Nextstrain

quote:

Op donderdag 12 maart 2020 14:36 schreef Mevrouw_voor_jou het volgende:
Ik vind dit een super interessant topic, hulde voor het aanmaken ervan!

Nu een paar vragen, want ik weet weinig van biologie.

Wat kunnen we met deze informatie? Is er bijvoorbeeld uit te destilleren wat de eigenschappen zijn van de takken die in Nederland actief zijn?

Kan bijvoorbeeld herleid worden waar vandaan de Brabantse nog niet teruggeleide besmettingen komen?

quote:

In conclusion, our analysis confirms low variability within the
new epidemic virus 2019‐nCoV sequenced specimens, while
highlighting at least two nucleotide positions of higher variability
within protein‐coding regions, and specific amino acid divergences
compared to BCoVs and SARS

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 16:15 schreef _I het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

Dit geeft wel ineens een heel ander beeld van hoe "onze stamboom" is opgebouwd.

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 16:27 schreef _I het volgende:

[..]

Ah. Hm. Ow.

Kan ik dan aannemen dat als wij wel 1 op 1, zeg overdreven, alle amerikanen besmet hebben, en al deze virussen komen overeen, dan zouden we die NL'rs niet als groene puntjes terugvinden in het overzicht.

Voor mijn hoofd; datapunten zijn unieke mutaties, geen geïnfecteerden?

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 16:51 schreef _I het volgende:

[..]

Bon!

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 17:08 schreef Metalfrost het volgende:
Dus stel als het virus iemand met een chromosoomafwijking besmet, zou het virus zichzelf dan verder gaan ontwikkelen?

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 17:26 schreef _I het volgende:

[..]

Had ik maar biologie gestudeerd.

quote:

Op zondag 15 maart 2020 09:24 schreef Gremen het volgende:
Kan je ook 2x ziek worden van verschillende strains?

quote:

Op zondag 15 maart 2020 09:24 schreef Gremen het volgende:
Kan je ook 2x ziek worden van verschillende strains?

quote:

Op zondag 15 maart 2020 08:31 schreef _I het volgende:
Cross post
[..]

Er loopt ook een topic over, maar zal het proberen uit te leggen;
COR / Nextstrain

Nextstrain is een open-source project, waarbij samples worden verzameld van mensen die het virus hebben en door de RNA-sequenties met elkaar te vergelijken is het mogelijk om te zien welk sample voortkomt uit welk ander sample. Net als het plotten van de oorsprong van de mens en de relatie tot de apen.

Voor elk land is een kleur en de grafiek is uitgezet in tijd. Wij zitten in de "groene hoek" en zo kan je zien hoe "ons" virus gelinkt is aan het virus wat in de US overheerst (rood)
[ afbeelding ]

Als je de data niet presenteert in 'tijd', maar in 'divergence' dat wordt in kaart gebracht hoeveel "afwijkingen" de samples hebben t.o.v. elkaar.
Voor de US (rood) zie je dan dat er een zieke is, die meer dan 12 mutaties heeft van de eerste gevonden RNA.
[ afbeelding ]

In een taartdiagram, gefilterd voor alleen NL en US, zie je redelijk helder dat er weinig vermenging is. Er zit een enkel rood puntje tussen de groene in en vice versa.
[ afbeelding ]

Als je filtert op de US en China, dan zie je dat bijna alle rode puntjes voortkomen uit paarse. De besmettingen in de US komen dus logischerwijs voort uit China en niet uit onze regio. Je ziet dat die nu heel licht grijs zijn en los staat van het gekleurde gedeelte
[ afbeelding ]

Wetenschappers zagen dat op een bepaald genoom er een mutaties was ontstaan, de L en de S; hier geel en blauw.
[ afbeelding ]

Ik vond gisteren zelf nog zo'n mutatie in een ander genoom (bij toeval)
[ afbeelding ]

En Bosbeetle wees me op nog een andere;
[ afbeelding ]

Deze mutaties maken het mogelijk om het verloop in kaart te brengen van het virus in tijd, maar voor wat men nu weet zitten deze mutaties niet in die genomen die zorgen voor mutaties in het virus zelf. Er is dus nog niet te zeggen of de ene mutatie agressiever is dan de ander, daarvoor was de sample-size te klein en de verwachtinig is dus dat het niet-coderende genomen zijn, die dus het virus niet veranderen in effect.
[ afbeelding ]

Zit er ook niet diep in, maar dit is wat ik ervan begrepen heb.

quote:

Op zondag 15 maart 2020 11:05 schreef _I het volgende:

[..]

Hm, probeer je te volgen.
Welke mutaties zijn dan wel structureel en achter welke mutaties schuilt "gevaar"? Is dat te duiden?

https://nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_28883&m=div
Zoals die mutatie op N, zou dat iets structureels kunnen zijn?

[ afbeelding ]

Heb de link doorgenomen, maar moet ergens mn verlies erkennen. Denk dat dit het punt is.

quote:

The coronaviral genome encodes four major structural proteins: the spike (S) protein, nucleocapsid (N) protein, membrane (M) protein, and the envelope (E) protein, all of which are required to produce a structurally complete viral particle [29, 37, 38]. More recently, however, it has become clear that some CoVs do not require the full ensemble of structural proteins to form a complete, infectious virion, suggesting that some structural proteins might be dispensable or that these CoVs might encode additional proteins with overlapping compensatory functions [35, 37, 39,40,41,42]. Individually, each protein primarily plays a role in the structure of the virus particle, but they are also involved in other aspects of the replication cycle. The S protein mediates attachment of the virus to the host cell surface receptors and subsequent fusion between the viral and host cell membranes to facilitate viral entry into the host cell [42,43,44]. In some CoVs, the expression of S at the cell membrane can also mediate cell-cell fusion between infected and adjacent, uninfected cells. This formation of giant, multinucleated cells, or syncytia, has been proposed as a strategy to allow direct spreading of the virus between cells, subverting virus-neutralising antibodies [45,46,47].

Unlike the other major structural proteins, N is the only protein that functions primarily to bind to the CoV RNA genome, making up the nucleocapsid [48]. Although N is largely involved in processes relating to the viral genome, it is also involved in other aspects of the CoV replication cycle and the host cellular response to viral infection [49]. Interestingly, localisation of N to the endoplasmic reticulum (ER)-Golgi region has proposed a function for it in assembly and budding [50, 51]. However, transient expression of N was shown to substantially increase the production of virus-like particles (VLPs) in some CoVs, suggesting that it might not be required for envelope formation, but for complete virion formation instead [41, 42, 52, 53].

The M protein is the most abundant structural protein and defines the shape of the viral envelope [54]. It is also regarded as the central organiser of CoV assembly, interacting with all other major coronaviral structural proteins [29]. Homotypic interactions between the M proteins are the major driving force behind virion envelope formation but, alone, is not sufficient for virion formation [54,55,56]. Interaction of S with M is necessary for retention of S in the ER-Golgi intermediate compartment (ERGIC)/Golgi complex and its incorporation into new virions, but dispensable for the assembly process [37, 45, 57]. Binding of M to N stabilises the nucleocapsid (N protein-RNA complex), as well as the internal core of virions, and, ultimately, promotes completion of viral assembly [45, 58, 59]. Together, M and E make up the viral envelope and their interaction is sufficient for the production and release of VLPs [37, 60,61,62,63,64].

The E protein is the smallest of the major structural proteins, but also the most enigmatic. During the replication cycle, E is abundantly expressed inside the infected cell, but only a small portion is incorporated into the virion envelope [65]. The majority of the protein is localised at the site of intracellular trafficking, viz. the ER, Golgi, and ERGIC, where it participates in CoV assembly and budding [66]. Recombinant CoVs have lacking E exhibit significantly reduced viral titres, crippled viral maturation, or yield propagation incompetent progeny, demonstrating the importance of E in virus production and maturation [35, 39, 40, 67, 68].

quote:

Op zondag 15 maart 2020 10:46 schreef Bosbeetle het volgende:
De eiwitten die gemaakt worden door ORF1-8 zijn niet structureel.

quote:

Op zondag 15 maart 2020 19:21 schreef _I het volgende:

[..]

Dank! Het roept alleen zoveel vragen op, dus lijkt het me beter om het los te laten.
Het valt me namelijk op dat NL er vaak uitspringt;
Alles
[ afbeelding ]
Alleen NL
[ afbeelding ]

Afwijkingen in patronen zijn als een soort heroine voor me. Heb wel even genoeg gehad de afgelopen weken.

quote:

Op zondag 15 maart 2020 19:44 schreef Discombobulate het volgende:

[..]

Maar waar dienen ze dan voor?

quote:

Op maandag 16 maart 2020 07:27 schreef _I het volgende:
Abstract

SARS-CoV-2 is a betacoronavirus that is responsible for the COVID-19 pandemic. The genome of SARS-CoV-2 was reported recently, but its transcriptomic architecture is unknown. Utilizing two complementary sequencing techniques, we here present a high-resolution map of the SARS-CoV-2 transcriptome and epitranscriptome.

DNA nanoball sequencing shows that the transcriptome is highly complex owing to numerous recombination events, both canonical and noncanonical. In addition to the genomic RNA and subgenomic RNAs common in all coronaviruses, SARS-CoV-2 produces a large number of transcripts encoding unknown ORFs with fusion, deletion, and/or frameshift.

Using nanopore direct RNA sequencing, we further find at least 41 RNA modification sites on viral transcripts, with the most frequent motif being AAGAA. Modified RNAs have shorter poly(A) tails than unmodified RNAs, suggesting a link between the internal modification and the 3′ tail. Functional investigation of the unknown ORFs and RNA modifications discovered in this study will open new directions to our understanding of the life cycle and pathogenicity of SARS-CoV-2.

SPOILER: code tabel

Om spoilers te kunnen lezen moet je zijn ingelogd. Je moet je daarvoor eerst gratis Registreren. Ook kun je spoilers niet lezen als je een ban hebt.

quote:

Op dinsdag 17 maart 2020 09:25 schreef _I het volgende:

[..]

Die nieuwe mutatie op >20.

Kan het ook zijn dat het in de US is begonnen en dat zij daardoor zo'n specifieke afwijkende tak hebben? Het is toch vreemd dat ze met zo'n afstand mutaties vinden? Dan missen er toch "generaties"?

[ afbeelding ]

quote:

Op dinsdag 17 maart 2020 09:44 schreef _I het volgende:

[..]

AH, dacht dat het altijd per kleine stapjes ging.

Heeft het DNA van de gastheer daar nog iets mee van doen? Of komt de codering volledig vanuit het RNA van het virus zelf?

En las dat als twee virussen 1 cel binnendringen er combinaties kunnen ontstaan tot een nieuw virus. Zou dat hier kunnen spelen?

(Begrijp het helemaal als je er moe van wordt. )

quote:

The coronavirus replicase/transcriptase is an extremely complex ~7000 amino acid protein that is autoproteolytically cleaved into 16 nonstructural proteins (nsp1-16), which are assumed to be the active enzymes in viral RNA synthesis. Among these are key enzymes for viral RNA synthesis, like the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp; nsp12) and helicase (nsp13) that are found in other +RNA viruses, but also many poorly defined proteins that appear to be unique for coronaviruses and their closest relatives.

quote:

Op dinsdag 17 maart 2020 09:53 schreef _I het volgende:

[..]

Thx.

En andersom? Zou het kunnen zorgen voor een mutatie bij de mens?
* _I start google op.

quote:

Op dinsdag 17 maart 2020 09:56 schreef _I het volgende:

[..]

Dat scheelt een hoop speurwerk.

quote:

Op vrijdag 20 maart 2020 08:36 schreef _I het volgende:
De US heeft een "springer". Zo.
[ afbeelding ]

quote:

Ik zit in de trein de nature van deze week te lezen, en in een artikel daarin laten ze zien dan deze corona bindt aan het humane ACE2 eiwit en bijvoorbeeld niet aan die van muizen, muizen kunnen dus niet geïnfecteerd worden.

Maar ze testen daar ook ACE2 van civet katten, vleermuizen en varkens. En die binden allemaal aan deze corona, nou zou ik me niet zo druk maken om de vleermuizen en civetkatten. Maar ik vraag me wel af of onze varkenspopulatie gechecked wordt... En of dat een extra bron kan zien zijn\worden?

Bron: Zhou et.al. 2020 nature


In dezelfde nature staat ook dat tests om makaken laten zien dat die slechts milde effecten hebben, ben benieuwd of ze erachter komen wat de mens zo heftig doet reageren.

twitter:

nextstrain twitterde op donderdag 19-03-2020 om 17:15:57 Thanks to #opendata sharing by Zhejiang University School of Medicine & @GISAID, we've updated https://t.co/SDPCOcsnMX with two new #COVID19 #SARSCOV2 #hCoV19 sequences from Hangzhou, China.

As shown in big blue circles below, they fall in two difference places on the tree. https://t.co/o80otMghk2 reageer retweet

quote:

Op donderdag 26 maart 2020 16:15 schreef _I het volgende:
Genetica schept duidelijkheid: Covid-19 is gewoon SARS

RD - Dr. Peter Borger

Na een paar weken coronacrisis lijken de nieuwsmedia het over één ding eens: er is een nieuw coronavirus opgedoken. Maar is dat wel zo?
Het coronavirus dat momenteel de ronde doet en Covid-19 verspreidt, is door een internationaal consortium van virusonderzoekers SARS-CoV2 gedoopt. Waarom met de toevoeging ”2”? Dat hebben ze gedaan omdat het virus sprekend lijkt op het coronavirus dat in 2003 SARS verbreidde, en als SARS-CoV te boek staat. Eigenlijk zou het virus uit 2003 nu SARS-CoV1 kunnen heten.

De symptomen die SARS-CoV1 en SARS-CoV2 voortbrengen, de ziektebeelden van SARS en Covid-19, zijn nauwelijks van elkaar te onderscheiden. Een longarts zou niet kunnen zeggen of een patiënt is geïnfecteerd met SARS-CoV1 of met SARS-CoV2. Dat kunnen wetenschappers alleen vaststellen door het op moleculair niveau te testen.

Het genetische materiaal van SARS-CoV2 komt namelijk voor 96,11 procent overeen met een SARS-virusstam die RaTG13 wordt genoemd. Het SARS-CoV2-virus heeft dezelfde genen als het SARS-CoV1 virus van 2003; het dringt op precies dezelfde manier door in de menselijke cel, via de zogeheten ACE2-receptor.

In zeventien jaar tijd is het virus gelukkig een beetje veranderd. Door mutaties worden virussen door de jaren heen steeds zwakker. Dat komt doordat dergelijke RNA-virussen zeer snel muteren. Elke keer als hun genen worden gekopieerd, zullen er willekeurige kopieerfoutjes optreden. Soms worden er kleine stukjes genetisch materiaal toegevoegd of gaan kleine stukjes verloren. Het is zeer waarschijnlijk, dat op deze manier uit SARS-CoV1 de variant SARS-CoV2 is ontstaan. Of dit in een vleermuis, in een gordeldier of in een laboratorium in Wuhan gebeurde, zullen we nooit weten.

Besmettelijker
Een constante ophoping van mutaties maakt RNA-virussen minder dodelijk, maar wel besmettelijker. Virusvarianten die mensen echt ziek maken of doden, zullen immers uitsterven. Zo was ook de H1N1-varkensgriep het gevaarlijkst tijdens de eerste uitbraak in de zomer van 2009, maar in de winter van 2011 was het al afgezwakt tot niet meer dan een typische seizoensgriep. SARS-CoV1 begon in 2003 als een nieuw en zeer gevaarlijk coronavirus. In de loop van zeventien jaar zwakte het af en muteerde tot SARS-CoV2.

Het verschil tussen beide virussen zit voornamelijk in vier kleine mutaties in het zogeheten S-gen. Dat codeert voor het zogeheten spike-protein, waarmee het virus de cellen binnendringt. Daardoor is het virus besmettelijker dan SARS-CoV uit 2003. We hebben dus zeer waarschijnlijk te maken met hetzelfde virus, hoewel de wereldgezondheidsorganisatie WHO met de naam ”Covid-19” in plaats van ”SARS” hierover enige verwarring schept.

Verstoppen
Als het om hetzelfde coronavirus gaat, waar heeft het zich dan al die tijd verstopt? Virussen overleven op twee verschillende manieren. Allereerst in dieren. Vleermuizen en vogels worden vaak –en terecht– aangehaald als bronnen van virussen. Maar ook andere dieren zijn als gastheer geschikt. Veelal worden deze dierlijke gastheren zelf niet ziek omdat ze een ander, wellicht sterker immuunsysteem hebben dan mensen.

De andere manier om te overleven, is in biomedische laboratoria, waar wetenschappers virussen bestuderen om er medicatie en vaccins tegen te ontwikkelen. Zo overleeft het pokkenvirus, dat officieel geldt als uitgeroeid, momenteel in een tank met vloeibare stikstof in twee militaire laboratoria in de USA en in Rusland.

Het is bekend dat er niet met het coronavirus werd geknoeid: het is geen product van doelgerichte genetische manipulatie. Dat zou een deskundige meteen herkennen.

Het genetische materiaal van SARS-CoV2 is eenduidig: dit virus is op een natuurlijke wijze ontstaan.

Chimpansee
De grote genetische overeenkomst –96,11 procent– tussen SARS-CoV1 en SARS-CoV2 duidt er sterk op dat we te maken hebben met hetzelfde virus. Als echter dezelfde methode zou worden gebruikt als darwinistische evolutiebiologen hanteren wanneer ze de genen van mensen en chimpanzees met elkaar vergelijken, zijn de genomen van beide virussen zelfs voor meer dan 99 procent gelijk.

Alle argumenten samen maken slechts één conclusie mogelijk: SARS-CoV1 en SARS-CoV2 zijn twee varianten van hetzelfde virus. Dat maakt het extra wrang dat het WHO samen met de regeringen de SARS-onderzoeksprogramma’s hebben stopgezet. Medicijnen en vaccins tegen SARS waren nu zeer waarschijnlijk ook effectief gebleken tegen Covid-19.

De auteur werkte twintig jaar als moleculair bioloog aan luchtwegziekten en is auteur van ”Terug naar de Oorsprong” (2009) en ”Darwin Revisited” (2018).

quote:

Op donderdag 26 maart 2020 16:26 schreef Cesare-Borgia het volgende:

[..]

Stomme vraag wellicht maar kan je dan niet het eerdere onderzoek afmaken en op korte termijn dat vaccin toepassen als het 99% hetzelfde is?

quote:

Op donderdag 9 april 2020 23:38 schreef Gremen het volgende:
Is er al een uberstrain ontstaan?

quote:

Op woensdag 6 mei 2020 01:48 schreef THEFXR het volgende:

Mutation! Are We Now Dealing With A More Contagious Covid-19 Strain?

quote:

Op donderdag 26 maart 2020 16:15 schreef _I het volgende:
Genetica schept duidelijkheid: Covid-19 is gewoon SARS

RD - Dr. Peter Borger

Na een paar weken coronacrisis lijken de nieuwsmedia het over één ding eens: er is een nieuw coronavirus opgedoken. Maar is dat wel zo?
Het coronavirus dat momenteel de ronde doet en Covid-19 verspreidt, is door een internationaal consortium van virusonderzoekers SARS-CoV2 gedoopt. Waarom met de toevoeging ”2”? Dat hebben ze gedaan omdat het virus sprekend lijkt op het coronavirus dat in 2003 SARS verbreidde, en als SARS-CoV te boek staat. Eigenlijk zou het virus uit 2003 nu SARS-CoV1 kunnen heten.

De symptomen die SARS-CoV1 en SARS-CoV2 voortbrengen, de ziektebeelden van SARS en Covid-19, zijn nauwelijks van elkaar te onderscheiden. Een longarts zou niet kunnen zeggen of een patiënt is geïnfecteerd met SARS-CoV1 of met SARS-CoV2. Dat kunnen wetenschappers alleen vaststellen door het op moleculair niveau te testen.

Het genetische materiaal van SARS-CoV2 komt namelijk voor 96,11 procent overeen met een SARS-virusstam die RaTG13 wordt genoemd. Het SARS-CoV2-virus heeft dezelfde genen als het SARS-CoV1 virus van 2003; het dringt op precies dezelfde manier door in de menselijke cel, via de zogeheten ACE2-receptor.

In zeventien jaar tijd is het virus gelukkig een beetje veranderd. Door mutaties worden virussen door de jaren heen steeds zwakker. Dat komt doordat dergelijke RNA-virussen zeer snel muteren. Elke keer als hun genen worden gekopieerd, zullen er willekeurige kopieerfoutjes optreden. Soms worden er kleine stukjes genetisch materiaal toegevoegd of gaan kleine stukjes verloren. Het is zeer waarschijnlijk, dat op deze manier uit SARS-CoV1 de variant SARS-CoV2 is ontstaan. Of dit in een vleermuis, in een gordeldier of in een laboratorium in Wuhan gebeurde, zullen we nooit weten.

Besmettelijker
Een constante ophoping van mutaties maakt RNA-virussen minder dodelijk, maar wel besmettelijker. Virusvarianten die mensen echt ziek maken of doden, zullen immers uitsterven. Zo was ook de H1N1-varkensgriep het gevaarlijkst tijdens de eerste uitbraak in de zomer van 2009, maar in de winter van 2011 was het al afgezwakt tot niet meer dan een typische seizoensgriep. SARS-CoV1 begon in 2003 als een nieuw en zeer gevaarlijk coronavirus. In de loop van zeventien jaar zwakte het af en muteerde tot SARS-CoV2.

Het verschil tussen beide virussen zit voornamelijk in vier kleine mutaties in het zogeheten S-gen. Dat codeert voor het zogeheten spike-protein, waarmee het virus de cellen binnendringt. Daardoor is het virus besmettelijker dan SARS-CoV uit 2003. We hebben dus zeer waarschijnlijk te maken met hetzelfde virus, hoewel de wereldgezondheidsorganisatie WHO met de naam ”Covid-19” in plaats van ”SARS” hierover enige verwarring schept.

Verstoppen
Als het om hetzelfde coronavirus gaat, waar heeft het zich dan al die tijd verstopt? Virussen overleven op twee verschillende manieren. Allereerst in dieren. Vleermuizen en vogels worden vaak –en terecht– aangehaald als bronnen van virussen. Maar ook andere dieren zijn als gastheer geschikt. Veelal worden deze dierlijke gastheren zelf niet ziek omdat ze een ander, wellicht sterker immuunsysteem hebben dan mensen.

De andere manier om te overleven, is in biomedische laboratoria, waar wetenschappers virussen bestuderen om er medicatie en vaccins tegen te ontwikkelen. Zo overleeft het pokkenvirus, dat officieel geldt als uitgeroeid, momenteel in een tank met vloeibare stikstof in twee militaire laboratoria in de USA en in Rusland.

Het is bekend dat er niet met het coronavirus werd geknoeid: het is geen product van doelgerichte genetische manipulatie. Dat zou een deskundige meteen herkennen.

Het genetische materiaal van SARS-CoV2 is eenduidig: dit virus is op een natuurlijke wijze ontstaan.

Chimpansee
De grote genetische overeenkomst –96,11 procent– tussen SARS-CoV1 en SARS-CoV2 duidt er sterk op dat we te maken hebben met hetzelfde virus. Als echter dezelfde methode zou worden gebruikt als darwinistische evolutiebiologen hanteren wanneer ze de genen van mensen en chimpanzees met elkaar vergelijken, zijn de genomen van beide virussen zelfs voor meer dan 99 procent gelijk.

Alle argumenten samen maken slechts één conclusie mogelijk: SARS-CoV1 en SARS-CoV2 zijn twee varianten van hetzelfde virus. Dat maakt het extra wrang dat het WHO samen met de regeringen de SARS-onderzoeksprogramma’s hebben stopgezet. Medicijnen en vaccins tegen SARS waren nu zeer waarschijnlijk ook effectief gebleken tegen Covid-19.

De auteur werkte twintig jaar als moleculair bioloog aan luchtwegziekten en is auteur van ”Terug naar de Oorsprong” (2009) en ”Darwin Revisited” (2018).

quote:

Op zaterdag 23 mei 2020 13:13 schreef Bosbeetle het volgende:
Voor de geïnteresseerden er staat een erg goed overzichts artikel in nature van 3 mei

https://www.nature.com/articles/d41586-020-01315-7

Wat ik opvallend vond en nog niet wist is de proofreading capaciteit van het virus en dat het virus blijkbaar recombineert.