De wetenschappelijke methode

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 16:20 schreef jdschoone het volgende:

[..]
Tsjah, vroeger vond men het moeilijk om te geloven dat de aarde rond was. Ik sluit niets uit… dus ook dit soort voorbeelden zijn uiterst relevant.

Het feit dat je iets niet kan uitsluiten zegt niets over het waarheidsgehalte. Je kan evenmin uitsluiten dat het universum is gemaakt door de Pink Invisible Unicorn.

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 18:07 schreef Molurus het volgende:

[..]
Ten aanzien van evolutie: heb je een goede reden om aan te nemen dat evolutieprocessen op de langere termijn heel anders zijn dan op de kortere termijn? Evolutie is namelijk gewoon waargenomen, ook de vorming van nieuwe soorten.

De termen 'micro-' en 'macroevolutie' die in dit verband nog wel eens hoort worden uitsluitend gebruikt door ID'ers en creationisten (wat natuurlijk in de grond hetzelfde is).

Geen enkele serieuze bioloog die dit onderscheid maakt. Evolutie is evolutie - punt.

JD probeert weer eens op een uitermate vergezochte wijze god ergens tussendoor te fietsen.

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 18:26 schreef Telecaster het volgende:

[..]

De termen 'micro-' en 'macroevolutie' die in dit verband nog wel eens hoort worden uitsluitend gebruikt door ID'ers en creationisten (wat natuurlijk in de grond hetzelfde is).

Geen enkele serieuze bioloog die dit onderscheid maakt. Evolutie is evolutie - punt.

Nee hoor, ook biologen maken volgens mij onderscheid tussen macro- en micro evolutie; het enige verschil is echter de tijdsschaal.

Ok, maar volgens mij zijn het niet termen die "alleen maar door ID'ers en creationisten" gebruikt worden.

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 10:01 schreef Haushofer het volgende:

[..]

Natuurlijk vorm ik een soort beeld erbij, maar ik erken ook dat dat beeld waarschijnlijk niet echt betrouwbaar is. Een mooi voorbeeldje is het begrip "spin" van een deeltje. Mensen stellen zich dat vaak voor door een deeltje als een ronddraaiend tolletje. Ik zie het als een intrinsieke eigenschap van een deeltje wat aan dezelfde algebra voldoet als het hoekmoment. Meer niet.
[..]



Ja, maar zoveel andere zaken ook niet of nauwelijks

Ik moet op een ander tijdstip teruglezen waar deze discussie over ging.

Maar als je je geen beeld/gevoel/geluid kunt voorstellen bij een resultaat van een berekening, hoe kun je dan beoordelen of dat resultaat wel een beetje klopt?
Wat is dan het verschil met esoterie?

Anderzijds: waarom zou de cosmos zich aanpassen aan het menselijke voorstellingsvermogen?

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 18:07 schreef Molurus het volgende:

Ten aanzien van evolutie: heb je een goede reden om aan te nemen dat evolutieprocessen op de langere termijn heel anders zijn dan op de kortere termijn? Evolutie is namelijk gewoon waargenomen, ook de vorming van nieuwe soorten.

Ten aanzien van de evolutie van de melkweg: heb je een goede reden om aan te nemen dat die heel anders is dan die van andere sterrenstelsels die we direct waarnemen?

Ten aanzien van de Big Bang: is dat niet iets waarvoor we de bewijzen direct waarnemen (voor zover je uberhaupt ooit van 'direct' kunt spreken natuurlijk)?

Nuttige vragen.

Ik denk dat je inderdaad niet zomaar kunt aannemen dat waargenomen evolutieprocessen op de korte termijn op dezelfde manier blijven werken op de lange termijn. Misschien mag je dit wel concluderen na langdurig onderzoek, maar je kunt het niet zomaar ‘aannemen’. Maar zelfs al zou het inderdaad kloppen dat evolutie op korte en lange termijn leidt tot speciatie, wat heeft dat te maken met het doen van het historisch onderzoek als het gaat om de gemeenschappelijke voorouder van bijvoorbeeld de mens? De mens is, voor zover wij weten, slechts 1x geëvolueerd. Om de evolutie van de mens te onderzoeken zoals calciumnitraat onderzocht kan worden in een laboratorium, zou je dus alle stappen van het evolutieproces real-time moeten onderzoeken. En daar dit niet kan is er een kwaliteitsverschil tussen het onderzoeken van dergelijke evolutieprocessen en bijvoorbeeld calciumnitraat. En mijn punt is dan ook dat voor het onderzoeken van evolutieprocessen andere regels gelden dan voor calciumnitraat.

Met betrekking tot sterrenstelsels: op de eerste plaats nemen wij geen enkel ander sterrenstelsel direct waar. Wat we waarnemen is miljoenen of soms miljarden jaren geleden gebeurd. En ook hier hebben we het weer over historische processen.

En hetzelfde geldt voor de Big Bang. En nee, we kunnen de Big Bang absoluut niet direct waarnemen. Tot ongeveer 10^-12 seconden na de Big Bang weten we ongeveer wat er is gebeurd. Vanaf 10^-12 seconde, of beter uitgedrukt, vanaf een energiewaarde van 100 GeV is onze natuurkunde speculatief. En vanaf 10^-35 seconden voor de Big Bang (oftewel 10^14 GeV) hebben we echt geen idee wat er gebeurd. We hebben nooit dat energieniveau bereikt…

quote:

Een "niet-falsificeerbare hypothese" is een tegenstelling in termen: een hypothese die niet falsificeerbaar is is eenvoudig geen hypothese. (Zie ook de van Dale.)

Het is absolute nonsens dat alle mogelijke hypothesen falsificeerbaar zijn, of dat falsificeerbaarheid onder deel vormt van de definitie van hypothese. Als dat in jouw Van Dale staat, dan heeft deze het fout. Bij mijn Van Dale staat er:

hy•po•the•se de; v -n, -s stelling die men als waarheid aanneemt

quote:

De hypothese "mensen zijn geevolueerd vanuit vogels" levert anders behoorlijk wat voorspellingen op die op zijn minst problematisch zijn. Het is een hypothese met heel weinig succes.

Eens. Maar dat het weinig succes heeft betekent niet dat het gefalsificeerd is.

quote:

Het zou nog steeds kunnen dat die zwaan toch wit is. Een absoluut bewijs kun je nooit leveren.

Klopt. Maar er zit een duidelijk kwaliteitsverschil tussen het evolutievoorbeeld en het zwanen voorbeeld. Om het zwanenvoorbeeld te falsificeren hoef je alleen een zwarte zwaan te vinden in het hier en nu. Dat is in principe mogelijk. Maar om het evolutievoorbeeld te falsificeren zou je moeten aantonen dat het niet op de vogelmanier is gebeurd, en de beste manier om dat te doen, een manier die vergelijkbaar is met het zwanenvoorbeeld, is om terug in de tijd te gaan en het evolutieproces gade te slaan en daarbij te laten zien dat het geen vogels maar een soort primaten waren. Dit laatste is echter voor ons (nu nog) onmogelijk. Vandaar het verschil.

quote:

Je komt via die weg inderdaad nooit tot absolute waarheden. Maja, het kan niet genoeg benadrukt worden: je komt via geen enkele weg tot absolute waarheden. Ook religie slaagt daar niet in. (Sterker nog, religie komt niet eens tot aannemelijkheden.)

Klopt, maar je hoeft ook niet iets met absolute zekerheid te falsificeren. Zoals je zelf opmerkt, als je een zwarte zwaan vindt kan dit een soort van high-tech illusie zijn ofzo. Maar totdat wordt aangetoond dat het een dergelijke illusie is, blijft het een goede falsificatie. Met andere woorden, de criteria zijn strikt, maar niet zodanig strikt dat we moeten spreken van absolute waarheden.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 01:51 schreef Kees22 het volgende:

[..]

Ik moet op een ander tijdstip teruglezen waar deze discussie over ging.

Maar als je je geen beeld/gevoel/geluid kunt voorstellen bij een resultaat van een berekening, hoe kun je dan beoordelen of dat resultaat wel een beetje klopt?

Wiskundige consistentie, en als het om iets fenomenologisch gaat: experiment.

quote:

Anderzijds: waarom zou de cosmos zich aanpassen aan het menselijke voorstellingsvermogen?

Dat bedoel ik.

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 18:21 schreef Molurus het volgende:

[quote]
Nee, want "God heeft het gedaan" levert in stap 3 geen toetsbare voorspellingen op. Een hypothese die niet toetsbaar is is geen hypothese.

O nee?

Ik zie nu dat zodra ik suiker in mijn hete koffie gooi, het suiker oplost. Mijn hypothese is dat dit door Gods toedoen komt, met name dat hij het heeeel erg leuk vindt om suikerklontjes op te lossen in koffie. Mijn voorspelling is dan ook dat elke keer als ik suiker in koffie gooi, de suiker oplost.

Daar heb je een voorspelling. Is dit een fijne bruikbare voorspelling is de wetenschap? Nee lijkt mij. Maar dat is nu juist mijn punt. Voorspelling maken an sich is niet voldoende.

quote:

Dit raakt echt kant noch wal, maar dat kan aan mij liggen.

Het is een regel binnen de predicaatlogica dat uit een contradictie alles volgt. Dus uit de premisse p en –p, volgt elke conclusie die je maar wilt (God bestaat, Sinterklaas bestaat, Napoleon leeft nog, etc).

quote:

Ik denk dat dit vooral veel onzin is in de hoop dat je god als hypothese ertussen kunt proppen. Ik zeg: maak het maar toetsbaar, of je ideeën over de wetenschappelijke methode of je ideeën over god. Dan praten we verder.

OK. Op de eerste plaats is er een nogal groot verschil tussen “toetsbaar zijn” en “voorspellingen geven”. Ik heb het gevoel dat je ze een beetje door elkaar haalt. Maar ik zal je twee voorbeelden (ditmaal geen verzonnen maar ‘echte’ voorbeelden) geven van hypothesen waarin God voorkomt. In deze voorbeelden bedoel ik met God : die entiteit die de ontwerper is van bepaalde structuren in levende wezens op aarde (de Intelligent Designer).

Voorbeeld 1: een toetsbare hypothese

Hypothese: Er bestaan onherleidbaar complexe systemen op biomoleculair niveau.

Toetsingsentiteit: Het bacterieel flagellum

Toetsingsmethode: Het flagellum bestaat uit ongeveer 30 verschillende proteine. Het flagellum is onherleidbaar complex als bij het disfunctioneren van minstens 1 van deze onderdelen, het hele flagellum niet meer functioneert. Dit is getoetst door het Biologic Institute. Ze hebben de verschillende genen die coderen voor de verschillende proteïnen van het flagellum 1 voor 1 ‘uitgezet’ (non-actief gemaakt). Vervolgens zijn ze gaan kijken of er een werkend flagellum uitkomt. Resultaat van dit onderzoek was dat het flagellum inderdaad onherleidbaar complex is: welke proteine ook werd uitgezet, steeds werd er geen werkend flagellum aangetroffen.

Zoals je weet redeneert Behe vanuit onherleidbaar complexe systemen tot een ontwerper. Vaak is de kritiek dat zijn voorbeelden geen voorbeelden van onherleidbaar complexe systemen zijn. Hier is het getoetst.

Voorbeeld 2: Een voorspelling

Hypothese: Als God bestaat en de Intelligente Ontwerper is, dan verwachten wij dat veel, als niet alle, biomoleculaire onderdelen van levende wezens functioneel zijn.

Voorspelling: DNA (een biomolecuul) is in haar geheel functioneel.

Voorspelling gedaan door: Bill Dembski in 1998.

Deze voorspelling is interessant omdat tot tenminste 2008 veel biologen dachten dat er zoiets bestaat als ‘junk-DNA’. Dit is functieloos DNA overgebleven van onze biologische voorouders. 10 jaar voordat duidelijk werd dat junk-DNA niet bestaat, heeft Dembski die voorspelling gedaan aan de hand van de ID hypothese. Deze voorspelling is ook uitgekomen. Nu weten we dat het junk-DNA allerlei belangrijke functies heeft, o.a.” regulating DNA replication, regulate transcription, mark sites for programmed rearrangements of genetic material, influences chromosome folding, repair DNA” etc.

Dus dat

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:

[..]
Het is een regel binnen de predicaatlogica dat uit een contradictie alles volgt. Dus uit de premisse p en –p, volgt elke conclusie die je maar wilt (God bestaat, Sinterklaas bestaat, Napoleon leeft nog, etc).

De colleges predicaatlogica zijn voor mij alweer even geleden, maar is het ook niet zo dat als je "als A dan B" poneert, die uitspraak altijd waar is wanneer B maar waar is? Dus een uitspraak als "Indien god bestaat, is Amsterdam de hoofdstad van Nederland" is logisch correct.

Maar dat zegt uiteraard niets over het waarheidsgehalte van A.

quote:

Op woensdag 7 juli 2010 22:28 schreef Haushofer het volgende:
Ok, maar volgens mij zijn het niet termen die "alleen maar door ID'ers en creationisten" gebruikt worden.

Sja. Ik ken redelijk wat biologen, en dat is wat zij mij vertellen.

Maar ik laat me natuurlijk, zoals altijd, graag overtuigen van mijn ongelijk.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 10:12 schreef Telecaster het volgende:

[..]

De colleges predicaatlogica zijn voor mij alweer even geleden, maar is het ook niet zo dat als je "als A dan B" poneert, die uitspraak altijd waar is wanneer B maar waar is? Dus een uitspraak als "Indien god bestaat, is Amsterdam de hoofdstad van Nederland" is logisch correct.

Maar dat zegt uiteraard niets over het waarheidsgehalte van A.

Je hebt het over de modus ponens.

P1: Als A dan B
P2: A
C: B

Natuurlijk moeten dan P1 en P2 wel kloppen, en dan mag je dus B concluderen uit P1 en P2…

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:
O nee?

Ik zie nu dat zodra ik suiker in mijn hete koffie gooi, het suiker oplost. Mijn hypothese is dat dit door Gods toedoen komt, met name dat hij het heeeel erg leuk vindt om suikerklontjes op te lossen in koffie. Mijn voorspelling is dan ook dat elke keer als ik suiker in koffie gooi, de suiker oplost.

Daar heb je een voorspelling. Is dit een fijne bruikbare voorspelling is de wetenschap? Nee lijkt mij. Maar dat is nu juist mijn punt. Voorspelling maken an sich is niet voldoende.

Het ging om de vraag of het een geldige hypothese was en dat is het wederom niet omdat je de factor God niet weg kunt laten, zoals ik al eerder zei.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:
Hypothese: Als God bestaat en de Intelligente Ontwerper is, dan verwachten wij dat veel, als niet alle, biomoleculaire onderdelen van levende wezens functioneel zijn.

Dit is op zich al een ontzettende non sequitur, die zul je toch eerst echt moeten onderbouwen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:
Dus dat

Ik heb een beetje het idee alsof je hier een Chewbacca defense zit te houden.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 10:13 schreef Telecaster het volgende:

[..]

Sja. Ik ken redelijk wat biologen, en dat is wat zij mij vertellen.

Maar ik laat me natuurlijk, zoals altijd, graag overtuigen van mijn ongelijk.

Nou ja, dit is wat ik in verschillende literatuur vind (onder andere "Evolutie voor dummies" ) Bridge vanavond met een bioloog, zal het em es vragen

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 10:23 schreef Haushofer het volgende:

[..]
Nou ja, dit is wat ik in verschillende literatuur vind (onder andere "Evolutie voor dummies" ) Bridge vanavond met een bioloog, zal het em es vragen

Tof, ik ben benieuwd.

En succes met bridgen natuurlijk!

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Deze voorspelling is interessant omdat tot tenminste 2008 veel biologen dachten dat er zoiets bestaat als ‘junk-DNA’. Dit is functieloos DNA overgebleven van onze biologische voorouders. 10 jaar voordat duidelijk werd dat junk-DNA niet bestaat, heeft Dembski die voorspelling gedaan aan de hand van de ID hypothese. Deze voorspelling is ook uitgekomen. Nu weten we dat het junk-DNA allerlei belangrijke functies heeft, o.a.” regulating DNA replication, regulate transcription, mark sites for programmed rearrangements of genetic material, influences chromosome folding, repair DNA” etc.

Hierbij moet ik wel zeggen dat er ook meerdere evolutionaire biologen waren die tegen het concept junk DNA aan het aantrappen waren, waaronder ook Jack Cohen bijvoorbeeld. Ook vanuit evolutionair oogpunt is het idee junk DNA heel raar - meestal verliezen organismen DNA dat ze niet gebruiken, omdat het behoorlijk veel energie kost om DNA te repliceren. Ook vanuit de evolutionaire biologie heeft alles een functie.

Ik vind het sowieso vaak een rare concept dat ID'ers de "intelligentie die uit de DNA code blijkt" oprakelen. Als mensen, zoals Craig Venter of de deelnemers aan iGem (soort wedstrijd tussen undergrads voor genetische modificatie) synthetisch DNA maken zit daar vaak een heel simpele, menselijke logica in - heel straightforward, uit bepaalde blokken code gemaakt. Er spreekt heel duidelijk een bepaald doel, een bepaald design uit.

De DNA code zelf is een grote mashup, wirwar. Alles zit er precies zo dat het werkt, maar volstrekt door elkaar gehusselt, en dat is een van de grootste uitdagingen van de moleculaire genetica - er zit geen duidelijke logica in. Dit is ook de reden dat men eerst van junk DNA uitging, het zit namelijk volstrekt niet logisch in elkaar.

En over het flagellum, dat is al een heel oud verhaaltje van creationisten, en volstrekt niet waar. Het is inderdaad heel lastig (edoch niet onmogelijk) voor te stellen dat een flagellum uit zichzelf evolueert. Wat wel goed is voor te stellen is dat Secretion system IV, een ander eiwitcomplex dat bepaalde stoffen uit de cel kan pompen uit zichzelf evolueert. Nu blijkt dat Secretion system IV toevallig genoeg bijzonder veel op het flagellum lijkt qua mechanisme en gebruikte eiwitten.

Oh, en ik ben zelf nou niet bepaald een evolutionair bioloog, maar ik heb de term micro- en macroevolutie echt nog nooit horen vallen, behalve in zulke discussies. Misschien dat ze er wel een onderscheid tussen maken in de echte evolutionaire biologie, maar wij in ieder geval niet.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 09:52 schreef jdschoone het volgende:

Voorbeeld 1: een toetsbare hypothese

Hypothese: Er bestaan onherleidbaar complexe systemen op biomoleculair niveau.

Toetsingsentiteit: Het bacterieel flagellum

Toetsingsmethode: Het flagellum bestaat uit ongeveer 30 verschillende proteine. Het flagellum is onherleidbaar complex als bij het disfunctioneren van minstens 1 van deze onderdelen, het hele flagellum niet meer functioneert. Dit is getoetst door het Biologic Institute. Ze hebben de verschillende genen die coderen voor de verschillende proteïnen van het flagellum 1 voor 1 ‘uitgezet’ (non-actief gemaakt). Vervolgens zijn ze gaan kijken of er een werkend flagellum uitkomt. Resultaat van dit onderzoek was dat het flagellum inderdaad onherleidbaar complex is: welke proteine ook werd uitgezet, steeds werd er geen werkend flagellum aangetroffen.

Maar neem je daarmee niet aan dat het flagellum ontwikkeld is met een bepaald einddoel?

quote:

Voorbeeld 2: Een voorspelling

Hypothese: Als God bestaat en de Intelligente Ontwerper is, dan verwachten wij dat veel, als niet alle, biomoleculaire onderdelen van levende wezens functioneel zijn.

Waarom alleen de "biomoleculaire onderdelen"? Je verwacht ook dat onze blinde darm nog een cruciale functie heeft?

quote:

Op zaterdag 3 juli 2010 09:09 schreef theghostrider het volgende:

[..]

Ik vind het een beetje vreemd dat mensen die bijvoorbeeld de evo-theorie steunen altijd net doen alsof zij het zelf bedacht hebben.

Niemand hier op dit forum heeft persoonlijk voor een wetenschappelijke doobraak gezorgd en men verlangt van de gelovige mensen op dit forum dat ze met ander bewijs komen dan de geschriften.

Als jullie niet positief tegenover de wetenschap stonden hadden jullie je nooit zo ingelezen.
Jah, dat is het enige wat jullie doen je inlezen.
En van daar uit alleen de neus nog in die richting blijven houden.
Doorlezen dus. En je waarschijnlijk verdiepen in de wetenschappelijke termen.. zonder deze benamingen leest het niet zo makkelijk weg namelijk.
Het gelezen hebben en precies hetzelfde doen wat gelovige mensen doen: Quoten uit jullie heilige boeken.
Redeneren volgens jullie boeken.
Zeggen te kunnen redeneren omdat men over vergaarde kennis zegt te beschikken.
'Zelfoverschatting' is synoniem aan de voorgaande zin.

Niet alle wetenschappen zijn slecht. Ik ben blij dat er medicatie is
Welke oplossing brengt de evolutietheorie? En wat is het doel ervan? Het nut?
Het nut te mogen aannemen dat we ontstaan zijn uit het niets en toen iets geworden zijn. En het iets werd steeds groter en paste zich steeds beter en beter aan de omgeving aan, totdat wij er waren. De 'jongste' bekende soort : de Mens
En de ene mens is slim, die weet dat de evo-wetenschappers gelijk hebben. De mens die hier niet in gelooft loopt gewoon achter, het evo-idee is niet in hun meegeevolueerd en heeft een LAAG IQ, zoals velen graag vermelden

Ik ben auteur van 2 patenten. Dat is wellciht geen wetenschappelijke doorbaak waar je een nobelprijs voor krijgt, maar ik heb dmv wetenschappelijk onderzoek wel degelijk nieuwe dingen ontdekt en er een toepassing voor bedacht. En er zijn ook zaken die ik heb onderzocht waar geen patent of publicatie over is geweest, maar waar alsnog nieuwe zaken aan het licht zijn gekomen.

Verder ben je natuurlijk een enorme troll die slecht spelt en ook nog eens wazig redeneert (ben je stoned ofzo). Overigens is het doel van veel wetenschap heel eenvoudig: begrijpen hoe zaken (de wereld, levende wezens, het heelal, de menselijke geest) in elkaar steken. Om daar later dan eventueel iets mee te kunnen.

Dat is wel even wat anders dan iets zien, het op één of andere manier aan een god toewijzen en daarna bidden en verder gaan met kinderen verkrachten.

Je ziet verder een heel belangrijk punt over het hoofd. in de wetenschap zijn er geen heilige boeken. Elke theorie is feilbaar en kan verworpen worden. Als het keer op keer niet lukt maakt het de theorie sterker, lukt het wel is het tijd voor een nieuwe theorie of een aanpassing. Mensen die alleen lezen zijn geen wetenschappers, wetenschappers experimenteren, doen waarnemingen en maken van data informatie.

Overigens is DNA maar 1 dingen, hoe het DNA opgewonden is, en op die manier uitgelezen kan worden speelt ook een rol. We zullen de komende tijd nog wel te weten komen waarom junk-dna geen junk is en wat de rol precies is.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:02 schreef Haushofer het volgende:

[..]

Maar neem je daarmee niet aan dat het flagellum ontwikkeld is met een bepaald einddoel?

[..]

Dat de flagellum onleidbaar complex is, is al zo'n beetje direct na het opgooien van die term weerlegd. Het hele concept van 'irreducible complexity' is gewoon onzin en wordt ook geenzins serieus genomen in de biologie.

Beetje jammer dat men het er nog steeds over heeft, ook al is het allang weerlegd.

Wellicht moet jdschoone dit volgende maar eens lezen bijvoorbeeld: http://saier-144-51.ucsd.(...)30/week4/paper4c.pdf

quote:

Waarom alleen de "biomoleculaire onderdelen"? Je verwacht ook dat onze blinde darm nog een cruciale functie heeft?

Waarom? Omdat het "makkelijker" is om op muleculair niveau elementen te vinden waar nog geen verklaring voor is, dan op het niveau van complexe onderdelen als organen. Je moet toch wat als ID-er.

Bij de blinde darm weten we wat de functie was en waarom het nu een "lullig" aanhangsel is geworden, daarbij is het natuurlijk een stuk lastiger om zo iets te verklaren vanuit de ID, want tja het zou blijk geven van een behoorlijke ontwerpfout, laten we wel wezen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 10:55 schreef hessels het volgende:

En over het flagellum, dat is al een heel oud verhaaltje van creationisten, en volstrekt niet waar. Het is inderdaad heel lastig (edoch niet onmogelijk) voor te stellen dat een flagellum uit zichzelf evolueert. Wat wel goed is voor te stellen is dat Secretion system IV, een ander eiwitcomplex dat bepaalde stoffen uit de cel kan pompen uit zichzelf evolueert. Nu blijkt dat Secretion system IV toevallig genoeg bijzonder veel op het flagellum lijkt qua mechanisme en gebruikte eiwitten.

Even kort hierop ingaan. Ten eerste is het niet echt een heel oud verhaal, Behe’s boek kwam uit in 1996 ofzo. Maar nu naar de Type III Secretory System (TTSS). Inderdaad, Kenneth Miller geeft aan dat het flagellum wellicht hieruit is geëvolueerd. Maar dat is klink klare onzin. Om de volgende twee redenen:

1: De TTSS heeft 10 proteinen gemeen met het flagellum. Dat betekent dat er nog zo’n 20 andere proteinen zijn die verder niets met het TTSS te maken hebben. De TTSS is dus slechts een deel van het antwoord, als het überhaupt een antwoord is.

2: Dat het geen goed antwoord is komt uit het volgende onderzoek van Milton (Saier, Milton H. (2004), ‘Evolution of Bacterial Type III Protein Secretion Systems’, in: Trends in Microbiology 12, pp. 113-115.) Deze bioloog argumenteert vlekkeloos dat het juist andersom is gebeurd: Het TTSS was niet een biologische voorganger van het flagellum, maar is juist ontstaan uit het flagellum door deleterious mutations. Met andere woorden, eerst was er het flagellum, vervolgens is door een stel mutaties het TTSS uit dit flagellum ontstaan. Milton baseer zijn onderzoek op o.a. evolutionaire datering van de verschijning van TTSS en het flagellum (het flagellum bestond al eerder).

Het lijkt mij duidelijk dat het dus niet het geval kan zijn dat het TTSS iets te maken heeft gehad met de evolutie van het flagellum. Vandaar dat dit geen goed antwoord is op de problematiek die Behe opwerpt, en vandaar is dit nog steeds een issue binnen de biologie (ook al denken sommige biologen daar heel anders over).

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:02 schreef Haushofer het volgende:

[..]

Maar neem je daarmee niet aan dat het flagellum ontwikkeld is met een bepaald einddoel?

[quote]

Waarom alleen de "biomoleculaire onderdelen"? Je verwacht ook dat onze blinde darm nog een cruciale functie heeft?

Klopt. De blindedarm heeft ook een functie in ons immuunsysteem. Maar in dit voorbeeld gata het even om biomoleculen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:11 schreef Spanky78 het volgende:
We zullen de komende tijd nog wel te weten komen waarom junk-dna geen junk is en wat de rol precies is.

Dat weten we voor een groot deel al.

Er zijn vast nog een paar functies ervan die we nog niet ontdekt hebben, maar voor het grootste deel is wat vroeger junk DNA werd genoemd, en nu noncoding DNA, betrokken bij de regulatie van stukken DNA die wél voor eiwitten coderen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:25 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Even kort hierop ingaan. Ten eerste is het niet echt een heel oud verhaal, Behe’s boek kwam uit in 1996 ofzo. Maar nu naar de Type III Secretory System (TTSS). Inderdaad, Kenneth Miller geeft aan dat het flagellum wellicht hieruit is geëvolueerd. Maar dat is klink klare onzin. Om de volgende twee redenen:

1: De TTSS heeft 10 proteinen gemeen met het flagellum. Dat betekent dat er nog zo’n 20 andere proteinen zijn die verder niets met het TTSS te maken hebben. De TTSS is dus slechts een deel van het antwoord, als het überhaupt een antwoord is.

2: Dat het geen goed antwoord is komt uit het volgende onderzoek van Milton (Saier, Milton H. (2004), ‘Evolution of Bacterial Type III Protein Secretion Systems’, in: Trends in Microbiology 12, pp. 113-115.) Deze bioloog argumenteert vlekkeloos dat het juist andersom is gebeurd: Het TTSS was niet een biologische voorganger van het flagellum, maar is juist ontstaan uit het flagellum door deleterious mutations. Met andere woorden, eerst was er het flagellum, vervolgens is door een stel mutaties het TTSS uit dit flagellum ontstaan. Milton baseer zijn onderzoek op o.a. evolutionaire datering van de verschijning van TTSS en het flagellum (het flagellum bestond al eerder).

Het lijkt mij duidelijk dat het dus niet het geval kan zijn dat het TTSS iets te maken heeft gehad met de evolutie van het flagellum. Vandaar dat dit geen goed antwoord is op de problematiek die Behe opwerpt, en vandaar is dit nog steeds een issue binnen de biologie (ook al denken sommige biologen daar heel anders over).

Interessant, lees dat artikel vandaag nog wel even door.

Dezelfde bioloog heeft dit artikel 3 jaar later trouwens geschreven:

http://www.microbemagazin(...)7/znw00707000335.pdf

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:51 schreef hessels het volgende:
Dezelfde bioloog heeft dit artikel 3 jaar later trouwens geschreven:

http://www.microbemagazin(...)7/znw00707000335.pdf

Die had ik ook al geplaatst, daarin wordt duidelijk gemaakt dat het argument van irreducible complexity geen hout snijd bij het flagellum.

Ik weet niet of het verstandig is om van deze thread een verhandeling te maken over moleculaire biologie, maar vooruit dan maar. Ik vind dit artikel hierboven zelf heel mooi. Ik kende het nog niet maar ik ken wel artikelen van dezelfde strekking. Wat ik er mooi aan vind is dat deze mensen in ieder geval de moeite nemen om inhoudelijk op ID argumenten in te gaan. Dat is iets wat gedaan moet worden en wat goed is voor de wetenschap.

Tegelijkertijd ben ik het oneens met hun conclusie. Op de eerste plaats zeggen ze dat ID de volgende assumpties opwerpt:

1) One part of this claim is that each flagellar component is used solely for the purpose of making a flagellum that, in turn, is used only for motility

2) Further, each flagellar protein is assumed to have appeared independently of the other component proteins.

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum. Als ID voorstanders inderdaad zouden zeggen dat de eiwitten die voorkomen bij het flagellum altijd alleen bij het flagellum voorkomt, dan zouden ze het fout hebben. Maar dat is zeker niet de crux van hun thesis. Omdat het de bovenstaande twee assumpties zijn die dit artikel falsificeert, en omdat ID deze twee assumpties niet aanhangt, vind ik zelf niet dat dit artikel een probleem vormt voor ID.

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

Als ze aantonen dat het flagellum mogelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, dan is de claim van de creationisten, namelijk dat het flagellum onmogelijk door evolutionaire processen tot stand gekomen kan zijn, toch afdoende weerlegd?

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

1) One part of this claim is that each flagellar component is used solely for the purpose of making a flagellum that, in turn, is used only for motility

2) Further, each flagellar protein is assumed to have appeared independently of the other component proteins.

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar wat voor conclusies moet je daar uit trekken dan? Ik zou inderdaad zeggen dat dat neigt naar je punt 1), want anders zie ik het probleem niet.

[ Bericht 1% gewijzigd door Haushofer op 08-07-2010 13:11:20 ]

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar als er dan een andere functionele constructie overblijft, is dat toch geen bezwaar? Een auto met 3 wielen is een driewieler. Dan kan je roepen dat het geen auto meer is dus dat evolutie onzin is, maar dan sluit je je ogen voor de helft van het verhaal. Er blijft nog steeds een bruikbaar voertuig over.

Mensen zijn mislukte viervoeters.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:
Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar dat is toch meteen het zwakte bod van het argument van Irreducible complexity? Ze kijken naar een werkend biologisch organisme en gaan dan daar elementen verwijderen en aangeven dat als je dat doet het organisme niet meer werkt, maar dat is natuurlijk de boel omdraaien.

Zo'n flagellum is opgebouwt uit "simpelere"onderdelen die ook voorkomen bij andere organismes, waarbij die "simpelere" onderdelen of op zichzelf een functie hebben of een geheel andere functie. Prima verklaarbaar met de evolutietheorie.

Irreducible complexity is toch echt een beetje naar de natuur kijken zoals William Paley dat deed met zijn "Watchmakers" theorie voorgesteld in "Natural Theology". In plaats kijken hoe iets tot stand komt, kijken naar het tot stand gekomen product en aangeven dat het wel ontworpen moet zijn.

quote:

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

Maar uiteindelijk hebben we het hier dus over een gevalletje van "Arkham's Razor" uiteindelijk is het dus mogelijk dat het flagellum door natuurlijke selectie is ontstaan, wat nog altijd een betere en simpelere uitleg is dan aan te geven dat dit ontworpen is door een nog te ontdekken ontwerper.

Dat men wellicht nog precies uit moet vogelen welke onderdelen en welke voorgangers er zijn geweest waaruit de flagellum voortkwam, maar het argument van die onderzoekers natuurlijk niet zwakker.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:19 schreef Gaspedaal het volgende:

[..]

Als ze aantonen dat het flagellum mogelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, dan is de claim van de creationisten, namelijk dat het flagellum onmogelijk door evolutionaire processen tot stand gekomen kan zijn, toch afdoende weerlegd?

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

quote:

By irreducibly complex I mean a single system composed of several well-matched, interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively cease functioning."

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:57 schreef Semisane het volgende:

[quote]
Zo'n flagellum is opgebouwt uit "simpelere"onderdelen die ook voorkomen bij andere organismes, waarbij die "simpelere" onderdelen of op zichzelf een functie hebben of een geheel andere functie. Prima verklaarbaar met de evolutietheorie.

Alles is opgebouwd uit simpelere onderdelen. Dat betekent nog niet dat alles is geëvolueerd. Een stoel heeft verschillende onderdelen, en de verschillende onderdelen kunnen verschillende functies hebben als ze in andere systemen zitten. Maar stoelen zijn niet geëvolueerd. Je moet nog iets anders aantonen om te spreken over evolutie, namelijk dat er door mutatie en selectie een bepaald systeem daadwerkelijk in elkaar is gezet. Dat doen deze onderzoekers helaas niet.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 13:48 schreef jdschoone het volgende:

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

[..]

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

O nee? Ik had toch de indruk dat het flagellum wel degelijk gebruikt werd om aan te tonen dat de evolutietheorie onjuist is, aan de hand van de volgende redenering:

1. Als de evolutietheorie juist is, bestaan er geen irreducably complex systemen.
2. Het flagellum is een irreducably complex systeem.
3. Daarom is de evolutietheorie onjuist.

Als het flagellum wel degelijk via evolutionaire processen tot stand kan zijn gekomen, kan dat dus geen argument zijn tegen de evolutietheorie, want premisse 2 klopt niet meer. Of het flagellum ook daadwerkelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, is vraag twee, maar is geen reden om de evolutietheorie dan maar uit de lesprogramma's te schrappen.

Als je het feit dat we niet zeker weten hoe het flagellum tot stand is gekomen gebruikt als argument tegen de evolutietheorie, heb je alleen nog een God of the gaps-argument: de onderzoekers kunnen iets ' helaas' niet aantonen, dus heeft God het gedaan.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 13:48 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let wel, evolutie is een aantoonbaar fenomeen en evolutie door natuurlijke selectie wordt ondersteunt door een enorme hoeveelheid wetenschappelijk bewijs. Daarin tegen wordt ontwerp door God in z'n geheel niet ondersteunt en is ook geen aantoonbaar fenomeen.

De keuze in deze is dus ook simpel. Als het aantoonbaar is dat een organisme, dat irreducible complex lijkt te zijn, geëvolueerd zou kunnen zijn via natuurlijke selectie, dan is die laatste verklaring te verkiezen boven een eventuele intelligente ontwerper.

Let wel, de onderzoeken geven al aan dat een flagellum door natuurlijke selectie ontstaan kan zijn, het is dus al niet meer irreducible complex!

quote:

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

[..]

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

Ho ho! Als een organisme door natuurlijke selectie kan ontstaan, waarbij de individuele onderdelen een (andere) functie hebben bij simpelere organismes, dan bestaat irreducible complexity al niet meer.

Je moet dus wel bijna uit gaan dat irreducible complexity evolutie door natuurlijke selectie als verklaring voor organismes uitsluit.

Dat is verder moeilijk is voor natuurlijke selectie om op te bouwen zegt verder niks, het gaat er niet om wat wij als moeilijk bestempelen, het gaat er om of de elementen voor evolutie door natuurlijke selectie aanwezig zijn en keer op keer wordt bewezen dat dit het geval is. Ook dus bij de flagellen.

quote:

Alles is opgebouwd uit simpelere onderdelen. Dat betekent nog niet dat alles is geëvolueerd. Een stoel heeft verschillende onderdelen, en de verschillende onderdelen kunnen verschillende functies hebben als ze in andere systemen zitten. Maar stoelen zijn niet geëvolueerd.

Tja, maar dat is dus een klasieke fout die veel ID-ers maken, iets levenloos als een stoel of een horloge (William Paley) vergelijken met levende organismes. De fout daarin is dat leveloze objecten zoals stoelen zich niet voortplanten en daar vind dus per definitie geen evolutie plaats, die kunnen enkel zijn ontworpen. De vergelijking gaat dus in z'n geheel niet op.

quote:

Je moet nog iets anders aantonen om te spreken over evolutie, namelijk dat er door mutatie en selectie een bepaald systeem daadwerkelijk in elkaar is gezet. Dat doen deze onderzoekers helaas niet.

Nee, bij dit onderzoek gaat het er om dat men kan aantonen dat verschillende onderdelen van de flagellum ook (los) kunnen voorkomen bij andere organismes, wellicht in een andere vorm. Dat alleen weerlegd irreducible complexity al en daar ging het om.

Ik weet niet of men verder nog onderzoek heeft gedaan om te laten zien hoe of welke mutaties hebben plaats gevonden bij die individuele onderdelen, ik kan me persoonlijk niet voorstellen dat dat niet is gedaan. Het stuk geeft zelf al aan:

"Here, we summarize evidence from hundreds of laboratories, including our own, showing that these assumptions are false."

Het gaat hier dus om een samenvatting van verschillend bewijs.

_{Edit: zag nog wat over het hoofd}

[ Bericht 16% gewijzigd door Semisane op 08-07-2010 14:29:08 ]

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:09 schreef Semisane het volgende:
Ho ho! Als een organisme door natuurlijke selectie kan ontstaan, waarbij de individuele onderdelen een (andere) functie hebben bij simpelere organismes, dan bestaat irreducible complexity al niet meer.

Nog een keer de definitie van een onherleidbaar complex systeem:

quote:

By irreducibly complex I mean a single system composed of several well-matched, interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively cease functioning.

Je kunt nu twee vragen stellen. De eerste vraag is of er dingen bestaan die onherleidbaar complex zijn. Dat wil dus zeggen: bestaan er dingen die hun functie verliezen als een onderdeel wordt verwijdert.

Een tweede enaparte vraag is of dit soort systemen (als ze bestaan) door natuurlijke selectie zijn ontstaan.

Ik zie niet in waarom je denkt dat het überhaupt bestaan van onherleidbaar complexe systemen betekent dat natuurlijke selectie deze onmogelijk zou hebben kunnen maken. Dat volgt simpelweg niet uit de definitie van een onherleidbaar complex systeem. En dat volgt ook niet uit redeneringen van ID voorstanders. Denk aan de definitie van ID:

quote:

There are certain features of the universe and of living things are best explained by an intelligent cause, not an undirected process such as natural selection.

Deze definitie zegt nergens dat deze features onmogelijk door natuurlijke selectie kunnen worden uitgelegd. De definitie zegt dat ID simpelweg een betere verklaring of hypothese levert.

Ik hoop dat hiermee duidelijk is waarom ik de conclusies van dit artikel niet zo bijzonder vindt. Het artikel stelt dat het mogelijk is dat het bacterieel flagellum door natuurlijke selectie is gevormd. Maar ID sluit helemaal niet uit dat dit zou kunnen. De vraag is echter of de hypothese dat het flagellum door natuurlijke selectie is veroorzaakt, een betere is dan de hypothese dat het ontworpen is.

Nu kun je wel zeggen dat we evolutie hebben waargenomen en hebben bewezen, en dat is tot op een zekere hoogte wel zo. Maar je moet simpelweg uiterst voorzichtig zijn met inductieprocessen en het generaliseren van de evolutie die wij hebben waargenomen naar systemen zoals onherleidbaar complexe systemen, waar evolutie simpelweg een minder goed antwoord lijkt te zijn. Niet een onmogelijk antwoord: maar het lijkt wel evident te zijn dat natuurlijke selectie veel meer trucs uit de doos moet toveren om dat soort systemen te bouwen.

quote:

Tja, maar dat is dus een klasieke fout die veel ID-ers maken, iets levenloos als een stoel of een horloge (William Paley) vergelijken met levende organismes. De fout daarin is dat leveloze objecten zoals stoelen zich niet voortplanten en daar vind dus per definitie geen evolutie plaats, die kunnen enkel zijn ontworpen. De vergelijking gaat dus in z'n geheel niet op.

Alhoewel stoelen zich niet kunnen voortplanten, zijn stoelen toch echt wel opgebouwd uit simpelere delen die tezamen een functie hebben. Dat organismen zich kunnen voortplanten betekent dat evolutie kan plaatsvinden, maar het feit dat evolutie kan plaatsvinden sluit natuurlijk niet uit dat er dingen ontworpen kunnen zijn. Daarom blijft het voorbeeld intact, want de focus is hier gewoon niet op voortplanting.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:10 schreef Molurus het volgende:
Het is mij ook volstrekt onduidelijk welk punt de ID'ers / jdschoone nu precies willen maken met "onreduceerbare complexiteit". *Wijst nog eens naar zijn signature*

Ik heb het idee dat jdschoone aan wilt tonen dat irreducible complexity een levensvatbaar wetenschappelijk alternatief is tegenover natuurlijke selectie, maar het idee wat Michael Behe is imho al lang en breed weerlegd en ik ken verder ook geen bioloog die dit idee nog serieus neemt.

Bij de flagellum is al aangetoont dat de vermeende irreducible complexity helemaal niet irreducible is en dat geld ook voor andere voorbeelden waar Behe mee kwam, zoals bloedstolling en het oog. _{hoewel die laatste niet expliciet van Behe komt.}

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:35 schreef Semisane het volgende:

[..]

Ik heb het idee dat jdschoone aan wilt tonen dat irreducible complexity een levensvatbaar wetenschappelijk alternatief is tegenover natuurlijke selectie, maar het idee wat Michael Behe is imho al lang en breed weerlegd en ik ken verder ook geen bioloog die dit idee nog serieus neemt.

Dat is inderdaad exact wat ik probeer te doen. En ik ken genoeg biologen die dit idee heel serieus nemen.

quote:

Bij de flagellum is al aangetoont dat de vermeende irreducible complexity helemaal niet irreducible is en dat geld ook voor andere voorbeelden waar Behe mee kwam, zoals bloedstolling en het oog. _{hoewel die laatste niet expliciet van Behe komt.}

Ik weet niet veel af van het bloedstollingsproces of van het oog, dus daar kan ik niets over zeggen. Ik ken wel de meeste argumenten tegen het onherleidbaar-complex zijn van het oog, en allemaal schieten ze voorbij hun doel. Het paper dat hier eerder in het topic werd aangehaald laat bijvoorbeeld helemaal niet zien dat het flagellum niet onherleidbaar complex is….

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:31 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Nog een keer de definitie van een onherleidbaar complex systeem:
[..]

Je kunt nu twee vragen stellen. De eerste vraag is of er dingen bestaan die onherleidbaar complex zijn. Dat wil dus zeggen: bestaan er dingen die hun functie verliezen als een onderdeel wordt verwijdert.

Ja maar dat is, zoals ik al eerder aangaf, de boel omdraaien, de schijnbaar complexe systemen zijn bij elkaar gekomen door kleine geleidelijke veranderingen aan bestaande systemen. Je moet dus niet kijken naar een bestaand systeem en dan concluderen dat individuele onderdelen los van elkaar geen functie hebben, want het is al meerdere malen aangetoond dat die losse onderdelen in simpelere organismes wel een functie hebben, enkel niet dezelfde, maar dat is te verklaren door bijvoorbeeld mutaties.

quote:

Een tweede enaparte vraag is of dit soort systemen (als ze bestaan) door natuurlijke selectie zijn ontstaan.

Bij bestaande systemen of beter organismes wordt keer op keer aangetoond dat dit wel door natuurlijke selectie onstaand of kan ontstaan.

Tot nu toe zijn er geen irreducible complexe systemen ontdekt en de voorbeelden waarmee bijvoorbeeld Behe mee aankwam zijn weerlegd.

quote:

Ik zie niet in waarom je denkt dat het überhaupt bestaan van onherleidbaar complexe systemen betekent dat natuurlijke selectie deze onmogelijk zou hebben kunnen maken. Dat volgt simpelweg niet uit de definitie van een onherleidbaar complex systeem. En dat volgt ook niet uit redeneringen van ID voorstanders. Denk aan de definitie van ID:

Sorry hoor, maar veruit de meeste ID-ers gebruiken het concept irreducible complexity om proberenaan te tonen dat evolutie via natuurlijke selectie niet correct is. Micheal Behe is een exponent hierin, hij mag de definitie wel zo wetenschappelijk mogelijk gemaakt hebben, maar dat neemt niet weg dat in alles wat hij schrijft en zegt naar voren komt dat hij de evolutietheorie niet wilt accepteren.

Hij heeft zelfs erkent dat zijn definitie van wetenschap zo ruim is dat astrologie daar binnen valt, dus begin aub niet over hoe ID-ers het concept irreducible complexity gebruiken.

quote:

Deze definitie zegt nergens dat deze features onmogelijk door natuurlijke selectie kunnen worden uitgelegd. De definitie zegt dat ID simpelweg een betere verklaring of hypothese levert.

Tja, maar het is dus geen betere verklaring, zoveel is nu wel aangetoond.

quote:

Ik hoop dat hiermee duidelijk is waarom ik de conclusies van dit artikel niet zo bijzonder vindt. Het artikel stelt dat het mogelijk is dat het bacterieel flagellum door natuurlijke selectie is gevormd. Maar ID sluit helemaal niet uit dat dit zou kunnen. De vraag is echter of de hypothese dat het flagellum door natuurlijke selectie is veroorzaakt, een betere is dan de hypothese dat het ontworpen is.

Dat lijkt me duidelijk dat de verklaring dat de flagellum is veroorzaakt door natuurlijke selectie een betere is dan de verklaring door ontwerp, dat laatste is namelijk gewoon weg niet wetenschappelijk aan te tonen of je moet de definitie van wetenschap oprekken zoals Michael Behe dat doet, maar laten we dan maar niet gaan doen.

Dat jij dat artikel verder niet bijzonder vind is niet echt van belang, ze tonen gewoon aan dat de verschillende onderdelen te verklaren zijn, dat is genoeg om het idee dat de flagellum irreducible complex is te verwerpen.

quote:

Nu kun je wel zeggen dat we evolutie hebben waargenomen en hebben bewezen, en dat is tot op een zekere hoogte wel zo. Maar je moet simpelweg uiterst voorzichtig zijn met inductieprocessen en het generaliseren van de evolutie die wij hebben waargenomen naar systemen zoals onherleidbaar complexe systemen, waar evolutie simpelweg een minder goed antwoord lijkt te zijn. Niet een onmogelijk antwoord: maar het lijkt wel evident te zijn dat natuurlijke selectie veel meer trucs uit de doos moet toveren om dat soort systemen te bouwen.

Sorry, maar systemen lijken enkel irreducible complex, echter tot nu toe laat onderzoek zien dat er geen irreducibility bestaat binnen biologische systemen, althans de voorbeelden die worden aangedragen door ID-ers of Behe zijn allen verworpen.

quote:

Alhoewel stoelen zich niet kunnen voortplanten, zijn stoelen toch echt wel opgebouwd uit simpelere delen die tezamen een functie hebben. Dat organismen zich kunnen voortplanten betekent dat evolutie kan plaatsvinden, maar het feit dat evolutie kan plaatsvinden sluit natuurlijk niet uit dat er dingen ontworpen kunnen zijn. Daarom blijft het voorbeeld intact, want de focus is hier gewoon niet op voortplanting.

Voorplanting is essentieel voor evolutie via natuurlijke selectie het voorbeeld van stoelen en horloges gaat daar gewoon op stuk. Je kan een biologisch systeem dat zich voortplant gewoon weg niet met levenloze objecten vergelijken. Er zitten te veel fundamentele verschillen tussen.
Het feit dat alles idd via simpelere delen zijn opgebouwd is dan ook het enige wat een levenloos object en een biologisch organisme gemeen hebben in deze, maar dat is weer te verklaren via zoiets als Mandelbrot fractals.

Irreducible Complexity is gewoon geen houdbaar argument voor het bestaan van een Maker, danwel het niet bestaan van evolutie.

Dat mag je wat mij betreft best blijven volhouden jdschoone, maar dat worden dan toch weer de eeuwige discussies die al ettelijke malen gevoerd zijn en iedere keer weer aan de kant van evolutie uitkomen.

Als jij je tijd wil verspillen door daar weer over te beginnen, then by all means. Ik (en ik denk velen met mij) ben er klaar mee.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:44 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Dat is inderdaad exact wat ik probeer te doen. En ik ken genoeg biologen die dit idee heel serieus nemen.

Nou ja dat kan, maar dat wat jij probeert te doen is imho dus allang weerlegd.

quote:

Ik weet niet veel af van het bloedstollingsproces of van het oog, dus daar kan ik niets over zeggen. Ik ken wel de meeste argumenten tegen het onherleidbaar-complex zijn van het oog, en allemaal schieten ze voorbij hun doel. Het paper dat hier eerder in het topic werd aangehaald laat bijvoorbeeld helemaal niet zien dat het flagellum niet onherleidbaar complex is….

Ja wel! Want de onderdelen zijn niet onherleidbaar complex, ze zijn complex, maar allen te herleiden. Dat is wat er wordt aangetoond, ergo irreducible complexity gaat niet op voor de flagellum.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:00 schreef Semisane het volgende:

Ja wel! Want de onderdelen zijn niet onherleidbaar complex, ze zijn complex, maar allen te herleiden. Dat is wat er wordt aangetoond, ergo irreducible complexity gaat niet op voor de flagellum.

OK. Schijnbaar denk je dat de term onherleidbaar betekent dat het object in kwestie niet valt te herleiden tot eerder bestaande objecten die in de cel aanwezig zijn. Dat is dus niet wat onherleidbaar complex betekent. De Engelse term ‘irreducible’ is daarom ook beter. Het is niet het object zelf dat irreducible is, maar het is de functie die het object uitvoert die irreducible is tot iets anders dan alle onderdelen bij elkaar. Je kunt zeg maar het aantal onderdelen van het object niet reduceren en daarbij dezelfde functie houden. Dat is wat irreduceerbaar complex betekent.

Irreduceerbare complexiteit heeft dus in principe niets te maken met de causale vorming van het object zelf. Want natuurlijk is het zo dat de aparte onderdelen allemaal al in de cel aanwezig waren. Wat denk je dat Behe gelooft? Dat de specifieke onderdelen van het flagellum ex nihilo in de cel verschenen door de hand van God? Natuurlijk niet, dat is complete waanzin. Het onherleidbaar complex zijn van een object is prima te vereenzelvigen met het al eerder bestaan van de verschillende onderdelen waaruit het object is opgebouwd, en zelfs met het bestaan van aparte functies voor elk van deze onderdelen binnen de cel.

Ik wil liever eerst deze definitie van onherleidbare complexiteit duidelijk hebben voordat we gaan discussiëren of een dergelijk object beter kan worden verklaard door een ontwerper of door natuurlijke selectie. Is nu duidelijk wat ik, en ook wat Behe, bedoel met onherleidbare complexiteit?

Voor de zekerheid nog een analogie: Je kunt een primitieve slingshot maken door hout met de goede vorm en een elastische plant aan elkaar vast te maken op een bepaalde manier. Als je er dan een steentje bij neemt, dan kun je gaan jagen. Al de onderdelen van een slingshot liggen voor handen in de natuur. Al deze onderdelen hebben ook een eigen functie binnen de natuur. Maar dat wil nog niet zeggen dat omdat al deze dingen voorhanden zijn in de natuur, slingshots niet onherleidbaar complex zijn. Want de functie van de slingshot (dat je ermee kunt schieten en iets daarmee kunt verwonder of doden) is weg als je oftewel het hout wegneemt, of de elastische plant, of de steen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:15 schreef jdschoone het volgende:

[..]

OK. Schijnbaar denk je dat de term onherleidbaar betekent dat het object in kwestie niet valt te herleiden tot eerder bestaande objecten die in de cel aanwezig zijn. Dat is dus niet wat onherleidbaar complex betekent. De Engelse term ‘irreducible’ is daarom ook beter. Het is niet het object zelf dat irreducible is, maar het is de functie die het object uitvoert die irreducible is tot iets anders dan alle onderdelen bij elkaar. Je kunt zeg maar het aantal onderdelen van het object niet reduceren en daarbij dezelfde functie houden. Dat is wat irreduceerbaar complex betekent.

Goed prima, maar ook die uitleg houd geen stand. Al was het maar omdat het logisch is dat je niet zomaar onderdelen kan weghalen en dat nog verwachten dat een systeem nog werkt, dat lukt zowel bij biologische als levenloze ontworpen objecten niet.

Wat wel kan is dat simpelere organismes met bepaalde onderdelen van het complexere systeem wel functioneel zijn en dat is ook aangetoont. De flagellum bestaat uit 40 proteinen, 10 daarvan zijn terug te vinden in het Type III secretion system van bijvoorbeeld het Salmonella bacterie, daarin hebben de 10 proteinen wel een andere functie, maar dat is niet van belang.

Wat van belang is dat er dus een functie is. Dat functies van proteinen en gehele stukken DNA kunnen veranderen is wel bekent en dus ook niet zo heel vreemd.

Of neem bloedstolling, waar bij de mens het bestaat uit 10 proteinen, zal je bij een walvis er één minder hebben, maar nog steeds functioneel en er zijn vissen die het doen met 6 proteinen.

quote:

Irreduceerbare complexiteit heeft dus in principe niets te maken met de causale vorming van het object zelf. Want natuurlijk is het zo dat de aparte onderdelen allemaal al in de cel aanwezig waren. Wat denk je dat Behe gelooft? Dat de specifieke onderdelen van het flagellum ex nihilo in de cel verschenen door de hand van God? Natuurlijk niet, dat is complete waanzin Het onherleidbaar complex zijn van een object is prima te vereenzelvigen met het al eerder bestaan van de verschillende onderdelen waaruit het object is opgebouwd, en zelfs met het bestaan van aparte functies voor elk van deze onderdelen binnen de cel.

Ik wil liever eerst deze definitie van onherleidbare complexiteit duidelijk hebben voordat we gaan discussiëren of een dergelijk object beter kan worden verklaard door een ontwerper of door natuurlijke selectie. Is nu duidelijk wat ik, en ook wat Behe, bedoel met onherleidbare complexiteit?

Ik betwijfel echt werkelijk of Behe dat bedoelt met irreduceerbare complexiteit, gezien zijn eerdere uitspraken over bijvoorbeeld zijn definitie van de wetenschap en zijn getuigenis in de Dover trail. Die lijken toch echt meer uit te draaien op de definitie die ik even aan hield.

Maar goed zelfs met de definitie die jij aan houd zit een fundamentele fout en dat is dat jij aan de verkeerde kant van het systeem begint. Je ziet een compleet systeem en verwijt het dat het niet meer werkt of geen functie heeft als je er onderdelen bij wegsloopt. Onderzoek toont aan dat dit wel het geval is, zoals bij de Type III secretion system. Het klopt dat het niet dezelfde functie is, maar nergens wordt er beweerd dat dit het geval moet zijn.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:21 schreef jdschoone het volgende:
Voor de zekerheid nog een analogie: Je kunt een primitieve slingshot maken door hout met de goede vorm en een elastische plant aan elkaar vast te maken op een bepaalde manier. Als je er dan een steentje bij neemt, dan kun je gaan jagen. Al de onderdelen van een slingshot liggen voor handen in de natuur. Al deze onderdelen hebben ook een eigen functie binnen de natuur. Maar dat wil nog niet zeggen dat omdat al deze dingen voorhanden zijn in de natuur, slingshots niet onherleidbaar complex zijn. Want de functie van de slingshot (dat je ermee kunt schieten en iets daarmee kunt verwonder of doden) is weg als je oftewel het hout wegneemt, of de elastische plant, of de steen.

Ja maar dat is totaal niet relevant! Op het moment dat jij de steen weghaalt bij de slingshot, dan kan je idd niet schieten met dat ding, maar nog wel gooien, er bestaat dus een andere functie er voor. Dat het wellicht niet bepaald effectief is voor de jacht is ook waar, maar nog steeds niet relevant. Het gooien daarmee kan een geheel andere reden hebben of wel een andere natuurlijk selectie druk. (Wellicht moet ik een bal uit een boom gooien, gaat prima met een slingshot zonder steen.)

Hoe dan ook jij beredeneerd het geheel van de verkeerde kant. Wat belangrijk is is dat de specifieke onderdelen ook los een functie hebben, als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen. Dat is min of meer wat natuurlijke selectie doen, althans het samenbrengen van de twee lossen onderdelen (mutatie) natuurlijk niet, maar de nieuwe functie die daaruit voorvloed selecteren omdat het voordeling is in een bepaalde situatie natuurlijk wel.

Ik snap ook niet echt waar je heen wilt met dit concept van irreducible complexity, want ten eerste is het echt de eerste keer voor mij dat het in deze definitie langskomt en ten tweede zie ik het nut daarvan niet in. Deze definitie voegt niks toe en is zeker geen betere verklaring, al helemaal niet omdat je uitgaat van het bestaande systeem en dan "terugredeneerd".

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:38 schreef Semisane het volgende:

[..]

Goed prima, maar ook die uitleg houd geen stand. Al was het maar omdat het logisch is dat je niet zomaar onderdelen kan weghalen en dat nog verwachten dat een systeem nog werkt, dat lukt zowel bij biologische als levenloze ontworpen objecten niet.

[..]

Maar goed zelfs met de definitie die jij aan houd zit een fundamentele fout en dat is dat jij aan de verkeerde kant van het systeem begint. Je ziet een compleet systeem en verwijt het dat het niet meer werkt of geen functie heeft als je er onderdelen bij wegsloopt. Onderzoek toont aan dat dit wel het geval is, zoals bij de Type III secretion system. Het klopt dat het niet dezelfde functie is, maar nergens wordt er beweerd dat dit het geval moet zijn.

Ik ben blij dat je vindt dat het concept onherleidbare complexiteit logisch is. Dat is het ook, en dan begrijp je ook wat het is. Dan kunnen we het inderdaad gaan hebben over de waarschijnlijkheid dat natuurlijke selectie verantwoordelijk kan zijn voor dit soort systemen.

Jij gaat weer terug naar het TTSS. Zoals eerder gezegd weet ik niet of dit een heel goed voorbeeld is. Maar laten we even aannemen dat het een goed voorbeeld is. Laten we dus even stellen dat er een systeem is dat 10 van de 30 proteïnen bevat die je ook in het flagellum vindt, en dat een bepaalde functie heeft en daarin prima functioneert. Prima.

Mijn punt is dan dit. Om aan te tonen dat een dergelijk systeem is geëvolueerd moet je aantonen dat elke stap in het evolutieproces functioneel was. Zodra iets namelijk dysfunctioneel is, dan wordt het weggeselecteerd, en als het niet positief functioneel is dan wordt het niet geselecteerd. Dus bij elke mutatie moet er een functioneel proces zijn geweest. Met andere woorden: tussen het TTSS en het flagellum moeten veel kleine stappen zijn geweest die elk op hun beurt weer functioneel waren. Je moet in dat geval niet alleen denken aan het aantonen dat alle proteinen op hun beurt een functie hadden binnen de cel, maar veel belangrijker, hoe al die proteinen bij elkaar zijn gekomen om een compleet nieuwe functie te vervullen!

Het is dit laatste wat onduidelijk blijft in alle artikelen die ik over de evolutie van het flagellum heb gelezen. En daar ligt ook de ‘challenge’ voor de evolutietheorie. Helaas focussen biologen zich op compleet andere dingen, en zolang ze dit blijven doen, lijkt me dat het evolutionair verklaringen van het flagellum ver weg blijft.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:47 schreef Semisane het volgende:

[..]

Ja maar dat is totaal niet relevant! Op het moment dat jij de steen weghaalt bij de slingshot, dan kan je idd niet schieten met dat ding, maar nog wel gooien, er bestaat dus een andere functie er voor. Dat het wellicht niet bepaald effectief is voor de jacht is ook waar, maar nog steeds niet relevant. Het gooien daarmee kan een geheel andere reden hebben of wel een andere natuurlijk selectie druk. (Wellicht moet ik een bal uit een boom gooien, gaat prima met een slingshot zonder steen.)

Hoe dan ook jij beredeneerd het geheel van de verkeerde kant. Wat belangrijk is is dat de specifieke onderdelen ook los een functie hebben, als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen. Dat is min of meer wat natuurlijke selectie doen, althans het samenbrengen van de twee lossen onderdelen (mutatie) natuurlijk niet, maar de nieuwe functie die daaruit voorvloed selecteren omdat het voordeling is in een bepaalde situatie natuurlijk wel.

Kijk naar de woorden die je gebruikt. “…als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen.” Ik neem aan dat je niet bedoelt dat op magische wijze als je maar onderdelen (proteinen) die verschillende functie bij elkaar op een hoop gooit, je opeens een bacterieel flagellum krijgt? Natuurlijk niet!

Nogmaals mijn (en Behe’s) punt: Je hebt alle onderdelen. Die hebben allemaal een functie in bepaalde andere systemen, zoals het TTSS. Hoe gaat natuurlijke selectie het voor elkaar krijgen om deze proteinen bij elkaar te krijgen om een compleet nieuwe functie te vervullen. Gaarne wil ik antwoord op deze vraag.