Het grote SARS-CoV-2-2 topic #335

Mutations can reveal how the coronavirus moves—but they’re easy to overinterpret

By Kai KupferschmidtMar. 9, 2020 , 1:00 PM

Immediately after Christian Drosten published a genetic sequence of the novel coronavirus online on 28 February, he took to Twitter to issue a warning. As the virus has raced around the world, more than 350 genome sequences have been shared on the online platform GISAID. They hold clues to how the new virus, named severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is spreading and evolving. But because the sequences represent a tiny fraction of cases and show few telltale differences, they are easy to overinterpret, as Drosten realized.

A virologist at the Charité University Hospital in Berlin, he had sequenced the virus from a German patient infected with COVID-19 in Italy. The genome looked similar to that of a virus found in a patient in Munich, the capital of Bavaria, more than 1 month earlier; both shared three mutations not seen in early sequences from China. Drosten realized this could give rise to the idea that the Italian outbreak was “seeded” by the one in Bavaria, which state public health officials said had been quashed by tracing and quarantining all contacts of the 14 confirmed cases. But he thought it was just as likely that a Chinese variant carrying the three mutations had taken independent routes to both countries. The newly sequenced genome “is not sufficient to claim a link between Munich and Italy,” Drosten tweeted.

His warning went unheeded. A few days later, Trevor Bedford of the Fred Hutchinson Cancer Research Center, who analyzes the stream of viral genomes and discusses them in Twitter threads, wrote that the pattern suggested the outbreak in Bavaria had not been contained after all, and appeared to have led to the Italian outbreak. The analysis spread widely. Technology Review asserted that “the Munich event could be linked to a decent part of the overall European outbreak” and Twitter users called on Germany to apologize. (This Science correspondent retweeted Bedford’s thread as well.)

Virologist Eeva Broberg of the European Centre for Disease Prevention and Control agrees with Drosten that there are more plausible scenarios for how the disease reached northern Italy than an undetected spread from Bavaria. Other scientists say Bedford jumped the gun as well. “I have to kick his butt a bit for this,” says Richard Neher, a computational biologist at the University of Basel who works with Bedford. “It’s a cautionary tale,” says Andrew Rambaut, a molecular evolutionary biologist at the University of Edinburgh. “There is no way you can make that claim just from the phylogeny alone.” Bedford later clarified he believed it was equally plausible there had been two separate introductions from China. “I think I should have been more careful with that Twitter thread,” he says.

It was a case study in the power and pitfalls of real-time analysis of viral genomes. “This is an incredibly important disease. We need to understand how it is moving,” says Bette Korber, a biologist at Los Alamos National Laboratory who is also studying the genome of SARS-CoV-2. “With very limited evolution during the outbreak, [these researchers] are doing what they can and they are making suggestions, which I think at this point should be taken as suggestions.”

As the outbreak unfolds, we expect to see more and more diversity. … And then it will become easier and easier to actually put things together.

The sequence data were most informative early on, says Kristian Andersen, a computational biologist at Scripps Research. The very first sequence, in early January, answered the most basic question: What pathogen is causing the disease? The ones that followed were almost identical, strongly suggesting there was a single introduction from an animal into the human population. If the virus had jumped the species barrier multiple times, scientists would see more variety among the first human cases.

Now, more diversity is emerging. Like all viruses, SARS-CoV-2 evolves over time through random mutations, only some of which are caught and corrected by the virus’s error correction machinery. Over the length of its 30,000-base-pair genome, SARS-CoV-2 accumulates an average of about one to two mutations per month, Rambaut says. “It’s about two to four times slower than the flu,” he says. Using these little changes, researchers can draw up phylogenetic trees, much like family trees. They can also make connections between different cases of COVID-19 and gauge whether there might be undetected spread of the virus.

For instance, when researchers sequenced the second virus genome in Washington—from a teenager diagnosed with COVID-19 on 27 February—it looked like a direct descendant of the first genome, a case found 6 weeks earlier, that had acquired three further mutations. Bedford tweeted that he considered it “highly unlikely” that the two genomes came from separate introductions. “I believe we are facing an already substantial outbreak in Washington State that was not detected until now,” he wrote. That analysis turned out to be correct: Washington has now reported more than 100 cases and 15 deaths and additional genomes from other patients have bolstered the link. In this case, Bedford’s hypothesis was much stronger because the two patients both came from Snohomish County, Rambaut says: “It’s very unlikely that this highly related virus would travel to exactly the same town in Washington,” he says.

Few other firm conclusions about the virus’s spread have emerged, in part because the wealth of genomes is still a tiny sample of the more than 100,000 cases worldwide. Although China accounts for 80% of all COVID-19 cases, only one-third of the published genomes are from China—and very few of them are from later cases. And because it’s early in the outbreak, most genomes are still very similar, which makes it hard to draw conclusions. “We just have this handful of mutations, which makes these groupings so ambiguous,” Neher says. “As the outbreak unfolds, we expect to see more and more diversity and more clearly distinct lineages,” he says. “And then it will become easier and easier to actually put things together.”

Scientists will also be scouring the genomic diversity for mutations that might change how dangerous the pathogen is or how fast it spreads. There, too, caution is warranted. A paper published by Lu Jian of Peking University and colleagues on 3 March in the journal National Science Review analyzed 103 virus genomes and argued that they fell into one of two distinct types, named S and L, distinguished by two mutations. Because 70% of sequenced SARS-CoV-2 genomes belong to L, the newer type, the authors concluded that virus has evolved to become more aggressive and to spread faster.

But they lack evidence, Rambaut says. “What they’ve done is basically seen these two branches and said, ‘That one is bigger, [so that virus] must be more virulent or more transmissible,’” he says. However, just because a virus is exported and leads to a large outbreak elsewhere does not mean it is behaving differently: “One of these lineages is going to be bigger than the other just by chance.” Some researchers have called for the paper to be retracted. “The claims made in it are clearly unfounded and risk spreading dangerous misinformation at a crucial time in the outbreak,” four scientists at the University of Glasgow wrote in a response published on www.virological.org. (In a response, Lu wrote the four had misunderstood his study.)

Most genomic changes don’t alter the virus’s behavior, Drosten says. The only way to confirm that a mutation has an effect is to study it in cell cultures or animal models and show, for instance, that it has become better at entering cells or transmitting, he says. And if the virus does change in an important way, it could go either way, making it more or less dangerous. In 2018, Drosten’s group published a paper showing that early in the SARS outbreak of 2002–03, that virus lost a small chunk of its genome, 29 base pairs in one gene. Adding those base pairs back in the lab made the virus much better at replicating in several cell culture models.

It might seem strange that a mutation that weakens the virus would become established, but that can happen when it has just entered the human population and isn’t competing with strains lacking the mutation, Drosten says. “Sadly, this new virus doesn’t have that deletion,” he adds. [/quote]

Link

THEFXR	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	Bron voor bovenstaande tabel (plaatje) Bron voor bovenstaande tabel (plaatje) Informatie bij gezondheidsinstituten: • RIVM Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu - actuele informatie • ECDC European Centre for Disease Prevention and Control - COVID_19 • WHO World Health Organisation - Q & A • Vragen over je eigen gezondheid: huisarts of GGD. Andere vragen: 0800-1351 • Voorlopig behandeladvies uitgegeven op 6 maart 2020 door het RIVM Getallen (aantallen) & Trackers: • Livetrackers: via deze drie: (link 1) (link 2) (link 3) • https://corona-scanner.com/ World live counter • Worldometers: https://www.worldometers.info/coronavirus/ • Alle gevallen, in een lijst • Spreadsheet met cijfers die user joyvke voor ons aan het bijhouden is. Kaartjes totdat je er dood bij neervalt: • Timelapse: Mapping the Outbreak • Besmettingen per gemeente (RIVM-kaartje) • Preppers kaart verspreiding in NL • Nog een kaartje van NL • Overzicht en kaart van het virus in Nederland HIER • Gedetailleerde overzichtskaart (inclusief gesloten grenzen e.d.) : HIER • Wuhan Corona Virus Map Informatie & achtergronden: • Wikipedia: Coronavirus outbreak • Interessante en nuchtere dagelijkse updates en analyse door Dr. John Campbell op JijBuis • Plaatje over sterftecijfer en eerder bestaande medische problemen. • Dit doet corona met je, als je pech hebt. • On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 • CoronaVirus Freedom Of Speech Waarom je de maatregelen op moet volgen en binnen moet blijven • Handig om te volgen op Twitter: https://twitter.com/BNODesk • COR / Exponentiële groei en epidemieën. Exponential growth and epidemics SPOILER: Het COVID-19-virus (coronavirus) in het kort: - Het virus verspreidt zich vooral via hoest- en niesdruppeltjes die kort in de lucht hangen. Wie geen symptomen vertoont, vormt amper besmettingsgevaar. - Iemand kan gemiddeld twee à drie anderen besmetten (minder dan bij bijvoorbeeld mazelen). Dit cijfer daalt echter door alle voorzorgsmaatregelen. - Verreweg de meesten hebben lichte (griepachtige) klachten. - Bijna alle sterfgevallen betreffen oudere of al zieke mensen. Bron: https://www.nu.nl/nucheck(...)ng-in-nederland.html SPOILER: Meer uitleg over het mogelijke ziekteverloop Frieman legt uit dat het SARS-virus goed was in het infecteren en doden van deze trilhaarcellen, die zich vervolgens ophoopten en de luchtwegen van de patiënt met afvalstoffen en vocht vulden. Hij denkt dat hetzelfde gebeurt bij het nieuwe coronavirus, omdat uit het eerste onderzoek naar COVID-19 is gebleken dat bij veel patiënten een dubbele longontsteking optreedt, die zich onder meer uit in kortademigheid. Daarna begint fase twee en slaat het immuunsysteem alarm. Opgeschrikt door het binnendringende virus, begint het lichaam de ziekte te bestrijden door de longen te overspoelen met immuuncellen, die de beschadigde cellen opruimen en het longweefsel repareren. Als alles naar behoren werkt, is dit ontstekingsproces nauwgezet en beperkt tot de besmette weefsels. Maar soms slaat het immuunsysteem op hol en begint wild om zich heen te slaan, waarbij ook gezonde cellen worden verwoest. "Je krijgt door zo'n immuunrespons dus te maken met méér in plaats van minder schade," zegt Frieman. Nog meer afvalstoffen hopen zich in de longen op en de longontsteking wordt erger. De longen vullen het lichaam aan met levengevende zuurstof. Leer alles over de anatomie van de longen, hoe de organen ademhaling mogelijk maken en hoe ze gevoelig zijn voor ziekten. In de derde fase verergert de longontsteking zich nog verder, wat kan leiden tot respiratoire insufficiëntie. Ook als de patiënt hierdoor niet overlijdt, kan de schade aan de longen onherstelbaar zijn. Volgens de WHO leidde SARS tot het ontstaan van gaten in de longen, waardoor ze een "honingraatvormige aanblik" kregen, en het lijkt erop dat dit patroon ook bij patiënten van het nieuwe coronavirus is te herkennen. De gaten ontstaan waarschijnlijk door de hyperreactiviteit van het immuunstelsel, wat tot de vorming van littekenweefsel en een verstijving van de longen leidt. In dat geval moet de patiënt doorgaans aan de beademing. Intussen worden de membranen tussen de longblaasjes en de bloedvaten steeds poreuzer, waardoor de blaasjes zich met vocht kunnen vullen en de bloedbaan niet langer van zuurstof kunnen voorzien. "In zeer ernstige gevallen verdrinken de longen en kan de patiënt niet meer ademhalen," zegt Frieman. "Dat is hoe mensen aan de ziekte overlijden." Dit artikel werd oorspronkelijk in het Engels gepubliceerd op NationalGeographic.com SPOILER: Coronavirussen Coronavirussen De coronavirussen zijn een grote familie van virussen die ziekten veroorzaken. Deze virussen zijn zoönotisch, dat betekent dat ze overgedragen kunnen worden tussen dieren en mensen. De wereldgezondheidsorganisatie (WHO) geeft meer informatie over het virus op hun website. Veel voorkomende tekenen van infectie zijn ademhalingsproblemen, koorts en hoesten. In ernstige gevallen kan het leiden tot een longontsteking, nierfalen en is het dodelijk. De standaard aanbevelingen die de WHO doet om verspreiding te voorkomen zijn: regelmatig handen wassen, mond en neus bedekken bij hoesten en niezen en het grondig koken van vlees en eieren. Eerder uitgebroken coronavirussen zijn MERS en SARS. Dat laatste virus werd in 2003 ook in China ontdekt. Het werd overgedragen van civetkatten op mensen. Er zijn verschillende coronavirussen die al wel onder dieren circuleren, maar waar nog geen mensen door zijn besmet. bron SPOILER: Doden in Nederland 1 06-03-2020 Man, 86, Rotterdam, urinewegproblemen 2 08-03-2020 Man, 86, Uden, onderliggende medische problemen 3 08-03-2020 Man, 82, Sittard/Geleen, onderliggende medische problemen 4 09-03-2020 Vrouw, 78, Goirle, kwetsbare gezondheid 5 10-03-2020 Man/Vrouw?, Etten-Leur, onderliggende gezondheidsproblemen 6 11-03-2020 Man/Vrouw?, Zundert, onderliggende gezondheidsproblemen EXPERT'S BEST SINGLE PIECE OF ADVICE ON CORONA VIRUS GOES VIRAL DW interview, Monday evening Richtlijnen in dit topic: -probeer niet lollig te doen -bij nieuws graag een bron -off topic kan zonder opgaaf van reden verwijderd worden. Hier is het Slow Chat topic: COR / [En Don SC #1] HATSJOE -opruiende berichten zonder bewijs of normale bronnen, kunnen achterwege gelaten worden.
Zeroku	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	Ik krijg steeds meer het idee dat JaapGOD hier stiekem meeleest.
Fukushima	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	dat duurde lang, maar die vergelijking met huren en kopen is mij even niet duidelijk
_I	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	Groene lijn eindigt boven de stippellijn!
Cronometer	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:32 schreef Newone82 het volgende: [..] Klopt. Het is niet meer dan een griepje. Ouderen en mensen die al slechte gezondheid hebben gaan dood. 😀👍👍👌 Ik heb een hekel aan mensen die informatie zo lelijk verdraaien.
Glazenmaker	woensdag 18 maart 2020 @ 10:35
	Big Brother Germany Live Special Cornavirus Covid 19 20200317 Dit is echt fucked up
SamCooke	woensdag 18 maart 2020 @ 10:36
	Wow die curves, gedurft. Ben benieuwd hoe Jaap die verdedigt.
THEFXR	woensdag 18 maart 2020 @ 10:36
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:32 schreef Aventura het volgende: [..] nou, als mijn man thuis is dan kan ik wel de hele dag werken,maar dat is maar 2dagen pw. Mijn manheeft hetzelfde probleem dus! ook niet de uren kunnen draaien. Hele volksstammen zullen dit probleem nu hebben. Familie heb ik maar woont ver weg, buren en vrienden hebben we maar die hebben a. ook dit probleem en b. je moet niet gaan samenhokken in deze tijd. Dan hebben alle maatregelen geen zin. je bent samen en je hebt kinderen,dan is het idd moeilijk, twee verdienen. you can'y have it all, nu de oppascentrale dicht is
Arts-assistent	woensdag 18 maart 2020 @ 10:36
	Kan ik dit straks ergens terugkijken? Nu aan het werk...
KennyPowers	woensdag 18 maart 2020 @ 10:36
	TT, CoV-2-2?
Zeroku	woensdag 18 maart 2020 @ 10:36
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:35 schreef _I het volgende: Groene lijn eindigt boven de stippellijn! Die lijn zal ook wel arbitrair zijn.
Zeroku	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:36 schreef Arts-assistent het volgende: Kan ik dit straks ergens terugkijken? Nu aan het werk... LIVE: Kamer wordt bijgepraat over het coronavirus Deze link kun je later terugkijken .
THEFXR	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:36 schreef KennyPowers het volgende: TT, CoV-2-2? even een noodmaatregel
_I	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:36 schreef Zeroku het volgende: [..] Die lijn zal ook wel arbitrair zijn. Maar hij zit er in ieder geval niet onder. Detail, maar wel belangrijk!
Remco	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	Jaap van Dissel zou de perfecte minister van volksgezondheid zijn. Bruno Bruins kan nog flink wat leren van zijn presentatieskills.
SamCooke	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	RIVM beweert dus eigenlijk dat lock-down niets uitmaakt.
SnertMetChoco	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:35 schreef Zeroku het volgende: Ik krijg steeds meer het idee dat JaapGOD hier stiekem meeleest. Prima verhaal vooralsnog. Dat rare geframe alsof groepsimmuniteit een doel op zich zou zijn de afgelopen dagen was nogal vreemd om te zien.
Newone82	woensdag 18 maart 2020 @ 10:37
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:35 schreef Cronometer het volgende: [..] Ik heb een hekel aan mensen die informatie zo lelijk verdraaien. Hij heeft het letterlijk een paar kaar gezegd. Ouderen zijn risicogroep en mensen die al slechte gezondheid hebben. Ik ga de straat weer op😀😀😀
StruisZVeugelT	woensdag 18 maart 2020 @ 10:38
	quote: Op woensdag 18 maart 2020 10:37 schreef _I het volgende: [..] Maar hij zit er in ieder geval niet onder. Detail, maar wel belangrijk! dat zie jij .. begrijp jij 99 % niet
SunZomer	woensdag 18 maart 2020 @ 10:38
	Hoogtepunten van wat er gezegd is, iemand? ik ben aan het werk tussendoor