Waar bevindt zich het bouwplan van de mens?

quote:

Op maandag 12 januari 2009 20:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik ben nog steeds van mening dat de wetenschap eigenlijk geen zinnige verklaring kan geven voor de wording van de mens uit een eicel. Er is hier eerder in dit topic wel gesuggereerd dat hier veel meer kennis over aanwezig zou zijn dan in dit topic aan bod is gekomen maar dat betwijfel ik ernstig.
Dit is zo’n belangrijk onderwerp dat als hier ergens kennis over zou bestaan, dat heus niet beperkt zou blijven tot enkele specialisten maar gauw genoeg tot de biologische basiskennis zou behoren.

De breed aanwezige opvatting dat het raadsel van het ontstaan van het leven, en in het bijzonder de mens, door de wetenschap voor een belangrijk deel is opgelost, door middel van evolutietheorie, mutaties in het DNA, en natuurlijke selectie, lijkt me dus onjuist.

Voor de duidelijkheid: ik bestrijd niet de evolutietheorie, mutaties of natuurlijke selectie, maar deze geven nog geen verklaring voor het ontstaan van de mens, die immers rechtstreeks van een bevruchte eicel afstamt.

Voor veel mensen zal het waarschijnlijk moeilijk zijn, en zelfs te veel gevraagd, om deze 2 zaken uit elkaar te houden.

Dat noemen ze embryologie. Mag ik je Endless Forms most beautiful van Sean Carroll aanraden? Dat is een boek dat voornamelijk gaat over 'Evo Devo' oftewel embryologie in combinatie met evolutionaire biologie. Het is niet moeilijk om beide zaken uit elkaar te houden, maar daarentegen is het juist zeer interessante dat deze derde component (naast de hedendaagse combinatie van Darwin's evolutietheorie en de Mendeliaanse genetica) enorm veel nieuwe inzichten geeft m.b.t. de diversiteit van organismen en hoe die relatief makkelijk kan onstaan vanwege de manier waarop de ontwikkeling van organismen werkt.

Edit: Hier heb je alvast een redelijk uitgebreide review.

quote:

Op maandag 12 januari 2009 20:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:

Voor de duidelijkheid: ik bestrijd niet de evolutietheorie, mutaties of natuurlijke selectie, maar deze geven nog geen verklaring voor het ontstaan van de mens, die immers rechtstreeks van een bevruchte eicel afstamt.

Voor veel mensen zal het waarschijnlijk moeilijk zijn, en zelfs te veel gevraagd, om deze 2 zaken uit elkaar te houden.

Vet van mij.
De evolutie verklaart uitstekend het ontstaan van de soort mens. De soort merns stamt niet van een bevruchte eicel af, maar van een primaat.
De individuele mens stamt niet af van, maar ontstaat uit een bevruchte eicel. Dat proces wordt niet verklaard door de evolutie.

Je haalt twee zaken door elkaar.

quote:

Op maandag 12 januari 2009 20:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik ben nog steeds van mening dat de wetenschap eigenlijk geen zinnige verklaring kan geven voor de wording van de mens uit een eicel. Er is hier eerder in dit topic wel gesuggereerd dat hier veel meer kennis over aanwezig zou zijn dan in dit topic aan bod is gekomen maar dat betwijfel ik ernstig.
Dit is zo’n belangrijk onderwerp dat als hier ergens kennis over zou bestaan, dat heus niet beperkt zou blijven tot enkele specialisten maar gauw genoeg tot de biologische basiskennis zou behoren.

De breed aanwezige opvatting dat het raadsel van het ontstaan van het leven, en in het bijzonder de mens, door de wetenschap voor een belangrijk deel is opgelost, door middel van evolutietheorie, mutaties in het DNA, en natuurlijke selectie, lijkt me dus onjuist.

Voor de duidelijkheid: ik bestrijd niet de evolutietheorie, mutaties of natuurlijke selectie, maar deze geven nog geen verklaring voor het ontstaan van de mens, die immers rechtstreeks van een bevruchte eicel afstamt.

Voor veel mensen zal het waarschijnlijk moeilijk zijn, en zelfs te veel gevraagd, om deze 2 zaken uit elkaar te houden.

Ten eerste over het vet gedrukte gedeelte: het ontstaan van leven heeft niets maar dan ook niets met de evolutietheorie te maken. En de vraag die jij stelt over hoe een bevruchte eicel uitgroeit tot een mens heeft weer niks te maken met hoe het leven zelf is ontstaan.

Ten tweede: Ik vraag me af hoe je erbij komt dat dit specifieke geval zo belangrijk en blijkbaar ook zo eenvoudig zou moeten zijn dat dit tot biologische basiskennis zou moeten behoren. Belangrijk kan ik me nog enigszins indenken, maar je kan de gemiddelde vmbo-er er toch echt niet mee opschepen. Mischien de VWO-er die biologie in zn examenpakket heeft zitten. Maar dan nog zou het voldoende zijn om te leren dat het gebeurt en niet elke specifieke actie of stofjes etcetera die erbij betrokken zijn.

Ten derde: Heb je uberhaupt onderzoek gedaan of boeken gelezen over dit onderwerp of leek een fok topic jou wel voldoende?

Ten vierde Al zou de wetenschap er nog niet helemaal uit zijn dan wil dat nog niet zeggen dat er geen verklaring voor is, enkel dat we die verklaring nog niet weten.

Conclusie, als je werkelijk wat wilt leren doe dat dan en val ons niet lastig met je ontwetendheid en ga niet doen alsof er een of andere mysterieuze kracht achter moet zitten omdat jij het niet kan bevatten.

quote:

Op maandag 12 januari 2009 20:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik ben nog steeds van mening dat de wetenschap eigenlijk geen zinnige verklaring kan geven voor de wording van de mens uit een eicel. Er is hier eerder in dit topic wel gesuggereerd dat hier veel meer kennis over aanwezig zou zijn dan in dit topic aan bod is gekomen maar dat betwijfel ik ernstig.
Dit is zo’n belangrijk onderwerp dat als hier ergens kennis over zou bestaan, dat heus niet beperkt zou blijven tot enkele specialisten maar gauw genoeg tot de biologische basiskennis zou behoren.

http://proto.thinkquest.nl/~llb333/dna/dna-article.php?id=opbouw

quote:

Op woensdag 7 januari 2009 06:40 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

Als je naar de supermarkt gaat noem je de uiteindelijke inhoud van je boodschappentas toch ook geen toeval? Willekeurige supermarkt, willekeurig assortiment waaruit een willekeurige keuze gemaakt wordt?

Die selectie is gebaseerd op wat jij toevallig wil eten die avond. Door trial en error ben je erachter gekomen dat bieflapjes en gebakken aardappelen een lekkere en voedzame maaltijd zijn. Als je toevallig vegetarier was geweest, had je boodschappentas er heel anders uitgezien.

Dus ja, uiteindelijk wordt de inhoud van je boodschappentas ook door toeval bepaald. Er is niks anders aan vooraf gegaan dan "dit werkt voor dit doel, dus dat ga ik vaker doen".

quote:

Op woensdag 14 januari 2009 22:51 schreef wonderer het volgende:

[..]

Die selectie is gebaseerd op wat jij toevallig wil eten die avond. Door trial en error ben je erachter gekomen dat bieflapjes en gebakken aardappelen een lekkere en voedzame maaltijd zijn. Als je toevallig vegetarier was geweest, had je boodschappentas er heel anders uitgezien.

Dus ja, uiteindelijk wordt de inhoud van je boodschappentas ook door toeval bepaald. Er is niks anders aan vooraf gegaan dan "dit werkt voor dit doel, dus dat ga ik vaker doen".

Dat de selectiecriteria die op dat moment aanwezig zijn (locatie, voorkeur, aanwezigheid van producten, etc.) anders hadden kunnen zijn maakt de inhoud van jouw tas toch geen random inhoud? Althans, ik word weinig verbaasd bij de kassa over de producten die zich een weg hebben geworsteld richting mijn mandje. Net als dat het opkomen van de zon iedere ochtend mij weinig verbaasd. Dat er een toevalligheid zit in de samenloop van omstandigheden betekent niet dat het effect van een natuurkracht zoals selectie totaal toeval is.

Volgens mij moet je ook uitkijken dat toeval geen 'god of the gaps' word.

quote:

Op donderdag 15 januari 2009 06:03 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

Dat de selectiecriteria die op dat moment aanwezig zijn (locatie, voorkeur, aanwezigheid van producten, etc.) anders hadden kunnen zijn maakt de inhoud van jouw tas toch geen random inhoud? Althans, ik word weinig verbaasd bij de kassa over de producten die zich een weg hebben geworsteld richting mijn mandje. Net als dat het opkomen van de zon iedere ochtend mij weinig verbaasd. Dat er een toevalligheid zit in de samenloop van omstandigheden betekent niet dat het effect van een natuurkracht zoals selectie totaal toeval is.

Volgens mij moet je ook uitkijken dat toeval geen 'god of the gaps' word.

Misschien moet je de schaal waarop je denkt iets vergroten. Het feit dat jij net dat ene pak suiker waar net dat ene suikerkristalletje in zit koopt, is totaal random. Dat dat suikerkristalletje net daar in het pak vooraan (of op de tweede rij als de eerste rij er toevallig een beetje gebutst uitziet) zit en jij komt langs met suiker op je lijstje is random.
Mocht je dit niet als random zien kan je de schaal nog een stukje vergroten.

quote:

Op donderdag 15 januari 2009 09:05 schreef SP het volgende:

[..]

Misschien moet je de schaal waarop je denkt iets vergroten. Het feit dat jij net dat ene pak suiker waar net dat ene suikerkristalletje in zit koopt, is totaal random. Dat dat suikerkristalletje net daar in het pak vooraan (of op de tweede rij als de eerste rij er toevallig een beetje gebutst uitziet) zit en jij komt langs met suiker op je lijstje is random.
Mocht je dit niet als random zien kan je de schaal nog een stukje vergroten.

Nee, dat ligt allemaal vast via oorzaak en gevolg en is dus gepredestineerd.

quote:

Op donderdag 15 januari 2009 06:03 schreef Invictus_ het volgende:

[..]

Dat de selectiecriteria die op dat moment aanwezig zijn (locatie, voorkeur, aanwezigheid van producten, etc.) anders hadden kunnen zijn maakt de inhoud van jouw tas toch geen random inhoud? Althans, ik word weinig verbaasd bij de kassa over de producten die zich een weg hebben geworsteld richting mijn mandje. Net als dat het opkomen van de zon iedere ochtend mij weinig verbaasd. Dat er een toevalligheid zit in de samenloop van omstandigheden betekent niet dat het effect van een natuurkracht zoals selectie totaal toeval is.

Volgens mij moet je ook uitkijken dat toeval geen 'god of the gaps' word.

Het is het resultaat van toeval en trial and error. Net zoals de uiteindelijke versie van de mens. Er is niet van te voren nagedacht over wat zou kunnen werken, niemand heeft het boek "hoe bouw ik een mens" erop nageslagen.

Misschien moet je eens verbaasd zijn over de inhoud van je mandje. Want waarom zitten daar worteltjes EN chips in, bijvoorbeeld? Waarom vind je DAT lekker.

quote:

Op donderdag 15 januari 2009 17:43 schreef wonderer het volgende:

[..]

Het is het resultaat van toeval en trial and error. Net zoals de uiteindelijke versie van de mens. Er is niet van te voren nagedacht over wat zou kunnen werken, niemand heeft het boek "hoe bouw ik een mens" erop nageslagen.

Whow, dat is iets heel anders. Dat er geen doel is betekent niet dat de uitkomst toeval is. Eén en één tel je niet op om twee te krijgen, maar het resultaat twee is alleszins geen verrassing.

quote:

Misschien moet je eens verbaasd zijn over de inhoud van je mandje. Want waarom zitten daar worteltjes EN chips in, bijvoorbeeld? Waarom vind je DAT lekker.

Wat kees zei. De inhoud van mijn boodschappenmandje is een redelijk eenvoudige uitwerking van vreselijk veel factoren. In mijn hard- en software zit nou eenmaal een voorkeur voor chips en worteltjes. Toeval? Neuh. D'r zullen zat proto-invi's zijn die die voorkeur delen of iets soortgelijks of iets dat redelijk eenvoudig in die voorkeur is om te zetten. Idemdito voor de protoproto-invi's, de protoprotoproto-invi's en ga zo maar door.

Ik vind de discussie niet zo eenduidig (de discussie over toeval of predestinatie, niet die over het bouwplan).

Enerzijds kun je constateren dat er verplichtende factoren zijn, ook in zaken waarin we denken dat we een vrije wil hebben. Het schijnt genetisch bepaald te zijn of je graag risico's neemt of niet. Ook is meetbaar dat de impuls tot bewegen van de spieren al meetbaar is vóór de persoon die beslissing neemt.
Anderzijds kunnen we een moordenaar niet vrijspreken met het argument dat zijn spieren iemand vermoordden en hij alleen maar kon toekijken. Ook een moeilijke jeugd is geen reden voor vrijspraak, hoogstens voor tbs.
Als mensen denk ik, dat we moeten doen of iemand een vrije wil heeft en hem dus serieus moeten nemen. Pas als er problemen ontstaan, gaan we zoeken naar (dwingende) oorzaken en remedies.

Voor wat betreft de evolutie is er enerzijds de dwang van de omstandigheden, die in een bepaalde richting duwt en anderzijds een tamelijk toevallige mutatie die goed uitkomt. Die mutatie kan bijvoorbeeld veroorzaakt zijn door kosmische straling. In theorie kan dat via oorzaak en gevolg traceerbaar zijn, maar voor de aardse praktijk is dat niet relevant.

Dit doet me denken aan de discussie over de invloeden van nurture en nature. De gevonden verhoudingen lopen van 80-20 tot 20-80, en gemiddeld komt dat uit op 50-50.
Zo lijkt het praktisch om daarvan ook uit te gaan bij de discussie tussen voorbestemming en toeval.

quote:

Op vrijdag 16 januari 2009 00:58 schreef Kees22 het volgende:
Ik vind de discussie niet zo eenduidig (de discussie over toeval of predestinatie, niet die over het bouwplan).

Enerzijds kun je constateren dat er verplichtende factoren zijn, ook in zaken waarin we denken dat we een vrije wil hebben. Het schijnt genetisch bepaald te zijn of je graag risico's neemt of niet. Ook is meetbaar dat de impuls tot bewegen van de spieren al meetbaar is vóór de persoon die beslissing neemt.
Anderzijds kunnen we een moordenaar niet vrijspreken met het argument dat zijn spieren iemand vermoordden en hij alleen maar kon toekijken. Ook een moeilijke jeugd is geen reden voor vrijspraak, hoogstens voor tbs.
Als mensen denk ik, dat we moeten doen of iemand een vrije wil heeft en hem dus serieus moeten nemen. Pas als er problemen ontstaan, gaan we zoeken naar (dwingende) oorzaken en remedies.

Voor wat betreft de evolutie is er enerzijds de dwang van de omstandigheden, die in een bepaalde richting duwt en anderzijds een tamelijk toevallige mutatie die goed uitkomt. Die mutatie kan bijvoorbeeld veroorzaakt zijn door kosmische straling. In theorie kan dat via oorzaak en gevolg traceerbaar zijn, maar voor de aardse praktijk is dat niet relevant.

Dit doet me denken aan de discussie over de invloeden van nurture en nature. De gevonden verhoudingen lopen van 80-20 tot 20-80, en gemiddeld komt dat uit op 50-50.
Zo lijkt het praktisch om daarvan ook uit te gaan bij de discussie tussen voorbestemming en toeval.

discussie over toeval en predestinatie is eigenlijk behoorlijk offtopic.

Sorry, ik geef het op. Parels voor de zwijnen, zaad op rotsige bodem.

quote:

Op vrijdag 16 januari 2009 22:55 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]
Als je alles prima kunt verklaren zou ik daar dan maar eens mee beginnen,

Er zijn hele boeken en ingewikkelde wetenschappelijke verhandelingen over volgeschreven, waarom denk je nog steeds dat iemand het even in een fok-post kan uitleggen aan je?

quote:

Op vrijdag 16 januari 2009 22:55 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Ik ben degene die een probleem aan de orde stelt, niet degene die antwoorden geeft.

Erm? Dan moet je misschien de draad nog een keer doorlezen. Er is al van alles uitgelegd en je bent al talloze malen verwezen naar informatiebronnen. Misschien is het probleem een tekort aan kennis waardoor je nog steeds denkt dat er een stap-voor-stap instructietabel is voor het 'maken' van een mens. Dat is er niet, het is één groot dynamisch proces waarbij het DNA maar een deel van de variabelen stelt. Vandaar ook dat er zo veel mis kan gaan.

quote:

Op vrijdag 16 januari 2009 22:55 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Ik ben degene die een probleem aan de orde stelt, niet degene die antwoorden geeft.
Ik zou wel eens willen weten welk onderzoek ik weggooi.
Als je alles prima kunt verklaren zou ik daar dan maar eens mee beginnen, ik ben erg geïnteresseerd, zonder er uiteraard de evolutietheorie bij te slepen, want daar gaat het hier niet om, het gaat om de ontwikkeling van eicel tot mens.

Dat heb ik je tochal gezegd. Lees iets als Endless forms most beautiful van Sean Carroll of The plausibility of life van Gerhard & Kirschner, lees een van de vele wetenschappelijjke journals die over het onderwerp gaan als Cell of open-access versies als BMC developmental biology, Development (edities meer dan 6 maanden out publiekelijk beschikbaar), etcetera.

Of stel eens een concrete vraag. De vraag 'hoe vormt uit DNA een volledig mens' is net zoiets als vragen 'hoe ontstaat het huidige universum uit de Big Bang'. Er valt genoeg zinnigs over te zeggen maar het is niet iets dat je even in een paar regels uitlegt.

Na 4 pagina's te hebben gelezen is de drang om een reactie te plaatsen groter dan het topic uit te lezen, dus excuus als ik nu iets zeg wat reeds aan bod is gekomen.

Als ik het goed begrijp heeft TS de vraag hoe van een bevrucht eicel een mens kan ontstaan. Evolutietheorie en andere termen die ik hier naar voren heb zien komen hoeven niet direct bij dit onderwerp betrokken te worden als je alleen wilt kijken naar het proces van eicel naar mens. Ik heb het idee dat het algemeen concept al niet helemaal duidelijk is, dus advies is om eerst een middelbaar biologie boekje open te slaan over dit onderwerp. Of bekijk eens een filmpje op youtube onder de hier eerder genoemde termen embryogenese.

VB.


Je hebt het geregeld over een chemisch kettingreactie. Juist: biologische componenten veroorzaken een bepaald effect. Wat je je moet realiseren is dat dit niet zomaar gebeurd. Het DNA wordt niet zomaar afgelezen en gecodeerd. (ook voor het coderen (of om in luxere termen te spreken: transcriptie/translatie) verwijs ik je naar een middelbaar schoolboekje waar dit proces enigzins eenvoudig staat omschreven. Wellicht is er in het Genetics voor dummies boekje ook wel een hoofdstuk over gewijdt). Hier is een bepaalde trigger voor nodig. Ik heb me, ondanks mijn biomedische opleiding, niet in de embryologie verdiept, dus kan je geen duidelijk uitleg geven hoe dit bij eicelontwikkeling precies zit, maar je kunt je voorstellen dat iedere cel stoffen kan opnemen en uitscheiden. Een cel op zich bestaat namelijk niet alleen uit DNA, het zit vol met voedingsstoffen en andere motoren die nodig zijn om zich te kunnen ontwikkelen en delen. Doordat een cel stoffen opneemt wordt ofwel een bepaald proces in de cel op gang gezet, ofwel kan het worden gebruikt als bouwblok voor de creatie van een molecuul (wat weer kan dienen als een stof dat een andere cel triggert) Realiseer dat moleculen een proces kunnen remmen alswel een proces kunnen bevorderen. Op zo'n soort wijze wordt het gehele lichaam gereguleerd en kan me dus voorstellen dat dit ook gebeurd bij ontwikkeling van een eicel tot mens, dat in de tijd dat het in de baarmoeder zit, constant wordt voorzien van voedingsstoffen, bouwstoffen en zuurstofvoorziening. In het begin stadium spelen wellicht andere stoffen een rol dan in een later stadium, omdat deze stoffen later worden afgeremd door een ander proces.

Ook van belang om te weten is (en dat hoort bij die middelbare biologie kennis) een stuk DNA een recept is voor een eiwit. Het DNA in zijn geheel is dus een soort receptenboek hoe je een eiwit moet maken. Niet iedere cel leest iedere 'pagina' uit dit boek. Een huidcel heeft bijvoorbeeld andere eiwitten te maken dan een pancreascel.
Hoe men achter de functie van een stuk DNA komt? Veel experimenteren op laboratorium niveau, genen uitschakelen en kijken hoe de cel zich ontwikkeld.

Als je echt wilt weten hoe het in elkaar zit moet je bereid zijn er wat over te durven lezen, want het is moeilijk daar in lekentaal een compleet antwoord op te geven. Begin niet direct met de hard-corewetenschappelijke artikelen, maar eens bij iets simpels en ga steeds verder de diepte in. Of, als je nog een opleiding moet kiezen, kies dan iets in deze richting Met je nieuwsgierigheid kom je al een heel eind.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 15:59 schreef Clyde_Frog het volgende:
Je hebt het geregeld over een chemisch kettingreactie. Juist: biologische componenten veroorzaken een bepaald effect. Wat je je moet realiseren is dat dit niet zomaar gebeurd. Het DNA wordt niet zomaar afgelezen en gecodeerd. (ook voor het coderen (of om in luxere termen te spreken: transcriptie/translatie) verwijs ik je naar een middelbaar schoolboekje waar dit proces enigzins eenvoudig staat omschreven. Wellicht is er in het Genetics voor dummies boekje ook wel een hoofdstuk over gewijdt). Hier is een bepaalde trigger voor nodig. Ik heb me, ondanks mijn biomedische opleiding, niet in de embryologie verdiept, dus kan je geen duidelijk uitleg geven hoe dit bij eicelontwikkeling precies zit, maar je kunt je voorstellen dat iedere cel stoffen kan opnemen en uitscheiden. Een cel op zich bestaat namelijk niet alleen uit DNA, het zit vol met voedingsstoffen en andere motoren die nodig zijn om zich te kunnen ontwikkelen en delen. Doordat een cel stoffen opneemt wordt ofwel een bepaald proces in de cel op gang gezet, ofwel kan het worden gebruikt als bouwblok voor de creatie van een molecuul (wat weer kan dienen als een stof dat een andere cel triggert) Realiseer dat moleculen een proces kunnen remmen alswel een proces kunnen bevorderen. Op zo'n soort wijze wordt het gehele lichaam gereguleerd en kan me dus voorstellen dat dit ook gebeurd bij ontwikkeling van een eicel tot mens, dat in de tijd dat het in de baarmoeder zit, constant wordt voorzien van voedingsstoffen, bouwstoffen en zuurstofvoorziening. In het begin stadium spelen wellicht andere stoffen een rol dan in een later stadium, omdat deze stoffen later worden afgeremd door een ander proces.

Ook van belang om te weten is (en dat hoort bij die middelbare biologie kennis) een stuk DNA een recept is voor een eiwit. Het DNA in zijn geheel is dus een soort receptenboek hoe je een eiwit moet maken. Niet iedere cel leest iedere 'pagina' uit dit boek. Een huidcel heeft bijvoorbeeld andere eiwitten te maken dan een pancreascel.
Hoe men achter de functie van een stuk DNA komt? Veel experimenteren op laboratorium niveau, genen uitschakelen en kijken hoe de cel zich ontwikkeld.

Wat in de ontwikkelingsbiologie belangrijk is, zijn de regulerende genen. In het dierenrijk zijn er bijvoorbeeld de hox genen die verantwoordelijk zijn voor de juist plaatsing van 'delen'. Heel simpel gezegd zorgen dat soort genen ervoor dat andere genen 'weten' welke transcripties waar juist wel of juist niet moeten plaatsvinden.

Hmmm ja dat klopt, er zijn ook regulerende genen.

(leuke avatar btw, heb recent nog de complete boxset van de serie aangeschaft )

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 17:44 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Je zegt: stel eens een concrete vraag.
Dat heb ik al eerder gedaan maar ik zal het nog eens herhalen.
Uit mijn vorige posts:

De kern van het probleem is het volgende:
Welk mechanisme zou verantwoordelijk moeten zijn voor een bepaalde voorkeursrichting van welke actie van de cel dan ook? En die voorkeursrichting moet vaak bepaald worden om een gestructureerde ruimtelijke structuur te creëren.
Hoe ingewikkeld de biochemie van de cel ook is, al die moleculaire reacties en reactieproducten hebben geen voorkeur voor de ene richting boven de andere.
Men moet zich dus niet laten imponeren door zeer ingewikkelde moleculaire kettingreacties omdat die allemaal richtingsonafhankelijk zijn.


Ik vraag me af of er in dat boek “Molecular biology of the cell” ook iets staat over voorkeur voor een bepaalde richting van moleculaire activiteiten in de cel, en zo ja, op grond waarvan.
Dat is nl. waar het in dit topic om gaat.

Klik bijvoorbeeld eens op de link over hox genen die ik hierboven gaf. het antwoord op de vraag over 'hoe weet welke cel wat hij wat moet' doen is dat de regulerende genen een soort van geografie in het embryo markeren. Eerst bijvoorbeeld twee assen (bij bilaterale organismen), dan een verdere verdeling van die assen in subregio's, etcetera. Dat valt zoals al eerder aangehaald te zien d.m.v. het hanteren van bepaalde technologieën om de activatiestatus (aan / uit) van dergelijke regulerende genen te zien.
Het heeft echt geen ene zak te maken met 'richting', maar met de supressie dan wel activatie van de verschillende transcripties, uiteraard ook weer gestimuleerd door omgevingsfactoren zoals b.v. in de baarmoeder.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 18:12 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Het heeft volgens mij wel veel te maken met richting, want als suppressie en activatie naar alle richtingen toe hetzelfde verloopt ontstaat er nooit een gestructureerde ruimtelijke structuur.

goed, dan is het de zwaartekracht of de kant waar een embryo aan de baarmoeder vast zit wat een gradientverschil in stoffen creëert en dus een asymmetrische ontwikkeling.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 17:44 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Je zegt: stel eens een concrete vraag.
Dat heb ik al eerder gedaan maar ik zal het nog eens herhalen.
Uit mijn vorige posts:

De kern van het probleem is het volgende:
Welk mechanisme zou verantwoordelijk moeten zijn voor een bepaalde voorkeursrichting van welke actie van de cel dan ook? En die voorkeursrichting moet vaak bepaald worden om een gestructureerde ruimtelijke structuur te creëren.
Hoe ingewikkeld de biochemie van de cel ook is, al die moleculaire reacties en reactieproducten hebben geen voorkeur voor de ene richting boven de andere.
Men moet zich dus niet laten imponeren door zeer ingewikkelde moleculaire kettingreacties omdat die allemaal richtingsonafhankelijk zijn.


Ik vraag me af of er in dat boek “Molecular biology of the cell” ook iets staat over voorkeur voor een bepaalde richting van moleculaire activiteiten in de cel, en zo ja, op grond waarvan.
Dat is nl. waar het in dit topic om gaat.

Ik vraag me af waarom je naar dat boek refereert, maar als je hem toch noemt: lees H7

[url]http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=books&cmd=Search&term=Control%20of%20Gene%20Expression%20AND%20mboc4[book]&doptcmdl=TOCView[/url]

En ja, het gaat maar om een mosje, maar hoe mooi wil je het hebben? Bij bevruchting wordt er gepolariseerd zodat van de door TS geopperde homogene bevruchte eicel geen sprake is.

quote:

Sperm entry induces polarity in fucoid zygotes
^{Whitney E. Hable* and Darryl L. Kropf
University of Utah, Department of Biology, 257 South 1400 East, Salt Lake City, UT 84112-0840, USA
*Author for correspondence (e-mail: hable@biology.utah.edu)
Accepted 5 November 1999; published on WWW 12 January 2000}

Fucoid zygotes establish a rhizoid-thallus growth axis in response to environmental signals; however, these extrinsic cues are not necessary for polarization, suggesting that zygotes may have inherent polarity. The hypothesis that sperm entry provides a default pathway for polarization of zygotes cultured in the absence of environmental signals was tested, and was supported by several lines of evidence.
First, an F-actin patch, a cortical marker of the rhizoid pole, formed at the sperm entry site within minutes of fertilization. Second, the sperm entry site predicted the site of polar adhesive secretion (the first morphological manifestation of the rhizoid pole) and the position of rhizoid outgrowth. Third, when fertilization was restricted to one hemisphere of the egg, rhizoid outgrowth always occurred from that hemisphere. Fourth, delivery of sperm to one location within a population of eggs resulted in polarization of both adhesive secretion and rhizoid outgrowth toward the sperm source. Finally, induction of polyspermy using low sodium seawater increased the frequency of formation of two rhizoids. Sperm entry therefore provides an immediate default axis that can later be overridden by environmental cues.
http://dev.biologists.org/cgi/reprint/127/3/493.pdf

quote:

GGCAAGGGTTTAAAGAGTCCCCACCCGGCAGAGCACCTCGGCCCGGGAAGAGGAGTGAGC
CAGGGTCGAGTAGTGTCCCCCGATCTCGCCGCGGCAACTCCGGAGAAATCCCGGGCTGGG
CAAACAGCCCTTAATATAATAATAGCTTGTCTCTTTAAAAAGCAAAAGGGGGGGAAAGTT
TTGTTGGCATCTGGTTTCTGATCTCATTATGTTGTGGTCGACCAATCCAGCCCTCGGGCC
TGGTCCTCGGGTTTAAATCTGATTGGCCGAGAGCACATTTTGGGTTGGTGCTTAGAGCTC
GACGGGGCGGTTTCAAGGATCCCTTTTTTGGGGGGCTGAGGAGAGGGCGGGGCCGCCAGC
GGGGGCCCCCTTGAAACCGACTAATTGGGATCGGAGAGGCCGAGGTGAGGGCTGGAGGAG
GCACAAAGAAGTCGCTGGGTGCAGAAGGGAGGGGAGAGGGGGAGCTGAGAGGCGAGAGGA
GGAGGAAGAGGAGAGAGGGCAGCAGCGCGCGGTGTCTCCGGCTGCTCAGTCCGACCGCGG
CAAGCAAGCGGGCAGGCGCACCGCCCCCTCCCCCGCCCGGCCTCCCCAACTCTGCGGCCG
CGAGTAAAGTTTGCAAAGAGGCGCGGGAGGCGGCAGCCGCAGCGAGGAGGCGGCGGGGAA
GAAGCGCAGTCTCCGGGTTGGGGGCGGGGGCGGGGGGGGCGCCAAGGAGCCGGGTGGGGG
GCGGCGGCCAGCATGCGGCCCCGCAGCGCCCTGCCCCGCCTGCTGCTGCCGCTGCTGCTG
CTGCCCGCCGCCGGGCCGGCCCAGTTCCACGGGGAGAAGGGCATCTCCATCCCGGACCAC
GGCTTCTGCCAGCCCATCTCCATCCCGCTGTGCACGGACATCGCCTACAACCAGACCATC
ATGCCCAACCTTCTGGGCCACACGAACCAGGAGGACGCAGGCCTAGAGGTGCACCAGTTC
TATCCGCTGGTGAAGGTGCAGTGCTCGCCCGAACTGCGCTTCTTCCTGTGCTCCATGTAC
GCACCCGTGTGCACCGTGCTGGAACAGGCCATCCCGCCGTGCCGCTCTATCTGTGAGCGC
GCGCGCCAGGGCTGCGAAGCCCTCATGAACAAGTTCGGTTTTCAGTGGCCCGAGCGCCTG
CGCTGCGAGCACTTCCCGCGCCACGGCGCCGAGCAGATCTGCGTCGGCCAGAACCACTCC
GAGGACGGAGCTCCCGCGCTACTCACCACCGCGCCGCCGCCGGGACTGCAGCCGGGTGCC
GGGGGCACCCCGGGTGGCCCGGGCGGCGGCGGCGCTCCCCCGCGCTACGCCACGCTGGAG
CACCCCTTCCACTGCCCGCGCGTCCTCAAGGTGCCATCCTATCTCAGCTACAAGTTTCTG
GGCGAGCGTGATTGTGCTGCGCCCTGCGAACCTGCGCGGCCCGATGGTTCCATGTTCTTC
TCACAGGAGGAGACGCGTTTCGCGCGCCTCTGGATCCTCACCTGGTCGGTGCTGTGCTGC
GCTTCCACCTTCTTCACTGTCACCACGTACTTGGTAGACATGCAGCGCTTCCGCTACCCA
GAGCGGCCTATCATTTTTCTGTCGGGCTGCTACACCATGGTGTCGGTGGCCTACATCGCG
GGCTTCGTGCTCCAGGAGCGCGTGGTGTGCAACGAGCGCTTCTCCGAGGACGGTTACCGC
ACGGTGGTGCAGGGCACCAAGAAGGAGGGCTGCACCATCCTCTTCATGATGCTCTACTTC
TTCAGCATGGCCAGCTCCATCTGGTGGGTCATCCTGTCGCTCACCTGGTTCCTGGCAGCC
GGCATGAAGTGGGGCCACGAGGCCATCGAGGCCAACTCTCAGTACTTCCACCTGGCCGCC
TGGGCCGTGCCGGCCGTCAAGACCATCACCATCCTGGCCATGGGCCAGATCGACGGCGAC
CTGCTGAGCGGCGTGTGCTTCGTAGGCCTCAACAGCCTGGACCCGCTGCGGGGCTTCGTG
CTAGCGCCGCTCTTCGTGTACCTGTTCATCGGCACGTCCTTCCTCCTGGCCGGCTTCGTG
TCGCTCTTCCGCATCCGCACCATCATGAAGCACGACGGCACCAAGACCGAAAAGCTGGAG
CGGCTCATGGTGCGCATCGGCGTCTTCTCCGTGCTCTACACAGTGCCCGCCACCATCGTC
ATCGCTTGCTACTTCTACGAGCAGGCCTTCCGCGAGCACTGGGAGCGCTCGTGGGTGAGC
CAGCACTGCAAGAGCCTGGCCATCCCGTGCCCGGCGCACTACACGCCGCGCATGTCGCCC
GACTTCACGGTCTACATGATCAAATACCTCATGACGCTCATCGTGGGCATCACGTCGGGC
TTCTGGATCTGGTCGGGCAAGACGCTGCACTCGTGGAGGAAGTTCTACACTCGCCTCACC
AACAGCCGACACGGTGAGACCACCGTGTGAGGGACGCCCCCAGGCCGGAACCGCGCGGCG
CTTTCCTCCGCCCGGGGTGGGGCCCCTACAGACTCCGTATTTTATTTTTTTAAATAAAAA
ACGATCGAAACCATTTCACTTTTAGGTTGCTTTTTAAAAGAGAACTCTCTGCCCAACACC
CCCACAAGGTTTGTAATTAAAACTGTAAATAGTCTTTGTAAATTTAATTATATATATTTT
CTATTTAAAAGAAAAAAGGAGAAAAAAAAACAGGGGTGTGGGCGCCAGGACTGAAGAATG
AGGTGTGTGTGTGTTGGGGAGTGTAGTTGGGGGGAGGGTTCTCTTTCTTAAGTGCCCTTC
AAAACCCGCCCCACTTTTGGAGTTTTTTGGTGATATGGCAGGGCTGGGCCTGATGGGAGA
GGCACCCAGCCTGAGCGCTGTTTTTGTTGGCTTTGAGTCGTTAGGAGTTTGTTCCATTCA
ACTAATATAAAAGCCAAATTTGTGAGCCTCCTCTCTGACGCTGGGCCTGTGGAAGCCGTT
GGATATTTTTGAACAGGACTTGGATTCGTTTTGTTTCCTTCCCCCTTTTCTTTCCCTACT
CATTTGTCCTGTCTTCTTCACTCACTCTTGGAAAAGTCCCAACAGAGATGAAGACGTGGA
AAAAAAAATCGGGGTCGGGGTGTGCTGGTGGGGAGAGGGCAGAGATCCGGTGAGGAATGG
CTTCCACCCCCTGGCCCATTCCCCTGCAGGCTGGAAGATCTTTCTCCTGTCTGGCTTCTC
TTC

Dat is FZD2 dus. Wat een lol zo op zaterdagavond met google.

http://en.wikipedia.org/wiki/FZD2
http://en.wikipedia.org/wiki/Frizzled
http://en.wikipedia.org/wiki/Dishevelled

[ Bericht 2% gewijzigd door Invictus_ op 17-01-2009 20:56:06 ]

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 15:59 schreef Clyde_Frog het volgende:
Na 4 pagina's te hebben gelezen is de drang om een reactie te plaatsen groter dan het topic uit te lezen, dus excuus als ik nu iets zeg wat reeds aan bod is gekomen.

[...]

Als je echt wilt weten hoe het in elkaar zit moet je bereid zijn er wat over te durven lezen, want het is moeilijk daar in lekentaal een compleet antwoord op te geven. Begin niet direct met de hard-corewetenschappelijke artikelen, maar eens bij iets simpels en ga steeds verder de diepte in. Of, als je nog een opleiding moet kiezen, kies dan iets in deze richting Met je nieuwsgierigheid kom je al een heel eind.

Prima antwoord!
Maar je moet echt wat aan je Nederlands doen, zeker als je een academicus bent.
Derde persoon enkelvoud tegenwoordige tijd en voltooid deelwoord zijn kennelijk een probleem.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 22:02 schreef Kees22 het volgende:

[..]

Prima antwoord!
Maar je moet echt wat aan je Nederlands doen, zeker als je een academicus bent.
Derde persoon enkelvoud tegenwoordige tijd en voltooid deelwoord zijn kennelijk een probleem.

een biomedische opleiding hoeft niet academisch te zijn. Er is ook een HBO biomedische opleiding. En bovendien is dit een forum. Geen wetenschappelijk artikel. Slechts een discussieplaats waar je ook kan reageren als je ietwat minder tijd hebt voor een uitgebreide spellingscontrole (en ja, deze reactie zal ook spel- en/of grammaticale fouten bevatten)

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 23:05 schreef Bensel het volgende:

[..]

een biomedische opleiding hoeft niet academisch te zijn. Er is ook een HBO biomedische opleiding. En bovendien is dit een forum. Geen wetenschappelijk artikel. Slechts een discussieplaats waar je ook kan reageren als je ietwat minder tijd hebt voor een uitgebreide spellingscontrole (en ja, deze reactie zal ook spel- en/of grammaticale fouten bevatten)

Daar heb je gelijk in. Ik maak me op taalfouten op FOK meestal ook niet al te erg druk. Maar de fouten in zijn bijdrage wijzen op een volstrekt onbegrip van eenvoudige taalregels. Nog geen ansichtkaart vol.
Als ik een wetenschappelijk artikel zou lezen met dergelijke fouten, zou ik ernstig aan de waarde ervan twijfelen. Een sollicitatiebrief met dergelijke fouten, leg ik meteen aan de kant.
En vertrouwen op de spellingscontrole (die overigens niet alle fouten herkent!) vind ik een zwaktebod.

Blijft staan, dat zijn bijdrage erg goed was.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 20:13 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Dan zou de wetenschap zeker wel vastgesteld hebben dat de positie van de moeder tov. de zwaartekracht (liggend of staand), grote invloed zou hebben.
Een dergelijke constante gradiënt zou bovendien niet verantwoordelijk kunnen zijn voor allerlei detailstructuren.

En waarom zou zo'n gradientverschil niet verantwoordelijk kunnen zijn voor de eerste ronde asymmetrische differentiatie van een ontwikkelende bevruchte eicel? Je lijkt (denkt) een heleboel te weten, dus leg me dit maar uit.

Zo'n mogelijk gradientverschil is in beide gevallen niet constant trouwens.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 22:02 schreef Kees22 het volgende:

[..]

Prima antwoord!
Maar je moet echt wat aan je Nederlands doen, zeker als je een academicus bent.
Derde persoon enkelvoud tegenwoordige tijd en voltooid deelwoord zijn kennelijk een probleem.

hehe, sorry, ik wilde enerzijds TS direct benaderen en anderszijds een algemeen verhaal neertikken, en tegelijkertijd een simpel mogelijk verhaal te krijgen, en in mn gehaastheid heb ik niet op de netheid van het geheel gelet. Maar verder heb je wel gelijk hoor, taal is niet mijn allersterkste kant.

[ Bericht 3% gewijzigd door Clyde_Frog op 17-01-2009 23:50:33 ]

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 23:44 schreef Clyde_Frog het volgende:

[..]

hehe, sorry, ik wilde enerzijds TS direct benaderen en anderszijds een algemeen verhaal neertikken, en tegelijkertijd een simpel mogelijk verhaal te krijgen, en in mn gehaastheid heb ik niet op de netheid van het geheel. Maar verder heb je wel gelijk hoor, taal is niet mijn allersterkste kant.

Vriendjes
Zoals gezegd: een goed verhaal.
Maar ik meende het serieus: dit soort taalfouten kan je een baan kosten. En dat zou ik jammer vinden. Je bent slim genoeg, immers.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 23:53 schreef Kees22 het volgende:

[..]

Vriendjes
Zoals gezegd: een goed verhaal.
Maar ik meende het serieus: dit soort taalfouten kan je een baan kosten. En dat zou ik jammer vinden. Je bent slim genoeg, immers.

Daar heb je gelijk in (wat de taalfouten betreft), zulke opmerkingen houden je wel scherp. Ik zal dr voortaan op letten als ik hier weer eens ga posten. Ik kan je geruststellen dat ik wat betreft rapportages niet vaak opmerkingen over de grammatica ontvang, maar daar moet gelijk aan worden toegevoegd dat ik dan vaker in het engels schrijf en/of daar ook redelijk wat tijd in stop om het netjes te krijgen.

Maar goed we hadden het over de bouwplannen. @Kleinduimpje, ik ben een beetje in de verwarring gebracht met je laatste post. Ben je op zoek naar een chemische verklaring waarom voor route 1 wordt gekozen, en niet voor route 2? Reacties treden namelijk op die energetisch gunstig zijn, (het minste energie kosten), of een stabiel product opleveren.

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 18:12 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Het heeft volgens mij wel veel te maken met richting, want als suppressie en activatie naar alle richtingen toe hetzelfde verloopt ontstaat er nooit een gestructureerde ruimtelijke structuur.

Klopt, dat heeft dus o.a. te maken met de expressie van hox genen, die dan weer worden veroorzaakt door 'signaling'. Hier een vrij beknopt en helder stukje van de Engelstalige wiki over de structuurvorming in het embryo van fruitvliegjes:

quote:

One of the best understood examples of pattern formation is the patterning along the future head to tail (antero-posterior) axis of the fruit fly Drosophila melanogaster. The development of Drosophila is particularly well studied, and it is representative of a major class of animals, the insects or insecta. Other multicellular organisms sometimes use similar mechanisms for axis formation, although the relative importance of signal transfer between the earliest cells of many developing organisms is greater than in the example described here.

Maternal effect genes


The building-blocks of anterior-posterior axis patterning in Drosophila are laid out during egg formation (oogenesis), well before the egg is fertilized and deposited. The developing egg (oocyte) is polarized by differentially localized mRNA molecules.

The genes that code for these mRNAs, called maternal effect genes, encode for proteins that get translated upon fertilization to establish concentration gradients that span the egg. Bicoid and hunchback are the maternal effect genes that are most important for patterning of anterior parts (head and thorax) of the Drosophila embryo. Nanos and Caudal are maternal effect genes that are important in the formation of more posterior abdominal segments of the Drosophila embryo.

Cytoskeletal elements such as microtubules are polarized within the oocyte and can be used to allow the localization of mRNA molecules to specific parts of the cell. Maternally synthesized bicoid mRNAs attach to microtubules and are concentrated at the anterior ends of forming Drosophila eggs. Nanos mRNAs also attach to the egg cytoskeleton but they concentrate at the posterior ends of the eggs. Hunchback and caudal mRNAs lack special location control systems and are fairly evenly spread throughout the interior of egg cells.

When the mRNAs from the maternal effect genes are translated into proteins a Bicoid protein gradient forms at the anterior end of the egg. Nanos protein forms a gradient at the posterior end. The Bicoid protein blocks translation of caudal mRNA so Caudal protein is made only in the posterior part of the cell. Nanos protein binds to the hunchback mRNA and blocks its translation in the posterior end of Drosophila embryos.

The Bicoid, Hunchback, and Caudal proteins are transcription factors. Bicoid has a DNA-binding homeodomain that binds both DNA and the nanos mRNA. Bicoid binds a specific RNA sequence in the 3' untranslated region of caudal mRNA and blocks translation.

Hunchback protein levels in the early embryo are significantly augmented by new hunchback gene transcription and translation of the resulting zygotically produced mRNA. During early Drosophila embryogenesis there are nuclear divisions without cell division. The many nuclei that are produced distribute themselves around the periphery of the cell cytoplasm. Gene expression in these nuclei is regulated by the Bicoid, Hunchback, and Caudal proteins. For example, Bicoid acts as a transcriptional activator of hunchback gene transcription.

Gap genes

The other important function of the gradients of Bicoid, Hunchback, and Caudal proteins is in the transcriptional regulation of other zygotically expressed proteins. Many of these are the protein products derived from members of the "gap" family of developmental control genes. Hunchback, krüppel, giant, tailless and knirps are all gap genes. Their expression patterns in the early embryo are determined by the maternal effect gene products and shown in the diagrams on the right side of this page. The gap genes are part of a larger family called the segmentation genes. These genes establish the segmented body plan of the embryo along the anterior-posterior axis. The segmentation genes specify 14 "parasegments" that are closely related to the final anatomical segments. The gap genes are the first layer of a hierarchical cascade of the segmentation control genes.

Proteins such as Bicoid can be described as morphogens that act within the syncytial blastoderm of the early Drosophila embryo. These intracellular morphogens enter the nuclei and act as transcription factors to control expression of the gap genes.

In the blastoderm stage of Drosophila morphogenesis four types of nuclear specification can be distinguished:

Anterior (head and thorax)

Posterior (abdomen)

Dorso-ventral

Terminal (special structures at the unsegmented ends of the embryo)




enzovoort.

bron

[ Bericht 1% gewijzigd door Monolith op 18-01-2009 21:44:55 ]

quote:

Op zaterdag 17 januari 2009 23:17 schreef Kees22 het volgende:

[..]

Daar heb je gelijk in. Ik maak me op taalfouten op FOK meestal ook niet al te erg druk. Maar de fouten in zijn bijdrage wijzen op een volstrekt onbegrip van eenvoudige taalregels. Nog geen ansichtkaart vol.
Als ik een wetenschappelijk artikel zou lezen met dergelijke fouten, zou ik ernstig aan de waarde ervan twijfelen. Een sollicitatiebrief met dergelijke fouten, leg ik meteen aan de kant.
En vertrouwen op de spellingscontrole (die overigens niet alle fouten herkent!) vind ik een zwaktebod.

Blijft staan, dat zijn bijdrage erg goed was.

quote:

Op maandag 19 januari 2009 06:57 schreef starla het volgende:

[..]

Mensen die de autocorrectie niet kunnen gebruiken.

quote:

Op maandag 19 januari 2009 20:35 schreef kleinduimpje3 het volgende:
*snip* en chemie heeft geen voorkeur voor een bepaalde richting, dwz. alle moleculen vliegen in willekeurige richtingen,

Erm? Misvatting! Eiwitten vouwen heel mooi stabiel op, en ook de vorming van kristallen (mooi netjes in een raster) is toch wel iets anders dan willekeur.

quote:

wat geen aanleiding lijkt te kunnen geven voor een geordende ruimtelijke structuur zoals in een mens.

En als was er totale willekeur in de chemie, een mens is een verzameling cellen. Die zijn intern en onderling zeer georganiseerd.

quote:

Op maandag 19 januari 2009 20:38 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Nee, ik weet hier niet zo veel van maar ik zie wel een probleem en dat breng ik ter sprake.

Natuurlijk kan een gradiëntverschil, dwz. een concentratieverschil van bepaalde op het DNA aangrijpende stoffen, afgescheiden door de baarmoederwand, verantwoordelijk zijn voor een segmentatie van het embryo, vergelijkbaar met die van een insect, maar hoe stel je je de verdere ontwikkeling uitgaande hiervan voor? Wat is bv. de richtinggevende factor achter de vorming van de botjes in het middenoor?

Met een relatief klein aantal regulerende genen kun je heel veel verschillende 'gebieden' creeëren, waarbij een gebied wordt bepaald van de combinatie van expressies van dergelijke genen. Hierdoor kan al een vrij gedetailleerd 'bouwplan' worden opgesteld. Een voorbeeldje bij botten is bijvoorbeeld dit onderzoek:

quote:

Gradients in bone morphogenetic protein-related gene expression across the growth plate

In the growth plate, stem-like cells in the resting zone differentiate into rapidly dividing chondrocytes of the proliferative zone and then terminally differentiate into the non-dividing chondrocytes of the hypertrophic zone. To explore the molecular switches responsible for this two-step differentiation program, we developed a microdissection method to isolate RNA from the resting (RZ), proliferative (PZ), and hypertrophic zones (HZ) of 7-day-old male rats. Expression of approximately 29 000 genes was analyzed by microarray and selected genes verified by real-time PCR. The analysis identified genes whose expression changed dramatically during the differentiation program, including multiple genes functionally related to bone morphogenetic proteins (BMPs). BMP-2 and BMP-6 were upregulated in HZ compared with RZ and PZ (30-fold each, P < 0.01 and 0.001 respectively). In contrast, BMP signaling inhibitors were expressed early in the differentiation pathway; BMP-3 and gremlin were differentially expressed in RZ (100- and 80-fold, compared with PZ, P < 0.001 and 0.005 respectively) and growth differentiation factor (GDF)-10 in PZ (160-fold compared with HZ, P < 0.001). Our findings suggest a BMP signaling gradient across the growth plate, which is established by differential expression of multiple BMPs and BMP inhibitors in specific zones. Since BMPs can stimulate both proliferation and hypertrophic differentiation of growth plate chondrocytes, these findings suggest that low levels of BMP signaling in the resting zone may help maintain these cells in a quiescent state. In the lower RZ, greater BMP signaling may help induce differentiation to proliferative chondrocytes. Farther down the growth plate, even greater BMP signaling may help induce hypertrophic differentiation. Thus, BMP signaling gradients may be a key mechanism responsible for spatial regulation of chondrocyte proliferation and differentiation in growth plate cartilage.

bron

quote:

Op maandag 19 januari 2009 20:38 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Nee, ik weet hier niet zo veel van maar ik zie wel een probleem en dat breng ik ter sprake.

Natuurlijk kan een gradiëntverschil, dwz. een concentratieverschil van bepaalde op het DNA aangrijpende stoffen, afgescheiden door de baarmoederwand, verantwoordelijk zijn voor een segmentatie van het embryo, vergelijkbaar met die van een insect, maar hoe stel je je de verdere ontwikkeling uitgaande hiervan voor? Wat is bv. de richtinggevende factor achter de vorming van de botjes in het middenoor?

Ik ben blij dat je inziet dat een asymmetrische ontwikkeling goed is te verklaren.

Ook erg prettig om te zien dat je geïnteresseerd bent in de verdere ontwikkeling van een zygote/blastula/gastrula/embryo. Dit is echter een behoorlijk complex onderwerp en wellicht moet je je iets meer inlezen in de diverse links die reeds gegeven zijn. Als je hierna nog echt specifieke, gedetailleerde, vragen hebt is het misschien het moment om naar deze thread terug te keren. Het soort erg algemene en nogal brede vragen die je stelt en stellingen poneert doen je een beetje lui (misschien niet terecht) overkomen.

quote:

Op maandag 19 januari 2009 22:31 schreef SP het volgende:

[..]

Ik ben blij dat je inziet dat een asymmetrische ontwikkeling goed is te verklaren.

Ook erg prettig om te zien dat je geïnteresseerd bent in de verdere ontwikkeling van een zygote/blastula/gastrula/embryo. Dit is echter een behoorlijk complex onderwerp en wellicht moet je je iets meer inlezen in de diverse links die reeds gegeven zijn. Als je hierna nog echt specifieke, gedetailleerde, vragen hebt is het misschien het moment om naar deze thread terug te keren. Het soort erg algemene en nogal brede vragen die je stelt en stellingen poneert doen je een beetje lui (misschien niet terecht) overkomen.

Zoals ik al eerder in dit topic aan TS heb gesuggereerd zou ik bijvoorbeeld eens beginnen met een basaal populair wetenschappelijk werk als Endless Forms Most Beautiful van Sean B. Carroll. Wanneer je enigzins de basiskennis hebt kun je via Google Scholar vaak wel interessante artikelen vinden. Voor wat meer concretere vragen is TalkRational wel een aardig forum met heel veel mensen met kennis van zaken van botanisten tot biochemici tot paleontologen.

Nou, ik rust mijn Kees.

quote:

Op dinsdag 20 januari 2009 20:15 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Je link van deze boekbespreking vond ik wel leerzaam: http://www.nybooks.com/articles/18970

Er blijkt ook uit dat de zaak niet zo eenduidig ligt als velen hier wel veronderstellen.
Voorafgaand aan de late jaren 1970 dachten nl. de meeste embryologen dat de genen geen sturende rol speelden bij de ontwikkeling van het embryo en er dus geen genetisch plan was!:
[..]

Vroeger dacht men dat de zon rond de aarde draaide. De relevantie van wat me vroeger dacht ontgaat mij en niemand stelt dat de zaken eenvoudig liggen.

quote:

Pas met de ontdekking van de Hox genen is de betrokkenheid van genen in de ontwikkeling van het embryo aangetoond. Deze worden op hun beurt aangestuurd door eiwitten die worden vrijgemaakt door de baarmoeder in verschillende concentraties.
De uiteindelijke achtergrond van de hele embryologische ontwikkeling is dus de chemische activiteit van de baarmoeder; voor zover er sprake is van een bouwplan moet dat dus daar gezocht worden.

Het lijkt mij ook voor de hand te liggen dat dit bouwplan wel van invloed kan zijn maar niet compleet kan zijn omdat bv. de ontwikkeling van de botjes in het middenoor toch niet zo nauwkeurig bepaald kan worden door chemische activiteit van de baarmoeder.
Dat wordt ook wel toegegeven:
[..]

Is men het met deze samenvatting eens?

Het enige wat je in deze korte boekbespreking laat zien is dat nog niet alles van de ontwikkeling van de embryo bekend is, lijkt me een inkoppertje.
Om nu te stellen dat de embryo-ontwikkeling volledig gestuurd wordt door de baarmoeder is incorrect. Er is slechts aangetoond dat er stoffen worden afgegeven door de baarmoeder waarop de embryo 'reageert', dat neemt niet weg dat er nog talloze andere pathways (weet even geen correcte NL vertaling) zijn diede ontwikkeling van een embryo sturen.

Ik vrees dat je veel te veel conclusies trekt op basis van te weinig kennis.

Even iets terzijde, het 'bouwplan' dat in de genen opgeslagen ligt is niet de enige determinant. Het fenotype van een organisme is het samenspel van het genotype en het milieu,dus de kennis van het bouwplan zal nooit genoeg kunnen zijn om de uitkomst te voorspellen.

quote:

Op dinsdag 20 januari 2009 20:15 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Je link van deze boekbespreking vond ik wel leerzaam: http://www.nybooks.com/articles/18970

Er blijkt ook uit dat de zaak niet zo eenduidig ligt als velen hier wel veronderstellen.
Voorafgaand aan de late jaren 1970 dachten nl. de meeste embryologen dat de genen geen sturende rol speelden bij de ontwikkeling van het embryo en er dus geen genetisch plan was!:

Dat zegt toch niets over het feit of zaken niet eenduidig zijn of niet? Het betekent alleen dat de vooruitgang in de embryologie wat recenter is, dan op andere terreinen.

quote:

[..]

Pas met de ontdekking van de Hox genen is de betrokkenheid van genen in de ontwikkeling van het embryo aangetoond. Deze worden op hun beurt aangestuurd door eiwitten die worden vrijgemaakt door de baarmoeder in verschillende concentraties.
De uiteindelijke achtergrond van de hele embryologische ontwikkeling is dus de chemische activiteit van de baarmoeder; voor zover er sprake is van een bouwplan moet dat dus daar gezocht worden.

Het lijkt mij ook voor de hand te liggen dat dit bouwplan wel van invloed kan zijn maar niet compleet kan zijn omdat bv. de ontwikkeling van de botjes in het middenoor toch niet zo nauwkeurig bepaald kan worden door chemische activiteit van de baarmoeder.
Dat wordt ook wel toegegeven:
[..]

Je maakt de misvatting dat er 1 factor is die een bouwplan bepaald. In essentie zou je wellicht kunnen stellen dat de regulerende genen een zeer bepalende rol spelen. Daarnaast natuurlijk enige invloeden uit de omgeving (baarmoeder), maar ik denk dat je een bepaald aspect over het hoofd ziet, namelijk dat DNA zelf ook een rol speelt bij transcriptie en dus ook zorgt voor proteïnen die weer zorgen voor de (de)activatie van genexpressies (van regulerende genen). Ik denk ook dat je dit stukje uit de review over het hoofd gezien hebt:

quote:

Hence, unlike the eye or hand, whose forms follow from the body plan that is programmed by Hox genes in the developing embryo, the apparently well-designed and integrated nervous and vascular systems that serve such organs do not require predetermined paths and wirings.

In het geval van botformatie spelen BMP genen een belangrijke rol. Voor een goede introductie over de morfogenese van het skelet kun je bijvoorbeeld Bones and Cartilage: Developmental Skeletal Biology van Brain Hall lezen.

quote:

Is men het met deze samenvatting eens?

Ik noem dat geen samenvatting. Het is gewoon zo dat hoe dieper je in welke wetenschap dan ook duikt, des te meer duidelijk wordt dat men nog lang niet alles weet. Toch is er echt al wel voldoende bekend en bovendien is die review al weer 2.5 jaar oud en zijn er alweer genoeg nieuwe ontdekkingen gedaan. De echte samenvatting in die review is toch gewoon:

quote:

While Carroll argues—a claim that is at the heart of Evo Devo—that embryological development gives us the deepest clues to the mechanisms of evolution, Kirschner and Gerhart move beyond embryology to show that metabolic and physiological processes are also critical to evolutionary change. Their approach, which they call the theory of "facilitated variation," attempts to show how the regulation of genes inside the embryo, as described by Carroll, is part of a larger set of processes that allow organisms to experiment with evolution in a tightly controlled way.

Ik zou overigens toch gewoon de in die review besproken boeken van Carroll en Gerhard & Kirschner lezen voor een wat beter begrip van de materie. Het is nou eenmaal geen stof die echt makkelijk te behappen is zonder wat meer dieptekennis.

quote:

Op dinsdag 20 januari 2009 22:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Leuk dat filmpje, en met je taalgebruik heb ik totaal gen moeite!

Nou, ik wel!
Maar ik rustte mijn Kees!

Dit vond ik vrij ontopic en interessant voorkomen.

quote:

Op donderdag 22 januari 2009 16:59 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik zou hier nog wel op kunnen reageren, maar dat zal ik als niet-deskundige op dit gebied niet doen.
Ik geloof dat ik mijn punt wel voldoende duidelijk heb gemaakt en voor de rest mag ieder zijn eigen mening hebben.
Ik bedank iedereen die inhoudelijke bijdrages heeft gepost, en als ik eens wat meer tijd heb ga ik me er misschien eens wat meer in verdiepen; het is zeker wel interessant, maar dat zijn veel andere zaken ook!

Oh, je was een punt aan het maken? Ik dacht dat je gewoon wat wilde weten over iets waar je eigenlijk niet veel vanaf wist. Ik hoop dat je wat geleerd hebt in ieder geval, maar ik zou je nog steeds aanraden om daadwerkelijk bijvoorbeeld wat van de aangeraden boeken te lezen als je meer van dit soort zaken wilt weten.

Lees ik vandaag in een wetenschapsbijlage van het NRC of de Volkskrant, dat de genen die links en rechts bepalen voor slakken en voor de mens gelijk zijn.
Niks bolsymmetrie, dus.

Lees hoofdstuk 8 'U deed het zelf in negen maanden' uit bovenstaand boek eens.

Het komt erop neer dat er er geen bouwplan is, DNA is geen blauwdruk op basis waarvan je de mens die eruit zal groeien kunt afleiden. Emryonale ontwikkeling gebeurt op basis van plaatselijke regels, volgens zelfassemblerende processen.

Cellen modelleren zoals spreeuwen in een zwerm:



Ook dat gebeurt op basis van plaatstelijke regels en zonder bouwplan.

Dat vind ik altijd een prachtig gezicht, trouwens. Zoals zo'n zwerm als 1 individu lijkt te bewegen. (3:20 in het filmpje)

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 11:51 schreef Arcee het volgende:
[ afbeelding ]

Lees hoofdstuk 8 'U deed het zelf in negen maanden' uit bovenstaand boek eens.

Het komt erop neer dat er er geen bouwplan is, DNA is geen blauwdruk op basis waarvan je de mens die eruit zal groeien kunt afleiden. Emryonale ontwikkeling gebeurt op basis van plaatselijke regels, volgens zelfassemblerende processen.

Cellen modelleren zoals spreeuwen in een zwerm:

starlings on Otmoor

Ook dat gebeurt op basis van plaatstelijke regels en zonder bouwplan.

Dat vind ik altijd een prachtig gezicht, trouwens. Zoals zo'n zwerm als 1 individu lijkt te bewegen. (3:20 in het filmpje)

Beetje vreemde opmerkingen van Dawkins, maar de man begint zo langzamerhand wel een beetje achter te lopen. Er zit wel degelijk iets van een 'bouwplan' in het DNA, op basis van o.a. HOX genen. Endless forms most beautiful van Sean Carroll is wel een aanrader zoals ik eerder in deze topic al stelde.

quote:

Op vrijdag 12 december 2008 23:08 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Hoe kan het 1 dimensionale DNA de gegevens bevatten om een 3 dimensionaal wezen op te bouwen?

Het geheugen van een computer is ook 1 dimensionaal, het is geen enkel probleem om daar 3-dimensionale modellen in op te slaan.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 13:08 schreef Molurus het volgende:

[..]

Het geheugen van een computer is ook 1 dimensionaal, het is geen enkel probleem om daar 3-dimensionale modellen in op te slaan.

ok al zal het geheugen 1dimensionaal zijn, dan slaat het nog geen 3dimensionele moddelen op, alleen de informatie die nodig is om de informatie tot dat niveau te verwerken. der is een verschil

mooie discussie, dit!

wat me wel opvalt, is dat er soms voorbij wordt gegaan aan schaalwerking en chaostheorie.
zoals arcee in zijn filmpje laat zien, de meeuwen doen samen meer dan wat ze alleen zouden kunnen. De losse dingen zelf zijn zeer simpel, maar in grote aantallen komt er een resulterend gedrag naar boven dat intelligenter is dan de delen.
volgens mij werkt dezelfde wetmatigheid ook bij DNA, bouwplannen, eiwitsynthese en dat soort leuks.

het geheel is groter en slimmer dan de som van de delen.

hoe dat dan precies werkt, weet men volgens mij nog niet helemaal, maar ik verwacht dat daar wel de crux zal zitten.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 13:54 schreef Caracca het volgende:

[..]

ok al zal het geheugen 1dimensionaal zijn, dan slaat het nog geen 3dimensionele moddelen op, alleen de informatie die nodig is om de informatie tot dat niveau te verwerken. der is een verschil

Ik vraag me werkelijk af of dat wel een fundamenteel verschil is. Als je dit onderscheid al maakt dan is er een heel groot grijs gebied tussen die twee.

Een model of ontwerp is een represenatie van wat de werkelijkheid moet zijn. En die representatie kan varieren van een 1-dimensionaal opgeslagen model tot 2-dimensionale bouwtekeningen tot 3-dimensionale manquettes tot het object waar het om gaat zelf. Nergens daarin passeer je ergens een grens waar je kunt zeggen: nu is het een 3-dimensionaal model. Zelfs het meest platgeslagen model kan een nauwkeurige voorstelling zijn van het 3-dimensionale object dat het moet voorstellen.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:46 schreef Molurus het volgende:

[..]

Ik vraag me werkelijk af of dat wel een fundamenteel verschil is. Als je dit onderscheid al maakt dan is er een heel groot grijs gebied tussen die twee.

Een model of ontwerp is een represenatie van wat de werkelijkheid moet zijn. En die representatie kan varieren van een 1-dimensionaal opgeslagen model tot 2-dimensionale bouwtekeningen tot 3-dimensionale manquettes tot het object waar het om gaat zelf. Nergens daarin passeer je ergens een grens waar je kunt zeggen: nu is het een 3-dimensionaal model. Zelfs het meest platgeslagen model kan een nauwkeurige voorstelling zijn van het 3-dimensionale object dat het moet voorstellen.

DNA is dan ook niet werkelijk 1-dimensionaal. De modelweergave van DNA als een lijstje van letters uit een 4 cijferig alfabet is 1-dimensionaal.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:50 schreef Monolith het volgende:
DNA is dan ook niet werkelijk 1-dimensionaal. De modelweergave van DNA als een lijstje van letters uit een 4 cijferig alfabet is 1-dimensionaal.

Een computergeheugen is natuurlijk ook niet fysiek 1-dimensionaal, maar dat is niet waar het om gaat. De informatie is 1-dimensionaal opgeslagen.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:51 schreef Molurus het volgende:

[..]

Een computergeheugen is natuurlijk ook niet fysiek 1-dimensionaal, maar dat is niet waar het om gaat. De informatie is 1-dimensionaal opgeslagen.

Maar in tegenstelling tot bij de nulletjes en eentjes, is DNA niet simpelweg een 1-dimensionaal concept. De structurele opbouw van het DNA heeft ook invloed.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 15:03 schreef Monolith het volgende:
Maar in tegenstelling tot bij de nulletjes en eentjes, is DNA niet simpelweg een 1-dimensionaal concept. De structurele opbouw van het DNA heeft ook invloed.

Leg uit? Voor zover ik weet wordt DNA gewoon als een keten 'uitgelezen'. Wel is het zo dat tijdens celdeling die DNA ketens worden gestrekt waar ze normaal meer weg hebben van een pan spaghetti.

De hardware die nodig is om de informatie uit te lezen is bepaald niet 1-dimensionaal inderdaad, maar ook dat geldt net zo goed voor een computergeheugen. Een computergeheugen is niets en kan niets zonder de hardware die die informatie vertaalt in (bijv) dit topic van Fok! op je scherm.

Is er gegronde reden om aan te nemen dat de ruimtelijke orientatie van de DNA keten op zich informatie bevat?

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 15:12 schreef Molurus het volgende:

[..]

Leg uit? Voor zover ik weet wordt DNA gewoon als een keten 'uitgelezen'. Wel is het zo dat tijdens celdeling die DNA ketens worden gestrekt waar ze normaal meer weg hebben van een pan spaghetti.

De hardware die nodig is om de informatie uit te lezen is bepaald niet 1-dimensionaal inderdaad, maar ook dat geldt net zo goed voor een computergeheugen. Een computergeheugen is niets en kan niets zonder de hardware die die informatie vertaalt in (bijv) dit topic van Fok! op je scherm.

Is er gegronde reden om aan te nemen dat de ruimtelijke orientatie van de DNA keten op zich informatie bevat?

Niet echt tijd voor een uitgebreide reactie, maar denk aan dit soort zaken:

quote:

The Three-Dimensional Structure of Human Interphase Chromosomes Is Related to the Transcriptome Map

The three-dimensional (3D) organization of the chromosomal fiber in the human interphase nucleus is an important but poorly understood aspect of gene regulation. Here we quantitatively analyze and compare the 3D structures of two types of genomic domains as defined by the human transcriptome map. While ridges are gene dense and show high expression levels, antiridges, on the other hand, are gene poor and carry genes that are expressed at low levels. We show that ridges are in general less condensed, more irregularly shaped, and located more closely to the nuclear center than antiridges. Six human cell lines that display different gene expression patterns and karyotypes share these structural parameters of chromatin. This shows that the chromatin structures of these two types of genomic domains are largely independent of tissue-specific variations in gene expression and differentiation state. Moreover, we show that there is remarkably little intermingling of chromatin from different parts of the same chromosome in a chromosome territory, neither from adjacent nor from distant parts. This suggests that the chromosomal fiber has a compact structure that sterically suppresses intermingling. Together, our results reveal novel general aspects of 3D chromosome architecture that are related to genome structure and function.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 20:33 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Bovendien is dit helemaal niet waar het om gaat.
Zoals ik al in een eerdere post opmerkte:

De kern van het probleem is het volgende:
Welk mechanisme zou verantwoordelijk moeten zijn voor een bepaalde voorkeursrichting van welke actie van de cel dan ook? En die voorkeursrichting moet vaak bepaald worden om een gestructureerde ruimtelijke structuur te creëren.
Hoe ingewikkeld de biochemie van de cel ook is, al die moleculaire reacties en reactieproducten hebben geen voorkeur voor de ene ruimtelijke richting boven de andere.
Men moet zich dus niet laten imponeren door zeer ingewikkelde moleculaire kettingreacties omdat die allemaal richtingsonafhankelijk zijn.

Een begin van een oplossing wordt aangedragen door de externe invloed van de baarmoeder.
Deze scheidt namelijk chemische stoffen af, waarvan de invloed concentratie-afhankelijk is, en zo als een soort mal fungeert waardoor differentiatie van het embryo mogelijk wordt.

Deze stoffen werken in op de Hox-genen.

Maar dat is natuurlijk maar een heel globale differentiatie.

Hoe het dan verder moet zie ik echt niet voor me, en het lijkt me wishful thinking om te denken dat het zonder een dergelijke mal, zoals bij de baarmoeder, verder allemaal wel op zijn pootjes terecht zal komen.

Want, zoals gezegd: alle biochemische processen hebben geen voorkeur voor een bepaalde ruimtelijke richting.

De cellen communiceren met elkaar. Ze schijden stofjes uit en aan de hand van de hoeveelheid stofjes en welke stofjes ze ontvangen doen ze bepaalde dingen en kiezen ze om een bepaald type cel te worden.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 21:29 schreef intraxz het volgende:

[..]

De cellen communiceren met elkaar. Ze schijden stofjes uit en aan de hand van de hoeveelheid stofjes en welke stofjes ze ontvangen doen ze bepaalde dingen en kiezen ze om een bepaald type cel te worden.

Allereerst zullen cellen zich gaan differientieren. Dit gebeurt van een basale vorm naar specifiek. Er ontstaan in het embryo bolletjes van cellen met specifieke functies. Deze bolletjes groeien, en sommige gedeelte specialiseren zich verder, anderen blijven zoals ze zijn. Zo komt er steeds meer structuur in. Echter, zouden ze zich blijven delen, zou je heel veel hoopjes cellen houden, die weliswaar gedifferienteerd zijn, maar niet echt een vorm hebben. Hoe ze precies de vormen krijgen weet ik niet, echter, ik kan wel gissen. De cellen die zich het eerst vormen zijn volgens mij veelal simpele cellen als bindweefsel, epitheel, bot en spieren. Deze gaan als framework dienen van cellen die meer gespecialiseerd zijn. Bijvoorbeeld, er ontstaat binnen een stuk epitheel een cel die gal produceert. Het groeit op zo'n manier letterlijk tot organen. dit alles word nog eens extra gestuurd door hormonen. Bepaalde hormonen nestelen zich het liefst in bepaalde gebieden, die als gevolg weer op een bepaalde manier ontwikkelen. Van simpel, tot ingewikkeld. Form follows function. Naarmate het embryo groeit, word alles complexer. Uiteindelijk, als alles goed gaat (wat nog niet zo vanzelfsprekend is.) ontstaat zo beetje bij beetje een nieuw persoon. Vergeet niet dat alles pas hoeft te werken als de baby geboren word

quote:

Op zaterdag 13 december 2008 23:39 schreef RRGJL het volgende:

DNA is de drager van erfelijke informatie. Op het DNA liggen de afzonderlijke genen. Eén gen bevat over het algemeen de instructies voor het synthetiseren van één bepaald eiwit. De eiwitten zijn uiteindelijk bepalend voor de biochemische activiteiten van de cel.

Dit klopt. Maar dit is het begin van alle processen die zorgen dat vanuit een zaadcel en eicel een mens ontstaat. Na de versmelting van een eicel en een zaadcel treden er een heel aantal processen op waarbij de cellen stapsgewijs steeds meer gespecialiseerd worden. Kort door de bocht wordt de cellen geleerd welke cellen ze moeten zijn met welke functies, en daaruit wordt dan weer bepaald welk DNA door de cellen dan weer gebruikt worden om eiwitten te maken.
Simpeler kan ik het niet maken
Overigens moet ik erbij opmerken dat DNA en eiwitten moleculen zijn en dus per definitie driedimensionaal zijn. Anders kun je net zo goed vragen hoe ijzer moleculen een klompje ijzer kunnen vormen.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 15:12 schreef Molurus het volgende:

[..]

Leg uit? Voor zover ik weet wordt DNA gewoon als een keten 'uitgelezen'. Wel is het zo dat tijdens celdeling die DNA ketens worden gestrekt waar ze normaal meer weg hebben van een pan spaghetti.

De hardware die nodig is om de informatie uit te lezen is bepaald niet 1-dimensionaal inderdaad, maar ook dat geldt net zo goed voor een computergeheugen. Een computergeheugen is niets en kan niets zonder de hardware die die informatie vertaalt in (bijv) dit topic van Fok! op je scherm.

Is er gegronde reden om aan te nemen dat de ruimtelijke orientatie van de DNA keten op zich informatie bevat?

Monolith heeft al een antwoord gegeven, maar toch.
DNA kun je verbeelden in strengen, maar de eiwitten die het resultaat zijn, zijn geen strengen maar kunnen allerlei vormen hebben, afhankelijk van de verschillende verbindingen tussen de atomen. De werkzaamheid van eiwitten is ook voor een groot deel afhankelijk van deze driedimensionale vormen.