De wetenschappelijke methode

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:25 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Even kort hierop ingaan. Ten eerste is het niet echt een heel oud verhaal, Behe’s boek kwam uit in 1996 ofzo. Maar nu naar de Type III Secretory System (TTSS). Inderdaad, Kenneth Miller geeft aan dat het flagellum wellicht hieruit is geėvolueerd. Maar dat is klink klare onzin. Om de volgende twee redenen:

1: De TTSS heeft 10 proteinen gemeen met het flagellum. Dat betekent dat er nog zo’n 20 andere proteinen zijn die verder niets met het TTSS te maken hebben. De TTSS is dus slechts een deel van het antwoord, als het überhaupt een antwoord is.

2: Dat het geen goed antwoord is komt uit het volgende onderzoek van Milton (Saier, Milton H. (2004), ‘Evolution of Bacterial Type III Protein Secretion Systems’, in: Trends in Microbiology 12, pp. 113-115.) Deze bioloog argumenteert vlekkeloos dat het juist andersom is gebeurd: Het TTSS was niet een biologische voorganger van het flagellum, maar is juist ontstaan uit het flagellum door deleterious mutations. Met andere woorden, eerst was er het flagellum, vervolgens is door een stel mutaties het TTSS uit dit flagellum ontstaan. Milton baseer zijn onderzoek op o.a. evolutionaire datering van de verschijning van TTSS en het flagellum (het flagellum bestond al eerder).

Het lijkt mij duidelijk dat het dus niet het geval kan zijn dat het TTSS iets te maken heeft gehad met de evolutie van het flagellum. Vandaar dat dit geen goed antwoord is op de problematiek die Behe opwerpt, en vandaar is dit nog steeds een issue binnen de biologie (ook al denken sommige biologen daar heel anders over).

Interessant, lees dat artikel vandaag nog wel even door.

Dezelfde bioloog heeft dit artikel 3 jaar later trouwens geschreven:

http://www.microbemagazin(...)7/znw00707000335.pdf

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 11:51 schreef hessels het volgende:
Dezelfde bioloog heeft dit artikel 3 jaar later trouwens geschreven:

http://www.microbemagazin(...)7/znw00707000335.pdf

Die had ik ook al geplaatst, daarin wordt duidelijk gemaakt dat het argument van irreducible complexity geen hout snijd bij het flagellum.

Ik weet niet of het verstandig is om van deze thread een verhandeling te maken over moleculaire biologie, maar vooruit dan maar. Ik vind dit artikel hierboven zelf heel mooi. Ik kende het nog niet maar ik ken wel artikelen van dezelfde strekking. Wat ik er mooi aan vind is dat deze mensen in ieder geval de moeite nemen om inhoudelijk op ID argumenten in te gaan. Dat is iets wat gedaan moet worden en wat goed is voor de wetenschap.

Tegelijkertijd ben ik het oneens met hun conclusie. Op de eerste plaats zeggen ze dat ID de volgende assumpties opwerpt:

1) One part of this claim is that each flagellar component is used solely for the purpose of making a flagellum that, in turn, is used only for motility

2) Further, each flagellar protein is assumed to have appeared independently of the other component proteins.

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum. Als ID voorstanders inderdaad zouden zeggen dat de eiwitten die voorkomen bij het flagellum altijd alleen bij het flagellum voorkomt, dan zouden ze het fout hebben. Maar dat is zeker niet de crux van hun thesis. Omdat het de bovenstaande twee assumpties zijn die dit artikel falsificeert, en omdat ID deze twee assumpties niet aanhangt, vind ik zelf niet dat dit artikel een probleem vormt voor ID.

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

Als ze aantonen dat het flagellum mogelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, dan is de claim van de creationisten, namelijk dat het flagellum onmogelijk door evolutionaire processen tot stand gekomen kan zijn, toch afdoende weerlegd?

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

1) One part of this claim is that each flagellar component is used solely for the purpose of making a flagellum that, in turn, is used only for motility

2) Further, each flagellar protein is assumed to have appeared independently of the other component proteins.

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar wat voor conclusies moet je daar uit trekken dan? Ik zou inderdaad zeggen dat dat neigt naar je punt 1), want anders zie ik het probleem niet.

[ Bericht 1% gewijzigd door Haushofer op 08-07-2010 13:11:20 ]

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:

Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar als er dan een andere functionele constructie overblijft, is dat toch geen bezwaar? Een auto met 3 wielen is een driewieler. Dan kan je roepen dat het geen auto meer is dus dat evolutie onzin is, maar dan sluit je je ogen voor de helft van het verhaal. Er blijft nog steeds een bruikbaar voertuig over.

Mensen zijn mislukte viervoeters.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:15 schreef jdschoone het volgende:
Dit zijn echter beide geen assumpties die ID voorstanders maken. Ze zeggen simpelweg dat de huidige structuur van het flagellum onherleidbaar complex is. Dat wil zeggen, dat de functionaliteit van het flagellum verdwijnt bij verwijdering van een van de componenten van het flagellum.

Maar dat is toch meteen het zwakte bod van het argument van Irreducible complexity? Ze kijken naar een werkend biologisch organisme en gaan dan daar elementen verwijderen en aangeven dat als je dat doet het organisme niet meer werkt, maar dat is natuurlijk de boel omdraaien.

Zo'n flagellum is opgebouwt uit "simpelere"onderdelen die ook voorkomen bij andere organismes, waarbij die "simpelere" onderdelen of op zichzelf een functie hebben of een geheel andere functie. Prima verklaarbaar met de evolutietheorie.

Irreducible complexity is toch echt een beetje naar de natuur kijken zoals William Paley dat deed met zijn "Watchmakers" theorie voorgesteld in "Natural Theology". In plaats kijken hoe iets tot stand komt, kijken naar het tot stand gekomen product en aangeven dat het wel ontworpen moet zijn.

quote:

Tegelijkertijd wordt hier wel een mogelijke manier besproken hoe natuurlijke selectie het flagellum zou hebben kunnen doen ontstaan. Maar daar blijft het ook bij. Dit is typisch iets wat we een ‘just-so story’ noemen in de biologie. Dat wil zeggen: je geeft aan hoe iets mogelijk zou kunnen zijn, zonder dat je aangeeft of het daadwerkelijk ook zo is gebeurd. De conclusie “Natural selection thus accounts for the development of flagellum-driven bacterial motility.” Is daardoor niet te trekken. Wat ze hebben laten zien is dat het wellicht mogelijk is voor natuurlijke selectie om het flagellum te maken. Maar additioneel onderzoek moet aantonen dat dit ook zo is gebeurd.

Maar uiteindelijk hebben we het hier dus over een gevalletje van "Arkham's Razor" uiteindelijk is het dus mogelijk dat het flagellum door natuurlijke selectie is ontstaan, wat nog altijd een betere en simpelere uitleg is dan aan te geven dat dit ontworpen is door een nog te ontdekken ontwerper.

Dat men wellicht nog precies uit moet vogelen welke onderdelen en welke voorgangers er zijn geweest waaruit de flagellum voortkwam, maar het argument van die onderzoekers natuurlijk niet zwakker.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:19 schreef Gaspedaal het volgende:

[..]

Als ze aantonen dat het flagellum mogelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, dan is de claim van de creationisten, namelijk dat het flagellum onmogelijk door evolutionaire processen tot stand gekomen kan zijn, toch afdoende weerlegd?

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

quote:

By irreducibly complex I mean a single system composed of several well-matched, interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively cease functioning."

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 12:57 schreef Semisane het volgende:

[quote]
Zo'n flagellum is opgebouwt uit "simpelere"onderdelen die ook voorkomen bij andere organismes, waarbij die "simpelere" onderdelen of op zichzelf een functie hebben of een geheel andere functie. Prima verklaarbaar met de evolutietheorie.

Alles is opgebouwd uit simpelere onderdelen. Dat betekent nog niet dat alles is geėvolueerd. Een stoel heeft verschillende onderdelen, en de verschillende onderdelen kunnen verschillende functies hebben als ze in andere systemen zitten. Maar stoelen zijn niet geėvolueerd. Je moet nog iets anders aantonen om te spreken over evolutie, namelijk dat er door mutatie en selectie een bepaald systeem daadwerkelijk in elkaar is gezet. Dat doen deze onderzoekers helaas niet.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 13:48 schreef jdschoone het volgende:

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

[..]

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

O nee? Ik had toch de indruk dat het flagellum wel degelijk gebruikt werd om aan te tonen dat de evolutietheorie onjuist is, aan de hand van de volgende redenering:

1. Als de evolutietheorie juist is, bestaan er geen irreducably complex systemen.
2. Het flagellum is een irreducably complex systeem.
3. Daarom is de evolutietheorie onjuist.

Als het flagellum wel degelijk via evolutionaire processen tot stand kan zijn gekomen, kan dat dus geen argument zijn tegen de evolutietheorie, want premisse 2 klopt niet meer. Of het flagellum ook daadwerkelijk via evolutionaire processen tot stand is gekomen, is vraag twee, maar is geen reden om de evolutietheorie dan maar uit de lesprogramma's te schrappen.

Als je het feit dat we niet zeker weten hoe het flagellum tot stand is gekomen gebruikt als argument tegen de evolutietheorie, heb je alleen nog een God of the gaps-argument: de onderzoekers kunnen iets ' helaas' niet aantonen, dus heeft God het gedaan.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 13:48 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Nee. Het is niet voldoende om aan te tonen dat iets ‘mogelijk’ is. God is ook een ‘mogelijk’ antwoord, maar dat maakt het nog niet tot een goed antwoord. De vraag is namelijk of, gegeven twee hypothesen (een Intelligente Ontwerper tegenover natuurlijke selectie) het te bestuderen fenomeen beter kan worden uitgelegd door de ene of de andere hypothese.

Let wel, evolutie is een aantoonbaar fenomeen en evolutie door natuurlijke selectie wordt ondersteunt door een enorme hoeveelheid wetenschappelijk bewijs. Daarin tegen wordt ontwerp door God in z'n geheel niet ondersteunt en is ook geen aantoonbaar fenomeen.

De keuze in deze is dus ook simpel. Als het aantoonbaar is dat een organisme, dat irreducible complex lijkt te zijn, geėvolueerd zou kunnen zijn via natuurlijke selectie, dan is die laatste verklaring te verkiezen boven een eventuele intelligente ontwerper.

Let wel, de onderzoeken geven al aan dat een flagellum door natuurlijke selectie ontstaan kan zijn, het is dus al niet meer irreducible complex!

quote:

Let op dat het concept onherleidbare complexiteit het volgende betekent:

[..]

In de definitie van een onherleidbaar complex systeem zit derhalve niets opgesloten over of dit wel of niet evolutionair mogelijk is. Het argument van Behe is echter dat ontwerp een veel beter antwoord zou zijn voor het bestaan van dit soort systemen dan natuurlijke selectie, omdat het opbouwen van een dergelijk systeem veel moeilijker is voor natuurlijke selectie dan voor een ontwerper. Maar ik denk niet dat Behe of een andere ID voorstander probeert te zeggen dat iets onmogelijk is voor natuurlijke selectie.

Ho ho! Als een organisme door natuurlijke selectie kan ontstaan, waarbij de individuele onderdelen een (andere) functie hebben bij simpelere organismes, dan bestaat irreducible complexity al niet meer.

Je moet dus wel bijna uit gaan dat irreducible complexity evolutie door natuurlijke selectie als verklaring voor organismes uitsluit.

Dat is verder moeilijk is voor natuurlijke selectie om op te bouwen zegt verder niks, het gaat er niet om wat wij als moeilijk bestempelen, het gaat er om of de elementen voor evolutie door natuurlijke selectie aanwezig zijn en keer op keer wordt bewezen dat dit het geval is. Ook dus bij de flagellen.

quote:

Alles is opgebouwd uit simpelere onderdelen. Dat betekent nog niet dat alles is geėvolueerd. Een stoel heeft verschillende onderdelen, en de verschillende onderdelen kunnen verschillende functies hebben als ze in andere systemen zitten. Maar stoelen zijn niet geėvolueerd.

Tja, maar dat is dus een klasieke fout die veel ID-ers maken, iets levenloos als een stoel of een horloge (William Paley) vergelijken met levende organismes. De fout daarin is dat leveloze objecten zoals stoelen zich niet voortplanten en daar vind dus per definitie geen evolutie plaats, die kunnen enkel zijn ontworpen. De vergelijking gaat dus in z'n geheel niet op.

quote:

Je moet nog iets anders aantonen om te spreken over evolutie, namelijk dat er door mutatie en selectie een bepaald systeem daadwerkelijk in elkaar is gezet. Dat doen deze onderzoekers helaas niet.

Nee, bij dit onderzoek gaat het er om dat men kan aantonen dat verschillende onderdelen van de flagellum ook (los) kunnen voorkomen bij andere organismes, wellicht in een andere vorm. Dat alleen weerlegd irreducible complexity al en daar ging het om.

Ik weet niet of men verder nog onderzoek heeft gedaan om te laten zien hoe of welke mutaties hebben plaats gevonden bij die individuele onderdelen, ik kan me persoonlijk niet voorstellen dat dat niet is gedaan. Het stuk geeft zelf al aan:

"Here, we summarize evidence from hundreds of laboratories, including our own, showing that these assumptions are false."

Het gaat hier dus om een samenvatting van verschillend bewijs.

_{Edit: zag nog wat over het hoofd}

[ Bericht 16% gewijzigd door Semisane op 08-07-2010 14:29:08 ]

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:09 schreef Semisane het volgende:
Ho ho! Als een organisme door natuurlijke selectie kan ontstaan, waarbij de individuele onderdelen een (andere) functie hebben bij simpelere organismes, dan bestaat irreducible complexity al niet meer.

Nog een keer de definitie van een onherleidbaar complex systeem:

quote:

By irreducibly complex I mean a single system composed of several well-matched, interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively cease functioning.

Je kunt nu twee vragen stellen. De eerste vraag is of er dingen bestaan die onherleidbaar complex zijn. Dat wil dus zeggen: bestaan er dingen die hun functie verliezen als een onderdeel wordt verwijdert.

Een tweede enaparte vraag is of dit soort systemen (als ze bestaan) door natuurlijke selectie zijn ontstaan.

Ik zie niet in waarom je denkt dat het überhaupt bestaan van onherleidbaar complexe systemen betekent dat natuurlijke selectie deze onmogelijk zou hebben kunnen maken. Dat volgt simpelweg niet uit de definitie van een onherleidbaar complex systeem. En dat volgt ook niet uit redeneringen van ID voorstanders. Denk aan de definitie van ID:

quote:

There are certain features of the universe and of living things are best explained by an intelligent cause, not an undirected process such as natural selection.

Deze definitie zegt nergens dat deze features onmogelijk door natuurlijke selectie kunnen worden uitgelegd. De definitie zegt dat ID simpelweg een betere verklaring of hypothese levert.

Ik hoop dat hiermee duidelijk is waarom ik de conclusies van dit artikel niet zo bijzonder vindt. Het artikel stelt dat het mogelijk is dat het bacterieel flagellum door natuurlijke selectie is gevormd. Maar ID sluit helemaal niet uit dat dit zou kunnen. De vraag is echter of de hypothese dat het flagellum door natuurlijke selectie is veroorzaakt, een betere is dan de hypothese dat het ontworpen is.

Nu kun je wel zeggen dat we evolutie hebben waargenomen en hebben bewezen, en dat is tot op een zekere hoogte wel zo. Maar je moet simpelweg uiterst voorzichtig zijn met inductieprocessen en het generaliseren van de evolutie die wij hebben waargenomen naar systemen zoals onherleidbaar complexe systemen, waar evolutie simpelweg een minder goed antwoord lijkt te zijn. Niet een onmogelijk antwoord: maar het lijkt wel evident te zijn dat natuurlijke selectie veel meer trucs uit de doos moet toveren om dat soort systemen te bouwen.

quote:

Tja, maar dat is dus een klasieke fout die veel ID-ers maken, iets levenloos als een stoel of een horloge (William Paley) vergelijken met levende organismes. De fout daarin is dat leveloze objecten zoals stoelen zich niet voortplanten en daar vind dus per definitie geen evolutie plaats, die kunnen enkel zijn ontworpen. De vergelijking gaat dus in z'n geheel niet op.

Alhoewel stoelen zich niet kunnen voortplanten, zijn stoelen toch echt wel opgebouwd uit simpelere delen die tezamen een functie hebben. Dat organismen zich kunnen voortplanten betekent dat evolutie kan plaatsvinden, maar het feit dat evolutie kan plaatsvinden sluit natuurlijk niet uit dat er dingen ontworpen kunnen zijn. Daarom blijft het voorbeeld intact, want de focus is hier gewoon niet op voortplanting.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:10 schreef Molurus het volgende:
Het is mij ook volstrekt onduidelijk welk punt de ID'ers / jdschoone nu precies willen maken met "onreduceerbare complexiteit". *Wijst nog eens naar zijn signature*

Ik heb het idee dat jdschoone aan wilt tonen dat irreducible complexity een levensvatbaar wetenschappelijk alternatief is tegenover natuurlijke selectie, maar het idee wat Michael Behe is imho al lang en breed weerlegd en ik ken verder ook geen bioloog die dit idee nog serieus neemt.

Bij de flagellum is al aangetoont dat de vermeende irreducible complexity helemaal niet irreducible is en dat geld ook voor andere voorbeelden waar Behe mee kwam, zoals bloedstolling en het oog. _{hoewel die laatste niet expliciet van Behe komt.}

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:35 schreef Semisane het volgende:

[..]

Ik heb het idee dat jdschoone aan wilt tonen dat irreducible complexity een levensvatbaar wetenschappelijk alternatief is tegenover natuurlijke selectie, maar het idee wat Michael Behe is imho al lang en breed weerlegd en ik ken verder ook geen bioloog die dit idee nog serieus neemt.

Dat is inderdaad exact wat ik probeer te doen. En ik ken genoeg biologen die dit idee heel serieus nemen.

quote:

Bij de flagellum is al aangetoont dat de vermeende irreducible complexity helemaal niet irreducible is en dat geld ook voor andere voorbeelden waar Behe mee kwam, zoals bloedstolling en het oog. _{hoewel die laatste niet expliciet van Behe komt.}

Ik weet niet veel af van het bloedstollingsproces of van het oog, dus daar kan ik niets over zeggen. Ik ken wel de meeste argumenten tegen het onherleidbaar-complex zijn van het oog, en allemaal schieten ze voorbij hun doel. Het paper dat hier eerder in het topic werd aangehaald laat bijvoorbeeld helemaal niet zien dat het flagellum niet onherleidbaar complex is….

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:31 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Nog een keer de definitie van een onherleidbaar complex systeem:
[..]

Je kunt nu twee vragen stellen. De eerste vraag is of er dingen bestaan die onherleidbaar complex zijn. Dat wil dus zeggen: bestaan er dingen die hun functie verliezen als een onderdeel wordt verwijdert.

Ja maar dat is, zoals ik al eerder aangaf, de boel omdraaien, de schijnbaar complexe systemen zijn bij elkaar gekomen door kleine geleidelijke veranderingen aan bestaande systemen. Je moet dus niet kijken naar een bestaand systeem en dan concluderen dat individuele onderdelen los van elkaar geen functie hebben, want het is al meerdere malen aangetoond dat die losse onderdelen in simpelere organismes wel een functie hebben, enkel niet dezelfde, maar dat is te verklaren door bijvoorbeeld mutaties.

quote:

Een tweede enaparte vraag is of dit soort systemen (als ze bestaan) door natuurlijke selectie zijn ontstaan.

Bij bestaande systemen of beter organismes wordt keer op keer aangetoond dat dit wel door natuurlijke selectie onstaand of kan ontstaan.

Tot nu toe zijn er geen irreducible complexe systemen ontdekt en de voorbeelden waarmee bijvoorbeeld Behe mee aankwam zijn weerlegd.

quote:

Ik zie niet in waarom je denkt dat het überhaupt bestaan van onherleidbaar complexe systemen betekent dat natuurlijke selectie deze onmogelijk zou hebben kunnen maken. Dat volgt simpelweg niet uit de definitie van een onherleidbaar complex systeem. En dat volgt ook niet uit redeneringen van ID voorstanders. Denk aan de definitie van ID:

Sorry hoor, maar veruit de meeste ID-ers gebruiken het concept irreducible complexity om proberenaan te tonen dat evolutie via natuurlijke selectie niet correct is. Micheal Behe is een exponent hierin, hij mag de definitie wel zo wetenschappelijk mogelijk gemaakt hebben, maar dat neemt niet weg dat in alles wat hij schrijft en zegt naar voren komt dat hij de evolutietheorie niet wilt accepteren.

Hij heeft zelfs erkent dat zijn definitie van wetenschap zo ruim is dat astrologie daar binnen valt, dus begin aub niet over hoe ID-ers het concept irreducible complexity gebruiken.

quote:

Deze definitie zegt nergens dat deze features onmogelijk door natuurlijke selectie kunnen worden uitgelegd. De definitie zegt dat ID simpelweg een betere verklaring of hypothese levert.

Tja, maar het is dus geen betere verklaring, zoveel is nu wel aangetoond.

quote:

Ik hoop dat hiermee duidelijk is waarom ik de conclusies van dit artikel niet zo bijzonder vindt. Het artikel stelt dat het mogelijk is dat het bacterieel flagellum door natuurlijke selectie is gevormd. Maar ID sluit helemaal niet uit dat dit zou kunnen. De vraag is echter of de hypothese dat het flagellum door natuurlijke selectie is veroorzaakt, een betere is dan de hypothese dat het ontworpen is.

Dat lijkt me duidelijk dat de verklaring dat de flagellum is veroorzaakt door natuurlijke selectie een betere is dan de verklaring door ontwerp, dat laatste is namelijk gewoon weg niet wetenschappelijk aan te tonen of je moet de definitie van wetenschap oprekken zoals Michael Behe dat doet, maar laten we dan maar niet gaan doen.

Dat jij dat artikel verder niet bijzonder vind is niet echt van belang, ze tonen gewoon aan dat de verschillende onderdelen te verklaren zijn, dat is genoeg om het idee dat de flagellum irreducible complex is te verwerpen.

quote:

Nu kun je wel zeggen dat we evolutie hebben waargenomen en hebben bewezen, en dat is tot op een zekere hoogte wel zo. Maar je moet simpelweg uiterst voorzichtig zijn met inductieprocessen en het generaliseren van de evolutie die wij hebben waargenomen naar systemen zoals onherleidbaar complexe systemen, waar evolutie simpelweg een minder goed antwoord lijkt te zijn. Niet een onmogelijk antwoord: maar het lijkt wel evident te zijn dat natuurlijke selectie veel meer trucs uit de doos moet toveren om dat soort systemen te bouwen.

Sorry, maar systemen lijken enkel irreducible complex, echter tot nu toe laat onderzoek zien dat er geen irreducibility bestaat binnen biologische systemen, althans de voorbeelden die worden aangedragen door ID-ers of Behe zijn allen verworpen.

quote:

Alhoewel stoelen zich niet kunnen voortplanten, zijn stoelen toch echt wel opgebouwd uit simpelere delen die tezamen een functie hebben. Dat organismen zich kunnen voortplanten betekent dat evolutie kan plaatsvinden, maar het feit dat evolutie kan plaatsvinden sluit natuurlijk niet uit dat er dingen ontworpen kunnen zijn. Daarom blijft het voorbeeld intact, want de focus is hier gewoon niet op voortplanting.

Voorplanting is essentieel voor evolutie via natuurlijke selectie het voorbeeld van stoelen en horloges gaat daar gewoon op stuk. Je kan een biologisch systeem dat zich voortplant gewoon weg niet met levenloze objecten vergelijken. Er zitten te veel fundamentele verschillen tussen.
Het feit dat alles idd via simpelere delen zijn opgebouwd is dan ook het enige wat een levenloos object en een biologisch organisme gemeen hebben in deze, maar dat is weer te verklaren via zoiets als Mandelbrot fractals.

Irreducible Complexity is gewoon geen houdbaar argument voor het bestaan van een Maker, danwel het niet bestaan van evolutie.

Dat mag je wat mij betreft best blijven volhouden jdschoone, maar dat worden dan toch weer de eeuwige discussies die al ettelijke malen gevoerd zijn en iedere keer weer aan de kant van evolutie uitkomen.

Als jij je tijd wil verspillen door daar weer over te beginnen, then by all means. Ik (en ik denk velen met mij) ben er klaar mee.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 14:44 schreef jdschoone het volgende:

[..]

Dat is inderdaad exact wat ik probeer te doen. En ik ken genoeg biologen die dit idee heel serieus nemen.

Nou ja dat kan, maar dat wat jij probeert te doen is imho dus allang weerlegd.

quote:

Ik weet niet veel af van het bloedstollingsproces of van het oog, dus daar kan ik niets over zeggen. Ik ken wel de meeste argumenten tegen het onherleidbaar-complex zijn van het oog, en allemaal schieten ze voorbij hun doel. Het paper dat hier eerder in het topic werd aangehaald laat bijvoorbeeld helemaal niet zien dat het flagellum niet onherleidbaar complex is….

Ja wel! Want de onderdelen zijn niet onherleidbaar complex, ze zijn complex, maar allen te herleiden. Dat is wat er wordt aangetoond, ergo irreducible complexity gaat niet op voor de flagellum.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:00 schreef Semisane het volgende:

Ja wel! Want de onderdelen zijn niet onherleidbaar complex, ze zijn complex, maar allen te herleiden. Dat is wat er wordt aangetoond, ergo irreducible complexity gaat niet op voor de flagellum.

OK. Schijnbaar denk je dat de term onherleidbaar betekent dat het object in kwestie niet valt te herleiden tot eerder bestaande objecten die in de cel aanwezig zijn. Dat is dus niet wat onherleidbaar complex betekent. De Engelse term ‘irreducible’ is daarom ook beter. Het is niet het object zelf dat irreducible is, maar het is de functie die het object uitvoert die irreducible is tot iets anders dan alle onderdelen bij elkaar. Je kunt zeg maar het aantal onderdelen van het object niet reduceren en daarbij dezelfde functie houden. Dat is wat irreduceerbaar complex betekent.

Irreduceerbare complexiteit heeft dus in principe niets te maken met de causale vorming van het object zelf. Want natuurlijk is het zo dat de aparte onderdelen allemaal al in de cel aanwezig waren. Wat denk je dat Behe gelooft? Dat de specifieke onderdelen van het flagellum ex nihilo in de cel verschenen door de hand van God? Natuurlijk niet, dat is complete waanzin. Het onherleidbaar complex zijn van een object is prima te vereenzelvigen met het al eerder bestaan van de verschillende onderdelen waaruit het object is opgebouwd, en zelfs met het bestaan van aparte functies voor elk van deze onderdelen binnen de cel.

Ik wil liever eerst deze definitie van onherleidbare complexiteit duidelijk hebben voordat we gaan discussiėren of een dergelijk object beter kan worden verklaard door een ontwerper of door natuurlijke selectie. Is nu duidelijk wat ik, en ook wat Behe, bedoel met onherleidbare complexiteit?

Voor de zekerheid nog een analogie: Je kunt een primitieve slingshot maken door hout met de goede vorm en een elastische plant aan elkaar vast te maken op een bepaalde manier. Als je er dan een steentje bij neemt, dan kun je gaan jagen. Al de onderdelen van een slingshot liggen voor handen in de natuur. Al deze onderdelen hebben ook een eigen functie binnen de natuur. Maar dat wil nog niet zeggen dat omdat al deze dingen voorhanden zijn in de natuur, slingshots niet onherleidbaar complex zijn. Want de functie van de slingshot (dat je ermee kunt schieten en iets daarmee kunt verwonder of doden) is weg als je oftewel het hout wegneemt, of de elastische plant, of de steen.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:15 schreef jdschoone het volgende:

[..]

OK. Schijnbaar denk je dat de term onherleidbaar betekent dat het object in kwestie niet valt te herleiden tot eerder bestaande objecten die in de cel aanwezig zijn. Dat is dus niet wat onherleidbaar complex betekent. De Engelse term ‘irreducible’ is daarom ook beter. Het is niet het object zelf dat irreducible is, maar het is de functie die het object uitvoert die irreducible is tot iets anders dan alle onderdelen bij elkaar. Je kunt zeg maar het aantal onderdelen van het object niet reduceren en daarbij dezelfde functie houden. Dat is wat irreduceerbaar complex betekent.

Goed prima, maar ook die uitleg houd geen stand. Al was het maar omdat het logisch is dat je niet zomaar onderdelen kan weghalen en dat nog verwachten dat een systeem nog werkt, dat lukt zowel bij biologische als levenloze ontworpen objecten niet.

Wat wel kan is dat simpelere organismes met bepaalde onderdelen van het complexere systeem wel functioneel zijn en dat is ook aangetoont. De flagellum bestaat uit 40 proteinen, 10 daarvan zijn terug te vinden in het Type III secretion system van bijvoorbeeld het Salmonella bacterie, daarin hebben de 10 proteinen wel een andere functie, maar dat is niet van belang.

Wat van belang is dat er dus een functie is. Dat functies van proteinen en gehele stukken DNA kunnen veranderen is wel bekent en dus ook niet zo heel vreemd.

Of neem bloedstolling, waar bij de mens het bestaat uit 10 proteinen, zal je bij een walvis er één minder hebben, maar nog steeds functioneel en er zijn vissen die het doen met 6 proteinen.

quote:

Irreduceerbare complexiteit heeft dus in principe niets te maken met de causale vorming van het object zelf. Want natuurlijk is het zo dat de aparte onderdelen allemaal al in de cel aanwezig waren. Wat denk je dat Behe gelooft? Dat de specifieke onderdelen van het flagellum ex nihilo in de cel verschenen door de hand van God? Natuurlijk niet, dat is complete waanzin Het onherleidbaar complex zijn van een object is prima te vereenzelvigen met het al eerder bestaan van de verschillende onderdelen waaruit het object is opgebouwd, en zelfs met het bestaan van aparte functies voor elk van deze onderdelen binnen de cel.

Ik wil liever eerst deze definitie van onherleidbare complexiteit duidelijk hebben voordat we gaan discussiėren of een dergelijk object beter kan worden verklaard door een ontwerper of door natuurlijke selectie. Is nu duidelijk wat ik, en ook wat Behe, bedoel met onherleidbare complexiteit?

Ik betwijfel echt werkelijk of Behe dat bedoelt met irreduceerbare complexiteit, gezien zijn eerdere uitspraken over bijvoorbeeld zijn definitie van de wetenschap en zijn getuigenis in de Dover trail. Die lijken toch echt meer uit te draaien op de definitie die ik even aan hield.

Maar goed zelfs met de definitie die jij aan houd zit een fundamentele fout en dat is dat jij aan de verkeerde kant van het systeem begint. Je ziet een compleet systeem en verwijt het dat het niet meer werkt of geen functie heeft als je er onderdelen bij wegsloopt. Onderzoek toont aan dat dit wel het geval is, zoals bij de Type III secretion system. Het klopt dat het niet dezelfde functie is, maar nergens wordt er beweerd dat dit het geval moet zijn.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:21 schreef jdschoone het volgende:
Voor de zekerheid nog een analogie: Je kunt een primitieve slingshot maken door hout met de goede vorm en een elastische plant aan elkaar vast te maken op een bepaalde manier. Als je er dan een steentje bij neemt, dan kun je gaan jagen. Al de onderdelen van een slingshot liggen voor handen in de natuur. Al deze onderdelen hebben ook een eigen functie binnen de natuur. Maar dat wil nog niet zeggen dat omdat al deze dingen voorhanden zijn in de natuur, slingshots niet onherleidbaar complex zijn. Want de functie van de slingshot (dat je ermee kunt schieten en iets daarmee kunt verwonder of doden) is weg als je oftewel het hout wegneemt, of de elastische plant, of de steen.

Ja maar dat is totaal niet relevant! Op het moment dat jij de steen weghaalt bij de slingshot, dan kan je idd niet schieten met dat ding, maar nog wel gooien, er bestaat dus een andere functie er voor. Dat het wellicht niet bepaald effectief is voor de jacht is ook waar, maar nog steeds niet relevant. Het gooien daarmee kan een geheel andere reden hebben of wel een andere natuurlijk selectie druk. (Wellicht moet ik een bal uit een boom gooien, gaat prima met een slingshot zonder steen.)

Hoe dan ook jij beredeneerd het geheel van de verkeerde kant. Wat belangrijk is is dat de specifieke onderdelen ook los een functie hebben, als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen. Dat is min of meer wat natuurlijke selectie doen, althans het samenbrengen van de twee lossen onderdelen (mutatie) natuurlijk niet, maar de nieuwe functie die daaruit voorvloed selecteren omdat het voordeling is in een bepaalde situatie natuurlijk wel.

Ik snap ook niet echt waar je heen wilt met dit concept van irreducible complexity, want ten eerste is het echt de eerste keer voor mij dat het in deze definitie langskomt en ten tweede zie ik het nut daarvan niet in. Deze definitie voegt niks toe en is zeker geen betere verklaring, al helemaal niet omdat je uitgaat van het bestaande systeem en dan "terugredeneerd".

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:38 schreef Semisane het volgende:

[..]

Goed prima, maar ook die uitleg houd geen stand. Al was het maar omdat het logisch is dat je niet zomaar onderdelen kan weghalen en dat nog verwachten dat een systeem nog werkt, dat lukt zowel bij biologische als levenloze ontworpen objecten niet.

[..]

Maar goed zelfs met de definitie die jij aan houd zit een fundamentele fout en dat is dat jij aan de verkeerde kant van het systeem begint. Je ziet een compleet systeem en verwijt het dat het niet meer werkt of geen functie heeft als je er onderdelen bij wegsloopt. Onderzoek toont aan dat dit wel het geval is, zoals bij de Type III secretion system. Het klopt dat het niet dezelfde functie is, maar nergens wordt er beweerd dat dit het geval moet zijn.

Ik ben blij dat je vindt dat het concept onherleidbare complexiteit logisch is. Dat is het ook, en dan begrijp je ook wat het is. Dan kunnen we het inderdaad gaan hebben over de waarschijnlijkheid dat natuurlijke selectie verantwoordelijk kan zijn voor dit soort systemen.

Jij gaat weer terug naar het TTSS. Zoals eerder gezegd weet ik niet of dit een heel goed voorbeeld is. Maar laten we even aannemen dat het een goed voorbeeld is. Laten we dus even stellen dat er een systeem is dat 10 van de 30 proteļnen bevat die je ook in het flagellum vindt, en dat een bepaalde functie heeft en daarin prima functioneert. Prima.

Mijn punt is dan dit. Om aan te tonen dat een dergelijk systeem is geėvolueerd moet je aantonen dat elke stap in het evolutieproces functioneel was. Zodra iets namelijk dysfunctioneel is, dan wordt het weggeselecteerd, en als het niet positief functioneel is dan wordt het niet geselecteerd. Dus bij elke mutatie moet er een functioneel proces zijn geweest. Met andere woorden: tussen het TTSS en het flagellum moeten veel kleine stappen zijn geweest die elk op hun beurt weer functioneel waren. Je moet in dat geval niet alleen denken aan het aantonen dat alle proteinen op hun beurt een functie hadden binnen de cel, maar veel belangrijker, hoe al die proteinen bij elkaar zijn gekomen om een compleet nieuwe functie te vervullen!

Het is dit laatste wat onduidelijk blijft in alle artikelen die ik over de evolutie van het flagellum heb gelezen. En daar ligt ook de ‘challenge’ voor de evolutietheorie. Helaas focussen biologen zich op compleet andere dingen, en zolang ze dit blijven doen, lijkt me dat het evolutionair verklaringen van het flagellum ver weg blijft.

quote:

Op donderdag 8 juli 2010 15:47 schreef Semisane het volgende:

[..]

Ja maar dat is totaal niet relevant! Op het moment dat jij de steen weghaalt bij de slingshot, dan kan je idd niet schieten met dat ding, maar nog wel gooien, er bestaat dus een andere functie er voor. Dat het wellicht niet bepaald effectief is voor de jacht is ook waar, maar nog steeds niet relevant. Het gooien daarmee kan een geheel andere reden hebben of wel een andere natuurlijk selectie druk. (Wellicht moet ik een bal uit een boom gooien, gaat prima met een slingshot zonder steen.)

Hoe dan ook jij beredeneerd het geheel van de verkeerde kant. Wat belangrijk is is dat de specifieke onderdelen ook los een functie hebben, als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen. Dat is min of meer wat natuurlijke selectie doen, althans het samenbrengen van de twee lossen onderdelen (mutatie) natuurlijk niet, maar de nieuwe functie die daaruit voorvloed selecteren omdat het voordeling is in een bepaalde situatie natuurlijk wel.

Kijk naar de woorden die je gebruikt. “…als de omstandigheden dat eisen kan het samenbrengen van 2 van die onderdelen op eens een geheel andere functie krijgen.” Ik neem aan dat je niet bedoelt dat op magische wijze als je maar onderdelen (proteinen) die verschillende functie bij elkaar op een hoop gooit, je opeens een bacterieel flagellum krijgt? Natuurlijk niet!

Nogmaals mijn (en Behe’s) punt: Je hebt alle onderdelen. Die hebben allemaal een functie in bepaalde andere systemen, zoals het TTSS. Hoe gaat natuurlijke selectie het voor elkaar krijgen om deze proteinen bij elkaar te krijgen om een compleet nieuwe functie te vervullen. Gaarne wil ik antwoord op deze vraag.