Pierre Capel over de PCR test

Schopje BNW

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 15:39 schreef Mikeytt het volgende:
Schopje BNW

Waarom zouden wij niet kritisch mogen worden? zie het resultaat van 8 maanden aanklooien.

@Bosbeetle? Jij weet hier wel veel van toch?

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 16:01 schreef Discombobulate het volgende:
@:Bosbeetle? Jij weet hier wel veel van toch?

Ik weet wel hoe pcr werkt, maar niet exact hoe dit vertaalt naar een diagnostische test. (Veel zou ik dus niet zeggen maar een beetje wel)

PCR polymerase chain reaction werkt vrij eenvoudig. Je hebt dubbelstrengs DNA als begin, dat smelt je zodat je twee enkel strengs DNA hebt. Daar doe je primers bij, kleine stukjes DNA (21 nucleotiden lang) die binden op 2 plekjes op het DNA. Een aan het begin één aan het einde. Vervolgens wordt daar een polymerase bij gedaan die bouwt een nieuwe DNA streng op het enkelstrengs zodat die weer dubbelstrengs is. Zo ben je van 1 enkelstreng naar 2 gegaan. Zo ga je van 2 naar 4, 4 naar 8, 8 naar 16, 16 naar 32. In 35 cycli ga je naar 2³⁵ 34359738368 DNA strengen.


Ze doen daarbij een kleurstofje dat alleen licht geeft als het aan dubbelstrengs DNA bindt. Ze meten elke cyclus de hoeveelheid licht en bij welke cyclus het signaal over een bepaalde threshold komt geeft een maat voor de hoeveelheid input materiaal.

Hoe controleer je of je het juiste stukje DNA hebt vermeerdert dat doe je door de grootte te checken, en de juiste primers te gebruiken en de juiste temperaturen. Het is een hele gevoelige methode. Ook wordt er vaak een stukje algemeen DNA vermeerderd als controle, en ook een stukje dat er niet in moet zitten als negatieve controle.

Ik denk dat de hoge gevoeligheid juist een pluspunt is, en het daardoor een sterke test, met wellicht wat false-positiven. Dat is vooral een probleem als er een hele lage hoeveelheid positieven is. Als er 4000 mensen positief testen is 5 valse positieven geen probleem, als er 10 mensen positief testen is 5 de helft.


Disclaimer: ik gebruik real-time pcr zoals hier beschreven alleen in een onderzoekssetting en niet als diagnostische test daar worden dingen soms anders gedaan, en zijn sommige controles strenger en anderen minder strikt.

[ Bericht 1% gewijzigd door Bosbeetle op 28-11-2020 16:35:16 ]

Allemaal leuk en aardig, maar op het moment dat de positieve tests een vlucht nemen zien we een paar weken later deze trend terug in de ziekenhuizen. Ik zeg dan niet dat de tests 100% betrouwbaar zijn, maar over het algemeen genomen lijkt me het dan niet heel onbetrouwbaar.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 16:23 schreef JustinK het volgende:
Allemaal leuk en aardig, maar op het moment dat de positieve tests een vlucht nemen zien we een paar weken later deze trend terug in de ziekenhuizen. Ik zeg dan niet dat de tests 100% betrouwbaar zijn, maar over het algemeen genomen lijkt me het dan niet heel onbetrouwbaar.

De klacht in de OP gaat over te snel zeggen dat het positief is, en lijkt me inderdaad ook wat overtrokken, het is niet zo dat als je positief test je lever verwijderd wordt. Dus als iemand die maar licht geïnfecteerd als positief aangemerkt wordt is dat alleen maar goed. Een week quarantaine van een onbesmet iemand zorgt in ieder geval niet voor meer besmettingen.

Op mijn werk het erasmusMC wordt van alle mensen die positief testen ook de sequentie van het virus bepaald zodat de bronnen gechecked en gevolgd kunnen worden. Doordat dat soort dingen op bepaalde plekken gebeurt kun je ook uitsluiten dat verkeerde primers gebruikt worden ofzo.

Zwakheden in een techniek pinpointen is niet zo moeilijk en zijn ook wel gedaan door de mensen die deze tests ontwerpen en gecontroleerd. Daarnaast bestaat de perfecte test zonder enkele zwakheid niet.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 17:39 schreef mark16 het volgende:

[..]

Wordt dan de sequentie van het hele virus bepaald, of alleen van het stukje RNA waar de PCR test op target? Als slechts een gedeelte ervan wordt geverifieerd zou dat op zich niet erg zijn denk ik, omdat het nog steeds uniek is voor het Corona virus?

Voor sequencen heb je maar één keer primer nodig en bepaal je de volgorde van één streng. Je bepaalt dan het hele virus en niet slechts een fragment. Het is een volledig andere pcr.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 17:59 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Ja, ik werk zelf ook met realtime PCR. Ben maar een simpele analist hoor. Ik kan alleen niet helemaal Capel's verhaal plaatsen. Ik bedoel, ik snap wel waar hij vandaan komt, maar kan het niet helemaal pinpointen waarom hij wél of niet gelijk heeft.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 15:39 schreef Mikeytt het volgende:
Schopje BNW

Waar slaat dat op joh?

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 16:18 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Ik weet wel hoe pcr werkt, maar niet exact hoe dit vertaalt naar een diagnostische test. (Veel zou ik dus niet zeggen maar een beetje wel)

Probeer je hiermee te zeggen dat een positieve PCR test niets zegt over ziekte?

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 18:24 schreef MisterWendel het volgende:

[..]

Probeer je hiermee te zeggen dat een positieve PCR test niets zegt over ziekte?

Nee ik probeer te zeggen dat ik de techniek snap, maar niet hoe deze specifiek in een diagnostische setting gebruikt wordt.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 18:15 schreef Discombobulate het volgende:

[..]

Ja, ik werk zelf ook met realtime PCR. Ben maar een simpele analist hoor. Ik kan alleen niet helemaal Capel's verhaal plaatsen. Ik bedoel, ik snap wel waar hij vandaan komt, maar kan het niet helemaal pinpointen waarom hij wél of niet gelijk heeft.

Daarvoor moet je ook niet persee bij de technische kant zijn, maar bij de medische.

In de medische wereld wordt een hele andere manier van onderzoek gedaan, die veel meer gericht is op wat betekent het voor de patiënt in plaats van hoe werkt het precies moleculair. Daarom ben ik ook niet de juiste persoon om dit te duiden omdat ik per wel gebruik om uit te zoeken hoe iets zich op moleculair niveau gedraagt, een medicus werkt op een hele andere schaal, waar sommige moleculaire gegevens geen directe implicatie hebben op het hele organisme en andere zaken juist veel meer belang ik noem symptomen van de patiënt etc.

Bij behandeling van een patiënt gaat een medicus nooit alleen maar uit van één simpel testje.

quote:

Op zaterdag 28 november 2020 18:43 schreef mark16 het volgende:

[..]

Er zijn dus een aantal mensen die claimen dat dit niet kan. Maar dat weet ik niet, aangezien ik er niet veel vanaf weet.

Dat je er virus mee kunt aantonen is een gegeven dat niet betwist wordt. Wat wel betwist wordt is of de resultaten van deze test niet overgeintrepeteerd worden. De virus variant van of je bij het zien van 1 luis al last van luizen hebt... Of niet.

Omdat de test zo gevoelig is kun je ook mensen detecteren die nog niet besmettelijk zijn, en een uitslag geven en zich laten isoleren voordat ze besmettelijk worden. Dat lijkt me meer waard dan minder cycli doen en daardoor veel meer moeite moete doen om het aantal besmettingen onder controle te krijgen als je alleen de mensen eruit pikt die veel virus bij zich dragen wanneer je maar 24 cycli doet.

Best wel inhoudelijke kritiek over de PCR test. Ik weet niet zo goed wat ik er van moet vinden, maar het lijkt erg overtuigend. Wat vinden jullie hiervan? @Bosbeetle? Ik heb het ook precies zo geleerd; CG% 4-60%, genoom coveren, Tm temperatuur, etc.

Het kan toch niet écht zo zijn dat er zo veel haken en ogen aan zitten?

quote:

Op maandag 30 november 2020 00:09 schreef Discombobulate het volgende:

Het PCR-doek valt’ | Peter Borger en Jorn Lukaszczyk

Best wel inhoudelijke kritiek over de PCR test. Ik weet niet zo goed wat ik er van moet vinden, maar het lijkt erg overtuigend. Wat vinden jullie hiervan? @:Bosbeetle? Ik heb het ook precies zo geleerd; CG% 4-60%, genoom coveren, Tm temperatuur, etc.

Het kan toch niet écht zo zijn dat er zo veel haken en ogen aan zitten?

Pfhew een uur lang, is hier ook een geschreven bron van dat leest wat sneller...

Zoals ik al eerder in dit topic zei ergens zwakheden van benoemen is niet zo moeilijk, ook alles wat mis zou kunnen gaan intrepeteren als dat gaat dus mis is ook makkelijk. Ik heb even heel snel wat kleine stukjes gescand en het is natuurlijk belachelijk om te suggereren dat als iets snel ge-peer-reviewed is dat het dan niet ge peer reviewed is. Ook kunnen in gepeerreviewde artikelen wel wat fouten blijven staan, daarom berust je jezelf op meerdere literatuur.

Ik denk dat je je heel goed de politiek van deze kritiek moet begrijpen. Het waarom is hier wel belangrijk, ze vallen deze test niet aan omdat deze test niet zou werken maar ze vallen hem aan omdat hij te goed werkt of teveel valse positieven geeft. Ze zeggen dus niet de techniek PCR werkt niet, ze zeggen het is een hele gevoelige techniek je moet dus alle controles wel goed hebben. Nu is deze meneer denk ik net als ik eerder een moleculair bioloog dan een medicus en maakt hij eenzelfde fout als ik, hij verwacht van een test dat het hetzelfde is als PCR gebruiken voor een onderzoeksvraag, en dat is het dus niet, een test is iets anders als een experiment. Een test moet namelijk simpel zijn een duidelijke uitslag hebben één of twee goede controles of de test gelukt is of niet, en niet meer. Er worden bij zo'n test dus allerlei randvoorwaarden gesteld en er worden allerlei mogelijke extra controles niet bij elk sample gedaan (die zijn wel gedaan bij de validatie maar worden daarna niet meer gedaan) Je krijgt dan een test met een bepaalde precisie een bepaalde accuratie en bepaalde kosten. Die een duidelijk antwoord geeft, met een duidelijk standaard protocol. Zo werkt een onderzoeker niet maar een test is iets dus nogmaals iets anders dan een experiment. Ik denk dat de expert die je hier in zou moeten volgen en die deze discussie moet aangaan een klinisch chemicus is, ik weet niet of die op FOK! rondlopen maar die kunnen hier veel beter dingen zeggen die hout snijden.

In ieder geval pas op voor de politiek die in al deze gevallen aanwezig is.

Ikzelf ben van mening dat het niet erg om als er één luis gevonden is te zeggen dat een persoon luizen heeft en hem dan maar kaal te scheren (zeg maar dat er af en toe iemand in quarantaine moet die geen corona heeft) terwijl de mensen die de dreiging van corona overtrokken vinden zullen zeggen van één luis krijg je nog niet eens jeuk dus moeten we er minstens tien vinden voordat we overgaan tot scheren.

quote:

Op zondag 29 november 2020 23:37 schreef mark16 het volgende:

[..]

Maar er staat helemaal niet vast dat als je een virusdeeltje detecteert bij iemand dat deze op een later moment nog besmettelijk gaat worden. De besmettelijkheid van een virus wordt in een grote mate bepaald door de viral load als ik het goed heb. Daarnaast lijkt het zo te zijn dat als iemand Covid heeft gehad, de PCR test 3-4 maanden later nog steeds positief zou kunnen zijn omdat er nog wat virusdeeltjes in het lichaam aanwezig kunnen zijn, terwijl deze persoon allang niet meer ziek is en ook niet ziek meer zal worden en zeker niet besmettelijk zal zijn.

Maar het kan ook dat als er nog wat virus deeltjes aanwezig zijn in het lichaam en deze dus zelfs na 3-4 maanden niet opgeruimd zijn door het immuun systeem van de persoon, dit toch weer een infectie vormt. Daarvoor weet ik niet genoeg van het verloop van de infectie maar in theorie zou 1 virulent deeltje een volledige infectie kunnen starten. Daarom de vraag is het erg dat deze test erg gevoelig is? Er zijn immers ook genoeg mensen die negatief getest worden (ik ga er even vanuit dat het merendeel dat negatief getest is ook echt negatief is) dus het is niet zo dat deze test alleen maar vals positieven geeft.

Als je het naar de huidige covid cijfers pijlt zijn er tijden geweest dat het percentage positief geteste mensen lager lag, dus dat betekent al dat we de ondergrens van de false positives niet bereikt hebben want we kunnen nog lager meten (voorbeeld als er altijd 5 van 100 mensen positief getest zouden worden ook als er geen corona is dan kun je dus nooit lager komen dan 5% positief.) We zitten op dit moment op een hoog percentage positief dus zelf al zijn er false positieven kun je er vanuit gaan dat er zeker nog wel corona heerst.

trouwens hier staan de reacties van Marion Koopmans,

https://twitter.com/MarionKoopmans/status/1333002773642833923

die deze meneer Borger op twitter blijkbaar onder vuur heeft, ook heeft meneer Borger blijkbaar zijn vizier op wetenschappers en wetenschap in het algemeen en vind het iedereen maar prutsers en het een ivoren toren. Ik ben benieuwd of die retraction letter wat gaat blootleggen maar deze meneer heeft wel duidelijk een politiek standpunt.