Het grote bètastudententopic! #72

Index

» school, studie en onderwijs

actieve topics nieuwe topics
abonnement Unibet Coolblue
pi_160107475
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:10 schreef Anoonumos het volgende:
De nulhypothese is dat gen 1 en gen 2 niet differentially expressed zijn.

Dus onder de nulhypothese maakt het niet uit als je de groepen door elkaar gooit. Dat doe je dus met die permutaties.

Maar blijkbaar is dat niet gerechtvaardigd want t (de echte waarneming) is veel groter dan de meeste t* (uitkomsten van de permutaties), met andere woorden de p-value is klein, dus je concludeert dat ze wel differentially expressed zijn.
Maar het is dus correct dat ik een one-sample t-test neem met alle data van hetzelfde gen als basis t-stat en niet een two-sample t-test waarbij de data van ALL en AML zijn gescheiden?
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160107476
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:15 schreef Anoonumos het volgende:

[..]

Oke deze zin klopt biologisch niet geloof ik

Of een gen differentially expressed is op sample 1 en 2
Ja boeie, ik snap je. :P
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160107617
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:17 schreef Rezania het volgende:

[..]

Maar het is dus correct dat ik een one-sample t-test neem met alle data van hetzelfde gen als basis t-stat en niet een two-sample t-test waarbij de data van ALL en AML zijn gescheiden?
Nee moet two-sample zijn lijkt me
pi_160107855
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:22 schreef Anoonumos het volgende:

[..]

Nee moet two-sample zijn lijkt me
Oké, aangepast. Nu heb ik dit:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28		% calculate the original t-statistic for CCND3
matlab_tstat = t.tstat
% select the number of permutation
nperm = 1000
for i = 1 : nperm
% generate a new label vector (for now all labels are zero -> ALL)
l = zeros(length(labels),1);
% randomly generate 11 indices between 1 and 38
r = randperm(38,11);
% assign ones to the random 11 indices (random AML samples)
l(r) = 1;
% find the indices of the ALL and ALL samples
randALL = find(l == 0);
randAML = find(l == 1);
% extract the random samples from the original data
rALL = data(1042, randALL);
rAML = data(1042, randAML);
% calculate the t-statistic between rALL and rAML for iteration i
[~,~,~,g] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstat(i) = g.tstat
end
% plot the histogram of all the t-statistics you calculated
figure, hist(rand_tstat)
% draw a line at the original t-statistic value
line([matlab_tstat matlab_tstat], [0 200], ...
'LineWidth',2,'Color','r', 'LineStyle', '--')
% calculate the permutation-based p-value
perm_pvalue = (find(rand_tstat >= t.tstat))/nperm
Komt er dit uit:
1
2
3		perm_pvalue =

   Empty matrix: 1-by-0
:') Help
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160108023
sum in plaats van find

Geeft dus 0
pi_160108072
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:36 schreef Anoonumos het volgende:
sum in plaats van find

Geeft dus 0
Ahhhhh. Het werkt nu. Held (weer!) _O_
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160108079
Wel fucking gare data zo, maar ja, als zij dit zo willen. :')
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160108182
Je moet denk ik wel absolute waardes van t bekijken. Tweezijdige test dit dat.
pi_160108225
quote:
0s.gif Op zondag 21 februari 2016 23:42 schreef Anoonumos het volgende:
Je moet denk ik wel absolute waardes van t bekijken. Tweezijdige test dit dat.
Zou geen verschil moeten maken qua resultaten, maar kan het voor de zekerheid wel bijzetten.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160108569
Alleen nog een Wilcoxon rank-sum test, maar dat komt morgen wel. :')
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160147289
Gewoon geen één error gekregen met Matlab vandaag. _O_
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160167753
quote:
1s.gif Op dinsdag 23 februari 2016 14:57 schreef Rezania het volgende:
Gewoon geen één error gekregen met Matlab vandaag. _O_
En ik ben al m'n memory leaks kwijt. :D
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
pi_160170299
quote:
7s.gif Op woensdag 24 februari 2016 04:16 schreef wimjongil het volgende:

[..]

En ik ben al m'n memory leaks kwijt. :D
8-)
C/C++?
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160180460
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 11:01 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

8-)
C/C++?
C ja. In het eerste jaar van informatica krijg je daarin de meest fundamentele vakken. Omdat je overal op moet letten leer je er wel netjes door programmeren.
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
pi_160180719
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 17:43 schreef wimjongil het volgende:

[..]

C ja. In het eerste jaar van informatica krijg je daarin de meest fundamentele vakken. Omdat je overal op moet letten leer je er wel netjes door programmeren.
Dat heeft voordelen. Wij moeten al die shit maar zelf zien uit te vogelen.
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160189716
Environmental Biotechnology, Industrial Microbiology en Synthetic Biology aangeschreven voor mijn bachelor eindproject. Nu hopen op positieve reacties. :P
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160190233
Ik koos de enige groep waar je geen experimenten hoefde te doen. 8-)
pi_160190353
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 22:41 schreef Anoonumos het volgende:
Ik koos de enige groep waar je geen experimenten hoefde te doen. 8-)
_O- Ik kies juist groepen waar ik eindelijk weer op _O_ het lab _O_ mag staan. :P
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160190887
http://www.observantonlin(...)m-nu-student-te-zijn
Heel veel klaagzang over prestatiedruk, maar wat me opvalt is dat er alleen maar studenten worden genoemd die van die massastudies volgen.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
  woensdag 24 februari 2016 @ 23:32:54 #170
447890 molletjebolletje
de mol is je beste vriend
pi_160192076
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 22:58 schreef Rezania het volgende:
http://www.observantonlin(...)m-nu-student-te-zijn
Heel veel klaagzang over prestatiedruk, maar wat me opvalt is dat er alleen maar studenten worden genoemd die van die massastudies volgen.
+1
"What difference does it make to the dead, the orphans, and the homeless, whether the mad destruction is wrought under the name of totalitarianism or the holy name of liberty or democracy?" ~Mahatma Gandhi
  woensdag 24 februari 2016 @ 23:35:30 #171
122648 Bravebart
København er på plads ja
pi_160192138
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 22:44 schreef Rezania het volgende:

[..]

_O- Ik kies juist groepen waar ik eindelijk weer op _O_ het lab _O_ mag staan. :P
Je lijkt een enorme Lijenaar, waarom kom je dan naar Delft?
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
pi_160192153
quote:
10s.gif Op woensdag 24 februari 2016 23:35 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Je lijkt een enorme Lijenaar, waarom kom je dan naar Delft?
Omdat Leiden meh is. Hoe kom je erbij dat ik een Lijenaar ben?
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
  woensdag 24 februari 2016 @ 23:43:08 #173
122648 Bravebart
København er på plads ja
pi_160192393
quote:
10s.gif Op woensdag 24 februari 2016 23:35 schreef Rezania het volgende:

[..]

Omdat Leiden meh is. Hoe kom je erbij dat ik een Lijenaar ben?
Qua dingen waar je het hier over hebt; genetisch modificeren, genen, plasmiden enzo. Heel Leids imho :P
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
pi_160192414
quote:
10s.gif Op woensdag 24 februari 2016 23:43 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Qua dingen waar je het hier over hebt; genetisch modificeren, genen, plasmiden enzo. Heel Leids imho :P
IMB doet bijna niks anders. _O- Het ligt eraan wat je ermee doet, niet waar je het doet. :P
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
  woensdag 24 februari 2016 @ 23:51:23 #175
122648 Bravebart
København er på plads ja
pi_160192648
quote:
0s.gif Op woensdag 24 februari 2016 23:43 schreef Rezania het volgende:

[..]

IMB doet bijna niks anders. _O- Het ligt eraan wat je ermee doet, niet waar je het doet. :P
Klopt, IMB is ook een stukje Leiden dat verdwaald is in Delft :P
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
actieve topics nieuwe topics
abonnement Unibet Coolblue
Het grote bètastudententopic! #72
Index

» school, studie en onderwijs

Forum Opties
Forumhop:
Hop naar:
(afkorting, bv 'KLB')