Racisme
In zijn leer zet Rulof uiteen dat er op de aarde zeven levensgraden voor het menselijke lichaam zijn. De oerwoudbewoner beschikt over de 'laagste' graad en het blanke ras over de 'hoogste'. (Met 'het blanke ras' bedoelt Rulof niet alleen de mens met een blanke huidkleur, maar onder andere ook Chinezen, Japanners, Indiërs en mensen met een zwarte huidkleur zoals bijvoorbeeld Martin Luther King.) De leer zou niet te gebruiken zijn als basis voor rassendiscriminatie. De aardse cyclus van iedere mens zal in het oerwoud beginnen en via duizenden levens tot het blanke ras evolueren. Dit is te vergelijken met het behalen van een graad in een studie: een student moet zich ook stapsgewijs opwerken tot die bepaalde graad.
Organisaties als het Landelijk Bureau ter bestrijding van Rassendiscriminatie (LBR), het Meldpunt Discriminatie Internet (MDI), het Centrum Informatie en Documentatie Israël (CIDI), Anne Frank Stichting, de homo-organisatie COC en Skepter zijn van mening dat door deze opvattingen in de leer de leer als racistisch te beschouwen is. Volgelingen van Rulof menen echter dat dit in het licht van de vorige eeuw bekeken moet worden en inmiddels niet meer zo letterlijk genomen moet worden.
Antisemitisme
In het boek De Volkeren der Aarde zouden 'de meesters' een verklaring geven voor onder andere de Tweede Wereldoorlog en Hitler. Volgens Rulof was Hitler in een vorig leven Kajafas, de Joodse hogepriester naar wie Christus werd gebracht na zijn arrestatie in de Hof van Gethsémané. In De Volkeren der Aarde staat dat Kajafas, als Hitler, wroeging kreeg, en de Joden wilde verjagen omdat het Joodse volk Christus vermoordde. Daarin mag volgens de sympathisanten van Rulof echter niet gelezen worden dat hij antisemiet was. In hun visie kan hieruit slechts worden afgeleid dat indien de 'meesters van gene zijde' al iets tegen de Joden zouden hebben, het zou zijn dat zij Christus niet zien als de messias.
De maanlanding
Volgens het boek "Een Blik in het hiernamaals" en "De Kosmologie deel 1" is het onmogelijk om de maan te bereiken met een raket. Bij het zien van de eerste geslaagde maanlanding hielden vele lezers van Rulofs boeken dan ook de adem in. Er gebeurde echter niets. Wayti verwijst door middel van een voetnoot naar een latere uitspraak in het boek "Vraag en Antwoord deel 3", waarin Jozef zegt dat dit uiteindelijk wel mogelijk is. Over deze discrepanties zijn door lezers van Rulofs boeken verschillende theorieën ontwikkeld, waarover nog steeds wordt gedebatteerd.