Het Positiviteitstopic (met cijfers en grafieken) #16 - Afvlakking?

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 18:28 schreef CherryLips het volgende:

[..]

Hier is het ook minder, maar dat zal morgen wel rechtgetrokken worden, was zondag ook zo.

Ja, dat realiseerde ik me later ook. Maar hopelijk stemt het gemiddelde van vandaag en morgen weer tot optimisme.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 17:33 schreef Cinderelladreamer het volgende:

[..]



Maar vind het ergens ook wel knullig en ongeloofwaardig misschien ook wel......eerst konden we niet testen, toen werd er teveel getest en konden labs/bco het niet meer aan en nu twee keer in hele korte tijd een storing

Het zijn ook wel serieuze uitdagingen, en de achterliggende databases zijn over 't algemeen al flink oud. GGD maakte altijd gebruik van HPZone (een elektronisch patiëntendossier). HPZone bestond sowieso al in 2007. Om gegevens in te vullen is CoronIT opgericht, wat een front-end voor HPZone lijkt te zijn.

Vanuit HPZone (een relationele database) worden de gegevens genormaliseerd en beschikbaar gemaakt aan het RIVM. Hoe dit gaat weet ik niet, maar het lijkt een datadump per dag te zijn.

Die datadump wordt opgepikt aan de kant van het RIVM, en de gegevens worden verwerkt in Osiris van RIVM. Osiris bestaat sowieso al sinds 2011. Ik heb 2012 werk voor CBG (College Beoordeling Geneesmiddelen) gedaan waar ik indirect met de systemen van RIVM en GGD te maken heb gehad.

Eenmaal verwerkt in Osiris worden de gegeven verder bij elkaar gebracht en beschikbaar gemaakt op data.rivm.nl waar alle datahobbyisten op kunnen F5'en.

Naar ik weet zijn de systemen wel doorontwikkeld, maar is er een soort verouderde basis die als bron gediend heeft, waardoor er ontzettend veel complexiteit in zit. Gevolg is dus dat er veel dingen fout kunnen gaan.

Ik vind het voor zowel het RIVM als de GGD spreken dat het zo weinig fout is gegaan tot nu toe.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:16 schreef Cinderelladreamer het volgende:

[..]

Ja okee.......vanuit dit punt......maar het gros van onze medelanders verdiept zich niet op deze manier in deze cijfers dus ik snap ook ergens wel dat die hun vraagtekens hebben.

Oh dat snap ik volledig, en dat reken ik de 'datagravers' en media volledig aan. Het is veel te simpel hoe die cijfers gepresenteerd worden, alle context is verloren. Het RIVM presenteert elke week een 67 pagina's tellend epidemiologisch rapport, en dat wordt dagelijks door de datagravers op twitter gereduceerd tot een enkele tweet met 1 cijfer erin, zonder verdere context.

Dat cijfer wordt vanaf twitter overgenomen door de gevestigde media, waarna de waarheid is: Er zijn 10.000 nieuwe besmettingen

Ik vind het volledig terecht dat mensen vraagtekens hebben, ik zou het raar vinden als dat niet zo zou zijn. Maar de contextloze twitterposts worden gebruikt om het RIVM-beleid onderuit te halen en te zeggen dat zaken niet kloppen. Dat vind ik wel vervelend, want dat is niet zo.

Als je naar (bijvoorbeeld) BNR luistert hoor je niets anders dan: Er waren gisteren 10.000 besmettingen, dus we moeten nu in lockdown. Die 10.000 zijn verdeeld over minimaal een week, en vaak langer.

Werken alle GGD's met een centraal systeem, of heeft elke GGD zijn eigen systeem? Ik heb ooit gewerkt als GIS consultant voor de waterschappen. Ieder waterschap zijn eigen systeem, sommige Esri, anderen SmallWorld (ging toen allemaal over naar Esri). Maar allemaal zelf ingericht met eigen tabellen en/of kolommen in tabellen. Lekker warboel, maar niet verkeerd voor ondersteunende bedrijven. Niet heel lang volgehouden, toen ben ik maar leeuwen gaan bestuderen op de savanne in Afrika

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:20 schreef chratnox het volgende:
Als je naar (bijvoorbeeld) BNR luistert hoor je niets anders dan: Er waren gisteren 10.000 besmettingen, dus we moeten nu in lockdown. Die 10.000 zijn verdeeld over minimaal een week, en vaak langer.

Ik luister zelden live naar BNR, maar bv. die podcast (eigenlijk is BNR gewoon één groot podcaststation) van The Big Five met Marion Koopmans vond ik vrij informatief. Ook voor iemand die al redelijk ingelezen is t.o.v. de gemiddelde burger.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:38 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Werken alle GGD's met een centraal systeem, of heeft elke GGD zijn eigen systeem? Ik heb ooit gewerkt als GIS consultant voor de waterschappen. Ieder waterschap zijn eigen systeem, sommige Esri, anderen SmallWorld (ging toen allemaal over naar Esri). Maar allemaal zelf ingericht met eigen tabellen en/of kolommen in tabellen. Lekker warboel, maar niet verkeerd voor ondersteunende bedrijven. Niet heel lang volgehouden, toen ben ik maar leeuwen gaan bestuderen op de savanne in Afrika

HPZone wordt vanuit GGD GHOR geleverd aan alle GGD's. Inmiddels gebruiken ze CoronIT, en wat ik begrepen heb is dat een nieuw front-end ervoor.

Ik ken 't probleem. Heb bij veel overheidsinstanties gewerkt aan de implementatie van eHerkenning, DigID en dergelijken, en dat was echt een ramp. Dit was niet eens voor de bedrijven, maar voor de overheidsinstantie die het gebruik van eHerkenning en DigID mogelijk moest maken.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:42 schreef DireStraits7 het volgende:

[..]

Ik luister zelden live naar BNR, maar bv. die podcast (eigenlijk is BNR gewoon één groot podcaststation) van The Big Five met Marion Koopmans vond ik vrij informatief. Ook voor iemand die al redelijk ingelezen is t.o.v. de gemiddelde burger.

The Big Five is echt een verademing. Ik bedoel meer de dagelijkse ochtend- en middaguitzendingen met Bas van Werven/Roos Abelman etc.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:57 schreef chratnox het volgende:

[..]

HPZone wordt vanuit GGD GHOR geleverd aan alle GGD's. Inmiddels gebruiken ze CoronIT, en wat ik begrepen heb is dat een nieuw front-end ervoor.

Ik ken 't probleem. Heb bij veel overheidsinstanties gewerkt aan de implementatie van eHerkenning, DigID en dergelijken, en dat was echt een ramp. Dit was niet eens voor de bedrijven, maar voor de overheidsinstantie die het gebruik van eHerkenning en DigID mogelijk moest maken.

DigiD is godgruwelijk **** als je als Nederlander in het buitenland woont! Je kunt niet je tel nr veranderen als je in het buitenland woont. Dan moet je naar een balie om een code op te halen!
Ik had in NL, met tijdelijk NL nr mijn digiD aangevraagd. Maar toen ik in Afrika was en in wilde loggen ging dat niet omdat ik op mijn Afrikaanse nummer geen smsjes vanuit NL kon ontvangen. En dan moet je dus een nieuwe digiD aanvragen. Ik woonde in zuidelijk Afrika en een digid aanvragen kon niet bij elke ambassade, de dichtstbijzijnde was in Rabat, Marokko! Dus tijdens vakantie in NL daar een dag aan besteedt. Aanvragen via site, bevestiging via email en sms, afspraak maken bij balie, code ophalen bij balie (kan ook maar bij 3 gemeentes in NL), en dan activeren via email en sms. Maar toen verhuisde ik naar Montana. Dus weer hetzelfde verhaal. Moest ik naar Washington of Vancouver, om een activeringscode op te halen! Te bizar. Als je dus in Nederland woont, kun je gewoon je telefoonnummer veranderen, in het buitenland niet. En dat om 1 of 2 keer per jaar in te loggen. Toen ik naar Engeland verhuisde weer een nieuwe code aangevraagd tijdens een vakantie in NL, en gelijk via de app (kon eindelijk) geactiveerd.
Maar DigiD, wat een ellende. Probeer je eens iets te checken voor DUO, pensioenen, of er misschien boetes zijn (gelukkig niet) dan loop je tegen een bureaucratische muur aan waar de chinese muur bij verbleekt. Mijn moeder liep ooit bij een verjaardag tegen een vrouw aan die over digid ging en die vertelde van mijn issues ermee, die vrouw schrok er toen wel van. DigiD

Verder mand, en laten we hopen dat er morgen niet veel naar boven bijgecorrigeerd wordt van vandaag en dat ze de IT problemen opgelost hebben.

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 22:58 schreef chratnox het volgende:

[..]

The Big Five is echt een verademing. Ik bedoel meer de dagelijkse ochtend- en middaguitzendingen met Bas van Werven/Roos Abelman etc.

Daarom ging ik dus naar Afrika, de Big Five
Linkje naar jouw Big Five?

quote:

Op woensdag 28 oktober 2020 23:11 schreef George_of_the_Jungle het volgende:

[..]

Daarom ging ik dus naar Afrika, de Big Five
Linkje naar jouw Big Five?

https://www.bnr.nl/podcast/thebigfive

Over DigID, ik heb de meest bizarre dingen daarmee meegemaakt, dus ik begrijp volledig wat je bedoelt. De QuoVadis DigID implementatie die niet overeenkomt met die van KPN waardoor je dubbel werk moet doen.

BTW, laatste wat ik ervan weet is dat inmiddels wel verbeterd met ambassades, maar is al wat jaartjes geleden dat ik me ermee bezig heb gehouden

Ook maar weer even hier



En als lijn:


12 oktober staat nog steeds bovenaan in deze cijfers en flink ook. Ergens lijkt daar iets niet te kloppen, want het verschil tussen 9, 10, 11 en 12 oktober is te groot, zijn meer dan 1000 meldingen extra. Ik weet niet hoe ik dit kan verklaren zonder het zwaar theoretische in te gaan en een hoop aannames te doen.

Als we er vanuit gaan dat zo'n 75% van de cijfers na ongeveer 7 dagen binnen zijn lijkt het niet dat andere dagen de 12e nog gaan toppen.

Goeiemorgen, Hierbij mijn dagelijkse post over de aantallen patienten op de IC's en de verpleegafdelingen.

Goed nieuws is dat op de IC de stijging in in absolute zin gelijk blijft en dat er in relatieve zin een minieme daling is. Op de verpleegafdelingen is er een grote stijging, maar ik hoop dat dat voor een deel een correctie is van de storing.

1) NEDERLANDSE PATIËNTEN MET EEN COVID-19-INFECTIE OP EEN NEDERLANDSE OF DUITSE IC
- Donderdag 29 oktober: 551 (absolute stijging: 16; relatieve stijging: 3,0%);
- Woensdag 28 oktober: 535 (absolute stijging: 16; relatieve stijging: 3,1%);
- Dinsdag 27 oktober: 519 (absolute stijging: 17; relatieve stijging: 3,4%);
- Maandag 26 oktober: 502 (absolute stijging: 5; relatieve stijging: 1,0%);
- Zondag 25 oktober: 497 (absolute stijging: 10; relatieve stijging: 2,1%);
- Zaterdag 24 oktober: 487 (absolute stijging: 14; relatieve stijging: 3,0%);
- Vrijdag 23 oktober: 473 (absolute stijging: 4; relatieve stijging: 0,9%).

2) NEDERLANDSE PATIËNTEN MET EEN COVID-19-INFECTIE OP DE VERPLEEGAFDELINGEN VAN NEDERLANDSE ZIEKENHUIZEN
- Donderdag 29 oktober: 1.723 (absolute stijging: 80; relatieve stijging: 4,9%);
- Woensdag 28 oktober: 1.643 (absolute stijging: 20; relatieve stijging: 1,2%).
- Dinsdag 27 oktober: 1.623 (absolute daling: 26; relatieve daling: 1,6%);
- Maandag 26 oktober: 1.649 (absolute stijging: 38; relatieve stijging: 2,4%);
- Zondag 25 oktober: 1.611 (absolute daling: 20; relatieve daling: 1,2%);
- Zaterdag 24 oktober: 1.631 (absolute stijging: 64; relatieve stijging: 4,1%);
- Vrijdag 23 oktober: 1.567 (absolute stijging: 77; relatieve stijging: 5,2%).

[ Bericht 0% gewijzigd door Federer-fan op 29-10-2020 10:38:37 ]

Het moment dat je wist dat zou komen is eindelijk hier. Natuurlijk, er is rapportageachterstand, dus stel er komen van de afgelopen weekendperiode nog 200 opnames binnen, dan zou het beeld nog kunnen verschuiven, maar anders:

Er is voor het eerst sinds deze zomer een langdurige (>= 4 dagen) afname in het gecorrigeerde gemiddelde aantal ziekenhuisopnames.

En dat betekent dat de R door meerdere proxy's geschat wordt op onder de 1.
Ontleen hier niets aan.

Ja, er is rapportageachterstand. Ja, het is nog onduidelijk of dit tijdelijk is of blijvend. Ja, het kan ook zijn dat het uiteindelijk vooral een stabilisatie is. Maar toch. In de grafiek hieronder staan twee lijntjes, R* en R#, die nog vertraging hebben op wat er in de achtergrond gebeurt en ik verwacht niet dat die voorlopig nog veel omhoog zullen gaan.

SPOILER

Om spoilers te kunnen lezen moet je zijn ingelogd. Je moet je daarvoor eerst gratis Registreren. Ook kun je spoilers niet lezen als je een ban hebt.

Er zijn nu twee R's, R* - die werkt met lopende gemiddeldes zonder weekendcorrectie - en R#, die werkt met weekendcorrectie.



Duiding.
Na de drop van midden oktober - waarschijnlijk als gevolg van het pakket van 28 september - beginnen beide R's nu aan een nieuwe daling. Opnamecijfers van de komende dagen en achterstallige van het afgelopen weekend, gaan bepalen hoe langdurig die drop is, en op welke waarde die uiteindelijk uitkomt. Mocht de daling inderdaad zijn ingezet en op eenzelfde manier doorzetten, verwacht ik ook kijkend naar de uitwerking van effecten in het verleden dat de R's zich richting de 0,9 gaan begeven de komende dagen.

Piekdag
23 oktober - de jongste vrijdag - staat momenteel* aan de leiding in de nek-aan-nekrace die de dagen helaas voeren om het hoogste opnameaantal. Hopelijk stopt de groei snel. De verwachting is dat maandag 26 oktober hier helaas nog wel over heen gaat.

*Ik pak de waardes telkens 's avonds laat en schrijf daar dan 's ochtends iets over, dus helemaal actueel is deze Top-5 nooit.

Top-5 opnamedagen (hoe langer terug de dagen hierin gaan, hoe beter):
- 23 oktober (276)
- 19,26 oktober (274)
- 22 oktober (247)
- 13 oktober (238)
- 21 oktober (236)

Hopelijk zet de goede trend zich vandaag door

[ Bericht 0% gewijzigd door VoMy op 29-10-2020 09:58:53 ]

Maar doordat er gisteren geen complete cijfers van het RIVM kwamen, en de cijfers van vandaag ook niet kloppen, is het vrijwel zeker te noemen dat er vrijdag geen onverwachte persconferentie komt

quote:

Op donderdag 29 oktober 2020 10:35 schreef Oliver23 het volgende:
Maar doordat er gisteren geen complete cijfers van het RIVM kwamen, en de cijfers van vandaag ook niet kloppen, is het vrijwel zeker te noemen dat er vrijdag geen onverwachte persconferentie komt

Ik zou geen waarde ontlenen aan die cijfers anders dan dat het voor ons leken interessant is. Het RIVM heeft toegang tot veel meer data dan alleen die, inclusief mobiliteitsbewegingen, aantal pintransacties en dat soort dingen. Het RIVM kan dus prima modelleren of de daling van mobiliteit die ze verwachten gehaald gaat worden zonder die cijfers van het RIVM.

Naar mijn idee worden de besmettingscijfers die gepubliceerd worden door het RIVM vooral gebruikt voor het wekelijkse epidemiologische rapport en het terugrekenen van de R voor 2 weken terug.

@VoMy Goeie grafiek weer, mooi om deze cijferontwikkeling te zien! Als onze aannames kloppen moet de daling nu doorgaan. Het is best aannemelijk dat we nu ziekenhuisopnames zien van rond de 12e/13e in de cijfers die we voorbij hebben zien komen. Mooi om te zien! Weet jij trouwens of het RIVM inmiddels weer de R berekend dmv ziekenhuisopnames, of gebruiken ze nog steeds besmettingen?

quote:

Op donderdag 29 oktober 2020 11:02 schreef chratnox het volgende:

[..]

Ik zou geen waarde ontlenen aan die cijfers anders dan dat het voor ons leken interessant is. Het RIVM heeft toegang tot veel meer data dan alleen die, inclusief mobiliteitsbewegingen, aantal pintransacties en dat soort dingen. Het RIVM kan dus prima modelleren of de daling van mobiliteit die ze verwachten gehaald gaat worden zonder die cijfers van het RIVM.

Naar mijn idee worden de besmettingscijfers die gepubliceerd worden door het RIVM vooral gebruikt voor het wekelijkse epidemiologische rapport en het terugrekenen van de R voor 2 weken terug.

@:VoMy Als onze aannames kloppen moet de daling nu doorgaan. Het is best aannemelijk dat we nu ziekenhuisopnames zien van rond de 12e/13e in de cijfers die we voorbij hebben zien komen. Mooi om te zien! Weet jij trouwens of het RIVM inmiddels weer de R berekend dmv ziekenhuisopnames, of gebruiken ze nog steeds besmettingen?

De R zoals die in dat rapport staat, gaat op besmettingsaantallen - meer specifiek volgens mij op DOO. Ik wilde dat paper lezen van die Wallinga om meer info hierover te krijgen, maar helaas had ik geen access. Ik kan me wel voorstellen dat het niet de enige manier is, ze hebben zoveel metrieken tot hun beschikking dat je voor een completer beeld wel op meerdere manieren kunt schatten welke kant het op gaat. Zeker aangezien ze dus een middel hebben om via ziekenhuisopnames de R te schatten, zie ik niet waarom ze die niet ook parallel aan hun andere model laten runnen.

quote:

Op donderdag 29 oktober 2020 11:07 schreef VoMy het volgende:

[..]

De R zoals die in dat rapport staat, gaat op besmettingsaantallen - meer specifiek volgens mij op DOO. Ik wilde dat paper lezen van die Wallinga om meer info hierover te krijgen, maar helaas had ik geen access. Ik kan me wel voorstellen dat het niet de enige manier is, ze hebben zoveel metrieken tot hun beschikking dat je voor een completer beeld wel op meerdere manieren kunt schatten welke kant het op gaat. Zeker aangezien ze dus een middel hebben om via ziekenhuisopnames de R te schatten, zie ik niet waarom ze die niet ook parallel aan hun andere model laten runnen.

Dit is het paper van Wallinga en Lipsitch over hoe ze de R berekenen volgens mij:
https://www.researchgate.(...)reproductive_numbers

Als ik naar de DOO data kijk zie ik ook een afname. Normaliter is er maar 1 dag afname na de wekelijkse piek, en daarna gelijk weer een paar dagen toename, na 14 oktober was er gelijk weer een afname. De dag erna wel weer wat toename, maar niet veel.
DOO = dag dat iemand melde voor het eerst symptomen te krijgen. Gemiddeld is dat 5 dagen na besmetting, en de DOO data wordt tot ongeveer 11 dagen terug bijgewerkt, vandaar dat de grafiek op 11 dagen geleden stopt.
Maar de komende dagen zou je toch een daling moeten gaan zien. (14 okt, volgende dag gaan mensen zich aan de maatregelen houden, 5 dagen later gemiddeld ziekteverschijnselen = 20 okt, 11 dagen later is de data bijgewerkt.



Neem ik het 4-daagse gemiddelde in DOO data, waarbij ik kijk naar het gemiddelde van de afgelopen 4 dagen (dus niet 2 dagen terug en 2 dagen vooruit), dan lijkt er een piek te zijn geweest. Hopelijk zet de daling door de komende dagen, en wordt er niet teveel achteraf gecorrigeerd.

Nog wat anders goed nieuws van hier.. Mijn vrouw is eergisteren getest omdat ze klachten had (hoofdpijn, neus dicht, keelpijn) en krijgen net uitslag dat de test negatief is.

We maakten ons er niet heel veel zorgen over, was vooral uit voorzorg. Maar na de test gaat het toch een beetje knagen.

quote:

Op donderdag 29 oktober 2020 11:02 schreef chratnox het volgende:

[..]

Ik zou geen waarde ontlenen aan die cijfers anders dan dat het voor ons leken interessant is. Het RIVM heeft toegang tot veel meer data dan alleen die, inclusief mobiliteitsbewegingen, aantal pintransacties en dat soort dingen. Het RIVM kan dus prima modelleren of de daling van mobiliteit die ze verwachten gehaald gaat worden zonder die cijfers van het RIVM.

[...]

Klopt het dat je in die laatste zin twee keer het RIVM noemt?

quote:

Op donderdag 29 oktober 2020 13:46 schreef Federer-fan het volgende:

[..]

Klopt het dat je in die laatste zin twee keer het RIVM noemt?

Ja, ik bedoelde zonder die dagcijfers die wij ook krijgen

De cijfers van het LCPS:

quote:

Het totaal aantal opgenomen covidpatiënten bedraagt 2384, 8 meer dan de vorige dag. Daarvan liggen er 1831 buiten de Intensive Care, hetzelfde aantal als gisteren. Op de IC liggen 553 covidpatiënten (waarvan 2 in Duitsland), 8 meer dan de dag ervoor. Er liggen daarnaast 470 non-covidpatiënten op de IC, 8 meer dan gisteren. De totale IC-bezetting bedraagt daarmee 1023 (waarvan 2 in Duitsland), 16 meer dan de vorige dag. Het aantal nieuwe covidopnames bedraagt 269 in de kliniek en 47 op de IC.

Wederom een dag met een beperkte stijging van de ziekenhuisbezetting. Hopelijk gaan we hier binnenkort zelfs naar een daling toe.