Waar bevindt zich het bouwplan van de mens?

quote:

Op dinsdag 20 januari 2009 20:15 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Je link van deze boekbespreking vond ik wel leerzaam: http://www.nybooks.com/articles/18970

Er blijkt ook uit dat de zaak niet zo eenduidig ligt als velen hier wel veronderstellen.
Voorafgaand aan de late jaren 1970 dachten nl. de meeste embryologen dat de genen geen sturende rol speelden bij de ontwikkeling van het embryo en er dus geen genetisch plan was!:

quote:

[..]

Pas met de ontdekking van de Hox genen is de betrokkenheid van genen in de ontwikkeling van het embryo aangetoond. Deze worden op hun beurt aangestuurd door eiwitten die worden vrijgemaakt door de baarmoeder in verschillende concentraties.
De uiteindelijke achtergrond van de hele embryologische ontwikkeling is dus de chemische activiteit van de baarmoeder; voor zover er sprake is van een bouwplan moet dat dus daar gezocht worden.

Het lijkt mij ook voor de hand te liggen dat dit bouwplan wel van invloed kan zijn maar niet compleet kan zijn omdat bv. de ontwikkeling van de botjes in het middenoor toch niet zo nauwkeurig bepaald kan worden door chemische activiteit van de baarmoeder.
Dat wordt ook wel toegegeven:
[..]

quote:

Hence, unlike the eye or hand, whose forms follow from the body plan that is programmed by Hox genes in the developing embryo, the apparently well-designed and integrated nervous and vascular systems that serve such organs do not require predetermined paths and wirings.

quote:

Is men het met deze samenvatting eens?

quote:

While Carroll argues—a claim that is at the heart of Evo Devo—that embryological development gives us the deepest clues to the mechanisms of evolution, Kirschner and Gerhart move beyond embryology to show that metabolic and physiological processes are also critical to evolutionary change. Their approach, which they call the theory of "facilitated variation," attempts to show how the regulation of genes inside the embryo, as described by Carroll, is part of a larger set of processes that allow organisms to experiment with evolution in a tightly controlled way.

quote:

Op dinsdag 20 januari 2009 22:31 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Leuk dat filmpje, en met je taalgebruik heb ik totaal gen moeite!

quote:

Op donderdag 22 januari 2009 16:59 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik zou hier nog wel op kunnen reageren, maar dat zal ik als niet-deskundige op dit gebied niet doen.
Ik geloof dat ik mijn punt wel voldoende duidelijk heb gemaakt en voor de rest mag ieder zijn eigen mening hebben.
Ik bedank iedereen die inhoudelijke bijdrages heeft gepost, en als ik eens wat meer tijd heb ga ik me er misschien eens wat meer in verdiepen; het is zeker wel interessant, maar dat zijn veel andere zaken ook!

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 11:51 schreef Arcee het volgende:
[ afbeelding ]

Lees hoofdstuk 8 'U deed het zelf in negen maanden' uit bovenstaand boek eens.

Het komt erop neer dat er er geen bouwplan is, DNA is geen blauwdruk op basis waarvan je de mens die eruit zal groeien kunt afleiden. Emryonale ontwikkeling gebeurt op basis van plaatselijke regels, volgens zelfassemblerende processen.

Cellen modelleren zoals spreeuwen in een zwerm:

starlings on Otmoor

Ook dat gebeurt op basis van plaatstelijke regels en zonder bouwplan.

Dat vind ik altijd een prachtig gezicht, trouwens. Zoals zo'n zwerm als 1 individu lijkt te bewegen. (3:20 in het filmpje)

quote:

Op vrijdag 12 december 2008 23:08 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Hoe kan het 1 dimensionale DNA de gegevens bevatten om een 3 dimensionaal wezen op te bouwen?

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 13:08 schreef Molurus het volgende:

[..]

Het geheugen van een computer is ook 1 dimensionaal, het is geen enkel probleem om daar 3-dimensionale modellen in op te slaan.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 13:54 schreef Caracca het volgende:

[..]

ok al zal het geheugen 1dimensionaal zijn, dan slaat het nog geen 3dimensionele moddelen op, alleen de informatie die nodig is om de informatie tot dat niveau te verwerken. der is een verschil

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:46 schreef Molurus het volgende:

[..]

Ik vraag me werkelijk af of dat wel een fundamenteel verschil is. Als je dit onderscheid al maakt dan is er een heel groot grijs gebied tussen die twee.

Een model of ontwerp is een represenatie van wat de werkelijkheid moet zijn. En die representatie kan varieren van een 1-dimensionaal opgeslagen model tot 2-dimensionale bouwtekeningen tot 3-dimensionale manquettes tot het object waar het om gaat zelf. Nergens daarin passeer je ergens een grens waar je kunt zeggen: nu is het een 3-dimensionaal model. Zelfs het meest platgeslagen model kan een nauwkeurige voorstelling zijn van het 3-dimensionale object dat het moet voorstellen.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:50 schreef Monolith het volgende:
DNA is dan ook niet werkelijk 1-dimensionaal. De modelweergave van DNA als een lijstje van letters uit een 4 cijferig alfabet is 1-dimensionaal.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 14:51 schreef Molurus het volgende:

[..]

Een computergeheugen is natuurlijk ook niet fysiek 1-dimensionaal, maar dat is niet waar het om gaat. De informatie is 1-dimensionaal opgeslagen.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 15:03 schreef Monolith het volgende:
Maar in tegenstelling tot bij de nulletjes en eentjes, is DNA niet simpelweg een 1-dimensionaal concept. De structurele opbouw van het DNA heeft ook invloed.

quote:

Op vrijdag 20 november 2009 15:12 schreef Molurus het volgende:

[..]

Leg uit? Voor zover ik weet wordt DNA gewoon als een keten 'uitgelezen'. Wel is het zo dat tijdens celdeling die DNA ketens worden gestrekt waar ze normaal meer weg hebben van een pan spaghetti.

De hardware die nodig is om de informatie uit te lezen is bepaald niet 1-dimensionaal inderdaad, maar ook dat geldt net zo goed voor een computergeheugen. Een computergeheugen is niets en kan niets zonder de hardware die die informatie vertaalt in (bijv) dit topic van Fok! op je scherm.

Is er gegronde reden om aan te nemen dat de ruimtelijke orientatie van de DNA keten op zich informatie bevat?

quote:

The Three-Dimensional Structure of Human Interphase Chromosomes Is Related to the Transcriptome Map

The three-dimensional (3D) organization of the chromosomal fiber in the human interphase nucleus is an important but poorly understood aspect of gene regulation. Here we quantitatively analyze and compare the 3D structures of two types of genomic domains as defined by the human transcriptome map. While ridges are gene dense and show high expression levels, antiridges, on the other hand, are gene poor and carry genes that are expressed at low levels. We show that ridges are in general less condensed, more irregularly shaped, and located more closely to the nuclear center than antiridges. Six human cell lines that display different gene expression patterns and karyotypes share these structural parameters of chromatin. This shows that the chromatin structures of these two types of genomic domains are largely independent of tissue-specific variations in gene expression and differentiation state. Moreover, we show that there is remarkably little intermingling of chromatin from different parts of the same chromosome in a chromosome territory, neither from adjacent nor from distant parts. This suggests that the chromosomal fiber has a compact structure that sterically suppresses intermingling. Together, our results reveal novel general aspects of 3D chromosome architecture that are related to genome structure and function.