SES School, Studie en Onderwijs
Wiskunde in de brugklas, Frans voor het examen of een studie Personeel en Arbeid? Moeilijke formulieren van DUO? Iets weten over studiefinanciering of studentenverenigingen? Dit is het forum voor leerkrachten, scholieren en studenten, van brugklas tot uni
Maar het is dus correct dat ik een one-sample t-test neem met alle data van hetzelfde gen als basis t-stat en niet een two-sample t-test waarbij de data van ALL en AML zijn gescheiden?quote:Op zondag 21 februari 2016 23:10 schreef Anoonumos het volgende:
De nulhypothese is dat gen 1 en gen 2 niet differentially expressed zijn.
Dus onder de nulhypothese maakt het niet uit als je de groepen door elkaar gooit. Dat doe je dus met die permutaties.
Maar blijkbaar is dat niet gerechtvaardigd want t (de echte waarneming) is veel groter dan de meeste t* (uitkomsten van de permutaties), met andere woorden de p-value is klein, dus je concludeert dat ze wel differentially expressed zijn.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Ja boeie, ik snap je.quote:
[..]
Oke deze zin klopt biologisch niet geloof ik
Of een gen differentially expressed is op sample 1 en 2
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Nee moet two-sample zijn lijkt mequote:
[..]
Maar het is dus correct dat ik een one-sample t-test neem met alle data van hetzelfde gen als basis t-stat en niet een two-sample t-test waarbij de data van ALL en AML zijn gescheiden?
Oké, aangepast. Nu heb ik dit:quote:
[..]
Nee moet two-sample zijn lijkt me
| 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 | % calculate the original t-statistic for CCND3 matlab_tstat = t.tstat % select the number of permutation nperm = 1000 for i = 1 : nperm % generate a new label vector (for now all labels are zero -> ALL) l = zeros(length(labels),1); % randomly generate 11 indices between 1 and 38 r = randperm(38,11); % assign ones to the random 11 indices (random AML samples) l(r) = 1; % find the indices of the ALL and ALL samples randALL = find(l == 0); randAML = find(l == 1); % extract the random samples from the original data rALL = data(1042, randALL); rAML = data(1042, randAML); % calculate the t-statistic between rALL and rAML for iteration i [~,~,~,g] = ttest2(rALL,rAML) rand_tstat(i) = g.tstat end % plot the histogram of all the t-statistics you calculated figure, hist(rand_tstat) % draw a line at the original t-statistic value line([matlab_tstat matlab_tstat], [0 200], ... 'LineWidth',2,'Color','r', 'LineStyle', '--') % calculate the permutation-based p-value perm_pvalue = (find(rand_tstat >= t.tstat))/nperm |
| 1 2 3 | perm_pvalue = Empty matrix: 1-by-0 |
Help
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Wel fucking gare data zo, maar ja, als zij dit zo willen.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Zou geen verschil moeten maken qua resultaten, maar kan het voor de zekerheid wel bijzetten.quote:
Je moet denk ik wel absolute waardes van t bekijken. Tweezijdige test dit dat.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Alleen nog een Wilcoxon rank-sum test, maar dat komt morgen wel.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Gewoon geen één error gekregen met Matlab vandaag. 
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
En ik ben al m'n memory leaks kwijt.quote:Op dinsdag 23 februari 2016 14:57 schreef Rezania het volgende:
Gewoon geen één error gekregen met Matlab vandaag.
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
Haal van internet af man.
quote:Op woensdag 24 februari 2016 04:16 schreef wimjongil het volgende:
[..]
En ik ben al m'n memory leaks kwijt.
C/C++?
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
#NoDAPL
C ja. In het eerste jaar van informatica krijg je daarin de meest fundamentele vakken. Omdat je overal op moet letten leer je er wel netjes door programmeren.quote:
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
Haal van internet af man.
Dat heeft voordelen. Wij moeten al die shit maar zelf zien uit te vogelen.quote:
[..]
C ja. In het eerste jaar van informatica krijg je daarin de meest fundamentele vakken. Omdat je overal op moet letten leer je er wel netjes door programmeren.
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
#NoDAPL
Environmental Biotechnology, Industrial Microbiology en Synthetic Biology aangeschreven voor mijn bachelor eindproject. Nu hopen op positieve reacties.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
quote:
Ik koos de enige groep waar je geen experimenten hoefde te doen.
Ik kies juist groepen waar ik eindelijk weer op het lab mag staan.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
http://www.observantonlin(...)m-nu-student-te-zijn
Heel veel klaagzang over prestatiedruk, maar wat me opvalt is dat er alleen maar studenten worden genoemd die van die massastudies volgen.
Heel veel klaagzang over prestatiedruk, maar wat me opvalt is dat er alleen maar studenten worden genoemd die van die massastudies volgen.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
+1quote:
http://www.observantonlin(...)m-nu-student-te-zijn
Heel veel klaagzang over prestatiedruk, maar wat me opvalt is dat er alleen maar studenten worden genoemd die van die massastudies volgen.
"What difference does it make to the dead, the orphans, and the homeless, whether the mad destruction is wrought under the name of totalitarianism or the holy name of liberty or democracy?" ~Mahatma Gandhi
Je lijkt een enorme Lijenaar, waarom kom je dan naar Delft?quote:
[..]
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Omdat Leiden meh is. Hoe kom je erbij dat ik een Lijenaar ben?quote:Op woensdag 24 februari 2016 23:35 schreef Bravebart het volgende:
[..]
Je lijkt een enorme Lijenaar, waarom kom je dan naar Delft?
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Qua dingen waar je het hier over hebt; genetisch modificeren, genen, plasmiden enzo. Heel Leids imhoquote:
[..]
Omdat Leiden meh is. Hoe kom je erbij dat ik een Lijenaar ben?
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
IMB doet bijna niks anders.quote:
[..]
Qua dingen waar je het hier over hebt; genetisch modificeren, genen, plasmiden enzo. Heel Leids imho
Het ligt eraan wat je ermee doet, niet waar je het doet.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Klopt, IMB is ook een stukje Leiden dat verdwaald is in Delftquote:
[..]
IMB doet bijna niks anders.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Uhm nee, is gewoon toegepaste wetenschap.quote:
[..]
Klopt, IMB is ook een stukje Leiden dat verdwaald is in Delft
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Uuh nee. Desalniettemin geen slechte groep om BSc-stage bij te lopenquote:
[..]
Uhm nee, is gewoon toegepaste wetenschap.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Ja, want die industriële opdrachtgevers zijn natuurlijk enkel geïnteresseerd in antwoord op de fundamentele vragen des levens. Het doel van IMB is en zal altijd zijn het toepassen van micro-organismen ten behoeve van de industrie. Als jij denkt dat dat fundamentele wetenschap is doen ze in Leiden enkel aan filosofie volgens jou.quote:Op donderdag 25 februari 2016 00:02 schreef Bravebart het volgende:
[..]
Uuh nee. Desalniettemin geen slechte groep om BSc-stage bij te lopen
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Het schijnt dat de algebra-groep in Leiden goed is. Dat mag je rustig fundamenteel onderzoek noemen.
Het antwoord op de fundamentele vragen van het leven is natuurlijk 42.
Het antwoord op de fundamentele vragen van het leven is natuurlijk 42.
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
#NoDAPL
Je trekt nu compleet maffe conclusies uit mijn posts, maargoedquote:
[..]
Ja, want die industriële opdrachtgevers zijn natuurlijk enkel geïnteresseerd in antwoord op de fundamentele vragen des levens. Het doel van IMB is en zal altijd zijn het toepassen van micro-organismen ten behoeve van de industrie. Als jij denkt dat dat fundamentele wetenschap is doen ze in Leiden enkel aan filosofie volgens jou.
Natuurlijk zijn ze toegepast, het is een TU, maar het werk wat ze doen is 90% Leids, met 10% toepassing in het achterhoofd. Compleet anders dan veel ander onderzoek op de TU 
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Uiteraard, Leiden is geen TU dus per definitie fundamenteler.quote:
Het schijnt dat de algebra-groep in Leiden goed is. Dat mag je rustig fundamenteel onderzoek noemen.
Het antwoord op de fundamentele vragen van het leven is natuurlijk 42.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Ja maar, heel BT is compleet anders dan het meeste op de TU.quote:
[..]
Je trekt nu compleet maffe conclusies uit mijn posts, maargoed
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Heb trouwens al een uitnodiging tot afspraak binnen, maar juist van degene waarvan ik dacht dat hij niet snel zou reageren.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Als jij het zegtquote:
[..]
Ja maar, heel BT is compleet anders dan het meeste op de TU.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Tof! Leuk project?quote:
Heb trouwens al een uitnodiging tot afspraak binnen, maar juist van degene waarvan ik dacht dat hij niet snel zou reageren.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Weet niet, hoor ik pas bij de afspraak. Maar die groep is heel erg bezig met gemengde cultures, dus productie met een combinatie van micro-organismen (waardoor je niet meer steriel hoeft te werken), dat leek me wel tof.quote:
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Ah ok, je hebt niet op 1 project aangeschreven maar op een hele groep?quote:
[..]
Weet niet, hoor ik pas bij de afspraak. Maar die groep is heel erg bezig met gemengde cultures, dus productie met een combinatie van micro-organismen (waardoor je niet meer steriel hoeft te werken), dat leek me wel tof.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Ja, dat is gebruikelijk bij ons, tenzij je echt supergraag een bepaald onderzoek wilt doen. Probleem is wel dat de meeste groepen in Delft in opdracht werken en dus niet snel naar buiten brengen wat ze precies onderzoeken atm.quote:Op donderdag 25 februari 2016 11:06 schreef Bravebart het volgende:
[..]
Ah ok, je hebt niet op 1 project aangeschreven maar op een hele groep?
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Ah ok. Daar kom je dan achter wanneer je met de prof oid praat?quote:
[..]
Ja, dat is gebruikelijk bij ons, tenzij je echt supergraag een bepaald onderzoek wilt doen. Probleem is wel dat de meeste groepen in Delft in opdracht werken en dus niet snel naar buiten brengen wat ze precies onderzoeken atm.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Yes. Maandag al, behoorlijk snel.quote:
[..]
Ah ok. Daar kom je dan achter wanneer je met de prof oid praat?
Maar weet nog niet zeker of het die groep wordt hoor, ligt eraan welk onderzoek en wat de rest heeft te bieden.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
Hoi,
ff een latex-vraagje. Ik heb voor m'n proefschrift mijn afbeeldingen als .ps bestanden gemaakt, en die werken prima wanneer ik compileer (met Texniccenter) als LaTeX --> PS --> PDF (direct compileren naar PDF geeft een wereld aan "undefined control sequence"- errors en is er geen output). (Hoe) Kan ik nu ook nog andere afbeeldingensformaten (PDF of JPG) invoegen? Als ik b.v. een PDF wil invoeren, zegt-ie domweg "File not found". Ik zou natuurlijk gewoon het logo als .ps bestand kunnen invoeren, maar ik vraag me af waarom dit niet werkt. Is er ook een simpele manier om direct naar PDF te compilen en toch .ps afbeeldingen te gebruiken?
Heb ook even gegoogled, maar dan wordt het me al snel duidelijk dat ik niet zo'n Latex-held ben; ik snap er de ballen van
ff een latex-vraagje. Ik heb voor m'n proefschrift mijn afbeeldingen als .ps bestanden gemaakt, en die werken prima wanneer ik compileer (met Texniccenter) als LaTeX --> PS --> PDF (direct compileren naar PDF geeft een wereld aan "undefined control sequence"- errors en is er geen output). (Hoe) Kan ik nu ook nog andere afbeeldingensformaten (PDF of JPG) invoegen? Als ik b.v. een PDF wil invoeren, zegt-ie domweg "File not found". Ik zou natuurlijk gewoon het logo als .ps bestand kunnen invoeren, maar ik vraag me af waarom dit niet werkt. Is er ook een simpele manier om direct naar PDF te compilen en toch .ps afbeeldingen te gebruiken?
Heb ook even gegoogled, maar dan wordt het me al snel duidelijk dat ik niet zo'n Latex-held ben; ik snap er de ballen van
Ik schrijf boeken over wetenschap en filosofie!
https://www.epsilon-uitga(...)e-tijd-materie/10996
https://www.spectrumboeke(...)k-niet-9789000386765
https://www.spectrumboeke(...)tronen-9789000395071
https://www.epsilon-uitga(...)e-tijd-materie/10996
https://www.spectrumboeke(...)k-niet-9789000386765
https://www.spectrumboeke(...)tronen-9789000395071
Huh, het feit dat hij het bestand niet kan vinden zou impliceren dat die file niet in de goede map staat. Als het een compile-error is geeft hij normaliter een andere error..quote:
Hoi,
ff een latex-vraagje. Ik heb voor m'n proefschrift mijn afbeeldingen als .ps bestanden gemaakt, en die werken prima wanneer ik compileer (met Texniccenter) als LaTeX --> PS --> PDF (direct compileren naar PDF geeft een wereld aan "undefined control sequence"- errors en is er geen output). (Hoe) Kan ik nu ook nog andere afbeeldingensformaten (PDF of JPG) invoegen? Als ik b.v. een PDF wil invoeren, zegt-ie domweg "File not found". Ik zou natuurlijk gewoon het logo als .ps bestand kunnen invoeren, maar ik vraag me af waarom dit niet werkt. Is er ook een simpele manier om direct naar PDF te compilen en toch .ps afbeeldingen te gebruiken?
Heb ook even gegoogled, maar dan wordt het me al snel duidelijk dat ik niet zo'n Latex-held ben; ik snap er de ballen van
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
\usepackage{epstopdf} gebruik ik altijd, maar geen idee of die ook .ps bestanden pakt.
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
Haal van internet af man.
Volgens mij wel. Maar ik gebruikt louter .eps-bestanden eigenlijk.quote:
\usepackage{epstopdf} gebruik ik altijd, maar geen idee of die ook .ps bestanden pakt.
Op donderdag 22 november 2012 00:14 schreef ondeugend het volgende:
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
liefdevolle gevoelens voor de duisternis
Misschien dat deze wikibooks je helpt: https://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Importing_Graphicsquote:
Hoi,
ff een latex-vraagje. Ik heb voor m'n proefschrift mijn afbeeldingen als .ps bestanden gemaakt, en die werken prima wanneer ik compileer (met Texniccenter) als LaTeX --> PS --> PDF (direct compileren naar PDF geeft een wereld aan "undefined control sequence"- errors en is er geen output). (Hoe) Kan ik nu ook nog andere afbeeldingensformaten (PDF of JPG) invoegen? Als ik b.v. een PDF wil invoeren, zegt-ie domweg "File not found". Ik zou natuurlijk gewoon het logo als .ps bestand kunnen invoeren, maar ik vraag me af waarom dit niet werkt. Is er ook een simpele manier om direct naar PDF te compilen en toch .ps afbeeldingen te gebruiken?
Heb ook even gegoogled, maar dan wordt het me al snel duidelijk dat ik niet zo'n Latex-held ben; ik snap er de ballen van
Als je andere extensies dan eps(/ps) wil gebruiken moet je compileren met pdftex. In mijn programma (TexShop, is voor mac) kan ik bij typeset aanvinken dat ik pdftex gebruik. JPG, PNG en PDF kan je dan gewoon gebruiken, voor eps (dus ps denk ik ook) moet je dan inderdaad dat epstopdf package gebruiken. Ik hoef die overigens niet in mijn document te laden geloof ik, het staat gewoon op mijn computer geïnstalleerd en dan werkt het gewoon ook in mijn geval. Maar misschien helpt die wikibooks je dus, ik heb die nogal vaak gebruikt als ik ergens niet uitkwam met latex.
