Nieuwe varianten/mutaties virus #1

quote:

Op donderdag 7 januari 2021 17:51 schreef WheeledWarrior het volgende:

[..]

Het komt op mij over alsof ze gewoon niet meer de mankracht hebben om dit er organisatorisch ook nog bij te gaan doen naast het gewone testen, het vaccineren dat nu op gang komt. Hugo wordt gillend gek.

https://www.rivm.nl/nieuws/update-verspreiding-britse-coronavariant-voc-20201201-in-nederland

quote:

Op dit moment worden in Nederlands zo wekelijks ongeveer 350-500 monsters onderzocht. Als er aanleiding is, zijn er mogelijkheden om dit onderzoek uit te breiden.

500 monsters is minder dan 0.2% van het totaal aantal testen, en met ~7000 positieve testen per dag, ~1% van de positieve testen. Als het voorkomen inderdaad nog zo laag is, 1-5%, dan zou je met een hogere intensiteit moeten samplen om er een redelijk inzicht te moeten krijgen.
Nu denken ze 1-5%, dus in hun 500 samples komen ze 5-25 keer de Engelse variant tegen. Dat komt wel ongeveer overeen met het aantal gevallen wat vermeld is in de media.
Maar ze schatten dat er dus 500-2500 gevallen per week zijn al, dat begint al aardig uit de hand te lopen. Ze hadden hier al bijna 3 weken geleden mee kunnen beginnen, en het sequencen kunnen opschalen. Dan was ook het contact tracen nog wel te doen geweest. Maar ja, kerst en zo voor de deur.

quote:

Op donderdag 7 januari 2021 20:09 schreef miss_sly het volgende:

[..]

https://www.staatvenz.nl/kerncijfers/ziekenhuisbedden

Dat is dus echt alle bedden, behalve psychiatrische en in particuliere behandelcentrum. Dus ook voor kinderen en prematuren.

Vergeet niet dat de capaciteit op het moment zelf niet alleen afhangt van het aantal bedden, maar het beschikbare personeel, en daar zijn er op dit moment ook redelijk veel van ziek. Hopelijk wordt dat binnen een paar weken beter als de vaccins beginnen te werken.

quote:

Op donderdag 7 januari 2021 21:29 schreef George_of_the_Jungle het volgende:

[..]

Vergeet niet dat de capaciteit op het moment zelf niet alleen afhangt van het aantal bedden, maar het beschikbare personeel, en daar zijn er op dit moment ook redelijk veel van ziek. Hopelijk wordt dat binnen een paar weken beter als de vaccins beginnen te werken.

Oh, helemaal eens, hoor! Maar StateOfMind vroeg simpelweg om het aantal ziekenhuisbedden dat NL maximaal heeft, en dat is dit.
Maar dat is dus inderdaad zonder personele en apparatuur, en inclusief een heleboel specifieke bedden die je niet zomaar aan een willekeurige patiënt kunt geven.

Linkje naar het onderzoek van het Imperial College London naar de transmissie van de nieuwe variant:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2

quote:

Op woensdag 6 januari 2021 20:36 schreef George_of_the_Jungle het volgende:

[..]

Nederland zou zich op eenzelfde golf moeten voorbereiden. Kijk niet verbaasd op als de lockdown verlengd gaat worden en de verkiezingen uitgesteld.

We zitten al in een lockdown. Wil je nog een lockdown op een lockdown?

https://www.rtlnieuws.nl/(...)-vaccinatie-liveblog

Het Pfizer vaccin werkt ook tegen de nieuwe varianten.

quote:

Op vrijdag 8 januari 2021 07:36 schreef Noek het volgende:

[..]

We zitten al in een lockdown. Wil je nog een lockdown op een lockdown?

Ik wil het einde van deze klotezooi
Maar veel harder kan de lockdown niet inderdaad, al zit ik nu in Engeland wel voor m'n gevoel in een strictere lockdown dan in NL, volgens de Oxford stringency index is dat niet zo (NL 84.26, UK 71.3). Kan ook zijn omdat ik zelf in isolatie zit omdat hier afgelopen zondag terugkwam.
Eigenlijk wel maf dat Engeland schijnbaar lager zit dan Nederland, terwijl de situatie hier toch wel urgenter is. Hmmmm

De index kun je hier vinden: https://www.bsg.ox.ac.uk/research/research-projects/coronavirus-government-response-tracker

Maar wat Nederland vooral kan doen is zoveel mogelijk gevallen van de Engelse variant NU opsporen en opvolgen met contact tracing en zorgen dat zo min mogelijk gevallen ongemerkt binnenkomen, door reizigers in de 5 dagen na aankomst 2 maal te testen, net als Duitsland. Maar aangezien het opleggen van een negatieve test voor aankomst al leidde tot een rechtszaak waarin de rechter aangaf dat de redenering niet goed genoeg onderbouwd was, wat leidde tot een aanpassing in de noodwet, incl debat en stemming, wat dus allemaal vertraging oplevert, lijkt me dat niet reeel. Ze hadden het gewoon beter moeten onderbouwen voor die rechter.
Maar dat soort maatregelen hebben geen effect op de lockdown, maar wel op wanneer de Engelse variant dominant wordt. Piek je er nu elke dag enkele tientallen uit, dan scheelt dat over een paar maanden vele honderden, of zelfs meer, gevallen per dag. Maar pro-actief beleid is niet iets wat je veel ziet in deze pandemie.

Om de topic titel eer aan te doen heb ik eens gekeken hoe het in Zuidelijk Afrika gaat. Ik heb veel vrienden die daar wonen en werken en je hoort toch dat men zich daar redelijk goed aan de regels hield. Een vriendin was behoorlijk geschokt hoe 'slecht' men zich gedroeg in Duitsland toen ze daar met kerst was (voor haar laatste after-kanker check-up). In Zimbabwe was wel wat gedoe met feesten in Harare met O&N en Harare is daarom ook in lockdown gegaan.

Vrachtwagen chaufeurs zijn een grote vector in de verspreiding van ziektes in Afrika. Zambia, Botswana, Zimbabwe zijn landlocked countries waar vrijwel alles binnengebracht wordt met vrachtwagens vanuit Zuid Afrika.
In Zambia ook vanuit Tanzania, maar Tanzania erkend Covid niet en het aantal cases daar staat sinds mei al op 509. Overigens had een grensstadje in Zambia, op de grens met Tanzania in die tijd honderden cases, dus het waart echt wel rond in Tanzania. Heel irritant trouwens voor een collega. De uni zegt dat ze niet naar Tanzania mag vanwege het virus, de overheid in Tanzania zegt dat ze moet doen wat in haar onderzoeksvergunning staat en ze kan Covid niet als reden geven voor uitstel meetings en dergelijke, want Covid bestaat niet in Tanzania. Tussen een rock en een hard place.

Anyway, Zuidelijk Afrika, 7-dagen gemiddelde van nieuwe cases. Het gaat hard omhoog, maar in de meeste landen is het nog steeds relatief weinig tov Europa, alleen in ZA zelf en Namibie zijn er relatief behoorlijk veel gevallen, maar Zimbabwe en Zambia hadden gister ook allebei 800+ gevallen.
Hoe Botswana rapporteert weet ik niet, maar dat lijkt wel heel erratic daar.

Zo'n toename zie je zeker niet overal in Afrika, dus het lijkt me waarschijnlijk dat de Zuid Afrikaanse variant hier wel mee te maken heeft, zeker gezien het totnutoe daar eigenlijk heel goed ging. Maar misschien heeft het ook te maken dat men nu meer binnen zit vanwege het regenseizoen, al is regen in landen als Namibie en Botswana zelfs dan heel sporadisch.

quote:

Op vrijdag 8 januari 2021 08:53 schreef StateOfMind het volgende:
https://www.rtlnieuws.nl/(...)-vaccinatie-liveblog

Het Pfizer vaccin werkt ook tegen de nieuwe varianten.

Goed nieuws want vooral in Engeland werden daar nogal zorgen over geuit!

Hoeveel zin heeft dat nu?

https://www.nu.nl/coronavirus/6100908/zuid-afrikaanse-coronavariant-voor-het-eerst-vastgesteld-in-nederland.html

De besmetting is gister vastgesteld op een monster wat op 22 december afgenomen is. Dus er zit een lag van een paar weken tussen afname en analyse van besmette monsters. En dat met 500 monsters per week die ze doen, maar waarvan ze aangeven dat er capaciteit is om dat uit te breiden.

Er wordt nu een bron en contactonderzoek opgestart. Over achter het net vissen gesproken.

quote:

Op vrijdag 8 januari 2021 17:45 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Hoeveel zin heeft dat nu?

https://www.nu.nl/coronavirus/6100908/zuid-afrikaanse-coronavariant-voor-het-eerst-vastgesteld-in-nederland.html

De besmetting is gister vastgesteld op een monster wat op 22 december afgenomen is. Dus er zit een lag van een paar weken tussen afname en analyse van besmette monsters. En dat met 500 monsters per week die ze doen, maar waarvan ze aangeven dat er capaciteit is om dat uit te breiden.

Er wordt nu een bron en contactonderzoek opgestart. Over achter het net vissen gesproken.

Heel zorgelijk.

Wat is het verschil tussen beide eigenlijk ?

quote:

Op vrijdag 8 januari 2021 19:29 schreef TLC het volgende:
Wat is het verschil tussen beide eigenlijk ?

Niks.

Storm in een glas water.

Nieuw draadje

Dit artikel zette me een beetje aan het denken gister: https://www.economist.com/asia/2020/12/12/the-japanese-authorities-understood-covid-19-better-than-most

Japan heeft weinig cases (al loopt het nu flink op), heel weinig doden, test weinig etc. Hun visie is: closed spaces, crowded places and close-contact settings moeten vermeden worden.

Dus maskers op als je tegen elkaar praat op korte afstand, en de closed spaces en crowded places hangen samen. Ze hebben schijnbaar een level gezet van 1000 ppm CO2, zolang het daaronder is, is een ruimte genoeg geventileerd. Ze hebben zelfs bioscopen vol zitten.

Ik vroeg me af of closed spaces ook bijgedragen kunnen hebben in Engeland. Het valt me op dat in Engeland een heel groot deel van de huizen als volgt is ingedeeld: voordeur in het midden, trap omhoog in het midden, en dan 4 kleine kamers beneden: een zitkamer, een eetkamer, de keuken, en de woonkamer.
Heel vreemd al die kleine kamers, en als je een Brits woonprogramma kijkt is altijd het eerste wat je hoort: "We want a big open space." Maar zelfs nieuwbouwhuizen worden met die kleine kamers gebouwd, the force of tradition is great (maar wel lastig als je een huis met een open keuken-woonkamer wilt vinden!), je kunt vrijwel nooit door een huis heenkijken hier in Engeland.

Maar als je dus mensen thuis ontvangt zit je wel gelijk met z'n alleen in een relatief kleine ruimte, en huizen zijn ook niet de best geventileerde plekken.

Er is veel data die erop wijst dat de Engelse variant, en de ZA variant, echt besmettelijker zijn, maar mogelijk heeft dit ook bijgedragen, nu iedereen veel binnenzit met de ramen dicht. Helpen zal het iig niet lijkt me.

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 12:37 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Dit artikel zette me een beetje aan het denken gister: https://www.economist.com/asia/2020/12/12/the-japanese-authorities-understood-covid-19-better-than-most

Japan heeft weinig cases (al loopt het nu flink op), heel weinig doden, test weinig etc. Hun visie is: closed spaces, crowded places and close-contact settings moeten vermeden worden.

Dus maskers op als je tegen elkaar praat op korte afstand, en de closed spaces en crowded places hangen samen. Ze hebben schijnbaar een level gezet van 1000 ppm CO2, zolang het daaronder is, is een ruimte genoeg geventileerd. Ze hebben zelfs bioscopen vol zitten.

Ik vroeg me af of closed spaces ook bijgedragen kunnen hebben in Engeland. Het valt me op dat in Engeland een heel groot deel van de huizen als volgt is ingedeeld: voordeur in het midden, trap omhoog in het midden, en dan 4 kleine kamers beneden: een zitkamer, een eetkamer, de keuken, en de woonkamer.
Heel vreemd al die kleine kamers, en als je een Brits woonprogramma kijkt is altijd het eerste wat je hoort: "We want a big open space." Maar zelfs nieuwbouwhuizen worden met die kleine kamers gebouwd, the force of tradition is great (maar wel lastig als je een huis met een open keuken-woonkamer wilt vinden!), je kunt vrijwel nooit door een huis heenkijken hier in Engeland.

Maar als je dus mensen thuis ontvangt zit je wel gelijk met z'n alleen in een relatief kleine ruimte, en huizen zijn ook niet de best geventileerde plekken.

Er is veel data die erop wijst dat de Engelse variant, en de ZA variant, echt besmettelijker zijn, maar mogelijk heeft dit ook bijgedragen, nu iedereen veel binnenzit met de ramen dicht. Helpen zal het iig niet lijkt me.

Interessante theorie ja van die kleine kamers.

Al mag je dit van Van Dissel niet zeggen, want die hangt nog steeds de theorie aan dat verspreiding vooral via grote druppels verloopt wanneer men dicht bij elkaar zit. Of is hij inmiddels om?

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 11:12 schreef Momo het volgende:
[ twitter ]
Nieuw draadje

Het mag wel iets minder met de hoofdletters en gebruik woorden die nogal dramatisch zijn ('attack rate'). Dat het bij kinderen meer effect heeft vind ik niet verbazend. De viral load is hoger dus iedereen is iets besmettelijker, maar kinderen houden zich minder aan maatregelen als social distancing (en hoeven zich er ook minder aan te houden). Dus iets besmettelijker worden kan dan snel een groter effect hebben lijkt me.

Ik vind het verschil tussen direct contact en close contact binnen de groepen wel tekenend.
Direct contact: face to face conversation within 1m, skin contact, coughed/spat/sneezed on
Close contact: within 1m for 1min or longer, within 1-2m for 15 min or more over 24 hour period, travelling in a vehicle or plane.

De infectie rate bij direct contact is in beide groepen veeel hoger. 37.362/1.914 =~19.5 keer, in de B117 groep, en 27.495/1/266 = ~21.7 keer in de 'gewone' groep.

@crystal_meth en @DireStraits7 merkten op dat daar natuurlijk niets van klopt.

De kans om besmet te worden is bij een close contact ongeveer 2 keer zo klein als bij een direct contact. 15.6% naar 8.4% bij de Britse variant, en 11.4% naar 6% bij de 'gewone' variant. Bij de SGTF TaqPath data.
Bij de genomic sequencing data (preciezer, maar veel minder data voorhanden) is het patroon ongeveer hetzelfde.
Direct contact -> close contact
Engelse variant: 15.5% : 7.5%
Gewone variant: 11.8% : 5.2%

Ietsjes minder vermindering dus bij de Engelse variant, wat je wel verwacht als die besmettelijker is (2m afstand houden werkt wel, maar iets minder). Maar het verschil is niet groot.

Wel opvallend dat er veel meer direct contacts zijn dan close contacts. Ik zou dat eigenlijk andersom verwachten.

quote:

Direct: face to face contact (for examplea conversation within 1 metre); skin to skin contact (including sexual contact); coughed on, sneezed on or spat onClose: within 1 metre for 1 minute or more (not necessarily face to face); within 1-2 metres for 15 mins or more (could be total 15 mins over 24 hours); travelling in a small vehicle; travelling in a large vehicle or plane (1 metre for 1 min and 1-2 metres for 15 mins)

En dus ongeveer 30-40% meer contacts die besmet raken bij de Engelse variant.

Er is dus een iets hogere kans op besmetting bij de Engelse variant bij close contact, maar je kunt de kans heel erg reduceren als je je aan de regels houdt.
Ik heb eigenlijk niet eerder zulke duidelijke data gezien dat afstand houden echt een veel kleinere kans op besmetting geeft.

[ Bericht 32% gewijzigd door George_of_the_Jungle op 10-01-2021 16:47:04 ]

@VoMy in dat rapport is ook wat data te vinden waar je gister naar op zoek was.
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf

Dat heeft zich wel heel snel verspreid



In 3 weken van 3% naar 64%...

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 13:11 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
@:VoMy in dat rapport is ook wat data te vinden waar je gister naar op zoek was.
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf

Dat heeft zich wel heel snel verspreid

[ afbeelding ]

In 3 weken van 3% naar 64%...

[ afbeelding ]

[ afbeelding ]

[ afbeelding ]

[ afbeelding ]

[ afbeelding ]

Ja pittig snel. Week op week 50% toename in de gevallen van die variant zelf schat ik zo, dus een R van 1,2-1,3. Bahbah. Hoe is dit nog te keren...

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 13:30 schreef VoMy het volgende:

[..]

Ja pittig snel. Week op week 50% toename in de gevallen van die variant zelf schat ik zo, dus een R van 1,2-1,3. Bahbah. Hoe is dit nog te keren...

Wat zou dit voor Nederland betekenen schatten jullie? Als in, hoe lang nog voordat het hier ook duidelijk zichtbaar zal worden?

Zijn er cijfers over de ziekenhuisbezetting in het VK? Ik kan niet zo snel een overzicht vinden zoals wij die wel hebben van stichting Nice of LCPS.

https://www.nemokennislin(...)-zo-snel-verspreidt/

https://www.ssi.dk/aktuel(...)gen-med-cluster-b117

De Engelse variant is nu bij 134 Denen vastgesteld op basis van een analyse van 13% van de positieve proeven in de periode 14 november tot 2 januari. De verwachting is dat het werkelijke aantal 8 keer hoger ligt. In dezelfde periode zijn er 14.753 sequentieproeven uitgevoerd, cluster b1.1.1.7. is bij 0,9% van die proeven vastgesteld.

[ Bericht 0% gewijzigd door pussycatdoll op 09-01-2021 14:40:35 ]

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 13:40 schreef Momo het volgende:
Zijn er cijfers over de ziekenhuisbezetting in het VK? Ik kan niet zo snel een overzicht vinden zoals wij die wel hebben van stichting Nice of LCPS.

Dagelijks opnames, en wekelijkse bezetting en twee-wekelijks uitgesplits naar (grove) leeftijdklasses hier: https://www.england.nhs.uk/statistics/statistical-work-areas/covid-19-hospital-activity/

Gister 29.346 mensen in het ziekenhuis, de groei lijkt ietsjes af te nemen in Londen, maar mogelijk heeft dat met capaciteit te maken, op 5 januari waren er nog 6.500 bedden over (toen 26.467 mensen in het ziekenhuis). Dat is Engeland, dus niet de hele UK.

Hier een onderzoek waar ze hebben gekeken naar Covid transmission strains in de UK.
Een van de belangrijkste conclusies:

quote:

Professor Pybus says: ‘By reconstructing where and when COVID-19 was introduced to the UK we can see that earlier travel and quarantine interventions could have helped to reduce the acceleration and intensity of the UK's first wave of cases.’

En dat is dus waar ik hier al weken over loop te zeuren: doe er alles aan om de huidige gevallen op te sporen en er zoveel mogelijk bij binnenkomst op te pikken.

https://www.zoo.ox.ac.uk/article/covid-19-transmission-chains-uk-traced-through-time-and-space-remarkable-accuracy-using

Net het stukje met Marion Koopmans bij Op1 gister gekeken. Ik heb wel met haar te doen, volgens mij is ze toe aan vakantie. Hopelijk kan ze snel naar China en daar een poosje onderzoek doen zonder de politiek en media achter haar aan. En dan komt er ook nog eens een of andere George uit de jungle om te zeuren.

Ze maakt wat missers en ik vraag me af of dat komt omdat ze al zo lang onder grote druk staat.
Ze zegt onder meer dat de Britse variant rond half november echt begon toe te nemen in Engeland maar dat niet duidelijk was waarom omdat er nog veel meer open was. Maar half november zat Engeland in een lockdown (vanaf 4 november). Scholen en uni's waren nog wel open, maar alleen essentiele winkels waren nog open en je mocht alleen naar je werk als je niet thuis kon werken. Het virus nam toen ook af in Engeland, behalve in de regio waar de Engelse variant de kop op stak (the South East en in mindere mate de East en London).
Er wordt gezegd dat hij 72% meer besmettelijk is, en ze zegt dat dat een schatting is van onderzoekers in Engeland, dat klopt niet, in Engeland schatten ze dat het 40 tot 70% meer besmettelijk is, de 72% komt van Deens onderzoekers.
Dan zegt ze: "We zien hem hier en daar"...Dat komt dus omdat er niet veel naar gezocht wordt, waar ze hem zien zijn toevalstreffers.
In Bergschenhoek zijn schijnbaar inmiddels 37 besmettingen vastgesteld, en ze hebben een 'wat groter onderzoek' gedaan en troffen het in gezinnen en bij grootouders aan, infecties in bijna alle klassen, bijna de helft kinderen had milde klachten.
Ik krijg het gevoel dat ze uitgeput is, misschien is de urgentie er wel, maar lukt het haar niet meer om die over te brengen of uit te stralen. Ook krijg ik het gevoel dat er behoorlijk scepsis is naar buitenlands onderzoek, altijd maar het geloof dat het in Nederland waarschijnlijk or misschien wel anders zou zijn. Liever eerst zelf uitzoeken ipv data en analyses uit het buitenland te vertrouwen.
Ben benieuwd hoe men zich hier achter de schermen op aan het voorbereiden is. Zo, George kruipt weer ff terug zijn jungle in, iig voor een paar uurtjes

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 13:40 schreef Jazeg het volgende:

[..]

Wat zou dit voor Nederland betekenen schatten jullie? Als in, hoe lang nog voordat het hier ook duidelijk zichtbaar zal worden?

Er wordt veel gesproken over februari. Kan maar zo kloppen, elke 2 weken verdubbelen waar de andere variant juist afneemt.

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 11:12 schreef Momo het volgende:
[ twitter ]
Nieuw draadje

Die Feigl Ding is wel een doemprofeet eerste klas zeg, sjongejonge

quote:

Op zaterdag 9 januari 2021 17:38 schreef Owen-Kravecki het volgende:

[..]

Die Feigl Ding is wel een doemprofeet eerste klas zeg, sjongejonge

Wel 1 van de top wetenschappers van Havard, geen koekebakker

quote:

He completed his dual-doctorate in epidemiology and doctorate in nutrition as the youngest dual-doctorate graduate from Harvard SPH at age 23