De evolutie theorie toepassen buiten de biologie?

Ja leuk, echter dat wij net als een hond, krokodil of bv een vlieg ogen mond ed hebben maakt het wel heel moeilijk te geloven.
Het verschil is te groot.

quote:

Op maandag 24 juli 2023 11:26 schreef etuiedelapiel het volgende:
Ja leuk, echter dat wij net als een hond, krokodil of bv een vlieg ogen mond ed hebben maakt het wel heel moeilijk te geloven.
Het verschil is te groot.

Wat

quote:

Op maandag 24 juli 2023 09:35 schreef Bosbeetle het volgende:
Een beetje aan de hand van de zomergast van afgelopen week een theoretisch natuurkundige die simpelweg (het interview ging niet heel diep) evolutie van natuurwetten ten tijde van het vroege heelal poneert.

Wat vinden jullie hiervan? Hebben jullie hier voorbeelden van?

Ik ken het idee vanuit the selfish gene waar Dawkins ook de neiging heeft om aan het einde van zijn boek evolutie zo breed te trekken dat het wat mij betreft veel te kort door de bocht gaat. Zo omschrijft hij meme's als analoog aan gene's en trekt het zo breed dat alles evolueert.

Evolutie is natuurlijk een heel sterk model gebleken in de biologie die alles behoorlijk duidelijk gemaakt heeft, eenvoudig te begrijpen is en complexiteit goed kan verklaren. Alleen zie ik in de toespelingen die worden gemaakt naar andere vakgebieden vaak heel veel dingen ontbreken. Eén van de grootste is de duplicatie (met kleine fout) van de informatie. De basis van evolutie in de biologie is de voortplanting, er komen nieuwe versies met kleine afwijkingen, dat ontbreekt vrijwel in alle andere evolutie analogiën. Het andere is de dood vrij essentieel is dat de minder aangepaste systemen verdwijnen, minder voortplanten en ook ophouden te bestaan.

De zomergast sprak over evolutie van natuurwet systemen en dat quantummechanica wetten dat dicteren maar ik zie (en wellicht heb ik het mis) het kopieren van deze systemen niet zo goed met andere woorden als er al meerdere systemen naast elkaar bestaan, hoe kan een succesvol systeem er voor zorgen dat er daarna weer permutaties zijn van datzelfde systeem en niet van anderen. Wellicht mis ik essentiele informatie en daarom dit topic.

Wat mij betreft mag dit een centraal topic worden met voorbeelden van de evolutie theorie toegepast of toegedicht aan dingen die niet direct biologie zijn en de details en haken en ogen daarvan.

Ik moest denken aan hoe AI leert. En zich verbetert. Dat gaat via 'Temporaldifference learning' 'TD'. Ze denken soms dat het menselijkbrein ook zo leert. En misschien werkt alles zo.

Misschien dat moeder natuur gewoon simpelweg van alles uitprobeert, tot ze de beste oplossing heeft gevonden. En dan kiest ze die.
En dat kan dan ook weer veranderen als de omstandigheden weer veranderen.

quote:

Op maandag 24 juli 2023 09:35 schreef Bosbeetle het volgende:
Evolutie is natuurlijk een heel sterk model gebleken in de biologie die alles behoorlijk duidelijk gemaakt heeft, eenvoudig te begrijpen is en complexiteit goed kan verklaren.

Eén van de grootste is de duplicatie (met kleine fout) van de informatie. De basis van evolutie in de biologie is de voortplanting, er komen nieuwe versies met kleine afwijkingen, dat ontbreekt vrijwel in alle andere evolutie analogiën.

Ik vind het helemaal niet zo eenvoudig te begrijpen. Je kan een mutatie bijvoorbeeld alleen een fout noemen als je kan bepalen dat perfecte duplicatie het doel is van een cel, de cel daarmee losstaat van (het belang van) het evoluerende organisme, en dus niet als een gewijzigde versie tracht voort te bestaan op de langere termijn maar louter zélf (minstens) éénmaal gekopieerd 'wilt' worden. Moeten we op zijn minst niet concluderen dat het niet-maken van foutjes zélf weg-geselecteerd is? Dankzij een niet te onderschatte gebrek aan kennis, blijf ik het sowieso een magisch iets vinden, dat cellen, ongeacht de termijn, zonder enige input, (collectieve) intelligentie en bredere doelgerichtheid, d.m.v. foutjes 'per toeval' veranderingen realiseren welke zichzelf als organismen in staat stellen de omgeving (beter) te overleven. Waarom het (eerste) oog bijvoorbeeld? Waarom groeien mijn vingers niet door tot aan de maan? Wat remt de replicatie van cellen? Van alles wat de onderliggende natuur- en scheikundige mechanismen opleveren; waarom ontstaat er iets uit dat 'past'; iets dat de cellen (zij het in gewijzigde vorm) in staat stelt langer in de omgeving te bestaan? Je kan iets zeggen over hoeveel delingen er wel niet plaatsvinden, en hoeveel afwijkingen niet succesvol bleken, maar waarom ontstaat er überhaupt informatie, die ergens op slaat? En hoeveel informatie ontstaat welke geen verband houd met de fysieke omgeving? Het alternatief lijkt namelijk te zijn: het ontstaan van niet-informatie en informatie welke in geen velde of wegen te maken heeft met wat past binnen 'het systeem'. Hoe kunnen we dat conceptualiseren en meten? Hoe groot of reëel is bv de kans dat, het nét iets langere snaveltje bij dat éne organisme, opdat het insectje uit de boom gepikt kan worden, 'per toeval' dankzij een 'foutje' ontstond? Zonder sturing zit er immers geen begrenzing aan wat er per foutje aan informatie kan ontstaan. Ik zie het links- of rechtsom sowieso niet voor me omdat ik de fundamentele processen niet afdoende begrijp, maar gevoelsmatig komt het op mij wat absurd over dat alle variaties van leven niet alleen überhaupt tot bestaan zijn gekomen, maar zich ook nog eens onderling tot elkaar weten te verhouden. Voor veel mensen is het besef dat het het langdurige processen betreft afdoende, maar mij zegt tijdsduur an sich niet zoveel wanneer ik poog te bepalen hoe reëel het is om het allemaal op toeval af te schuiven omdat ik niet weet hoe ik die kans met het ontstaan van informatie, laat staan herhaaldelijk nieuwe en (bijna) 'juiste' informatie, moet verhouden. Een bepaalde mate van begrip en informatieuitwisseling over de omgeving lijkt me bijna vereist (tot ik weer denk aan het ontstaan van het eerste oog). Wat het wat dat betreft nog ingewikkelder maakt is het idee dat er tegelijkertijd geen intelligentie op celniveau bestaat, maar er wel om de haverklap in termen als 'communicatie' gesproken wordt om celgedrag te omschrijven, en in het algemeen aangenomen wordt dat er iets met informatie gedaan wordt (bv morfologie), terwijl informatieverwerking de basis is van intelligentie.

[ Bericht 1% gewijzigd door Akathisia op 26-07-2023 09:44:48 ]

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 10:24 schreef Bosbeetle het volgende:
Als eerste doen cellen ontzettend hun best om fouten te voorkomen, doormiddel van allelei proofreading etc. Er worden dus maar heel weinig "fouten" gemaakt, die fouten zitten ook in het genetype en hoeven niet direct tot een verandering te lijden. Ook zijn er foutjes die ontstaan door fysische effecten zoals straling die worden ook gerepareerd maar ook niet altijd helemaal goed.

Maar dat zegt mij dat er net zo goed het 'belang' kan zijn om een kleine marge voor verandering te laten bestaan, in welk opzicht 'fouten' als 'probeersels' gezien kunnen worden. Zeker als er geredeneerd wordt vanuit (de cel als) het organisme, voor welke het belangrijk is dat enerzijds het grootste deel wél correct gekopieerd wordt, en anderzijds het vermogen behoeft om te evolueren.

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 10:24 schreef Bosbeetle het volgende:
m.a.w. dingen die bomen voelen en voor selecteren zijn onzichtbaar voor bacteriën en vice versa.

Dit pleit er voor dat er informatiewisseling bestaat tussen wat het organisme interpreteert en wat de cel 'weet' of 'doet'? Ergens lijkt het mij heel erg logisch dat cellen daarop vervolgens mutaties uitselecteren i.p.v. dat ze afhankelijk zijn van willekeurige 'foutjes'.

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 10:46 schreef Bosbeetle het volgende:
Jazeker er zijn zelfs delen van het DNA die gecontroleerd meer muteren dan anderen, dus die systemen is ook meegeëvolueerd.

De grootste verandering die geprogrammeerd is is wel geslachtelijke voortplanting, een enorm ongunstig systeem als je naar energie gebruik kijkt maar wel extreem nuttig als je grote evolutionaire stappen moet maken. Kleine organismen en planten doen veel ongeslachtelijk tenzij ze onder stress komen te staan dan gaan ze ineens kijken of er grote veranderingen gemaakt kunnen worden door geslachtelijk voort te planten.

Hmm, dus die door cellen vormgegeven systemen 'willen' méér 'foutjes', maar het blijven foutjes desalniettemin?

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 10:51 schreef Bosbeetle het volgende:
Nee want mutaties van individuele cellen hebben meestal heel weinig effect pas als er een mutatie in de geslachtcellen zit heb je er echt een evolutionair effect van. Tenzij er ongeslachtelijke voortplanting is.

Sowieso is op celniveau "weet" en "doet" niet aan de orde (op een hoger niveau ook niet maar daar lijkt het wel zo) het is slechts een complex systeem dat de natuurkundige wetten opvolgt.

Hmm, ja dat is een goed punt inderdaad. Bij díe cellen vindt het niet vaker plaats? Misschien is het tot op zekere hoogte rücksichtslos.

Dat tweede is natuurlijk precies waar ik continu tegenaan loop; op het moment dat de feitelijke processen omschreven worden om het vatbaar te maken (voor de leek?) vallen we terug op omschrijvingen die passen bij onze beleving van de wereld (de farce van bewustzijn, een grip op de realiteit, identiteit en 'wil?). Zie ook hoe je hierboven toedicht dat planten 'gaan kijken...' om een bepaald doel te bewerkstelligen - hetgeen ook voorbij gaat aan louter een 'natuurkundige wet'.

[ Bericht 3% gewijzigd door Akathisia op 25-07-2023 11:21:31 ]

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 11:33 schreef Bosbeetle het volgende:
Ik zeg nergens dat planten gaan kijken. Ikzelf zie het meer als "het gebeurt" als er stress is (want zich manifesteert als verandering in moleculen) dan gaat het systeem geslachtelijke voortplanting aan (wat ook verandering van moleculen is).

Stress is inderdaad ook een (geprojecteerde) 'beleving', maar dan blijft evengoed de vraag over waarom een verandering in moleculen een reactie bij de collectie moleculen teweegbrengt die gunstig is voor wat de moleculen representeren zijnde een plant.

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 11:39 schreef Bosbeetle het volgende:
Stress zie ik niet als een emotie maar als een stress op het systeem zoals tempratuur stress, osmotische stress (te weinig of te veel zout), synthese stress (teveel eiwitten moeten maken) etc. Dat resulteert in slecht gevouwen eiwitten of moleculen die kapot gaan. Stress is wat dat betreft wel een beetje een jargon term.

Ah ja, ik kende bv 'stressor' (zonder de menselijke connotatie) inderdaad, maar in dit voorbeeld leek het ook wat voorbij te gaan aan stress als niets meer dan 'oorzaak tot effect', en er lijkt nog altijd iets in te zitten dat uitgaat van een 'prefered state', wat een 'wens' impliceert voor het geheel wat de moleculen vormen.

quote:

Op dinsdag 25 juli 2023 11:41 schreef Bosbeetle het volgende:
Dat laatste komt de evolutie bij kijken, dat de collectie moleculen reageert zoals het doet levert meer kans op succesvolle voortplanting. Daar zit geen beleving of doel aan maar puur kans en als een kans maar een klein beetje gunstiger is kan het de hele toekomstige generaties een kant op duwen.

Ik zal mijn onwetendheid nog verder openbaren; wat gebeurd er met moleculen als ze niet als plant kunnen voortbestaan?

quote:

Op maandag 24 juli 2023 15:24 schreef christmastsunami het volgende:

Misschien dat moeder natuur gewoon simpelweg van alles uitprobeert, tot ze de beste oplossing heeft gevonden. En dan kiest ze die.

Ik zou niet willen zeggen dat ze probeert tot 'de beste' oplossig is gevonden. Ze probeert van alles tot ze een oplossing heeft gevonden. Wat werkt, dat werkt. We zien in evolutie immers de meest niet-zo-heel-efficiente dingen, maar het werkt. Dus is het goed genoeg. Tot selectiedruk ervoor zorgt dat iets misschien iets efficienter wordt. Of die selectiedruk zorgt ervoor dat iets nog minder efficient wordt, maar toevallig (elk nadeel heb zijn voordeel) toch iets handiger voor voortplanting blijkt en het verder nog steeds werkt. Dus goed genoeg is.

Ik heb toch maar eens gegoogled op hoe informatie (r/dna) tot bestaan komt, en hoe het 'verwerkt' danwel 'begrepen' wordt. Onderstaande kwam naar boven. Bold/underlined wat mij in het oog sprong.

This article reviews contributions to this theme issue covering the topic ‘DNA as information’ in relation to the structure of DNA, the measure of its information content, the role and meaning of information in biology and the origin of genetic coding as a transition from uninformed to meaningful computational processes in physical systems.

1. Introduction

The biological significance of DNA lies in the role it plays as a carrier of information, especially across generations of reproducing organisms, and within cells as a coded repository of system specification and stability. These roles of DNA do not find any chemical explanation in terms of the average material properties of DNA as an irregular heteropolymer. To understand DNA's biological action, one must go to the detailed molecular level. And then one also fails to find any simple answer in the DNA itself, because single molecules can have vastly different biological effects, covering the entire range of possibilities depending on the molecular biological context, even though they are identical except for the exchange of a particular one of the 109 nucleotide moieties of a genome, most such exchanges having very little effect. This drives us immediately to the conclusion that the DNA in organisms functions as information [1] and that the internal DNA-dependent dynamics of cells embody functional information processing, that is, computation [2]. DNA-based molecular biological computation can be said to control, perhaps even ‘direct’, the entire panoply of biochemical events occurring in cells.

The obvious way in which information is stored in DNA, as sequences of letters drawn predominantly from the standard four-letter {A, C, G, T} nucleotide alphabet, has been understood since the discovery of the substance's dual-linear-polymer, base-paired molecular structure and its mode of complementary chain copying [3,4]. However, as soon DNA is represented in these abstract terms, as information comprising a sequence of arbitrary symbols, there is a new theoretical problem. Changes in the DNA sequence of an organism's genome translate in a regular causative way into biological changes in the concrete physical world: such regularities of causation are exploited by genetic engineers when they make calculated informational alterations to an organism's DNA. What is the nature of the causative connection between DNA sequence information, which is an arbitrary abstraction of a material property, and the reality of events in the physical world of molecules embodying the sequence? This information/matter dichotomy is just one of a set of problems that has beset Western philosophy for centuries. To emphasize this point, we refer to the theological ruminations of Aquinas [5] concerning the Christian doctrine of the ‘incarnation’. If God became a man, was the man he became (Christ) still truly a man? In similar vein, how can we accept an arbitrarily defined class of abstract sequences as causes of biological events and preserve our analytical view of organisms as causally closed physical systems? While scientists are unlikely to be empowered to perpetrate anything like the terror of the Inquisition in propagating their views as orthodox truth, we should not underestimate the magnitude and intensity of the internecine disputes that underlie discussion of the role of information in biology, such as have led to the separation of the International Society for Biosemiotic Studies and the International Society of Code Biology [6]. Barbieri [7] neatly solves the philosophical problem with his clear and unambiguous identification of nominable entities—they embody an irreducible aspect of the natural world, manifest only in biology but as fundamental to reality as basic physical attributes of nature, such as mass, space and time.

The central problem of understanding the role of information in biology arises when attempts are made to go beyond counting the number of the bits of information in a genome and to link genotype with phenotype. DNA information accumulates predominantly through natural selection, a process which is well understood at the molecular level [8]. But knowing that what survives is the fittest does not enlighten one as to the character of the fitness landscape, that is, why, in terms of its internal structure, one organism is fitter than another. Knowledge of what survives gives no insight into how genotypic information is mapped onto the phenotypic characteristics that define the internal factors, as opposed to environmental factors, contributing to an individual's fitness. In other words, how are we to understand the mapping from points in an extremely high-dimensional (DNA) sequence space, entities as abstract as natural numbers, onto the real-world characteristics of organisms whose lives are at stake in the game of evolution played out according to the rules of physics and chemistry? What is fundamental to the dynamic structure of systems in which such a mapping is maintained, ? And what features of the material world provide for the spontaneous emergence of structures so remarkably ordered in comparison with what appears to be the bulk of abiotic matter in which no integrated functionality is visible?

The answers to the closely associated questions ‘What is information?’ and ‘What is the origin of life?’ provided in this theme issue are quite disparate and although they do not span the gamut of what has been proposed since the discovery of DNA as information, their diversity, similarities and differences are worth exploring. It would be inappropriate for me, as one of the authors involved, to assume the privilege of setting up standards and evaluating colleagues’ deliberations. However, without going that far, it is possible, within a context of explicitly stated premises, to describe the relationships between different approaches and to offer some observations concerning the range and relationships of the views which have been expressed. It is the purpose of this short review to compare and contrast the underlying concepts of information and biological processes expressed in the contributions to this theme issue.

2. Measuring the information in DNA

How the information content of DNA is to be defined and measured has been the subject of considerable disputation. Without doubt, the application of Shannon's formula is relevant, but views concerning the correct way of interpreting and applying the formula differ widely [9–12]. In the tutorial of Adami [13], the ideas of information, uncertainty and entropy are used to relate the material world of physics to the world of human knowledge but we are not told how any of this relates to the information content of DNA. Varn & Crutchfield [14] provide an enlightening treatment of the problem, absolutely rigorous in terms of the foundations of both physics and computation, locating their discussion within the context of the biological necessity for an aperiodic crystalline structure in which to store information in nanoscopic matter [1]. The analysis likens DNA to the novel class of chaotic crystalline structures, establishing a new equivalence between molecular events in living and non-living systems, especially in respect of the possibility and measure of molecular information processing. Their results are applicable to both biological and artificially constructed systems. Although there is mention of the origin of life, the work circumvents any attempt to define the boundary of the ‘living’, but the territory left for those who undertake such a task is considerably narrowed. The information theoretic version of the second law of thermodynamics presented by Varn & Crutchfield [14] is of significance to biology yet to be determined by its application, but their seminal insight that ‘[t]he existence of natural [Maxwell's] Demons with memory (internal states) is a sign that they have been adapted to leverage temporally correlated fluctuations in their environment’ nucleates in the exact description of a single system concepts from the theories of molecular evolution, computation and nonlinear irreversible thermodynamics.

Elsewhere, Adami [15] has described how it is that the probability of emergence of replicating biotic systems is increased if monomers are supplied at individual relative rates that are in proportion to their relative abundances in the biotic polymers. This is the same as saying that random typing is more likely to produce meaningful sequences of letters if the probability of typing letters matches the frequency of occurrence of the letters in the language of choice. However, Adami [15] links the biological notion of selective adaptation to his description of an integrated system of functional polymers with an overall monomer composition matching that of the environment. Restricting consideration to the case of natural selection among molecular self-replicators constrained by the supply of monomers should provide opportunity for a clear demonstration of the results presented by Varn and Crutchfield, perhaps making an explicit connection between thermodynamics and the theory of evolution, such as was left incomplete by Eigen [8] and recently considered by England [16].

Koonin [17] takes the view that biological information is ‘effectively orthogonal’ to Shannon information, because it has to do with meaning, not the statistical distribution of symbols in a sequence—the biological meaning of sequences can be found only through the alignment of homologous sequences, not by examining individual sequences. No specification of how homology can be rigorously determined is provided (it can only be assumed that bioinformatic techniques for aligning sequences are considered to be adequate) but meaning can be measured through the ‘vertical’ comparison of aligned sequences from different sources, rather than the ‘horizontal’ comparison of sites along a single sequence. This meaning is seen to be transferred by DNA exchange between genomes during evolution. Koonin identifies a quantity he calls the ‘information density’ as a measure of the meaning of a DNA sequence. It corresponds to the average, across an alignment, of the single-sequence-position deviation from randomness. However, in the end, Koonin completely relativizes his information theoretic measure of biological meaning by pointing out that the question ‘meaning for whom?’ is answered through the range of orthologous sequences chosen for the alignment in relation to which information density is calculated.

3. Systemic information processing

The essence of computation is information processing, and the essence of biological information processing is control of the molecular events inside a cell. Thus, Walker et al. [18], taking fission of a complete single-celled yeast cell as an example, locate the special character of biological systems—the connection between information and causation—in the ‘informational architecture’ of the cell, the spatio-temporal structure of the transformation of information during biological processes. The information theoretic analysis they present is rigorous and the conclusion reached is that ‘biology is distinguished from physics … in how the flow of information directs the execution of function’. They describe this in terms of the informational architecture interacting with the system's causal structure, which is construed to be physico-chemical. While the analysis is intended to apply to any level of biological organization, including DNA, there is no exposition of how the connection works at the level of nucleotide sequences and chemical reactions. However, the implicit genetic control of the individual processes of the yeast fission system makes the study relevant to an understanding of exactly how it is that quantities of functional information, originating in a DNA repository and corresponding to dynamically constrained distributions of alternative states, can operate to govern the whole-system behaviour.

Roederer [19] also characterizes biological systems in terms of a causal connection between informational patterns and events in the material world. Biological information is pragmatic, its importance lying not in the quantity of it but in what its effect in any system. For example, in the absence of deep epigenetic factors, there is an essentially univocal correspondence between the linear pattern of DNA bases presented to cells of a certain species and the ensuing complex of molecular biological dynamic changes that take place. However, pragmatic information cannot be measured, because it represents a correspondence between a pattern and a change; and thus it is highly context-dependent. This idea of pragmatic information is very close to what others like Koonin [17] and Wills [20] would refer to as the meaning of information (e.g. the pattern of nucleotide bases in a genome). As Roederer [19] states ‘a pattern all by itself has no meaning’, which is echoed in the ansatz of Wills [21]: ‘Any body of information can be given any meaning whatsoever, by creating a device that functions as an interpreter to deliver the specified meaning upon reception of that information’. Thus, both Roederer [19] and Wills [21] imply the possibility of epigenetically defined phenotypes, such as the distinguishable strains of yeast that breed true in the same environment even though they have identical genomes [22], a problem that was set aside in the first characterization of heritable information in nanoscopic structures [1].


Like Varn & Crutchfield [14], Wills [20] focuses on the linear, aperiodic crystalline structure of DNA as the medium for the static physical instantiation of biological information, a body of which can constitute the complete, heritable ‘specification for the construction and maintenance of an entire organism’ [1]. His enquiry delves into how molecular systems can self-organize to fuse a union between the DNA sequence information they contain and the internal molecular componentry that cooperatively and self-referentially generates meaning from the information. The investigation considers the machinery of translation, the system for executing the rules of the genetic code, as an example of a molecular biological interpreter, representative of a system of functional computation that is fundamental to all biological systems. It is argued that the principle of natural selection does not alone account for the evolutionary accumulation of information in DNA [8]. Rather, equal emphasis should be given to processes of epigenesis, whereby selective advantage is conferred on genetic sequences by virtue of their coincidental occurrence with new interpretations of them, interpretations that simultaneously emerge, together with the selected information, as a result of functional self-organization within the system. Neither information nor function is given causative precedence. This disruption of the neo-Darwinian, selectionist view of evolution impacts on the adequacy of the Central Dogma's explanation of DNA as information.

4. Central Dogma; origins and regularities of coding

Tlusty [23] looks beyond the Central Dogma's rigid view of information flowing one way from DNA to protein [24] and shows how it is possible to ‘close the loop’ in the transformations of information taking place in a functioning cellular system. Commoner [25] put himself completely outside the mainstream of molecular biological thinking when he proposed such a project, but a half century later Tlusty [23] is a pioneer in efforts to give a formal description of the natural foundations, we might even say ‘language’, of systems biology. Just as the invention of the term ‘nominable entities’ [7] has encapsulated in two words what many have long thought concerning the status of information in biological systems, or the definitive analysis of England [16] has settled many vaguely framed questions concerning the chemical orderliness of functional biological systems and their internal production of entropy, so too does the work of Tlusty [23] show us something very basic about how information inherited in DNA flows through a pre-existing maze of intricately connected, interacting processes to play its role in keeping cells alive and functioning. A genome-wide application of the methodology of Tlusty [23] would, in principle, give an elementary picture of a cell's ‘informational architecture’ as Walker et al. [18] define it, but then new tools would be needed to make sense of the blueprint that emerged. And one suspects that the picture would always remain incomplete, as every new detail of the epigenetic and other system factors affecting the interpretation of DNA information, like those described by Bartholomäus et al. [26], Paci et al. [27] or Seligmann [28], came to light.

Both Barbieri [7] and Wills [20] seek a deeper understanding of the character of biological information in the historical origin of genetic coding. Both authors take the emergence of coding as an essential element of the transition from abiotic to biotic chemistry. For Barbieri, the transition across the boundary entails the appearance of nominable entities, which can be described only by naming the order of their components, that is, by specifying a pattern of information. This property qualifies them to be designated as manufactured artefacts, in stark contrast to all the other molecules in the universe, which are ‘spontaneous’. The first genes and proteins were spontaneous, but some molecules somehow took on the status of machines, functioning as ‘bondmakers’ and ‘copymakers’, in turn conferring on some genes the status of being pattern-preserving, information-bearing templates. This enabled the appearance of the first artefacts, molecules whose components were ordered by pre-existing information. However, before the emergence of the genetic code, none of the template-maintained information had meaning and it is on this basis that Barbieri [7] proposes his code paradigm of life as ‘chemistry + information + codes’. Elsewhere, Barbieri [29] attributes the emergence of accurate, unambiguous coding to the evolution of ribosomal proteins, but comprehensive bioinformatic analyses [30–32] point to the precedence of specifically functional aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS) proteins in the processes of code expansion.

Although it defines DNA information in a way that is barely distinguishable from many others, especially that of Barbieri [7], the analysis of the origin of coding presented by Wills [20] has a completely different theoretical foundation. It starts with considerations of the dynamics of autocatalytic networks of polymers and the chicken–egg problem of the aaRS coding enzymes being needed for their own synthesis. Instabilities connecting alternative solutions to the dynamic equations describing the elementary chemical processes of gene replication and translation provide the decisive insight into how coding can arise from random peptide synthesis as a result of relatively simple systems undergoing self-organizing thermodynamic transitions. The need to preserve, through the process of natural selection, the genetic information coding the aaRSs demands that the products of genetic replication and translation be colocalized. In the absence of compartmentalized proto-cells that conveniently reproduce their entire contents in the right proportions as living cells do, Turing reaction–diffusion coupling provides an elementary mechanism for polymeric genotypes and phenotypes to maintain colocalization and stave off the caustic effects of computational errors. As a result of dynamic transitions described as ‘quasi-species bifurcations’ in such systems, coding ambiguity is reduced in parallel with the progressive accumulation of genetic information sufficient for progressively more complex populations of aaRS ‘statistical proteins’ to specify themselves with expanded codes of increasing precision (reduced error). Thus, Wills [20] claims that the problem of expanding code specificity raised by Barbieri [29] was effectively solved a decade and a half ago [33], that solution having since been carefully elaborated, most recently spawning a novel bioinformatic analysis of the deep co-phylogenies of functional aaRS structures [34]. He suggests that the regularities and apparent optimality of the genetic code are inevitable consequences of the originary mechanism he proposes.

Gonzalez et al. [35] consider how arithmetical representations of the map from trinucleotide codons to amino acids can potentially reveal hidden correlations and symmetries that are not evident in normal tabular representations of the genetic code. Each codon C is represented by a sequence of six binary digits dk∈{1,0:k=1,6} and then transformed into an integer NC through a set of weights wk by arithmetic summation: Inline Formula. If the weights increase more slowly than the conventional power relation wk=2k−1, then groups of one or more degenerate codons map onto the same integer. Through judicious choice of the weights, the numbers of degenerate codons mapping onto the integers in the range of the mapping C→NC can be made to correspond to the genetic coding degeneracies found in organisms or organelles. It is salient that the weights defined by the mapping indicate the relative importance of the corresponding bits in determining which amino acid is specified by a codon, but the individual bits generally bear a poor relation to simple distinguishing properties (e.g. purine or pyrimidine) of the base occurring at a particular codon position. This means that correspondences between properties of bases at more than one position must be invoked to give a full explanation of the pattern of degeneracies seen in any genetic code. Thus, the mapping provides a metric for the detection and analysis of intra-codon short-range correlations in coding sequences. It turns out that the mitochondrial code can be represented by a more symmetric pattern of weights than the standard code, indicating that it is fundamentally less differentiated, probably displaying a pattern closer to a more primitive code from an earlier epoch of molecular biological information processing. The closely related work of Fimmel et al. [36] extends the analysis to the influence of the first and third bases of codons over their neighbouring bases in consecutive codons. This is consistent with the suggestion of Di Giulio [37] that the first mRNAs coevolved with peptidated RNAs that catalysed their own synthesis, using base-pairing patterns that were more than three bases long. Thus, it seems that dinucleotides play a direct role in the translation of genetic information as well as in the DNA methylation processes involved in epigenetic signalling [27]. Results from this entire body of work should assist in discovering details of the molecular mechanisms, whereby codons are functionally distinguished, especially through aaRS enzymes’ tRNA-selectivity and the ribosomal frame-keeping ratchet. A weighted bit representation of tRNA sequence elements has already been used in an empirical approach through which major molecular-level chemical factors involved in the aaRSs’ matching of codons to amino acids have been successfully elucidated [38].

5. Summative conclusion

The topic ‘DNA as information’ focuses attention on biological information as it can be stored statically in molecular structures. But the essence of information in biology is its dynamic transfer into different forms and the effects of such transfers. Nowhere is that more evident than in the contribution of Walker et al. [18], who analyse the consequences of information flows and processing in molecular biological control systems. Their methodology is more reminiscent of the thermodynamic approach of England [16] than others whose work has a direct connection to the Central Dogma [24]. However, we have come a long way from the simple maxim ‘DNA makes RNA makes protein’, to the extent that it seems unremarkable that Tlusty [23] should ascribe the functional effect of a transcriptional factor binding to DNA as a sequence-information mapping. And this is just one example of countless functional interactions taking place in every cell. Every new discovery of a biological macromolecule or functional effect [26,27] modifies the estimate of the information content of the DNA of the species concerned and other members of its clade. Koonin [17] has proposed a way of quantifying the information in DNA relative to the breadth of the selected clade, giving us a view of how the meaning of information in DNA continually evolves as a result of mutation and gene transfer. Roederer [19] considers the general consequences of some pre-existing molecular pattern influencing the path of physical processes, emphasizing the need for what amounts to ‘recognition’ of information for it to have meaning in biological contexts. The origin of such processes and their consequences is the focus of the contributions from Barbieri [7] and Wills [20], both of whom take the recognition and matching of codons and amino acids, genetic coding, to be a defining feature of biology and the origin of life. However, as the work of Varn & Crutchfield [14] shows, there is a much broader class of structures that could potentially mimic the function of ‘DNA as information’ in molecular biological-like systems. And the work of Gonzalez et al. [35] and Fimmel et al. [36] demonstrates that the one example we have of meaningful information stored in molecular structures, that is, life on this planet, relies on a system of interpretation that is intricately bound to exquisite details of both the historical process through which it has emerged and the perhaps diverse possibilities, consistent with the laws of physics and chemistry, of self-referential molecular structures and functionalities coevolving. It might be possible, in completely different environments, for systems of nanoscopic processes to bootstrap themselves into existence and evolve as a result of their association with a colocalized repository of non-DNA information, which they manage to interpret as a programme for their construction through a network of processes not involving a simple translation step. The possibility of creating artificial systems of that sort is certainly being explored [39].

[ Bericht 0% gewijzigd door Akathisia op 29-07-2023 09:54:25 ]

(Quora)

quote:

Christophe Cop
Master of sc. in Statistics. Philosopher of science. Data scientist. Skeptic. Upvoted by
Christian Pierce, M.Sc. Biology & Evolutionary Developmental Biology, University of North Carolina

Information is always contextual.

Information is a symbolic representation of something else (which can be abstract or something non-existent as well)

Information needs an information carrier.

Information implies interaction.

I would claim that information arises together with life.
In order for an agent (even a single cell) to interact with it’s environment, it increases it’s chances of survival when it can interact. That means that different signals will lead to different responses.
As soon as you have these different signals, let’s say signal A is 0, signal B is 1, when this is used by the agent as input to a different response, we can speak about information.

DNA contains information that encodes how the cell needs to interact with the incoming signals.

If you go further on this, you can see that there are also interactions between molecules and atoms, that behave differently depending on the environment: reacting with another atom to form a molecule or with other molecules to get all the intricacies described in molecular biology and chemistry.

I wouldn’t call atomic interactions or molecular interactions as information yet. But you might see it as a form of possible computation already, and indeed some aspects of information are already there.

Information is thus an emergent property, and is there because there are differences that can be interpreted and differently enacted upon by an agent. You could say: information is there, as soon as the differences are meaningful for the agent.

Betekenis kan imo alleen volgen op het bestaan van (eerdere) informatie; de bepaling (wil dat zeggen; 'opgeslagen'?) op dat wat informatie wordt waardevol is voor de agent verlangt immers een kader met een daarin gelegen doel, gestoeld op... wat anders dan informatie?
T.a.v. wat voorafgaat aan de (cellulaire) agent, de informatie betrokken bij moleculaire/atomische interactie (als atomen niet als agent omschreven kunnen worden), geldt dus de vraag; can meaning and information be simultaneously emergent?

[ Bericht 0% gewijzigd door Akathisia op 29-07-2023 11:10:47 ]

(Mobiel, dus kopieer alleen even de relevante alinea).


Although it defines DNA information in a way that is barely distinguishable from many others, especially that of Barbieri [7], the analysis of the origin of coding presented by Wills [20] has a completely different theoretical foundation. It starts with considerations of the dynamics of autocatalytic networks of polymers and the chicken–egg problem of the aaRS coding enzymes being needed for their own synthesis. Instabilities connecting alternative solutions to the dynamic equations describing the elementary chemical processes of gene replication and translation provide the decisive insight into how coding can arise from random peptide synthesis as a result of relatively simple systems undergoing self-organizing thermodynamic transitions. The need to preserve, through the process of natural selection, the genetic information coding the aaRSs demands that the products of genetic replication and translation be colocalized. In the absence of compartmentalized proto-cells that conveniently reproduce their entire contents in the right proportions as living cells do, Turing reaction–diffusion coupling provides an elementary mechanism for polymeric genotypes and phenotypes to maintain colocalization and stave off the caustic effects of computational errors. As a result of dynamic transitions described as ‘quasi-species bifurcations’ in such systems, coding ambiguity is reduced in parallel with the progressive accumulation of genetic information sufficient for progressively more complex populations of aaRS ‘statistical proteins’ to specify themselves with expanded codes of increasing precision (reduced error). Thus, Wills [20] claims that the problem of expanding code specificity raised by Barbieri [29] was effectively solved a decade and a half ago [33], that solution having since been carefully elaborated, most recently spawning a novel bioinformatic analysis of the deep co-phylogenies of functional aaRS structures [34]. He suggests that the regularities and apparent optimality of the genetic code are inevitable consequences of the originary mechanism he proposes.

.

[ Bericht 36% gewijzigd door Akathisia op 29-07-2023 13:10:30 ]

Helder

Scientists Uncover a Surprising Link Between Pure Mathematics and Genetics

Researchers have discovered an unexpected link between number theory in mathematics and genetics, providing critical insight into the nature of neutral mutations and the evolution of organisms. The team found the maximal robustness of mutations—mutations that can occur without changing an organism’s characteristics—is proportional to the logarithm of all possible sequences that map to a phenotype, with a correction provided by the sums-of-digits function from number theory.

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsif.2023.0169

First author Dr. Vaibhav Mohanty (Harvard Medical School) added: “What is most surprising is that we found clear evidence in the mapping from sequences to RNA secondary structures that nature in some cases achieves the exact maximum robustness bound. It’s as if biology knows about the fractal sums-of-digits function.”

quote:

Op zaterdag 29 juli 2023 11:12 schreef Bosbeetle het volgende:
De schrijver van dat stuk skipt voor het gemak RNA en daar ligt denk ik een deel van de oplossing, omdat RNA op dezelfde manier als DNA informatie kan bevatten maar tegelijkertijd ook een enzym kan vormen (die een actie kan uitvoeren) daarin ligt dus wel de informatie en eventuele funtie opgesloten in de sequentie. Ik denk dat DNA is geëvolueerd als een stabiele vorm van RNA, RNA zelf is namelijk niet zo stabiel.

En structureel zijn ze behoorlijk hetzelfde, er mist in DNA een zuurstof in de suiker groep, dus dat dat per ongeluk ingebouwd wordt is niet zo gek.

Kheb wel eens een video gekeken over de observatie dat kristalstructuren ook evolutionaire eigenschappen lijken te hebben en er dus ook bij niet-biologische zaken wellicht sprake kan zijn van natuurlijke selectie.

Zou kunnen dat het deze was, maar ik ben niet 100% zeker:

quote:

Op zaterdag 5 augustus 2023 13:23 schreef Akathisia het volgende:
Scientists Uncover a Surprising Link Between Pure Mathematics and Genetics

Researchers have discovered an unexpected link between number theory in mathematics and genetics, providing critical insight into the nature of neutral mutations and the evolution of organisms. The team found the maximal robustness of mutations—mutations that can occur without changing an organism’s characteristics—is proportional to the logarithm of all possible sequences that map to a phenotype, with a correction provided by the sums-of-digits function from number theory.

https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsif.2023.0169

Dat zou wel magisch zijn en natuurlijk iets waar al eeuwen lang over gespeculeerd wordt en je ook in de geschiedenis, wel heel vaak op verschillende manieren, in verschillende culturen tegenkomt. Het lijkt wel numerologie.

@Bosbeetle

quote:

Evolutie lijkt deel van veel bredere natuurwet

Wie aan evolutie denkt, denkt doorgaans aan Darwin en zijn theorie over de natuurlijke selectie van levende organismen. Maar wat als evolutie veel verder reikt dan alleen het biologische domein? Robert Hazen, mineraloog aan het Carnegie Institution for Science, gelooft dat Darwin niet ver genoeg keek. "Kijk eens uit het raam," zegt hij. "Je ziet bloemen, bomen, gebouwen, alles wat we hebben gecreëerd, inclusief onze taal. Hoe kunnen we verklaren dat alles op aarde en niet alleen levende wezens steeds rijker en complexer wordt?"

In een baanbrekend artikel, gepubliceerd in de Proceedings of the National Academy of Sciences, hebben Hazen en Michael Wong, astrobioloog bij Carnegie, een gedurfde hypothese voorgesteld. Ze stellen dat er een ontbrekende ‘natuurwet’ is die het concept van evolutie verbreedt, waardoor de complexiteit niet alleen in het leven, maar ook in mineralogie, chemie en zelfs in de kern van sterren toeneemt. Vorige week verwelkomden Wong en Hazen een diverse groep van bijna 100 zeer diverse wetenschappers, van microbiologie tot neurowetenschap, voor een workshop over hoe complexiteit ontstaat en evolueert. Deze bijeenkomst diende ook als conferentie over hun gedurfde voorstel, dat volgens Wong ‘een verklarend kader is voor de evolutie van fysieke systemen in het algemeen, inclusief, maar niet beperkt tot, biologie.’

Simpel gezegd beschrijft het artikel van Hazen en Wong hoe systemen die bestaan uit diverse, interactieve componenten, wanneer ze zich bevinden in omgevingen die sommige configuraties beter laten voortbestaan dan andere, onvermijdelijk zullen streven naar toestanden van ‘toenemende functionele informatie’. Met andere woorden: naarmate de tijd verstrijkt, zal een systeem diverser en complexer worden, verrijkt met de functies die nodig zijn voor overleving, door een vorm van natuurlijke selectie. Biologische evolutie, waarbij toevallige DNA-mutaties zorgen voor de configuraties die voortbestaan door reproductie en natuurlijke selectie, zou dan slechts een onderdeel zijn van deze bredere wet.

Voor velen is dit een aantrekkelijk idee. Loren Williams, een biochemicus aan het Georgia Institute of Technology die de oorsprong van het leven bestudeert en de workshop bijwoonde, zegt: "Voor mij is het duidelijk dat er evolutie is buiten de biologie." Hij wijst op de polypeptide-ruggengraat, de keten van moleculen die de basis vormt van alle aminozuren. "De biologische evolutie raakt dat niet aan. Het is hetzelfde in alles wat leeft en is altijd zo geweest. Maar het is een product van evolutie, daar ben ik van overtuigd." Volgens hem vond die evolutie plaats voordat het leven begon. "Toen Hazen en zijn co-auteurs hun overkoepelende theorie voorstelden, resoneerde dat meteen bij mij."

Het idee vindt zijn oorsprong in de bijna twee decennia die Hazen heeft besteed aan het documenteren van de evolutie van mineralen, de kristallijne bouwstenen van gesteenten. In de geschiedenis van de aarde evolueerden mineralen van slechts enkele tientallen aan het begin tot duizenden soorten vandaag de dag. De vroegste vormen van calciet op aarde ontwikkelden zich bijvoorbeeld door de waterrijke veranderingen van meteorieten; later begonnen microben andere calcietstructuren te bouwen, zo'n 2,5 miljard jaar geleden, terwijl slakken en schelpen pas 100 miljoen jaar geleden nieuwe combinaties creëerden.

Toen Hazen het idee voor het eerst in 2008 naar voren bracht, waren collega's sceptisch. "Het was als een verhaaltje uit een boekje," zegt hij. Maar sindsdien heeft onderzoek dat duizenden mineralen koppelt aan de data waarop ze voor het eerst verschenen in het geologische archief bevestigd dat ze een boom vormen die zich in de loop van de tijd vertakt, vergelijkbaar met fylogenetische bomen in de biologie. Deze discipline begint nu nauwkeurig te bepalen waar en wanneer bepaalde kostbare of kritieke mineralen verschenen en in welke gesteenten, iets wat niet onopgemerkt is gebleven door de mijnindustrie. "Er is een oude uitdrukking: goud is waar je het vindt," zegt Hazen. "Welnu, nu zeggen we dat goud is waar onze machine learning-algoritmen voorspellen dat het zal zijn."

Mineralen zijn ook de meest ontwikkelde casestudy voor de nieuwe wet van Hazen en Wong. In een artikel gepubliceerd in juli in PNAS Nexus lopen ze door meerdere stadia van minerale evolutie, waarbij ze het aantal mogelijke minerale chemische configuraties berekenen en aantonen dat in de loop van de tijd het aantal van deze mineralen dat blijft bestaan gestaag toeneemt, een groei in hun totale functionele informatie.

Hoewel sommigen het idee van Hazen en Wong accepteren, betwijfelen ze of het noodzakelijkerwijs tot een nieuwe natuurwet verheven moet worden. "Ik zou het geen nieuwe natuurwet noemen, om de natuurkundigen niet boos te maken," zegt Johannes Jäger, een systeembioloog die een project leidt over de biologie van agency aan de Universiteit van Wenen. Anderen zeggen dat het niet gemakkelijk hypotheses genereert om te testen. "We kunnen het nog niet echt gebruiken," zegt Elisa Biondi, astrobioloog bij de Foundation for Applied Molecular Evolution, hoewel ze benadrukt dat ze het idee waardeert. "Althans, niet voor de algemeenheid die ze proberen te dekken."

Desalniettemin lijken Hazen en Wong aanhangers te winnen in andere vakgebieden. "Toen ik het artikel voor het eerst zag, kon ik twee nachten niet slapen," zegt Frédéric Thomas, evolutionair bioloog aan de Universiteit van Montpellier die tumorgroei bestudeert. In tegenstelling tot de cellen waaruit ze bestaan en de dieren die ze doden, volgen tumoren zelf niet de traditionele Darwiniaanse evolutie: een tumor streeft er niet naar zich voort te planten of concurreert meestal niet met andere tumoren in een orgaan. "Maar we weten dat bepaalde tumoren evolueren en complexer en geavanceerder worden," zegt Thomas. In een studie gepubliceerd in september in Evolution, Medicine, & Public Health, lenen Thomas en zijn collega's van Hazen en Wong in hun beschrijving van tumorevolutie.

De hypothese van het duo is ook overgenomen in de microbiële ecologie. In een preprint die eerder dit jaar is gepost op EcoEvoRxiv, passen twee mycorrhiza-ecologen, Nancy Johnson van de Northern Arizona University en César Marín van de Universiteit van Santo Tomas, het idee aan om ‘functionele teamselectie’ voor te stellen als een manier om te verklaren hoe inheemse planten en hun wortels elk jaar verschillende combinaties van bodemmicroben en schimmels selecteren om hun veerkracht tegen verstoringen te vergroten. "Deze wet is echt noodzakelijk," zegt Johnson. "In mijn wereld, in de microbiële ecologie, is het zo behulpzaam."

Zelfs in de computerwetenschappen zijn er echo's van het idee te vinden, met onderzoek naar kunstmatige intelligentie. "Ik sta er volledig achter," zegt Blaise Agüera y Arcas, Chief Technology Officer van technologie & samenleving bij Google. "Wat blijft bestaan, bestaat."

Tijdens de workshop presenteerde Agüera y Arcas het werk dat zijn team heeft gedaan met behulp van minimalistische programmeertalen om willekeurige reeksen computerinstructies te creëren in een virtuele soep, gepubliceerd als een preprint op arXiv in augustus. In elke ronde worden twee codereeksen samengevoegd, uitgevoerd en weer uit elkaar gehaald. Er worden geen mutaties toegevoegd en de omgeving heeft geen fitnessdruk. In eerste instantie leverde dit niets op, alleen fouten wanneer de gecombineerde codes werden uitgevoerd. Maar na miljoenen rondes ontstond er complexe code, alsof er een natuurlijke evolutionaire wet aan het werk was.

Het was lastig om uit te zoeken wat deze complexe, lusvormige codefragmenten aan het doen waren, zei hij. "Maar wat ze natuurlijk aan het doen waren, was reproduceren."

Het voorstel van Hazen en Wong opent nieuwe perspectieven op hoe we evolutie en complexiteit kunnen begrijpen. Het stelt dat er universele principes zijn die de groei van complexiteit in alle systemen sturen en niet alleen in het leven zoals we dat uit de evolutietheorie kennen. Hoewel er nog vragen zijn over de toetsbaarheid en de status als natuurwet, biedt het een kader dat onderzoekers in verschillende disciplines kan inspireren en nieuwe richtingen kan geven.

De komende jaren zullen uitwijzen of deze hypothese standhoudt en of het inderdaad de basis kan leggen voor een nieuwe tak van de wetenschap die de evolutie van complexiteit in het universum verklaart. Tot die tijd zet het wetenschappelijke gemeenschap aan tot nadenken en discussie, wat op zichzelf natuurlijk al een waardevolle bijdrage is aan onze zoektocht naar kennis.

TS, Misschien dat je evolutiepsychologie interessant vindt.

Universiteit van Gent heeft hier veel meegedaan. Hadden een website met lezingen over dit onderwerp, en ontwikkelden een theoretisch kader. Misschien dat daarvan nog iets op youtube staat.

[ Bericht 2% gewijzigd door yessie234 op 27-11-2024 04:53:28 (typefout) ]

Ik vind Dawkin's idee dat ideeen, memes, overtuigingen, culturele constructies zich vaak gedragen nagelang principes die aan de grondslag liggen van het concept van biologische evolutie (duplicatie, mutatie, selectie) niet zo'n raar idee trouwens. Snap even niet waarom dat te kort door de bocht zou zijn.

quote:

Op zaterdag 30 november 2024 16:31 schreef SpecialK het volgende:
Ik vind Dawkin's idee dat ideeen, memes, overtuigingen, culturele constructies zich vaak gedragen nagelang principes die aan de grondslag liggen van het concept van biologische evolutie (duplicatie, mutatie, selectie) niet zo'n raar idee trouwens. Snap even niet waarom dat te kort door de bocht zou zijn.

Helix

Evolutie is gewoon een duur woord voor geluk en per ongeluk.

quote:

Op zaterdag 30 november 2024 18:28 schreef ieniminimuis het volgende:
Evolutie is gewoon een duur woord voor geluk en per ongeluk.

Hoe groot is de kans dan dat er informatie ontstaat?

De evolutietheorie toepassen buiten de biologie ? Deze theorie loopt als een rode draad door bijna alle disciplines van de wetenschap.

quote:

Op maandag 9 december 2024 11:03 schreef Isengrimus het volgende:
De evolutietheorie toepassen buiten de biologie ? Deze theorie loopt als een rode draad door bijna alle disciplines van de wetenschap.

In de Scheikunde (m.u.v. misschien prionen maar dat hangt alweer dicht tegen biologie), natuur- of wiskunde zie ik dat nog niet zo snel.

Ik denk dat er een aantal zaken nodig zijn voordat het evolutieprincipe relevant kan worden:
• Er moet sprake zijn van iets wat zich in - licht gewijzigde vorm - kan voortplanten/verspreiden (in de breedste zin van het woord);
• Er moet sprake zijn van de mogelijkheid om te eindigen/je niet meer voort te planten;
• Er moet sprake zijn van concurrentie om beperkte resources (voedingstoffen, geld, hersencapaciteit, tijd, aandachtsspanne)

En dan kom je al snel uit bij levensvormen, ideeën, herhaalbare vaardigheden of economie.

Heck, zelfs een leuke (matige) grap voor op de rommelmarkt zou je als een vorm van evolutie kunnen beschouwen.

[ Bericht 1% gewijzigd door stavromulabeta op 13-12-2024 22:10:32 ]

Zelfs het useraantal van Fok! kun je op Darwinistische wijze verklaren: De mutatiesnelheid van Fok! in relatie tot de veranderingen in de habitat t.g.v. de opkomst van de smartphone, hyves, meta en tiktok.

Mocht Danny's server definitief de geest geven, is dat gewoon Fok's equivalent van de Chicxulub-inslag.

quote:

Op vrijdag 13 december 2024 22:11 schreef stavromulabeta het volgende:
Zelfs het useraantal van Fok! kun je op Darwinistische wijze verklaren: De mutatiesnelheid van Fok! in relatie tot de veranderingen in de habitat t.g.v. de opkomst van de smartphone, hyves, meta en tiktok.

Mocht Danny's server definitief de geest geven, is dat gewoon Fok's equivalent van de Chicxulub-inslag.

FOK! 'evolueert' inderdaad door externe druk maar niet d.m.v. selectie (voortplanting) en dupliceert niet; de fluctuatie (toe/afname) zit bij de gebruikers. Ik weet dat je ook 'verspreiden' als factor meeneemt, en dat kan enigszins op FOK! van toepassing zijn, maar volgens mij is dat net iets te breed om binnen de strikte kaders van 'evolutie' te proppen. Bv, een olievlek verspreid, en het universum en haar substantie ook.

[ Bericht 0% gewijzigd door Akathisia op 14-12-2024 10:16:04 ]

quote:

Op vrijdag 13 december 2024 21:59 schreef stavromulabeta het volgende:

[..]
In de Scheikunde (m.u.v. misschien prionen maar dat hangt alweer dicht tegen biologie), natuur- of wiskunde zie ik dat nog niet zo snel.

Ik denk dat er een aantal zaken nodig zijn voordat het evolutieprincipe relevant kan worden:
• Er moet sprake zijn van iets wat zich in - licht gewijzigde vorm - kan voortplanten/verspreiden (in de breedste zin van het woord);
• Er moet sprake zijn van de mogelijkheid om te eindigen/je niet meer voort te planten;
• Er moet sprake zijn van concurrentie om beperkte resources (voedingstoffen, geld, hersencapaciteit, tijd, aandachtsspanne)

En dan kom je al snel uit bij levensvormen, ideeën, herhaalbare vaardigheden of economie.

Heck, zelfs een leuke (matige) grap voor op de rommelmarkt zou je als een vorm van evolutie kunnen beschouwen.

Juist die prionen zijn waanzinnig interessant: gekke koeienziekte, weten we nog?

Kannibalisme.

Als een soort zijn eigen soort gevoerd krijgt wordt die helemaal gek, en is niet meer geschikt voor verdere comsumptie, want dan krijgen we allemaal die gekte. Soort uitgestorven, aan krankzinnigheid.

Op filosofisch vlak interessant, op wetenschappelijk gebied interessant.

Tevens aanjager achter de vragen rond vaccinatie tijdens corona: de eiwitten in het vaccin. Ik zag dat toen enkele keren voorzichtig geopperd worden, maar discussie raakte al snel vervuild door onbegrip en het eisen van "wetenschappelijk bewijs".

Je ziet het zelfs op het monetair vlak.

Was best wel sneu voor Mark Zuckerberg en de Libra, toen hij het wilde invoeren werd hij tegengewerkt door de EU en US. Musk lijkt beter te weten hoe en waar aan welke knoppen te draaien; bitcoin.

Zuckerberg is behoorlijk dwarsgezeten door de bitcoiners en de hackerscommunity, die zagen hun kans op wereldmacht bedreigt worden, en of ze stevig zitten zal de toekomst moeten uitwijzen.

Dus evolutietheorie buiten de biologie, het is een menselijk bedacht concept (Darwin) om te speuren naar biologische wetmatigheden en de drijvende kracht daar achter.

De discussie over ethiek binnen de ICT, zeker met AI, moet deze vlucht nog gaan nemen. Wordt doodgezwegen, en dat wat doodgezwegen wordt, daar is iets aan de hand.

Evolutietheorie is gebruikt en misbruikt om maatschappelijke verschijnselen te verklaren, maar het tot taboe verklaren lijkt mij geen zinvolle bijdrage aan wereld van nu en dus ook niet voor de wereld van de toekomst.

In de menselijke ervaring is AI iets dat leeft, om maar iets te noemen.

[ Bericht 1% gewijzigd door yessie234 op 14-12-2024 15:22:09 ]