abonnement bol.com Unibet Coolblue
pi_159983283
quote:
10s.gif Op woensdag 17 februari 2016 02:01 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Vent, er zijn 60.000 topics over MatLab op stack :') :P
Nooit wat ik zoek in ieder geval. :P Over R is veel meer te vinden, in ieder geval in mijn straatje. Komt natuurlijk deels ook doordat matlab wat breder is en R meer toegespitst is op statistiek, maar daar gebruik ik matlab ook voornamelijk voor.

Als ik matlab uberhaupt gebruik tenminste. Onder Linux zijn alle sneltoetsen anders, ctrl-c ctrl-v is heel iets anders. Totaal onwerkbaar. :D
Op dinsdag 23 november 2010 02:22 schreef Braddie het volgende:
Haal van internet af man.
pi_159988075
En dan was de bedenker van de t-verdeling nog wel een bier brouwende halve scheikundige.
pi_159988136
quote:
0s.gif Op woensdag 17 februari 2016 12:08 schreef Anoonumos het volgende:
En dan was de bedenker van de t-verdeling nog wel een bier brouwende halve scheikundige.
;(
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_159996352
quote:
0s.gif Op woensdag 17 februari 2016 01:31 schreef wimjongil het volgende:

[..]

Als je ooit iets anders dan Windows een kans wilt geven: blijf weg bij AMD.
Jij hebt het over het feit dat AMD niet drivers maakt voor de Linux maar in plaats hiervan de code geeft en de OS gemeenschap ermee laat knutselen? Ik kan me voorstellen dat dat allemaal wat minder soepel loopt gezien de korte cyclus van grafische kaarten. Ik heb begrepen dat 'oudere' AMD-kaarten prima werken maar dat je bij Linux vaak 2 generaties of zo achterloopt.

Ik blijf voorlopig Windows gebruiken. Ik hoop dat het over een jaar of 10 niet meer nodig is maar voor nu moet je helaas nog. :{
Er zijn positieve signalen: allerlei software waarbij het steeds gebruikelijker wordt om die ook voor Linux beschikbaar te stellen (zoals Matlab), het feit dat relatief simpele (qua hardwarevereisten) software zoals MS Office gemakkelijk met Wine kan worden gedraaid (functies van Windows-DLL's nabootsen) en er steeds meer games voor Linux beschikbaar komen. Wat betreft het tweede puntje: als onze politci ook maar een piepklein beetje verstand zouden hebben van software (meer dan die 0,001% van hen) dan zouden ze het toestaan dat dit soort bestanden van Windows op je systeem worden gezet zonder dat je een licentie voor het gebruik van Windows hebt. Met enkel deze bestandjes heb je helemaal niets (het doet niets wat met het besturen van je computer te maken heeft zonder dat je die andere software van Windows hebt) maar Microsoft gebruikt ze wel dankbaar om allerlei software te (laten) koppelen aan Windows zodat mensen vast zitten aan Windows.

quote:
Die matlab documentatie is echt verschrikkelijk. Daarnaast is er niks op stackoverflow ofzo te vinden.
Eens.
Ik heb inmiddels geleerd om er enigszins wijs uit te komen maar die documentatie is geschreven door mensen die over weinig didactisch en verbaal talent beschikken.

quote:
[quote]10s.gif Op woensdag 17 februari 2016 02:01 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Vent, er zijn 60.000 topics over MatLab op stack :') :P
Dat is vaak veel te specifiek voor die ene gebruiker zijn ene toepassing. Soms heb je er wat aan, vaak heb je er niets aan.
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160026726
Ik wist dat Armagaddon flink wat technische fouten heeft (logisch bij Bay) maar dat het zo erg is...
NASA gebruikte deze film om nieuwe medewerkers te testen. Kunnen jullie alle 168 fouten vinden? :)
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160028230
Waarom vlogen de eagles Frodo niet gewoon naar Mordor?
pi_160035410
quote:
0s.gif Op donderdag 18 februari 2016 21:52 schreef Anoonumos het volgende:
Waarom vlogen de eagles Frodo niet gewoon naar Mordor?
Omdat de eagles niemand van dienst zijn.
pi_160042323
Help, we lopen helemaal vast. ;(

Gegeven:

To start this practical, we will have a look at a microarray gene expression data of 38 leukemia patients, collected by Golub et al. [Golub TR et al., Science 1999]. In this data set, 27 patients are diagnosed with acute lymphoblastic leukemia (ALL) and 11 with acute myeloid leukemia (AML). The log10-transformed expression of 3051 genes across the 38 patients is stored in golub.mat, a file with three variables: (1) data is the 3051×38 expression matrix, (2) names is a vector of gene symbols, and (3) labels is a vector of class labels with 0 corresponding to ALL and 1 corresponding to AML.

To familiarize yourself with the data, run the following code to load the data and calculate the average expression of the gene Gdf5 in the ALL and AML samples.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
% load the Golub dataset (make sure you are in the right directory)
load('golub.mat')
% set the index of gene Gdf5 (it is the 2058th row)
gene_idx = 2058;
% get the expression data of Gdf5
a = data(gene_idx,:);
% obtain the labels of each class
ALL = find(labels == 0);
AML = find(labels == 1);
% calculate the mean of CRH in the ALL and AML samples
b = mean(a(ALL));
c = mean(a(AML));

Opgave:

The following code is used to test if gene CCND3 (row number 1042) is differentially expressed between the ALL and AML samples. Fill in the missing parts of the code to calculate the permutation-based p-value.
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
% calculate the original t-statistic for CCND3
matlab_tstat = ???
% select the number of permutation
nperm = ???
for i = 1 : nperm
% generate a new label vector (for now all labels are zero -> ALL)
l = zeros(length(labels),1);
% randomly generate 11 indices between 1 and 38
r = randperm(38,11);
% assign ones to the random 11 indices (random AML samples)
l(r) = 1;
% find the indices of the ALL and ALL samples
randALL = find(l == 0);
randAML = find(l == 1);
% extract the random samples from the original data
rALL = data(gene_idx, randALL);
rAML = data(gene_idx, randAML);
% calculate the t-statistic between rALL and rAML for iteration i
??? = ???
rand_tstat(i) = ???
end
% plot the histogram of all the t-statistics you calculated
figure, hist(rand_tstat)
% draw a line at the original t-statistic value
line([matlab_tstat matlab_tstat], [0 200], ...
'LineWidth',2,'Color','r', 'LineStyle', '--')
% calculate the permutation-based p-value
perm_pvalue = ???

Wat we hebben gedaan:

De tstat voor CCND3 hadden we al bij een vorige opgave uitgerekend, dit is t. Voor permutaties moesten we 1 gedeeld door de significantie nemen, in dit geval is nperm 100. De tstat voor rALL en rAML hebben we zo gedaan:
1[~,~,~,tstat]=ttest2(rALL,rAML)

Dus, dit staat er nu:

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
% calculate the original t-statistic for CCND3
matlab_tstat = t
% select the number of permutation
nperm = 100
for i = 1 : nperm
% generate a new label vector (for now all labels are zero -> ALL)
l = zeros(length(labels),1);
% randomly generate 11 indices between 1 and 38
r = randperm(38,11);
% assign ones to the random 11 indices (random AML samples)
l(r) = 1;
% find the indices of the ALL and ALL samples
randALL = find(l == 0);
randAML = find(l == 1);
% extract the random samples from the original data
rALL = data(gene_idx, randALL);
rAML = data(gene_idx, randAML);
% calculate the t-statistic between rALL and rAML for iteration i
[~,~,~,tstat] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstat(i) = ???
end
% plot the histogram of all the t-statistics you calculated
figure, hist(rand_tstat)
% draw a line at the original t-statistic value
line([matlab_tstat matlab_tstat], [0 200], ...
'LineWidth',2,'Color','r', 'LineStyle', '--')
% calculate the permutation-based p-value
perm_pvalue = ???
Maar dan lopen we helemaal vast bij rand_tstat( i ). We hebben geprobeerd tstat daar aan te koppelen, maar dan geeft hij een error. p lukt wel, maar daar zijn we niet naar opzoek lijkt me. Tevens snap ik ook niet waarom er bij rALL en rAML gene_idx staat, want dat is gen 2058 en in dit geval zijn we bezig met gen 1042 (CCND3) lijkt me.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160043148
Bij rand_tstati moet je de waarde van de t-statistic invullen
pi_160043539
quote:
0s.gif Op vrijdag 19 februari 2016 15:44 schreef Anoonumos het volgende:
Bij rand_tstati moet je de waarde van de t-statistic invullen
Ja maar, die varieert per i lijkt me. We krijgen het niet voor mekaar om die berekening van de tstat te koppelen aan rand_stati.
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160043799
[~,~,~,tstat] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstati = tstat.tstat ( :') ) ?

[~,~,~,a] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstati = a.tstat
pi_160044355
quote:
0s.gif Op vrijdag 19 februari 2016 16:11 schreef Anoonumos het volgende:
[~,~,~,tstat] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstati = tstat.tstat ( :') ) ?

[~,~,~,a] = ttest2(rALL,rAML)
rand_tstati = a.tstat
Oh, er moet nog iets voor? :o Dat wist ik niet. Ik deed gewoon rand_tstati=tstat. :')
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160044799
Omg, het werkt. :o Held. _O_
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160044850
Een moooie illustratie van het echte probleem voor studenten die met Matlab werken. Het gevonden krijgen hoe je in godsnaam die functie gebruikt. :)
Ingewikkeld is het niet maar zoek er maar eens naar. :')
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160044917
quote:
0s.gif Op vrijdag 19 februari 2016 16:53 schreef Bram_van_Loon het volgende:
Een moooie illustratie van het echte probleem voor studenten die met Matlab werken. Het gevonden krijgen hoe je in godsnaam die functie gebruikt. :)
Ingewikkeld is het niet maar zoek er maar eens naar. :')
Staat dus nergens in de 'handleiding' die we hebben gekregen en ik zou echt niet weten hoe ik dit zou moeten Googlen. 8)7
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160045086
quote:
1s.gif Op vrijdag 19 februari 2016 16:55 schreef Rezania het volgende:

[..]

Staat dus nergens in de 'handleiding' die we hebben gekregen en ik zou echt niet weten hoe ik dit zou moeten Googlen. 8)7
Voor de duidelijkheid, ik ben het volstrekt met je eens en ik schat in dat het niet aan jou ligt aangezien ik dit zelf als student ook vaak genoeg heb meegemaakt.

Ja, ook dat. Docenten die last hebben van deformatie, voor hen is het vanzelfsprekend en ze staan er niet bij stil dat het voor studenten wat minder vanzelfsprekend is.
Ik zeg het nog maar eens, eigenlijk zouden alle universiteiten, scholen, bedrijven en overheden samen een goede Matlab-tutorial op moeten zetten. Je hebt nu duizenden van zulke initiatieven die allemaal op de een of andere manier mager zijn, als ze zouden samenwerken...
Dit natuurlijk per doelgroep in functie van wat je gebruikt. Moeilijk is het niet maar het moet gewoon 1 keer goed worden uitgelegd en je moet een paar duidelijke voorbeelden hebben van alles. Dan vogel je het vanzelf wel snel uit en leer je vanzelf hoe je het kan gebruiken voor jezelf. Nu ben ik wel iemand die:
- meestal concrete voorbeelden nodig heeft om iets echt goed te begrijpen
- heel erg gemakkelijk de theorie haalt uit die concrete voorbeelden, vaak beter dan uit de theorie zelf :')

Zowel een kracht als een zwakte dus. Maar goed, voor Matlab zou het zeker heel erg helpen en ik denk dat dit algemeen geldt voor programmeren (C++ bijvoorbeeld). Het is echt niet zo moeilijk maar vaak ontbreekt het aan voldoende goede concrete voorbeelden waardoor je maar moet aanmodderen totdat je het toevallig vindt of iemand die er meer ervaring mee heeft je helpt. Ik heb het nu niet over simpele loops en syntax en zo maar over het meer complexe werk.
ING en ABN investeerden honderden miljoenen euro in DAPL.
#NoDAPL
pi_160045637
Alle functies staan toch altijd gewoon ergens beschreven met wat ze doen, welke variabelen je moet meegeven, of je ze kunt overloaden en wat ze teruggeven. Datatypes zijn daarin ook altijd erg belangrijk. Dat moet gewoon ergens staan.
pi_160070303
Ik zat gister bijles te geven, wiskunde B 5 vwo, integralen. Hij moest 8/x˛ integreren van 1 naar 8. Pakt hij zijn rekenmachine, tikt wat in, en het antwoord kwam er zo uitrollen. 8)7 Wtf. Gelijk rekenmachine afgepakt en gezegd dat hij vanaf nu alles handmatig moet doen. :')
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160072065
quote:
0s.gif Op zaterdag 20 februari 2016 16:39 schreef Rezania het volgende:
Ik zat gister bijles te geven, wiskunde B 5 vwo, integralen. Hij moest 8/x˛ integreren van 1 naar 8. Pakt hij zijn rekenmachine, tikt wat in, en het antwoord kwam er zo uitrollen. 8)7 Wtf. Gelijk rekenmachine afgepakt en gezegd dat hij vanaf nu alles handmatig moet doen. :')
Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.
pi_160072127
Ik moet volgend kwartiel met Matlab, aan de slag. Ben nu al verdrietig over het idee er aan..
  zaterdag 20 februari 2016 @ 18:07:19 #121
410413 RRuben
Kwaliteitsuser
pi_160072148
Een 10 gehaald op tentamen *O*
leef de leven
pi_160072195
quote:
0s.gif Op zaterdag 20 februari 2016 18:02 schreef Riparius het volgende:

[..]

Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.
_O- Zeker met complexe getallen?
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160072205
quote:
0s.gif Op zaterdag 20 februari 2016 18:05 schreef b2py het volgende:
Ik moet volgend kwartiel met Matlab, aan de slag. Ben nu al verdrietig over het idee er aan..
Het gaat wel, alleen het heeft allemaal valkuilen die nergens staan vermeld. :')
Gist is liefde, gist is leven. Vooral in een vagijn.
pi_160072211
quote:
0s.gif Op zaterdag 20 februari 2016 18:02 schreef Riparius het volgende:

[..]

Je moet hem dan ook integralen geven waar zijn rekenmachine op stuk loopt. Ik heb er nog wel een paar voor je. Moet je ze zelf natuurlijk wel kunnen oplossen, anders sta je in je hemd.
Partiële integratie, integratie door substitutie, en integratie door breuksplitsing zijn keuzeonderwerpen voor wiskunde B... Hij hoeft die dus niet per se op te kunnen lossen...
pi_160072369
quote:
0s.gif Op zaterdag 20 februari 2016 18:09 schreef Rezania het volgende:

[..]

_O- Zeker met complexe getallen?
Nee hoor. Hier heb je er eentje die Casio rekenmachines vast laat lopen.
abonnement bol.com Unibet Coolblue
Forum Opties
Forumhop:
Hop naar:
(afkorting, bv 'KLB')