Wetenschappers op FOK! #20 publish and perish

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:15 schreef xienix84 het volgende:

[..]

Sorry, zag deze niet. Nouja, je hebt bijvoorbeeld wel technieken waarbij je functionele informatie op structurele informatie registreert. Of waarbij je verschillende functionele scans over elkaar legt/vergelijkt. Bedoel je zoiets?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:16 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Dat klinkt een beetje als de spatial registration die je bij MRI nodig hebt voor groepsanalyses. Wat je daarbij doet is een functionele scan maken waarbij het daadwerkelijke experiment gedaan wordt. Vervolgens meet je ook een hoog resolutie anatomische scan. Je doet dan eerst een rigide registratie van functionele data naar de anatomische scan, en vervolgens een non-rigide registratie van anatomische scan naar een common space template. Die twee transformaties samen zorgen dan dat je de functionele data in de common space hebt zitten, zodat bijvoorbeeld de visuele cortex van alle proefpersonen mooi overlappen.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:23 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Bijna maar dan zonder die 2de registratie maar die 2de dataset gewoon volgens dezelfde parameters transformeren als je met die rigide registratie hebt gedaan.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:25 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Als de twee datasets voor de transformatie netjes overlappen kan je toch gewoon diezelfde transformatie ook op de tweede toepassen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:25 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Als de twee datasets voor de transformatie netjes overlappen kan je toch gewoon diezelfde transformatie ook op de tweede toepassen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:33 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

het voorbeeld wat ik heb zijn dus 2 structuren die naar elkaar toe lijken te groeien. Zeg een groene slang en rode kubus, als ik nu alle slangen recht leg en zie dat in de tijd de kubussen steeds meer dicht bij de kop van de slang zitten kan ik dus zeggen in de tijd gaat de kop van de slang steeds meer naar de kubus toe.... (zoiets)

De kubussen wil je dus niet alignen

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:33 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

het voorbeeld wat ik heb zijn dus 2 structuren die naar elkaar toe lijken te groeien. Zeg een groene slang en rode kubus, als ik nu alle slangen recht leg en zie dat in de tijd de kubussen steeds meer dicht bij de kop van de slang zitten kan ik dus zeggen in de tijd gaat de kop van de slang steeds meer naar de kubus toe.... (zoiets)

De kubussen wil je dus niet alignen

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:36 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

I am so confused right now Als je aan de slangen gaat draaien kan je toch niet meer zeggen dat ze naar de kubussen groeien?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

grafisch gezien, ik draai dus alleen aan de slangen... en zie nu aan de kubussen dat hij er naartoe kruipt in de tijd... (laten we zeggen ik zet het hoofd altijd rechts)

Ik doe dus niets met de kubbussen dat wil ik juist niet doen maar wel meedraaien met de slangen.

en ik maar denken dat ik het wiel opnieuw aan het uitvinden was

Prachtig mooie illustratie van mijn werk, wat doe je zoal ik draai aan dingen die eruit zien als slangen Het is wel een vereenvoudigd model...

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:54 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ja als de kubussen meedraaien met de slangen doe je dus iets met de kubussen Dat is wat ik bedoelde met dezelfde transformatie toepassen op beide datasets zodat de relatieve orientaties hetzelfde blijven.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:55 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Juist ja Ik was verward door de term netjes overlappen ik werk met niet overlappende signalen, sorry voor mijn warrige omschrijving

Zijn daar voorbeelden van

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:03 schreef oompaloompa het volgende:
Kunnen we de op updaten en bosbeetles werkgebied draaien aan slangen noemen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:14 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]



Ik ben wel bioloog maar gelukkig gaat het niet over echte slangen dan was dit namelijk een erg raar onderzoek geweest, iedereen weet dat slangen blauwe kubussen prefereren.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:14 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]



Ik ben wel bioloog maar gelukkig gaat het niet over echte slangen dan was dit namelijk een erg raar onderzoek geweest, iedereen weet dat slangen blauwe kubussen prefereren.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:02 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

De fMRI preprocessing pipeline is denk ik wel een goed voorbeeld. Alleen zorg je er dan eerst voor dat je twee datasets in dezelfde space terecht komen. Dat is bij jou al het geval.

Misschien dat je hier wat bruikbare voorbeelden uit kan halen:
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/lectures/reg.pdf

quote:

Op zaterdag 31 januari 2015 21:29 schreef Diabox het volgende:
Eergisteren ook mijn eerste manuscript gesubmit bij een Elsevier journal. De status was vanochtend nog 'With Editor', en nu staat ie op 'Decision in Process', volgens:
http://academia.stackexch(...)rial-system-ees-take
is dat al de laatste stap. Gaat dat echt zo snel..?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 19:03 schreef Diabox het volgende:

[..]

Status wijziging vandaag naar 'Under Review', lijkt me goed..?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

grafisch gezien, ik draai dus alleen aan de slangen... en zie nu aan de kubussen dat hij er naartoe kruipt in de tijd... (laten we zeggen ik zet het hoofd altijd rechts)

Ik doe dus niets met de kubbussen dat wil ik juist niet doen maar wel meedraaien met de slangen. De draai parameters haal ik puur uit de slangen, ik ben blind voor de kubussen...

en ik maar denken dat ik het wiel opnieuw aan het uitvinden was

Prachtig mooie illustratie van mijn werk, wat doe je zoal ik draai aan dingen die eruit zien als slangen Het is wel een vereenvoudigd model...

quote:

Op vrijdag 6 februari 2015 17:42 schreef papernote het volgende:

[..]

In de beeldverwerking heet dit inderdaad "registratie". Hoe ik het zou aanpakken: je registreert alle beelden met het groen-kanaal (de slangen) naar één beeld dat je hebt uitgekozen. De transformatie die uit elke registratie komt sla je op en pas je vervolgens toe op het rood-kanaal (de kubussen).

Vervolgens zou je een dichtheidsmaat kunnen uitrekenen, een 2D Gaussian fitten, whatever, om de "kubus-spreiding" te bepalen?

Registratie-tool: http://elastix.isi.uu.nl/ Werkt super goed. Is wel wat complex, maar je kunt er alles mee.

quote:

Op zaterdag 7 februari 2015 04:15 schreef Lyrebird het volgende:
Wij gebruiken imageJ en [url=http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/]stackreg[/url] om onze plaatjes te registreren. Geen idee of dat programma het ook toelaat om alleen slangen te registreren, en de kubussen ongemoeid te laten.