijning') en komen niet uit andere soorten voort. De organismen veranderen tijdens hun verblijf niet en vertonen geen enkele blijk van evolutie (�stasis').

quote:

7. Systemen werken alleen als ze volledig af zijn. Voor alle lichaamsprocessen, organen en systemen geldt dat ze onmogelijk door geleidelijke evolutie tot stand kunnen zijn gekomen. Tot op de dag van vandaag ontbreken wetenschappelijke (biologische) verklaringen voor dit probleem.

quote:

8. Men heeft nooit een overgangsvorm gevonden tussen eencelligen en meercelligen, noch tussen bacteriën en andere soorten. Geen proces die de hoeveelheid informatie in het genoom vermeerderd.

quote:

10. De theoretisch-evolutionistische datering die wereldwijd gepropagandeerd wordt, is volkomen nutteloos. Ze wordt enkel toegepast om de evolutietheorie recht te praten.

quote:

11. Evolutionisme bezondigd zich aan censuur, zij negeert de wetenschappers die ook maar iets van het darwinisme in twijfel trekken.

quote:

Uitgebreide samenvatting: http://www.verzwegenwetenschap.nl/eindconclusie.html

Ik ben vooral geïnteresseerd in de argumenten van de nooit aangetoonde positieve, informatie toevoegende mutaties en het niet kunnen vinden van tussenvormen in een 130-jarige zoektocht sinds Darwin. Heeft de wetenschap - door eerst een conclusie te trekken en daarna alleen bewijzen en feiten te verzamelen die de theorie ondersteunen - niet hetzelfde gedaan als creationisten?

quote:

Op dinsdag 25 december 2007 17:34 schreef erwindeheld het volgende:
Ik ben vooral geïnteresseerd in de argumenten van de nooit aangetoonde positieve, informatie toevoegende mutaties en het niet kunnen vinden van tussenvormen in een 130-jarige zoektocht sinds Darwin. Heeft de wetenschap - door eerst een conclusie te trekken en daarna alleen bewijzen en feiten te verzamelen die de theorie ondersteunen - niet hetzelfde gedaan als creationisten?

quote:

Op woensdag 26 december 2007 20:31 schreef ATuin-hek het volgende:
mss kan het topic van ali maar beter weer afgestoft worden.

quote:

Op woensdag 26 december 2007 20:39 schreef Alicey het volgende:

[..]

Bij deze gedaan.

Misschien dat diegenen die de discussie willen voeren tussen evolutie/creatonisme zich daarheen willen verplaatsen?

Ali Kannibali's creationisten topic deel 3

Let trouwens ook op het mooie postnummer. Bij toeval zo geevolueerd.

quote:

Op vrijdag 28 december 2007 12:15 schreef erwindeheld het volgende:
Ik heb hier een bevredigend antwoord over "increasing information in the genome": http://www.skeptics.com.au/articles/dawkins.htm

quote:

While sequencing of the human genome surprised us with how many protein-coding genes there are, it did not fundamentally change our perspective on what a gene is. In contrast, the complex patterns of dispersed regulation and pervasive transcription uncovered by the ENCODE project, together with non-genic conservation and the abundance of noncoding RNA genes, have challenged the notion of the gene. To illustrate this, we review the evolution of operational definitions of a gene over the past century—from the abstract elements of heredity of Mendel and Morgan to the present-day ORFs enumerated in the sequence databanks. We then summarize the current ENCODE findings and provide a computational metaphor for the complexity. Finally, we propose a tentative update to the definition of a gene: A gene is a union of genomic sequences encoding a coherent set of potentially overlapping functional products. Our definition sidesteps the complexities of regulation and transcription by removing the former altogether from the definition and arguing that final, functional gene products (rather than intermediate transcripts) should be used to group together entities associated with a single gene. It also manifests how integral the concept of biological function is in defining genes.

quote:

'Menselijke evolutie gaat sneller en sneller'

dinsdag 11 december 2007 16:43

Nog nooit ging de menselijke evolutie zo snel, en de genetische verschillen tussen mensen worden bovendien steeds groter.

Menselijke evolutie gaat steeds sneller?

In de laatste vijfduizend jaar gaat de genetische evolutie van mensen zo'n honderd keer sneller dan in elke andere periode uit de menselijke geschiedenis, schrijven Amerikaanse wetenschappers in het tijdschrift Proceedings of the National Academy of Sciences.

Mensen met eigenschappen die hen in staat stellen beter te overleven, geven die eigenschappen aan elkaar door via het DNA. Deze natuurlijke selectie zet de menselijke evolutie in gang.

Globalisering
Doordat er steeds meer mensen op aarde zijn, zijn er ook steeds meer mogelijkheden dat dergelijke succesvolle genetische eigenschappen naar boven komen.

Succesvolle eigenschappen verschillen per regio, want ze hebben vaak te maken met het klimaat. Volgens professor Henry Harpending van de universiteit van Utah is deze differentiëring in Afrika, Europa en Azië het grootst. Bovendien, stelt hij, is er ondanks de globalisering relatief weinig genetische uitwisseling tussen deze continenten.

Ook zijn er geen tekenen dat deze verdere differentiëring aan het afremmen is. En dus, concludeert Harpending, worden de verschillen tussen rassen steeds groter: 'We gaan steeds minder op elkaar lijken, en zullen dus helemaal niet samensmelten tot één enkele, gemixte menssoort.'

Vechten
Maar professor Steve Jones van het Londense University College zegt tegen de BBC dat het helemaal niet zeker is dat de menselijke differentiatie op dit moment nog in het zelfde tempo aan de gang is.

Volgens hem is er dankzij de vooruitgang die de mensheid in leefomstandigheden heeft gemaakt, minder noodzaak voor natuurlijke selectie dan vroeger, toen de mens moest vechten om te overleven.

Door Robbert de Witt

quote:

Op zondag 30 december 2007 08:34 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

http://www.elsevier.nl/ni(...)el/asp/artnr/183401/

quote:

Do we really need to consider turning everything upside down by considering the existence of a human ancestor for the apes? This suggestion definitely has the quality of blasphemy against religious doctrine. It just feels wrong and goes against our deeply held beliefs and understanding of the world.

However, this is exactly where the evidence leads.

Overall, I don’t expect that the entire anthropology community will suddenly abandon everything that has been taught for decades. However, my point is the following:
................

quote:

Op woensdag 2 januari 2008 12:13 schreef Doffy het volgende:
Ook een mooie in dit verband, zij het enigszins terzijde: Chimpansees gebruiken 'speren'.

quote:

Op woensdag 2 januari 2008 12:38 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Is het al niet al best wel oud nieuw dat apen gebruik maakten van gereedschap en wapens?

quote:

Op woensdag 2 januari 2008 13:01 schreef Doffy het volgende:

[..]

Het is inderdaad al sinds de jaren '60 bekend dat chimpansees gebruik maken van gereedschap en wapens. Het is echter nieuw dat ze ook zelf speren maken dmv het bewerken van hout.

quote:

Op woensdag 2 januari 2008 13:38 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Zij hebben ook verschillende tijdperken gehad om mee te werken zoals brons, ijzertijd etc?

quote:

Cost of coitus: Male monkeys pay for sex

PARIS (AFP) - Selling sex is said to be humankind's oldest profession but it may have deep evolutionary roots, according to a study into our primate cousins which found that male macaques pay for intercourse by using grooming as a currency.

Michael Gumert of Nanyang Technological University in Singapore made the discovery in a 20-month investigation into 50 long-tailed macaques in Kalimantan Tengah, Indonesia, New Scientist reports on Saturday.

On average, females had sex 1.5 times per hour.

But this rate jumped to 3.5 times per hour immediately after the female had been groomed by a male -- and her partner of choice was likely to be the hunky monkey that did the grooming.

Market forces also acted on the value of the transaction.

If there were several females in the area, the cost of buying sex would drop dramatically -- a male could "buy" a female for just eight minutes of nit-picking.

But if there were no females around, he would have to groom for up to 16 minutes before sex was offered.

The work supports the theory that biological market forces can explain social behaviour, the British weekly says.

"There is a very well-known mix of economic and mating markets in the human species itself," said Ronald Noe of France's University of Strasbourg.

"There are many examples of rich old men getting young attractive ladies."

quote:

Op woensdag 2 januari 2008 22:16 schreef barthol het volgende:
Het is niet alleen nieuws dat chimps speren kunnen maken.

On average, females had sex 1.5 times per hour.

quote:

Op dinsdag 25 december 2007 17:34 schreef erwindeheld het volgende:
[...]
Ik ben vooral geïnteresseerd in de argumenten van de nooit aangetoonde positieve, informatie toevoegende mutaties en het niet kunnen vinden van tussenvormen in een 130-jarige zoektocht sinds Darwin. Heeft de wetenschap - door eerst een conclusie te trekken en daarna alleen bewijzen en feiten te verzamelen die de theorie ondersteunen - niet hetzelfde gedaan als creationisten?

quote:

Op donderdag 3 januari 2008 20:25 schreef wijsneus het volgende:

[..]

Simpel gezegd? Fucking bullcrap. Enorme hoeveelheden strontbagger. Beide argumenten zijn een belediging. Als je ook maar drie seconden zoekt in wetenschappelijke literatuur kom je honderden peer-reviewed papers tegen die deze hoop bagger weerspreken.

quote:

En alvast een eerste interessant nieuwsberichtje:
[..]

quote:

Op maandag 7 januari 2008 17:54 schreef Iblardi het volgende:

[..]

Hier kun je zelf een testje afleggen: http://games.lumosity.com/chimp.html
Na wat oefening ging het bij mij heel redelijk. Maar tien cijfers, zoals in het fimpje, dat lijkt me inderdaad niet te doen.

quote:

The growing strength of the movement to discredit evolution and promote the teaching of intelligent design and other non science-based views of biological diversity in public science classrooms is of great concern. Please see the UCS position statement on this alarming trend. UCS has not developed a comprehensive program or set of actions on this topic—there are already extensive and excellent resources available. Instead, these materials provide a primer on the scientific theory, evolution, and intelligent design, along with discussions of why intelligent design is not science, why it should not be part of the science curriculum, and the broader implications anti-evolution efforts can have on society.

Promoting a fundamental understanding of the nature of scientific inquiry is an incredibly effective way to prevent the misuse of science in the classroom and in all sectors of society. We encourage further exploration of the topic and of actions that can be taken by teachers, scientists, and the general public to promote understanding of science. Click on the topics above for summary text and links to resources. We hope you find these materials useful.

quote:

Mensen lopen rechtop uit energiebesparing

De mens is in de loop van de evolutie rechtop gaan lopen omdat het minder energie kost om op twee benen voort te bewegen dan op vier.

Een Amerikaans onderzoeksteam vergeleek het energieverbruik van de lopende mens met dat van chimpansees, zo meldt de BBC.

Loopband
De twee benen van de mens zijn ongeveer vier keer efficiënter dan de (meestal) vier poten waarop deze mensapen staan. De onderzoekers menen in hun artikel, verschenen in het vaktijdschrift Proceedings of the National Academy of Sciences(PNAS), dat dit verklaart waarom wij rechtop zijn gaan lopen. Het energieverbruik neemt toe als er kleinere stappen worden genomen en er meer gewicht op de poten/knokkels rust.

David Raichlen en zijn collega's van de Universiteit van Arizona in Tucson onderzochten vijf volwassen chimpansees die ze de ene keer op twee poten op een loopband lieten lopen en de andere keer op vier poten. De apen kregen maskers op zodat het zuurstofgebruik kon worden gemeten.

Energie
De resultaten hiervan werden vergeleken met die van vier mensen die van dezelfde loopband gebruik moesten maken. Dat wees uit dat de mensen in het algemeen vier keer zo efficiënt waren in hun energieverbruik dan de apen. Ook de chimpansees die op twee poten liepen, verbruikten aanzienlijk minder energie.

Er was tussen de chimpansees niet al te veel verschil waar te nemen, maar des te rechter de apen liepen, des te minder energie het hen kostte. De hypothese is dan dat de vroege mens zich evolueerde in een richting waarop rechtop staan minder energie kostte. David Raichlen suggereert dat deze mensen dan ook langzamerhand langere benen ontwikkelden.

Discussies
De bevindingen worden onder collega-onderzoekers hevig bediscussieerd. Sommigen zijn ervan overtuigd dat de vroege mens op twee benen is gaan staan om voedsel te verzamelen van de bomen en om dit door te kunnen geven. Anderen beweren dat apen vroeger ook op twee poten liepen, maar zich juist in de evolutie op vier poten zijn gaan voortbewegen.

quote:

Op maandag 14 januari 2008 14:04 schreef Triggershot het volgende:

[..]

http://www.planet.nl/plan(...)tid=860983/sc=4217e2

Was het al langskomen?

quote:

Op maandag 14 januari 2008 14:19 schreef Doffy het volgende:

[..]

Ik ken het oorspronkelijke stuk natuurlijk niet, maar zoals het hier staat samengevat is de conclusie vooral dat de méns zich efficienter op twee benen voortbeweegt, niet zozeer dat dat de reden is waarom ze rechtop zijn gaan lopen. Immers, waarom lopen dan niet alle primaten continue rechtop?

Ik kan me zo voorstellen dat het een complex van factoren geweest moet zijn, waarvan energiehuishouding er één is. In combinatie met een beter zicht over de savanne, het verzamelen van voedsel, het gebruiken van de handen, etc.

quote:

New Findings Confirm Darwin's Theory: Evolution Not Random

According to Darwin’s theory of evolution, individuals in a species pass successful traits onto their offspring through a process called “deterministic inheritance.” Over multiple generations, advantageous developmental trends – such as the lengthening of the giraffe’s neck – occur.

http://www.sciencedaily.com/releases/2008/01/080118134531.htm

quote:

Matthew Levy, once a graduate student of Miller’s and now a molecular biologist at the Albert Einstein College of Medicine in New York City, recalls being handed one of the 25-year-old samples to work on. “I was scared,” he says. “I was thinking, these samples are older than I am.” Levy burned holes in his shirts over the next few weeks as he dissolved the samples with hydrochloric acid and ran them through an instrument called a high-performance liquid chromatograph to identify the chemicals that had formed. Red and green pens on the device traced out telltale peaks on a scrolling strip of paper. Those peaks corresponded to seven different amino acids and 11 types of nucleobases.

“What was remarkable,” Bada says, “is that the yield in these frozen experiments was better, for some compounds, than it was with room-temperature experiments.”

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 12:02 schreef kazakx het volgende:
Ff tussendoor, maar wel serieus. Geloven jullie echt in die evolutie? Of mag ik dit niet in deze topic aan de orde brengen? Ik zie die ali kannibali topic ook niet meer.

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 13:49 schreef wijsneus het volgende:

[..]

Het is niet nodig om te "geloven" in evolutie, het bewijs spreekt voor zich.

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 14:40 schreef kazakx het volgende:

[..]

Ik zal hier maar niet over in gaan anders krijg ik een boze trigger achter mijn rug

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 12:02 schreef kazakx het volgende:
Ff tussendoor, maar wel serieus. Geloven jullie echt in die evolutie? Of mag ik dit niet in deze topic aan de orde brengen? Ik zie die ali kannibali topic ook niet meer.

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 20:47 schreef Monolith het volgende:

[..]

Hier is het Ali topic. Gesloten wegens gebrek aan creationisten, maar misschien kun je in de FB vragen of het weer open mag.

quote:

Op dinsdag 5 februari 2008 21:05 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

Of een verse reeks met verse vragen en argumenten?

quote:

Op woensdag 6 februari 2008 09:45 schreef wijsneus het volgende:
Beterschap triggie

quote:

How Did Huge Dinosaurs Find Enough Food? Did Bacteria Aid Their Digestion?

ScienceDaily (Feb. 6, 2008) — Scientists from the University of Bonn are researching which plants giant dinosaurs could have lived off more than 100 million years ago. They want to find out how the dinosaurs were able to become as large as they did. In fact such gigantic animals should not have existed according to general rules of ecology.
...

Rest van het artikel...

quote:

Scientists in Japan have discovered a new species of bacteria that can live in hairspray, according to the results of a study published in the March issue of the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

"Contamination of cosmetic products is rare but some products may be unable to suppress the growth of certain bacteria," says Dr Bakir from the Japan Collection of Microorganisms, Saitama, Japan. "We discovered a new species of bacteria called Microbacterium hatanonis, which we found contaminates hairspray."

"We also found a related species, Microbacterium oxydans in hairspray which was originally isolated from hospital material. Microbacterium species have been identified in milk, cheese, beef, eggs and even in the blood of patients with leukaemia, on catheters and in bone marrow."

The scientists looked at the appearance and diet of the bacterium, then analysed its genome to show that it is an entirely new species. "It has been named in honour of Dr Kazunori Hatano, for his contribution to the understanding of the genus Microbacterium," says Dr Bakir. Microbacterium hatanonis is rod-shaped and grows best at 30°C and pH neutral.

Scientists now need to determine the clinical importance of the new species, as similar bacteria have been found to infect humans. "Further testing will establish whether the species is a threat to human health," says Dr Bakir. "We hope our study will benefit the formulation of hairspray to prevent contamination in the future."

quote:

Researchers have found that monkeys combine calls to make them meaningful in the same way that humans do.

It is hoped the St Andrews University study will provide fresh insights into the evolution of human language.

The researchers recorded the alarm calls of putty-nosed monkeys in Nigeria and noticed them combining noises to apparently convey different meanings.

It had been thought monkeys could only create new sounds to communicate rather than combining existing noises.

Scientists had thought that combining calls, as a human trait, only came about because the repertoire of noises had become so large.

However, the putty-nosed monkeys only have a small number of sounds, according to scientists.

Large repertoire

Dr Klaus Zuberbühler, of the university's school of psychology, said: "Our research has revealed some interesting parallels in the vocal behaviour of forest monkeys and this crucial feature of human language.

"At some point, according to the theory, it became more economical for humans to combine existing elements of communication, rather than adding new ones to a large repertoire.

"This is based on the notion that signals would be combined only once the number of them had grown sufficiently.

"Our research shows that these assumptions may not be correct."

In 2006, researchers from St Andrews found that monkeys produced different series of alarm calls in order to distinguish which predator they are responding to.

The latest research provides evidence that the various calls may contain at least three types of information - the event witnessed, the caller's identity, and whether he intends to travel, all of which were recognised by other monkeys.

quote:

Even as creatures become complex, evolution doesn't get any harder.

The findings, published yesterday in Nature, shed doubt on a creationist criticism of evolution: that adaptation must rapidly slow as creatures grow more complicated, making them less able to adapt to changing conditions.

quote:

Evolution of Eukaryotic Transcription Circuits
Brian B. Tuch, Hao Li, Alexander D. Johnson

The gradual modification of transcription circuits over evolutionary time scales is an important source of the diversity of life. Over the past decade, studies in animals have shown how seemingly small molecular changes in gene regulation can have large effects on morphology and physiology and how selective pressures can act on these changes. More recently, genome-wide studies, particularly those in single-cell yeasts, have uncovered evidence of extensive transcriptional rewiring, indicating that even closely related organisms regulate their genes using markedly different circuitries.

quote:

Evolution of complexity in RNA-like replicator systems

Background
The evolution of complexity is among the most important questions in biology. The evolution of complexity is often observed as the increase of genetic information or that of the organizational complexity of a system. It is well recognized that the formation of biological organization---be it of molecules or ecosystems---is ultimately instructed by the genetic information, whereas it is also true that the genetic information is functional only in the context of the organization. Therefore, to obtain a more complete picture of the evolution of complexity, we must study the evolution of both information and organization.

Results
Here we investigate the evolution of complexity in a simulated RNA-like replicator system. The simplicity of the system allows us to explicitly model the genotype-phenotype-interaction mapping of individual replicators, whereby we avoid preconceiving the functionality of genotypes (information) or the ecological organization of replicators in the model. In particular, the model assumes that interactions among replicators---to replicate or to be replicated---depend on their secondary structures and base-pair matching. The results showed that a population of replicators, originally consisting of one genotype, evolves to form a complex ecosystem of up to four species. During this diversification, the species evolve through acquiring unique genotypes with distinct ecological functionality. The analysis of this diversification reveals that parasitic replicators, which have been thought to destabilize the replicator's diversity, actually promote the evolution of diversity through generating a novel "niche" for catalytic replicators. This also makes the current replicator system extremely stable upon the evolution of parasites. The results also show that the stability of the system crucially depends on the spatial pattern formation of replicators. Finally, the evolutionary dynamics is shown to significantly depend on the mutation rate.

Conclusions
The interdependence of information and organization can play an important role for the evolution of complexity. Namely, the emergent ecosystem supplies a context in which a novel phenotype gains functionality. Realizing such a phenotype, novel genotypes can evolve, which, in turn , results in the evolution of more complex ecological organization. Hence, the evolutionary feedback between information and organization, and thereby the evolution of complexity.

quote:

Op donderdag 3 april 2008 12:14 schreef wijsneus het volgende:
Darwin told us so: Researcher shows natural selection speeds up speciation
In the first experiment of its kind conducted in nature, a University of British Columbia evolutionary biologist has come up with strong evidence for one of Charles Darwin’s cornerstone ideas – adaptation to the environment accelerates the creation of new species.

http://www.physorg.com/news126351589.html

quote:

Wheeler, D.A. et al. (2008) The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing. Nature, 452, 872-876.

The association of genetic variation with disease and drug response, and improvements in nucleic acid technologies, have given great optimism for the impact of 'genomic medicine'. However, the formidable size of the diploid human genome1, approximately 6 gigabases, has prevented the routine application of sequencing methods to deciphering complete individual human genomes. To realize the full potential of genomics for human health, this limitation must be overcome. Here we report the DNA sequence of a diploid genome of a single individual, James D. Watson, sequenced to 7.4-fold redundancy in two months using massively parallel sequencing in picolitre-size reaction vessels. This sequence was completed in two months at approximately one-hundredth of the cost of traditional capillary electrophoresis methods. Comparison of the sequence to the reference genome led to the identification of 3.3 million single nucleotide polymorphisms, of which 10,654 cause amino-acid substitution within the coding sequence. In addition, we accurately identified small-scale (2–40,000 base pair (bp)) insertion and deletion polymorphism as well as copy number variation resulting in the large-scale gain and loss of chromosomal segments ranging from 26,000 to 1.5 million base pairs. Overall, these results agree well with recent results of sequencing of a single individual2 by traditional methods. However, in addition to being faster and significantly less expensive, this sequencing technology avoids the arbitrary loss of genomic sequences inherent in random shotgun sequencing by bacterial cloning because it amplifies DNA in a cell-free system. As a result, we further demonstrate the acquisition of novel human sequence, including novel genes not previously identified by traditional genomic sequencing. This is the first genome sequenced by next-generation technologies. Therefore it is a pilot for the future challenges of 'personalized genome sequencing'.

quote:

Gregory, T.R. (2008) Understanding evolutionary trees. Evolution: Education and Outreach, 1, 121-137.

Charles Darwin sketched his first evolutionary tree in 1837, and trees have remained a central metaphor in evolutionary biology up to the present. Today, phylogenetics—the science of constructing and evaluating hypotheses about historical patterns of descent in the form of evolutionary trees—has become pervasive within and increasingly outside evolutionary biology. Fostering skills in “tree thinking” is therefore a critical component of biological education. Conversely, misconceptions about evolutionary trees can be very detrimental to one’s understanding of the patterns and processes that have occurred in the history of life. This paper provides a basic introduction to evolutionary trees, including some guidelines for how and how not to read them. Ten of the most common misconceptions about evolutionary trees and their implications for understanding evolution are addressed.

quote:

Islan, M. et al. (2008) Evolvability and hierarchy in rewired bacterial gene networks. Nature, 452, 840-845.

Sequencing DNA from several organisms has revealed that duplication and drift of existing genes have primarily moulded the contents of a given genome. Though the effect of knocking out or overexpressing a particular gene has been studied in many organisms, no study has systematically explored the effect of adding new links in a biological network. To explore network evolvability, we constructed 598 recombinations of promoters (including regulatory regions) with different transcription or sigma-factor genes in Escherichia coli, added over a wild-type genetic background. Here we show that approx95% of new networks are tolerated by the bacteria, that very few alter growth, and that expression level correlates with factor position in the wild-type network hierarchy. Most importantly, we find that certain networks consistently survive over the wild type under various selection pressures. Therefore new links in the network are rarely a barrier for evolution and can even confer a fitness advantage.

quote:

Op woensdag 9 april 2008 10:02 schreef Monolith het volgende:
Het Howard Hughes Medical Institute heeft trouwens gratis DVDs o.a. over evolutie. Voor bestelling buiten Noord-Amerika moet je alleen wel eerst een mailtje sturen.

quote:

Op woensdag 16 april 2008 23:41 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Daar zitten zo te zien interessante dingen tussen Enig idee hoe moeilijk ze doen over bestellingen van buiten de US?

quote:

AMSTERDAM - Een bepaalde soort zandraket (een stoer onkruidje) weet dankzij een slimme genetische aanpassing in een omgeving met zware bodemverontreiniging te overleven, schrijven Duitse plantwetenschappers in de online editie van het tijdschrift Nature (20 april).

Het zandraketje Arabidopsis halleri kan, anders dan zijn meer bekende familielid, het modelplantje A. thaliana, grote concentraties van zink en cadmium in de bodem verdragen door die zware metalen op te slaan in zijn bladeren. Die kunnen zeer hoge concentraties van de giftige stoffen bevatten.

De Duitse onderzoekers vergeleken het dna van de twee onkruidjes en ontdekten dat de metaal-tolerante of extremofiele zandraket van een bepaald gen niet één maar drie kopieën bezit. Ook het regelmechanisme van het gen wijkt af.

Als dit verdriedubbelde gen van A. halleri naar A. thaliana wordt overgezet, verwerft ook die plant tolerantie voor de giftige metalen.

Het gen, HMA4 geheten, regelt de pompfunctie waardoor metaaldeeltjes door de wortels kunnen worden opgenomen. Volgens de onderzoekers is het gen oorspronkelijk ontstaan om tekorten aan deze metalen op te vangen.

De bijzondere mutatie van de verdriedubbeling van het gen heeft geleid tot de nieuwe eigenschap van ‘metaal hyperaccumulatie’. Die natuurlijke aanpassing stelt de zandraket in staat ook onder de extreme condities van met zware metalen vervuilde bodems te overleven, aldus de onderzoekers.

quote:

in 1971, scientists started an experiment. They took 5 male lizards and 5 female lizards of the species Podarcis sicula from a tiny Adriatic island called Pod Kopiste, 0.09km2, and they placed them on an even tinier island, Pod Mrcaru, 0.03km2, which was also inhabited by another lizard species, Podarcis melisellensis. Then a war broke out, the Croatian War of Independence, which went on and on and meant the little islands were completely neglected for 36 years, and nature took its course. When scientists finally returned to the island and looked around, they discovered that something very interesting had happened.

http://scienceblogs.com/p(...)ll_just_a_lizard.php

quote:

Italian wall lizards introduced to a tiny island off the coast of Croatia are evolving in ways that would normally take millions of years to play out, new research shows.

In just a few decades the 5-inch-long (13-centimeter-long) lizards have developed a completely new gut structure, larger heads, and a harder bite, researchers say.

In 1971, scientists transplanted five adult pairs of the reptiles from their original island home in Pod Kopiste to the tiny neighboring island of Pod Mrcaru, both in the south Adriatic Sea.

Genetic testing on the Pod Mrcaru lizards confirmed that the modern population of more than 5,000 Italian wall lizards are all descendants of the original ten lizards left behind in the 1970s.

Lizard Swarm

While the experiment was more than 30 years in the making, it was not by design, according to Duncan Irschick, a study author and biology professor at the University of Massachusetts, Amherst.

After scientists transplanted the reptiles, the Croatian War of Independence erupted, ending in the mid-1990s. The researchers couldn't get back to island because of the war, Irschick said.

In 2004, however, tourism began to open back up, allowing researchers access to the island laboratory.

"We didn't know if we would find a lizard there. We had no idea if the original introductions were successful," Irschick said.

What they found, however, was shocking. "The island was swarming with lizards," he said.

The findings were published in March in the journal Proceedings of the National Academy of Sciences.

Fast-Track Evolution

The new habitat once had its own healthy population of lizards, which were less aggressive than the new implants, Irschick said.

The new species wiped out the indigenous lizard populations, although how it happened is unknown, he said.

The transplanted lizards adapted to their new environment in ways that expedited their evolution physically, Irschick explained.

Pod Mrcaru, for example, had an abundance of plants for the primarily insect-eating lizards to munch on. Physically, however, the lizards were not built to digest a vegetarian diet.

Researchers found that the lizards developed cecal valves—muscles between the large and small intestine—that slowed down food digestion in fermenting chambers, which allowed their bodies to process the vegetation's cellulose into volatile fatty acids.

"They evolved an expanded gut to allow them to process these leaves," Irschick said, adding it was something that had not been documented before. "This was a brand-new structure."

Along with the ability to digest plants came the ability to bite harder, powered by a head that had grown longer and wider.

The rapid physical evolution also sparked changes in the lizard's social and behavioral structure, he said. For one, the plentiful food sources allowed for easier reproduction and a denser population.

The lizard also dropped some of its territorial defenses, the authors concluded.

Such physical transformation in just 30 lizard generations takes evolution to a whole new level, Irschick said.

It would be akin to humans evolving and growing a new appendix in several hundred years, he said.

"That's unparalleled. What's most important is how fast this is," he said.

While researchers do know the invader's impact on its reptile brethren, they do not know how the species impacts local vegetation or insects, a subject of future study, Irschick said.

Dramatic Changes

The study demonstrates that a lot of change happens in island environments, said Andrew Hendry, a biology professor at Montreal's McGill University.

What could be debated, however, is how those changes are interpreted—whether or not they had a genetic basis and not a "plastic response to the environment," said Hendry, who was not associated with the study.

There's no dispute that major changes to the lizards' digestive tract occurred. "That kind of change is really dramatic," he added.

"All of this might be evolution," Hendry said. "The logical next step would be to confirm the genetic basis for these changes."

quote:

Op woensdag 23 april 2008 21:37 schreef wijsneus het volgende:
Erg benieuwd of ze nog genetisch compatible zijn, de ouder populatie en de nieuwe.

quote:

The relatively large fraction of leaves included into the diet of lizards in the introduced population of Pod Mrcˇaru has apparently also resulted in the evolution of cecal valves, a structure previously unreported for this species and rare in this family and scleroglossan lizards in general (13, 14, 18). Our data also add to the growing number of studies suggesting that the inclusion of plant matter into the diet of small temperate lizards may be more common than previously thought (21, 22). Moreover, our data show not only rapid, directional changes in quantitative phenotypic traits related to the inclusion of plant matter into the diet, but also the evolution of novel morphological structures on extremely short time scales. Although the presence of cecal valves and large heads in hatchlings and juveniles suggests a genetic basis for these differences, further studies investigating the potential role of phenotypic plasticity and/or maternal effects in the divergence between populations are needed.

quote:

Op woensdag 23 april 2008 22:04 schreef wijsneus het volgende:
Nee - maar zoals Darwin al opmerkte: variaties kunnen fenotypisch enorm verschillen, maar toch perfect vruchtbaar zijn. De vraag is: is er speciatie opgetreden?

quote:

In 1971, scientists transplanted five adult pairs of the reptiles from their original island home in Pod Kopiste to the tiny neighboring island of Pod Mrcaru, both in the south Adriatic Sea.

quote:

Op woensdag 23 april 2008 23:18 schreef barthol het volgende:

[..]

5 volwassen paartjes als founder population.... Hier zal genetische drift zeker ook een rol gespeeld hebben bij de snelle fenotypische veranderingen.

quote:

In the first analysis of proteins extracted from dinosaur bones, scientists say they have established more firmly than ever that the closest living relatives of the mighty predator Tyrannosaurus rex are modern birds.

The research, being published Friday in the journal Science, yielded the first molecular data confirming the widely held hypothesis of a close dinosaur-bird ancestry, the American scientific team reported. The link was previously suggested by anatomical similarities.

In fact, the scientists said, T. rex shared more of its genetic makeup with ostriches and chickens than with living reptiles, like alligators. On this basis, the research team has redrawn the family tree of major vertebrate groups, assigning the dinosaur a new place in evolutionary relationships.

Similar molecular tests on tissues from the extinct mastodon confirmed its close genetic link to the elephant, as had been suspected from skeletal affinities.

“Our results at the genetic level basically agree with what has been seen in skeletal data,” John M. Asara of Harvard said in a telephone interview. “There is more than a 90 percent probability that the grouping of T. rex with living birds is real.”

Dr. Asara and Lewis C. Cantley, both of Beth Israel Deaconess Medical Center and Harvard Medical School, processed the proteins from tissue recovered deep in bones of a 68 million-year-old T. rex excavated in 2003 by John R. Horner of Montana State University. Mary H. Schweitzer of North Carolina State University discovered the preserved soft tissues in the bones.

For the molecular study, Dr. Asara and Chris L. Organ, a researcher in evolutionary biology at Harvard, compared the dinosaur protein with similar protein from several dozen species of modern birds, reptiles and other animals.

Dr. Organ was the lead author of the journal report, which concluded that the molecular tests confirmed the prediction that extinct dinosaurs “would show a higher degree of similarity with birds than with other extant vertebrates.” The researchers said they planned to extend their investigations to include comparisons of T. rex protein with more species of birds, reptiles and other dinosaurs.

Dinosaur paleontologists were not surprised by the findings. An accumulation of fossil evidence in recent years had given them increasing confidence in their contention that birds descended from certain dinosaurs.

quote:

Op dinsdag 29 april 2008 22:40 schreef barthol het volgende:
Even een mooie foto die ik jullie niet wil onthouden.
Een Orang-Oetan die een speer gebruikt om te vissen.
[ afbeelding ]
De foto is uit een artikel op primatology.net
In dat artikel staan ook links naar een aantal wetenschappelijke rapporten over het gebruik
van tools door Orang-Oetans.

quote:

Op woensdag 7 mei 2008 11:55 schreef bigore het volgende:
Wow, kick ass foto man met die aap. Nog meer van zulk soort foto's iemand? Ik zou weleens een foto/ filmpje van een huilende olifant willen zien.

quote:

We present a draft genome sequence of the platypus, Ornithorhynchus anatinus. This monotreme exhibits a fascinating combination of reptilian and mammalian characters. For example, platypuses have a coat of fur adapted to an aquatic lifestyle; platypus females lactate, yet lay eggs; and males are equipped with venom similar to that of reptiles. Analysis of the first monotreme genome aligned these features with genetic innovations. We find that reptile and platypus venom proteins have been co-opted independently from the same gene families; milk protein genes are conserved despite platypuses laying eggs; and immune gene family expansions are directly related to platypus biology. Expansions of protein, non-protein-coding RNA and microRNA families, as well as repeat elements, are identified. Sequencing of this genome now provides a valuable resource for deep mammalian comparative analyses, as well as for monotreme biology and conservation.

quote:

The 18,527 protein-coding genes predicted from the platypus assembly fall within the range for therian genomes. Of particular interest are families of genes involved in biology that links monotremes to reptiles, such as egg-laying, vision and envenomation, as well as mammal-specific characters such as lactation, characters shared with marsupials such as antibacterial proteins, and platypus-specific characters such as venom delivery and underwater foraging. For instance, anatomical adaptations for chemoreception during underwater foraging are reflected in an unusually large repertoire of vomeronasal type 1 receptor genes. However, the repertoire of milk protein genes is typically mammalian, and the arrangement of milk protein genes seems to have been preserved since the last common ancestor of monotremes and therian mammals.

Since its initial description, the platypus has stood out as a species with a blend of reptilian and mammalian features, which is a characteristic that penetrates to the level of the genome sequence. The density and distribution of repetitive sequence, for example, reflects this fact. The high frequency of interspersed repeats in the platypus genome, although typical for mammalian genomes, is in contrast with the observed mean microsatellite coverage, which appears more reptilian. Additionally, the correlation of parent-of-origin-specific expression patterns in regions of reduced interspersed repeats in the platypus suggests that the evolution of imprinting in therians is linked to the accumulation of repetitive elements.

We find that the mixture of reptilian, mammalian and unique characteristics of the platypus genome provides many clues to the function and evolution of all mammalian genomes. The wealth of new findings and confirmation of existing knowledge immediately evident from the release of these data promise that the availability of the platypus genome sequence will provide the critically needed background to inspire rapid advances in other investigations of mammalian biology and evolution.

quote:

Op woensdag 30 april 2008 00:53 schreef barthol het volgende:
Ja geweldig he, zulke foto's tegenkomen zijn voor mij een mooi moment van de dag.

Waar ik dan wel over ga denken is waar onze gezamelijke voorouders geleefd hebben
zo'n 15 tot 12 miljoen jaar geleden. Met de gibbons nu levend in ZO Azie en ook de
Orang-Oetans nu in ZO Azie. Ik weet dat In India de fossielen zijn gevonden van de
uitgestorven Sivapithecus en dat in de omgeving van Indochina eens de Gigantopithecus
heeft geleefd. Dat er ook fosielen van uitgestorven mensapen in Z.Europa zijn gevonden.

Ik merk dat ik nog geen gedetailleerd beeld heb van het Mioceen t.a.v. hoe de wereld er
toen uitzag en t.a.v. van de evolutie van de mens(achtige)-apen. Ook nog niet van hoe
die evolutie past in de periode die geassocieerd wordt met de uitstervingsgolf (Langhien).

quote:

Op woensdag 16 april 2008 23:18 schreef Monolith het volgende:
Nog maar weer eens wat interessante papers:
[..]

bron
[..]

bron
[..]

bron

quote:

Op zaterdag 10 mei 2008 01:35 schreef edcetera het volgende:

[..]

There are dumb lies, smart lies and statistics/investigations.

Whats the point? We just disagree and have our own opinion!

The truth is somewhere (He knows, your "Father" knows, mine knows, maybe we fight for the same reason)

quote:

A giant shrimp living on Australia's Great Barrier Reef can see a world beyond the rainbow that is invisible to other animals, scientists said on Wednesday.

quote:

AMSTERDAM - Een mysterieuze mierensoort stelt wetenschappers en ongediertebestrijders in de Amerikaanse staat Texas voor raadsels. De insecten doen zich te goed aan computers, alarmsystemen en gasmeters.

'Crazy Rasberry Ants'. Zo is de nieuwe soort, vermoedelijk afkomstig uit een vrachtschip, gedoopt. ' Crazy' omdat de beesten niet netjes in het gelid lopen zoals de meeste van hun stamgenoten. En 'Rasberry' naar ongediertebestrijder Tom Rasberry, die als eerste ondervond hoe hardnekkig de nieuwe mierenplaag precies is.

Het gaat, aldus verschillende Amerikaanse media, om relatief kleine, harige mieren. Ze werden in 2002 voor het eerst ontdekt in havenstand Houston maar hebben zich inmiddels, bij gebrek aan natuurlijke vijanden, ontwikkeld tot een wijdverbreide plaag.

Ruimtevaartcentrum
Om voor wetenschappers nog duistere redenen eten de mieren allerlei elektronica; computers, alarmsystemen, meters, iPods en telefoonbedrading. Ongediertebestrijders worden overspoeld met meldingen van schade aan apparatuur door de insecten.

De mieren hebben al de pompen van een waterzuiveringsinstallatie weten te slopen. Reden tot grote zorg bij het NASA ruimtevaartcentrum in Houston, waar de mieren ook zijn gesignaleerd, en bij het plaatselijke vliegveld.

Een woordvoerder van de burgemeester van Houston laat aan de New York Times weten dat hij al een telefoontje uit Moskou heeft ontvangen. 'Ze wilden weten of het ruimtevaartcentrum bedreigd werd. Ik heb gezegd dat er geen problemen zijn.'

Bestrijding
De Crazy Rasberry Ants zijn volgens entomologen familie van mierensoorten in het Caribisch gebied. Ze bijten mensen, maar steken niet, zoals de beruchte vuurmieren van Texas wel doen. Die laatste eten ze overigens ook, en dat is het goede nieuws.

Het slechte nieuws is dat de mieren ongediertebestrijders voor veel grotere problemen stellen dan vuurmieren. Iedere kolonie heeft meerdere koninginnen, zodat het risico wordt gespreid. Het aas in gangbare mierenvallen eten ze niet.

Tot overmaat van ramp stapelen ze dode soortgenoten op elkaar om veilig over oppervlakken te lopen die zijn behandeld met pesticiden. Ongediertebestrijders hebben de milieu-autoriteiten dan ook gevraagd om uitbreiding van het arsenaal toegestane bestrijdingsmiddelen.

quote:

Resurrection of DNA Function In Vivo from an Extinct Genome

There is a burgeoning repository of information available from ancient DNA that can be used to understand how genomes have evolved and to determine the genetic features that defined a particular species. To assess the functional consequences of changes to a genome, a variety of methods are needed to examine extinct DNA function. We isolated a transcriptional enhancer element from the genome of an extinct marsupial, the Tasmanian tiger (Thylacinus cynocephalus or thylacine), obtained from 100 year-old ethanol-fixed tissues from museum collections. We then examined the function of the enhancer in vivo. Using a transgenic approach, it was possible to resurrect DNA function in transgenic mice. The results demonstrate that the thylacine Col2A1 enhancer directed chondrocyte-specific expression in this extinct mammalian species in the same way as its orthologue does in mice. While other studies have examined extinct coding DNA function in vitro, this is the first example of the restoration of extinct non-coding DNA and examination of its function in vivo. Our method using transgenesis can be used to explore the function of regulatory and protein-coding sequences obtained from any extinct species in an in vivo model system, providing important insights into gene evolution and diversity.

quote:

Op zaterdag 17 mei 2008 19:18 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Bron

quote:

Op dinsdag 20 mei 2008 11:58 schreef Semisane het volgende:

[..]

Dit is idd gewoon een heel bizar mierensoort. Ik heb er nu het eea overgelezen, omdat het me zo verbaast dat ze zo achter allerlei electronische apparatuur aangaan. Leuk met al die nukes die her en der staan verspreid in de States.

Wat wel een voordeel is, is dat ze ook de Fire-ant niet overslaan als maaltijd, durf te wedden dat de Texanen daar niet geheel ontevreden overzijn, enkel nu moet je je afvragen of het medicijn niet erger is dan de kwaal.

Het zou hoe dan ook wel een bizarre evolutionaire vonst zijn, als er een mierensoort is dat kan leven op plastics, batterijzuur, siliconen, metaal, goud en wat je nog meer in electronica kan aantreffen.

quote:

Op dinsdag 20 mei 2008 12:15 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Niet meer dan logisch. Er is geen enkele reden waarom een diersoort die goud, elektronica en andere geraffineerde materialen eet niet zou bestaan. Maar vroeger waren die materialen er niet omdat er geen technologische beschaving was om die zaken te produceren. Dat soort diersoorten had vroeger dus geen kans om te overleven.

Nu zijn die materialen er wel.

stom genoeg weet ik even de Nederlandse benaming niet van dat soort materialen.

quote:

Genetics, Vol. 179, 487-496, May 2008

De Novo Origination of a New Protein-Coding Gene in Saccharomyces cerevisiae
Jing Cai*,{dagger},1, Ruoping Zhao*,1, Huifeng Jiang*,{dagger} and Wen Wang*,2


ABSTRACT Origination of new genes is an important mechanism generating genetic novelties during the evolution of an organism. Processes of creating new genes using preexisting genes as the raw materials are well characterized, such as exon shuffling, gene duplication, retroposition, gene fusion, and fission. However, the process of how a new gene is de novo created from noncoding sequence is largely unknown. On the basis of genome comparison among yeast species, we have identified a new de novo protein-coding gene, BSC4 in Saccharomyces cerevisiae. The BSC4 gene has an open reading frame (ORF) encoding a 132-amino-acid-long peptide, while there is no homologous ORF in all the sequenced genomes of other fungal species, including its closely related species such as S. paradoxus and S. mikatae. The functional protein-coding feature of the BSC4 gene in S. cerevisiae is supported by population genetics, expression, proteomics, and synthetic lethal data. The evidence suggests that BSC4 may be involved in the DNA repair pathway during the stationary phase of S. cerevisiae and contribute to the robustness of S. cerevisiae, when shifted to a nutrient-poor environment. Because the corresponding noncoding sequences in S. paradoxus, S. mikatae, and S. bayanus also transcribe, we propose that a new de novo protein-coding gene may have evolved from a previously expressed noncoding sequence.

quote:

A stem batrachian from the Early Permian of Texas and the origin of frogs and salamanders. Nature, 453, 515-518.

Anderson, J.S. et al. (2008)

The origin of extant amphibians (Lissamphibia: frogs, salamanders and caecilians) is one of the most controversial questions in vertebrate evolution, owing to large morphological and temporal gaps in the fossil record. Current discussions focus on three competing hypotheses: a monophyletic origin within either Temnospondyli or Lepospondyli or a polyphyletic origin with frogs and salamanders arising among temnospondyls and caecilians among the lepospondyls. Recent molecular analyses are also controversial, with estimations for the batrachian (frog–salamander) divergence significantly older than the palaeontological evidence supports. Here we report the discovery of an amphibamid temnospondyl from the Early Permian of Texas that bridges the gap between other Palaeozoic amphibians and the earliest known salientians and caudatans from the Mesozoic. The presence of a mosaic of salientian and caudatan characters in this small fossil makes it a key taxon close to the batrachian (frog and salamander) divergence. Phylogenetic analysis suggests that the batrachian divergence occurred in the Middle Permian, rather than the late Carboniferous as recently estimated using molecular clocks, but the divergence with caecilians corresponds to the deep split between temnospondyls and lepospondyls, which is congruent with the molecular estimates.

quote:

Op donderdag 22 mei 2008 15:40 schreef Triggershot het volgende:
Wat is eigenlijk een evolutionaire voordeel van het overgaan van het bevallen van 'slangjonkies' van eieren naar levend baren?

quote:

Op donderdag 22 mei 2008 15:40 schreef Triggershot het volgende:
Wat is eigenlijk een evolutionaire voordeel van het overgaan van het bevallen van 'slangjonkies' van eieren naar levend baren?

quote:

Phylogenetic transitions from oviparity to viviparity in reptiles generally have occurred in cold climates, apparently driven by selective advantages accruing from maternal regulation of incubation temperature. But why, then, are viviparous reptiles so successful in tropical climates? Viviparity might enhance fitness in the tropics via the same pathway as in the temperate zone, if pregnant female reptiles in the tropics maintain more stable temperatures than are available in nests (Shine's maternal manipulation hypothesis). Alternatively, viviparity might succeed in the tropics for entirely different reasons than apply in the temperate zone. Our data support the maternal manipulation hypothesis. In a laboratory thermal gradient, pregnant death adders (Acanthophis praelongus) from tropical Australia maintained less variable body temperatures (but similar mean temperatures) than did nonpregnant females. Females kept at a diel range of 25–31°C (as selected by pregnant females) gave birth earlier and produced larger offspring (greater body length and head size) than did females kept at 23–33°C (as selected by nonpregnant snakes). Larger body size enhanced offspring recapture rates (presumably reflecting survival rates) in the field. Thus, even in the tropics, reproducing female reptiles manipulate the thermal regimes experienced by their developing embryos in ways that enhance the fitness of their offspring. This similarity across climatic zones suggests that a single general hypothesis—maternal manipulation of thermal conditions for embryogenesis—may explain the selective advantage of viviparity in tropical as well as cold-climate reptiles.

quote:

What ecological factors might have contributed to the transition to viviparity? The evolution of viviparity has been attributed to selective forces such as environmental factors or biotic traits (e.g. Neill 1964; Packard et al. 1977; Tinkle and Gibbons 1977; Shine and Bull 1979; Shine 1985; Guillette 1993; Qualls and Shine 1998). Since this evolutionary step completely removes the aquatic stage, the obvious responsible agent of this microevolutionary event could be the absence of water in which to lay the larvae, a plausible scenario in some of the islands (Galán 2003). Interestingly, ‘Cíes’ originates for some authors from the Latin ‘siccus’, which means ‘dry’ (González-Alemparte 2003), and today water is scarce in these islands. The lack of available surface water in karstic limestone substrates has also been suggested as the main cause that promotes viviparity in the Cantabric Mountain S. s. bernardezi populations (Garcia-Paris et al. 2003). However, the presence of another amphibian [Lissotriton boscai (Lataste, 1979)] in all water bodies in Ons Island suggests that water limitation was not so drastic at least in Ons. On the other hand, the newts Lissotriton helveticus (Razoumowsky, 1789) and Triturus marmoratus (Latreille, 1800) which are present on the closest coast do not occur in the islands, perhaps due to the absence of favourable habitats, and L. boscai is found only in two islands of the National Park (Ons and Salvora, but not Cíes).

quote:

Dinosaur footprints made 150 million years ago in the bedrock of what is now Yemen are the first to be discovered in the Arabian Peninsula, say scientists.

The two separate trackways were made by a herd of 11 sauropods, and a lone two-legged plant-eating dinosaur belonging to the ornithopod family.

They went unnoticed for so long because they were covered by rubble and debris.

The fossil record in the area is very sparse, with only a handful of dinosaur remains known to science.

A Yemeni journalist stumbled upon the first set of impressions in the village of Madar north of the capital Sana'a.

They were later classified as belonging to an ornithopod, a large, common, two-legged dinosaur that flourished from the Late Triassic Period to the Late Cretaceous Period.

In 2006, a geologist at Sana'a University in Yemen made a further discovery - a set of round and elephant-like footprints from a different dinosaur family, the giant four-legged long-necked sauropods.

Dr Anne Schulp of the Maastricht Museum of Natural History in the Netherlands went out to Yemen to help in the investigation. He said the tracks were "beautifully preserved".

"The nice thing about the sauropod tracks is that we've got a herd of them, 11 individuals all walking in the same direction," Dr Schulp told BBC News.

"It's actually a group consisting of different-sized animals, so we've got old ones and we've got some younger dinosaurs as well, so different age-groups of dinosaurs were living together here."

Only a few dinosaur fossils have been reported so far from the Arabian Peninsula, including isolated bones from Oman and possible fragments of a long-necked dinosaur from Yemen.

"It's the first time we've found dinosaur trackways in the Arab Peninsula so it really is a first," said Dr Schulp.

"It's a bit of data from a place that we really don't know much about yet. There is a lot of potential for more discoveries."

Palaeontologist Dr Paul Barrett of London's Natural History Museum said the findings, published in the journal PLoS One, considerably expand our knowledge of Middle Eastern dinosaurs.

"Dinosaur material is exceptionally rare in this part of the world, and is represented by only a handful of fragmentary fossils," he said.

"As a result, we know virtually nothing about the animals that once roamed this area. This discovery shows that several different kinds of dinosaur were abundant in the region and starts to fill a large gap in our knowledge of what was going on in the Middle East during the age of the dinosaurs."

quote:

Session 1: Archaean Chemistry and Earliest Fossils

* The RNA World and the Molecular Origins of Life Gerald F. Joyce, The Scripps Research Institute

* The Origins of Cellular Life Jack W. Szostak, Harvard Medical School

* Can the Distribution of Protein Domains Shed Light on the Tree of Life Russell F. Doolittle, University of California, San Diego

* The Earliest Life on Earth Roger Buick, University of Washington

* Proterozoic Life and Environments Andrew H. Knoll, Harvard University

Session 2: Cells, Cellular Evolution and Protein History

* The Tree of Life and Major Transitions in Cell Evolution Thomas Cavalier-Smith, University of Oxford

* The Origin of Eukaryotes Eugene V. Koonin, National Center for Biotechnology Information, National Institutes of Health

* Barking up the Wrong Tree: The Dangers of Reification in Molecular Phylogenetics and Systematics W. Ford Doolittle, Dalhousie University

* RNA Interference May Provide a Window on the RNA-to-DNA World Transition Phillip A. Sharp, Massachusetts Institute of Technology

Evening Lecture, 6 – 7 p.m.

Feeding and Gloating for More: The Challenge of the New Creationism Jerry A. Coyne, The University of Chicago

Session 3: Development of Eukaryotic Genetic Capacity and Multicellularity

* The Deep Evolutionary History of Eukaryotes Andrew Roger, Dalhousie University

* Demonstrating the Sufficiency of Microevolutionary Processes David Penny, Massey University

* Genes and Development: A Comparison of Human and Amphioxus Genomes Peter W.H. Holland, University of Oxford

* Cnidaria and the Evolution of the Bilaterian Body Plans: Insights from an Outgroup Ulrich Technau, University of Vienna

Session 4: Human Evolution through the Lens of DNA Sequences

* Evolution of Human Populations L. Luca Cavalli-Sforza, Stanford University School of Medicine

* Accelerated Evolution in the Human Genome Katherine S. Pollard, University of California, Davis

* Probing Human Brain Evolution at the Genetic Level Bruce T. Lahn, The University of Chicago

* A Neanderthal Perspective on Human Origins Fairfield Osborn Memorial Lecture , Svante Pääbo, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology

quote:

Leven op 1600 meter onder zeebodem

AMSTERDAM - Oceaanonderzoekers hebben bijzondere kolonies van bacteriën ontdekt op een diepte van 1626 meter onder de oceaanbodem, dieper dan ooit tevoren is vastgesteld. Dat hebben ze bekend gemaakt in het wetenschappelijk tijdschrift Science (23 mei).

De bacteriën zijn aangetroffen in 111 miljoen jaar oude sedimenten bij boringen in de Atlantische Oceaan in de buurt van Newfoundland. Het gaat om zogeheten prokaryoten, een evolutionair vroeg type organismen zonder celkern.

De stofwisseling van de micro-organismen lijkt geheel aangepast aan de extreme omstandigheden van hun thermisch actieve biotoop, waar temperaturen heersen van 60 tot 100 graden Celsius en hoge concentraties aanwezig zijn van methaan en andere koolwaterstoffen. Ze leven van de anaerobe oxidatie van methaan.

De Franse en Britse onderzoekers vermoeden dat het gaat om populaties van Archaea of oerbacteriën. Genetisch blijken ze verwant met de bekende thermofiele (hitteminnende) bacteriën uit vulkanische heetwaterbronnen.

De ontdekking is een nieuwe aanwijzing dat er een complete biosfeer bestaat diep in de aardkorst onder de oceanen. Volgens de onderzoekers leeft tweederde van alle prokaryoten ter wereld in afzettingen onder de zeebodem.

quote:

One of the most important experiments in evolution is going on right now in a laboratory in Michigan State University. A dozen flasks full of E. coli are sloshing around on a gently rocking table. The bacteria in those flasks has been evolving since 1988--for over 44,000 generations. And because they've been so carefully observed all that time, they've revealed some important lessons about how evolution works.

The experiment was launched by MSU biologist Richard Lenski. I wrote about Lenski's work last year in the New York Times, and in more detail my new book Microcosm. Lenski started off with a single microbe. It divided a few times into identical clones, from which Lenski started 12 colonies. He kept each of these 12 lines in its own flask. Each day he and his colleagues provided the bacteria with a little glucose, which was gobbled up by the afternoon. The next morning, the scientists took a small sample from each flask and put it in a new one with fresh glucose. And on and on and on, for 20 years and running.

Based on what scientists already knew about evolution, Lenski expected that the bacteria would experience natural selection in their new environment. In each generation, some of the microbes would mutate. Most of the mutations would be harmful, killing the bacteria or making them grow more slowly. Others would be beneficial allowing them to breed faster in their new environment. They would gradually dominate the population, only to be replaced when a new mutation arose to produce an even fitter sort of microbe.

Lenski used a simple but elegant method to find out if this would happen. He froze some of the original bacteria in each line, and then froze bacteria every 500 generations. Whenever he was so inclined, he could go back into this fossil record and thaw out some bacteria, bringing them back to life. By putting the newest bacteria in his lines in a flask along with their ancestors, for example, he could compare how well the bacteria had adapted to the environment he had created.

Over the generations, in fits and starts, the bacteria did indeed evolve into faster breeders. The bacteria in the flasks today breed 75% faster on average than their original ancestor. Lenski and his colleagues have pinpointed some of the genes that have evolved along the way; in some cases, for example, the same gene has changed in almost every line, but it has mutated in a different spot in each case. Lenski and his colleagues have also shown how natural selection has demanded trade-offs from the bacteria; while they grow faster on a meager diet of glucose, they've gotten worse at feeding on some other kinds of sugars.

Last year Lenski was elected to the National Academy of Sciences. This week he is publishing an inaugural paper in the Proceedings of the National Academy of Sciences with his student Zachary Blount and postdoc Christina Borland. Lenski told me about the discovery behind the paper when I first met him a few years ago. He was clearly excited, but he wasn't ready to go public. There were still a lot of tests to run to understand exactly what had happened to the bacteria.

Now they're sure. Out of the blue, their bacteria had abandoned Lenski's their glucose-only diet and had evolved a new way to eat.

After 33,127 generations Lenski and his students noticed something strange in one of the colonies. The flask started to turn cloudy. This happens sometimes when contaminating bacteria slip into a flask and start feeding on a compound in the broth known as citrate. Citrate is made up of carbon, hydrogen, and oxygen; it's essentially the same as the citric acid that makes lemons tart. Our own cells produce citrate in the long chain of chemical reactions that lets us draw energy from food. Many species of bacteria can eat citrate, but in an oxygen-rich environment like Lenski's lab, E. coli can't. The problem is that the bacteria can't pull the molecule in through their membranes. In fact, their failure has long been one of the defining hallmarks of E. coli as a species.

If citrate-eating bacteria invade the flasks, however, they can feast on the abundant citrate, and their exploding population turns the flask cloudy. This has only happened rarely in Lenski's experiment, and when it does, he and his colleagues throw out the flask and start the line again from its most recently frozen ancestors.

But in one remarkable case, however, they discovered that a flask had turned cloudy without any contamination. It was E. coli chowing down on the citrate. The researchers found that when they put the bacteria in pure citrate, the microbes could thrive on it as their sole source of carbon.

In nature, there have been a few reports of E. coli that can feed on citrate. But these oddballs all acquired a ring of DNA called a plasmid from some other species of bacteria. Lenski selected a strain of E. coli for his experiments that doesn't have any plasmids, there were no other bacteria in the experiment, and the evolved bacteria remain plasmid-free. So the only explanation was that this one line of E. coli had evolved the ability to eat citrate on its own.

Blount took on the job of figuring out what happened. He first tried to figure out when it happened. He went back through the ancestral stocks to see if they included any citrate-eaters. For the first 31,000 generations, he could find none. Then, in generation 31,500, they made up 0.5% of the population. Their population rose to 19% in the next 1000 generations, but then they nearly vanished at generation 33,000. But in the next 120 generations or so, the citrate-eaters went berserk, coming to dominate the population.

This rise and fall and rise suggests that the evolution of citrate-eating was not a one-mutation affair. The first mutation (or mutations) allowed the bacteria to eat citrate, but they were outcompeted by some glucose-eating mutants that still had the upper hand. Only after they mutated further did their citrate-eating become a recipe for success.

The scientists wondered if other lines of E. coli carried some of these invisible populations of weak citrate-eaters. They didn't. This was quite remarkable. As I said earlier, Lenski's research has shown that in many ways, evolution is repeatable. The 12 lines tend to evolve in the same direction. (They even tend to get plump, for reasons yet to be understood.) Often these parallel changes are the result of changes to the same genes. And yet when it comes to citrate-eating, evolution seems to have produced a fluke.

To gauge the flukiness of the citrate-eaters, Blount and Lenski replayed evolution. They grew new populations from 12 time points in the 33,000-generations of pre-citrate-eating bacteria. They let the bacteria evolve for thousands of generations, monitoring them for any signs of citrate-eating. They then transferred the bacteria to Petri dishes with nothing but citrate to eat. All told, they tested 40 trillion cells. Here's a movie of what that looks like...

ut of that staggering hoard of bacteria, only a handful of citrate-eating mutants arose. None of the original ancestors or early predecessors gave rise to citrate-eaters; only later stages in the line could--mostly from 27,000 generations or beyond. Still, even among these later E. coli, the odds of evolving into a citrate-eater was staggeringly low, on the order of one-in-a-trillion.

Now the scientists must determine the precise genetic steps these bacteria took to evolve from glucose-eaters to citrate-eaters. In order to eat a particular molecule, E. coli needs a special channel in its membranes through which to draw it. It's possible, for example, that a channel dedicated to some other molecule mutated into a form that could also take in citrate. Later mutations could have fine-tuned it so that it could suck in citrate quickly.

If E. coli is defined as a species that can't eat citrate, does that mean that Lenski's team has witnessed the origin of a new species? The question is actually murkier than it seems, because the traditional concept of species doesn't fit bacteria very comfortably. (For the details, check out my new article on Scientific American, "What is a Species?") In nature, E. coli swaps lots of genes with other species. In just the past 15 years or so, for example, one disease-causing strain of E. coli acquired hundreds of genes not found in closely related E. coli strains. (See my recent article in Slate.) Another hallmark of E. coli is its ability to break down lactose, the sugar in milk. But several strains have lost the ability to break it down. (In fact, these strains were originally given a different name--Shigella--until scientists realized that they were just weird strains of E. coli.)

Nevertheless, Lenski and his colleagues have witnessed a significant change. And their new paper makes clear that just because the odds of such a significant change are incredibly rare doesn't mean that it can't happen. Natural selection, in fact, ensures that sometimes it does. And, finally, it demonstrates that after twenty years, Lenski's invisible dynasty still has some surprises in store.

quote:

Op dinsdag 3 juni 2008 15:49 schreef Monolith het volgende:
Richard Lenski publiceert binnenkort over het langdurige onderzoek naar de evolutie van E. Coli in zijn laboratorium. Het is een beetje een lang verhaal, maar zeker de moeite waard om te lezen:
[..]

Blog post van Carl Zimmer

quote:

Op dinsdag 3 juni 2008 15:49 schreef Monolith het volgende:
Richard Lenski publiceert binnenkort over het langdurige onderzoek naar de evolutie van E. Coli in zijn laboratorium. Het is een beetje een lang verhaal, maar zeker de moeite waard om te lezen:
[..]

Blog post van Carl Zimmer

quote:

Historical contingency and the evolution of a key innovation in an experimental population of Escherichia coli
Zachary D. Blount, Christina Z. Borland, and Richard E. Lenski

The role of historical contingency in evolution has been much debated, but rarely tested. Twelve initially identical populations of Escherichia coli were founded in 1988 to investigate this issue. They have since evolved in a glucose-limited medium that also contains citrate, which E. coli cannot use as a carbon source under oxic conditions. No population evolved the capacity to exploit citrate for >30,000 generations, although each population tested billions of mutations. A citrate-using (Cit+) variant finally evolved in one population by 31,500 generations, causing an increase in population size and diversity. The long-delayed and unique evolution of this function might indicate the involvement of some extremely rare mutation. Alternately, it may involve an ordinary mutation, but one whose physical occurrence or phenotypic expression is contingent on prior mutations in that population. We tested these hypotheses in experiments that "replayed" evolution from different points in that population's history. We observed no Cit+ mutants among 8.4 x 10¹² ancestral cells, nor among 9 x 10¹² cells from 60 clones sampled in the first 15,000 generations. However, we observed a significantly greater tendency for later clones to evolve Cit+, indicating that some potentiating mutation arose by 20,000 generations. This potentiating change increased the mutation rate to Cit+ but did not cause generalized hypermutability. Thus, the evolution of this phenotype was contingent on the particular history of that population. More generally, we suggest that historical contingency is especially important when it facilitates the evolution of key innovations that are not easily evolved by gradual, cumulative selection.

quote:

Op woensdag 11 juni 2008 12:24 schreef ATuin-hek het volgende:
Voor de matlabbers onder ons Ik ben atm bezig met een genetisch algoritme om een MRI bias field correctie te berekenen voor FLAIR scans. Is best leuk om mee te spelen Geeft een aardig gevoel over hoe krachtig een evolutionaire aanpak kan zijn.
Als het goed is wordt mijn werk onderdeel van een publicatie. Zal kijken of ik die tegen die tijd hier kan linken

quote:

Evolution’s recipe for making a brain more complex has long seemed simple enough. Just increase the number of nerve cells, or neurons, and the interconnections between them. A human brain, for instance, is three times the volume of a chimpanzee’s.

A whole new dimension of evolutionary complexity has now emerged from a cross-species study led by Dr. Seth Grant at the Sanger Institute in England.

Dr. Grant looked at the interconnections between neurons, known as synapses, which until now have been regarded as a standard feature of neurons.

But in fact the synapses get considerably more complex going up the evolutionary scale, Dr. Grant and colleagues reported online Sunday in Nature Neuroscience. In worms and flies, the synapses mediate simple forms of learning, but in higher animals they are built from a much richer array of protein components and conduct complex learning and pattern recognition, Dr. Grant said.

The finding may open a new window into how the brain operates. “One of the biggest questions in neuroscience is to answer what are the design principles by which the human brain is constructed, and this is one of those principles,” Dr. Grant said.

If the synapses are thought of as the chips in a computer, then brainpower is shaped by the sophistication of each chip, as well as by their numbers. “From the evolutionary perspective, the big brains of vertebrates not only have more synapses and neurons, but each of these synapses is more powerful — vertebrates have big Internets with big computers and invertebrates have small Internets with small computers,” Dr. Grant said.

He included yeast cells in his cross-species survey and found that they contain many proteins equivalent to those in human synapses, even though yeast is a single-celled microbe with no nervous system. The yeast proteins, used for sensing changes in the environment, suggest that the origin of the nervous system, or at least of synapses, began in this way.

The computing capabilities of the human brain may lie not so much in its neuronal network as in the complex calculations that its synapses perform, Dr. Grant said. Vertebrate synapses have about 1,000 different proteins, assembled into 13 molecular machines, one of which is built from 183 different proteins.

These synapses are not standard throughout the brain, Dr. Grant’s group has found; each region uses different combinations of the 1,000 proteins to fashion its own custom-made synapses.

Each synapse can presumably make sophisticated calculations based on messages reaching it from other neurons. The human brain has about 100 billion neurons, interconnected at 100 trillion synapses.

The roots of several mental disorders lie in defects in the synaptic proteins, more than 50 of which have been linked to diseases like schizophrenia, Dr. Grant said.

Dr. Edward Ziff, a synapse expert at New York University, said Dr. Grant’s work was the first in which synapses had been analyzed from a cross-species perspective. “I would say this work is unique,” he said. “Grant’s been a leader in making this type of analysis and he deserves a lot of credit for it, although a certain amount of guesswork is involved.”

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 01:35 schreef Monolith het volgende:

[..]

Klinkt interessant, ben benieuwd. Die bias fields zijn toch signalen die MRI scans (en dus in dit specifieke geval FLAIR scans) kunnen verstoren?

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 11:45 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Zoiets ja De sterkte van het signaal dat van een bepaalde voxel komt hangt oa af van de magneetsterkte op die positie. Ideaal gezien is dit uniform, maar in de praktijk helaas niet.
FLAIR scans hebben gelukkig het voordeel dat er maar 1 piek zit in het histogram. Mijn algoritme zoekt een benadering van het bias field zodat deze piek zo scherp mogelijk wordt De mate van scherpte is dus de mate van fitness.

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 11:57 schreef Monolith het volgende:

[..]

Dat kan ik nog wel volgen. Zelf nog wel eens ooit iets soortgelijks gedaan met betrekking tot image matching in het algemeen, dat was alleen meer op basis van neurale netwerken. Bovendien is image matching nogal een subjectief iets.

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 13:44 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ik ben idd ook met zoiets bezig Doe samen met de begeleiders een poging om MS laesies automatisch te segmenteren. Komt ook registratie etc. bij kijken.

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 15:26 schreef Monolith het volgende:

[..]

Nadeel bij het trainen van neurale netwerken in Matlab is wel dat je per sessie weer gezellig een kwartier tot half uur koffie kunt gaan drinken.
Wat is precies het segmenteren in de context van laesies eigenlijk?

quote:

Natural Selection Shapes Genome-Wide Patterns of Copy-Number Polymorphism in Drosophila melanogaster
J. J. Emerson, Margarida Cardoso-Moreira, Justin O. Borevitz, Manyuan Long


The role that natural selection plays in governing the locations and early evolution of copy-number mutations remains largely unexplored. We used high-density full-genome tiling arrays to create a fine-scale genomic map of copy-number polymorphisms (CNPs) in Drosophila melanogaster. We inferred a total of 2658 independent CNPs, 56% of which overlap genes. These include CNPs that are likely to be under positive selection, most notably high-frequency duplications encompassing toxin-response genes. The locations and frequencies of CNPs are strongly shaped by purifying selection, with deletions under stronger purifying selection than duplications. Among duplications, those overlapping exons or introns, as well as those falling on the X chromosome, seem to be subject to stronger purifying selection.

quote:

Op vrijdag 20 juni 2008 18:09 schreef Monolith het volgende:
Interessant artikel in Science:
[..]

Science

quote:

Op vrijdag 20 juni 2008 18:12 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Ik snap veel, maar dit is me iets te technisch. Kan je dit vertalen in Jip en Janneketaal?

quote:

Differences in the numbers of copies of large DNA segments are an abundant source of genetic variation in humans (1, 2), mice (3), and flies (4). Because CNPs can create new genes, change gene dosage, reshape gene structures, and/or modify the elements that regulate gene expression, understanding their evolution is at the very heart of understanding how such structural changes in the genome contribute to the phenotypic evolution of organisms.

quote:

The all-female worker caste of the honey bee (Apis mellifera) is effectively barren in that workers refrain from laying eggs in the presence of a fecund queen. The mechanism by which workers switch off their ovaries in queenright colonies is pheromonally cued, but there is genetically-based variation among individuals: some workers have high thresholds for ovary activation, while for others the response threshold is lower. Genetic variation for threshold response by workers to ovary-suppressing cues is most evident in "anarchist" colonies in which mutant patrilines have a proportion of workers that activate their ovaries and lay eggs, despite the presence of a queen. In this study we use a selected anarchist line to create a backcross queenright colony that segregated for high and low levels of ovary activation. We used 191 informative microsatellite loci, covering all 16 linkage groups to identify QTLs for ovary activation and test the hypothesis that anarchy is recessively inherited. We reject this hypothesis, but identify four QTLs that together explain approximately 25% of the phenotypic variance for ovary activation in our mapping population. They provide the first molecular evidence for the existence of quantitative loci that influence selfish cheating behavior in a social animal.

quote:

Op dinsdag 24 juni 2008 23:39 schreef Triggershot het volgende:
Waarom ziet de mens eigenlijk in kleur?

quote:

Op dinsdag 24 juni 2008 23:39 schreef Triggershot het volgende:
Waarom ziet de mens eigenlijk in kleur?

quote:

Ventastega curonica and the origin of tetrapod morphology
Per E. Ahlberg, Jennifer A. Clack, Ervi macrns Luks caronevic carons, Henning Blom & Ivars Zupincedils caron

The gap in our understanding of the evolutionary transition from fish to tetrapod is beginning to close thanks to the discovery of new intermediate forms such as Tiktaalik roseae. Here we narrow it further by presenting the skull, exceptionally preserved braincase, shoulder girdle and partial pelvis of Ventastega curonica from the Late Devonian of Latvia, a transitional intermediate form between the 'elpistostegids' Panderichthys and Tiktaalik and the Devonian tetrapods (limbed vertebrates) Acanthostega and Ichthyostega. Ventastega is the most primitive Devonian tetrapod represented by extensive remains, and casts light on a part of the phylogeny otherwise only represented by fragmentary taxa: it illuminates the origin of principal tetrapod structures and the extent of morphological diversity among the transitional forms.

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 11:53 schreef Terecht het volgende:
Hoi, ik heb een vraagje.

Ik ben de laatste tijd wat aan het lezen over evolutie, en nu vraag ik me af of Darwinisme nou wel of niet falsifieerbaar is. Ik heb deze FAQ van Talkorigins gelezen, maar ik ben er nog niet helemaal uit. Misschien dat het nog even moet bezinken, maar klopt het dat het wel of niet falsifieerbaar zijn van Darwinisme in weze staat of valt bij welke definitie van falsifieerbaarheid je aanhangt?

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 12:02 schreef Monolith het volgende:

[..]

Ten eerste is 'darwinisme' een beetje een vreemde term. Ik neem aan dat je de evolutionaire biologie bedoelt. Dat is echter een vakgebied met een zeer uitgebreide verzameling feiten, hypotheses en theorieën.Misschien kun je duidelijker aangeven bij welke aspecten jij problemen ziet met betrekking tot falsificatie?

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 13:40 schreef Terecht het volgende:
Thx voor de opheldering . Degene waarmee ik sprak zei dus ook dat evolutie een self-fulfilling prophecy is, maar dat ligt dus heel wat genuanceerder.

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 12:19 schreef Terecht het volgende:

[..]

Wel, ik sprak laatst iemand die zei dat de evolutietheorie niet falsifieerbaar is. Toen ben ik eens op zoek gegaan wat daar nou van waar is, maar van de Talkorigins FAQ ben ik nog niet echt veel wijzer geworden . Als ik het goed begrepen heb, ligt het vooral aan welke criteria je aan het begrip falsifieerbaarheid wilt toekennen of evolutionaire biologie (Darwinian evolution?) falsifieerbaar is of niet.. Klopt dit, of zit ik er gruwelijk naast? Misschien is de vraagstelling wel iets te algemeen, maar zo bekend ben ik niet met de wetenschap achter evolutie .

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 09:55 schreef Monolith het volgende:

[..]

Nature

quote:

Op maandag 30 juni 2008 17:44 schreef Triggershot het volgende:
Hoe verklaar je zelfopoffering eigenlijk evolutionair, is het een bijproduct van chemische reacties in je hoofd of heeft het een functie, mij lijkt het namelijk vooral anti natuurlijke selectie.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 17:48 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Alleen voor een individu, maar voor een levensvorm als geheel kan het wel voordelig uitpakken.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 17:50 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Dit is niet echt een verklaring, enkel een mening er over.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:03 schreef Triggershot het volgende:
Lees aub mijn vraag nog een keer.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 17:44 schreef Triggershot het volgende:
Hoe verklaar je zelfopoffering eigenlijk evolutionair, is het een bijproduct van chemische reacties in je hoofd of heeft het een functie, mij lijkt het namelijk vooral anti natuurlijke selectie.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:10 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Je stelt de vraag wel heel raar. Je vraag hoe het evolutionair zit en vervolgens begin je over het specifieke mechanisme dat een bepaald gedrag veroorzaakt. Dat laatste zal van geval tot geval verschillen.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:19 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Dat gaat meer over de overlevingskansen van de soort/familie/cultureel samenhangende unit dan over het individu.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 17:50 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Dit is niet echt een verklaring, enkel een mening er over.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:24 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Het raar vinden van iets lijkt me nogal subjectief. Hoe dan ook, niemand twijfelt aan een noodzaak aan barmhartigheid en genade bij het overleven tussen je eigen soort en in een uitgebreider extent tot andere soorten om te kunnen overleven, dat is allemaal oke & waar jouw 'verklaring' over gaaft, maar dat was de vraag niet.

Ik heb het over jezelf opofferen, je kunt je zelf alleen opofferen voor de zwakkeren anders kan ik het niet als een offer zien met offeren bedoel ik dan ook dus niet alleen de dood tegemoet zien, maar ook de dood tegemoet komen en dat is iets wat in mijn ogen tegen natuurlijke selectie is.

Omdat natuurlijke selectie stelt dat de sterkeren zullen / kunnen overleven. Bij het opofferen is het meestal de sterkeren die zich opofferen voor wezens die het nodig hebben dus behoeftigden en dus ook meteen zwakkeren.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:19 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Dat gaat meer over de overlevingskansen van de soort/familie/cultureel samenhangende unit dan over het individu.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:27 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Natuurlijke selectie gaat niet over het overleven van de sterkste, maar van de best aangepaste. (survival of the best fitted)

quote:

Hoe gedrag en genetica precies met elkaar samenhangen weet ik niet precies, maar uit onderzoek met gescheiden opgegroeide eeneiige tweelingen is gebleken dat heel veel (gedetailleerd) gedrag een duidelijke genetische component heeft.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:28 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Al is het een een vergelijking tussen 10 triljoen wezens en 1 persoon. Zelfopoffering lijkt me geen logisch instrument wat voorkomt uit natuurlijke selectie, al heb je het alleen over dat de sterkere zich opoffert voor een kudde zwakkeren.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:30 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Wat denk jij dat ik bedoel met 'sterkte' fysieke kracht ofzo? Nee, iemand die zich het beste kan aanpassen aan dreigingen van buitenaf of veranderende omstandigheden.

quote:

[..]

Hier heb iig meer aan. [ afbeelding ]

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:31 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Waarom zou het een sterkere zijn die zich voor een kudde zwakkeren opoffert?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:34 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Maar dat verschil heeft wel grote consequenties. Een individu die zich opoffert is niet "sterk" maar binnen een soort kan het wel gedrag zijn waardoor de soort als geheel beter is aangepast, en dus betere overlevingskansen heeft dan een concurrent. Zie het als het opofferen van een schaakstuk om het spel te winnen.
[..]

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:34 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Het is een verschijnsel wat je vaak ziet in onze mensenwereld en op documentaries, in onze wereld te vergelijken met een heldendaad, in het dierenrijk meestal de ouders.

Maar ja idd.. dat is de vraag' waarom'

quote:

Als het alleen liefde en barmhartigheid oke, als er een evolutionaire reden voor is, dan ook oke, maar wat.

En het een vergelijking betreft met iets kunnen opofferen / over je heen zetten / 2e groep behoeftig is voor wie je het doet etc

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:34 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Het is een verschijnsel wat je vaak ziet in onze mensenwereld en op documentaries, in onze wereld te vergelijken met een heldendaad, in het dierenrijk meestal de ouders.

Maar ja idd.. dat is de vraag' waarom'

quote:

Als het alleen liefde en barmhartigheid oke, als er een evolutionaire reden voor is, dan ook oke, maar wat.

En het een vergelijking betreft met iets kunnen opofferen / over je heen zetten / 2e groep behoeftig is voor wie je het doet etc

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:40 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Ouders hebben al kindjes en hebben hun genen dus al half doorgegeven. De volgende stap is zorgen dat het nageslacht lang genoeg overleeft om zelf genen door te geven. Als er weinig eten is is het dus voordelig als de jongeren eten krijgen, die moeten nog kindjes maken.

Bij mensen zie je dan ook vaak dat jongeren veel egoïstischer zijn dan ouderen, de jongeren "moeten " namelijk nog.
[..]

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:42 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Hoe verzoen je dat met in sommige normale en in andere uitzonderlijke gevallen waarin ouders hun jonkies opeten om te kunnen overleven?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:41 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ik bedoel meer dat je dat zo als feit stelt, terwijl dat helemaal niet het geval hoeft te zijn.
[..]

Bekijk het vanuit het oogpunt van de groep. Of beter, vanuit de stam/clan. De stam kan door het opofferen van 1 individu een betere overlevingskans hebben dan de concurrerende stam om de hoek. Dit betekend dus ook dat het nageslacht en dus de genen van het opgeofferde individu een betere kans hebben om te overleven. Ik zeg niet dat dit 'de oplossing' is. Ik zeg enkel dat het een mogelijkheid is.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:42 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Hoe verzoen je dat met in sommige normale en in andere uitzonderlijke gevallen waarin ouders hun jonkies opeten om te kunnen overleven?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:45 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Voor zover ik weet komt dat alleen voor als de jongen te jong zijn om zonder de ouders te overleven. In dat geval is het belangrijker dat de ouder overleeft om later tijdens betere tijden nog een poging tot kinderen te doen.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:48 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Zijn niet alle jonkies een vastgestelde termijn te jong om te overleven zonder ouders?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:48 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Omdat dat ook een werkend mechanisme is.

Sterke ouders kunnen misschien heel veel kindjes krijgen, sommige dieren leven meerdere jaren en kunnen meerdere keren per jaar jongen krijgen. Als er op een gegeven moment weinig voedsel is (waardoor de kindjes ook weinig kansen hebben) kan je je kinderen opeten om als ouder te overleven waardoor je iets later nog een kans krijgt om kinderen te krijgen.

Beide vormen komen voor in de natuur.

quote:

Ouders hebben al kindjes en hebben hun genen dus al half doorgegeven. De volgende stap is zorgen dat het nageslacht lang genoeg overleeft om zelf genen door te geven. Als er weinig eten is is het dus voordelig als de jongeren eten krijgen, die moeten nog kindjes maken.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:47 schreef Triggershot het volgende:


zo dan ook de vraag die eigenlijk om de hoe is en bij komt kijken waarom de weduwe haar genoot doodt na het paren?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:50 schreef SpecialK het volgende:

[..]

Nope. De mens is eigenlijk wel een extreem wezen in dat aspect met een ultra lange zoogings tijd. Meeste dieren laten de bevruchte eitjes ergens achter en peren 'em.

quote:

Zijn niet alle jonkies een vastgestelde termijn te jong om te overleven zonder ouders?

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:53 schreef Triggershot het volgende:
Het opeten van je kinderen is niet er voor zorgen dat zij in staat zijn kinderen te krijgen, noch is het opeten van je eigen kinderen een garantie dat je de kansen krijgen om een nieuwe paar kinderen te krijgen.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:55 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Mijn vraag blijft alsnog staan. Als de gemiddelde mens er 12 jaar over doet om helemaal voor zichzelf te kunnen zorgen zonder ouders en de kip gemiddeld 3 maanden en de welpen 6 maanden gemiddeld, blijft mijn vraag alsnog staan hoor.
[..]

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:54 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Na het paren is de man niet meer nodig. Als een dier op een eenvoudig instinctief en agressief niveau functioneert (zoals sommige spinnen en bid sprinkhanen) is het soms niet mogelijk om die agressie te beheersen t.o.v. soortgenoten. Er is een trigger (bv meneer spin houden de voorpoten van mevrouw spin omhoog) waardoor de agressie genoeg beheerst word om te paren, maar zodra meneer los laat word ie opgevreten. Maar na een geslaagde paring is dat niet van belang. De energie die meneer spin als voedsel oplevert word gebruikt om zijn eigen kinderen groot te brengen.

Op deze manier kan een insect met heel primitief gedrag toch voortplanten. Je kan dat zien als opoffering, maar dat is een wel heel menselijke manier van kijken.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:53 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Dan komt in dit geval toch het overleven van de ouderen voor, daar waar er geen sprake is van zelfoffering omdat er een dreiging is om te overleven, schaarsheid van voedsel zoals in jouw voorbeeld genoemd.

Ik zie dat in conflict met:
[..]

Het opeten van je kinderen is niet er voor zorgen dat zij in staat zijn kinderen te krijgen, noch is het opeten van je eigen kinderen een garantie dat je de kansen krijgen om een nieuwe paar kinderen te krijgen. Dan leek mij je eerste verklaring dat ze al half hun genen hebben doorgegeven en daarom offeringsgezind zijn logischer in de oren om eerlijk te zijn.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:53 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Dan komt in dit geval toch het overleven van de ouderen voor, daar waar er geen sprake is van zelfoffering omdat er een dreiging is om te overleven, schaarsheid van voedsel zoals in jouw voorbeeld genoemd.

Ik zie dat in conflict met:
[..]

Het opeten van je kinderen is niet er voor zorgen dat zij in staat zijn kinderen te krijgen, noch is het opeten van je eigen kinderen een garantie dat je de kansen krijgen om een nieuwe paar kinderen te krijgen. Dan leek mij je eerste verklaring dat ze al half hun genen hebben doorgegeven en daarom offeringsgezind zijn logischer in de oren om eerlijk te zijn.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:56 schreef Monidique het volgende:

[..]

Het opeten van kinderen zorgt natuurlijk voor: meer energie voor jezelf, minder energie die je in kinderen hoeft te steken en dat zorgt er dus voor dat zo'n beest weerbaarder is, de kans vergrotend dat het meer succesvolle nakomelingen kan produceren dan een zwakke concurrent.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:58 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Stel je dan heirmee dat de weduwe meest agressieve diersoort is tijdens het paren, of een van de meest agressieve soorten en dat het vaker gebeurt dat een vrouwetje haar paargenoot doodt?

quote:

Zijn wel meerdere agressieve dieren namelijk waar na het paren de mannetjes niet meer nodig zijn, met name zeedieren, maar ook niet worden opgevreten door hun paargenote.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 18:58 schreef SpecialK het volgende:

[..]

Sure als je genoegen neemt met het feit dat voor de meeste dieren (vooral niet-zoogdieren) deze termijn t=0,0 is.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 19:00 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Ja, precies. Hier zie ik een directe bevestiging en verzoening van mijn definitie van natuurlijke selectie. Overleven van de sterkeren / best aangepasten of hoe je het ook wilt noemen en associeer ik dan weer met evolutie. Maar een leeuwin die zich voor een groep van hyena's gooit zodat haar jonkies kunnen vluchten lukt me dan weer niet.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 19:00 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Ja, precies. Hier zie ik een directe bevestiging en verzoening van mijn definitie van natuurlijke selectie. Overleven van de sterkeren / best aangepasten of hoe je het ook wilt noemen en associeer ik dan weer met evolutie. Maar een leeuwin die zich voor een groep van hyena's gooit zodat haar jonkies kunnen vluchten lukt me dan weer niet.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 19:10 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Zolang jij mee neemt in je reactie dat Tuinhek het wel over een noemenswaardige termijn heeft, een periode waar er voor en nadelen zijn ten gunste/ tegen het overleven van de jonkies

quote:

Op maandag 30 juni 2008 20:23 schreef SpecialK het volgende:

[..]

Ik snap niet precies waar je op aan stuurt maar ik heb het gevoel dat we langs elkaar heen praten.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 21:06 schreef Doffy het volgende:
Trigger, evolutie werkt niet alleen op het individu, maar ook op het niveau van de groep, en meer nog op de genenpoel. Een individu heeft een set genen bij zich, die hij/zij doorgeeft bij voortplanting. Succesvolle voortplanting is dus een voortzetting van een bepaalde set 'succesvolle' genen. In dit licht is het logisch dat een individu zich soms opoffert voor groepsgenoten en (meer nog) nageslacht: het voortbestaan van de genen is immers gewaarborgd. Het ultieme voorbeeld hiervan zie je bij bijen en mieren, die allemaal nakomelingen zijn van dezelfde koningin. Ze zijn genetisch identiek, en zelf onvruchtbaar, en daarom kunnen ze zich best opofferen voor het welzijn van de groep (=koningin), die dan immers hun eigen genen kan doorgeven.

Andere vormen van altruisme zie je in sociale groepen, waaronder mensen. Altruisme is soms sociaal wenselijk gedrag (kijk naar je eigen reactie), en je daarmee bezig houden kan je dus een hogere sociale status opleveren. Ook kan het direct voordeel hebben voor de groep, als sommigen zich bezig houden met het welzijn van anderen, zodat die zich (uiteindelijk) beter voort kunnen planten. De "ratio" hierachter is dat groepsgenoten een groot deel van dezelfde genen aan boord hebben als het betreffende individu, waardoor ook op deze manier het doorgeven van genen min of meer is gewaarborgd.

quote:

Karsten, K.B. et al. (2008) A unique life history among tetrapods: An annual chameleon living mostly as an egg. PNAS, advance online publication

The c38,300 species of tetrapods (four-limbed vertebrates) almost exclusively have perennial life spans. Here, we report the discovery of a remarkable annual tetrapod from the arid southwest of Madagascar: the chameleon Furcifer labordi, with a posthatching life span of just 4–5 months.[/b] At the start of the active season (November), an age cohort of hatchlings emerges; larger juveniles or adults are not present. These hatchlings grow rapidly, reach sexual maturity in less than 2 months, and reproduce in January– February. After reproduction, senescence appears, and the active season concludes with population-wide adult death. Consequently, during the dry season, the entire population is represented by developing eggs that incubate for 8–9 months before synchronously hatching at the onset of the following rainy season. Remarkably, this chameleon spends more of its short annual life cycle inside the egg than outside of it. Our review of tetrapod longevity (>1,700 species) finds no others with such a short life span. These findings suggest that the notorious rapid death of chameleons in captivity may, for some species, actually represent the natural adult life span. Consequently, a new appraisal may be warranted concerning the viability of chameleon breeding programs, which could have special significance for species of conservation concern. Additionally, because F. labordi is closely related to other perennial species, this chameleon group may prove also to be especially well suited for comparative studies that focus on life history evolution and the ecological, genetic, and/or hormonal determinants of aging, longevity, and senescence.

quote:

Op donderdag 12 juni 2008 23:21 schreef Monolith het volgende:
Ben benieuwd hoe jullie het doen in vergelijking met de andere teams. Houd ons op de hoogte zou ik zeggen.

quote:

Op maandag 30 juni 2008 19:00 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Ja, precies. Hier zie ik een directe bevestiging en verzoening van mijn definitie van natuurlijke selectie. Overleven van de sterkeren / best aangepasten of hoe je het ook wilt noemen en associeer ik dan weer met evolutie. Maar een leeuwin die zich voor een groep van hyena's gooit zodat haar jonkies kunnen vluchten lukt me dan weer niet.

quote:

Op maandag 7 juli 2008 00:48 schreef wijsneus het volgende:


Dit is uiteraard een grove oversimplificatie van een zeer krachtig idee.

Simpel voorbeeld? Je zult eerder geneigd zijn warme gevoelens hebben voor zoogdieren dan voor, laten we zeggen, schaaldieren.

quote:

Op maandag 7 juli 2008 09:54 schreef Doffy het volgende:

[..]

En je zult je naaste familie hoger waarderen dan andere mensen, en binnen je familie zul je weer je eigen kinderen voorop stellen. Kort, bondig en scherp door de bocht: de "waardering" voor andere individuen is grofweg rechtevenredig met de hoeveelheid gedeelde genen.

quote:

Op maandag 7 juli 2008 14:57 schreef Triggershot het volgende:
Kan natuurlijke selectie in individuele gevallen en in latere termijn ook in collecftieve gevallen (clan) zo sterk zijn dat er wordt gepaard met tussen ouders en jonkies om een nieuwe generatie te zetten? Of ben ik nu gewoon onzin aan het lullen? :d

quote:

Mating with close relatives generally results in reduced reproductive success (inbreeding depression) because it increases the risk that rare deleterious recessive alleles will be expressed in offspring. None the less, incest may occur when animals have incomplete knowledge about relatedness or when the costs of avoiding inbreeding are high. Over a 17-year period, Savannah sparrows, Passerculus sandwichensis, in an island population rarely paired incestuously (9 of 1110 pairs, 15 of 1609 nesting attempts). All but one case of close inbreeding (coefficient of inbreeding, F ≥ 0.25) involved 1-year-old males breeding for the first time, whereas more than half of the cases involved females that were 3 years old or older. Father–daughter matings were avoided completely. Incest avoidance was apparent in the choice of genetic as well as social mates. Paternity analysis using microsatellites revealed that birds nearly always refrained from choosing close relatives as genetic mates. These results support a model of asymmetrical incest avoidance, which predicts differences in the likelihood of incestuous matings as a function of sex, age and relationship, even when coefficients of inbreeding are identical. The model and results also emphasize the importance of distinguishing types of inbreeding and considering the social and historical context of animals' mating choices. The model may help to explain such patterns as female-biased natal dispersal in birds.

quote:

Op maandag 7 juli 2008 14:34 schreef Monolith het volgende:

[..]

Dat is de theorie uit de populatiegenetica. Daarbij moet je echter wel een pragmatische kanttekening maken. De mens is de enige diersoort die dergelijke relaties echt duidelijk kan communiceren. Andere diersoorten zijn aangewezen op het hanteren van minder duidelijke criteria zoals bijvoorbeeld het herkennen van bepaalde uiterlijke kenmerken of simpelweg "behoort tot de groep", aangezien de leden van groepen waarin dieren leven vaak grotendeels bestaan uit familie. Daardoor zal in de praktijk bijvoorbeeld eerder een vorm van altruisme binnen een groep dieren die samenleeft dan heel specifiek een duidelijk afgewogen altruisme naar kinderen, neven en nichten, etcetera.

quote:

Op maandag 7 juli 2008 16:31 schreef Doffy het volgende:

[..]

Natuurlijk, daar heb je helemaal gelijk in. Beplak een bepaald soort eend met de kleuren van een ander soort eend en hij wordt voor soort- of zelfs groepsgenoot aangezien. De soep wordt daarom minder heet gegeten dan hij wordt opgediend.

Blijft niettemin dat ouders bereid zijn te sterven voor het welzijn van hun jongen. Of, zoals bij sommige insecten, zelfs opgegeten te worden door hun jongen. Met name die ouder-kind band is zo sterk, omdat het belang van genen (en niet individuen) zo duidelijk aan de oppervlakte komt.

quote:

Kin selection theory, also known as inclusive fitness theory, has been the subject of much debate and misunderstanding. Nevertheless, the idea that relatedness among individuals can drive the evolution of altruism has emerged as a central paradigm in evolutionary biology. Or has it? In two recent articles, E.O. Wilson argues that kin selection should no longer be considered the main explanation for the evolution of altruism in insect societies. Here, we discuss what these articles say about kin selection and how it relates to the theory. We conclude that kin selection remains the key explanation for the evolution of altruism in eusocial insects.

quote:

Kin selection is the ¾ relatedness or haplodiploidy hypothesis
versus
The haplodiploidy hypothesis is just one idea arising from kin selection theory

quote:

Kin selection suggests that relatedness is the dominant force in the evolution of social actions
versus
Kin selection theory predicts that both ecology and relatedness are important

quote:

Kin selection predicts conflict so it cannot favour altruism
versus
Kin selection theory predicts cooperation AND conflict

quote:

Support for kin selection from the study of reproductive conflict has no bearing on the evolution of altruism
versus
Kin selection is a general theory. Support in one area strengthens the theory and its application in other areas where it is relevant

quote:

Kin selection assumes no colony-level effects
versus
Kin selection models include colony-level effects, sometimes implicitly and sometimes explicitly

quote:

Kin selection is incompatible with trait-group selection thinking
versus
The two frameworks are complementary and fully compatible

quote:

Relatedness (r) and kin selection only apply to family relatedness caused by recent common ancestry
versus
The r in Hamilton's rule applies to all forms of genetic correlation among individuals, including among loci and among organisms

quote:

Uit onderzoek blijkt dat mannen opgewonden te raken van iedere vrouw.

'Als vrouw kan je alle mannen het hoofd op hol brengen, hoe je er ook uit ziet.' Veel onzekere vrouwen zullen die opmerking onmiddellijk wegwuiven en zeggen dat ze er helemaal niets van geloven. 'Mannen vallen toch alleen voor mooie vrouwen.' Toch heeft onderzoek nu echt uitgewezen dat deze gedachte helemaal niet klopt.


In een experiment met 63 mannelijke studenten werd het testosterongehalte gemeten. Ze werden alleen in een kamer gezet en na enige tijd kwam er een vrouw binnen. Het effect van het vrouwelijk bezoek was al snel duidelijk. Binnen 300 seconden steeg het te onderzoek steeg het testosteronniveau met 8 procent.

Op zich niet verrassend. Het resultaat is echter wel noemenswaardig als er wordt gekeken naar het type vrouw wat binnen liep. Een mooie vrouw zorgde namelijk niet voor meer stijging van het testosteron dan de relatief lelijke meisjes. De verklaring ligt, volgens de onderzoekers, in een puur evolutionair mechanisme. Mannen worden door hun eigen hormonen voorbereid op de paring, op het moment dat ze contact hebben met een vrouw. Welke vrouw dat is, maakt dus helemaal niets uit.Zie ook:Wie flirt, wordt geschoren

quote:

Aimed at the interested lay reader, Endless Forms Most Beautiful (the title comes from the last paragraph of Darwin's Origin of Species) is a paean to recent advances in developmental genetics, and what they may tell us about the evolutionary process. The book's centrepiece is the unexpected discovery that the genes that control the body plans of all bilateral animals, including worms, insects, frogs and humans, are largely identical. These are the 'homeobox' (Hox) genes, whose products bind to the DNA of other genes, triggering a cascade of processes that ultimately yield eyes, limbs, hearts and other complex structures.

The evolutionary conservatism of these genes across long-diverged species is staggering. Only a jaded biologist could not be astonished at the ability of the Pax-6 Hox gene from mice (which triggers eye formation) to induce in the fruitfly Drosophila the formation of fly eyes all over the body, even on the wings. Remarkably, Pax-6 helps to organize compound eyes in flies and camera eyes in both squid and vertebrates — structures once thought to have evolved independently. Another Hox gene, tinman, induces heart formation in both insects and vertebrates, and Distal-less controls the development of fly legs, fish fins and the tube feet of sea urchins.

Sean Carroll, a leader in the field of evolutionary developmental biology (evo−devo), is an adept communicator, conveying the intricacies of development in clear and lively prose. He ranges across the history of biology, linking the early concept of 'inducers' to today's more complex view of developmental networks, and explores the implications of evo−devo for the Cambrian explosion, the biology of dinosaurs, the brains of humans, and the striping of zebras.

Endless Forms Most Beautiful is a first-rate introduction to evo−devo for the scientifically curious, but its faintly self-congratulatory message — that the most important problems in understanding the evolution of development have been solved — left me feeling uncomfortable. Carroll presents his vision of the field without admitting that large parts of that vision remain controversial. I would have appreciated a caveat or two, and non-scientists may mistakenly believe that Carroll presents the scientific consensus about evolution and development.

Carroll emphasizes throughout that the evolution of animal form and complexity results from three factors. The first is modularity of organization: the ground plan of bilateral animals involves repeated segments that can evolve independently. The lobster, for example, is a veritable 'Swiss Army' crustacean, whose diverse appendages — antennae, mouthparts, claws, walking legs, swimming legs and tail — are all modified ancestral limbs. The second factor is that most animals share a small but similar set of 'tool-kit genes' that regulate the development of different modules. These genes, which produce regulatory proteins called transcription factors, are highly conserved in function; Hox genes are the canonical example.

But modularity and a shared genetic tool kit cannot by themselves account for "endless forms", because conserved genes cannot explain diversity. Carroll therefore repeatedly emphasizes his third thesis: that the main engine of evolution is not change in protein-coding genes but in the switches that control them. Changes in these switches — the promoters and enhancers in DNA that regulate the transcription of protein-coding genes — supposedly promote evolution by causing existing genes to be expressed at new times and places. This idea has been with us for a long time. Around 1970, the biologists Roy Britten, Eric Davidson and Allan Wilson were already arguing that the 'regulatory gene' is the locus of evolution, and the idea is now accepted wisdom among evo−devotees.

The evidence for this critical hypothesis, however, rests more on inference than on observation or experiment. Carroll first notes that dissimilar species can in fact be genetically similar: "Mice and humans have nearly identical sets of about 25,000 genes" and "chimps and humans are almost 99 percent identical at the DNA level. Since the sets of genes are so widely shared, how do differences arise?" His answer is the evolution of non-coding regulatory elements: whether you are a man or a mouse apparently depends solely on your promoters and enhancers. But the underlying statistics are deceptive; even a 1% difference in DNA sequence implies a substantial difference in protein sequence. We now know that humans and chimps have different amino-acid sequences in at least 55% of their proteins, a figure that rises to 95% for humans and mice. Thus we can't exclude protein-sequence evolution as an important reason why we lack whiskers and tails.

Carroll also claims that proteins are resistant to evolutionary change: they are often involved in many pathways, and therefore a change in protein sequence, while enhancing one aspect of the protein's many functions, could damage several others. In contrast, changing an enhancer or promoter can affect the expression of a single protein without altering its structure, so such changes are more likely to be adaptive. He deduces that "the evolution of 'new genes' is not the explanation for the origin of diversity of most animal groups". Rather, "it is the switches that encode instructions unique to individual species and that enable different animals to be made using essentially the same tool kit," he says. "Evolution of form is very much a matter of teaching very old genes new tricks!"

But recent data cast doubt on this argument. Humans have about 32,000 protein-coding genes, fruitflies only 13,000. Clearly, the difference between these species involves the origin of new proteins: in fact, between 40% and 50% of our protein-coding genes have no known homologues in flies. So one could argue that the evolution of form is very much a matter of teaching old genes to make new genes. And, given the data, this cannot be difficult.

There are several ways that protein structure can evolve without injurious side effects. One of the most common is gene duplication. Extra copies of a gene can arise by unequal crossing over or by reverse transcription, allowing one copy to retain its function while the other assumes a new function. This process has been a major force in evolution. A large fraction of genes (at least 39% in humans) are members of families derived from repeated duplications and diversification of ancestral genes, a process that has yielded many evolutionary novelties. These families include the globins (such as myoglobin and the various haemoglobins); immunoglobulins; opsins (which led to colour vision in Old World primates); and olfactory receptors (almost certainly involved in the evolution of a keen sense of smell in land animals). Lactalbumin, which helps to produce milk in mammals, resulted from a duplication of lysozyme, and the crystallins of our eye lenses are ultimately derived from heat-shock genes.

This 'multiply and diversify' model of molecular evolution does not depend solely on the duplication of individual genes; the evolution of tetrapods apparently involved at least two bouts of whole-genome duplication. Many evolutionists agree with the geneticist Wen-Hsiung Li's conclusion that "there is now ample evidence that gene duplication is the most important mechanism for generating new genes and new biochemical processes that have facilitated the evolution of complex organisms from primitive ones". Carroll, however, seems too enamoured of his 'regulation is all' thesis to consider this alternative view.

There are other ways beside gene duplication that proteins have evolved adaptively. These include gene conversion, recruitment of genes to new functions (responsible for creating the antifreeze glycoproteins that allow fish to live in frigid waters), exon shuffling (involved in the evolution of blood clotting factors) and the addition of transposable elements to coding sequences. Finally, and simplest of all, we have many examples of adaptive changes of protein sequence between closely related species, including differences in the coat colour of mice, the digestive enzymes of herbivores, and the haemoglobins of high-altitude birds and mammals.

In contrast, the evidence for the adaptive divergence of gene switches is still thin. The best case involves the loss of protective armour and spines in sticklebacks, both due to changes in regulatory elements. But these examples represent the loss of traits, rather than the origin of evolutionary novelties. Carroll also gives many cases of different expression patterns of Hox genes associated with the acquisition of new structures (such as limbs, insect wings and butterfly eyespots), but these observations are only correlations. One could even argue that they are trivial. Given the centrality of Hox genes in development, it is almost inevitable that such genes are involved in the evolution of a new trait. Carroll's correlations, however, do not compel us to believe that changes in these genes are the key factor in the evolution of such traits. We now know that Hox genes and other transcription factors have many roles besides inducing body pattern, and their overall function in development — let alone in evolution — remains murky.

In the end, we simply don't know the relative importance of protein and non-protein changes in creating biological diversity. In many cases, both must have evolved in tandem, as different members of gene families are often expressed in different tissues or at different times. For example, the protein sequence of fetal gamma-haemoglobin evolved adaptively to wrest oxygen from the mother's blood, but its gene is turned off after birth, probably by new regulators. Carroll's emphasis on gene switches may prove correct, but this awaits the labours of the next generation of biologists.

Although Endless Forms Most Beautiful is a lucid and valuable summary of evo−devo, it does proclaim a clever but still unproved hypothesis as central to the evolutionary process. As Carroll himself notes: "Simplification may indeed be necessary for news articles, but it can distort the more complex and subtle realities of evolutionary patterns and mechanisms

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 13:40 schreef Terecht het volgende:
Thx voor de opheldering . Degene waarmee ik sprak zei dus ook dat evolutie een self-fulfilling prophecy is, maar dat ligt dus heel wat genuanceerder.

quote:

Niet falsifieerbare theorieën zijn vaak hele grote en ingewikkelde theorieën waar veel aspecten bij komen kijken. Een theorie die niet weerlegt kan worden lijkt heel sterk maar dat is het juist niet want het is heel makkelijk om zo'n theorie te bedenken. Als er wordt beweerd dat wij mensen worden bestuurd door aliens uit mars kan dat niet weerlegd worden waardoor het dus geen wetenschappelijke theorie is. Nog een ander voorbeeld is de evolutietheorie.

quote:

Op donderdag 31 juli 2008 21:03 schreef Iblis het volgende:
Deze bewerking van nummer 5804671 is het geweest. Tamelijk matige edit inderdaad, en bovendien ook behoorlijk onjuist.

quote:

Op donderdag 31 juli 2008 21:33 schreef One_of_the_few het volgende:

[..]

Het komt er ook zo apart achteraan geplakt.

Snap niet wat een universiteit met een editbare versie moet als je er tentamenvragen aan ontleent. Beetje vreemd.

quote:

Op donderdag 31 juli 2008 22:02 schreef Iblis het volgende:

[..]

Is dat zo? Dat is echt een beetje suf. Maar ik mag hopen dat de docent wel als een soort filter dient?

quote:

Tentamenvraag

Stelling 1: Vampiers bestaan.

Stelling 2: Als je dood gaat ga je naar de hemel.

Stelling 3: Bomen voelen geen pijn.


Welk van bovenstaande stellingen is een falsifieerbare stelling?

a)stelling 1 is niet falsifieerbaar
b)stelling 2 is niet falsifieerbaar
c)stelling 3 is niet falsifieerbaar

quote:

Op donderdag 31 juli 2008 23:34 schreef One_of_the_few het volgende:

[..]

Dat van die filter mag ik ook hopen.
http://www.test.uva.nl/wiki/index.php?title=Falsificeerbaarheid is de link. Lijkt toch erg veel erop dat de UvA er mee verbonden is.
Zeker als je het volgende gedeelte leest:
[..]

Maar ja, ik ga er wel beginnen 1 september, hoogst waarschijnlijk.

quote:

Op zondag 3 augustus 2008 17:45 schreef Monolith het volgende:

[..]

De pagina lijkt inmiddels weer ge-edit. Die stellingen zijn wel wat vreemd trouwens. Een stelling in de algemene vorm van 'X bestaat' is in principe niet falsificeerbaar. Indien je aan 'Als je dood gaat ga je naar de hemel.' geen naturalistische eigenschappen toekent, dan is die ook niet falsificeerbaar. Bij 'bomen voelen geen pijn' hangt het ook weer af van of je het gevoel 'pijn' wilt koppelen aan de naturalistische aspecten die we waarnemen bij een pijnsensatie.

quote:

Complete Neandertal mitochondrial genome sequenced from 38,000-year-old bone

A study reported in the August 8th issue of the journal Cell, a Cell Press publication, reveals the complete mitochondrial genome of a 38,000-year-old Neandertal. The findings open a window into the Neandertals' past and helps answer lingering questions about our relationship to them.

" For the first time, we've built a sequence from ancient DNA that is essentially without error," said Richard Green of Max-Planck Institute for Evolutionary Anthropology in Germany.

The key is that they sequenced the Neandertal mitochondria—powerhouses of the cell with their own DNA including 13 protein-coding genes—nearly 35 times over. That impressive coverage allowed them to sort out those differences between the Neandertal and human genomes resulting from damage to the degraded DNA extracted from ancient bone versus true evolutionary changes.

Although it is well established that Neandertals are the hominid form most closely related to present-day humans, their exact relationship to us remains uncertain, according to the researchers. The notion that Neandertals and humans may have "mixed" is still a matter of some controversy.

Analysis of the new sequence confirms that the mitochondria of Neandertal's falls outside the variation found in humans today , offering no evidence of admixture between the two lineages although it remains a possibility. It also shows that the last common ancestor of Neandertals and humans lived about 660,000 years ago, give or take 140,000 years .

Of the 13 proteins encoded in the mitochondrial DNA, they found that one, known as subunit 2 of cytochrome c oxidase of the mitochondrial electron transport chain or COX2, had experienced a surprising number of amino acid substitutions in humans since the separation from Neandertals. While the finding is intriguing, Green said, it's not yet clear what it means.

" We also wanted to know about the history of the Neandertal's themselves," said Jeffrey Good, also of the Max-Planck Institute. For instance, the new sequence information revealed that the Neandertal's have fewer evolutionary changes overall, but a greater number that alter the amino acid building blocks of proteins. One straightforward interpretation of that finding is that the Neandertal's had a smaller population size than humans do, which makes natural selection less effective in removing mutations.

That notion is consistent with arguments made by other scientists based upon the geological record, said co-author Johannes Krause. "Most argue there were a few thousand Neandertals that roamed over Europe 40,000 years ago." That smaller population might have been the result of the smaller size of Europe compared to Africa. The Neandertals also would have had to deal with repeated glaciations, he noted.

" It's still an open question for the future whether this small group of Neandertals was a general feature, or was this caused by some bottleneck in their population size that happened late in the game?" Green said. Ultimately, they hope to get DNA sequence information for Neandertals that predated the Ice Age, to look for a signature that their populations had been larger in the past.

Technically, the Neandertal mitochondrial genome presented in the new study is a useful forerunner for the sequencing of the complete Neandertal nuclear genome, the researchers said, a feat that their team already has well underway.

quote:

Op zondag 3 augustus 2008 17:56 schreef LB06 het volgende:

[..]

Is het niet zo dat de bewering 'X bestaat' falsificeerbaar is via de antagonist van die stelling? 'X bestaat' is juist of niet juist. Als die stelling juist is, is de antagonist per definitie onjuist en vice versa. Een de stelling 'X bestaat niet' is juist hartstikke falsificeerbaar. Alles wat je hoeft te doen is een vampier van de straat te plukken.

Ergo, 'X bestaat' is wel falsificeerbaar middels de antagonistische werking van de logica.

quote:

Op donderdag 7 augustus 2008 23:54 schreef barthol het volgende:
wat Ancient DNA nieuws:
(NB het gaat uiteraard over Mt-Dna, maar ook al is het slechts het Mt-Dna, dat het volledige Mt-genoom
van een neanderthaler in kaart is gebracht is wel nieuws.)
[..]

Public Release

quote:

Op donderdag 7 augustus 2008 23:54 schreef barthol het volgende:
wat Ancient DNA nieuws:
(NB het gaat uiteraard over Mt-Dna, maar ook al is het slechts het Mt-Dna, dat het volledige Mt-genoom
van een neanderthaler in kaart is gebracht is wel nieuws.)
[..]

Public Release

quote:

Op vrijdag 8 augustus 2008 13:18 schreef wijsneus het volgende:
Yes - very cool indeed.

Op het Rtl4 nieuws hadden ze het trouwens over 'het dna' van de neanderthaler. Of dat is een bewuste versimplificering, of ze snappen er zelf geen bal van.

quote:

Op vrijdag 8 augustus 2008 13:18 schreef wijsneus het volgende:
Yes - very cool indeed.

Op het Rtl4 nieuws hadden ze het trouwens over 'het dna' van de neanderthaler. Of dat is een bewuste versimplificering, of ze snappen er zelf geen bal van.

Waar ik geen subscribtion voor heb.

quote:

Macaques make democratic decisions
21 August 2008
Devin Powell
Magazine issue 2670

Ants and bees are well known for their collective decision-making. Now the first evidence is rolling in to back up the theoretical models that mammals such as monkeys and deer can also reach decisions in a democratic way.

Odile Petit of the National Centre of Scientific Research in Strasbourg, France, studied Tonkean macaques native to Indonesia. For four months, she filmed two groups of 10 and 22 animals in an enclosed park.

Petit noticed that a group's motivation to move always began with a single animal. It would advance 1 to 5 metres, glance back, and wait. Other animals then followed, eventually drawing in the whole group. Rarely, two monkeys might try to pull the group in opposing directions - one aiming for food, and the other for rest, for example. The remaining macaques then started to line up behind their chosen leader. To avoid splitting the ...

quote:

Maximaal benut

Petit stelt in haar studie echter dat het keuzesysteem van de makaken evolutionaire voordelen biedt. Het democratische model van de apen zou ervoor zorgen dat het inzicht en de ervaring van alle groepsleden maximaal wordt benut.

quote:

Op zondag 7 september 2008 22:25 schreef wijsneus het volgende:
Yale Researchers Find “Junk DNA” May Have Triggered Key Evolutionary Changes in Human Thumb and Foot

O jee - de term 'junk Dna' wordt weer eens gebruikt. Het wachten is op de creationisten die met hun opgeheven vingertjes gaan staan roepen dat het allemaal dus wel geschapen moet zijn...

quote:

The loci of evolution: how predictable is genetic evolution?
Stern, D.L. and Orgogozo, V. (2008)
Evolution Volume 62, Issue 9, Pages 2155-2177


Abstract
Is genetic evolution predictable? Evolutionary developmental biologists have argued that, at least for morphological traits, the answer is a resounding yes. Most mutations causing morphological variation are expected to reside in the cis-regulatory, rather than the coding, regions of developmental genes. This "cis-regulatory hypothesis" has recently come under attack. In this review, we first describe and critique the arguments that have been proposed in support of the cis-regulatory hypothesis. We then test the empirical support for the cis-regulatory hypothesis with a comprehensive survey of mutations responsible for phenotypic evolution in multicellular organisms. Cis-regulatory mutations currently represent approximately 22% of 331 identified genetic changes although the number of cis-regulatory changes published annually is rapidly increasing. Above the species level, cis-regulatory mutations altering morphology are more common than coding changes. Also, above the species level cis-regulatory mutations predominate for genes not involved in terminal differentiation. These patterns imply that the simple question "Do coding or cis-regulatory mutations cause more phenotypic evolution?" hides more interesting phenomena. Evolution in different kinds of populations and over different durations may result in selection of different kinds of mutations. Predicting the genetic basis of evolution requires a comprehensive synthesis of molecular developmental biology and population genetics.

Conclusion
In the absence of a population genetics framework, evolutionary developmental biologists have inferred from (1) our current understanding of gene regulatory networks, (2) our understanding of gene structure and function, and (3) the extensive conservation of developmental genes, that mutations in the cis-regulatory regions of developmental patterning genes are likely to underlie most of phenotypic evolution. However, no single argument proposed so far provides definitive proof that cis-regulatory mutations constitute the predominant cause of phenotypic evolution. By considering development and population genetics simultaneously, a survey of published data suggests that patterns of genetic evolution are not entirely obscured by historical contingency. Population genetics and development must be considered simultaneously to make sense of the data.

It may be unhelpful to pose the coding versus cis-regulatory debate as a quantitative question: do coding changes explain more of phenotypic evolution than cis-regulatory changes? It may be more productive to turn the question around and ask what kinds of phenotypic changes are expected from particular coding versus cis-regulatory changes in specific genes. As we show, patterns in the currently available data imply that morphological and physiological traits are caused by different frequencies of coding and cis-regulatory changes. This is consistent with our molecular understanding of how coding and cis-regulatory changes might influence physiology and morphology.

We also found that different spectra of evolutionarily relevant mutations segregate within populations and between species. Interspecific differences in morphology seem to be more often caused by cis-regulatory changes than intraspecific variation. This result is not predicted by a traditional neo-Darwinian view of the contribution of intraspecific variation to interspecific differences. Instead, it appears that evolution over longer time scales results in fixation of a specific subset of the genetic variation contributing to intraspecific phenotypic variation.

By fusing developmental and evolutionary genetics, evolutionary biologists may be able to predict, in a probabilistic sense, the mutations underlying phenotypic evolution. Fortunately, scientists are rapidly identifying the genetic causes of phenotypic evolution, providing abundant data for testing new predictions about the genetic basis of evolution.

quote:

New Ant Species Discovered In The Amazon Likely Represents Oldest Living Lineage Of Ants

A new species of blind, subterranean, predatory ant discovered in the Amazon rainforest by University of Texas at Austin evolutionary biologist Christian Rabeling is likely a descendant of the very first ants to evolve.

The new ant is named Martialis heureka, which translates roughly to "ant from Mars," because the ant has a combination of characteristics never before recorded. It is adapted for dwelling in the soil, is two to three millimeters long, pale, and has no eyes and large mandibles, which Rabeling and colleagues suspect it uses to capture prey.

The ant also belongs to its own new subfamily, one of 21 subfamilies in ants. This is the first time that a new subfamily of ants with living species has been discovered since 1923 (other new subfamilies have been discovered from fossil ants).

Rabeling says his discovery will help biologists better understand the biodiversity and evolution of ants, which are abundant and ecologically important insects.

"This discovery hints at a wealth of species, possibly of great evolutionary importance, still hidden in the soils of the remaining rainforests," writes Rabeling and his co-authors in a paper reporting their recent discovery in the Proceedings of the National Academy of Sciences.

Rabeling collected the only known specimen of the new ant species in 2003 from leaf-litter at the Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária in Manaus, Brazil.

He and his colleagues found that the ant was a new species, genus and subfamily after morphological and genetic analysis. Analysis of DNA from the ant's legs confirmed its phylogenetic position at the very base of the ant evolutionary tree.

Ants evolved over 120 million years ago from wasp ancestors. They probably evolved quickly into many different lineages, with ants specializing to lives in the soil, leaf-litter or trees, or becoming generalists.

"This discovery lends support to the idea that blind subterranean predator ants arose at the dawn of ant evolution," says Rabeling, a graduate student in the ecology, evolution and behavior program.

Rabeling does not suggest that the ancestor to all ants was blind and subterranean, but that these adaptations arose early and have persisted over the years.

"Based on our data and the fossil record, we assume that the ancestor of this ant was somewhat wasp-like, perhaps similar to the Cretaceous amber fossil Sphecomyrma, which is widely known as the evolutionary missing link between wasps and ants," says Rabeling.

He speculates that the new ant species evolved adaptations over time to its subterranean habitat (for example, loss of eyes and pale body color), while retaining some of its ancestor's physical characteristics.

"The new ant species is hidden in environmentally stable tropical soils with potentially less competition from other ants and in a relatively stable microclimate," he says. "It could represent a 'relict' species that retained some ancestral morphological characteristics."

quote:

Op zondag 28 september 2008 19:28 schreef digitaLL het volgende:
In het volgende filmpje een experiment met een chimp. Hij onthoudt een reeks van 9 getallen willekeurig verspreid feilloos binnen een fractie van een seconde. Mensen hebben enkele seconden nodig en hebben met 5 getallen al moeite en doen het zeker niet foutloos.

The human ape 6/10

In een ander fragment van deze docu is ook te zien dat kinderen erg vatbaar zijn voor mythologie een nutteloze handeling bijvoorbeeld repeteren ze zonder kritisch te zijn, een chimp daarentegen doorziet dat en slaat zo'n handeling over.

The human ape 4/10
The human ape 5/10

quote:

In an outing in the Georgia woods, Kanzi touched the symbols for "marshmallows" and "fire." "Given matches and marshmallows, Kanzi snapped twigs for a fire, lit them with the matches and toasted the marshmallows on a stick."

Paul Raffaele, at Savage-Rumbaugh's request, performed a Maori War Dance for the Bonobos. This dance includes thigh-slapping, chest-thumping, and hollering. Almost all the bonobos present interpreted this as an aggressive display, and reacted with loud screams, tooth-baring, and pounding the walls and floor. All but Kanzi, who remained perfectly calm, and conveyed in Bonobo language (interpreted by Savage-Rumbaugh to Raffaele) that he knew that no threat was meant, but that the performance should be apart from the other bonobos so as not to upset them. So a private performance in another room was successfully, peacefully and happily carried out.

Sue Savage-Rumbaugh has observed Kanzi in communication to his sister. In this experiment, Kanzi was kept in a separate room of the Great Ape Project and shown some yogurt. Kanzi started vocalizing the word "yogurt" in an unknown "language"; his sister, who could not see the yogurt, then pointed to the lexigram for yogurt.

Kanzi's accomplishments also include tool use and tool crafting. Kanzi is an accomplished stone tool maker and is quite proud of his ability to flake Oldowan style cutting knives. He learned this skill from Dr. Nick Toth, who is an anthropologist with the Stone Age Institute in Bloomington, Indiana. The stone knives Kanzi creates are very sharp and can cut animal hide and thick ropes.

quote:

The Origin and Evolution of Religious Prosociality
Ara Norenzayan* and Azim F. Shariff

We examine empirical evidence for religious prosociality, the hypothesis that religions facilitate costly behaviors that benefit other people. Although sociological surveys reveal an association between self-reports of religiosity and prosociality, experiments measuring religiosity and actual prosocial behavior suggest that this association emerges primarily in contexts where reputational concerns are heightened.
Experimentally induced religious thoughts reduce rates of cheating and increase altruistic behavior among anonymous strangers. Experiments demonstrate an association between apparent profession of religious devotion and greater trust. Cross-cultural evidence suggests an association between the cultural presence of morally concerned deities and large group size in humans. We synthesize converging evidence from various fields for religious prosociality, address its specific boundary conditions, and point to unresolved questions and novel predictions.

[..]

Conclusions, Outstanding Questions, and Future Directions

Many religious traditions around the world explicitly encourage the faithful to be unconditionally prosocial (1, 2); yet, theoretical considerations and empirical evidence indicate that religiously socialized individuals should be, and are, much more discriminating in their prosociality (2). Although empathy and compassion as social-bonding emotions do exist and may play a role in prosocial acts of religious and nonreligious individuals some of the time (41), there is little direct evidence to date that such emotions are systematically implicated in religious prosociality.

The preponderance of the evidence points to religious prosociality being a bounded phenomenon. Religion's association with prosociality is most evident when the situation calls for maintaining a favorable social reputation within the ingroup. When thoughts of morally concerned deities are cognitively salient, an objectively anonymous situation becomes nonanonymous and, therefore, reputationally relevant, or alternatively, such thoughts activate prosocial tendencies because of a prior mental association. This could occur when such thoughts are induced experimentally or in naturalistic religious situations, such as when people attend religious services or engage in ritual performance. This explains why the religious situation is more important than the religious disposition in predicting prosocial behavior.

Although religions continue to be powerful facilitators of prosociality in large groups, they are not the only ones. The cultural spread of reliable secular institutions, such as courts, policing authorities, and effective contract-enforcing mechanisms, although historically recent, has changed the course of human prosociality. Consequently, active members of modern secular organizations are at least as likely to report donating to charity as active members of religious ones (42). Supporting this conclusion, experimentally induced reminders of secular moral authority had as much effect on generous behavior in an economic game as reminders of God (27), and there are many examples of modern, large, cooperative, and not very religious societies (such as those in Western and Northern Europe), that, nonetheless, retain a great degree of intragroup trust and cooperation (43).

Any one study we have discussed can be subject to alternative accounts; therefore, specific evidence should be interpreted with caution. Nevertheless, convergent evidence is emerging from several disciplines using different methods and procedures that supply different pieces of the religious prosociality puzzle. Despite the recent scientific progress in explaining the effects of religion on prosociality, open and important questions remain. In particular, more research is needed to address the costliness of religious and nonreligious rituals, and few studies have attempted to quantify these costs in relation to prosocial behavior. The finding that religiosity evokes greater trust underscores the need for more experimental and theoretical research, including mathematical modeling, to establish the specific conditions under which costly religious commitment could evolve as a stable individual strategy and whether these models need to take into account intergroup competition. More broadly, the extent to which religion is implicated in human cooperation, and the precise sequence of evolutionary developments in religious prosociality, remain open to lively scientific debate. Further progress on these issues will require concerted collaboration among historians, archaeologists, social scientists, and evolutionary biologists.

In recent years, moral psychology has received a great deal of scientific attention (44), and although most of the studies reviewed here concern behavioral outcomes, the relation between religious prosociality and moral intuitions and reasoning is ripe for further investigation. More direct research on the possible role of prosocial motivations, such as empathy and compassion, in religious prosociality are needed. Finally, we have seen that religious prosociality is not extended indiscriminately; the "dark side" of within-group cooperation is between-group competition and conflict (45). The same mechanisms involved in ingroup altruism may also facilitate outgroup antagonism. This is an area of no small debate, but scientific attention is needed to examine precisely how individuals and groups determine who are the beneficiaries of religious prosociality, and who its victims.

quote:

Humans will not evolve further, says geneticist

By John von Radowitz, PA Science Correspondent
Tuesday, 7 October 2008

Human evolution is grinding to a halt, according to a leading genetics expert.

The gloomy message from Professor Steve Jones is: this is as good as it gets.

Professor Jones, from the Department of Genetics, Evolution and Environment at University College London, believes the mechanisms of evolution are winding down in the human race.

At least in the developed world, humans are now as close to utopia as they are ever likely to be, he argues.

Speaking at a UCL Lunch Hour Lecture in London, Professor Jones said there were three components to evolution - natural selection, mutation and random change.

He said: "In ancient times half our children would have died by the age of twenty. Now, in the Western world, 98 per cent of them are surviving to the age of 21. Our life expectancy is now so good that eliminating all accidents and infectious diseases would only raise it by a further two years. Natural selection no longer has death as a handy tool."

Mutation rate was also slowing down, he said.

Although chemicals and radioactive pollution could cause genetic changes, one of the most important mutation triggers was advanced age in men.

"Perhaps surprisingly, the age of reproduction has gone down - the mean age of male reproduction means that most conceive no children after the age of 35," said Prof Jones. "Fewer older fathers means that if anything, mutation is going down."

Random alterations to the human genetic blueprint were also less likely in a world that had become an ethnic melting pot, according to Prof Jones.

He said: "Humans are 10,000 times more common than we should be, according to the rules of the animal kingdom, and we have agriculture to thank for that. Without farming, the world population would probably have reached half a million by now - about the size of the population of Glasgow.

"Small populations which are isolated can change - evolve - at random as genes are accidentally lost. Worldwide, all populations are becoming connected and the opportunity for random change is dwindling. History is made in bed, but nowadays the beds are getting closer together. Almost everywhere, inbreeding is becoming less common. In Britain, one marriage in fifty or so is between members of a different ethnic group, and the country is one of the most sexually open in the world. We are mixing into a global mass, and the future is brown."

He added: "So, if you are worried about what utopia is going to be like, don't; at least in the developed world, and at least for the time being, you are living in it now.

quote:

Ongoing Adaptive Evolution of ASPM, a Brain Size Determinant in Homo sapiens
Nitzan Mekel-Bobrov,1,2 Sandra L. Gilbert,1 Patrick D. Evans,1,2 Eric J. Vallender,1,2 Jeffrey R. Anderson,1 Richard R. Hudson,3 Sarah A. Tishkoff,4 Bruce T. Lahn1*

The gene ASPM (abnormal spindle-like microcephaly associated) is a specific regulator of brain size, and its evolution in the lineage leading to Homo sapiens was driven by strong positive selection. Here, we show that one genetic variant of ASPM in humans arose merely about 5800 years ago and has since swept to high frequency under strong positive selection. These findings, especially the remarkably young age of the positively selected variant, suggest that the human brain is still undergoing rapid adaptive evolution

quote:

Recent acceleration of human adaptive evolution
John Hawks, Eric T. Wang, Gregory M. Cochran, Henry C. Harpending , and Robert K. Moyzis

Genomic surveys in humans identify a large amount of recent positive selection. Using the 3.9M HapMap SNP dataset, we found that selection has accelerated greatly during the last 40,000 years. We tested the null hypothesis that the observed age distribution of recent positively selected linkage blocks is consistent with a constant rate of adaptive substitution during human evolution. We show that a constant rate high enough to explain the number of recently selected variants would predict (1) site heterozygosity at least tenfold lower than is observed in humans, (2) a strong relationship of heterozygosity and local recombination rate, which is not observed in humans, (3) an implausibly high number of adaptive substitutions between humans and chimpanzees, and (4) nearly 100 times the observed number of high-frequency LD blocks. Larger populations generate more new selected mutations, and we show the consistency of the observed data with the historical pattern of human population growth. We consider human demographic growth to be linked with past changes in human cultures and ecologies. Both processes have contributed to the extraordinarily rapid recent genetic evolution of our species.

quote:

Jones excludes gene flow, one of the usual four mechanisms of evolution -- this allows him later to argue that population mixing is a sign of evolution stopping, when in fact it is evolution.

quote:

Researchers have found a possible new route taken by early modern humans as they expanded out of Africa to colonise the rest of the world.

A study published in the journal PNAS proposes a "wet corridor" through Libya for ancient human migrations.
Rivers once flowed from the central Saharan watershed all the way to the Mediterranean, the team explains.
This might have enabled modern humans to spread beyond their ancestral homeland about 120,000 years ago. The Sahara then covered most of North Africa, as it does now. So it would have presented a formidable obstacle for early modern humans wishing to cross from the south to the north of the continent.

Researchers had previously focused on the Nile Valley as the principal route of dispersal into other continents by early representatives of our species. Previous data show there was increased rainfall across the southern part of the Sahara between 130,000 and 170,000 years ago; in a gap between Ice Ages known as the last interglacial period.

The researchers, from the universities of Bristol, Southampton, Oxford, Hull and Tripoli in Libya, investigated whether these wetter conditions had reached a lot further north than previously thought. Radar images from space revealed fossil river channels crossing the Sahara in Libya, flowing north from the central Saharan watershed to the Mediterranean coast. Using geochemical tests, the scientists showed the channels were active during the last interglacial. This would have created vital water courses across an otherwise arid region, the researchers write in PNAS.

The central Saharan watershed is a range of volcanic mountains formerly considered to be the limit of this wetter region. Researchers analysed the forms, or isotopes, of different chemical elements in snail shells from two sites in the fossil river channels and from the shells of planktonic microfossils in the Mediterranean.
Despite being hundreds of kilometres from the volcanic rocks of the Saharan watershed, the tests revealed a distinct volcanic signature to these shells, which was quite different to rocks from surrounding sites. The scientists concluded that water flowing from the volcanic mountains of the central Sahara was the only possible source of this signature.

"It's a possible route that the early modern humans could have taken," lead author Anne Osborne, from the earth sciences group at Bristol, told BBC News. Similarities in the style of stone tools being made in Chad and Sudan with those manufactured in Libya during this key period, lend the theory some support, say the scientists. "We now need to focus archaeological fieldwork around the large drainage channels an palaeo-lakes to test these ideas," said co-author Dr Nick Barton, from the University of Oxford. Although it is unclear which routes they took to get there, Homo sapiens had reached the Levant by around 100,000 years ago, where their remains are known from Es Skhul and Qafzeh in Israel.

However, this appears to have been an early, failed foray outside Africa by modern humans. By 75,000 years ago, Neanderthals had replaced our species in the region.

Then, about 45,000 years ago, modern humans reoccupied the area. Genetic evidence suggests that populations living outside Africa today are the descendents of a migration which originated in the east of the continent between 60-70,000 years ago. Some of these pioneers probably crossed the Red Sea at the Bab-el-Mandab straits, taking them from the Horn of Africa across to the Arabian Peninsula.

quote:

Zhang, F. et al. (2008) A bizarre Jurassic maniraptoran from China with elongate ribbon-like feathers. Nature, 455, 1105-1108.

Recent coelurosaurian discoveries have greatly enriched our knowledge of the transition from dinosaurs to birds, but all reported taxa close to this transition are from relatively well known coelurosaurian groups1, 2, 3. Here we report a new basal avialan, Epidexipteryx hui gen. et sp. nov., from the Middle to Late Jurassic of Inner Mongolia, China. This new species is characterized by an unexpected combination of characters seen in several different theropod groups, particularly the Oviraptorosauria. Phylogenetic analysis shows it to be the sister taxon to Epidendrosaurus 4, 5, forming a new clade at the base of Avialae6. Epidexipteryx also possesses two pairs of elongate ribbon-like tail feathers, and its limbs lack contour feathers for flight. This finding shows that a member of the avialan lineage experimented with integumentary ornamentation as early as the Middle to Late Jurassic, and provides further evidence relating to this aspect of the transition from non-avian theropods to birds.

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 02:48 schreef FrXx het volgende:
Ik geloof niet in evolutie, te weinig concreet bewijs.

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 09:10 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

http://evolution.berkeley(...)wse2.php?topic_id=46

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 02:48 schreef FrXx het volgende:
Ik geloof niet in evolutie, te weinig concreet bewijs.

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 16:58 schreef Iblis het volgende:

[..]

Wat wil je concreter dan:

DNA

Morfologische overeenkomsten (hangt natuurlijk samen met het vorige)

Fossielen

De mogelijkheid om kunstmatige selectie toe te passen en soorten te veredelen

Het aantreffen van diersoorten die bij de omgeving passen (b.v. witte ijsberen, roggen met de ogen aan de bovenkant van het hoofd etc.) Als er geen evolutie zou zijn zouden dieren veel statischer moeten zijn, en daar het klimaat aardig veranderd is in de afgelopen miljoenen jaren zou je wat dat betreft wel wat 'mismatches' moeten hebben.

Uitgestorven dieren, maar nog steeds een grote variëteit aan soorten – als er geen evolutie zou zijn, hoe zouden er dan nieuwe soorten ontstaan?

Dit rijtje is nog niet eens uitputtend.

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 17:52 schreef Aslama het volgende:
Vertel mij maar de evolutie van het DNA van niets tot een paar miljard baseparen die samen de code vormen voor een species. Ja in je eigen woord :-)
[..]

quote:

Op zondag 26 oktober 2008 17:52 schreef Aslama het volgende:
Vertel mij maar de evolutie van het DNA van niets tot een paar miljard baseparen die samen de code vormen voor een species. Ja in je eigen woord :-)
[..]

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 09:41 schreef Monolith het volgende:

[..]

Dat is net zoiets als vragen om het exacte verhaal van elke vermoorde jood in WOII als 'bewijs voor de holocaust'.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 19:18 schreef Aslama het volgende:

[..]

Beschrijf dan alleen van wat al zo duidelijk is van het bewijs van de evolutie op het gebied van het DNA. Dit moet toch niet zo moeilijk zijn daar de evolutie overduidelijk is bewezen.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 19:21 schreef Doffy het volgende:

[..]

Dit topic is daar niet voor bedoeld. Ga ajb ergens anders heen.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 20:15 schreef Aslama het volgende:

[..]

Oh jammer, ik ga al ..

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 19:18 schreef Aslama het volgende:

[..]
Beschrijf dan alleen van wat al zo duidelijk is van het bewijs van de evolutie op het gebied van het DNA. Dit moet toch niet zo moeilijk zijn daar de evolutie overduidelijk is bewezen.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 21:39 schreef Monolith het volgende:
@Doffy: Op zich is er wel plek voor vragen over evolutie in dit topic, zolang creationistische geleuter maar achterwege blijft.

quote:

[..]

"Evolutie op het gebied van DNA" is een beetje vreemde term, aangezien dat nou eigenlijk precies is wat evolutie inhoudt, namelijk verandering in het DNA, die vervolgens onder invloed van omgevingsfactoren resulteren in fenotypische veranderingen. Vele mechanismen zijn bekend, op basis van allerlei technieken wordt het DNA van verschillende soorten vergeleken om te kijken hoe de evolutie precies heeft plaatsgevonden (wanneer zijn soorten afgesplitst, etcetera), binnen de menselijke soort zijn allerlei verschillen bekend zoals bijvoorbeeld het ontstaan van lactosetolerantie door mutaties in gebieden waar veel melk werd gedronken, geevolueerde resistentie tegen epidemische ziektes, enzovoort. HIV is bijvoorbeeld zelf ook weer een interessant studie onderwerp aangezien het snel evolueert.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 22:15 schreef Aslama het volgende:
Het lijkt me duidelijk dat het DNA zelf niet het bewijs van evolutie is: ALS het DNA evolueert DAN evolueert het organisme, omdat het DNA de code is van het organisme.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 22:24 schreef Papierversnipperaar het volgende:
Dit topic was zich aan het ontwikkelen (evolueren ) als een Evolutie-nieuws-topic. Is het voor het overzicht niet prettig om een apart discussie topic te hebben?

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 22:19 schreef Triggershot het volgende:
Als users hier niet aan mee werken worden ze of naar buiten geëscorteerd of is dat het einde van deze reeks.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 22:15 schreef Aslama het volgende:

[..]

Laten we het wetenschappelijk houden.

quote:

[..]

Wat ik vroeg was de evolutie van het DNA: van niets tot miljarden baseparen die samen de code van het organisme vormen.
-Hoe kwamen de eerste baseparen tot stand.

quote:

The two ages of the RNA world, and the transition to the DNA world: a story of viruses and cells

Most evolutionists agree to consider that our present RNA/DNA/protein world has originated from a simpler world in which RNA played both the role of catalyst and genetic material. Recent findings from structural studies and comparative genomics now allow to get a clearer picture of this transition. These data suggest that evolution occurred in several steps, first from an RNA to an RNA/protein world (defining two ages of the RNA world) and finally to the present world based on DNA. The DNA world itself probably originated in two steps, first the U-DNA world, following the invention of ribonucleotide reductase, and later on the T-DNA world, with the independent invention of at least two thymidylate synthases. Recently, several authors have suggested that evolution from the RNA world up to the Last Universal Cellular Ancestor (LUCA) could have occurred before the invention of cells. On the contrary, I argue here that evolution of the RNA world taken place in a framework of competing cells and viruses (preys, predators and symbionts). I focus on the RNA-to-DNA transition and expand my previous hypothesis that viruses played a critical role in the emergence of DNA. The hypothesis that DNA and associated mechanisms (replication, repair, recombination) first evolved and diversified in a world of DNA viruses infecting RNA cells readily explains the existence of viral-encoded DNA transaction proteins without cellular homologues. It also potentially explains puzzling observations from comparative genomic, such as the existence of two non-homologous DNA replication machineries in the cellular world. I suggest here a specific scenario for the transfer of DNA from viruses to cells and briefly explore the intriguing possibility that several independent transfers of this kind produced the two cell types (prokaryote/eukaryote) and the three cellular domains presently known (Archaea, Bacteria and Eukarya).

quote:

-Hoe konden deze zich in chromosomen splitsen.

quote:

-Beschrijf het proces dat ertoe leidt dat het aantal chromosomen in verschillende organismen anders werd.

quote:

Genomic Structure and Evolution of the Ancestral Chromosome Fusion Site in 2q13-2q14.1 and Paralogous Regions on Other Human Chromosomes

Human chromosome 2 was formed by the head-to-head fusion of two ancestral chromosomes that remained separate in other primates. Sequences that once resided near the ends of the ancestral chromosomes are now interstitially located in 2q13-2q14.1. Portions of these sequences had duplicated to other locations prior to the fusion. Here we present analyses of the genomic structure and evolutionary history of >600 kb surrounding the fusion site and closely related sequences on other human chromosomes. Sequence blocks that closely flank the inverted arrays of degenerate telomere repeats marking the fusion site are duplicated at many, primarily subtelomeric, locations. In addition, large portions of a 168-kb centromere-proximal block are duplicated at 9pter, 9p11.2, and 9q13, with 98%-99% average sequence identity. A 67-kb block on the distal side of the fusion site is highly homologous to sequences at 22qter. A third ~100-kb segment is 96% identical to a region in 2q11.2. By integrating data on the extent and similarity of these paralogous blocks, including the presence of phylogenetically informative repetitive elements, with observations of their chromosomal distribution in nonhuman primates, we infer the order of the duplications that led to their current arrangement. Several of these duplicated blocks may be associated with breakpoints of inversions that occurred during primate evolution and of recurrent chromosome rearrangements in humans.

quote:

Evidence for fusing of two ancestral chromosomes to create human chromosome 2 and where there has been no fusion in other Great Apes is:

1) The analogous chromosomes (2p and 2q) in the non-human great apes can be shown, when laid end to end, to create an identical banding structure to the human chromosome 2. (1)

2) The remains of the sequence that the chromosome has on its ends (the telomere) is found in the middle of human chromosome 2 where the ancestral chromosomes fused. (2)

3) the detail of this region (pre-telomeric sequence, telomeric sequence, reversed telomeric sequence, pre-telomeric sequence) is exactly what we would expect from a fusion. (3)

4) this telomeric region is exactly where one would expect to find it if a fusion had occurred in the middle of human chromosome 2.

5) the centromere of human chromosome 2 lines up with the chimp chromosome 2p chromosomal centromere.

6) At the place where we would expect it on the human chromosome we find the remnants of the chimp 2q centromere (4).

Not only is this strong evidence for a fusion event, but it is also strong evidence for common ancestry; in fact, it is hard to explain by any other mechanism.

quote:

Proof and evolutionary analysis of ancient genome duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae

Whole-genome duplication followed by massive gene loss and specialization has long been postulated as a powerful mechanism of evolutionary innovation. Recently, it has become possible to test this notion by searching complete genome sequence for signs of ancient duplication. Here, we show that the yeast Saccharomyces cerevisiae arose from ancient whole-genome duplication, by sequencing and analysing Kluyveromyces waltii, a related yeast species that diverged before the duplication. The two genomes are related by a 1:2 mapping, with each region of K. waltii corresponding to two regions of S. cerevisiae, as expected for whole-genome duplication. This resolves the long-standing controversy on the ancestry of the yeast genome, and makes it possible to study the fate of duplicated genes directly. Strikingly, 95% of cases of accelerated evolution involve only one member of a gene pair, providing strong support for a specific model of evolution, and allowing us to distinguish ancestral and derived functions.

quote:

The zebrafish gene map defines ancestral vertebrate chromosomes

Genetic screens in zebrafish (Danio rerio) have identified mutations that define the roles of hundreds of essential vertebrate genes. Genetic maps can link mutant phenotype with gene sequence by providing candidate genes for mutations and polymorphic genetic markers useful in positional cloning projects. Here we report a zebrafish genetic map comprising 4073 polymorphic markers, with more than twice the number of coding sequences localized in previously reported zebrafish genetic maps. We use this map in comparative studies to identify numerous regions of synteny conserved among the genomes of zebrafish, Tetraodon, and human. In addition, we use our map to analyze gene duplication in the zebrafish and Tetraodon genomes. Current evidence suggests that a whole-genome duplication occurred in the teleost lineage after it split from the tetrapod lineage, and that only a subset of the duplicates have been retained in modern teleost genomes. It has been proposed that differential retention of duplicate genes may have facilitated the isolation of nascent species formed during the vast radiation of teleosts. We find that different duplicated genes have been retained in zebrafish and Tetraodon, although similar numbers of duplicates remain in both genomes. Finally, we use comparative mapping data to address the proposal that the common ancestor of vertebrates had a genome consisting of 12 chromosomes. In a three-way comparison between the genomes of zebrafish, Tetraodon, and human, our analysis delineates the gene content for 11 of these 12 proposed ancestral chromosomes.

quote:

De novo chromosome formation in rodent cells

A hybrid cell line was produced by the fusion of an EC3/7 mouse cell with a Chinese hamster ovary cell. The EC3/7 cell carries a dicentric chromosome with a functional marker centromere. This marker centromere contains human, lambda, and bacterial vector DNA sequences and a dominant selectable gene (aminoglycoside 3'-phosphotransferase type II; neo). In the hybrid, the marker centromere separated from the dicentric chromosome and formed a full-sized chromosome (lambda neo). The newly formed chromosome is stable, even under nonselective culture conditions. This functional chromosome, which is the result of an amplification process, is composed of seven large, different-sized amplicons. Each amplicon contains multiple copies of human, lambda, neo, and mouse telomeric DNA sequences. Individual amplicons are separated from each other by mouse major satellite DNA sequences. The marker centromere was localized to a terminal amplicon by anticentromere immunostaining. The number of amplicons in the newly formed chromosome is remarkably consistent. This finding suggests that the length of the newly formed chromosome is highly constrained.

quote:

Het lijkt me duidelijk dat het DNA zelf niet het bewijs van evolutie is: ALS het DNA evolueert DAN evolueert het organisme, omdat het DNA de code is van het organisme.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 23:22 schreef Doffy het volgende:

[..]

Zoals dat typisch gaat, vermoedelijk het tweede. Hoeveel -op zich goede- topics zijn al niet verpest door types die uitsluitend getroll tot doel hadden, in plaats van discussie? Je kunt het degeneratie noemen, maar dit topic was tenminste een plaats waar interessante evolutie-berichten gepost konden worden zonder dat deze en gene mafketel meteen met de welbekende one-liner "vragen" aankwam, waardoor tot dusver ieder ander topic vroeger of later ontspoord is.

Ik kan me nog herinneren dat er, niet te lang geleden, een topicreeks was over iets 'leg hier [user_x] de evolutietheorie uit', en dat lijkt me uitstekend. Maar laat er tenminste één topic zijn, waar je niet meteen vogelvrij bent als het woord 'evolutie' valt.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 23:33 schreef Triggershot het volgende:
Ik als user ben tijdens mijn koppigheid door iedereen, ook door jou respectvol en verhelderend behandeld, op elke gekleurde, standvastige, gedogmatiseerde etc mening. In een centraal Evolutie topic in W hoort geen creationisme, helemaal mee eens, maar een centraal evolutie topic kan ook niet alleen beperkt blijven tot nieuwsartikelen.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 23:56 schreef Doffy het volgende:

[..]

Het heeft niks te maken met wel of geen respect, het gaat erom dat er in geen topic het woord 'evolutie' kan vallen zonder dat de boel uiteindelijk ontaard in hetzelfde oppervlakkige gekrakeel. Van, inderdaad, en helaas, maar al te vaak dezelfde mensen. Als jij kan garanderen dat dat niet gebeurt, ook prima. Maar mijn ervaring is helaas anders.

quote:

Op dinsdag 28 oktober 2008 00:23 schreef Monolith het volgende:
--> FB

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 23:32 schreef Monolith het volgende:

[..]

Precies.
[..]

Ten eerste is er niet alleen leven gebaseerd op DNA, maar ook leven gebaseerd op RNA bijvoorbeeld als je tenminste virussen als 'levend' beschouwt. De vraag 'hoe de eerste baseparen tot stand kwamen' impliceert een aantal aannames over abiogenese en de ontwikkeling daar kort na. Een gangbare hypothese is de RNA wereld hypothese die stelt dat er allereerst leven gebaseerd op RNA was, dat vervolgens resulteerde in leven gebaseerd op DNA. Daarbij is een discussiepunt dan ook nog weer de vraag of de cel of het DNA er eerder was. Zie bijvoorbeeld:
[..]

ScienceDirect
[..]

Het is niet zozeer een kwestie van splitsen, maar eerder van groeperen. Genoeg informatie over deze formatie, de redenen en mathematisch modellen die laten zien dat daar selectieve voordelen aan zitten, maar da's nog technischer dan de rest van deze post.
[..]

Splitsing of duplicatie van chromosomen zijn bekende processen, zelfs duplicatie van het gehele genoom is mogelijk. Enkele voorbeelden:
[..]

Genome Research

Een wat meer algemene uitleg over waarom er duidelijke redenen zijn om aan te nemen dat chromosoom 2 bij de mens het resultaat is van fusie:
[..]

bron
[..]

Nature
[..]

Genome Research
[..]

PNAS
[..]

DNA an sich natuurlijk niet, maar wel bepaalde zaken zoals de duidelijke fusie van chromosoom 2 van de Homo Sapiens, overeenkomsten zoals een gen voor vitamine C dat in alle apen, waaronder de mens, op exact dezelfde manier kapot is en zo zijn er nog duizenden voorbeelden.

quote:

Op maandag 27 oktober 2008 23:32 schreef Monolith het volgende:

[..]

Precies.
[..]

Ten eerste is er niet alleen leven gebaseerd op DNA, maar ook leven gebaseerd op RNA bijvoorbeeld als je tenminste virussen als 'levend' beschouwt. De vraag 'hoe de eerste baseparen tot stand kwamen' impliceert een aantal aannames over abiogenese en de ontwikkeling daar kort na. Een gangbare hypothese is de RNA wereld hypothese die stelt dat er allereerst leven gebaseerd op RNA was, dat vervolgens resulteerde in leven gebaseerd op DNA. Daarbij is een discussiepunt dan ook nog weer de vraag of de cel of het DNA er eerder was. Zie bijvoorbeeld:
[..]

ScienceDirect

quote:

The two ages of the RNA world, and the transition to the DNA world: a story of viruses and cells

Most evolutionists agree to consider that our present RNA/DNA/protein world has originated from a simpler world in which RNA played both the role of catalyst and genetic material. Recent findings from structural studies and comparative genomics now allow to get a clearer picture of this transition. These data suggest that evolution occurred in several steps, first from an RNA to an RNA/protein world (defining two ages of the RNA world) and finally to the present world based on DNA. The DNA world itself probably originated in two steps, first the U-DNA world, following the invention of ribonucleotide reductase, and later on the T-DNA world, with the independent invention of at least two thymidylate synthases. Recently, several authors have suggested that evolution from the RNA world up to the Last Universal Cellular Ancestor (LUCA) could have occurred before the invention of cells. On the contrary, I argue here that evolution of the RNA world taken place in a framework of competing cells and viruses (preys, predators and symbionts). I focus on the RNA-to-DNA transition and expand my previous hypothesis that viruses played a critical role in the emergence of DNA. The hypothesis that DNA and associated mechanisms (replication, repair, recombination) first evolved and diversified in a world of DNA viruses infecting RNA cells readily explains the existence of viral-encoded DNA transaction proteins without cellular homologues. It also potentially explains puzzling observations from comparative genomic, such as the existence of two non-homologous DNA replication machineries in the cellular world. I suggest here a specific scenario for the transfer of DNA from viruses to cells and briefly explore the intriguing possibility that several independent transfers of this kind produced the two cell types (prokaryote/eukaryote) and the three cellular domains presently known (Archaea, Bacteria and Eukarya).

quote:

Op woensdag 29 oktober 2008 20:40 schreef Aslama het volgende:

[..]

De theorie is gebaseerd op een aantal aannames. Het is niet echt wat ik onder een bewijs versta. Het is meer een hypothese, nog geen sprake van bewijs.
[..]

Onderstreepte woorden zeggen het al: geen bewijs. Daarnaast bestaan er inderdaad verschillende theorieën over bepaalde tussenstappen rondom dit onderwerp die aanduiden dat men het niet over een bewijs heeft, laat staan een duidelijk bewijs.

Het heeft voor mij niet zoveel nut om deze theorieën te bekritiseren aangezien deze nog niet vaststaan: het kan weer net iets anders worden en dan mag ik deze weer bekritiseren.

Om dezelfde reden wil ik nog niet ingaan op de rest van je post. Daarnaast heb ik niet zoveel tijd om al de quotes en links te bestuderen. Liefst wil ik zoveel mogelijk een reactie in je eigen woorden: het leest vaak gemakkelijker als deze de essentie van de theorieën bevat.

quote:

Op woensdag 29 oktober 2008 20:40 schreef Aslama het volgende:
Onderstreepte woorden zeggen het al: geen bewijs. Daarnaast bestaan er inderdaad verschillende theorieën over bepaalde tussenstappen rondom dit onderwerp die aanduiden dat men het niet over een bewijs heeft, laat staan een duidelijk bewijs.

Het heeft voor mij niet zoveel nut om deze theorieën te bekritiseren aangezien deze nog niet vaststaan:

quote:

Many students reject evolutionary theory, whether or not they adequately understand basic evolutionary concepts. We explore the hypothesis that accepting evolution is related to understanding the nature of science. In particular, students may be more likely to accept evolution if they understand that a scientific theory is provisional but reliable, that scientists employ diverse methods for testing scientific claims, and that relating data to theory can require inference and interpretation. In a study with university undergraduates, we find that accepting evolution is significantly correlated with understanding the nature of science, even when controlling for the effects of general interest in science and past science education. These results highlight the importance of understanding the nature of science for accepting evolution. We conclude with a discussion of key characteristics of science that challenge a simple portrayal of the scientific method and that we believe should be emphasized in classrooms.

quote:

het kan weer net iets anders worden en dan mag ik deze weer bekritiseren.

quote:

Om dezelfde reden wil ik nog niet ingaan op de rest van je post. Daarnaast heb ik niet zoveel tijd om al de quotes en links te bestuderen. Liefst wil ik zoveel mogelijk een reactie in je eigen woorden: het leest vaak gemakkelijker als deze de essentie van de theorieën bevat.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2008 08:01 schreef Monolith het volgende:

[..]

Daarmee geef je wel aan echt geen zak van wetenschap te begrijpen. Elke fatsoenlijke wetenschappelijke publicatie hanteert een dergelijke terminonologie en geen uitdrukkingen als 'hiermee is bewezen dat'. Zo werkt de wetenschap namelijk ook niet. Voor zeker weten ga je maar een religie aanhangen. Het verschil tussen feiten, hypotheses en theorieën in de wetenschap is je ook niet erg duidelijk lijkt het.
[..]

quote:

Dat kon je zeggen over de ideeën van Newton, dat kan je zeggen over die van Einstein of de quantumfysica, maar het feit blijft dat je dan niet goed begrijpt wat dergelijke theorieën inhouden.
[..]

Je vraagt vrij gedetailleerde mechanismen. Daarvan is niet 'even simpel' de essentie uit te leggen. Dat vereist een enorme berg achtergrondkennis over genetische mechanismen e.d.

quote:

Op woensdag 29 oktober 2008 20:40 schreef Aslama het volgende:

[..]

Om dezelfde reden wil ik nog niet ingaan op de rest van je post. Daarnaast heb ik niet zoveel tijd om al de quotes en links te bestuderen. Liefst wil ik zoveel mogelijk een reactie in je eigen woorden: het leest vaak gemakkelijker als deze de essentie van de theorieën bevat.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2008 10:14 schreef Aslama het volgende:

[..]

Betreffende woorden die gebruikt worden in het artikel passen bij een hypothese: in de wetenschap wordt het een hypothese genoemd. Als b.v. de overgang van RNA naar DNA door een experiment geverifiëerd is dan zijn we zeker een stap verder. In biologie kun je d.m.v een experiment verifiëren dat bijv. de chromosoom van een kind een combinatie is van de chromosomen van de vader en de moeder.

quote:

Some scientific explanations are so well established that no new evidence is likely to alter them. The explanation becomes a scientific theory. In everyday language a theory means a hunch or speculation. Not so in science. In science, the word theory refers to a comprehensive explanation of an important feature of nature supported by facts gathered over time. Theories also allow scientists to make predictions about as yet unobserved phenomena

quote:

Zodra de methode duidelijk is gekwalifiseerd, is het zinvoller om in de materie te verdiepen, niet eerder. Dan weet je ook op welk waarheidsniveau je praat.

quote:

Human beings, like other organisms, are the products of evolution. Like other organisms, we exhibit traits that are the product of natural selection. Our psychological capacities are evolved traits as much as are our gait and posture. This much few would dispute. Evolutionary psychology goes further than this, claiming that our psychological traits—including a wide variety of traits, from mate preference and jealousy to language and reason—can be understood as specific adaptations to ancestral Pleistocene conditions. In Evolutionary Psychology as Maladapted Psychology, Robert Richardson takes a critical look at evolutionary psychology by subjecting its ambitious and controversial claims to the same sorts of methodological and evidential constraints that are broadly accepted within evolutionary biology.

The claims of evolutionary psychology may pass muster as psychology; but what are their evolutionary credentials? Richardson considers three ways adaptive hypotheses can be evaluated, using examples from the biological literature to illustrate what sorts of evidence and methodology would be necessary to establish specific evolutionary and adaptive explanations of human psychological traits. He shows that existing explanations within evolutionary psychology fall woefully short of accepted biological standards. The theories offered by evolutionary psychologists may identify traits that are, or were, beneficial to humans. But gauged by biological standards, there is inadequate evidence: evolutionary psychologists are largely silent on the evolutionary evidence relevant to assessing their claims, including such matters as variation in ancestral populations, heritability, and the advantage offered to our ancestors. As evolutionary claims they are unsubstantiated. Evolutionary psychology, Richardson concludes, may offer a program of research, but it lacks the kind of evidence that is generally expected within evolutionary biology. It is speculation rather than sound science—and we should treat its claims with skepticism.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2008 10:35 schreef Monolith het volgende:

[..]

Nee, zo werkt dat niet. Je maakt de misvatting dat er sprake is van een hypothese die vervolgens door een experimentje wordt 'bewezen'. Een hypothese is simpelweg een idee waarvan even wordt aangenomen dat het waar is.

Bijvoorbeeld 'te veel cola drinken veroorzaakt maagkanker'. Vervolgens ga je kijken in hoeverre je hier empirische ondersteuning of juist tegenspraak kunt krijgen d.m.v. het kijken naar mogelijke principes, statistische onderzoeken naar patiënten, etcetera. Op een gegeven moment is er zoveel informatie dat je redelijkerwijs kunt stellen dat de hypothese waar is óf juist dat deze niet waar is. Een theorie is een testbaar model / raamwerk dat natuurlijke fenomenen verklaart en voorspellingen doet over onbekende data (en dus op die manier testbaar is). De definitie van de NAS is wel redelijk helder:

[..]

quote:

Daarnaast klopt hetgeen je zegt over RNA naar DNA ook niet. Je kunt nog zoveel evolutionaire mechanismen in een laboratorium demonstreren, maar dat impliceert nog niet dat dit ook daadwerkelijk is gebeurd in de evolutionaire geschiedenis. Daarvoor zul je weer op zoek moeten naar allerlei andere aanwijzingen uit b.v. de paleontologie. Des te meer consistente aanwijzingen uit verschillende disciplines, des te sterker de theorie.
[..]

quote:

"Methode duidelijk is gekwalifiseerd?" Welke methode? De wetenschappelijke?

quote:

Op vrijdag 31 oktober 2008 20:34 schreef Aslama het volgende:

Iemand die een kritische houding neemt t.o.v. de evolutiethoerie neemt niet zo snel alles aan van een hypothese in de evolutietheorie als een evolutionist. Een evolutionist zal minder snel kijken naar de bezwaren van de evolutietheorie. Hij zal geneigd zijn de hypothese te verdedigen.

quote:

The honest scientist, like the philosopher, will tell you that nothing whatever can be or has been proved with fully 100% certainty, not even that you or I exist, nor anyone except himself, since he might be dreaming the whole thing. Thus there is no sharp line between speculation, hypothesis, theory, principle, and fact, but only a difference along a sliding scale, in the degree of probability of the idea. When we say a thing is a fact, then, we only mean that its probability is an extremely high one: so high that we are not bothered by doubt about it and are ready to act accordingly.

Now in this use of the term fact, the only proper one, evolution is a fact. For the evidence in favor of it is as voluminous, diverse, and convincing as in the case of any other well established fact of science concerning the existence of things that cannot be directly seen, such as atoms, neutrons, or solar gravitation ....

So enormous, ramifying, and consistent has the evidence for evolution become that if anyone could now disprove it, I should have my conception of the orderliness of the universe so shaken as to lead me to doubt even my own existence. If you like, then, I will grant you that in an absolute sense evolution is not a fact, or rather, that it is no more a fact than that you are hearing or reading these words.

^{- H. J. Muller, "One Hundred Years Without Darwin Are Enough" School Science and Mathematics 59, 304-305. (1959) reprinted in Evolution versus Creationism op cit.}

quote:

Op vrijdag 31 oktober 2008 20:34 schreef Aslama het volgende:

[..]

Het was begonnen met deze post . Hier werden concretere bewijzen gevraagd. Ik kan nu uit je post opmaken dat het niet om bewijzen gaat. Het is 'redelijkerwijs waar of onwaar'. 'Redelijkerwijs' is niet meetbaar, waardoor er altijd een kans bestaat dat het anders is.

quote:

[..]

In de quote in je vorige post waar ik op gereageerd heb zijn er te veel woorden als suggest, probably etc. Het is duidelijk dat het artikel niet hetzelfde waarheidsniveau heeft als wat een experiment kan hebben bijv. om te verifiëren dat het DNA van een kind een combinatie is van die van de ouders.

quote:

Daarnaast denk ik dat de voorkeur/ vooroordelen/subjectiviteit hoe dan ook medebepalend zijn voor de houding t.o.v. een theorie. Iemand die een kritische houding neemt t.o.v. de evolutiethoerie neemt niet zo snel alles aan van een hypothese in de evolutietheorie als een evolutionist. Een evolutionist zal minder snel kijken naar de bezwaren van de evolutietheorie. Hij zal geneigd zijn de hypothese te verdedigen.

quote:

[..]

Ik bedoelde de fase waarin het betreffende artikel is gekwalificeerd bv. hypothese of verificatie.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
Vraagje tussendoor:
Hoe word met de evolutie theorie de volgende zaken verklaard.
- Ogen, neus, oren en tong.

quote:

- Het bestaan van een grote diversiteit aan zeer complexe emoties.

quote:

- Het evolutionait nut van zaken als depressies of het willen plegen van zelfmoord.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
Vraagje tussendoor:
Hoe word met de evolutie theorie de volgende zaken verklaard.
- Ogen, neus, oren en tong.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
- Het bestaan van een grote diversiteit aan zeer complexe emoties.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
- Het evolutionait nut van zaken als depressies of het willen plegen van zelfmoord.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:47 schreef SpecialK het volgende:
gelukkig is papierversnipperaar een stuk minder lui dan ik.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 23:04 schreef Apollyon het volgende:

[..]

Gewoon artikelen lezen ...
[..]

... apen kennen die ook ...
[..]

Depressie ... ooit van een 'psychopaat' gehoord ? Die kent GEEN emoties en zal JOUW liever vermoorden.

Lul maar lekker verder met je theologische onzin.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 23:15 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Hoe verklaar je dat in evolutioneel opzicht?

quote:

Op donderdag 6 november 2008 23:21 schreef Triggershot het volgende:
Btw deze reeks krijgt geen vervolg.

Het topic zal gesplitst worden in 2 centrale topics.
* Een evolutie in het nieuws, ontdekkingen en trends eromheen opsomtopic
* Een algemene vragen topic / Academische discussie.

Suggesties mbt de initiatieven of in WFL -FB , of per PM.
Suggesties en inbreng voor de OP van de aanstaande topics is ook welkom.

Niet in de uitvoering overigens

Of sla ik nu lekker door?

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
Vraagje tussendoor:
Hoe word met de evolutie theorie de volgende zaken verklaard.
- Ogen, neus, oren en tong.

quote:

- Het bestaan van een grote diversiteit aan zeer complexe emoties.

quote:

- Het evolutionait nut van zaken als depressies of het willen plegen van zelfmoord.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 23:21 schreef Triggershot het volgende:
Btw deze reeks krijgt geen vervolg.

Het topic zal gesplitst worden in 2 centrale topics.
* Een evolutie in het nieuws, ontdekkingen en trends eromheen opsomtopic
* Een algemene vragen topic / Academische discussie.

Suggesties mbt de initiatieven of in WFL -FB , of per PM.
Suggesties en inbreng voor de OP van de aanstaande topics is ook welkom.

quote:

Op donderdag 6 november 2008 22:12 schreef Droogreden het volgende:
Vraagje tussendoor:
Hoe word met de evolutie theorie de volgende zaken verklaard.
- Ogen, neus, oren en tong.
- Het bestaan van een grote diversiteit aan zeer complexe emoties.
- Het evolutionait nut van zaken als depressies of het willen plegen van zelfmoord.

quote:

Op zaterdag 8 november 2008 02:13 schreef Apollyon het volgende:

[..]

Hmmm ... ik zou zeggen : 'Geloof versus Evolutie' [Dan vat je alle voor/tegen en andere standers]
En 'Evolutie in Progressie' [Aangezien zelfs de ontwikkeling van je eigen PC een hele evolutie ondergaat]

quote:

Octopuses share 'living ancestor'

Many of the world's deep-sea octopuses evolved from a common ancestor that still exists in the icy waters of the Southern Ocean, a study has shown.

Researchers suggest that the creatures evolved after being driven to other ocean basins 30 million years ago by nutrient-rich and salty currents.

The findings form part of a decade-long global research programme to learn more about life in the world's oceans.

The first Census of Marine Life (CoML) is set to be completed in late 2010.

The project, which began back in 2000, involves more than 2,000 scientists from 82 nations.

The research into the evolution of deep-sea octopuses was part of a programme called the Census of Antarctic Marine Life (CAML), explained Don O'Dor, CoML's co-senior scientist.

"Many of these octopuses were collected from the deep sea by a number of the CoML's different projects," he told BBC News.

"All of that material was brought together and made available to Dr Jan Strugnell, a biologist at the British Antarctic Survey (BAS) in Cambridge, and she used this material to carry out DNA studies.

"She was looking at the relationship between these different deep-sea octopuses and how they originated.

"She has been able to trace the timeline for their distribution back 30 million years to a common ancestor."

The species could all be traced back to a shallow-water octopus called Megaleledone setebos, which is only found in the Southern Ocean.

Dr O'Dor added that the BAS researcher's work also enabled her to identify how changes in the region's ocean played a pivotal role in the development of the new species, especially the emergence of a "thermohaline expressway".

"When you get an increase in sea ice, fresh water forms ice crystals and leaves behind high-salinity, high-oxygen water, which is denser than the surrounding sea water, so it sinks," he explained.

"It gets mixed by sea currents and flows into all of the deepest parts of the ocean.

"At the time this process started, there was no oxygen at the bottom of the ocean, so it brought oxygen into these areas, and we can now see that the octopuses moved out from the Antarctic into deeper water."

Dr Stagnell's work also showed how the creatures adapted to the new deep-sea environment.

One example was the loss of their ink sacs, because there was no need for the defence mechanism in the pitch black waters.

As well as being one of the CoML's highlights, the research is also being published in the journal Cladistics on Tuesday.

'Unprecedented project'

The deep-sea octopus study, along with dozens of other projects, form part of the census's fourth progress report, which will be presented at the World Conference on Marine Biology, which begins in Valencia, Spain, on Tuesday.

The overarching objectives of the global collaboration between CoML's scientists include:

Advancing technology for discoveries

Organising knowledge about marine life, and making it accessible

Measuring effects of human activities on ocean life

Providing the foundation for scientifically based policies

Dr O'Dor said that the main focus of the CoML for the remaining two years was to "synthesise" the data.

"Many of our projects have already completed their fieldwork and we have a lot of information," he observed.

"What we are now trying to do is to bring all that information together in a form that allows the public to understand how much we have learned about the ocean and what lives in it."

As far as improving our understanding of life beneath the waves, Dr O'Dor said: "It has been successful beyond what I imagined when I first became involved.

"It will provide a baseline. We are not going to know everything about what is happening within the oceans, but we have samplings of most marine habitats.

"We are moving into this period of global warming, which is resulting in the acidification of the oceans, melting of the polar ice cap.

"We can use the first census as a benchmark to see what happens in the oceans over the next decade or more."

Meeting formally for the first time at the five-day gathering in Valencia will be the CoML's Science Council, which will take an overview of the 10-year Census.

"Over the past few years, there has been huge public interest in biodiversity because there is a legitimate concern about the changes being caused by humans," commented Patricia Miloslavich, the Census's co-senior scientist.

"The Science Council will (consider) what people have said about areas that have not been explored or taxonomic groups that have been overlooked in the past," she told BBC News.

"We have had this first census that has given outstanding and amazing results for many ecosystems and regions.

"But now that we have been able to identify where there are some gaps, we would like to explore these areas."

Dr Miloslavich added that the Science Council will also develop the objectives of the second census, which will run from 2010 until 2020.

quote:

Op donderdag 13 november 2008 08:49 schreef wijsneus het volgende:
Princeton Scientists Discover Proteins that Control Evolution

"Evolutionary changes are supposed to take place gradually and randomly, under pressure from natural selection. But a team of Princeton scientists investigating a group of proteins that help cells burn energy stumbled across evidence that this is not how evolution works. In fact, their discovery could revolutionize the way we understand evolutionary processes. They have evidence that organisms actually have the ability to control their own evolution."

http://io9.com/5083673/pr(...)at-control-evolution
http://www.princeton.edu/(...)l?section=topstories

Oh noes! Darwin had het mis! Zie Je Wel

quote:

The scientists do not know how the cellular machinery guiding this process may have originated, but they emphatically said it does not buttress the case for intelligent design, a controversial notion that posits the existence of a creator responsible for complexity in nature.

Chakrabarti said that one of the aims of modern evolutionary theory is to identify principles of self-organization that can accelerate the generation of complex biological structures. "Such principles are fully consistent with the principles of natural selection. Biological change is always driven by random mutation and selection, but at certain pivotal junctures in evolutionary history, such random processes can create structures capable of steering subsequent evolution toward greater sophistication and complexity."

quote:

Op donderdag 13 november 2008 08:49 schreef wijsneus het volgende:
Princeton Scientists Discover Proteins that Control Evolution

"Evolutionary changes are supposed to take place gradually and randomly, under pressure from natural selection. But a team of Princeton scientists investigating a group of proteins that help cells burn energy stumbled across evidence that this is not how evolution works. In fact, their discovery could revolutionize the way we understand evolutionary processes. They have evidence that organisms actually have the ability to control their own evolution."

http://io9.com/5083673/pr(...)at-control-evolution
http://www.princeton.edu/(...)l?section=topstories

Oh noes! Darwin had het mis! Zie Je Wel

quote:

The other problem that often occurs is that one of the investigators opens his mouth and reveals that he is completely out of his depth, and that the team has absolutely no conception of how evolution actually works. This time, there is no exception.

"The discovery answers an age-old question that has puzzled biologists since the time of Darwin: How can organisms be so exquisitely complex, if evolution is completely random, operating like a 'blind watchmaker'?" said Chakrabarti, an associate research scholar in the Department of Chemistry at Princeton. "Our new theory extends Darwin's model, demonstrating how organisms can subtly direct aspects of their own evolution to create order out of randomness."

Dear gob. Is this an indictment of Princeton, of chemists, or is Chakrabarti just a weird, isolated crank? That first sentence is not even wrong. Darwin answered the question of how complexity can arise, so no, we haven't been puzzled by that general question; evolution is not completely random, so that part is a complete non sequitur; randomness easily generates lots of complexity, so even if we accept his premise, it invalidates his question; and how does he reconcile his assertion of "completely random" with his use of the simple metaphor of the "blind watchmaker", which implies non-randomness? That's a sentence that contradicts itself multiple times in paradoxical ways.

Anyway, I'll be looking for the paper. My bet would be that it says nothing like the claims made for it by the press release, or that it will be an embarrassing error of interpretation by the authors.

quote:

Op donderdag 13 november 2008 11:40 schreef wijsneus het volgende:
Uiteraard - maar de pers zit er bijna altijd naast als het gaat om evo-nieuws toch? Niets raars aan.

quote:

Wat wel gaaf is dat evolutie dus blijkbaar selecteerd op eigenschappen die voordelig zijn voor evolutie zelf. Positieve feedback zeg maar.

leuk, leuk, leuk!