Het grote SARS-CoV-2 topic #331 Kerk en bidden

It is improbable that SARS-CoV-2 emerged through laboratory manipulation of a related SARS-CoV-like coronavirus. As noted above, the RBD of SARS-CoV-2 is optimized for binding to human ACE2 with an efficient solution different from those previously predicted7,11. Furthermore, if genetic manipulation had been performed, one of the several reverse-genetic systems available for betacoronaviruses would probably have been used19. However, the genetic data irrefutably show that SARS-CoV-2 is not derived from any previously used virus backbone20. Instead, we propose two scenarios that can plausibly explain the origin of SARS-CoV-2:

natural selection in an animal host before zoonotic transfer; and (ii) natural selection in humans following zoonotic transfer. We also discuss whether selection during passage could have given rise to SARS-CoV-2.

1. Natural selection in an animal host before zoonotic transfer
As many early cases of COVID-19 were linked to the Huanan market in Wuhan1,2, it is possible that an animal source was present at this location. Given the similarity of SARS-CoV-2 to bat SARS-CoV-like coronaviruses2, it is likely that bats serve as reservoir hosts for its progenitor. Although RaTG13, sampled from a Rhinolophus affinis bat1, is ~96% identical overall to SARS-CoV-2, its spike diverges in the RBD, which suggests that it may not bind efficiently to human ACE27 (Fig. 1a).

Malayan pangolins (Manis javanica) illegally imported into Guangdong province contain coronaviruses similar to SARS-CoV-221. Although the RaTG13 bat virus remains the closest to SARS-CoV-2 across the genome1, some pangolin coronaviruses exhibit strong similarity to SARS-CoV-2 in the RBD, including all six key RBD residues21 (Fig. 1). This clearly shows that the SARS-CoV-2 spike protein optimized for binding to human-like ACE2 is the result of natural selection.

Neither the bat betacoronaviruses nor the pangolin betacoronaviruses sampled thus far have polybasic cleavage sites. Although no animal coronavirus has been identified that is sufficiently similar to have served as the direct progenitor of SARS-CoV-2, the diversity of coronaviruses in bats and other species is massively undersampled. Mutations, insertions and deletions can occur near the S1–S2 junction of coronaviruses22, which shows that the polybasic cleavage site can arise by a natural evolutionary process. For a precursor virus to acquire both the polybasic cleavage site and mutations in the spike protein suitable for binding to human ACE2, an animal host would probably have to have a high population density (to allow natural selection to proceed efficiently) and an ACE2-encoding gene that is similar to the human ortholog.

2. Natural selection in humans following zoonotic transfer
It is possible that a progenitor of SARS-CoV-2 jumped into humans, acquiring the genomic features described above through adaptation during undetected human-to-human transmission. Once acquired, these adaptations would enable the pandemic to take off and produce a sufficiently large cluster of cases to trigger the surveillance system that detected it1,2.

All SARS-CoV-2 genomes sequenced so far have the genomic features described above and are thus derived from a common ancestor that had them too. The presence in pangolins of an RBD very similar to that of SARS-CoV-2 means that we can infer this was also probably in the virus that jumped to humans. This leaves the insertion of polybasic cleavage site to occur during human-to-human transmission.

Estimates of the timing of the most recent common ancestor of SARS-CoV-2 made with current sequence data point to emergence of the virus in late November 2019 to early December 201923, compatible with the earliest retrospectively confirmed cases24. Hence, this scenario presumes a period of unrecognized transmission in humans between the initial zoonotic event and the acquisition of the polybasic cleavage site. Sufficient opportunity could have arisen if there had been many prior zoonotic events that produced short chains of human-to-human transmission over an extended period. This is essentially the situation for MERS-CoV, for which all human cases are the result of repeated jumps of the virus from dromedary camels, producing single infections or short transmission chains that eventually resolve, with no adaptation to sustained transmission25.

Studies of banked human samples could provide information on whether such cryptic spread has occurred. Retrospective serological studies could also be informative, and a few such studies have been conducted showing low-level exposures to SARS-CoV-like coronaviruses in certain areas of China26. Critically, however, these studies could not have distinguished whether exposures were due to prior infections with SARS-CoV, SARS-CoV-2 or other SARS-CoV-like coronaviruses. Further serological studies should be conducted to determine the extent of prior human exposure to SARS-CoV-2.

3. Selection during passage
Basic research involving passage of bat SARS-CoV-like coronaviruses in cell culture and/or animal models has been ongoing for many years in biosafety level 2 laboratories across the world27, and there are documented instances of laboratory escapes of SARS-CoV28. We must therefore examine the possibility of an inadvertent laboratory release of SARS-CoV-2.

In theory, it is possible that SARS-CoV-2 acquired RBD mutations (Fig. 1a) during adaptation to passage in cell culture, as has been observed in studies of SARS-CoV11. The finding of SARS-CoV-like coronaviruses from pangolins with nearly identical RBDs, however, provides a much stronger and more parsimonious explanation of how SARS-CoV-2 acquired these via recombination or mutation19.

The acquisition of both the polybasic cleavage site and predicted O-linked glycans also argues against culture-based scenarios. New polybasic cleavage sites have been observed only after prolonged passage of low-pathogenicity avian influenza virus in vitro or in vivo17. Furthermore, a hypothetical generation of SARS-CoV-2 by cell culture or animal passage would have required prior isolation of a progenitor virus with very high genetic similarity, which has not been described. Subsequent generation of a polybasic cleavage site would have then required repeated passage in cell culture or animals with ACE2 receptors similar to those of humans, but such work has also not previously been described. Finally, the generation of the predicted O-linked glycans is also unlikely to have occurred due to cell-culture passage, as such features suggest the involvement of an immune system18.

Conclusions
In the midst of the global COVID-19 public-health emergency, it is reasonable to wonder why the origins of the pandemic matter. Detailed understanding of how an animal virus jumped species boundaries to infect humans so productively will help in the prevention of future zoonotic events. For example, if SARS-CoV-2 pre-adapted in another animal species, then there is the risk of future re-emergence events. In contrast, if the adaptive process occurred in humans, then even if repeated zoonotic transfers occur, they are unlikely to take off without the same series of mutations. In addition, identifying the closest viral relatives of SARS-CoV-2 circulating in animals will greatly assist studies of viral function. Indeed, the availability of the RaTG13 bat sequence helped reveal key RBD mutations and the polybasic cleavage site.

The genomic features described here may explain in part the infectiousness and transmissibility of SARS-CoV-2 in humans. Although the evidence shows that SARS-CoV-2 is not a purposefully manipulated virus, it is currently impossible to prove or disprove the other theories of its origin described here. However, since we observed all notable SARS-CoV-2 features, including the optimized RBD and polybasic cleavage site, in related coronaviruses in nature, we do not believe that any type of laboratory-based scenario is plausible.

More scientific data could swing the balance of evidence to favor one hypothesis over another. Obtaining related viral sequences from animal sources would be the most definitive way of revealing viral origins. For example, a future observation of an intermediate or fully formed polybasic cleavage site in a SARS-CoV-2-like virus from animals would lend even further support to the natural-selection hypotheses. It would also be helpful to obtain more genetic and functional data about SARS-CoV-2, including animal studies. The identification of a potential intermediate host of SARS-CoV-2, as well as sequencing of the virus from very early cases, would similarly be highly informative. Irrespective of the exact mechanisms by which SARS-CoV-2 originated via natural selection, the ongoing surveillance of pneumonia in humans and other animals is clearly of utmost importance.

KingRoland	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:34
	Bron voor bovenstaande tabel (plaatje) Bron voor bovenstaande tabel (plaatje) Informatie bij gezondheidsinstituten: • RIVM Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu - actuele informatie • ECDC European Centre for Disease Prevention and Control - COVID_19 • WHO World Health Organisation - Q & A • Vragen over je eigen gezondheid: huisarts of GGD. Andere vragen: 0800-1351 • Voorlopig behandeladvies uitgegeven op 6 maart 2020 door het RIVM Getallen (aantallen) & Trackers: • Livetrackers: via deze drie: (link 1) (link 2) (link 3) • https://corona-scanner.com/ World live counter • Worldometers: https://www.worldometers.info/coronavirus/ • Alle gevallen, in een lijst • Spreadsheet met cijfers die user joyvke voor ons aan het bijhouden is. Kaartjes totdat je er dood bij neervalt: • Timelapse: Mapping the Outbreak • Besmettingen per gemeente (RIVM-kaartje) • Preppers kaart verspreiding in NL • Nog een kaartje van NL • Overzicht en kaart van het virus in Nederland HIER • Gedetailleerde overzichtskaart (inclusief gesloten grenzen e.d.) : HIER • Wuhan Corona Virus Map Informatie & achtergronden: • Wikipedia: Coronavirus outbreak • Interessante en nuchtere dagelijkse updates en analyse door Dr. John Campbell op JijBuis • Plaatje over sterftecijfer en eerder bestaande medische problemen. • Dit doet corona met je, als je pech hebt. • On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2 • CoronaVirus Freedom Of Speech Waarom je de maatregelen op moet volgen en binnen moet blijven • Handig om te volgen op Twitter: https://twitter.com/BNODesk • COR / Exponentiële groei en epidemieën. Exponential growth and epidemics SPOILER: Het COVID-19-virus (coronavirus) in het kort: - Het virus verspreidt zich vooral via hoest- en niesdruppeltjes die kort in de lucht hangen. Wie geen symptomen vertoont, vormt amper besmettingsgevaar. - Iemand kan gemiddeld twee à drie anderen besmetten (minder dan bij bijvoorbeeld mazelen). Dit cijfer daalt echter door alle voorzorgsmaatregelen. - Verreweg de meesten hebben lichte (griepachtige) klachten. - Bijna alle sterfgevallen betreffen oudere of al zieke mensen. Bron: https://www.nu.nl/nucheck(...)ng-in-nederland.html SPOILER: Meer uitleg over het mogelijke ziekteverloop Frieman legt uit dat het SARS-virus goed was in het infecteren en doden van deze trilhaarcellen, die zich vervolgens ophoopten en de luchtwegen van de patiënt met afvalstoffen en vocht vulden. Hij denkt dat hetzelfde gebeurt bij het nieuwe coronavirus, omdat uit het eerste onderzoek naar COVID-19 is gebleken dat bij veel patiënten een dubbele longontsteking optreedt, die zich onder meer uit in kortademigheid. Daarna begint fase twee en slaat het immuunsysteem alarm. Opgeschrikt door het binnendringende virus, begint het lichaam de ziekte te bestrijden door de longen te overspoelen met immuuncellen, die de beschadigde cellen opruimen en het longweefsel repareren. Als alles naar behoren werkt, is dit ontstekingsproces nauwgezet en beperkt tot de besmette weefsels. Maar soms slaat het immuunsysteem op hol en begint wild om zich heen te slaan, waarbij ook gezonde cellen worden verwoest. "Je krijgt door zo'n immuunrespons dus te maken met méér in plaats van minder schade," zegt Frieman. Nog meer afvalstoffen hopen zich in de longen op en de longontsteking wordt erger. De longen vullen het lichaam aan met levengevende zuurstof. Leer alles over de anatomie van de longen, hoe de organen ademhaling mogelijk maken en hoe ze gevoelig zijn voor ziekten. In de derde fase verergert de longontsteking zich nog verder, wat kan leiden tot respiratoire insufficiëntie. Ook als de patiënt hierdoor niet overlijdt, kan de schade aan de longen onherstelbaar zijn. Volgens de WHO leidde SARS tot het ontstaan van gaten in de longen, waardoor ze een "honingraatvormige aanblik" kregen, en het lijkt erop dat dit patroon ook bij patiënten van het nieuwe coronavirus is te herkennen. De gaten ontstaan waarschijnlijk door de hyperreactiviteit van het immuunstelsel, wat tot de vorming van littekenweefsel en een verstijving van de longen leidt. In dat geval moet de patiënt doorgaans aan de beademing. Intussen worden de membranen tussen de longblaasjes en de bloedvaten steeds poreuzer, waardoor de blaasjes zich met vocht kunnen vullen en de bloedbaan niet langer van zuurstof kunnen voorzien. "In zeer ernstige gevallen verdrinken de longen en kan de patiënt niet meer ademhalen," zegt Frieman. "Dat is hoe mensen aan de ziekte overlijden." Dit artikel werd oorspronkelijk in het Engels gepubliceerd op NationalGeographic.com SPOILER: Coronavirussen Coronavirussen De coronavirussen zijn een grote familie van virussen die ziekten veroorzaken. Deze virussen zijn zoönotisch, dat betekent dat ze overgedragen kunnen worden tussen dieren en mensen. De wereldgezondheidsorganisatie (WHO) geeft meer informatie over het virus op hun website. Veel voorkomende tekenen van infectie zijn ademhalingsproblemen, koorts en hoesten. In ernstige gevallen kan het leiden tot een longontsteking, nierfalen en is het dodelijk. De standaard aanbevelingen die de WHO doet om verspreiding te voorkomen zijn: regelmatig handen wassen, mond en neus bedekken bij hoesten en niezen en het grondig koken van vlees en eieren. Eerder uitgebroken coronavirussen zijn MERS en SARS. Dat laatste virus werd in 2003 ook in China ontdekt. Het werd overgedragen van civetkatten op mensen. Er zijn verschillende coronavirussen die al wel onder dieren circuleren, maar waar nog geen mensen door zijn besmet. bron SPOILER: Doden in Nederland 1 06-03-2020 Man, 86, Rotterdam, urinewegproblemen 2 08-03-2020 Man, 86, Uden, onderliggende medische problemen 3 08-03-2020 Man, 82, Sittard/Geleen, onderliggende medische problemen 4 09-03-2020 Vrouw, 78, Goirle, kwetsbare gezondheid 5 10-03-2020 Man/Vrouw?, Etten-Leur, onderliggende gezondheidsproblemen 6 11-03-2020 Man/Vrouw?, Zundert, onderliggende gezondheidsproblemen EXPERT'S BEST SINGLE PIECE OF ADVICE ON CORONA VIRUS GOES VIRAL DW interview, Monday evening Richtlijnen in dit topic: -probeer niet lollig te doen -bij nieuws graag een bron -off topic kan zonder opgaaf van reden verwijderd worden. Hier is het Slow Chat topic: COR / [En Don SC #1] HATSJOE -opruiende berichten zonder bewijs of normale bronnen, kunnen achterwege gelaten worden.
Mijk	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:34
	Gaat hard deze reeks, kerken zijn niet open toch
LTVDK	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	Australië gaat ook op slot: twitter: BNODesk twitterde op dinsdag 17-03-2020 om 23:26:52 NEW: Australia declares human biosecurity emergency, advises against all international travel, and bans non-essential gatherings with more than 100 people indoors reageer retweet
Poepz0r	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:34 schreef Mijk het volgende: Gaat hard deze reeks, kerken zijn niet open toch Hoezo wil je een hosti halen ouwe schooier?
PzKpfw	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:29 schreef Qarrad het volgende: [..] Alcohol is desastreus bij ontstekingen en herstel. Alcohol is noodzakelijk in barre tijden.
leolinedance	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:35 schreef LTVDK het volgende: Australië gaat ook op slot: twitter: BNODesk twitterde op dinsdag 17-03-2020 om 23:26:52 NEW: Australia declares human biosecurity emergency, advises against all international travel, and bans non-essential gatherings with more than 100 people indoors reageer retweet BREAKING
Evenstar	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:24 schreef George_of_the_Jungle het volgende: [..] Die 96 kwam ook gister van NVIC. Met 40 erbij per dag zitten de IC's over een dag of 10 in het hele land vol, uitgaande van totaal 1150 bedden en 50% bezet voor reguliere ernstig zieken. Een lock down heeft pas na een dag of 5 effect voordat het aantal nieuwe patienten stabiliseert. Eind van de week in lock down, of iets eerder, lijkt me dus wel verstandig ja. Dit inderdaad. Het lijkt nu sneller te gaan en het aantal IC opnamen en ziekenhuis opnamen lijken nu eens per twee dagen te verdubbelen in plaats van eens per vier dagen. 135 > 270 > 540 > 1080 > 2160 Wij zouden dus maximaal nog 3-4 verdubbeling aan kunnen als alle bedden beschikbaar zouden zijn en alles maximaal is opgeschaald. In het slechtste geval zitten wij over 6 dagen al vol in het beste geval over 16 dagen. Indien scenario van zes dagen werkelijkheid wordt dan zouden de maatregelen sinds maandag eigenlijk net te laat zijn. Indien scenario van zestien dagen werkelijkheid wordt dan waren de maatregelen van afgelopen maandag net op tijd, maar moeten er nog striktere maatregelen getroffen worden omdat de IC's de komende 3-4 weken vol zullen blijven. Pas daarna is er dan weer ruimte voor een nieuwe golf.
Anton91	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:31 schreef Jojoke het volgende: Ik vond het verhaal van de viroloog bij Op1 erg interessant. De man had er duidelijk verstand van en hij had erg goede punten. Ik kon zijn verhaal goed volgen. Uit zijn verhaal proefde ik ook dat Nederland een wereldspeler is op het gebied van virologie. Tussen de steden lijkt ook concurrentie te zijn. Deze viroloog vond dat de meeste kennis in Rotterdam en ook Amsterdam zit. Ik begreep uit zijn verhaal dat Van Dissel en Utrecht de inspiratie voor het beleid van het RIVM is. Verder waren de Op1 presentatoren te hitsig in hun race naar een primeurtje. Jammer is dat, laat de man gewoon even uitspreken. En wat vond hij van de aanpak van Nederland?
Eyjafjallajoekull	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:35
	https://www.worldometers.info/coronavirus/ 198.000 intussen. die 200k halen we wel in een paar uur.
Maver24	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	Nogmaals mijn bericht Ik en me vriendin zijn allebei van de kwetsbare groepen. Mijn vriendin is longpatient. Ben heel blij dat ze thuis is nu. Telefonisch gesprek gehad maandag,.toen groot overleg geweest en in de middag het verlossende woord. Nu doet zij thuiswerk voor hun op de laptop hier. Elke week een update gesprek hoe het gaat. Echt top geregeld. Blijft gewoon betaald krijgen omdat ze al jaren vast contract heeft voor onbepaalde tijd. Dames en Heren. Weltrusten allen.
leolinedance	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:35 schreef PzKpfw het volgende: [..] Alcohol is noodzakelijk in barre tijden. Ik ga er NU een open schieten. Dubbel of tripel wat zal ik nemen
Mijk	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:35 schreef Poepz0r het volgende: [..] Hoezo wil je een hosti halen ouwe schooier? Nee ik wil naar de kerk.
Poepz0r	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	Rutte moet toch coke snuiven en doorwerken lijkt mij om dit te managen? Maakt mij niet wijs dat hij nu lekker in bed ligt in zijn Plopsaland pyjama
KingRoland	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:36 schreef Mijk het volgende: [..] Nee ik wil naar de kerk. ik ook
StateOfMind	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:36 schreef leolinedance het volgende: [..] Ik ga er NU een open schieten. Dubbel of tripel wat zal ik nemen Tripel
Fukushima	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:35 schreef PzKpfw het volgende: [..] Alcohol is noodzakelijk in barre tijden. Deze man weet
leolinedance	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:36
	Zou trouwens best met Shania Twain in quarantaine willen zitten hoor...
Poepz0r	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:37
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:36 schreef leolinedance het volgende: Zou trouwens best met Shania Twain in quarantaine willen zitten hoor... Of niet koekoek.
Smack10	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:37
	quote: Op dinsdag 17 maart 2020 23:34 schreef leolinedance het volgende: [..] Is dat niet juist? Qua ervaring kunnen we beter virologen uit Azië aanhalen als experts. Of die Belg die een middel tegen SARS vond.
tesssssssss	dinsdag 17 maart 2020 @ 23:37
	@KingRoland Toch heel erg bedankt voor de nuttige tip