quote:
Op zondag 21 april 2013 11:15 schreef -CRASH- het volgende:[..]
Dat denken de
mensen meesten....
In 2010 werd in
Mono Lake een bacterie aangetroffen die het giftige arseen eet en hiermee fosfor vervangt als een van de bouwstenen van het leven (andere bouwstenen zijn zuurstof, waterstof, koolstof, stikstof en zwavel). Ook in het DNA van de bacterie werd arseen aangetroffen. De NASA kondigde naar aanleiding hiervan aan dat het hun inschatting van de mogelijkheid tot buitenaards leven totaal verandert en dat het grote gevolgen kan hebben voor de astrobiologie
http://nl.wikipedia.org/wiki/Astrobiologie
CRASH, ik dacht dat jij wel zou weten dat die theorie weer onderuit gehaald is
W&T / NASA kondigt bevindingen over buitenaards leven aan.
03-02-2012
Geen arseen in DNA arseenbacterie De arseenbacterie, die ruim een jaar geleden beschreven werd door NASA-wetenschapper Felisa Wolfe-Simon, heeft helemaal geen arseen in zijn DNA. Dat blijkt uit onderzoek van de Canadese microbiologe Rosie Redfield in samenwerking met Amerikaanse chemici van Princeton University.
Eind 2010 beschreef NASA-wetenschapper Felisa Wolfe-Simon in het blad Science een bacterie uit het arseenrijke Mono Lake-meer in Californië. Volgens Wolfe-Simon groeit de bacterie goed op arseen en kan hij die stof ook inbouwen in zijn DNA.
![wolfesimon7HR.jpg]()
Het Mono Lake, thuisbasis van de arseenbacterie. Afbeelding: © Henry Bortman
Normaal gesproken bestaan het DNA, de eiwitten en de vetten van levende wezens uit koolstof, waterstof, zuurstof, stikstof, zwavel en fosfor.
Fosfor is in theorie te vervangen door arseen, omdat die stoffen voor het grootste deel dezelfde chemische verbindingen kunnen aangaan. Maar toch was daar nog nooit bewijs voor gevonden.
Het onderzoek van Wolfe-Simon zou er op wijzen dat fosfor niet persé noodzakelijk is voor de bouw van belangrijke biomoleculen, en dus ook niet voor het bestaan van leven. De door de NASA destijds met veel tamtam gepresenteerde conclusie was daarom dat er ook leven mogelijk kon zijn op plaatsen waar fosfor schaars is, zoals op andere planeten.
Moeite met groeien
Vrijwel direct na de publicatie in Science uitten veel wetenschappers kritiek op de uitvoering van het NASA-onderzoek. De studie levert volgens hen geen bewijs dat het gevonden arseen daadwerkelijk afkomstig was uit het DNA van de bacterie. De gevonden hoeveelheid arseen is volgens hen zo klein, dat dit net zo goed om een meetfout kan gaan.
Microbiologe Rosie Redfield van de University of British Columbia besloot het niet bij kritieken te laten, maar de experimenten van Wolfe-Simon zelf te herhalen. De vorderingen van haar onderzoek hield ze voortdurend bij via het blog RRResearch.
Aanvankelijk lukte het Redfield niet om de arseenbacterie te kweken in een arseenrijk medium. Pas in november van het afgelopen jaar had zij een paar kolonies te pakken die goed groeiden in arseen. Redfield isoleerde DNA uit die bacteriën en stuurde dat samen met het DNA van bacteriën die waren gegroeid in een fosforrijk medium naar Princeton University.
![wolfesimon1HR.jpg]()
De arseenbacterie, zoals die in 2010 door Felisa Wolfe-Simon geïsoleerd werd. Afbeelding: © Science/AAAS
Definitieve streep
Daar analyseerden scheikundigen Marshall Reaves en Joshua Rabinowitz het DNA van de bacteriën. Om een goed beeld te krijgen van het ‘pure’ DNA moesten Reaves en Rabinowitz de monsters van Redfield eerst schoonmaken. Net als aan andere moleculen kunnen aan het DNA namelijk stofjes vastgeplakt zitten die er niet echt bijhoren. De scheikundigen vonden geen bouwblokjes voor arseen in het pure DNA van de arseenbacterie.
Ter controle bekeken Reaves en Rabinowitz ook het DNA dat niet voor analyse was schoongemaakt. Daarin vonden zij wel arseen terug. Het ging om stukjes arseen die aan het DNA waren vastgeplakt en die je met behulp van een beetje water zo weg kon wassen. Het lijkt er dus sterk op dat de DNA-analyse in het eerdere onderzoek niet zorgvuldig is uitgevoerd. De conclusie moet dan zijn dat de door Wolfe-Simon beschreven arseen-bacterie helemaal geen arseen in zijn DNA heeft ingebouwd.
Redfield en haar collega’s hebben nu nog niet voldoende resultaten om die stelling helemaal hard te maken. En dus gaan zij nog even door met het onderzoek aan de arseenbacterie. Uiteindelijk willen zij hun pakketje met ‘bewijsmateriaal’ wel aan Science aanbieden voor publicatie. Pas dan kunnen we waarschijnlijk een definitieve streep zetten door het verhaal van de arseenbacterie.
(Kennislink)
.
05-06-2012
Zorgvuldige chemische analyse haalt claims definitief onderuitDe roemruchte arseenbacterie heeft helemaal geen arseen in zijn DNA zitten. Dat zal volgens criticaster Rosie Redfield definitief blijken uit een artikel van haar hand dat zojuist door Science is geaccepteerd.
![101202161827.wolfesimon1HR.resized.200x0.jpg]()
Achteraf heeft hij toch liever fosfaat.
Voor wie niet kan wachten tot Science het daadwerkelijk afdrukt, heeft Redfield alvast een conceptversie op de open access-website arxiv.org gezet. Ongetwijfeld zal de Science-redactie hier pisnijdig over zijn, maar in dit geval kan ze niet onder publicatie uit zonder zichzelf belachelijk te maken.
De arseenbacterie was eind 2010 wereldnieuws. Onderzoekster Felisa Wolfe-Simon viste hem op uit een arseenrijk en fosfor-arm meer in Californië. Ze claimde dat deze bacterie de fosfor in zijn eiwitten en zijn DNA kon vervangen door arseen. Iets dat nog nooit was vertoond en door biologen tot dan toe als onmogelijk werd beschouwd. Maar Science accepteerde het artikel wèl.
Chemisch gezien zou het in principe misschien kunnen, maar veel onderzoekers voelden aan hun fosforrijke water dat arseen het DNA te instabiel zou maken om er een bacterie uit te bouwen.
Het leverde een hagel van reacties op, variërend van botte ‘kanniewaarzijn’-opmerkingen tot gerichte kritiek op Wolfe-Simons analysemethoden.
Wolfe-Simon hield intussen stug vol dat ze gelijk had en deelde kweekjes van de bacterie uit aan collega’s voor verdere proeven.
Met zo’n kweekje is Redfield aan de slag gegaan. En zij concludeert dat er misschien wel arseen in de DNA-monsters zit maar dat je het er met gedestilleerd water zò uit kunt spoelen. Het zijn dus puur zoutresten uit het voedingsmedium.
In de DNA-moleculen zelf heeft ze met vloeistofchromatografie en massaspectrometrie nog geen tiende procent arseen kunnen aantreffen. Ze kan niet uitsluiten dat de bacterie heel nu en dan per ongeluk arseen inbouwt in een nucleotide in plaats van fosfor, en dat hij daar minder hinder van ondervindt dan het gemiddelde organisme. Chemisch gezien lijken die elementen immers sterk op elkaar. Maar van structurele, doelgerichte vervanging is zeker geen sprake.
Trouwens, de bacteriekweekjes bleken prima te groeien als er geen arsenaat in de voeding zat, maar niet wanneer je er alle fosfaat uit liet. Volgens Redfield zou zo’n bacterie ook wel gek zijn om op arseen over te schakelen als er per saldo nog altijd meer fosfor in zijn water zit, hetgeen in dat meer in Californië het geval schijnt te zijn.
De reactie van Wolfe-Simon is nog niet bekend.
bron: Nu.nl, arxiv.org
(C2W.nl)
.
04-10-2012
Waarom de arceenbacterie niet bestaatEiwit ontdekt dat fosfaat van arsenaat kan onderscheiden
Dankzij een kromme waterstofbrug zijn bacteriën prima in staat om fosfaten te onderscheiden van arsenaten. En daarmee is het laatste argument voor het bestaan van een arseenbacterie van tafel, suggereren Israëlische onderzoekers in Nature.
![121004115454.arsenaat.resized.200x0.jpg]()
Tot nu toe snapte niemand dat een bacterie dat verschil kon zien. Fosfor- en arseenionen zijn immers vrijwel even groot en vormen gelijksoortige chemische verbindingen. Vandaar dat het voor de hand lag dat bacteriën in arseenrijke omgevingen uiteindelijk een manier zouden vinden om het onderscheid niet meer te hoeven maken.
Maar Mikael Elias, Dan Tawfik en collegas van het Weizmann-instituut in Rehovot laten nu zien dat de periplasmische eiwitten (PBPs) waarmee bacteriën fosfaten uit de omgeving binden, het onderscheid zonder moeite kunnen maken. Die eiwitten omsluiten zon fosfaat, waarbij ze het rondom vasthouden met een stuk of 12 waterstofbruggen. En belangrijk daarbij is dat ze het niet als PO43- binden maar als HPO42-.
Als ze proberen arsenaat te binden, dan willen ze dat dus ook doen in de vorm van HAsO42-. Maar doordat de arseenkern 4 procent groter is, zit die waterstof onder een net iets andere hoek aan het arsenaat vast dan aan fosfaat. Het maakt volgens de auteurs maar 13 graden uit, maar dat is voldoende om een van de waterstofbruggen tussen arsenaat en eiwit te laten wringen. Hierdoor valt het hele krachtenspel tussen die twee aan duigen.
De auteurs hebben het met een vijftal bacteriële PBPs uitgeprobeerd, waaronder twee uit de GFAJ-1-stam die vorig jaar uit een arseenrijk meer werd gevist en daarna kortstondige faam genoot als arseenbacterie. Allemaal bleken ze minstens 500 keer liever fosfaat te binden dan arsenaat. Bij een van de GFAJ-1 eiwitten was het verschil zelfs een factor 4.500, wat voor het eerst écht goed verklaart hoe die soort in een arseenrijke omgeving kan overleven.
De verhoogde selectiviteit blijkt overigens te liggen aan één asparaginezuur-residu op een cruciale plek in de eiwitketen. Met andere woorden: er was maar één mutatie nodig voor de vereiste handigheid om schaars fosfaat selectief uit het water te vissen. Niet voor niets blijkt het gen voor dit eiwit extra tot expressie te komen wanneer je de bacterie in een fosfaatarme omgeving kweekt.
bron: Nature, C&EN
(c2w.nl)
[ Bericht 2% gewijzigd door ExperimentalFrentalMental op 26-05-2014 19:24:55 ]