COR Corona COVID-19 forum
Alles over het corona / COVID-19 virus.
Inmiddels maken we zorgen over de 'Engelse' strain, de 'Zuid-Arikaanse' strain, en de 'Braziliaanse' strain.
De vaccines lijken goed te werken tegen de eerste twee, maar dat is bij de Braziliaanse strain nog niet duidelijk. In Manaus, Amazonas, Brazilie schatte men een aantal maanden geleden dat >75% van de bevolking antilichamen had, wat had moeten leiden tot groepsimmuniteit. Echter, de ziekenhuizen lopen weer over daar, erger dan tijdens de eerste golf.
Overzicht vele varianten
De UK heeft per vrijdag 15/1 een inreisverbod ingesteld voor reizigers uit Zuid-Amerika, Zuid-Afrika en Portugal (vanwege de sterke band met Brazilie).
Hier twee blog posts van Derek Lowe over de nieuwe strains: nieuwe mutaties en vaccins, nieuwe mutaties (uit december)
Aantal nieuwe hospitalisaties per dag 15/01 in de UK (7-daagse gemiddelde, grijs = lockdown):
Situatie in zuidelijk Afrika 15/01, 7-daagse gemiddelde besmettingen. Relatief valt het aantal besmettingen in de meeste landen nog mee, maar testen wordt lang niet zo veel gedaan als in Europa.
En de situatie in Brazilie 15/01. Manaus ligt in Amazonas, Mato Grosso is een buurstaat. Rio er als vergelijking met een staat ver weg bijgedaan.
[ Bericht 53% gewijzigd door George_of_the_Jungle op 15-01-2021 16:00:10 ]
De vaccines lijken goed te werken tegen de eerste twee, maar dat is bij de Braziliaanse strain nog niet duidelijk. In Manaus, Amazonas, Brazilie schatte men een aantal maanden geleden dat >75% van de bevolking antilichamen had, wat had moeten leiden tot groepsimmuniteit. Echter, de ziekenhuizen lopen weer over daar, erger dan tijdens de eerste golf.
Overzicht vele varianten
De UK heeft per vrijdag 15/1 een inreisverbod ingesteld voor reizigers uit Zuid-Amerika, Zuid-Afrika en Portugal (vanwege de sterke band met Brazilie).
Hier twee blog posts van Derek Lowe over de nieuwe strains: nieuwe mutaties en vaccins, nieuwe mutaties (uit december)
Aantal nieuwe hospitalisaties per dag 15/01 in de UK (7-daagse gemiddelde, grijs = lockdown):
Situatie in zuidelijk Afrika 15/01, 7-daagse gemiddelde besmettingen. Relatief valt het aantal besmettingen in de meeste landen nog mee, maar testen wordt lang niet zo veel gedaan als in Europa.
En de situatie in Brazilie 15/01. Manaus ligt in Amazonas, Mato Grosso is een buurstaat. Rio er als vergelijking met een staat ver weg bijgedaan.
[ Bericht 53% gewijzigd door George_of_the_Jungle op 15-01-2021 16:00:10 ]
https://indiaeducationdia(...)ion-and-reinfection/quote:University of São Paulo: Coronavirus variant identified in Manaus has more potential for transmission and reinfection.
A new strain was present in 42% of infected patients tested in the city and was also detected in Japan, suggesting that the virus variant was taken by travelers from Amazonas
Vinden jullie het ook zo opvallend dat de grote mutaties plaatsvinden in landen waar op grote schaal geëxperimenteerd is met het vaccin?
In Amerika, India, Midden-Oosten, Indonesie zijn ook grote trials gehouden.quote:Op vrijdag 15 januari 2021 18:59 schreef Mortaxx het volgende:
Vinden jullie het ook zo opvallend dat de grote mutaties plaatsvinden in landen waar op grote schaal geëxperimenteerd is met het vaccin?
Het is op zich niet verwonderlijk dat ze opduiken.
Een mutatie die het virus minder besmettelijk maakt heeft een veel grotere kans om snel uit te doven.
Een mutatie die het virus slechts een beetje besmettelijker maakt heeft ook veel geluk nodig om zich te verspreiden en zal meer afhankelijk zijn van mass-spread events. Dan zie je zoiets plaatselijk opduiken, maar dan niet snel of veel toenemen.
Een mutatie die een stuk besmettelijker is heeft een veel grotere kans om toe nemen, en is daarbij ook minder afhankelijk van chance events (minder afhankelijk stochasticity). Dat soort mutaties nemen ook gelijkmatiger, en sneller toe.
De kans dat zo'n mutatie ontstaat berust voor een groot deel op toeval. Maar er zijn nu zoveel mensen wereldwijd besmet dat de kans dat zo'n mutatie in iemand ontstaat vrij groot is. Elke mutatie ontstaat in een persoon, en dan moet die persoon wel iemand anders besmetten. Die kans is groter als de mutatie iemand besmettelijker maakt (hogere viral load) of die het viral besmettelijker maakt (beter infecteren cellen van de host).
Is een mutatie alleen maar dodelijker, dan hoeft dat niet de besmettelijkheid te beinvloeden, sterker nog, het is waarschijnlijk dat zo iemand sneller erger ziek wordt en zich dus sneller zal isoleren, waardoor de tijd dat zo iemand anderen kan besmetten verkort wordt.
Alles bij elkaar genomen is er op dit moment wereldwijd een behoorlijke selectie op het virus om besmettelijker te worden.
Ook de selectie op het virus om toch werkzaam te zijn ondanks bestaande antistoffen neemt toe, niet alleen omdat er trials zijn geweest met vaccins (tienduidezenden tot ongeveer 100.000 mensen), maar vooral omdat meer en meer mensen natuurlijke antistoffen hebben (dat zullen meer dan 100 miljoen mensen zijn inmiddels). Vooral in zo'n gebied als Manaus, waar in principe herd immunity was.
Maar de 10.000 gevaccineerde mensen in de UK (voor december), en de 10.000 in ZA zullen daar denk ik weinig aan toegevoegd hebben.
Is dit echt zo of zijn dit toevalligerwijs ook de landen waar het meeste genetische onderzoek gedaan wordt naar mutaties/stammen?quote:
Vinden jullie het ook zo opvallend dat de grote mutaties plaatsvinden in landen waar op grote schaal geëxperimenteerd is met het vaccin?
Laatste twee dagen een (kleine) stijging in Denemarken. Als ik naar de afzonderlijke regio's kijk ging de afname langzamer en langzamer de afgelopen dagen, behalve in de hoofdstad wat het merendeel cases is. Vier dagen terug was er kleine toename in alle regio's. Het lijkt erop dat de cijfers voor het einde van januari nog wel beginnen te stijgen in Denemarken. Ik denk dat dat komende week al wel het geval kan zijn.quote:Op dinsdag 12 januari 2021 16:32 schreef pussycatdoll het volgende:
[..]
https://nyheder.tv2.dk/ud(...)mer-de-foerst-senere
"Herhjemme forventer eksperter faldende smittetal de næste uger, men til gengæld stigende smittetal fra slutningen af januar eller starten af februar."
"In Denemarken verwachten experts afnemende infectiecijfers in de komende weken, maar in ruil daarvoor stijgende infectiecijfers vanaf eind januari of begin februari." (Google Translate)
(Herhjemme = hier thuis vervangen door "In Denemarken").
Ja.quote:
Vinden jullie het ook zo opvallend dat de grote mutaties plaatsvinden in landen waar op grote schaal geëxperimenteerd is met het vaccin?
Plus de alarmerende situatie opeens in de UK kort nadat ze als enige ter wereld begin december op grote schaal begonnen te vaccineren.
Maar het patroon dat het misging was al zichtbaar eind november, voordat men begon met vaccineren. Toen boog een daling om in een stijging in Zuid-Oost Engeland, tijdens een lockdown.quote:
[..]
Ja.
Plus de alarmerende situatie opeens in de UK kort nadat ze als enige ter wereld begin december op grote schaal begonnen te vaccineren.
Britse variant nu 200 keer vastgesteld in Nederland, link met Engeland ontbreekt vaak.
https://www.ad.nl/binnenl(...)reekt-vaak~abe921b7/
Hopelijk kijken ze of er met een ander land een verband is.
https://www.ad.nl/binnenl(...)reekt-vaak~abe921b7/
Hopelijk kijken ze of er met een ander land een verband is.
Wat maakt het nog uit. Dit heeft alles weg van een autonome verspreiding in Nederlandquote:
Britse variant nu 200 keer vastgesteld in Nederland, link met Engeland ontbreekt vaak.
https://www.ad.nl/binnenl(...)reekt-vaak~abe921b7/
Hopelijk kijken ze of er met een ander land een verband is.
Klopt, maar de trials waren eerder.quote:
Maar het patroon dat het misging was al zichtbaar eind november, voordat men begon met vaccineren. Toen boog een daling om in een stijging in Zuid-Oost Engeland, tijdens een lockdown.
Nooit werden dergelijke extreme mutaties gezien behalve in landen waar grootscheepse vaccin trials waren waaraan tienduizenden mensen deelnamen, en vervolgens is er een bijna verticale besmettingscurve kort nadat is aangevangen met vaccineren in de UK en Ierland.
Het klinkt nogal BNW, maar wanneer iemand vraagt vinden jullie het ook opvallend, dan is mijn antwoord ja.
Ik zie eerder een verband met landen waar enorm veel vlees wordt verorberd, dat geldt zowel voor Argentinië, Brazilië en Ierland. Denemarken heeft bijgedragen met de zeer grote nertsenpopulatie in dat land. Finland heeft opvallend weinig sterfgevallen, daar wordt voornamelijk vis gegeten.quote:
[..]
Klopt, maar de trials waren eerder.
Nooit werden dergelijke extreme mutaties gezien behalve in landen waar grootscheepse vaccin trials waren waaraan tienduizenden mensen deelnamen, en vervolgens is er een bijna verticale besmettingscurve kort nadat is aangevangen met vaccineren in de UK en Ierland.
Het klinkt nogal BNW, maar wanneer iemand vraagt vinden jullie het ook opvallend, dan is mijn antwoord ja.
Vergeet de mutatie onder nertsen in Denemarken niet. En volgens mij was Ierland niet betrokken bij de trials, of in ieder geval niet veel mensen. Ik vind het wel opmerkelijk dat de mutaties die besmettelijker zijn allemaal in landen lijken te zijn ontstaan waar trials waren. Maar de evolutionaire druk van de trials zou niet heel groot moeten zijn. Het aantal deelnemer is toch vrij beperkt tov het totaal aantal mensen wat geinfecteerd is geraakt. En er zijn ook trials geweest in landen waar niet dergelijke mutaties zijn opgedoken.quote:
[..]
Klopt, maar de trials waren eerder.
Nooit werden dergelijke extreme mutaties gezien behalve in landen waar grootscheepse vaccin trials waren waaraan tienduizenden mensen deelnamen, en vervolgens is er een bijna verticale besmettingscurve kort nadat is aangevangen met vaccineren in de UK en Ierland.
Het klinkt nogal BNW, maar wanneer iemand vraagt vinden jullie het ook opvallend, dan is mijn antwoord ja.
Maar zoals jullie zeggen, het is wel opmerkelijk, maar correlatie wilt niet betekenen causatie. Time will tell.
Argentinie, VS, Australie? Daar eet men ook wel een stukje vlees.quote:
[..]
Ik zie eerder een verband met landen waar enorm veel vlees wordt verorberd, dat geldt zowel voor Argentinië, Brazilië en Ierland. Denemarken heeft bijgedragen met de zeer grote nertsenpopulatie in dat land. Finland heeft opvallend weinig sterfgevallen, daar wordt voornamelijk vis gegeten.
Van de fp: https://frontpage.fok.nl/nieuws/841993/1/1/50/britse-variant-200-keer-vastgesteld-in-nederland.html
Vrij summier:
Vrij summier:
Ik hoop dat men wel een idee krijgt hoeveel het rondwaart en hoe ssnel het toeneemt. Op basis van deze info is dat niet te doen, maar er zal wel meer info komen de komende dagen neem ik aan.quote:In Nederland is de nieuwe Britse variant van het coronavirus al meer dan 200 keer vastgesteld.
Het RIVM bevestigde dit na vragen van het Algemeen Dagblad. Vorige week was dit aantal besmettingen nog minder dan 100. Bij veel besmettingen ontbreekt een link naar Engeland, waardoor men vreest dat de werkelijke verspreiding in Nederland groter is.
De mutatie van het virus, die het eerst in het Verenigd Koninkrijk werd vastgesteld, wordt breed gevreesd omdat het een beduidend besmettelijkere variant lijkt te zijn
Dat laatste is inderdaad mogelijk wel een punt. Normaal zie je na een lockdown pas een afvlakking van besmettingen na bijna 2 weken, en een afname in ziekenhuisopnames nog iets later. Maar een week na de lockdown in de UK begon de groei in de ziekenhuis al af te nemen. Het aantal nieuwe opnames afgelopen twee dagen is ongeveer hetzelfde als vorige week, wat toen 3-4 dagen na het begin van de lockdown was (in de tussentijd zijn er wel een paar dagen met meer opnames geweest).
Op 4 januari lagen er ongeveer 26.000 mensen in het ziekenhuis in de UK, op 11 januar 32.000, maar dat is nu net onder 33.000, dus een veel lagere toename.
Op de radio werd gezegd dat de R wordt wel nog op 1.2-1.3 wordt geschat, ondanks dat het aantal vastgestelde besmettingen deze week een stuk lager was dan vorige week (hoog in de 40-duizend ipv hoog in de 50-duizend per dag). Misschien bedoelde men de R van 2 weken geleden.
Maar vergelijkbare patronen vindt men in Zuid Afrika en Brazilie, en toevallig vindt men daar ook strains met mutaties op de spikes. Het geeft maar weer eens aan hoe veel we moeten weten om ergens een redelijke zekerheid over te hebben.
Op 4 januari lagen er ongeveer 26.000 mensen in het ziekenhuis in de UK, op 11 januar 32.000, maar dat is nu net onder 33.000, dus een veel lagere toename.
Op de radio werd gezegd dat de R wordt wel nog op 1.2-1.3 wordt geschat, ondanks dat het aantal vastgestelde besmettingen deze week een stuk lager was dan vorige week (hoog in de 40-duizend ipv hoog in de 50-duizend per dag). Misschien bedoelde men de R van 2 weken geleden.
Maar vergelijkbare patronen vindt men in Zuid Afrika en Brazilie, en toevallig vindt men daar ook strains met mutaties op de spikes. Het geeft maar weer eens aan hoe veel we moeten weten om ergens een redelijke zekerheid over te hebben.
Zo snel als het in Ierland toenam, zo snel neemt het ook weer af, en dat begon iets meer dan een week na het aankondigen van een lockdown.
Alsof er een bom is afgegaan ipv een virus.
Alsof er een bom is afgegaan ipv een virus.
Je zou toch juist daar verwachten dat het mis zou blijven gaan.quote:
Zo snel als het in Ierland toenam, zo snel neemt het ook weer af, en dat begon iets meer dan een week na het aankondigen van een lockdown.
Alsof er een bom is afgegaan ipv een virus.
[ afbeelding ]
En overigens al helemaal in het land van oorsprong zelf. Valt toch tegen. Of mee.
I'll give you something to do
Ja ik heb me regelmatig afgevraagd of er geen sprake was van confounding factoren aangezien de stijging plaatsvinden in tijden waar veel gedaan wordt op het gebied van Kerstmis en Oud&nieuw.quote:
Zo snel als het in Ierland toenam, zo snel neemt het ook weer af, en dat begon iets meer dan een week na het aankondigen van een lockdown.
Alsof er een bom is afgegaan ipv een virus.
[ afbeelding ]
Er wordt nu toch ook gezegd dat het waarschijnlijk ligt aan kerst / oud en nieuw , en helemaal niet aan die nieuwe variant.quote:
Zo snel als het in Ierland toenam, zo snel neemt het ook weer af, en dat begon iets meer dan een week na het aankondigen van een lockdown.
Alsof er een bom is afgegaan ipv een virus.
[ afbeelding ]
Zou het OMT uberhaupt zelf weten naar hoeveel besmettingen ze per dag willen gaan met een avondklok in zeg 2-3 weken?quote:
Hm
En dan zitten wij straks met een avondklok omdat het daar zo misging.
Ga-reat!
En als dat doel niet gehaald wordt, wordt dan de avondklok als niet effectief weer overboord gegooid? Oh nee wacht, dan ligt het weer aan de burger en bedenken we er gewoon nog weer een regel bij.
Nee, dan komt het argument weer van stal dat het zonder avondklok nog veel erger geweest was, en dus voldoende grondslag voor een mogelijke herhaling. We baseren immers al 10 maanden het beleid niet op aantoonbare feiten, maar puur op vermoedens.quote:
[..]
Zou het OMT uberhaupt zelf weten naar hoeveel besmettingen ze per dag willen gaan met een avondklok in zeg 2-3 weken?
En als dat doel niet gehaald wordt, wordt dan de avondklok als niet effectief weer overboord gegooid? Oh nee wacht, dan ligt het weer aan de burger en bedenken we er gewoon nog weer een regel bij.
De uil van Minerva spreidt zijn vleugels bij 't vallen van de avond.
Zorgelijk.quote:
Al wel te verwachten. Maar zo snel van 1 naar 12%.. poeh.
"People that use Fiat currency as a store of value.
There is a name for it:
We call them Poor"
There is a name for it:
We call them Poor"
Dit is de grafiek van Yorick, meteen daar onder (met weeknummer):quote:
[..]
Zorgelijk.
Al wel te verwachten. Maar zo snel van 1 naar 12%.. poeh.
Er kunnen inderdaad confounding factoren zijn (kerstinkopen net na een lockdown, kerst, O&N), maar feit blijft wel dat de Britse variant een mutatie is, en dat die snel en gestaag in aandeel is toegenomen. Dat duidt op hogere besmettelijkheid. Ook lijkt het samen te hangen met een hogere viral load, wat ook tot hogere besmettelijkheid zou leiden.
Het kan, door de confounding factoren, dat men die besmettelijkheid heeft overschat, wat goed nieuws zou zijn, maar dat wilt niet gelijk zeggen dat het niet besmettelijker is en men er geen zorgen om moet maken.
In Zuid-Afrika gebeurd hetzelfde, ook een snelle toename, maar nu toch weer een afname.
Beide varianten hebben de N501Y mutatie die tot hogere besmettelijkheid zou leiden.
De Braziliaanse variant heeft de N501Y mutatie en de 484K mutatie, die laatste lijkt ook bestaande antistoffen te kunnen ontwijken (of iig, die zijn mogelijk minder effectief).
Hier een paper gepubliceerd half december waar ze lieten zien dat het goed kan dat dergelijke mutaties ontstaan:
The VeeslerLab noemt ook dat dergelijke mutatie onder selectieve druk bijdraagt aan de evolutie van het virus:
Meer virus = meer mogelijkheiden tot mutaties.
+ meer druk door meer mensen met antistoffen = meer mutaties die zich ook succesvul zullen verspreiden.
Het kan, door de confounding factoren, dat men die besmettelijkheid heeft overschat, wat goed nieuws zou zijn, maar dat wilt niet gelijk zeggen dat het niet besmettelijker is en men er geen zorgen om moet maken.
In Zuid-Afrika gebeurd hetzelfde, ook een snelle toename, maar nu toch weer een afname.
Beide varianten hebben de N501Y mutatie die tot hogere besmettelijkheid zou leiden.
De Braziliaanse variant heeft de N501Y mutatie en de 484K mutatie, die laatste lijkt ook bestaande antistoffen te kunnen ontwijken (of iig, die zijn mogelijk minder effectief).
Hier een paper gepubliceerd half december waar ze lieten zien dat het goed kan dat dergelijke mutaties ontstaan:
En hier een paper, ook uit december, wat laat zien dat antistoffen tegen NL229E (een coronavirus wat bij mensen voorkomt en normaliter een lichte verkoudheid veroorzaakt) die afkomstig zijn uit samples, minder effectief zijn in het neutraliseren van het NL229E virus van serum samples met het virus van 8-17 jaar later en ze adviseren 'to periodically update SARS-CoV-2 vaccines'.quote:Using a recombinant chimeric VSV/SARS-CoV-2 reporter virus, we show that functional SARS-CoV-2 S protein variants with mutations in the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain that confer resistance to monoclonal antibodies or convalescent plasma can be readily selected. Notably, SARS-CoV-2 S variants that resist commonly elicited neutralizing antibodies are now present at low frequencies in circulating SARS-CoV-2 populations.
The VeeslerLab noemt ook dat dergelijke mutatie onder selectieve druk bijdraagt aan de evolutie van het virus:
Meer virus = meer mogelijkheiden tot mutaties.
+ meer druk door meer mensen met antistoffen = meer mutaties die zich ook succesvul zullen verspreiden.
Cross post vanuit peer-reviewed topicquote:Increased infections, but not viral burden, with a new SARS-CoV-2 variant
Background A new variant of SARS-CoV-2, B.1.1.7/VOC202012/01, was identified in the UK in December-2020. Direct estimates of its potential to enhance transmission are limited.
Methods Nose and throat swabs from 28-September-2020 to 2-January-2021 in the UK’s nationally representative surveillance study were tested by RT-PCR for three genes (N, S and ORF1ab). Those positive only on ORF1ab+N, S-gene target failures (SGTF), are compatible with B.1.1.7/VOC202012/01. We investigated cycle threshold (Ct) values (a proxy for viral load), percentage of positives, population positivity and growth rates in SGTF vs non-SGTF positives.
Results 15,166(0.98%) of 1,553,687 swabs were PCR-positive, 8,545(56%) with three genes detected and 3,531(23%) SGTF. SGTF comprised an increasing, and triple-gene positives a decreasing, percentage of infections from late-November in most UK regions/countries, e.g. from 15% to 38% to 81% over 1.5 months in London. SGTF Ct values correspondingly declined substantially to similar levels to triple-gene positives. Population-level SGTF positivity remained low (<0.25%) in all regions/countries until late-November, when marked increases with and without self-reported symptoms occurred in southern England (to 1.5-3%), despite stable rates of non-SGTF cases. SGTF positivity rates increased on average 6% more rapidly than rates of non-SGTF positives (95% CI 4-9%) supporting addition rather than replacement with B.1.1.7/VOC202012/01. Excess growth rates for SGTF vs non-SGTF positives were similar in those up to high school age (5% (1-8%)) and older individuals (6% (4-9%)).
Conclusions Direct population-representative estimates show that the B.1.1.7/VOC202012/01 SARS-CoV-2 variant leads to higher infection rates, but does not seem particularly adapted to any age group.
quote:Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020
Two new severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineages carrying the amino acid substitution N501Y in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein have spread rapidly in the United Kingdom (UK) during late autumn 2020. Assessing the public health threat of these lineages (e.g. the potential for them to increase herd immunity thresholds if they displace other circulating SARS-CoV-2 strains) requires quantification of their comparative transmissibility. Here we adopted our previous epidemiological framework for relative fitness inference of co-circulating pathogen strains, which has been applied on influenza viruses [1] and SARS-CoV-2 D614G strains [2], to characterise the comparative transmissibility of the 501Y lineages.
|
|
