Nieuwe varianten/mutaties virus #1

Ik zag deze ook voorbij komen. Is dat zo dat veel meer kinderen in het ziekenhuis liggen nu of is dit ook vooral clickbait titel? Is er een Engelse stichting NICE ?

Ik heb behoorlijk moeite met het vinden van data van Engeland. Veel data is per health board, de GGD regios zeg maar. Alleen zijn er geen openbare gis-files met de grenzen van de health boards, en je weet dus ook niet hoeveel mensen er in een health board leven. De grenzen komen niet overeen met de councils of counties. Ik heb wel wat kaartjes voorbij zien komen op twitter, en diegenen gevraagd welke regios gerepresenteerd worden in de kaartjes, maar ik heb totnutoe 0 op het rekest gekregen.
Het beste wat ik heb kunnen vinden is de Google Covid repository op GitHub (via hier), let wel, de master file met alles is >2.5 gigabyte.

Hier (dec 2020 covid publication) staat ook wel wat: https://www.england.nhs.uk/statistics/statistical-work-areas/covid-19-hospital-activity/

Maar dan krijg je aantal opnames per 24u, maar leeftijdsklassen zijn 0-5, 6-17, 18-64 , 65-84.
Maar als ik even kijk naar 6-17 dan zie ik meestal een 0, maar vanaf oktober niet echt meer, en in november en begin december zie ik een paar dagen met 7 of 8 opnames per dag in Engeland. De file loopt alleen maar tot 2 december, en sindsdien is het virus flink toegenomen in Engeland.
Al die data zit in excel files. Er was wel iemand die het bijhield in een GitHub repository, maar die heeft het opgegeven aangezien de data structuur en API constant aangepast werden en er geen gehoor werd gegeven aan vragen en klachten (https://github.com/tomwhite/covid-19-uk-data).

SPOILER

Om spoilers te kunnen lezen moet je zijn ingelogd. Je moet je daarvoor eerst gratis Registreren. Ook kun je spoilers niet lezen als je een ban hebt.

Het Engelse 'dashboard' loopt maar tot 25 december : https://coronavirus.data.gov.uk/details/healthcare

Dan mogen wij nog niet klagen met onze databases, dashboards en ziekenhuis registraties

Het begint nu ook een beetje in het Nederlandse nieuws door te dringen.

Artikel op basis vanhetzelfde als het wetenschappelijke artikel en BBC artikel hier al eerder gepost.
https://www.nu.nl/coronavirus/6099808/britse-studie-nieuwe-coronamutatie-verhoogt-r-met-maximaal-07.html

En een artikel in over ziekenhuisbezetting in Londen.
https://www.nu.nl/coronavirus/6099827/ic-afdelingen-londense-ziekenhuizen-lagen-vol-op-oudjaarsavond.html

quote:

Ziekenhuizen in de Britse hoofdstad Londen staan door de coronapandemie onder enorme druk. In zeker drie instellingen waren de afdelingen intensive care "vol" op oudejaarsavond, bericht Sky News op basis van een gelekte e-mail van gezondheidsdienst NHS.

Het gaat om de ziekenhuizen North Middlesex University Hospital, Barnet Hospital en Whittington Hospital. Daar moesten sommige ernstig zieke patiënten wachten tot ze overgebracht konden worden naar een andere locatie. Een ander ziekenhuis in Londen, het Royal Free, zou 58 IC-patiënten behandelen, terwijl er normaliter maar 34 IC-bedden staan.

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 10:04 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Het begint nu ook een beetje in het Nederlandse nieuws door te dringen.

Artikel op basis vanhetzelfde als het wetenschappelijke artikel en BBC artikel hier al eerder gepost.
https://www.nu.nl/coronavirus/6099808/britse-studie-nieuwe-coronamutatie-verhoogt-r-met-maximaal-07.html

En een artikel in over ziekenhuisbezetting in Londen.
https://www.nu.nl/coronavirus/6099827/ic-afdelingen-londense-ziekenhuizen-lagen-vol-op-oudjaarsavond.html
[..]

Maar wij gaan nog 16 dagen wachten voordat we in NL gaan beginnen met iets dat op grootschalig vaccineren moet lijken.

Data is nu geupdate tot 31 dec voor het huidig aantal mensen in het ziekenhuis, nieuwe opnames tot 28 december. In de laatste dagen voor 28 dec werden ruim 2500 mensen per dag opgenomen, bijna net zo veel als op de piek in april.
Het huidig aantal opgenomen mensen is wat gecorrigeerd. Op 29 dec waren er 1300 meer dan op 28 dec, op 30 dec waren het er ruim 900 meer dan op 28 dec, maar op 31 dec waren het er maar 15 meer dan op 30 dec. Daar zal ook wat rapporteer-achterstand zijn lijkt me.

De grijze gebieden zijn lockdown periodes waarin non-essentiele winkels dicht waren. Op dit moment zit het grootste deel van de UK ook weer in zo'n periode eigenlijk. 7-daagse gemiddeldes.

Het huidig aantal opgenomen mensen.


Het aantal nieuw opgenomen mensen per dag.

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 13:41 schreef Hamzoef het volgende:
https://www.nu.nl/coronav(...)met-maximaal-07.html

Er is al veel geschreven over die Britse mutatie die besmettelijker zou zijn, wat kan leiden tot een verhoging van de R0 met maximaal 0.7

Ik lees echter nergens hoe dat gebeurt, en of extra maatregelen helpen. Van de oorspronkelijke variant weten we bijvoorbeeld dat 1,5 meter afstand houden het risico op besmetting enorm verkleint.

Maar op welke manier is dit besmettelijker? Is dat als je je niet aan de maatregelen houdt? Als je je nu niet aan de maatregelen houdt wordt je niet per definitie besmet ook al kom me even te dicht bij een besmet persoon. Is die kans dat je daar ‘ongestraft’ mee weg komt bij die mutatie kleiner?

Of is de kans dat wanneer je op 1,5 meter blijft dat je besmet wordt ook aanzienlijk groter? Of worden er bijvoorbeeld meer virusdeeltjes met aerosolen uitgestoten door degene die met deze mutatie besmet zijn?

Ik lees hier maar weinig over, terwijl me dit wel belangrijk lijkt.

Volgens mij heb ik gelezen (of tenminste zo interpreteerde ik het), dat bij deze nieuwe strain een besmet persoon gemiddeld gezien een hogere viral load heeft. Dat zou dan betekenen dat de kans groter is dat hij/zij anderen besmet. 1,5m is sowieso ook maar een richtlijn nu, in sommige landen is het 1 meter of juist 2 meter. Als jij een dag lang bij iemand in een kleine kamer zit die corona heeft en besmettelijk is maakt het ook niet zo veel uit dat jij dan de hele dag op 3 meter van die gene zit.

Ik las volgens mij ook ergens dat het beter zou hechten aan cellen.
Wat ik wel als een lichtpuntje zie is dat de huidige R in Engeland op 1.1 tot 1.3 wordt geschat. En dat is dus terwijl wel een groot deel van de besmettingen gedreven is door de nieuwe variant. Maar 1.3 met de huidige omstandigheden in de ziekenhuizen in Engeland is wel ernstig.

11 gevallen van de mutatie in Zweden waarvan 1 de Zuid-Afrikaanse variant. Allen gekoppeld aan een reis vanuit een ander land. Tot zover nog geen lokale verspreiding gevonden.

https://www.expressen.se/nyheter/senaste-nytt-om-coronaviruset/

In Denemarken is de situatie anders daar zijn 86 gevallen met de coronamutatie gevonden op basis van een analyse van 11% van de positieve testresultaten. Het Deense RIVM verwacht dat het werkelijke aantal 9 keer hoger ligt wat neerkomt op 774 gevallen.

https://nyheder.tv2.dk/20(...)preder-sig-i-danmark

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 15:30 schreef pussycatdoll het volgende:
11 gevallen van de mutatie in Zweden waarvan 1 de Zuid-Afrikaanse variant. Allen gekoppeld aan een reis vanuit een ander land. Tot zover nog geen lokale verspreiding gevonden.

https://www.expressen.se/nyheter/senaste-nytt-om-coronaviruset/

In Denemarken is de situatie anders daar zijn 86 gevallen met de coronamutatie gevonden op basis van een analyse van 11% van de positieve testresultaten. Het Deense RIVM verwacht dat het werkelijke aantal 9 keer hoger ligt wat neerkomt op 774 gevallen.

https://nyheder.tv2.dk/20(...)preder-sig-i-danmark

Gelukkig is de R maar een loos en statistisch getal, dus kunnen we niet bijster veel conclusies trekken aan de mogelijke toename van 0.7 met deze nieuwe varianten.

Dat zijn geen goede cijfers uit Denemarken....

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 18:10 schreef Momo het volgende:

[..]

[ twitter ]

Wow, in drie weken van 0.2% naar 2.3%...

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 20:59 schreef crystal_meth het volgende:

[..]

Wow, in drie weken van 0.2% naar 2.3%...

Het scenario dat deze variant ook hier toe gaat slaan is niet zo moeilijk te bedenken...

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 22:18 schreef capricia het volgende:

[..]

Die Engelse variant zal er zeker zijn. Als ik dit zo lees:
[..]

https://uk.mobile.reuters(...)tter_impression=true

In Ierland, die relatief heel weinig corona had tot nu toe is er sinds 2 weken een scherpe stijging, en de systemen konden het registreren van de aantallen niet aan (waar kennen we dat van ), waardoor ze een flinke achterstand in de registratie hebben.

Ff gekeken naar cases en deaths in Europa, er is eigenlijk maar bij 2 landen echt een stijgende lijn op dit moment. Sommige hebben een beetje een stijgende lijn (Estland, Letland), of misschien een stijgende lijn (Portugal, Spanje, Zweden). Maar de twee landen waar er dus echt een stijgende lijn is, zijn de 2 landen waar de Engelse variant al veel aanwezig is.



Ik cross-post dit ook ff in het VK en ZA topic.

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 22:30 schreef luxerobots het volgende:

[..]

Het scenario dat deze variant ook hier toe gaat slaan is niet zo moeilijk te bedenken...

Is er dan een directe vliegverbinding tussen Stockholm en nederland? 😉

quote:

Op zondag 3 januari 2021 10:43 schreef eragon2890 het volgende:

[..]

Is er dan een directe vliegverbinding tussen Stockholm en nederland? 😉

Ja

quote:

Op zondag 3 januari 2021 11:51 schreef miss_sly het volgende:

[..]

Ja

Gelukkig, dan kijkt het RIVM er tenminste ook naar

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 20:59 schreef crystal_meth het volgende:

[..]

Wow, in drie weken van 0.2% naar 2.3%...

In de steekproeven in 2 van de 3 weken ruim een verdubbeling (0.2 naar 0.5 en 0.9 naar 2.3) en een keer bijna (0.5 naar 0.9). Als je schat dat er nu bijna 800 gevallen in Denemarken zijn dan kun je wel uitrekenen wanneer het daar problematisch wordt. Zeker gezien er niet gefocused wordt op het vinden van cases in de steekproeven, oftewel het is behoorlijk representatief.
Ik hoop dat het RIVM daar inmiddels ook zicht op heeft. _{I know, wishful thinking}

Ik ben vandaag van NL naar de UK gereden. Ging smooth, maar de roep om een harde lockdown hier in de UK lijkt aardig te groeien. Ik zit de komende 10 dagen sowieso thuis.

quote:

Op zaterdag 2 januari 2021 20:59 schreef crystal_meth het volgende:

[..]

Wow, in drie weken van 0.2% naar 2.3%...

Wel in combinatie met afnemende positieve testen op het einde volgens mij?

quote:

Op zondag 3 januari 2021 19:54 schreef VoMy het volgende:

[..]

Wel in combinatie met afnemende positieve testen op het einde volgens mij?

Maar dat maakt voor een steekproef toch niet uit? Je test 1.000 samples van 20.000 of van 10.000, het percentage is tov de samples toch? Of is het een geschat percentage tov het totaal aantal positieve tests? Ff kijken of ik dat kan checken in het Deense rapport voordat m'n eten arriveert, de stop van de vriezer was doorgeslagen tijdens onze vakantie, en mag nu niet ff naar de supermarkt

quote:

er er nu påvist 86 tilfælde af denne virusvariant i Danmark. Den udgør dermed 0,8% af de ca. 10.300 sekventerede prøver i perioden fra uge 47 til uge 52.

Andelen af påviste tilfælde er stiger imidlertid, og i uge 52 udgjorde cluster B.1.1.7. 2,3% af alle de sekventerede prøver.

Der er stor geografisk variation i spredningen. I uge 52 udgjorde varianten således cirka 7,1% af sekventerede prøver i Region Nordjylland, 5,2% af de sekventerede prøver i Region Sjælland, 2.3 % af de sekventerede prøver i Region Midtjylland, og 1% og derunder af de sekventerede prøver i Region Hovedstaden og Region Syddanmark.

Da SSI kun har sekventeret 11% af de positive prøver, forventes det, at det reelle antal personer, som er smittet med denne variant, vil være cirka ni gange højere.

Daar maakt Google Translate van::

quote:

86 cases of this virus variant have now been detected in Denmark. It thus constitutes 0.8% of the approx. 10,300 sequenced samples in the period from week 47 to week 52.

The proportion of cases detected is increasing, however, and in week 52 cluster B.1.1.7. 2.3% of all the sequenced samples.

There is great geographical variation in the spread. In week 52, the variant thus accounted for approximately 7.1% of sequenced samples in Region North Jutland, 5.2% of the sequenced samples in Region Zealand, 2.3% of the sequenced samples in Region Central Jutland, and 1% and less of the sequenced samples in The Capital Region of Denmark and the Region of Southern Denmark.

Since SSI has sequenced only 11% of the positive samples, it is expected that the actual number of people infected with this variant will be approximately nine times higher.

Dus het zijn percentages tov het aantal geanalyseerde samples, en zou dus als daadwerkelijk toename geinterpreteerd kunnen worden. Dat er veel geografische variatie is duidt er ook op dat het daardwerkelijk snel toeneemt als het ergens is, en dus besmettelijker is. Alleen kan dat wel voor bias in de samples zorgen, afhankelijk van hoe samples geselecteerd worden voor analyse en hoeveel samples geanalyseerd worden. Maar ze analyseren 11% van de positieve samples, dus ik denk dat het wel meevalt met de bias.
Wel opmerkelijk dat het in de Kopenhagen laag is, maar ook dat duidt er eigenlijk op dat het erg besmettelijk is. Hoe besmettelijker hiet is, hoe meer invloed chance events en mass spread events hebben. Dus toeval dat het in Noord Jutland al zo veel aanwezig is. Net zoals het op een basisschool in Rotterdam opdook, of in Friesland.