Het grote bètastudententopic! #72

quote:

Op woensdag 17 februari 2016 02:01 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Vent, er zijn 60.000 topics over MatLab op stack

Nooit wat ik zoek in ieder geval. Over R is veel meer te vinden, in ieder geval in mijn straatje. Komt natuurlijk deels ook doordat matlab wat breder is en R meer toegespitst is op statistiek, maar daar gebruik ik matlab ook voornamelijk voor.

Als ik matlab uberhaupt gebruik tenminste. Onder Linux zijn alle sneltoetsen anders, ctrl-c ctrl-v is heel iets anders. Totaal onwerkbaar.

quote:

Op woensdag 17 februari 2016 12:08 schreef Anoonumos het volgende:
En dan was de bedenker van de t-verdeling nog wel een bier brouwende halve scheikundige.

quote:

Op woensdag 17 februari 2016 01:31 schreef wimjongil het volgende:

[..]

Als je ooit iets anders dan Windows een kans wilt geven: blijf weg bij AMD.

Jij hebt het over het feit dat AMD niet drivers maakt voor de Linux maar in plaats hiervan de code geeft en de OS gemeenschap ermee laat knutselen? Ik kan me voorstellen dat dat allemaal wat minder soepel loopt gezien de korte cyclus van grafische kaarten. Ik heb begrepen dat 'oudere' AMD-kaarten prima werken maar dat je bij Linux vaak 2 generaties of zo achterloopt.

Ik blijf voorlopig Windows gebruiken. Ik hoop dat het over een jaar of 10 niet meer nodig is maar voor nu moet je helaas nog.
Er zijn positieve signalen: allerlei software waarbij het steeds gebruikelijker wordt om die ook voor Linux beschikbaar te stellen (zoals Matlab), het feit dat relatief simpele (qua hardwarevereisten) software zoals MS Office gemakkelijk met Wine kan worden gedraaid (functies van Windows-DLL's nabootsen) en er steeds meer games voor Linux beschikbaar komen. Wat betreft het tweede puntje: als onze politci ook maar een piepklein beetje verstand zouden hebben van software (meer dan die 0,001% van hen) dan zouden ze het toestaan dat dit soort bestanden van Windows op je systeem worden gezet zonder dat je een licentie voor het gebruik van Windows hebt. Met enkel deze bestandjes heb je helemaal niets (het doet niets wat met het besturen van je computer te maken heeft zonder dat je die andere software van Windows hebt) maar Microsoft gebruikt ze wel dankbaar om allerlei software te (laten) koppelen aan Windows zodat mensen vast zitten aan Windows.

quote:

Die matlab documentatie is echt verschrikkelijk. Daarnaast is er niks op stackoverflow ofzo te vinden.

Eens.
Ik heb inmiddels geleerd om er enigszins wijs uit te komen maar die documentatie is geschreven door mensen die over weinig didactisch en verbaal talent beschikken.

quote:

[quote] Op woensdag 17 februari 2016 02:01 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Vent, er zijn 60.000 topics over MatLab op stack

Dat is vaak veel te specifiek voor die ene gebruiker zijn ene toepassing. Soms heb je er wat aan, vaak heb je er niets aan.

Ik wist dat Armagaddon flink wat technische fouten heeft (logisch bij Bay) maar dat het zo erg is...
NASA gebruikte deze film om nieuwe medewerkers te testen. Kunnen jullie alle 168 fouten vinden?

quote:

Op donderdag 18 februari 2016 21:52 schreef Anoonumos het volgende:
Waarom vlogen de eagles Frodo niet gewoon naar Mordor?

Omdat de eagles niemand van dienst zijn.

Help, we lopen helemaal vast.

Gegeven:

To start this practical, we will have a look at a microarray gene expression data of 38 leukemia patients, collected by Golub et al. [Golub TR et al., Science 1999]. In this data set, 27 patients are diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL) and 11 with acute myeloid leukemia (AML). The log10-transformed expression of 3051 genes across the 38 patients is stored in golub.mat, a file with three variables: (1) data is the 3051×38 expression matrix, (2) names is a vector of gene symbols, and (3) labels is a vector of class labels with 0 corresponding to ALL and 1 corresponding to AML.

To familiarize yourself with the data, run the following code to load the data and calculate the average expression of the gene Gdf5 in the ALL and AML samples.

Opgave:

The following code is used to test if gene CCND3 (row number 1042) is differentially expressed between the ALL and AML samples. Fill in the missing parts of the code to calculate the permutation-based p-value.

Wat we hebben gedaan:

De tstat voor CCND3 hadden we al bij een vorige opgave uitgerekend, dit is t. Voor permutaties moesten we 1 gedeeld door de significantie nemen, in dit geval is nperm 100. De tstat voor rALL en rAML hebben we zo gedaan:

Dus, dit staat er nu:

Maar dan lopen we helemaal vast bij rand_tstat( i ). We hebben geprobeerd tstat daar aan te koppelen, maar dan geeft hij een error. p lukt wel, maar daar zijn we niet naar opzoek lijkt me. Tevens snap ik ook niet waarom er bij rALL en rAML gene_idx staat, want dat is gen 2058 en in dit geval zijn we bezig met gen 1042 (CCND3) lijkt me.

quote:

Op vrijdag 19 februari 2016 15:44 schreef Anoonumos het volgende:
Bij rand_tstat moet je de waarde van de t-statistic invullen

Ja maar, die varieert per i lijkt me. We krijgen het niet voor mekaar om die berekening van de tstat te koppelen aan rand_stat.

quote:

Op vrijdag 19 februari 2016 16:11 schreef Anoonumos het volgende:
[~,~,~,tstat] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstat = tstat.tstat ( ) ?

[~,~,~,a] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstat = a.tstat

Oh, er moet nog iets voor? Dat wist ik niet. Ik deed gewoon rand_tstat=tstat.

Omg, het werkt. Held.

Een moooie illustratie van het echte probleem voor studenten die met Matlab werken. Het gevonden krijgen hoe je in godsnaam die functie gebruikt.
Ingewikkeld is het niet maar zoek er maar eens naar.

quote:

Op vrijdag 19 februari 2016 16:53 schreef Bram_van_Loon het volgende:
Een moooie illustratie van het echte probleem voor studenten die met Matlab werken. Het gevonden krijgen hoe je in godsnaam die functie gebruikt.
Ingewikkeld is het niet maar zoek er maar eens naar.

Staat dus nergens in de 'handleiding' die we hebben gekregen en ik zou echt niet weten hoe ik dit zou moeten Googlen.

quote:

Op vrijdag 19 februari 2016 16:55 schreef Rezania het volgende:

[..]

Staat dus nergens in de 'handleiding' die we hebben gekregen en ik zou echt niet weten hoe ik dit zou moeten Googlen.

Voor de duidelijkheid, ik ben het volstrekt met je eens en ik schat in dat het niet aan jou ligt aangezien ik dit zelf als student ook vaak genoeg heb meegemaakt.

Ja, ook dat. Docenten die last hebben van deformatie, voor hen is het vanzelfsprekend en ze staan er niet bij stil dat het voor studenten wat minder vanzelfsprekend is.
Ik zeg het nog maar eens, eigenlijk zouden alle universiteiten, scholen, bedrijven en overheden samen een goede Matlab-tutorial op moeten zetten. Je hebt nu duizenden van zulke initiatieven die allemaal op de een of andere manier mager zijn, als ze zouden samenwerken...
Dit natuurlijk per doelgroep in functie van wat je gebruikt. Moeilijk is het niet maar het moet gewoon 1 keer goed worden uitgelegd en je moet een paar duidelijke voorbeelden hebben van alles. Dan vogel je het vanzelf wel snel uit en leer je vanzelf hoe je het kan gebruiken voor jezelf. Nu ben ik wel iemand die:
- meestal concrete voorbeelden nodig heeft om iets echt goed te begrijpen
- heel erg gemakkelijk de theorie haalt uit die concrete voorbeelden, vaak beter dan uit de theorie zelf

Zowel een kracht als een zwakte dus. Maar goed, voor Matlab zou het zeker heel erg helpen en ik denk dat dit algemeen geldt voor programmeren (C++ bijvoorbeeld). Het is echt niet zo moeilijk maar vaak ontbreekt het aan voldoende goede concrete voorbeelden waardoor je maar moet aanmodderen totdat je het toevallig vindt of iemand die er meer ervaring mee heeft je helpt. Ik heb het nu niet over simpele loops en syntax en zo maar over het meer complexe werk.

Alle functies staan toch altijd gewoon ergens beschreven met wat ze doen, welke variabelen je moet meegeven, of je ze kunt overloaden en wat ze teruggeven. Datatypes zijn daarin ook altijd erg belangrijk. Dat moet gewoon ergens staan.

Ik zat gister bijles te geven, wiskunde B 5 vwo, integralen. Hij moest 8/x² integreren van 1 naar 8. Pakt hij zijn rekenmachine, tikt wat in, en het antwoord kwam er zo uitrollen. Wtf. Gelijk rekenmachine afgepakt en gezegd dat hij vanaf nu alles handmatig moet doen.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 16:39 schreef Rezania het volgende:
Ik zat gister bijles te geven, wiskunde B 5 vwo, integralen. Hij moest 8/x² integreren van 1 naar 8. Pakt hij zijn rekenmachine, tikt wat in, en het antwoord kwam er zo uitrollen. Wtf. Gelijk rekenmachine afgepakt en gezegd dat hij vanaf nu alles handmatig moet doen.

Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.

Ik moet volgend kwartiel met Matlab, aan de slag. Ben nu al verdrietig over het idee er aan..

Een 10 gehaald op tentamen

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:02 schreef Riparius het volgende:

[..]

Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.

Zeker met complexe getallen?

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:05 schreef b2py het volgende:
Ik moet volgend kwartiel met Matlab, aan de slag. Ben nu al verdrietig over het idee er aan..

Het gaat wel, alleen het heeft allemaal valkuilen die nergens staan vermeld.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:02 schreef Riparius het volgende:

[..]

Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.

Partiële integratie, integratie door substitutie, en integratie door breuksplitsing zijn keuzeonderwerpen voor wiskunde B... Hij hoeft die dus niet per se op te kunnen lossen...

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:09 schreef Rezania het volgende:

[..]

Zeker met complexe getallen?

Nee hoor. Hier heb je er eentje die Casio rekenmachines vast laat lopen.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:10 schreef netchip het volgende:

[..]

Partiële integratie, integratie door substitutie, en integratie door breuksplitsing zijn keuzeonderwerpen voor wiskunde B... Hij hoeft die dus niet per se op te kunnen lossen...

Kun je dit nu echt met droge ogen opschrijven? Als je deze technieken niet behandelt kun je net zo goed de hele integraalrekening afvoeren van het programma. In Vlaanderen zit dit trouwens wel in het reguliere programma.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:19 schreef Riparius het volgende:

[..]

Nee hoor. Hier heb je er eentje die Casio rekenmachines vast laat lopen.

Delen door nul, hehe.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:22 schreef Rezania het volgende:

[..]

Delen door nul, hehe.

Ja. Maar lees even verder in dat topic, dan zie je dat deze (oneigenlijke) integraal prima met pen en papier is op te lossen.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:23 schreef Riparius het volgende:

[..]

Ja. Maar lees even verder in dat topic, dan zie je dat deze (oneigenlijke) integraal prima met pen en papier is op te lossen.

Ja, zag het. Maar ik laat hem gewoon niks meer met de rekenmachine laten doen. Het is de bedoeling dat je wat leert van bijles, niet dat je leert hoe je met een rekenmachine om moet gaan.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:21 schreef Riparius het volgende:

[..]

Kun je dit nu echt met droge ogen opschrijven? Als je deze technieken niet behandelt kun je net zo goed de hele integraalrekening afvoeren van het programma. In Vlaanderen zit dit trouwens wel in het reguliere programma.

Onzin. Je geeft bijles om iemand door de hoepel van het examen te laten springen. Als je extra stof bovenop de examenstop stopt moet daar een goede reden voor zijn.

Je gaat iemand ook geen quantum mechanica leren als je natuurkunde-bijles geeft. Dat er iemand op internet is die autistische obsessie voor wiskunde heeft of dat men in ene ander deel van de wereld andere accenten legt staat daar totaal los van.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:45 schreef Alcathous het volgende:

[..]

Onzin. Je geeft bijles om iemand door de hoepel van het examen te laten springen. Als je extra stof bovenop de examenstof stopt moet daar een goede reden voor zijn.

Die goede redenen zijn er zeker, maar het ging mij er vooral om dat integraalrekening op de manier waarop het nu wordt behandeld beter helemaal van het curriculum zou kunnen worden afgevoerd.

quote:

Je gaat iemand ook geen quantum mechanica leren als je natuurkunde-bijles geeft.

Die analogie gaat volkomen mank, en dat weet je zelf ook wel. Als je bij de differentiaalrekening de productregel en de kettingregel behandelt, dan ligt het erg voor de hand om bij de integraalrekening ook partieel integreren en de substitutieregel te behandelen, want dat zijn immers niets anders dan de tegenhangers van resp. de productregel en de kettingregel uit de differentiaalrekening.

quote:

Dat er iemand op internet is die autistische obsessie voor wiskunde heeft of dat men in ene ander deel van de wereld andere accenten legt staat daar totaal los van.

Dit is eigenlijk te belachelijk om op te reageren, maar ik doe het toch. Vlaanderen is niet bepaald 'een ander deel van de wereld', het grenst aan Nederland, en de officiële taal is er ook Nederlands. Sterker nog, tot 1830 was het gewoon een deel van Nederland. Het verschil is dat in Vlaanderen de afbraak van het middelbaar en hoger onderwijs aanmerkelijk minder ver is voortgeschreden dan in Nederland, en dat is een consequentie van allerlei politieke keuzes die in het recente en wat minder recente verleden zijn gemaakt. Op termijn gaat dat ernstige consequenties hebben voor de hele samenleving in Nederland. Het is ook niet voor niets dat steeds meer Nederlanders liever in Vlaanderen gaan studeren dan in Nederland, niet alleen omdat studeren hier zo langzamerhand onbetaalbaar is geworden, maar ook omdat het niveau van de opleidingen daar tenminste nog iets voorstelt. Dat geldt ook voor het middelbaar onderwijs, en het is zeker niet voor niets dat veel ouders in de grensstreken tegenwoordig hun kinderen naar Vlaamse scholen sturen. De Vlaamse overheid weet dit natuurlijk ook en tegen deze achtergrond moet je dan ook de invoer zien van toelatingsexamens voor hogere opleidingen waarmee men probeert de steeds grotere instroom van Nederlandse studenten in te dammen zonder daarmee in conflict te raken met Europese regelgeving.

[ Bericht 0% gewijzigd door Riparius op 21-02-2016 22:34:50 ]

Inderdaad. Nederland zal een vassalstaat van Brussel worden. Wacht! Dat zijn we al.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:10 schreef Rezania het volgende:

[..]

Het gaat wel, alleen het heeft allemaal valkuilen die nergens staan vermeld.

Het lijkt het echte leven wel

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 21:38 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Het lijkt het echte leven wel

Nou nou, als je een beetje oplet gaat je het al snel beter af irl dan in matlab.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 16:39 schreef Rezania het volgende:
Ik zat gister bijles te geven, wiskunde B 5 vwo, integralen. Hij moest 8/x² integreren van 1 naar 8. Pakt hij zijn rekenmachine, tikt wat in, en het antwoord kwam er zo uitrollen. Wtf. Gelijk rekenmachine afgepakt en gezegd dat hij vanaf nu alles handmatig moet doen.

Heel goed Rez!
Zelf zou ik het hem in dit geval eerst laten schrijven als 8*x^-2, kwestie van dat hij die regel zeker kent, zelfs al begrijpt hij niet waar die vandaan komt en dat hij nog eens met exponenten oefent).

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:10 schreef netchip het volgende:

[..]

Partiële integratie, integratie door substitutie, en integratie door breuksplitsing zijn keuzeonderwerpen voor wiskunde B... Hij hoeft die dus niet per se op te kunnen lossen...

Nee maar als hij dat wel gewoon met de hand leert te doen dan zal hij ook beter dat rekenkastje kunnen gebruiken. Het probleem van zo'n rekenmachientje is dat je niet meer zelf nadenkt wanneer je dat ding gebruikt. Dat is funest als je nog de basis van de basis moet leren.

quote:

Op zaterdag 20 februari 2016 18:21 schreef Riparius het volgende:

[..]

Kun je dit nu echt met droge ogen opschrijven? Als je deze technieken niet behandelt kun je net zo goed de hele integraalrekening afvoeren van het programma. In Vlaanderen zit dit trouwens wel in het reguliere programma.

In Nederland was dit gewoon verplicht tot begin jaren 0.

[ Bericht 20% gewijzigd door Bram_van_Loon op 21-02-2016 22:39:08 ]

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:24 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Heel goed Rez!
Zelf zou ik het hem in dit geval eerst laten schrijven als 8*x^-3, kwestie van dat hij die regel zeker kent, zelfs al begrijpt hij niet waar die vandaan komt en dat hij nog eens met exponenten oefent)

Tot de -3 ja? En die regel kent hij, dus dat is het probleem niet.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:25 schreef Rezania het volgende:

[..]

Tot de -3 ja? En die regel kent hij, dus dat is het probleem niet.

-2 natuurlijk.
Je zou er verbaasd over zijn hoeveel mensen wel begrijpen hoe je 8*x^-2 differentieert maar niet begrijpen hoe je 8/x² differentieert. Vraag me niet hoe het kan maar het komt niet bij iedereen op dat je dat kan doen.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:28 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

-2 natuurlijk.
Je zou er verbaasd over zijn hoeveel mensen wel begrijpen hoe je 8*x^-2 differentieert maar niet begrijpen hoe je 8/x² differentieert. Vraag me niet hoe het kan maar het komt niet bij iedereen op dat je dat kan doen.

Niet genoeg nadruk op simpele rekenregels. Ze staan rood en dikgedrukt in het boek, maar niemand leert ze daadwerkelijk. Dat kost punten en kost ook tijd. Daarom geef ik altijd als huiswerk op om die rekenregels te leren.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:29 schreef Rezania het volgende:

[..]

Niet genoeg nadruk op simpele rekenregels. Ze staan rood en dikgedrukt in het boek, maar niemand leert ze daadwerkelijk. Dat kost punten en kost ook tijd. Daarom geef ik altijd als huiswerk op om die rekenregels te leren.

Verstandig. Dat is precies mijn punt, door het hem op dat moment te laten doen gaan hopelijk een paar lampjes branden en krijgt hij nog eens wat oefening.

Wat is trouwens een goed format om Matlab codes in op te slaan? We kopiëren nu alles naar Word, maar dat is nogal onoverzichtelijk.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:36 schreef Rezania het volgende:
Wat is trouwens een goed format om Matlab codes in op te slaan? We kopiëren nu alles naar Word, maar dat is nogal onoverzichtelijk.

Notepad++
Open source. Soort van Notepad maar dan goed. Kies de taal en het geeft automatisch gepaste kleurtjes etc.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:39 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Notepad++
Open source. Soort van Notepad maar dan goed. Kies de taal en het geeft automatisch gepaste kleurtjes etc.

Oh chill. Ga ik de code even overzetten. Thanks.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:29 schreef Rezania het volgende:

[..]

Niet genoeg nadruk op simpele rekenregels. Ze staan rood en dikgedrukt in het boek, maar niemand leert ze daadwerkelijk. Dat kost punten en kost ook tijd. Daarom geef ik altijd als huiswerk op om die rekenregels te leren.

Terzijde, ik zou er ook naar streven om hem te doen inzien waarom die regels zijn zoals ze zijn. Dus niet gewoon uitvoeren maar echt zelf afleiden. 1/x^-3 = x/x^-2 etc.
Idem voor logaritmes en wat simpele derivaten (x^2) en zo. Ik vond het het gemakkelijkst om die afleidingen zelf te doen door 10 als grondtal te nemen. Het kost veel tijd maar met de inzicht die je opdoet leer je de rest gemakkelijker.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:41 schreef Rezania het volgende:

[..]

Oh chill. Ga ik de code even overzetten. Thanks.

Graag gedaan. Het zal je bevallen.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:43 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Terzijde, ik zou er ook naar streven om hem te doen inzien waarom die regels zijn zoals ze zijn. Dus niet gewoon uitvoeren maar echt zelf afleiden. 1/x^-3 = x/x^-2 etc.
Idem voor logaritmes en wat simpele derivaten (x^2) en zo. Ik vond het het gemakkelijkst om die afleidingen zelf te doen door 10 als grondtal te nemen. Het kost veel tijd maar met de inzicht die je opdoet leer je de rest gemakkelijker.

Inzicht heeft hij wel, maar hij onthoudt het gewoon niet en werkt slordig. Zie ik bij al mijn bijlesleerlingen btw. Niemand werkt netjes, dat werkt in onze kop gestampt als het meest belangrijkste door mijn bètadocenten.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:46 schreef Rezania het volgende:

[..]

Inzicht heeft hij wel, maar hij onthoudt het gewoon niet en werkt slordig. Zie ik bij al mijn bijlesleerlingen btw. Niemand werkt netjes, dat werkt in onze kop gestampt als het meest belangrijkste door mijn bètadocenten.

Mijn ervaring is dat ik het niet hoef te onthouden als ik het begrijp en ik het zelf kan afleiden.

quote:

Op zondag 21 februari 2016 22:47 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Mijn ervaring is dat ik het niet hoef te onthouden als ik het begrijp en ik het zelf kan afleiden.

Snel herinneren dan, ook goed. Anyway, inzicht is echt gewoon niet het probleem hier. Ik zit één op één met deze leerlingen hè, ik heb al snel door wat het probleem is.

Over problemen gesproken:

Ik moet de "permutation based p-value" uitrekenen met de volgende formule:



Vraag 1: Hoe voer je dit in?
Vraag 2: t is bij mij veel groter dan t*, zie het figuur. 1000 permutaties, t* is blauw, t is de rode lijn. Dit kan toch niet kloppen?



De code:
Waarbij t.tstat: