Nieuwe varianten/mutaties virus #2

Er kunnen inderdaad confounding factoren zijn (kerstinkopen net na een lockdown, kerst, O&N), maar feit blijft wel dat de Britse variant een mutatie is, en dat die snel en gestaag in aandeel is toegenomen. Dat duidt op hogere besmettelijkheid. Ook lijkt het samen te hangen met een hogere viral load, wat ook tot hogere besmettelijkheid zou leiden.
Het kan, door de confounding factoren, dat men die besmettelijkheid heeft overschat, wat goed nieuws zou zijn, maar dat wilt niet gelijk zeggen dat het niet besmettelijker is en men er geen zorgen om moet maken.
In Zuid-Afrika gebeurd hetzelfde, ook een snelle toename, maar nu toch weer een afname.
Beide varianten hebben de N501Y mutatie die tot hogere besmettelijkheid zou leiden.

De Braziliaanse variant heeft de N501Y mutatie en de 484K mutatie, die laatste lijkt ook bestaande antistoffen te kunnen ontwijken (of iig, die zijn mogelijk minder effectief).

Hier een paper gepubliceerd half december waar ze lieten zien dat het goed kan dat dergelijke mutaties ontstaan:

quote:

Using a recombinant chimeric VSV/SARS-CoV-2 reporter virus, we show that functional SARS-CoV-2 S protein variants with mutations in the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain that confer resistance to monoclonal antibodies or convalescent plasma can be readily selected. Notably, SARS-CoV-2 S variants that resist commonly elicited neutralizing antibodies are now present at low frequencies in circulating SARS-CoV-2 populations.

En hier een paper, ook uit december, wat laat zien dat antistoffen tegen NL229E (een coronavirus wat bij mensen voorkomt en normaliter een lichte verkoudheid veroorzaakt) die afkomstig zijn uit samples, minder effectief zijn in het neutraliseren van het NL229E virus van serum samples met het virus van 8-17 jaar later en ze adviseren 'to periodically update SARS-CoV-2 vaccines'.

The VeeslerLab noemt ook dat dergelijke mutatie onder selectieve druk bijdraagt aan de evolutie van het virus:

Meer virus = meer mogelijkheiden tot mutaties.
+ meer druk door meer mensen met antistoffen = meer mutaties die zich ook succesvul zullen verspreiden.

quote:

Op maandag 18 januari 2021 23:13 schreef Godfried_met_den_baard het volgende:

[..]

Vanuit het virus gedacht lijkt mij als leek dat meer besmettelijkheid en een milder verloop een logische mutatie is

Ik vind het een interessant vraagstuk.
Aannemende dat het virus zich zoveel mogelijk wilt verspreiden kan het virus dit, zonder maatregelen, bereiken op verschillende manieren:
1) Door zo lang mogelijk te leven in de host, waardoor de host zo lang mogelijk besmettelijk is
2) Door de host heel besmettelijk te maken, door een hogere viral load
3) Door beter te worden in het infecteren van de host, waardoor de kans dat een virus deeltje iemand succesvol infecteert groter wordt.

Dit laatste kan door langer te overleven buiten de host, door een betere hechting aan de cellen van host, of door minder gevoelig voor antistoffen in de host te worden.

SARS-CoV-2 is een luchtweg infectie en die zorgen vrijwel altijd voor irritatie aan de luchtwegen. Net als verkoudheden van rhinovirussen en andere coronavirussen (229E, NL63, HKU1, OC43). Als je je als virus repliceert in hosts, zullen ze dus verkoudheidsverschijnselen vertonen, en zolang de host zich niet isoleert, kun je je verspreiden.
Normaliter werkt strategie 1 goed voor een virus, iemand die een beetje hoest of een snotneus heeft, maar zich verder OK voelt, gaat gewoon naar zijn werk, en dus kan het virus zich verder verspreiden.
Daarom ook hoeft een hogere viral load niet zo zeer tot meer besmettingen te leiden. Een hogere viral load correspondeert met meer symptomen, en zo iemand zal zich eerder ziek melden, en dus minder mensen zien en daardoor verspreiding tegengaan. Ook verloopt het opbouwen van een hoge viral load vaak sneller, en dus is de periode dat iemand besmettelijk is EN zich onder mensen bevindt die hij kan besmetten korter. Waardoor netto mogelijk minder mensen besmet raken.

Op dit moment echter, is men bij SARS-CoV-2 zo alert op de symptomen, waardoor mensen zich isoleren zodra ze maar iets van symptomen hebben, of zelfs daarvoor al, dat er voor het virus nauwelijks 'winst' valt te halen uit strategie 1 en 2.

Nu is het ook zo dat elke mutatie in 1 persoon ontstaat, en die moet dan ook maar net iemand anders besmetten. Dat hangt voor een groot deel van toeval af. En hoe kleiner de populatie mensen met de nieuwe variant is, hoe groter de kans dat zo'n variant uitdooft, puur door stochastic events (geluk/pech, ligt eraan vanuit welke kant je het bekijkt). Is een variant minder besmettelijk dan zal hij moeten vechten tegen de bierkaai en snel uitsterven. Is de variant ongeveer even besmettelijk en hij heeft het geluk dat een van zijn eerste hosts een superspreader was (niet zozeer een zieker iemand, maar iemand die zichzelf met symptomen niet isoleert en naar eenfeest gaat bijvoorbeeld) en weet zich te 'vestigen', dan nog zal de proportie van die variant in het totaal aantal besmettingen nauwelijks toenemen.
Is een variant maar ietsjes besmettelijker, dan is zo'n variant ietsjes minder afhankelijk van geluk om zich verspreiden in de beginfase, maar zal het ook niet snel toenemen in de populatie. Mogelijk zal dat wel leiden tot meer mass-spread events (op kleine en grote schaal), waardoor het meer lokaal de kop op steekt, maar zich niet heel snel onder de hele populatie verspreid.
Is een variant een stuk besmettelijker, dan is zo'n variant dus een stuk minder afhaneklijk van geluk om zich te verspreiden in de beginfase, en zal ook sneller, en gelijkmatiger toenemen in de populatie.
Mutaties ontstaan voortdurend, de meesten hebben geen invloed op het virus of maken het virus zelf kapot, maar sommigen veranderen de eigenschappen van het virus. In principe kan elk virusdeeltje elke keer als het zich repliceert tot een mutatie leiden. Iemand die het virus bij zich draagt zal miljarden virusdeeltjes bij zich dragen, en er zijn miljoenen mensen geinfecteerd op dit moment. Dus ook al is de kans klein per replicatie, en ook al muteren coronavirussen niet zo snel, met zo'n enorme populatie gebeurd dat wel.

Ik denk, door de maatregelen die getrffen zijn, en de alertheid op symptomen, dat het geen toeval is dat de strains die we nu zien vooral strategie 3 gebruiken, waarbij de Britse en Zuid Afrikaanse varianten mutaties hebben waardoor ze zich beter lijken te hechten aan cellen, en de Brazilaanse variant niet alleen mutaties heeft waardoor die zich beter hecht, maar ook nog eens mutaties heeft waardoor hij ongevoelig is voor antistoffen (en het is dus mogelijk niet toevallig dat dat nu net ontstaat in een miljoenen stad waar herd immunity was, en dus heel veel mensen met antistoffen).

Ik weet niet hoeveel 'ruimte' SARS-CoV-2 heeft om langer te overleven buiten een host, mogelijk is dat niet goed mogelijk, maar als dat wel zo is, dan zullen we ook nog wel eens zo'n variant tegenkomen. Al lijkt me dat moeilijker te detecteren.

Dit alles staat los van druk op het virus om minder of meer dodelijk te worden. Vrijwel iedereen overlijdt nadat ze niet meer besmettelijk zijn, dus dat heeft geen invloed in hoe goed het virus zich kan verspreiden, de job is al gedaan. Een dodelijker verloop van de ziekte zal waarschijnlijk ook samenhangen met ergere symptomen, en een sneller opkomen van symptomen, wat kan samenhangen met strategie 2 van verspreiding. Door de alertheid op symptomen is er misschien wel wat evolutionaire druk om minder symptomen te veroorzaken als virus. Hoe langer je als SARS-CoV-2 ongemerkt je gang kunt gaan, des te meer kans op verspreiding je hebt, want bij het eerste kuchje ben je af als het tegenzit. En omdat het toch een luchtweginfectie is, en het infecteren van cellen vaak irritatie opwekt, en je als virus cellen moet infecteren om je te repliceren, denk ik dat er weinig ruimte is voor het virus om in die richting te muteren op dit moment.

quote:

Op dinsdag 19 januari 2021 17:21 schreef Wegenbouwer het volgende:

[..]

Ik had begrepen dat het idee was dat bij elke mutatie de kans dat er informatie (of hoe je het ook noemt) verloren gaat, vele malen groter is dan dat er informatie bijkomt, en je daarom zou mogen verwachten dat een virus naar verloop van tijd milder wordt.

Inderdaad werd er vroeg in de epidemie over gesproken dat de meeste virussen in de loop de tijd milder worden. Maar ik weet niet of dat stand houdt onder de huidige situatie, waarin we het virus behoorlijk onder druk zetten. Een mutatie moet altijd de kans krijgen zich te verspreiden, en wat dat betreft geven we het virus op dit moment niet veel kans, tenzij de mutatie daar onderuit weet te komen.

Dit vind ik apart.
https://www.nu.nl/coronavirus/6102853/rivm-we-zitten-tot-in-april-vast-aan-behoorlijke-set-maatregelen.html

quote:

Er is volgens Van den Hof dus meer nodig om de besmettelijkere coronamutatie in bedwang te houden. "In Engeland is de laatste dagen een afname van het aantal besmettingen te zien. Maar daar mag je alleen contact hebben met mensen van je eigen huishouden, behalve als je alleenstaand bent. Dat is een zwaardere set aan maatregelen dan we op dit moment in Nederland hebben."

Volgens de Oxford Stringency index (hier), die de strictheid van de regels bijhoudt in veel landen, is de score op dit moment voor Nlederland 84.26, terwijl die voor de UK 79.63 is. De maatregelen zijn n NL dus over het algemeen stricter, alleen werken ze schijnbaar iets minder.

quote:

Op dinsdag 19 januari 2021 21:31 schreef Starhopper het volgende:

[..]

In engeland mag/mocht je helemaal geen bezoek ontvangen. Hier mag dat wel. Ook vanaf morgen.

Die regel is stricter, en schijnbaar effectief. Maar overall zijn de regels in NL dus stricter. In NL overweegt men een avondklok omdat men 's avonds bij elkaar op bezoek gaat. Mij lijkt ook wel dat het dan eigenlijk effectiever is om te zeggen dat men gewoon niet bij elkaar op bezoek moet gaan, tenzij je een (support-)bubbel vormt.

quote:

Op zondag 17 januari 2021 19:42 schreef Momo het volgende:

[..]

Dit is de grafiek van Yorick, meteen daar onder (met weeknummer):
[ afbeelding ]

Is bekend hoe die samples geselecteerd zijn? Zijn die random geselecteerd of geselecteerd omdat er een vermoeden van de Engelse variant is?