Onnatuurlijke aminozuren in eiwitten

quote:

Op woensdag 7 april 2010 14:57 schreef Bosbeetle het volgende:
Ik vind polypeptide ook een beetje een stomme naam want een peptide is weer een klein stukje eiwit en wanneer is iets nog een peptide zeg dat met 30 aminozuren het nog een peptide is en met 31 niet meer dan is dat een polypeptide beetje stom noem het dan polyaminozuur

Het is inderdaad een beetje een vage naam. Eigenlijk zit er ook wel een beetje een verschil tussen polypeptides en proteïnes. Verschillende organismen hebben namelijk nog de mogelijkheid om eiwitten te decoreren met suikermoleculen. Als die suikermoleculen erop zit, dan mag je het geen polypeptide meer noemen. Met andere woorden polypeptiden zijn wel eiwitten (proteïnes), maar eiwitten (proteïnes) niet per se polypeptiden.

quote:

Op woensdag 7 april 2010 14:47 schreef Zwansen het volgende:
Misschien kan BB gelijk een stukje over DNA/RNA/transcriptie schrijven.

Dat is ook zo prachtig.

Ik weet niet of men ergens de filmpjes van Alberts -the cell openbaar heeft, maar die zijn briljant.
Staat alles zo duidelijk in. en fantastisch geanimeerd. Maar ik mag de filmpjes niet plaatsen.

DNA is een gecodeerde structuur voor van alles en nog wat. Dit DNA kan door eiwitcomplexen worden afgelezen. Meerdere verschillende eiwitten spelen hierbij dus een rol. Die samen en zelfstandigwerken aan een nieuw eiwit. Het stukje DNA dat wordt afgelezen is dat wat nodig is voor het verkrijgen van dat specifieke eiwit. De dubbelstrengse DNA helix wordt opengebroken en de eiwitcomplexen produceren pre-mRNA. Het uiteindelijke doel is er nog niet, er zijn nog wat processen om RNA te krijgen. Stukje risicospreiding zeg maar. Het pre-mRNA bestaat uit exonen en intronen. Exonen zijn stukjes gecodeerd materiaal benodigd om het goede eiwit aan te geven. Intronen worden er door splicing uitgehaald. Er kunnen ook exonen uit worden gehaald wat er voor zorgt dat 1 bepaald stukje DNA verschillende eiwitten geeft, iets wat de definitie van een gen er niet makkelijker op maakt.
Nu is er mRNA en is de transcriptie afgerond.

Het mRNA gaat nu naar een ribosoom etc, zie dat dat al gepost is.

quote:

Op woensdag 7 april 2010 15:40 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Net als all gesecreteerde eiwitten of eiwitten die door het golgi gaan die hebben ook suikers.

Ook wel wonderlijk hoeveel er na de synthese nog aan eiwitten gedaan wordt.

phosphorylering
ubiquitinering
sumoylering
myristoylering
puppylatie
p-parpylatie
glycosylering
acetylatie
methylatie
nedd8ylatie
etc
etc

Wat is glucosylering? Is dat het aanbrengen van een suikerlaagje over het eiwit? En wat heeft dat voor functie?

quote:

Op woensdag 7 april 2010 14:34 schreef Bosbeetle het volgende:
Ja het is gewoon tastbaar (het is voornamelijk lucht maar dat is meer een scheikundig iets wat in een ander topic beter uitgelegd kan worden). Het is een stof. Hier zie je een beetje in een potje. (tegenwoordig kunnen we elk gewenst eiwit door bacteriën laten maken en het dan zuiveren)

[ afbeelding ]

Oké, en is het iets wat gewoon voorkomt in de natuur of is het per definitie een menselijke creatie?

quote:

En wat doet een eiwit precies is een vraag dat niet te antwoorden is omdat er namelijk ongeveer 19599 verschillende eiwitten zijn en die doen allemaal wat anders. Maar functies gaan van het geven van structuur (het skelet van de cel) tot het vervoeren van stoffen (motor proteins) het doen van celdeling, kopieren van DNA, signaleren om andere eiwitten te maken het aan en uitzetten van eiwit productie etc etc

Oké, en op wat voor niveau zit het dan? Is een eiwit ook weer opgebouwd uit moleculen of atomen? Of is het zelf een molecuul of atoom?

quote:

Het meeste zijn eiwitten nog bezig om zichzelf en andere eiwitten te reguleren. Het mooie is ook nog dat er geen eiwit bekent is met maar 1 functie het doet altijd meer dan in het begin verwacht was. We zijn er dus ook nog niet uit wat alle eiwiten precies doen. Eigenlijk is dat wat alle mensen doen die onderzoek doen in de biochemie uitzoeken wat welke eiwitten nou precies doen.

Interessant zeg.

quote:

Op woensdag 7 april 2010 17:55 schreef Federer-fan het volgende:
Wat is glucosylering? Is dat het aanbrengen van een suikerlaagje over het eiwit? En wat heeft dat voor functie?

Het is glycosylering, maar je denkt in de goede richting: er worden suikermoleculen aan het eiwit gekoppeld. Die suikergroepen kunnen helpen bij het vouwen van het eiwit, zorgen voor herkenning door andere eiwitten, zorgen dat het eiwit stabieler blijft (minder makkelijk uit elkaar valt).

quote:

Op woensdag 7 april 2010 18:00 schreef Federer-fan het volgende:
Oké, en is het iets wat gewoon voorkomt in de natuur of is het per definitie een menselijke creatie?

Het is bij met name een natuurproduct, maar mensen kunnen ook synthetisch kleine eiwitten maken. Dit gebeurt dan wel op kleine schaal en de zuiverheid is dan niet goed. Complexere eiwitten worden door bacteriën gemaakt en daaruit vervolgens geïsoleerd. Een goed voorbeeld hiervan is insuline dat diabetespatiënten gebruiken. Dit wordt gemaakt in E. colibacteriën.

quote:

Oké, en op wat voor niveau zit het dan? Is een eiwit ook weer opgebouwd uit moleculen of atomen? Of is het zelf een molecuul of atoom?

Een eiwit is zelf een molecuul. Atomen zijn de bouwstenen van moleculen, eiwitten zijn dus ook opgebouwd uit atomen.

quote:

Interessant zeg.

Hoe meer je ervan gaat weten, des te interessanter wordt het!

quote:

Op woensdag 7 april 2010 18:16 schreef lyolyrc het volgende:

[..]

Het is glycosylering, maar je denkt in de goede richting: er worden suikermoleculen aan het eiwit gekoppeld. Die suikergroepen kunnen helpen bij het vouwen van het eiwit, zorgen voor herkenning door andere eiwitten, zorgen dat het eiwit stabieler blijft (minder makkelijk uit elkaar valt).
[..]

Oke, ik snap het. Bij die stabiliteit is het dus een soort lijm die dezelfde functie heeft als wanneer je met ijsstokjes een bootje maakt?

quote:

Het is bij met name een natuurproduct, maar mensen kunnen ook synthetisch kleine eiwitten maken. Dit gebeurt dan wel op kleine schaal en de zuiverheid is dan niet goed. Complexere eiwitten worden door bacteriën gemaakt en daaruit vervolgens geïsoleerd. Een goed voorbeeld hiervan is insuline dat diabetespatiënten gebruiken. Dit wordt gemaakt in E. colibacteriën.

Waarom eiwitten bij patiënten? Zou je zonder eiwitten geen insulinepreparaten kunnen maken?

quote:

[..]

Een eiwit is zelf een molecuul. Atomen zijn de bouwstenen van moleculen, eiwitten zijn dus ook opgebouwd uit atomen.

En atomen zijn weer opgebouwd uit protoen, neutronen en elektronen, die weer zijn opgebouwd uit een combinatie van opquarks en neerquarks? En stel dat je een soort homunculus bent en je wilt bijvoorbeeld een opquark pakken; wat heb je dan in je hand? En draaien al die deeltjes daadwerkelijk om elkaar heen, op een soort centrifugale manier?

En gebruiken ze deeltjesversnellers om kleineren deeltjes te vinden dan quarks? En zijn die er al?

quote:

Hoe meer je ervan gaat weten, des te interessanter wordt het!

Ja, dat idee krijg ik ook.

Wat is een goed scheikundeboek voor beginners?

quote:

Op woensdag 7 april 2010 20:47 schreef Federer-fan het volgende:
Oke, ik snap het. Bij die stabiliteit is het dus een soort lijm die dezelfde functie heeft als wanneer je met ijsstokjes een bootje maakt?

Het kan zijn dat het de structuur steviger maakt. Een andere mogelijkheid is dat een geglycosyleerd eiwit minder goed wordt herkend door een ander eiwit dat tot doel heeft eiwitten af te breken.

quote:

Waarom eiwitten bij patiënten? Zou je zonder eiwitten geen insulinepreparaten kunnen maken?

Insuline is zelf een eiwit. Als je eet, neemt de hoeveelheid suiker, vetten en aminozuren in je bloed toe, aangezien je darmen dit uit het voedsel opnemen. Dit wordt herkend door het lichaam, waarna het insuline aanmaakt. Insuline geeft cellen een seintje om die suiker, vetten en aminozuren op te nemen. Patiënten die aan diabetes type 1 leiden, kunnen zelf geen insuline aanmaken in hun lichaam. Dit laat men dan in een laboratorium maken door bacteriën, waarna de diabetespatiënten het bij zichzelf kunnen inspuiten.

quote:

En atomen zijn weer opgebouwd uit protonen, neutronen en elektronen, die weer zijn opgebouwd uit een combinatie van opquarks en neerquarks? En stel dat je een soort homunculus bent en je wilt bijvoorbeeld een opquark pakken; wat heb je dan in je hand? En draaien al die deeltjes daadwerkelijk om elkaar heen, op een soort centrifugale manier?

Nu zet je opeens grote stappen! Dit klopt inderdaad, maar je moet je realiseren dat scheikunde zich afspeelt op het niveau van moleculen en de bouwstenen daarvan, atomen. Subatomaire deeltjes worden bestudeerd in de natuurkunde. Natuurkundigen kun je daarover meer vertellen, bijvoorbeeld in dit topic.

quote:

En gebruiken ze deeltjesversnellers om kleineren deeltjes te vinden dan quarks? En zijn die er al?

Ik verwijs je door naar de natuurkundigen! Dit zijn dingen die ook nog beter wil leren beheersen.

quote:

Ja, dat idee krijg ik ook.

Wat is een goed scheikundeboek voor beginners?

Ik heb eigenlijk nooit een echt basisboek scheikunde in handen gehad, behalve op de middelbare school. Die boeken die ik toen had waren toen ook al een jaar of 10 oud. Scheikunde voor Dummies werd ergens nog genoemd, misschien dat dat een idee is?

quote:

Op woensdag 7 april 2010 21:40 schreef lyolyrc het volgende:

Nu zet je opeens grote stappen! Dit klopt inderdaad, maar je moet je realiseren dat scheikunde zich afspeelt op het niveau van moleculen en de bouwstenen daarvan, atomen. Subatomaire deeltjes worden bestudeerd in de natuurkunde. Natuurkundigen kun je daarover meer vertellen, bijvoorbeeld in dit topic.

Ja hoi, dat zijn snaren, die zijn weer een factor 10¹⁸ kleiner dan atomen

quote:

Op woensdag 7 april 2010 20:47 schreef Federer-fan het volgende:


En gebruiken ze deeltjesversnellers om kleineren deeltjes te vinden dan quarks? En zijn die er al?

Nee, zover we weten niet Maar niet alles bestaat uit quarks; elektronen zijn bijvoorbeeld zover we weten net zo fundamenteel als een quark. Zo heb je een hele dierentuin aan classificaties van deeltjes, net zoals je in de scheikunde het periodieke systeem van elementen hebt.

Ik denk dat het enige wat je als scheikundige aan natuurkunde echt nodig hebt, is kwantummechanica. Daarmee kun je een groot deel van het periodieke systeem verklaren. Alles voorbij kwantummechanica is volgens mij al snel niet meer relevant voor biologie.

Hier proberen ze een beetje uit te leggen hoe klein we moeten denken. Natuurlijk is het nog te abstract om te kunnen inleven maar het is wel een leuke poging.

Methionine is een aminozuur dat hier voorbij komt.

http://learn.genetics.utah.edu/content/begin/cells/scale/

quote:

Op donderdag 8 april 2010 10:57 schreef Haushofer het volgende:
Ja hoi, dat zijn snaren, die zijn weer een factor 10¹⁸ kleiner dan atomen

Hoi Die laat ik dus fijn aan jou over!

_{(vind het wel interessant, maar heb momenteel andere prioriteiten)}

quote:

Op donderdag 8 april 2010 11:34 schreef Bosbeetle het volgende:
Dat is waar maar er zijn dingen die in de biologie behandeld worden die je beter aan natuurkundigen kunt vragen, er is bijvoorbeeld een berg aan onderzoek over zogenaamde lipidrafts dat zijn lipide domijnen in een bi-laag die zogenaamde liquid ordered phase hebben dus tussen vloeistof en vast in. Als wij biologen over dit soort dingen gaan praten denken wij helemaal niet goed na over de onderligende natuurkunde. Om nog maar te zwijgen over de nu in zwang rakende single molecule microscopy vaak vergeten wij dingen als interferentie, vrijheidsgraden etc etc.

Ik ben heul geen bioloog! Het klopt wel dat veel biologisch en scheikundig onderzoek op de rand van natuurkundig onderzoek zit. Het bestuderen van vloeibaar kristallijne materialen is een goed voorbeeld daarvan.

quote:

Waar biologen het best in zijn is met de botte bijl dingen weghakken en dan zeggen hé nu werkt het niet meer. Zo kun je dus gemakkelijk tot de conclusie komen dat de accu er voor zorgt dat de wielen van een auto draaien, want zonder accu doen ze dat niet meer.

Ik denk dat dergelijke grove middelen ook nodig zijn om dingen te leren. Anatomische kennis heeft men vroeger ook vooral verworven door lijken van de galg te halen en daarna totaal open te snijden. Zodra het begrip beter wordt, zijn de grove methoden ook steeds minder noodzakelijk.

Leuk topic om te lezen. Wist niet dat het bestond.

Voor de leek; atomen<moleculen<oligomeer(tussen 2 en 10 moleculen aan elkaar)<polymeer(lange ketens van moleculen aan elkaar gekoppeld)

Onder atomen vallen alle elementen; Waterstof, koolstof, zuurstof, fosfor, maar ook ijzer en plutonium.
Onder moleculen vallen; Alle denkbare combinaties van atomen mits ze stabiel zijn; glucose, alcohol, aminozuren
Onder oligomeren vallen diverse verbindingen, Waarbij bijvoorbeeld sacharose (naam van suiker) bestaat uit fructose en glucose. Peptides zijn meerdere aminozuren aan elkaar.

Alle moleculen en veel atomen zijn tastbaar. Zolang je maar genoeg moleculen bij elkaar hebt en de toestand vast of vloeibaar is.

Polymeren. DNA is een lange keten die bestaat uit slecht 4 verschillende moleculen. De volgorde is belangrijk voor de eigenschappen.
Eiwitten; Lange ketens van aminozuren, door de diversiteit van aminozuren kunnen verschillende delen elkaar afstoten of aantrekken, waardoor je niet een lange sliert hebt, maar een propje. Het eiwit van een ei bestaat ook uit allemaal propjes en is voeding voor het diertje wat in het ei zit, in de vorm van een bron van aminozuren.

Nu wordt het interessant. Om te verduidelijken, een korte uitleg over een chemische reactie. In een molecuul heb je atomen die bij elkaar rondhangen omdat ze elkaars elektronen graag willen delen en zo energetisch stabiel zijn. Breng je zo'n molecuul in een omgeving dat er stabielere vormen aanwezig zijn, dan zal het molecuul uit elkaar vallen en kleinere of grotere moleculen vormen waarbij de energie van de nieuw gevormde moleculen lager is. Voorbeelden zijn verbranding, waarbij zuurstof vaak moleculen die uit koolstof bestaan omzetten in koolstofoxides. Koolstof dioxide is bijvoorbeeld een verbrandingsproduct.

Als een eiwit een vorm heeft waarbij een holte aanwezig is en die holte ook nog eens de vorm heeft van een molecuul én het molecuul heeft ook nog eens voordeel bij om in die holte te gaan zitten dan zal deze dat ook doen. De omgeving kan ervoor zorgen dat er energetisch voordeligere combinaties mogelijk zijn van atomen en zo zal het molecuul omgezet worden in één of meerdere andere moleculen. Dit soort eiwitten heten ook wel enzymen. Enzymen kunnen dus voedsel omzetten in kleinere bouwstenen, waarbij andere enzymen er weer iets anders van kunnen opbouwen.

Een enzym is een verzamelnaam voor allerlei verschillende eiwitten die elk een ander molecuul kunnen omzetten of afbreken. Niet elk molecuul past die in elk enzym en er wordt dus ook wel gesproken over sleutels en sloten. Niet elke sleutel past in elk slot.

Uitleg filmpje;
Sommige enzymen spelen een rol bij ziektes zoals kanker, astma, etc ,etc. Astma is bijvoorbeeld een ziekte waarbij een ontstekingsreactie optreed. De reactie bestaat uit een reeks processen waarbij enzymen een rol spelen. Door nu een molecuul te maken wat in één van deze enzymen past, kan je dit enzym remmen. Hij kan immers maar een beperkt aantal reacties laten plaats vinden.

Deze stof stop je in een pilletje, dit slik of inhaleer je en hoppa geen astma meer zolang de stof aanwezig is.

Leuk hé