abonnementen ibood.com bol.com
pi_191977910
b29812de13247affca8d5b8709c2c858.png

1766a1124b21a00aed600e1053442819.png

Nextstrain is een open-source project waar onze overheid ook aan meewerkt.

Van de afgenomen samples, wordt informatie gedeeld vanuit de hele wereld en met elkaar vergeleken. Omdat het RNA van het virus net zo opgebouwd is als het DNA van de mens, is het mogelijk om a.d.v. de mutaties te bekijken of er een relatie is tussen twee verschillende samples en hoe lang het geleden is dat deze van elkaar gescheiden zijn.

Lees hier meer over virussen op wiki, en hier over het mappen (ENG) van genomen.

Al deze gegevens worden aan elkaar gekoppeld, waarmee het verloop van het virus in kaart is te brengen.

Per land is te zien hoe het verloop in tijd is van de verschillende mutaties van het virus
f21da30589d1251f304ec1920002d7ff.png

Onderin is het ook mogelijk om filters in te stellen per land of regio, waarmee duidelijk te zien is dat de US/Canada niet zijn besmet via ons, of andersom.
0898207cc2c976c6e08ff449715290a3.png

Hier is duidelijk te zien dat er twee verschillende 'strains' zijn ontstaan; het S en L type. Ondanks eerdere berichten dat er een "agressieve" soort zou zijn, is het te vroeg om te zeggen of dit zo is. Men mag altijd hopen dat wij een milde vorm zullen treffen, maar dat zou betekenen dat er ergens anders een zwarte vorm heerst. Brrr!
d358c8b36eb1e1e1aecc9d8f7d3798a0.png

Alleen een filter op NL laat zien dat onze besmettingen uit twee vertakkingen komen;
4b39814718aa0dd8e8874640c16f4ab8.png

de bovenste
bcd99205689f7506c866b6811bd30f89.png
en de onderste
16a1d52501a3ff81e3be8459997e0857.png

Ons eerste gemeten slachtoffer
f36010a1c80542f33f46f0ffa4f93762.png

Bron: Nextstrain
  Redactie Frontpage donderdag 12 maart 2020 @ 12:23:00 #2
21273 crew  JeMoeder
MijnMoeder
pi_191978127
Interessant project.

Het nut van trump z'n populistische maatregel wordt ook meteen duidelijk :') 0,0 dus.
Ta mère
El Coño
ウイスキー
pi_191978680
Mooi topic :D
pi_191980109
quote:
0s.gif Op donderdag 12 maart 2020 12:53 schreef Discombobulate het volgende:
Mooi topic :D
^O^
pi_191980154
Aanleiding is natuurlijk niet leuk maar hier hou ik van! O+
Wer lesen kann, ist klar im Vorteil.
pi_191980272
hoe meer vertakking hoe zwakker het virus?
pi_191980522
quote:
0s.gif Op donderdag 12 maart 2020 14:12 schreef THEFXR het volgende:
hoe meer vertakking hoe zwakker het virus?
Ben geen bioloog, maar geloof niet dat je dat kan stellen.

De meeste mutaties vinden plaats in het niet-coderende gedeelte van het RNA en hebben dus geen gevolg voor het virus zelf. Bij een mutatie aan een coderend genoom kan het zijn dat de eigenschappen veranderen; Snellere verspreiding, afwijkende incubatietijd of heftigere/mildere gevolgen.
pi_191980822
Ik vind dit een super interessant topic, hulde voor het aanmaken ervan!

Nu een paar vragen, want ik weet weinig van biologie.

Wat kunnen we met deze informatie? Is er bijvoorbeeld uit te destilleren wat de eigenschappen zijn van de takken die in Nederland actief zijn?

Kan bijvoorbeeld herleid worden waar vandaan de Brabantse nog niet teruggeleide besmettingen komen?
  donderdag 12 maart 2020 @ 14:45:30 #9
460440 Viltje
Het antwoord op alles is 42.
pi_191981016
quote:
0s.gif Op donderdag 12 maart 2020 14:36 schreef Mevrouw_voor_jou het volgende:
Ik vind dit een super interessant topic, hulde voor het aanmaken ervan!

Nu een paar vragen, want ik weet weinig van biologie.

Wat kunnen we met deze informatie? Is er bijvoorbeeld uit te destilleren wat de eigenschappen zijn van de takken die in Nederland actief zijn?

Kan bijvoorbeeld herleid worden waar vandaan de Brabantse nog niet teruggeleide besmettingen komen?
Van de week bij de technische briefing heeft Jaap van Dissel aangegeven dat je op deze manier inderdaad kunt achterhalen waar besmettingen vandaan komen. Dit kun je helaas wel pas achteraf doen. Een van de dingen die hij opnoemde is dat je op deze manier kunt zien of besmettingen van 1 bron komen (bijvoorbeeld veel besmettingen tijdens carnaval), of dat er juist steeds besmettingen komen uit andere gebieden (mensen die in Italië zijn geweest).
pi_191981017
quote:
0s.gif Op donderdag 12 maart 2020 14:36 schreef Mevrouw_voor_jou het volgende:
Ik vind dit een super interessant topic, hulde voor het aanmaken ervan!

Nu een paar vragen, want ik weet weinig van biologie.

Wat kunnen we met deze informatie? Is er bijvoorbeeld uit te destilleren wat de eigenschappen zijn van de takken die in Nederland actief zijn?

Kan bijvoorbeeld herleid worden waar vandaan de Brabantse nog niet teruggeleide besmettingen komen?
Mijn lekenmening.. De eigenschappen niet, wat je wel zou kunnen zien is als er op een gegeven moment duidelijk blijkt dat regio's andere symptomen vertonen, of er een andere variant van het virus is ontstaan.

Italie heeft bijna geen data aangeleverd, dus is het niet terug te zien via het genoom.

Hoop dat @Bosbeetle je verder kan helpen.
  Moderator donderdag 12 maart 2020 @ 15:16:00 #11
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_191981727
Ik denk (vrijwel ongeïnformeerd behalve op dat stukje tekst dat op de site staat) dat je nog niet echt van aparte strains kunt spreken maar zo wel kunt zien welke mutaties langzaam accumuleren.

De tabel geeft de meeste info als je hem op divergence zet. Dan zie je op de x-as hoe veel ze uit elkaar liggen en op de y-as hoe ze relateren.

https://nextstrain.org/ncov?c=country&d=tree&m=div&r=country

Deze instelling vind ik het meest informatief.

Wat je nu ziet is dat er in nederland één italiaanse tak is :

https://nextstrain.org/nc(...):A2a&m=div&r=country

En één die losstaat en meer op het wuhan virus lijkt

https://nextstrain.org/ncov?c=country&d=tree&m=div&r=country
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator donderdag 12 maart 2020 @ 15:19:18 #12
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_191981859
Dit is ongeveer hoe zo'n boom gemaakt wordt:

Als je je twee virussen voorstelt met genetische code

AGCUAGCU en er veranderd 1 nucleotide bijvoorbeeld de eerste G dan krijg je een vertakking

1AGCUAGCU ---- AACUAGCU

als er dan weer twee veranderen maar afzonderlijk bijvoorbeeld de tweede G dan hebben ze een common ancestor

1
2
3
                            ------------ AACUAACU
AGCUAGCU ---- AACUAGCU -----
                            ------------ AACUACCU

Veranderd nu de eerste G niet maar de tweede wel dan is dat een nieuwe tak

1
2
3
4
                            |------------ AACUAACU
AGCUAGCU ---- AACUAGCU -----
        |                   |------------ AACUACCU
        | ---- AGCUAACU
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator donderdag 12 maart 2020 @ 15:23:49 #13
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_191982045
Dat er over een S en L variant gesproken wordt dat betekent dus dat er een Serine (S) of Leucine (L) op positie 84 in het eiwit gecodeerd door ORF8 (open reading frame 8). Dat kan op door verschillende mutaties op RNA niveau komen, want RNA wordt in tripletjes afgelezen (zogenaamde codons).

[ Bericht 10% gewijzigd door Bosbeetle op 12-03-2020 18:37:48 ]
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_191985104
@Viltje @_l @Bosbeetle dank voor jullie uitleg. 't maakt iets duidelijker waarom dit nuttig is. 😁
  Moderator donderdag 12 maart 2020 @ 18:44:31 #15
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_191987306
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/jmv.25700

quote:
In conclusion, our analysis confirms low variability within the
new epidemic virus 2019‐nCoV sequenced specimens, while
highlighting at least two nucleotide positions of higher variability
within protein‐coding regions, and specific amino acid divergences
compared to BCoVs and SARS
In het kort: het ding muteert niet zoveel
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 09:47:46 #16
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_191999448
Hey de L naar S in Orf8 pos84 mutatie heeft nog een keer paatsgevonden
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 15:51:35 #17
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192006636
https://nextstrain.org/ncov?c=gt-S_614&m=div

De D naar G in de spike protein op positie 614 lijkt de italiaanse/nederlandse variant te zijn.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192007102
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 09:47 schreef Bosbeetle het volgende:
Hey de L naar S in Orf8 pos84 mutatie heeft nog een keer paatsgevonden
Ik zag het. Er lijken meerdere splitsingen te ontstaan ook. Denk dat er flink wat data is aangevuld. :)
pi_192007176
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 15:51 schreef Bosbeetle het volgende:
https://nextstrain.org/ncov?c=gt-S_614&m=div

De D naar G in de spike protein op positie 614 lijkt de italiaanse/nederlandse variant te zijn.
a6e552bddc951bebed83c6ac55a0f748.png

Dit geeft wel ineens een heel ander beeld van hoe "onze stamboom" is opgebouwd.
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 16:23:52 #20
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192007366
quote:
14s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:15 schreef _I het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

Dit geeft wel ineens een heel ander beeld van hoe "onze stamboom" is opgebouwd.
Dit is data tot 8 maart. En ik denk dat ze alleen variaties opsturen en niet gewoon alles. Hier kun je dus alleen vinden als virussen verschillen van anderen. Je zult hier dus niet nederlanders zien staan met een bekende wuhan variant.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192007470
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:23 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Dit is data tot 8 maart. En ik denk dat ze alleen variaties opsturen en niet gewoon alles. Hier kun je dus alleen vinden als virussen verschillen van anderen. Je zult hier dus niet nederlanders zien staan met een bekende wuhan variant.
Ah. Hm. Ow. :@

Kan ik dan aannemen dat als wij wel 1 op 1, zeg overdreven, alle amerikanen besmet hebben, en al deze virussen komen overeen, dan zouden we die NL'rs niet als groene puntjes terugvinden in het overzicht.

Voor mijn hoofd; datapunten zijn unieke mutaties, geen geïnfecteerden?

[ Bericht 0% gewijzigd door _I op 13-03-2020 16:36:51 ]
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 16:50:22 #22
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192008085
quote:
5s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:27 schreef _I het volgende:

[..]

Ah. Hm. Ow. :@

Kan ik dan aannemen dat als wij wel 1 op 1, zeg overdreven, alle amerikanen besmet hebben, en al deze virussen komen overeen, dan zouden we die NL'rs niet als groene puntjes terugvinden in het overzicht.

Voor mijn hoofd; datapunten zijn unieke mutaties, geen geïnfecteerden?
Aantal geïnfecteerden staan wel op de kaart maar niet in de puntjes, geloof ik.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192008118
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:50 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Aantal geïnfecteerden staan wel op de kaart maar niet in de puntjes, geloof ik.
Bon!
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 16:52:42 #24
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192008144
quote:
14s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:51 schreef _I het volgende:

[..]

Bon!
Je ziet in nederland dan ook taart diagrammen bij die S pos614 mutatie.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192008546
Dus stel als het virus iemand met een chromosoomafwijking besmet, zou het virus zichzelf dan verder gaan ontwikkelen?
Google is your friend, abuse your friends
pi_192008937
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 16:52 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Je ziet in nederland dan ook taart diagrammen bij die S pos614 mutatie.
Had ik maar biologie gestudeerd. -O-
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 19:07:11 #27
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192011021
quote:
0s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 17:08 schreef Metalfrost het volgende:
Dus stel als het virus iemand met een chromosoomafwijking besmet, zou het virus zichzelf dan verder gaan ontwikkelen?
Dat veranderd niets aan de besmetting, een virus heeft wat tools aan boord en kaapt de machinerie van zijn gastheer.

In het kort, het virus brengt RNA in gastheer cellen, die gastheer ziet het als normaal RNA leest het af en maakt de bouwstenen (eiwit) voor nieuw virus.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator vrijdag 13 maart 2020 @ 19:08:58 #28
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192011058
quote:
14s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 17:26 schreef _I het volgende:

[..]

Had ik maar biologie gestudeerd. -O-
De basis hiervan zit toch wel in biologie op de middelbare school.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192011453
quote:
2s.gif Op vrijdag 13 maart 2020 19:08 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

De basis hiervan zit toch wel in biologie op de middelbare school.
Daar heb ik het heel snel laten varen. Scheikunde, biologie en natuurkunde lieten me de tijd vergeten. 8)7

Als ik het allemaal over mocht doen...
pi_192042574
Cross post

quote:
0s.gif Op zondag 15 maart 2020 03:05 schreef Stoorzendert het volgende:

Ok thanks. Ergens in dit topic is hier namelijk een uitgebreide analyse van gedaan. Inclusief waar deze strains heen zijn gegaan. Die analyse toonde aan dat de L en S strain in China zijn ontstaan, maar vooral de L-strain naar Europa en Amerika zijn gegaan. Niet waar dus?
Er loopt ook een topic over, maar zal het proberen uit te leggen;
COR / Nextstrain

Nextstrain is een open-source project, waarbij samples worden verzameld van mensen die het virus hebben en door de RNA-sequenties met elkaar te vergelijken is het mogelijk om te zien welk sample voortkomt uit welk ander sample. Net als het plotten van de oorsprong van de mens en de relatie tot de apen.

Voor elk land is een kleur en de grafiek is uitgezet in tijd. Wij zitten in de "groene hoek" en zo kan je zien hoe "ons" virus gelinkt is aan het virus wat in de US overheerst (rood)
7651a1e68606a8ef972cec088c5902c0.png

Als je de data niet presenteert in 'tijd', maar in 'divergence' dat wordt in kaart gebracht hoeveel "afwijkingen" de samples hebben t.o.v. elkaar.
Voor de US (rood) zie je dan dat er een zieke is, die meer dan 12 mutaties heeft van de eerste gevonden RNA.
3172fadcf42f67e70564c7846e149f9e.png

In een taartdiagram, gefilterd voor alleen NL en US, zie je redelijk helder dat er weinig vermenging is. Er zit een enkel rood puntje tussen de groene in en vice versa.
be46f78d1dfb4a01b7b1ea5d487dab5b.png

Als je filtert op de US en China, dan zie je dat bijna alle rode puntjes voortkomen uit paarse. De besmettingen in de US komen dus logischerwijs voort uit China en niet uit onze regio. Je ziet dat die nu heel licht grijs zijn en los staat van het gekleurde gedeelte
af2b005e98e87f38bac90ca920b20039.png

Wetenschappers zagen dat op een bepaald genoom er een mutaties was ontstaan, de L en de S; hier geel en blauw.
a5e8486f1d04fb26b48adf63730d0c82.png

Ik vond gisteren zelf nog zo'n mutatie in een ander genoom (bij toeval)
0bb1046aa1b48d338d48b964e98a10fa.png

En Bosbeetle wees me op nog een andere;
c652d09400b4c6464ad2ea6328a985d8.png

Deze mutaties maken het mogelijk om het verloop in kaart te brengen van het virus in tijd, maar voor wat men nu weet zitten deze mutaties niet in die genomen die zorgen voor mutaties in het virus zelf. Er is dus nog niet te zeggen of de ene mutatie agressiever is dan de ander, daarvoor was de sample-size te klein en de verwachtinig is dus dat het niet-coderende genomen zijn, die dus het virus niet veranderen in effect.
a5e8486f1d04fb26b48adf63730d0c82.png

Zit er ook niet diep in, maar dit is wat ik ervan begrepen heb.
  zondag 15 maart 2020 @ 08:37:06 #31
38849 Notorious_Roy
Doomed since 1889
pi_192042621
Kudo's voor dit topic. Zeer boeiende materie.
The hardware is just a box you buy only because you want to play Mario games - Yamauchi
Mr. Zurkon doesn't need bolts, his currency is pain
Roy-O-Rama | Backlog | Wish-list
pi_192043222
Kan je ook 2x ziek worden van verschillende strains?
"This is your life and it's ending one minute at a time." - Tyler Durden
"Sand is overrated. It's just tiny, little rocks." - Joel
  zondag 15 maart 2020 @ 09:56:35 #33
147172 THEFXR
Alpha Bear
pi_192043694
quote:
0s.gif Op zondag 15 maart 2020 09:24 schreef Gremen het volgende:
Kan je ook 2x ziek worden van verschillende strains?
ja, zelfs tegelijk van die twee strains
pi_192043926
quote:
0s.gif Op zondag 15 maart 2020 09:24 schreef Gremen het volgende:
Kan je ook 2x ziek worden van verschillende strains?
Dat kun je niet zomaar zeggen.

Sommige van die afwijkingen. Zijn ‘niet effectief’. Dwz dat ze niet coderen voor ‘functionaliteit ‘.

Daarnaast weet nemen nog niet hoe het zit met immunisatie. Ik lees de wildste verhalen, waarvan de meeste bullshit.
Whatever...
  Moderator zondag 15 maart 2020 @ 10:26:47 #35
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192044117
quote:
2s.gif Op zondag 15 maart 2020 08:31 schreef _I het volgende:
Cross post
[..]

Er loopt ook een topic over, maar zal het proberen uit te leggen;
COR / Nextstrain

Nextstrain is een open-source project, waarbij samples worden verzameld van mensen die het virus hebben en door de RNA-sequenties met elkaar te vergelijken is het mogelijk om te zien welk sample voortkomt uit welk ander sample. Net als het plotten van de oorsprong van de mens en de relatie tot de apen.

Voor elk land is een kleur en de grafiek is uitgezet in tijd. Wij zitten in de "groene hoek" en zo kan je zien hoe "ons" virus gelinkt is aan het virus wat in de US overheerst (rood)
[ afbeelding ]

Als je de data niet presenteert in 'tijd', maar in 'divergence' dat wordt in kaart gebracht hoeveel "afwijkingen" de samples hebben t.o.v. elkaar.
Voor de US (rood) zie je dan dat er een zieke is, die meer dan 12 mutaties heeft van de eerste gevonden RNA.
[ afbeelding ]

In een taartdiagram, gefilterd voor alleen NL en US, zie je redelijk helder dat er weinig vermenging is. Er zit een enkel rood puntje tussen de groene in en vice versa.
[ afbeelding ]

Als je filtert op de US en China, dan zie je dat bijna alle rode puntjes voortkomen uit paarse. De besmettingen in de US komen dus logischerwijs voort uit China en niet uit onze regio. Je ziet dat die nu heel licht grijs zijn en los staat van het gekleurde gedeelte
[ afbeelding ]

Wetenschappers zagen dat op een bepaald genoom er een mutaties was ontstaan, de L en de S; hier geel en blauw.
[ afbeelding ]

Ik vond gisteren zelf nog zo'n mutatie in een ander genoom (bij toeval)
[ afbeelding ]

En Bosbeetle wees me op nog een andere;
[ afbeelding ]

Deze mutaties maken het mogelijk om het verloop in kaart te brengen van het virus in tijd, maar voor wat men nu weet zitten deze mutaties niet in die genomen die zorgen voor mutaties in het virus zelf. Er is dus nog niet te zeggen of de ene mutatie agressiever is dan de ander, daarvoor was de sample-size te klein en de verwachtinig is dus dat het niet-coderende genomen zijn, die dus het virus niet veranderen in effect.
[ afbeelding ]

Zit er ook niet diep in, maar dit is wat ik ervan begrepen heb.
Als je op die staafdiagrammen grafiek kijkt onderin beeld dan zie je daar welke posities het meest muteren, door op zo'n balk te klikken zie je het gelijk in de boom grafiek. Onder de staaf diagram grafiek kun je ook inzoomen en uitzoomen op het hele genoom. Je kunt die ook switchen tussen aminozuur en nucleotide ( eiwit volgorde vs Rna volgorde).

Waarom bepaalde posities meer muteren dan andere kan met selectiedruk te maken hebben, en dat is weer interessant voor mogelijke vaccins.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192044205
quote:
2s.gif Op zondag 15 maart 2020 10:26 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Als je op die staafdiagrammen grafiek kijkt onderin beeld dan zie je daar welke posities het meest muteren, door op zo'n balk te klikken zie je het gelijk in de boom grafiek. Onder de staaf diagram grafiek kun je ook inzoomen en uitzoomen op het hele genoom. Je kunt die ook switchen tussen aminozuur en nucleotide ( eiwit volgorde vs Rna volgorde).

Waarom bepaalde posities meer muteren dan andere kan met selectiedruk te maken hebben, en dat is weer interessant voor mogelijke vaccins.
^O^

Dat zoekt wel een stuk sneller. M 175 ook best apart. Fascinerend.
be27c6a6655f2a7006817bfa2cbf382f.png
pi_192044304
ORF3a 251 heeft ook wel een specifieke tak inmiddels.

Jammer dat het lab geen live verbinding heeft. :+
42dea2ed7b51cc3d33bf98f169af3d50.png
pi_192044416
Er zijn er best een aantal en NL zit vaak in de afwijkende groep (filter staat alleen op NL)
a79e3f41a9082130cc3d8a0d79018c4c.png

Zou wel een stuk helpen als Italie niet maar 4 bolletjes had. Is toch redelijk de "missing link" voor ons.
  Moderator zondag 15 maart 2020 @ 10:46:34 #39
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192044439
Voor extra info

spike (S) protein, nucleocapsid (N) protein, membrane (M) protein, and the envelope (E) protein dit zijn de strucuterele eiwitten van dit virus en dus nodig om een virus deeltje te maken.

Spike is een receptor waarmee het virus aan gastheer cellen bind. Nucleocapsid is het enige eiwit dan aan het RNA bind en zorgt voor het inpakken van het virus. M is de organisator die het meest contact heeft met de anderen, en interacteert met S,N en E. E is het kleinste eiwit wat wel in het membraan zit maar vooral zijn werkt doet in de gastheer cel.

https://virologyj.biomedc(...)86/s12985-019-1182-0

De eiwitten die gemaakt worden door ORF1-8 zijn niet structureel.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192044765
quote:
2s.gif Op zondag 15 maart 2020 10:46 schreef Bosbeetle het volgende:
Voor extra info

spike (S) protein, nucleocapsid (N) protein, membrane (M) protein, and the envelope (E) protein dit zijn de strucuterele eiwitten van dit virus en dus nodig om een virus deeltje te maken.

Spike is een receptor waarmee het virus aan gastheer cellen bind. Nucleocapsid is het enige eiwit dan aan het RNA bind en zorgt voor het inpakken van het virus. M is de organisator die het meest contact heeft met de anderen, en interacteert met S,N en E. E is het kleinste eiwit wat wel in het membraan zit maar vooral zijn werkt doet in de gastheer cel.

https://virologyj.biomedc(...)86/s12985-019-1182-0

De eiwitten die gemaakt worden door ORF1-8 zijn niet structureel.
Hm, probeer je te volgen.
Welke mutaties zijn dan wel structureel en achter welke mutaties schuilt "gevaar"? Is dat te duiden?

https://nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_28883&m=div
Zoals die mutatie op N, zou dat iets structureels kunnen zijn?

b188d35c1f31d8939ba2ae9fdc459e70.png

Heb de link doorgenomen, maar moet ergens mn verlies erkennen. Denk dat dit het punt is. :D
  Moderator zondag 15 maart 2020 @ 11:42:50 #41
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192045382
quote:
10s.gif Op zondag 15 maart 2020 11:05 schreef _I het volgende:

[..]

Hm, probeer je te volgen.
Welke mutaties zijn dan wel structureel en achter welke mutaties schuilt "gevaar"? Is dat te duiden?

https://nextstrain.org/ncov?c=gt-nuc_28883&m=div
Zoals die mutatie op N, zou dat iets structureels kunnen zijn?

[ afbeelding ]

Heb de link doorgenomen, maar moet ergens mn verlies erkennen. Denk dat dit het punt is. :D
De genoemde eiwitten zorgen voor opbouw en 'sammenstellen' van het virus. Het zegt niets over gevaar.

Je kijkt hier eigenlijk naar evolutie aan het werk, veranderd er iets in bijvoorbeeld het spike eiwit waardoor het virus iets snellen binnenkomt, dan zal dat virus iets voorsprong krijgen en steeds vaker voorkomen. Maar dat kan ook gebeuren als het virus iets 'milder' wordt en men het makkelijker ongemerkt doorgeeft. Of als een mutatie zorgt voor veel meer hoesten.


Uit het artikel gaat het vooral om dit stuk dat goed uitlegt hoe het virus in elkaar zit:

quote:
The coronaviral genome encodes four major structural proteins: the spike (S) protein, nucleocapsid (N) protein, membrane (M) protein, and the envelope (E) protein, all of which are required to produce a structurally complete viral particle [29, 37, 38]. More recently, however, it has become clear that some CoVs do not require the full ensemble of structural proteins to form a complete, infectious virion, suggesting that some structural proteins might be dispensable or that these CoVs might encode additional proteins with overlapping compensatory functions [35, 37, 39,40,41,42]. Individually, each protein primarily plays a role in the structure of the virus particle, but they are also involved in other aspects of the replication cycle. The S protein mediates attachment of the virus to the host cell surface receptors and subsequent fusion between the viral and host cell membranes to facilitate viral entry into the host cell [42,43,44]. In some CoVs, the expression of S at the cell membrane can also mediate cell-cell fusion between infected and adjacent, uninfected cells. This formation of giant, multinucleated cells, or syncytia, has been proposed as a strategy to allow direct spreading of the virus between cells, subverting virus-neutralising antibodies [45,46,47].

Unlike the other major structural proteins, N is the only protein that functions primarily to bind to the CoV RNA genome, making up the nucleocapsid [48]. Although N is largely involved in processes relating to the viral genome, it is also involved in other aspects of the CoV replication cycle and the host cellular response to viral infection [49]. Interestingly, localisation of N to the endoplasmic reticulum (ER)-Golgi region has proposed a function for it in assembly and budding [50, 51]. However, transient expression of N was shown to substantially increase the production of virus-like particles (VLPs) in some CoVs, suggesting that it might not be required for envelope formation, but for complete virion formation instead [41, 42, 52, 53].

The M protein is the most abundant structural protein and defines the shape of the viral envelope [54]. It is also regarded as the central organiser of CoV assembly, interacting with all other major coronaviral structural proteins [29]. Homotypic interactions between the M proteins are the major driving force behind virion envelope formation but, alone, is not sufficient for virion formation [54,55,56]. Interaction of S with M is necessary for retention of S in the ER-Golgi intermediate compartment (ERGIC)/Golgi complex and its incorporation into new virions, but dispensable for the assembly process [37, 45, 57]. Binding of M to N stabilises the nucleocapsid (N protein-RNA complex), as well as the internal core of virions, and, ultimately, promotes completion of viral assembly [45, 58, 59]. Together, M and E make up the viral envelope and their interaction is sufficient for the production and release of VLPs [37, 60,61,62,63,64].

The E protein is the smallest of the major structural proteins, but also the most enigmatic. During the replication cycle, E is abundantly expressed inside the infected cell, but only a small portion is incorporated into the virion envelope [65]. The majority of the protein is localised at the site of intracellular trafficking, viz. the ER, Golgi, and ERGIC, where it participates in CoV assembly and budding [66]. Recombinant CoVs have lacking E exhibit significantly reduced viral titres, crippled viral maturation, or yield propagation incompetent progeny, demonstrating the importance of E in virus production and maturation [35, 39, 40, 67, 68].


[ Bericht 5% gewijzigd door Bosbeetle op 15-03-2020 11:58:19 ]
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192055450
quote:
2s.gif Op zondag 15 maart 2020 11:42 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

De genoemde eiwitten zorgen voor opbouw en 'sammenstellen' van het virus. Het zegt niets over gevaar.

Je kijkt hier eigenlijk naar evolutie aan het werk, veranderd er iets in bijvoorbeeld het spike eiwit waardoor het virus iets snellen binnenkomt, dan zal dat virus iets voorsprong krijgen en steeds vaker voorkomen. Maar dat kan ook gebeuren als het virus iets 'milder' wordt en men het makkelijker ongemerkt doorgeeft. Of als een mutatie zorgt voor veel meer hoesten.

Uit het artikel gaat het vooral om dit stuk dat goed uitlegt hoe het virus in elkaar zit:
[..]

Dank! Het roept alleen zoveel vragen op, dus lijkt het me beter om het los te laten.
Het valt me namelijk op dat NL er vaak uitspringt;
Alles
64c027283a13ba8afedfb338fef02be0.png
Alleen NL
565333ef94d6fce7e233cd0bc3d8093b.png

Afwijkingen in patronen zijn als een soort heroine voor me. Heb wel even genoeg gehad de afgelopen weken. :+
pi_192055983
quote:
2s.gif Op zondag 15 maart 2020 10:46 schreef Bosbeetle het volgende:
De eiwitten die gemaakt worden door ORF1-8 zijn niet structureel.
Maar waar dienen ze dan voor?
  Moderator zondag 15 maart 2020 @ 20:00:00 #44
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192056340
quote:
6s.gif Op zondag 15 maart 2020 19:21 schreef _I het volgende:

[..]

Dank! Het roept alleen zoveel vragen op, dus lijkt het me beter om het los te laten.
Het valt me namelijk op dat NL er vaak uitspringt;
Alles
[ afbeelding ]
Alleen NL
[ afbeelding ]

Afwijkingen in patronen zijn als een soort heroine voor me. Heb wel even genoeg gehad de afgelopen weken. :+
Het feit dat er zo'n tak is betekent al dat daar specifieke mutaties zitten die tak is verwant maar niet aan de rest, je kunt die voor alle takken vinden. Omdat die takken structuur daar op gebaseerd is!
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator zondag 15 maart 2020 @ 20:02:05 #45
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192056376
quote:
0s.gif Op zondag 15 maart 2020 19:44 schreef Discombobulate het volgende:

[..]

Maar waar dienen ze dan voor?
Geen idee maar bijvoorbeeld proteasen (eiwitten die andere eiwitten kunnen afbreken) of andere eiwitten met onbekende functies. Ik ben er niet zover in gedoken, die protease heb ik horen noemen.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192064509
Abstract

SARS-CoV-2 is a betacoronavirus that is responsible for the COVID-19 pandemic. The genome of SARS-CoV-2 was reported recently, but its transcriptomic architecture is unknown. Utilizing two complementary sequencing techniques, we here present a high-resolution map of the SARS-CoV-2 transcriptome and epitranscriptome.

DNA nanoball sequencing shows that the transcriptome is highly complex owing to numerous recombination events, both canonical and noncanonical. In addition to the genomic RNA and subgenomic RNAs common in all coronaviruses, SARS-CoV-2 produces a large number of transcripts encoding unknown ORFs with fusion, deletion, and/or frameshift.

Using nanopore direct RNA sequencing, we further find at least 41 RNA modification sites on viral transcripts, with the most frequent motif being AAGAA. Modified RNAs have shorter poly(A) tails than unmodified RNAs, suggesting a link between the internal modification and the 3′ tail. Functional investigation of the unknown ORFs and RNA modifications discovered in this study will open new directions to our understanding of the life cycle and pathogenicity of SARS-CoV-2.
  Moderator maandag 16 maart 2020 @ 09:29:00 #47
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192066266
quote:
3s.gif Op maandag 16 maart 2020 07:27 schreef _I het volgende:
Abstract

SARS-CoV-2 is a betacoronavirus that is responsible for the COVID-19 pandemic. The genome of SARS-CoV-2 was reported recently, but its transcriptomic architecture is unknown. Utilizing two complementary sequencing techniques, we here present a high-resolution map of the SARS-CoV-2 transcriptome and epitranscriptome.

DNA nanoball sequencing shows that the transcriptome is highly complex owing to numerous recombination events, both canonical and noncanonical. In addition to the genomic RNA and subgenomic RNAs common in all coronaviruses, SARS-CoV-2 produces a large number of transcripts encoding unknown ORFs with fusion, deletion, and/or frameshift.

Using nanopore direct RNA sequencing, we further find at least 41 RNA modification sites on viral transcripts, with the most frequent motif being AAGAA. Modified RNAs have shorter poly(A) tails than unmodified RNAs, suggesting a link between the internal modification and the 3′ tail. Functional investigation of the unknown ORFs and RNA modifications discovered in this study will open new directions to our understanding of the life cycle and pathogenicity of SARS-CoV-2.
Kleine cartoon waarom het RNA van het virus niet één op één de code is voor de eiwitten die het produceert:

d6CS7bl2rpsi6jDsN9Y5CHIfZDxapNk42vYQaNjYcVh5qUw15Wy0dCD6kx8BqzcK853x8gJLwz2s5rPol4D0vjSK

Dit is een simpel voorbeeld van een gen bij een virus zit het wat lastiger. Maar je ziet hier de genetische code (die bij dit virus al bestaat uit RNA) maar daarna wordt dat RNA geprocessed om zo tot stukken te komen die vervolgens worden afgelezen en vertaald naar eiwit.

Het stuk dat I_ deelt laat zien dat je met 1 stuk RNA toch veel verschillende RNA transcripten kunt krijgen, bijvoorbeeld door deleties (kleine stukken die verdwijnen) of recombnatie (stukken die aan elkaar geplakt worden die in het basis RNA niet bij elkaar zitten) of frameshifts kleine verschuivingen die de code helemaal veranderen.

Voorbeeld van dat laatste stel je hebt iets dat codeert voor Alanine A het triplet GCA. Als je dan de RNA code GCA-GCA-GCA hebt staat dat voor AAA, maar als je nu 1 base weghaalt krijg je bijvoorbeeld GCG-CAG-CAG wat staat voor AQQ heel iets anders dus.

SPOILER: code tabel
Om spoilers te kunnen lezen moet je zijn ingelogd. Je moet je daarvoor eerst gratis Registreren. Ook kun je spoilers niet lezen als je een ban hebt.
Verder hebben ze het over de polyA staart dat is een groepje As wat aan het einde van functionele RNAs gehangen wordt zodat ze herkent worden door de afleesmechanismen. Blijkbaar heeft dit virus die staart in zijn genoom zitten maar wordt hij bij het processen iets verkort.
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
  Moderator maandag 16 maart 2020 @ 12:49:41 #48
27682 crew  Bosbeetle
terminaal verdwaald
pi_192070056
Er is nu een brazilliaanse variant toegevoegd die heel erg afwijkt. Begin van een zuidamerikaanse variant?
En mochten we vallen dan is het omhoog. - Krang (uit: Pantani)
My favourite music is the music I haven't yet heard - John Cage
Water: ijskoud de hardste - Gehenna
LPs | CDs
pi_192070773
Zag het vanochtend;
f00dba34b40e120f3d9a5c85d5094fa2.png
98f22cfe9ad25da1ac75070a010be28d.png
Flinke afstand ook ineens. Lijkt mij dat er wat stappen missen.
  maandag 16 maart 2020 @ 13:30:36 #50
147172 THEFXR
Alpha Bear
pi_192070823
weet niet of het hier thuishoort?, het is een reeks van twitter berichten van een USA dokter.
https://twitter.com/davidasinclair/status/1238972083864027137
abonnementen ibood.com bol.com
Forum Opties
Forumhop:
Hop naar:
(afkorting, bv 'KLB')