Waar bevindt zich het bouwplan van de mens?

quote:

Op zondag 14 december 2008 20:25 schreef RRGJL het volgende:

[..]

Wat ik zo gek daar aan vind is dat we dan nog steeds niet echt duidelijk hebben hoe dat dan gestuurd wordt. Wie zegt die cel dan hoeveel er van een bepaalde chemische stof uitgezonden moet worden? Cellen kunnen toch niet denken? Het proces moet toch op de een of andere manier gestuurd worden?

dat gebeurt heel simpel: positieve en negatieve feedback loops. eiwit word aangemaakt, er vind een reactie plaats in het lichaam, er ontstaan een ander stofje, die weer interacteert met bepaalde regulatie mechanismen in het DNA DNA, waardoor het proces van het aanmaken van het eiwit word aangepast. Zo is glucose een trigger om insuline te maken, en als er te weinig glucose is, stopt het. Dat soort automatisch regulerende systemen zie je heel veel. Ik zou zeggen, neem een kijkje naar de citroenzuurcylus, en welke genen de vershillende tussenproducten reguleren.

hier vind je een linkje om je wat complexiteit ervan weer te geven (bezoek ook de site die er in staat):
www.platformgentechnologie.nl/genetech/maatschappelijk_debat/De%20complexiteit%20van%20genen.doc

quote:

Op zondag 14 december 2008 21:16 schreef Bensel het volgende:

[..]

dat gebeurt heel simpel: positieve en negatieve feedback loops. eiwit word aangemaakt, er vind een reactie plaats in het lichaam, er ontstaan een ander stofje, die weer interacteert met bepaalde regulatie mechanismen in het DNA DNA, waardoor het proces van het aanmaken van het eiwit word aangepast. Zo is glucose een trigger om insuline te maken, en als er te weinig glucose is, stopt het. Dat soort automatisch regulerende systemen zie je heel veel. Ik zou zeggen, neem een kijkje naar de citroenzuurcylus, en welke genen de vershillende tussenproducten reguleren.

hier vind je een linkje om je wat complexiteit ervan weer te geven (bezoek ook de site die er in staat):
www.platformgentechnologie.nl/genetech/maatschappelijk_debat/De%20complexiteit%20van%20genen.doc

Wat je zegt klopt gedeeltelijk. Simpel is het alleszins niet. Hoewel de systemen die je beschrijft wel bestaan, zijn ze bij lange na niet toereikend om de bouw van een complex organisme zoals de mens te verklaren. Als je echt wil weten waar het bouwplan van de mens zit zou ik me maar eens gaan verdiepen in Introns en exons. Maar een klein deel van ons DNA (10%) wordt daadwerkelijk door RNA getranscripteerd om voor proteďnen te coderen. De rest van het DNA wordt simpelweg weggeknipt, en tot voor kort dacht men dat daar niks meer mee wordt gedaan. De coderende sequenties noemt men exons, en de niet coderende sequenties noemt men introns. Men zou verwachten dat bij toenemende complexiteit van organismen, de hoeveelheid coderend DNA (introns) toeneem. Nou is echter gebleken dat daar totaal geen verband tussen blijkt te bestaan. Er blijkt echter wel een min of meer recht evenredig verband te bestaan tussen complexiteit en de hoeveelheid exons (weggeknipt DNA). Nu blijken er bepaalde systemen in cellen te bestaan die door te selecteren welke exons worden weggeknipt een stukje DNA op verscheidene manieren tot expressie te kunnen brengen. De exons blijken in staat zich na wegknippen weer terug op hun plaats te komen. Het lijkt er op dat de introns, die coderen voor proteďnen, enkel de bouwstenen vormen en dat het juist de exons zijn die het bouwplan vormen. Opvallend is ook dat 99% van die bouwsteen coderende sequenties in alle dieren worden teruggevonden en dat de grootste variatie juist bestaat op het gebied van exons.

Dit zijn allemaal dingen waar nog enorm veel onzekerheid over bestaat maar de wetenschappelijke wereld is erg hoopvol dat dit de volgende stap is bij het ontsluieren van het mysterie van het leven.

quote:

Op maandag 15 december 2008 20:10 schreef VinceVega het volgende:
Hoewel de systemen die je beschrijft wel bestaan, zijn ze bij lange na niet toereikend om de bouw van een complex organisme zoals de mens te verklaren. Als je

Niet alléén de systemen die hij beschrijft, maar alle systemen worden geregeld en dat valt prima
te verklaren. Dit is zo'n topic waarin leek tegen leek gaat bekvechten om de meeste kennis, terwijl
er voor elke doorgewinterde fysioloog niets mysterieus aan is.

En ik neem aan dat jij dan zo'n doorgewinterde fysioloog bent? Niets mysterieus aan??! Lees eens een wetenschappelijk artikel, doorgewinterde randdebiel...

quote:

Op maandag 15 december 2008 20:31 schreef VinceVega het volgende:
En ik neem aan dat jij dan zo'n doorgewinterde fysioloog bent? Niets mysterieus aan??! Lees eens een wetenschappelijk artikel, doorgewinterde randdebiel...

Wat lief

Onze newbie voelt zich aangesproken door leek.

quote:

Op vrijdag 12 december 2008 22:54 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Mijn vraag is waar het bouwplan van de mens is opgeslagen, in het DNA?

Dat de mens uiterst gecompliceerd is opgebouwd zal waarschijnlijk niemand ontkennen.
Naar ik heb begrepen, maar ik ben geen kenner op dat terrein, bevat het DNA de codes voor de opbouw van eiwitten, maar eiwitten zijn toch alleen maar bouwstenen, en daarmee heb je toch nog geen gecompliceerd bouwwerk opgericht?
Waar is dan het bouwplan, liefst ook nog 3 dimensionaal, want de mens is 3 dimensionaal.

Zijn er kenners?

Waar het bouwplan is? Zit gecodeerd in het DNA! En inderdaad is dat 1-dimensionaal.
En als dat bouwplan uitgevoerd wordt, door middel van de cel en haar onderdelen, met behulp van allerlei bouwstoffen die door de moeder aangevoerd worden, ontstaat een 3-dimensionale mens.
Het ontgaat me waarom je het vreemd vindt dat een 1-dimensionale code iets 3-dimensionaals voortbrengt. Computerprogramma's zijn ook 1-dimensionaal, zelfs al zitten er sprongen en loops in. En daaruit komen zelfs 4-dimensionale dingen voort, zoals weersvoorspellingen gedurende een bepaalde periode.
Zoals iemand al eerder opmerkte: een bouwtekening is 2-dimensionaal. Een stappenplan is 1-dimensionaal. En toch komen daar meer-dimensionale zaken uit voort. Niks bijzonders.
Andersom kan ook: een printer spuugt een vel papier uit. Een mens schrijft een recept of een script of een instructie.

Dat is een andere vraag dan de vraag die nu behandeld wordt: hoe werkt dat precies, de ontwikkeling van bevruchte eicel tot mens, van een enkele, ongeveer ronde cel, tot een aardappelvormige mens met allerlei rare uitstulpsels.

Voor de geinteresseerden
http://www.ece.tamu.edu/~(...)08/Mattick_SciAm.pdf

Daar staat in wat ik hierboven kort geprobeerd heb uit te leggen.

quote:

Op zaterdag 13 december 2008 17:13 schreef sungaMsunitraM het volgende:

[..]

Ik snap best dat er nog vragen open blijven.
Hoe b.v. het 'recept' voor leverweefsel in het DNA zit, oké, maar hoe weet het lichaam nou waar in het lichaam die lever moet zitten, en waar 'ie weer ophoudt etc.

Als ik wat er in dit topic is gepost tot nu toe goed begrijp (wat maar zó niet het geval zou kunnen zijn) , bevat het DNA in élke cel het complete 'bouwplan', en krijgt álle DNA via die 'feedbackloops' zoals Bensel dat noemt, de modificaties 'te horen'.
Dus álle DNA weet op elk moment, wáár er nog wát moet gebeuren. En weet dus ook wanneer de klus geklaard is. "Ah, de lever is opgeleverd."

Maar ga dit niet op verjaarspartijtjes roepen, want voor hetzelfde geld lul ik nu enorm uit m'n nek.

hoe een mens er uit ziet, inelkaar zit, werkt wordt vrijwel volledig door je DNA bepaald. Het feit dat TS zich niet voor kan stellen dat het zo werkt doet daar verder niks aan af. Als TS e.e.a. wil bnegrijpen zal hij zich daar in moeten verdiepen en als moeilijke woorden hem afschrikken moet hij zich daar maar eens overheen zetten. Het is allemaal niet reuze complex maar je moet er wel wat energie in willen steken natuurlijk.

quote:

Op donderdag 18 december 2008 13:37 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik geloof toch wel dat ik een serieus probleem aan de orde stel.

Ik heb eens een boek van Richard Dawkins ingekeken en ook hij geeft toe dat van de genetica van de ontwikkeling van de mens uit een bevruchte eicel nog maar erg weinig bekend is. Hij komt niet verder dan een paar heel algemene vergelijkingen, zoals een vergelijking met het bakken van een cake. Nu is een mens in de verste verte niet te vergelijken met een gebakken cake.
Het is bewonderenswaardig hoeveel men over de biochemische processen in de cel, ook in verband met het DNA, weet, maar dat zijn toch allemaal interne cellulaire processen. Hoe weet elke cel in de mens nu precies van hem verwacht wordt? Ze hebben toch allemaal hetzelfde DNA?
En zoals ik al aangetoond heb kan een cel zijn genetische omgeving alleen op bolsymmetrische wijze beďnvloeden wat geen richting aan ruimtelijke structuren kan geven.

Ik zie dus een groot probleem.

Hoe en waar heb je dat aangetoond?

quote:

Op vrijdag 12 december 2008 23:17 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

Volgens mij is de code in het DNA in 1 dimensionale vorm opgeslagen, en daar gaat het om.

Kan een taart niet 3D zijn omdat het recept '1 dimensionaal' is (een lijstje ingrediënten)?

quote:

Op dinsdag 16 december 2008 15:54 schreef Gert het volgende:

[..]

Als ik wat er in dit topic is gepost tot nu toe goed begrijp (wat maar zó niet het geval zou kunnen zijn) , bevat het DNA in élke cel het complete 'bouwplan', en krijgt álle DNA via die 'feedbackloops' zoals Bensel dat noemt, de modificaties 'te horen'.
Dus álle DNA weet op elk moment, wáár er nog wát moet gebeuren. En weet dus ook wanneer de klus geklaard is. "Ah, de lever is opgeleverd."

Maar ga dit niet op verjaarspartijtjes roepen, want voor hetzelfde geld lul ik nu enorm uit m'n nek.

Nee, dat zou ik niet op een verjaardagspartijtje roepen!
Ik ben ook geen embryoloog, dus hoe het allemaal precies gaat, weet ik ook niet. Maar ik kan wel zien dat je een vreemde denkfout maakt.
Het DNA in elke cel bevat het volledige bouwplan, maar het is niet zo dat de modificaties naar ŕl het DNA gestuurd worden.
Dus (voorzover je überhaupt kunt zeggen dat het DNA iets weet) niet ŕl het DNA weet van ŕlle acties af. Dat is ook nergens voor nodig.
Vergelijk het met een groeiend bedrijf: eerst weet de oprichter alles en doet hij alles. Vervolgens heeft hij een secretaresse nodig, die de brieven tikt en opbergt en zijn afspraken maakt, dan komt er een medewerker van de administratie bij, en iemand die goed kan inkopen of verkopen. Dan een koffiejuffrouw en een monteur. Een personeelsfunctionaris. Een portier en/of bewaker, een receptioniste. Een BHV'er. Etc etc.
Zelfs als al die mensen een handboek krijgen waar de bedrijfsfilosofie in beschreven staat, hoeven ze dat nog niet allemaal helemaal te lezen. Uiteindelijk weet zelfs de oprichter/eigenaar/directeur niet meer alles. Hij kan bijvoorbeeld de poetsdoeken en balpennen en het printerpapier niet vinden.
Daat geeft ook helemaal niet: zolang iedereen zich maar bezig houdt met zijn of haar eigen werk, loopt alles soepel.
Cellen in het lichaam specialiseren zich gaandeweg en hebben elkaar niks meer te vertellen. Dat is ook een van de grote problemen van klonen: van een levercel kun je geen voetcel meer maken.

quote:

Op donderdag 18 december 2008 13:37 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Ik geloof toch wel dat ik een serieus probleem aan de orde stel.

Inderdaad.
Ik zou embryologie gaan studeren, als ik jouw was.

quote:

En zoals ik al aangetoond heb kan een cel zijn genetische omgeving alleen op bolsymmetrische wijze beďnvloeden wat geen richting aan ruimtelijke structuren kan geven.

Aangetoond?

[ Bericht 6% gewijzigd door Kees22 op 19-12-2008 10:52:08 (Spelfout :@) ]

quote:

Op maandag 15 december 2008 20:10 schreef VinceVega het volgende:

[..]

Wat je zegt klopt gedeeltelijk. Simpel is het alleszins niet. Hoewel de systemen die je beschrijft wel bestaan, zijn ze bij lange na niet toereikend om de bouw van een complex organisme zoals de mens te verklaren. Als je echt wil weten waar het bouwplan van de mens zit zou ik me maar eens gaan verdiepen in Introns en exons. Maar een klein deel van ons DNA (10%) wordt daadwerkelijk door RNA getranscripteerd om voor proteďnen te coderen. De rest van het DNA wordt simpelweg weggeknipt, en tot voor kort dacht men dat daar niks meer mee wordt gedaan. De coderende sequenties noemt men exons, en de niet coderende sequenties noemt men introns. Men zou verwachten dat bij toenemende complexiteit van organismen, de hoeveelheid coderend DNA (introns) toeneem. Nou is echter gebleken dat daar totaal geen verband tussen blijkt te bestaan. Er blijkt echter wel een min of meer recht evenredig verband te bestaan tussen complexiteit en de hoeveelheid exons (weggeknipt DNA). Nu blijken er bepaalde systemen in cellen te bestaan die door te selecteren welke exons worden weggeknipt een stukje DNA op verscheidene manieren tot expressie te kunnen brengen. De exons blijken in staat zich na wegknippen weer terug op hun plaats te komen. Het lijkt er op dat de introns, die coderen voor proteďnen, enkel de bouwstenen vormen en dat het juist de exons zijn die het bouwplan vormen. Opvallend is ook dat 99% van die bouwsteen coderende sequenties in alle dieren worden teruggevonden en dat de grootste variatie juist bestaat op het gebied van exons.

Dit zijn allemaal dingen waar nog enorm veel onzekerheid over bestaat maar de wetenschappelijke wereld is erg hoopvol dat dit de volgende stap is bij het ontsluieren van het mysterie van het leven.

Ik kan The plausibility of life van Kirschner en Gerhart wel aanraden. Valt eigenlijk meer in de categorie evo devo en dan met name een nieuwe synthese die o.a. het gemak waarmee enkelvoudige mutaties vrij grote morfologische gevolgen kunnen hebben verklaard, maar het is ook interessant in de context van dit topic. Er zijn grofweg 35 'relatief vaststaande' bouwplannen voor dieren, corresponderend met stammen / phyla. Dit zijn eigenlijk hele grove tekeningen. Organismen kennen geen plannen op het niveau van 'hier moet een bloedvaatje komen, daar wat bot, daar nog weer een stukje ander weefsel enz. Dat soort processen werken meer op een verkennende manier d.w.z. onder de juiste omgevingsinvloeden groeien ze een bepaalde kant op. Op die manier kan relatief makkelijk een 'nieuw ledemaat' ontstaan b.v.

quote:

Op donderdag 18 december 2008 13:37 schreef kleinduimpje3 het volgende:
Hoe weet elke cel in de mens nu precies van hem verwacht wordt? Ze hebben toch allemaal hetzelfde DNA?

DNA alleen is niet voldoende, je hebt ook een organisme nodig om het DNA te lezen en er iets mee te doen. De standaard cel kan alleen zichzelf repliceren, mogelijk leest het een klein gedeelte van het aanwezig DNA dat betrekking heeft op zichzelf hiervoor, dat is 1 mogelijke verklaring. Zodoende kan je verschillende cellen hebben die elk iets anders doet met het aanwezige DNA, net zoals verschillende mensen op verschillende partijen stemmen, ook al hebben ze hetzelfde stem biljet.

Voor de ontdekking van de werking van DNA was dit principe al ontwikkeld om de eerste moderne computers te maken. http://nl.wikipedia.org/wiki/Von_Neumann-cyclus

quote:

Op donderdag 18 december 2008 13:37 schreef kleinduimpje3 het volgende:
En zoals ik al aangetoond heb kan een cel zijn genetische omgeving alleen op bolsymmetrische wijze beďnvloeden wat geen richting aan ruimtelijke structuren kan geven.

Nooit de Matrix gezien? Informatie is informatie, en met de juiste programmering is bijna alles mogelijk en is alleen de hardware een probleem. De daadwerkelijke programmering van DNA is het resultaat van miljarden jaren van evolutie en behalve dat het werkt is dat het enige dat ik er over kan zeggen.

quote:

Op vrijdag 19 december 2008 18:00 schreef kleinduimpje3 het volgende:

[..]

In een vorige post:
[..]

Ik ben bang dat je daar bar weinig mee aan toont...