NASA kondigt bevindingen over buitenaards leven aan

Ik vind het een goed artikel, maar de titel slaat nergens op. Wetenschap mijdt de grote vragen helemaal niet, het artikel staat nota bene vol met voorbeelden van hoe de wetenschap nu bezig is met die vragen.

1 op de 10,000 vervangen door arseen, dat komt ook niet eens lichtelijk in de buurt van de claim dat fosfor was vervangen door arseen, in de DNA backbone

Vraagje aan aanwezige natuurkundigen.
Stel op een andere planeet is leven, zijn in de ontwikkeling net zo ver als wij en hebben net zulke TV en FM zenders als wij die tot voor kort hadden, lekkere krachtige analoge zenders.
Hoe ver kan die planeet van ons afstaan zodat wij met een doorsnee radiotelescoop dat signaal nog van de ruis kunnen onderscheiden.

Zo'n 30 lichtjaar. Niet zo ver dus.

quote:

Op donderdag 16 december 2010 19:24 schreef Gebraden_Wombat het volgende:
Zo'n 30 lichtjaar. Niet zo ver dus.

30 lichtjaar, 1000 sterren, dat is natuurlijk geen fuck als je kijkt naar de afstanden in de melkweg.
Dat is je wijk tov de wereld

Niet voor niets zijn instituten als SETI voornamelijk op zoek naar doelbewust verzonden, gerichte boodschappen. Die kan je met onze technologie een stuk verder zenden.

quote:

Op donderdag 16 december 2010 19:35 schreef Gebraden_Wombat het volgende:
Niet voor niets zijn instituten als SETI voornamelijk op zoek naar doelbewust verzonden, gerichte boodschappen. Die kan je met onze technologie een stuk verder zenden.

Tuurlijk, zet zo een zender aan een parabool antenne en je gaat enorm veel verder.

28-12-2010

‘Geen tijd’ voor grondige test arseen-bacterie

Felicia Wolfe-Simon verweert zich tegen kritiek op ‘buitenaardse’ bacterie

De onderzoekster die de vermeende arseen-bacterie ontdekte is naief en onervaren. Nasa houdt zich van de domme en negeert alle kritiek. Een terugblik op de grootste wetenschappelijke zeperd van 2010.

Hoe naiëf kun je zijn? Het idee om een persconferentie te geven, live op tv, over een ‘buitenaardse’ bacterie die geen fosfor maar arseen in zijn DNA zou hebben, kwam van de Nasa, en Wolfe-Simon vond het best. In een interview met de nieuwsredactie van Science, hetzelfde blad waarin op 2 december haar artikel verscheen, blikt ze terug op de affaire, na weken zwijgen: ‘Ik was nog nooit naar een persconferentie geweest, maar het leek me terecht dat mijn moeder kon horen waar ik mee bezig was, en ik ben dol op lesgeven.(…) Als wetenschapscommunicator en als persoon breng ik graag over hoe gepassioneerd ik bezig ben met wetenschap en met het begrijpen van deze fundamentele eigenschappen van de natuur.’

Jammer alleen, dat vakgenoten zware kritiek hadden op haar vermeend baanbrekende onderzoek. Haar bacterie kan zich blijkbaar vermenigvuldigen en groeien in een milieu met heel weinig fosfor en veel arseen ; maar ze had niet écht gecheckt of het fosfor in het DNA was vervangen door het chemisch vergelijkbare, maar voor levende wezens zwaar giftige arseen. Zulke tests zijn voorhanden, en Wolfe-Simon weet dat heel goed, maar: ‘voor sommige hadden we de faciliteiten niet onder handbereik, gegeven de beperkte tijd. Ik kan niet genoeg herhalen dat we dit verschijnsel onder de aandacht van de gemeenschap wilden brengen, om samenwerking op te starten met andere onderzoeksgroepen die deze faciliteiten wel hebben, zoals diverse soorten massaspectrometrie.’

Buitengewoon

Het blijft een mysterie, waarom de peer-reviewers niet hebben aangedrongen op dit soort tests alvorens akkoord te gaan met publicatie van het onderzoek in Science. Immers, een bekend gezegde in de wetenschap luidt ‘buitengewone resultaten vereisen buitengewoon bewijsmateriaal.’ Science en de auteurs van het gewraakte artikel hebben toegezegd begin 2011 met een uitgebreide verantwoording in het blad op de zaak terug te komen.

De handelswijze van Nasa is, hoewel laakbaar, tenminste begrijpelijk. De Amerikaanse ruimtevaartmoloch is bijna wanhopig op zoek naar een nieuwe mission statement die het budget van tientallen miljarden dollars per jaar moet veilig stellen. De zoektocht naar leven buiten de aarde is in potentie zo’n nieuwe missie, dus is elke sprankje vooruitgang op het gebied van de astrobiologie hype-waardig.

Op de Nasa-website is nog altijd geen spoor van de kritiek terug te vinden. Onder het persbericht van 2 december staan alleen maar felicitaties en bedankjes van blije belastingbetalers. Bovendien is de arseen-bacterie inmiddels opgenomen in hun lijstje van ‘hoogtepunten van 2010’. Ook daar ontbreekt elke verwijzing naar de discussie die is losgebarsten. Voor Nasa is Wolfe-Simons werk gewoon weer een eclatant succes van de astrobiologie zoals we die helaas al geruime tijd kennen.

Arnout Jaspers

(Noorderlicht)

Ouch

quote:

Op donderdag 30 december 2010 09:15 schreef ExperimentalFrentalMental het volgende:
De handelswijze van Nasa is, hoewel laakbaar, tenminste begrijpelijk. De Amerikaanse ruimtevaartmoloch is bijna wanhopig op zoek naar een nieuwe mission statement die het budget van tientallen miljarden dollars per jaar moet veilig stellen. De zoektocht naar leven buiten de aarde is in potentie zo’n nieuwe missie, dus is elke sprankje vooruitgang op het gebied van de astrobiologie hype-waardig.

Op de Nasa-website is nog altijd geen spoor van de kritiek terug te vinden. Onder het persbericht van 2 december staan alleen maar felicitaties en bedankjes van blije belastingbetalers. Bovendien is de arseen-bacterie inmiddels opgenomen in hun lijstje van ‘hoogtepunten van 2010’. Ook daar ontbreekt elke verwijzing naar de discussie die is losgebarsten. Voor Nasa is Wolfe-Simons werk gewoon weer een eclatant succes van de astrobiologie zoals we die helaas al geruime tijd kennen.

Arnout Jaspers

(Noorderlicht)

Ik vind dit erg verontrustend, ik ben ook bang dat dit exemplarisch is voor veel andere instanties of instituties, neem bijv. het IPCC.
Wetenschap is voor deze lieden een middel om geld en status te verdienen of politiek te bedrijven.
Waar is de passie voor de wetenschap zelf gebleven? (of ben ik nog steeds naïf)

quote:

Op donderdag 30 december 2010 12:35 schreef Oud_student het volgende:
Ik vind dit erg verontrustend, ik ben ook bang dat dit exemplarisch is voor veel andere instanties of instituties, neem bijv. het IPCC.
Wetenschap is voor deze lieden een middel om geld en status te verdienen of politiek te bedrijven.
Waar is de passie voor de wetenschap zelf gebleven? (of ben ik nog steeds naïf)

Ik denk dat de passie zeker aanwezig is, en in gevallen zelfs de overhand neemt over grondige methodologie. Op zich is dat geen ramp. De wetenschappelijke methode werkt. Onafhankelijke verificatie en open debat leidt op den duur altijd tot meer en betere kennis, ook al is dat op niveau van een individuele publicatie niet per se zo. Elk vakgebied heeft zijn flogiston!

...

[ Bericht 99% gewijzigd door ExperimentalFrentalMental op 11-07-2011 10:39:38 ]

Nog een keer een artikel van een half jaar terug?

quote:

Op maandag 11 juli 2011 09:16 schreef Gebraden_Wombat het volgende:
Nog een keer een artikel van een half jaar terug?

Och verrek ja, nu zie ik het. Op wetenschap.nieuws.klub.nl staat de datum 10-07-2011 maar het artikel zelf heeft de datum 09-12-2010
niet gezien ik vond het artikel al bekend voorkomen

Veel minder media aandacht, veel betere wetenschap: Bacterium Engineered With DNA in Which Thymine Is Replaced by Synthetic Building Block

Ook erg cool: Evolution machine: Genetic engineering on fast forward

03-02-2012

Geen arseen in DNA arseenbacterie

De arseenbacterie, die ruim een jaar geleden beschreven werd door NASA-wetenschapper Felisa Wolfe-Simon, heeft helemaal geen arseen in zijn DNA. Dat blijkt uit onderzoek van de Canadese microbiologe Rosie Redfield in samenwerking met Amerikaanse chemici van Princeton University.

Eind 2010 beschreef NASA-wetenschapper Felisa Wolfe-Simon in het blad Science een bacterie uit het arseenrijke Mono Lake-meer in Californië. Volgens Wolfe-Simon groeit de bacterie goed op arseen en kan hij die stof ook inbouwen in zijn DNA.


Het Mono Lake, thuisbasis van de arseenbacterie. Afbeelding: © Henry Bortman

Normaal gesproken bestaan het DNA, de eiwitten en de vetten van levende wezens uit koolstof, waterstof, zuurstof, stikstof, zwavel en fosfor.

Fosfor is in theorie te vervangen door arseen, omdat die stoffen voor het grootste deel dezelfde chemische verbindingen kunnen aangaan. Maar toch was daar nog nooit bewijs voor gevonden.

Het onderzoek van Wolfe-Simon zou er op wijzen dat fosfor niet persé noodzakelijk is voor de bouw van belangrijke biomoleculen, en dus ook niet voor het bestaan van leven. De door de NASA destijds met veel tamtam gepresenteerde conclusie was daarom dat er ook leven mogelijk kon zijn op plaatsen waar fosfor schaars is, zoals op andere planeten.

Moeite met groeien
Vrijwel direct na de publicatie in Science uitten veel wetenschappers kritiek op de uitvoering van het NASA-onderzoek. De studie levert volgens hen geen bewijs dat het gevonden arseen daadwerkelijk afkomstig was uit het DNA van de bacterie. De gevonden hoeveelheid arseen is volgens hen zo klein, dat dit net zo goed om een meetfout kan gaan.

Microbiologe Rosie Redfield van de University of British Columbia besloot het niet bij kritieken te laten, maar de experimenten van Wolfe-Simon zelf te herhalen. De vorderingen van haar onderzoek hield ze voortdurend bij via het blog RRResearch.

Aanvankelijk lukte het Redfield niet om de arseenbacterie te kweken in een arseenrijk medium. Pas in november van het afgelopen jaar had zij een paar kolonies te pakken die goed groeiden in arseen. Redfield isoleerde DNA uit die bacteriën en stuurde dat samen met het DNA van bacteriën die waren gegroeid in een fosforrijk medium naar Princeton University.


De arseenbacterie, zoals die in 2010 door Felisa Wolfe-Simon geïsoleerd werd. Afbeelding: © Science/AAAS

Definitieve streep
Daar analyseerden scheikundigen Marshall Reaves en Joshua Rabinowitz het DNA van de bacteriën. Om een goed beeld te krijgen van het ‘pure’ DNA moesten Reaves en Rabinowitz de monsters van Redfield eerst schoonmaken. Net als aan andere moleculen kunnen aan het DNA namelijk stofjes vastgeplakt zitten die er niet echt bijhoren. De scheikundigen vonden geen bouwblokjes voor arseen in het pure DNA van de arseenbacterie.

Ter controle bekeken Reaves en Rabinowitz ook het DNA dat niet voor analyse was schoongemaakt. Daarin vonden zij wel arseen terug. Het ging om stukjes arseen die aan het DNA waren vastgeplakt en die je met behulp van een beetje water zo weg kon wassen. Het lijkt er dus sterk op dat de DNA-analyse in het eerdere onderzoek niet zorgvuldig is uitgevoerd. De conclusie moet dan zijn dat de door Wolfe-Simon beschreven arseen-bacterie helemaal geen arseen in zijn DNA heeft ingebouwd.

Redfield en haar collega’s hebben nu nog niet voldoende resultaten om die stelling helemaal hard te maken. En dus gaan zij nog even door met het onderzoek aan de arseenbacterie. Uiteindelijk willen zij hun pakketje met ‘bewijsmateriaal’ wel aan Science aanbieden voor publicatie. Pas dan kunnen we waarschijnlijk een definitieve streep zetten door het verhaal van de arseenbacterie.

(Kennislink)

Het zelfreinigende vermogen van de wetenschap at work

Goh, verrassend!

aanvulling:

quote:

Thus far, Wolfe-Simon is not retreating from her team's conclusions. "We do not fully understand the key details of the website experiments and conditions," Wolfe-Simon wrote in an e-mail to Nature. "So we hope to see this work published in a peer-reviewed journal, as this is how science best proceeds."

The paper's principal investigator, Ronald Oremland, said the results "don't look encouraging," but that he would withhold further comment until Redfield's manuscript has gone through the peer-review process. "Sounds like I'm dodging the issue, which I am," says Oremland, a senior scientist with the US Geological Survey in Menlo Park. "When the manuscript is reviewed I'll make myself available for comment - if I'm not too busy eating crow."

Steven Benner, an early sceptic of the paper who heads the Foundation for Applied Molecular Evolution, says the new findings offer a "pretty definitive" refutation of the arsenic life hypothesis, but that Redfield's methods still leave Wolfe-Simon and her defenders some room to argue.

For instance, Redfield says she was unable to grow any GFAJ-1 cells entirely without phosphorus. Because Wolfe-Simon didn't explain how much phosphorus was used to grow the bacteria in the original experiments, her team could argue that Redfield's cells were not sufficiently phosphorus-deprived to be forced to substitute arsenic.

Wolfe-Simon, who was fired from Oremland's laboratory in 2011, is now based at the Lawrence Berkeley National Laboratory, where she continues to look for arsenate in GFAJ-1 metabolites, as well as the assembled RNA and DNA.

volledig artikel:http://www.popsci.com.au/(...)ffin-of-arsenic-life

05-06-2012

Zorgvuldige chemische analyse haalt claims definitief onderuit

De roemruchte arseenbacterie heeft helemaal geen arseen in zijn DNA zitten. Dat zal volgens criticaster Rosie Redfield definitief blijken uit een artikel van haar hand dat zojuist door Science is geaccepteerd.


Achteraf heeft hij toch liever fosfaat.

Voor wie niet kan wachten tot Science het daadwerkelijk afdrukt, heeft Redfield alvast een conceptversie op de open access-website arxiv.org gezet. Ongetwijfeld zal de Science-redactie hier pisnijdig over zijn, maar in dit geval kan ze niet onder publicatie uit zonder zichzelf belachelijk te maken.

De arseenbacterie was eind 2010 wereldnieuws. Onderzoekster Felisa Wolfe-Simon viste hem op uit een arseenrijk en fosfor-arm meer in Californië. Ze claimde dat deze bacterie de fosfor in zijn eiwitten en zijn DNA kon vervangen door arseen. Iets dat nog nooit was vertoond en door biologen tot dan toe als onmogelijk werd beschouwd. Maar Science accepteerde het artikel wèl.

Chemisch gezien zou het in principe misschien kunnen, maar veel onderzoekers voelden aan hun fosforrijke water dat arseen het DNA te instabiel zou maken om er een bacterie uit te bouwen.

Het leverde een hagel van reacties op, variërend van botte ‘kanniewaarzijn’-opmerkingen tot gerichte kritiek op Wolfe-Simons analysemethoden.

Wolfe-Simon hield intussen stug vol dat ze gelijk had en deelde kweekjes van de bacterie uit aan collega’s voor verdere proeven.

Met zo’n kweekje is Redfield aan de slag gegaan. En zij concludeert dat er misschien wel arseen in de DNA-monsters zit maar dat je het er met gedestilleerd water zò uit kunt spoelen. Het zijn dus puur zoutresten uit het voedingsmedium.

In de DNA-moleculen zelf heeft ze met vloeistofchromatografie en massaspectrometrie nog geen tiende procent arseen kunnen aantreffen. Ze kan niet uitsluiten dat de bacterie heel nu en dan per ongeluk arseen inbouwt in een nucleotide in plaats van fosfor, en dat hij daar minder hinder van ondervindt dan het gemiddelde organisme. Chemisch gezien lijken die elementen immers sterk op elkaar. Maar van structurele, doelgerichte vervanging is zeker geen sprake.

Trouwens, de bacteriekweekjes bleken prima te groeien als er geen arsenaat in de voeding zat, maar niet wanneer je er alle fosfaat uit liet. Volgens Redfield zou zo’n bacterie ook wel gek zijn om op arseen over te schakelen als er per saldo nog altijd meer fosfor in zijn water zit, hetgeen in dat meer in Californië het geval schijnt te zijn.

De reactie van Wolfe-Simon is nog niet bekend.

bron: Nu.nl, arxiv.org

(C2W.nl)

hoewel mijn eerste reactie is om op nasa te zeiken, kan ik eigenlijk alleen maar blij worden van een bericht als dit. altijd mooi om het zelfreinigend vermogen van wetenschap aan het werk te zien!

04-10-2012

Waarom de arceenbacterie niet bestaat

Eiwit ontdekt dat fosfaat van arsenaat kan onderscheiden

Dankzij een kromme waterstofbrug zijn bacteriën prima in staat om fosfaten te onderscheiden van arsenaten. En daarmee is het laatste argument voor het bestaan van een ‘arseenbacterie’ van tafel, suggereren Israëlische onderzoekers in Nature.



Tot nu toe snapte niemand dat een bacterie dat verschil kon zien. Fosfor- en arseenionen zijn immers vrijwel even groot en vormen gelijksoortige chemische verbindingen. Vandaar dat het voor de hand lag dat bacteriën in arseenrijke omgevingen uiteindelijk een manier zouden vinden om het onderscheid niet meer te hoeven maken.

Maar Mikael Elias, Dan Tawfik en collega’s van het Weizmann-instituut in Rehovot laten nu zien dat de periplasmische eiwitten (PBP’s) waarmee bacteriën fosfaten uit de omgeving binden, het onderscheid zonder moeite kunnen maken. Die eiwitten omsluiten zo’n fosfaat, waarbij ze het rondom vasthouden met een stuk of 12 waterstofbruggen. En belangrijk daarbij is dat ze het niet als PO43- binden maar als HPO42-.

Als ze proberen arsenaat te binden, dan willen ze dat dus ook doen in de vorm van HAsO42-. Maar doordat de arseenkern 4 procent groter is, zit die waterstof onder een net iets andere hoek aan het arsenaat vast dan aan fosfaat. Het maakt volgens de auteurs maar 13 graden uit, maar dat is voldoende om een van de waterstofbruggen tussen arsenaat en eiwit te laten wringen. Hierdoor valt het hele krachtenspel tussen die twee aan duigen.

De auteurs hebben het met een vijftal bacteriële PBP’s uitgeprobeerd, waaronder twee uit de GFAJ-1-stam die vorig jaar uit een arseenrijk meer werd gevist en daarna kortstondige faam genoot als ‘arseenbacterie’. Allemaal bleken ze minstens 500 keer liever fosfaat te binden dan arsenaat. Bij een van de GFAJ-1 eiwitten was het verschil zelfs een factor 4.500, wat voor het eerst écht goed verklaart hoe die soort in een arseenrijke omgeving kan overleven.

De verhoogde selectiviteit blijkt overigens te liggen aan één asparaginezuur-residu op een cruciale plek in de eiwitketen. Met andere woorden: er was maar één mutatie nodig voor de vereiste handigheid om schaars fosfaat selectief uit het water te vissen. Niet voor niets blijkt het gen voor dit eiwit extra tot expressie te komen wanneer je de bacterie in een fosfaatarme omgeving kweekt.

bron: Nature, C&EN

(c2w.nl)

quote:

Op vrijdag 5 oktober 2012 09:40 schreef ExperimentalFrentalMental het volgende:
04-10-2012

Waarom de arceenbacterie niet bestaat

Is die flop nog ergens goed voor geweest.

Best grappig. Blijkt dus achteraf dat de bacterie waarvan men claimde dat hij arseen inbouwde, juist specifiek is aangepast om dat niet te doen.