Nextstrain

Nextstrain is een open-source project waar onze overheid ook aan meewerkt.

Van de afgenomen samples, wordt informatie gedeeld vanuit de hele wereld en met elkaar vergeleken. Omdat het RNA van het virus net zo opgebouwd is als het DNA van de mens, is het mogelijk om a.d.v. de mutaties te bekijken of er een relatie is tussen twee verschillende samples en hoe lang het geleden is dat deze van elkaar gescheiden zijn.

Lees hier meer over virussen op wiki, en hier over het mappen (ENG) van genomen.

Al deze gegevens worden aan elkaar gekoppeld, waarmee het verloop van het virus in kaart is te brengen.

Per land is te zien hoe het verloop in tijd is van de verschillende mutaties van het virus


Onderin is het ook mogelijk om filters in te stellen per land of regio, waarmee duidelijk te zien is dat de US/Canada niet zijn besmet via ons, of andersom.


Hier is duidelijk te zien dat er twee verschillende 'strains' zijn ontstaan; het S en L type. Ondanks eerdere berichten dat er een "agressieve" soort zou zijn, is het te vroeg om te zeggen of dit zo is. Men mag altijd hopen dat wij een milde vorm zullen treffen, maar dat zou betekenen dat er ergens anders een zwarte vorm heerst. Brrr!


Alleen een filter op NL laat zien dat onze besmettingen uit twee vertakkingen komen;


de bovenste

en de onderste


Ons eerste gemeten slachtoffer


Bron: Nextstrain

quote:

Op donderdag 12 maart 2020 12:53 schreef Discombobulate het volgende:
Mooi topic

quote:

Op donderdag 12 maart 2020 14:12 schreef THEFXR het volgende:
hoe meer vertakking hoe zwakker het virus?

Ben geen bioloog, maar geloof niet dat je dat kan stellen.

De meeste mutaties vinden plaats in het niet-coderende gedeelte van het RNA en hebben dus geen gevolg voor het virus zelf. Bij een mutatie aan een coderend genoom kan het zijn dat de eigenschappen veranderen; Snellere verspreiding, afwijkende incubatietijd of heftigere/mildere gevolgen.

quote:

Op donderdag 12 maart 2020 14:36 schreef Mevrouw_voor_jou het volgende:
Ik vind dit een super interessant topic, hulde voor het aanmaken ervan!

Nu een paar vragen, want ik weet weinig van biologie.

Wat kunnen we met deze informatie? Is er bijvoorbeeld uit te destilleren wat de eigenschappen zijn van de takken die in Nederland actief zijn?

Kan bijvoorbeeld herleid worden waar vandaan de Brabantse nog niet teruggeleide besmettingen komen?

Mijn lekenmening.. De eigenschappen niet, wat je wel zou kunnen zien is als er op een gegeven moment duidelijk blijkt dat regio's andere symptomen vertonen, of er een andere variant van het virus is ontstaan.

Italie heeft bijna geen data aangeleverd, dus is het niet terug te zien via het genoom.

Hoop dat @Bosbeetle je verder kan helpen.

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 09:47 schreef Bosbeetle het volgende:
Hey de L naar S in Orf8 pos84 mutatie heeft nog een keer paatsgevonden

Ik zag het. Er lijken meerdere splitsingen te ontstaan ook. Denk dat er flink wat data is aangevuld.

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 15:51 schreef Bosbeetle het volgende:
https://nextstrain.org/ncov?c=gt-S_614&m=div

De D naar G in de spike protein op positie 614 lijkt de italiaanse/nederlandse variant te zijn.

Dit geeft wel ineens een heel ander beeld van hoe "onze stamboom" is opgebouwd.

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 16:23 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Dit is data tot 8 maart. En ik denk dat ze alleen variaties opsturen en niet gewoon alles. Hier kun je dus alleen vinden als virussen verschillen van anderen. Je zult hier dus niet nederlanders zien staan met een bekende wuhan variant.

Ah. Hm. Ow.

Kan ik dan aannemen dat als wij wel 1 op 1, zeg overdreven, alle amerikanen besmet hebben, en al deze virussen komen overeen, dan zouden we die NL'rs niet als groene puntjes terugvinden in het overzicht.

Voor mijn hoofd; datapunten zijn unieke mutaties, geen geïnfecteerden?

[ Bericht 0% gewijzigd door _I op 13-03-2020 16:36:51 ]

quote:

Op vrijdag 13 maart 2020 16:50 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Aantal geïnfecteerden staan wel op de kaart maar niet in de puntjes, geloof ik.

Bon!