Waarom zouden wij niet kritisch mogen worden? zie het resultaat van 8 maanden aanklooien.quote:
Wat? Je wil niet praten over de werking, techniek, foutmarge, foutgevoeligheid en toepassingen van de in de wetenschap gebruikte PCR-test? En dan moet het topic direct naar BNW gestuurd worden van jou?quote:
Ik weet wel hoe pcr werkt, maar niet exact hoe dit vertaalt naar een diagnostische test. (Veel zou ik dus niet zeggen maar een beetje wel)quote:Op zaterdag 28 november 2020 16:01 schreef Discombobulate het volgende:
@:Bosbeetle? Jij weet hier wel veel van toch?
De klacht in de OP gaat over te snel zeggen dat het positief is, en lijkt me inderdaad ook wat overtrokken, het is niet zo dat als je positief test je lever verwijderd wordt. Dus als iemand die maar licht geïnfecteerd als positief aangemerkt wordt is dat alleen maar goed. Een week quarantaine van een onbesmet iemand zorgt in ieder geval niet voor meer besmettingen.quote:Op zaterdag 28 november 2020 16:23 schreef JustinK het volgende:
Allemaal leuk en aardig, maar op het moment dat de positieve tests een vlucht nemen zien we een paar weken later deze trend terug in de ziekenhuizen. Ik zeg dan niet dat de tests 100% betrouwbaar zijn, maar over het algemeen genomen lijkt me het dan niet heel onbetrouwbaar.
Wordt dan de sequentie van het hele virus bepaald, of alleen van het stukje RNA waar de PCR test op target? Als slechts een gedeelte ervan wordt geverifieerd zou dat op zich niet erg zijn denk ik, omdat het nog steeds uniek is voor het Corona virus?quote:Op zaterdag 28 november 2020 16:31 schreef Bosbeetle het volgende:
Op mijn werk het erasmusMC wordt van alle mensen die positief testen ook de sequentie van het virus bepaald zodat de bronnen gechecked en gevolgd kunnen worden. Doordat dat soort dingen op bepaalde plekken gebeurt kun je ook uitsluiten dat verkeerde primers gebruikt worden ofzo.
Zwakheden in een techniek pinpointen is niet zo moeilijk en zijn ook wel gedaan door de mensen die deze tests ontwerpen en gecontroleerd. Daarnaast bestaat de perfecte test zonder enkele zwakheid niet.
Voor sequencen heb je maar één keer primer nodig en bepaal je de volgorde van één streng. Je bepaalt dan het hele virus en niet slechts een fragment. Het is een volledig andere pcr.quote:Op zaterdag 28 november 2020 17:39 schreef mark16 het volgende:
[..]
Wordt dan de sequentie van het hele virus bepaald, of alleen van het stukje RNA waar de PCR test op target? Als slechts een gedeelte ervan wordt geverifieerd zou dat op zich niet erg zijn denk ik, omdat het nog steeds uniek is voor het Corona virus?
En zou je dan kunnen zeggen dat sequencen een goede validatie is?quote:Op zaterdag 28 november 2020 17:59 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Voor sequencen heb je maar één keer primer nodig en bepaal je de volgorde van één streng. Je bepaalt dan het hele virus en niet slechts een fragment. Het is een volledig andere pcr.
Ja, ik werk zelf ook met realtime PCR. Ben maar een simpele analist hoor.quote:
Probeer je hiermee te zeggen dat een positieve PCR test niets zegt over ziekte?quote:Op zaterdag 28 november 2020 16:18 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Ik weet wel hoe pcr werkt, maar niet exact hoe dit vertaalt naar een diagnostische test. (Veel zou ik dus niet zeggen maar een beetje wel)
Nee ik probeer te zeggen dat ik de techniek snap, maar niet hoe deze specifiek in een diagnostische setting gebruikt wordt.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:24 schreef MisterWendel het volgende:
[..]
Probeer je hiermee te zeggen dat een positieve PCR test niets zegt over ziekte?
Daarvoor moet je ook niet persee bij de technische kant zijn, maar bij de medische.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:15 schreef Discombobulate het volgende:
[..]
Ja, ik werk zelf ook met realtime PCR. Ben maar een simpele analist hoor.Ik kan alleen niet helemaal Capel's verhaal plaatsen. Ik bedoel, ik snap wel waar hij vandaan komt, maar kan het niet helemaal pinpointen waarom hij wél of niet gelijk heeft.
Er zijn dus een aantal mensen die claimen dat dit niet kan. Maar dat weet ik niet, aangezien ik er niet veel vanaf weet.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:41 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Nee ik probeer te zeggen dat ik de techniek snap, maar niet hoe deze specifiek in een diagnostische setting gebruikt wordt.
Dat je er virus mee kunt aantonen is een gegeven dat niet betwist wordt. Wat wel betwist wordt is of de resultaten van deze test niet overgeintrepeteerd worden. De virus variant van of je bij het zien van 1 luis al last van luizen hebt... Of niet.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:43 schreef mark16 het volgende:
[..]
Er zijn dus een aantal mensen die claimen dat dit niet kan. Maar dat weet ik niet, aangezien ik er niet veel vanaf weet.
Maar er staat helemaal niet vast dat als je een virusdeeltje detecteert bij iemand dat deze op een later moment nog besmettelijk gaat worden. De besmettelijkheid van een virus wordt in een grote mate bepaald door de viral load als ik het goed heb. Daarnaast lijkt het zo te zijn dat als iemand Covid heeft gehad, de PCR test 3-4 maanden later nog steeds positief zou kunnen zijn omdat er nog wat virusdeeltjes in het lichaam aanwezig kunnen zijn, terwijl deze persoon allang niet meer ziek is en ook niet ziek meer zal worden en zeker niet besmettelijk zal zijn.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:58 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Omdat de test zo gevoelig is kun je ook mensen detecteren die nog niet besmettelijk zijn, en een uitslag geven en zich laten isoleren voordat ze besmettelijk worden. Dat lijkt me meer waard dan minder cycli doen en daardoor veel meer moeite moete doen om het aantal besmettingen onder controle te krijgen als je alleen de mensen eruit pikt die veel virus bij zich dragen wanneer je maar 24 cycli doet.
Pfhew een uur lang, is hier ook een geschreven bron van dat leest wat sneller...quote:Op maandag 30 november 2020 00:09 schreef Discombobulate het volgende:
Best wel inhoudelijke kritiek over de PCR test. Ik weet niet zo goed wat ik er van moet vinden, maar het lijkt erg overtuigend. Wat vinden jullie hiervan? @:Bosbeetle? Ik heb het ook precies zo geleerd; CG% 4-60%, genoom coveren, Tm temperatuur, etc.
Het kan toch niet écht zo zijn dat er zo veel haken en ogen aan zitten?
Maar het kan ook dat als er nog wat virus deeltjes aanwezig zijn in het lichaam en deze dus zelfs na 3-4 maanden niet opgeruimd zijn door het immuun systeem van de persoon, dit toch weer een infectie vormt. Daarvoor weet ik niet genoeg van het verloop van de infectie maar in theorie zou 1 virulent deeltje een volledige infectie kunnen starten. Daarom de vraag is het erg dat deze test erg gevoelig is? Er zijn immers ook genoeg mensen die negatief getest worden (ik ga er even vanuit dat het merendeel dat negatief getest is ook echt negatief is) dus het is niet zo dat deze test alleen maar vals positieven geeft.quote:Op zondag 29 november 2020 23:37 schreef mark16 het volgende:
[..]
Maar er staat helemaal niet vast dat als je een virusdeeltje detecteert bij iemand dat deze op een later moment nog besmettelijk gaat worden. De besmettelijkheid van een virus wordt in een grote mate bepaald door de viral load als ik het goed heb. Daarnaast lijkt het zo te zijn dat als iemand Covid heeft gehad, de PCR test 3-4 maanden later nog steeds positief zou kunnen zijn omdat er nog wat virusdeeltjes in het lichaam aanwezig kunnen zijn, terwijl deze persoon allang niet meer ziek is en ook niet ziek meer zal worden en zeker niet besmettelijk zal zijn.
Inderdaad, maar het kan wel. De viral load bij iemand heeft meer te maken met het eigen immuunsysteem, dan met aan hoeveel virus iemand is blootgesteld.quote:Op zondag 29 november 2020 23:37 schreef mark16 het volgende:
[..]
Maar er staat helemaal niet vast dat als je een virusdeeltje detecteert bij iemand dat deze op een later moment nog besmettelijk gaat worden. De besmettelijkheid van een virus wordt in een grote mate bepaald door de viral load als ik het goed heb. Daarnaast lijkt het zo te zijn dat als iemand Covid heeft gehad, de PCR test 3-4 maanden later nog steeds positief zou kunnen zijn omdat er nog wat virusdeeltjes in het lichaam aanwezig kunnen zijn, terwijl deze persoon allang niet meer ziek is en ook niet ziek meer zal worden en zeker niet besmettelijk zal zijn.
Er zit nogal een verschil tussen het gemiddelde en het maximum. Met de PCR test wordt alleen naar de upper respitorary tract gekeken, en daar is de gemiddelde shedding 17 dagen, en het maximum 83 dagen. Maar het overgrote deel van de mensen zal dus geen virus meer hebben in een PCR test na een maand, en bij veel mensen zelfs al niet meer na 2 weken.quote:Mean duration of SARS-CoV-2 RNA shedding was 17·0 days (95% CI 15·5–18·6; 43 studies, 3229 individuals) in upper respiratory tract, 14·6 days (9·3–20·0; seven studies, 260 individuals) in lower respiratory tract, 17·2 days (14·4–20·1; 13 studies, 586 individuals) in stool, and 16·6 days (3·6–29·7; two studies, 108 individuals) in serum samples. Maximum shedding duration was 83 days in the upper respiratory tract, 59 days in the lower respiratory tract, 126 days in stools, and 60 days in serum.
Maar dit lijkt me vooral van belang waarom juist mensen moeten worden opgepikt die nog niet besmettelijk zijn. SARS-Cov-2 is veel beter gebleken in het besmetten van mensen dan SARS-Cov en MERS-CoV, dus je zou verwachten dat het veel langer besmettelijk, of dat het een veel langere incubatieduur heeft. Maar dat is dus niet zo, het piekt eerder juist, zijn heel snel na het opkomen van symptomen besmettelijk en eigenlijk al vrij snel niet meer besmettelijk.quote:No study detected live virus beyond day 9 of illness, despite persistently high viral loads, which were inferred from cycle threshold values. SARS-CoV-2 viral load in the upper respiratory tract appeared to peak in the first week of illness, whereas that of SARS-CoV peaked at days 10–14 and that of MERS-CoV peaked at days 7–10.
En vroege cases vind je alleen als lage hoeveelheden virussen kunt detecteren. Ja, dan detecteer je ook late cases, maar je kunt het een ene (vroege cases) niet zonder het andere (late cases) doen, en je moet nu eenmaal die vroege cases oppikken.quote:Our study shows that despite evidence of prolonged SARS-CoV-2 RNA shedding in respiratory and stool samples, viable virus appears to be short-lived. Therefore, RNA detection cannot be used to infer infectiousness. High titres of SARS-CoV-2 are detected early in the disease course, with an early peak observed at the time of symptom onset to day 5 of illness; this finding probably explains the efficient spread of SARS-CoV-2 compared with SARS-CoV and MERS-CoV. This has important implications for SARS-CoV-2 transmission in the community and hospital setting, emphasising the importance of early case finding and prompt isolation as well as public education about the spectrum of illness. Our study shows that isolation practices should be commenced with the start of first symptoms, which can include mild and atypical symptoms, preceding typical symptoms of COVID-19 such as cough and fever.
Dus dan kun je wel primers gebruiken met 20% CG content, die niet volledig specifiek zijn op je target sequentie of met een Tm waarde die ver uit elkaar ligt?quote:Op maandag 30 november 2020 09:55 schreef Bosbeetle het volgende:
Nu is deze meneer denk ik net als ik eerder een moleculair bioloog dan een medicus en maakt hij eenzelfde fout als ik, hij verwacht van een test dat het hetzelfde is als PCR gebruiken voor een onderzoeksvraag, en dat is het dus niet, een test is iets anders als een experiment
Zolang je product krijgt, en het juiste product ja... Soms is het zelf voordelig om primers te hebben met wat minder stringente smelttepraturen zodat ze juist iets minder specifiek worden.quote:Op maandag 30 november 2020 20:24 schreef Discombobulate het volgende:
[..]
Dus dan kun je wel primers gebruiken met 20% CG content, die niet volledig specifiek zijn op je target sequentie of met een Tm waarde die ver uit elkaar ligt?
Alright, ja precies. Die Peter Borger vroeg daar ook nog om inderdaad. Weten we inmiddels dat we het juiste product krijgen? Lijkt me dat daar wel literatuur over moet zijn.quote:Op maandag 30 november 2020 21:34 schreef Bosbeetle het volgende:
Zolang je product krijgt, en het juiste product ja...
Als er na een jaar alleen een artikel uit januari het als enige moet ontgelden een artikel waarin zelf al staat dat het met beperkte middelen toen het beste was dat ze voor elkaar kregen en geen enkele followup meeneemt dan is het wel wat magertjes en aan de late kant.quote:Op maandag 30 november 2020 22:08 schreef Discombobulate het volgende:
[..]
Alright, ja precies. Die Peter Borger vroeg daar ook nog om inderdaad. Weten we inmiddels dat we het juiste product krijgen? Lijkt me dat daar wel literatuur over moet zijn.
Ja, dat zal. Even los van de persoon zelf, want dat interesseert me niet zo veel: Weten we dan dat we het juiste product krijgen? Dat kun je toch wel confirmeren? Hoe doe je zoiets, op een gel runnen of sequencen?quote:Op maandag 30 november 2020 22:37 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Als er na een jaar alleen een artikel uit januari het als enige moet ontgelden een artikel waarin zelf al staat dat het met beperkte middelen toen het beste was dat ze voor elkaar kregen en geen enkele followup meeneemt dan is het wel wat magertjes en aan de late kant.
Sowieso tweet die Peter Borger heel aanvallend riching marion koopmans, ikzelf vind het altijd veel fijner als je je als mede wetenschapper erop richt om het samen nog beter te doen dan anderen onderuit te halen. Fouten moeten genoemd mogen worden en onderbouwd heb je daar alleen maar wat aan. Dus als peter borger met een aangetoonde betere primerset komt, moet daar ruimte voor zijn, al vermoed ik dat het hem daar niet om te doen is. (en ook het lijstje met ondertekenaars van zijn rectificatie aanvraag zijn veelal nogal politiek bezig en hebben zo hun beweegreden een arts die qluorquine (of hoe je het ook schrijft) als wondermiddel ziet, een neuroloog met wat vreemde acties op zijn naam ga zo maar door)
Het wordt veel belangrijker gemaakt dan het is. Een hogere Ct-waarde leidt tot minder false negatives en meer false positives. Dat snapt iedereen (een gevoelige rookmelder gaat ook af als je slavinken iets te lang op het vuur staan). Er zal ongetwijfeld een niet-verwaarloosbaar aantal false positives in de huidige cijfers zitten, maar wat vooral het beleid bepaalt is de trend in de cijfers (stijging, gelijkblijvend of dalend), en de gekozen Ct-waarde heeft daar dan weer niet zoveel invloed op bij een groot testvolume (en er wordt nu heel veel getest op wekelijkse basis). Daarnaast kijkt het kabinet ook naar andere factoren dan alleen het aantal positieve testuitslagen. Als je kritisch bent op het beleid of gegronde kritiek hebt, soit, maar de PCR-test als boeman is dan een rookgordijn.quote:Op zaterdag 28 november 2020 15:54 schreef mark16 het volgende:
[..]
Wat? Je wil niet praten over de werking, techniek, foutmarge, foutgevoeligheid en toepassingen van de in de wetenschap gebruikte PCR-test? En dan moet het topic direct naar BNW gestuurd worden van jou?
Dat kan inderdaad ook niet. Diagnoses worden gesteld door artsen en niet door testen. Is dat erg? Niet zo, want de PCR-zegt wel degelijk iets over de verspreiding van het virus en die beruchte R0-waarde. Maar als je zeker wilt weten of je ziek bent door corona dan is alleen een PCR-test niet voldoende om uitsluitsel te bieden.quote:Op zaterdag 28 november 2020 18:43 schreef mark16 het volgende:
[..]
Er zijn dus een aantal mensen die claimen dat dit niet kan. Maar dat weet ik niet, aangezien ik er niet veel vanaf weet.
Ja en dat doet men dus ook zie een post hier eerder in het topic van mij. Aan de ene kant gewoon de grootte checken en aan de andere kant sequencen.quote:Op maandag 30 november 2020 22:51 schreef Discombobulate het volgende:
[..]
Ja, dat zal. Even los van de persoon zelf, want dat interesseert me niet zo veel: Weten we dan dat we het juiste product krijgen? Dat kun je toch wel confirmeren? Hoe doe je zoiets, op een gel runnen of sequencen?
quote:Op zaterdag 28 november 2020 16:31 schreef Bosbeetle het volgende:
Op mijn werk het erasmusMC wordt van alle mensen die positief testen ook de sequentie van het virus bepaald zodat de bronnen gechecked en gevolgd kunnen worden. Doordat dat soort dingen op bepaalde plekken gebeurt kun je ook uitsluiten dat verkeerde primers gebruikt worden ofzo.
Zwakheden in een techniek pinpointen is niet zo moeilijk en zijn ook wel gedaan door de mensen die deze tests ontwerpen en gecontroleerd. Daarnaast bestaat de perfecte test zonder enkele zwakheid niet.
|
Forum Opties | |
---|---|
Forumhop: | |
Hop naar: |