Kan dat serieus? Met welke codons van welke aminozuren worden zijn er dan van die 'grote' tijdsverschillen (oké oké, nanoseconden)? Is dat dan zo'n verschil in tijd (oké oké, nanoseconden) dat de tertiare/quarternaire structuur anders kan worden als er één ander codon gebruikt wordt (van hetzelfde aminozuur) ?quote:Op zondag 28 maart 2010 12:12 schreef Bosbeetle het volgende:
Ook kan codon gebruik (bijvoorbeeld aminozuren die langzamer worden ingebouwd) zorgen dat een bepaalde vouwing in het eiwit (beter) verloopt. Als het ware een soort vouwstop. Soms hebben namelijk mutaties die wel voor de zelfde amminozuur volgorde zorgen toch een effect op eiwit niveau.
Nou kijk maar eens als je een eiwit wilt produceren in bacteriën dan kun je DH5alpha strain gebruiken en soms werkt het daar niet in en wel in bl10 codon+ (die is zo gemaakt dat hij beter met mamalian codons om kan springen) daar zie je dus duidelijk een expressie effect door verschil in codon gebruik.quote:Op dinsdag 30 maart 2010 16:31 schreef tactician het volgende:
[..]
Kan dat serieus? Met welke codons van welke aminozuren worden zijn er dan van die 'grote' tijdsverschillen (oké oké, nanoseconden)? Is dat dan zo'n verschil in tijd (oké oké, nanoseconden) dat de tertiare/quarternaire structuur anders kan worden als er één ander codon gebruikt wordt (van hetzelfde aminozuur) ?
Aan het triplet zit een aminozuur. Als je een ander aminozuur koppelt aan een ander codon en dan de mRNA laat aflezen.quote:Op dinsdag 30 maart 2010 17:43 schreef lol_nl het volgende:
Hoe kunnen ze dan een DNA/RNA code verzinnen voor het eiwit? Alle tripletten coderen toch al voor een aminozuur, dus hoe kan men ervoor zorgen dat een RNA-triplet ineens voor een ander aminozuur gaat coderen?
Kunnen we zo misschien later nog meer nieuwe aminozuren ontdekken waardoor we allerlei nieuwe eiwitten e.d. kunnen bouwen? Als we bijv. zijgroepen kunnen maken met bepaalde eigenschappen, kunnen we nieuwe vormen van eiwitten met speciale eigenschappen maken, of niet? Bijv. extra veel zwavelgroepen om een superstevig eiwit te maken?
Als scheikundeleek is dit iets wat je niet moet proberen te begrijpen. Een standaardboek over biochemie bevat meestal al ruim 1000 pagina's en dat is dan vaak nog maar een samenvatting van de basiskennis.quote:Op dinsdag 6 april 2010 21:52 schreef Federer-fan het volgende:
Waarom gebruiken jullie allemaal van die moeilijke woorden.
Ik zie weinig nut in de vorming van extra stevige eiwitten. Macro-organisch onderzoek heeft de laatste jaren uitgewezen dat subtiliteit van secundaire interacties veel belangrijker is dan maximalisatie. Subtiliteit geeft namelijk voldoende stevigheid, maar wat veel belangrijker is, de mogelijkheid van reversibiliteit van interacties. Dit is waarschijnlijk het belangrijkste aspect van dynamiek in eiwitten.quote:Op dinsdag 30 maart 2010 17:43 schreef lol_nl het volgende:
Hoe kunnen ze dan een DNA/RNA code verzinnen voor het eiwit? Alle tripletten coderen toch al voor een aminozuur, dus hoe kan men ervoor zorgen dat een RNA-triplet ineens voor een ander aminozuur gaat coderen?
Kunnen we zo misschien later nog meer nieuwe aminozuren ontdekken waardoor we allerlei nieuwe eiwitten e.d. kunnen bouwen? Als we bijv. zijgroepen kunnen maken met bepaalde eigenschappen, kunnen we nieuwe vormen van eiwitten met speciale eigenschappen maken, of niet? Bijv. extra veel zwavelgroepen om een superstevig eiwit te maken?
Oke, jammer.quote:Op dinsdag 6 april 2010 23:33 schreef lyolyrc het volgende:
[..]
Als scheikundeleek is dit iets wat je niet moet proberen te begrijpen. Een standaardboek over biochemie bevat meestal al ruim 1000 pagina's en dat is dan vaak nog maar een samenvatting van de basiskennis.![]()
quote:[..]
Ik zie weinig nut in de vorming van extra stevige eiwitten. Macro-organisch onderzoek heeft de laatste jaren uitgewezen dat subtiliteit van secundaire interacties veel belangrijker is dan maximalisatie. Subtiliteit geeft namelijk voldoende stevigheid, maar wat veel belangrijker is, de mogelijkheid van reversibiliteit van interacties. Dit is waarschijnlijk het belangrijkste aspect van dynamiek in eiwitten.
Maar vragen mag altijd. Ik vind het raar dat er nog niet meer van deze theorie in het vak biologie op de middelbare school zit. Ik heb echt het idee dat biologie niet als exact vak behandeld wordt maar meer als een cursus begrijpend lezen.quote:Op dinsdag 6 april 2010 23:33 schreef lyolyrc het volgende:
[..]
Als scheikundeleek is dit iets wat je niet moet proberen te begrijpen.
Op de middelbare school hoeft dit ook niet imo. Biologie VWO behandeld wel DNA en RNA geloof ik. Of ze de processen met tRNA etc behandelen weet ik niet zo, geloof het niet.Daarnaast is het een gebied die nog relatief jong is en waar veel ontdekkingen gedaan worden. Dat is niet echt makkelijk in een algemene lesvorm te gieten.quote:Op woensdag 7 april 2010 10:02 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Maar vragen mag altijd. Ik vind het raar dat er nog niet meer van deze theorie in het vak biologie op de middelbare school zit. Ik heb echt het idee dat biologie niet als exact vak behandeld wordt maar meer als een cursus begrijpend lezen.
Dus mensen vraag maar raak 'we' zullen proberen zo min mogelijk moeilijke worden te gebruiken en leggen de moeilijke woorden die niet begrepen worden ook graag uit.
Nouja als je soms ziet wat mensen over evolutie en genetica denken dan mag dat best zonder flauwekul onderwezen wordenquote:Op woensdag 7 april 2010 11:04 schreef One_of_the_few het volgende:
[..]
Op de middelbare school hoeft dit ook niet imo. Biologie VWO behandeld wel DNA en RNA geloof ik. Of ze de processen met tRNA etc behandelen weet ik niet zo, geloof het niet.Daarnaast is het een gebied die nog relatief jong is en waar veel ontdekkingen gedaan worden. Dat is niet echt makkelijk in een algemene lesvorm te gieten.
evolutie en genetica worden ook best uitgebreid behandeld. Dat kan ik nog uit mijn eigen tijd naar voren halen. Genetica werd als erg moeilijk gezien. Evolutie blijft altijd een heikel onderwerp aangezien mensen daar ook andere geluiden over te horen krijgenquote:Op woensdag 7 april 2010 11:10 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Nouja als je soms ziet wat mensen over evolutie en genetica denken dan mag dat best zonder flauwekul onderwezen worden
Oké, graag. Kun je uitleggen wat een eiwit nu precies is? Is het iets tastbaars/materie? En hoe verhoudt een eiwit zich ten opzichte van aminozuren?quote:Op woensdag 7 april 2010 10:02 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Maar vragen mag altijd. Ik vind het raar dat er nog niet meer van deze theorie in het vak biologie op de middelbare school zit. Ik heb echt het idee dat biologie niet als exact vak behandeld wordt maar meer als een cursus begrijpend lezen.
Dus mensen vraag maar raak 'we' zullen proberen zo min mogelijk moeilijke worden te gebruiken en leggen de moeilijke woorden die niet begrepen worden ook graag uit.
Een eiwit is opgebouwd uit verschillende aminozuren. 20 welteverstaan, al zegt BB nu dat het er 21 zijn?quote:Op woensdag 7 april 2010 12:14 schreef Federer-fan het volgende:
[..]
Oké, graag. Kun je uitleggen wat een eiwit nu precies is? Is het iets tastbaars/materie? En hoe verhoudt een eiwit zich ten opzichte van aminozuren?
Graag uitleggen op het niveau van een ingezonden brief in Donald Duck.![]()
Oké, ik probeer het toch; misschien dat iemand anders ze dan kan beantwoorden:quote:Op woensdag 7 april 2010 12:20 schreef Zwansen het volgende:
[..]
Een eiwit is opgebouwd uit verschillende aminozuren. 20 welteverstaan, al zegt BB nu dat het er 21 zijn?
De volgorde van aminozuren bepaalt het karakter van het eiwit. Dus andere 'sequence' is een ander eiwit. Een aminozuur (dus de bouwstenen van het eitwit) is een verbinding met een NH2-groep en een COOH-groep.
Veel meer moet je mij ook niet vragen want ik had maar een 6 op biochemie.
Misschien als je mijn stukje in jouw topic over scheikunde combineert met het stuk van Bosbeetle, dat je dan wat wijzer wordt.quote:Op woensdag 7 april 2010 12:36 schreef Federer-fan het volgende:
Oké, ik probeer het toch; misschien dat iemand anders ze dan kan beantwoorden:
- Zijn amonizuren vloeistof?
- Op welke manier is er een volgorde? IOs dat net als bij een DNA-streng?
- Op welke niveau zitten eiwitten en aminozuren; zijn het moleculen, atomen?
Ik bedoelde overigens dat het onderwerp waarmee dit topic begon wel een brug te ver is om biochemie te leren begrijpen, de basis van biochemie is dat uiteraard niet. Wij zijn immers ook ooit ergens begonnen.quote:
Ik durf wel te beweren dat eiwitten het verschil zijn tussen leven en levenloos. De veelzijdigheid, dynamiek in eiwitstructuur, de complexiteit die toch leidt tot eenduidigheid van functie. Inderdaad erg mooi!quote:Op woensdag 7 april 2010 14:00 schreef Bosbeetle het volgende:
Er zijn heel veel verschillende vormen eiwitten even wat voorbeeltjes om de diversiteit aan te geven
[ afbeelding ]
snares
[ afbeelding ]
een wd40 repeat domain ook wel beta propellor
[ afbeelding ]
een antilichaam
Best mooi eigenlijk
in dit topic --> Het Ribosoom :) heb ik een plaatje gepost van een ribosoom echt geweldig om die complexiteit te zien en dat is niet alleen eiwit maar ook DNA dat zelf dus meer kan dan alleen informatie bevatten maar ook een active stof kan zijn net als eiwit. RNA is nog mooier eigenlijk die kan een enzym zijn en ook nog tegelijkertijd data bevatten. Ik denk dat leven is begonnen bij RNAquote:Op woensdag 7 april 2010 14:19 schreef lyolyrc het volgende:
[..]
Ik durf wel te beweren dat eiwitten het verschil zijn tussen leven en levenloos. De veelzijdigheid, dynamiek in eiwitstructuur, de complexiteit die toch leidt tot eenduidigheid van functie. Inderdaad erg mooi!![]()
Als ik nog mooie plaatjes vind, zal ik ze ook posten.
Bedankt voor de uitgebreide uitleg! Ziet er mooi uit met al die plaatjes. Een OP waardig.quote:Op woensdag 7 april 2010 13:33 schreef Bosbeetle het volgende:
Aminozuren zijn simpele moleculen.
[ afbeelding ]
Ze zien er allemaal ongeveer zo uit als het bovenstaande plaatje, alleen de R verschilt onderling.
zoals Zwansen zei de NH2 kan aan de COOH gekoppeld worden door afsplitsing van water. Je krijgt dan een soort ketting van aminozuren en een heel groot molecuul (er zijn eiwitten die bestaan uit 1000 aminozuren op een specifieke volgorde) de volgorde van de aminozuren bepaalt de vorm en eigenschappen van het eiwit.
[ afbeelding ]
Je kunt dus met 20 bestandsdelen duizenden verschillende stoffen maken.
Aminozuren zijn vaste stoffen maar meestal vind je ze in opgeloste vorm. Eiwitten kunnen ook opgelost worden en in die staat zitten ze ook in cellen.
eiwitten zijn gestructureerd op verschillende niveaus net zei ik al de volgorde waarin ze zitten dat is de primaire structuur, dan heeft die streng ook weer een bepaalde vorm ( een alpha-helix dus een soort wenteltrap of een beta-sheet de eens soort vlakke vorm of random coil gewoon een slappe sliert spagetti)
[ afbeelding ]
zo laten wij dat zien in een plaatje bij a zie je helixen bij b sheets en de gele lus is een random coil. En dat allemaal is dus weer een sliert aminozuren.
Dan heb je nog de tertiare structuur en dat is de daadwerkelijke vorm van een eiwit dus het complete plaatje zeg maar dat is een combinatie van de secondaire structuren
[ afbeelding ]
tertiare structuur van het eiwit ubiquitine
Maar sommige eiwiten werken samen en vormen dan samen de actieve structuur of in groepjes van 2 of meer. Hier een voorbeeld voor ubiquitine die in strengen aan elkaar zit op verschillende manieren en zo dus andere functies heeft. Dit noemen we quartenare structuur.
[ afbeelding ]
In dit plaatje zie je eiwitten zoals je ze zou 'zien' als je hele goede ogen hebt. een soort blob met overal kleine bultjes. Die helixen en sheets zitten er wel in maar zien er dus niet zo uit als in de cartoon (deze groene blobs zijn 4 keer hetzelfde eiwitje dat hierboven ook staat in cartoon vorm)
daarnaast kunnen eiwitten ook nog bewegen door bepaalde veranderingen aan te brengen nadat het eiwit al is gemaakt kunnen hele domijnen op het eiwit buigen, bepaalde stukken blootgeven, en zo activeren of deactiveren etc.
Heb hier wel een stukje geprobeerdquote:Op woensdag 7 april 2010 14:47 schreef Zwansen het volgende:
Misschien kan BB gelijk een stukje over DNA/RNA/transcriptie schrijven.![]()
Dat is ook zo prachtig.
Waarschijnlijk zijn eiwitten (proteïnes) het eerst geïsoleerd uit het wit van een ei. Dat lijkt me wel een logische verklaring.quote:Op woensdag 7 april 2010 14:42 schreef Bosbeetle het volgende:
Ik denk dat eiwit eiwit heet omdat het hoofd bestandsdeel van eiwit (uit een ei) een eiwit (ovalbumine e.a.) is. Proteïne is een andere benaming ervoor.
|
|
| Forum Opties | |
|---|---|
| Forumhop: | |
| Hop naar: | |