abonnement iBood bol.com Vodafone Ziggo Coolblue
  Moderator zondag 17 januari 2021 @ 19:41:56 #26
236264 crew  capricia
pi_197473089
quote:
0s.gif Op zondag 17 januari 2021 19:38 schreef Momo het volgende:
[ twitter ]
Zorgelijk.
Al wel te verwachten. Maar zo snel van 1 naar 12%.. poeh.
Also spricht der Narr: Der Umgang mit Menschen verdirbt den Charakter, sonderlich wenn man keinen hat.
  Moderator zondag 17 januari 2021 @ 19:42:56 #27
213134 crew  Momo
WLR en ESF hooligan
pi_197473115
quote:
1s.gif Op zondag 17 januari 2021 19:41 schreef capricia het volgende:

[..]

Zorgelijk.
Al wel te verwachten. Maar zo snel van 1 naar 12%.. poeh.
Dit is de grafiek van Yorick, meteen daar onder (met weeknummer):
pi_197473478
Er kunnen inderdaad confounding factoren zijn (kerstinkopen net na een lockdown, kerst, O&N), maar feit blijft wel dat de Britse variant een mutatie is, en dat die snel en gestaag in aandeel is toegenomen. Dat duidt op hogere besmettelijkheid. Ook lijkt het samen te hangen met een hogere viral load, wat ook tot hogere besmettelijkheid zou leiden.
Het kan, door de confounding factoren, dat men die besmettelijkheid heeft overschat, wat goed nieuws zou zijn, maar dat wilt niet gelijk zeggen dat het niet besmettelijker is en men er geen zorgen om moet maken.
In Zuid-Afrika gebeurd hetzelfde, ook een snelle toename, maar nu toch weer een afname.
Beide varianten hebben de N501Y mutatie die tot hogere besmettelijkheid zou leiden.

De Braziliaanse variant heeft de N501Y mutatie en de 484K mutatie, die laatste lijkt ook bestaande antistoffen te kunnen ontwijken (of iig, die zijn mogelijk minder effectief).

Hier een paper gepubliceerd half december waar ze lieten zien dat het goed kan dat dergelijke mutaties ontstaan:
quote:
Using a recombinant chimeric VSV/SARS-CoV-2 reporter virus, we show that functional SARS-CoV-2 S protein variants with mutations in the receptor-binding domain (RBD) and N-terminal domain that confer resistance to monoclonal antibodies or convalescent plasma can be readily selected. Notably, SARS-CoV-2 S variants that resist commonly elicited neutralizing antibodies are now present at low frequencies in circulating SARS-CoV-2 populations.
En hier een paper, ook uit december, wat laat zien dat antistoffen tegen NL229E (een coronavirus wat bij mensen voorkomt en normaliter een lichte verkoudheid veroorzaakt) die afkomstig zijn uit samples, minder effectief zijn in het neutraliseren van het NL229E virus van serum samples met het virus van 8-17 jaar later en ze adviseren 'to periodically update SARS-CoV-2 vaccines'.

The VeeslerLab noemt ook dat dergelijke mutatie onder selectieve druk bijdraagt aan de evolutie van het virus:
twitter


Meer virus = meer mogelijkheiden tot mutaties.
+ meer druk door meer mensen met antistoffen = meer mutaties die zich ook succesvul zullen verspreiden.
  Moderator maandag 18 januari 2021 @ 18:39:36 #29
213134 crew  Momo
WLR en ESF hooligan
pi_197491171
quote:
Increased infections, but not viral burden, with a new SARS-CoV-2 variant

Background A new variant of SARS-CoV-2, B.1.1.7/VOC202012/01, was identified in the UK in December-2020. Direct estimates of its potential to enhance transmission are limited.

Methods Nose and throat swabs from 28-September-2020 to 2-January-2021 in the UK’s nationally representative surveillance study were tested by RT-PCR for three genes (N, S and ORF1ab). Those positive only on ORF1ab+N, S-gene target failures (SGTF), are compatible with B.1.1.7/VOC202012/01. We investigated cycle threshold (Ct) values (a proxy for viral load), percentage of positives, population positivity and growth rates in SGTF vs non-SGTF positives.

Results 15,166(0.98%) of 1,553,687 swabs were PCR-positive, 8,545(56%) with three genes detected and 3,531(23%) SGTF. SGTF comprised an increasing, and triple-gene positives a decreasing, percentage of infections from late-November in most UK regions/countries, e.g. from 15% to 38% to 81% over 1.5 months in London. SGTF Ct values correspondingly declined substantially to similar levels to triple-gene positives. Population-level SGTF positivity remained low (<0.25%) in all regions/countries until late-November, when marked increases with and without self-reported symptoms occurred in southern England (to 1.5-3%), despite stable rates of non-SGTF cases. SGTF positivity rates increased on average 6% more rapidly than rates of non-SGTF positives (95% CI 4-9%) supporting addition rather than replacement with B.1.1.7/VOC202012/01. Excess growth rates for SGTF vs non-SGTF positives were similar in those up to high school age (5% (1-8%)) and older individuals (6% (4-9%)).

Conclusions Direct population-representative estimates show that the B.1.1.7/VOC202012/01 SARS-CoV-2 variant leads to higher infection rates, but does not seem particularly adapted to any age group.
Cross post vanuit peer-reviewed topic
  Moderator maandag 18 januari 2021 @ 18:41:25 #30
213134 crew  Momo
WLR en ESF hooligan
pi_197491215
quote:
Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020

Two new severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineages carrying the amino acid substitution N501Y in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein have spread rapidly in the United Kingdom (UK) during late autumn 2020. Assessing the public health threat of these lineages (e.g. the potential for them to increase herd immunity thresholds if they displace other circulating SARS-CoV-2 strains) requires quantification of their comparative transmissibility. Here we adopted our previous epidemiological framework for relative fitness inference of co-circulating pathogen strains, which has been applied on influenza viruses [1] and SARS-CoV-2 D614G strains [2], to characterise the comparative transmissibility of the 501Y lineages.
  Moderator maandag 18 januari 2021 @ 22:42:27 #31
213134 crew  Momo
WLR en ESF hooligan
pi_197496808
twitter

Over ZA variant
pi_197497054
Die Eric Ding heeft nou nooit eens iets positiefs te melden. Altijd van die all hope is lost posts.
Niet dat het niet belangrijk is maar het komt zo doemdenkerig over.
pi_197497159
twitter


Nog meer aanwijzingen dat de GB variant milder is.
pi_197497400
quote:
0s.gif Op maandag 18 januari 2021 23:00 schreef Wegenbouwer het volgende:
[ twitter ]

Nog meer aanwijzingen dat de GB variant milder is.
Vanuit het virus gedacht lijkt mij als leek dat meer besmettelijkheid en een milder verloop een logische mutatie is
pi_197503765
quote:
Nu ook Duitse coronamutatie gevonden

Garmisch Partenkirchen - Medici in het Duitse skioord Garmisch-Partenkirchen hebben een nog onbekende mutatie van het coronavirus ontdekt. Er zouden nu al 35 mensen met die nieuwe variant zijn besmet.

De nieuwe mutatie kwam vorige week aan het licht bij het uitvoeren van coronatests in een ziekenhuis in Garmisch Partenkirchen. Apparatuur gaf wel aan dat er een virus aanwezig was, maar sloeg niet aan op bekende mutaties, zo melden Beierse media. Een nieuwe variant dus.

Dit weekeinde werden alle mensen die in het ziekenhuis verbleven - ook het personeel - aan een coronatest onderworpen. Uit die test kwamen 73 besmettingen, waarvan dus bijna de helft met die nieuwe variant.

In hoeverre de nieuwe Duitse mutatie besmettelijker of gevaarlijker is dan de al bekende varianten, wordt nu in Berlijn onderzocht. Naar verwachting is daar de komende dagen meer duidelijkheid over.

De coronamaatregelen in het ziekenhuis zijn verscherpt, om verdere verspreiding te voorkomen. Er stierven tot nog toe bijna 50.000 Duitsers aan corona, een stuk meer dan in ons eigen land (13.000).

https://www.telegraaf.nl/(...)ronamutatie-gevonden
Water towers can fly! :D
pi_197504931
Apart dat de kranten vorig jaar niet volstonden met de 3000+ mutaties die gevonden zijn toen.
pi_197505714
https://nyheder.tv2.dk/20(...)ation-er-det-paa-116

Gisteren of eergisteren was er een discussie in het centrale topic over het R-getal in London (of het gehele VK). Denemarken heeft het R-getal van de "normale" variant op 0,6 gekregen maar voor de Britse mutatie schatten ze het R-getal op 1,16. Vanaf vorige week is het aandeel van Britse mutaties in de stamanalyses gestegen van 3,6% naar 7% van de steekproeven.

Correctie: ze hebben het bijgesteld naar 0,82 voor de britse mutatie

[ Bericht 5% gewijzigd door pussycatdoll op 19-01-2021 19:16:48 ]
pi_197508077
quote:
1s.gif Op maandag 18 januari 2021 23:13 schreef Godfried_met_den_baard het volgende:

[..]

Vanuit het virus gedacht lijkt mij als leek dat meer besmettelijkheid en een milder verloop een logische mutatie is
Ik vind het een interessant vraagstuk.
Aannemende dat het virus zich zoveel mogelijk wilt verspreiden kan het virus dit, zonder maatregelen, bereiken op verschillende manieren:
1) Door zo lang mogelijk te leven in de host, waardoor de host zo lang mogelijk besmettelijk is
2) Door de host heel besmettelijk te maken, door een hogere viral load
3) Door beter te worden in het infecteren van de host, waardoor de kans dat een virus deeltje iemand succesvol infecteert groter wordt.

Dit laatste kan door langer te overleven buiten de host, door een betere hechting aan de cellen van host, of door minder gevoelig voor antistoffen in de host te worden.

SARS-CoV-2 is een luchtweg infectie en die zorgen vrijwel altijd voor irritatie aan de luchtwegen. Net als verkoudheden van rhinovirussen en andere coronavirussen (229E, NL63, HKU1, OC43). Als je je als virus repliceert in hosts, zullen ze dus verkoudheidsverschijnselen vertonen, en zolang de host zich niet isoleert, kun je je verspreiden.
Normaliter werkt strategie 1 goed voor een virus, iemand die een beetje hoest of een snotneus heeft, maar zich verder OK voelt, gaat gewoon naar zijn werk, en dus kan het virus zich verder verspreiden.
Daarom ook hoeft een hogere viral load niet zo zeer tot meer besmettingen te leiden. Een hogere viral load correspondeert met meer symptomen, en zo iemand zal zich eerder ziek melden, en dus minder mensen zien en daardoor verspreiding tegengaan. Ook verloopt het opbouwen van een hoge viral load vaak sneller, en dus is de periode dat iemand besmettelijk is EN zich onder mensen bevindt die hij kan besmetten korter. Waardoor netto mogelijk minder mensen besmet raken.

Op dit moment echter, is men bij SARS-CoV-2 zo alert op de symptomen, waardoor mensen zich isoleren zodra ze maar iets van symptomen hebben, of zelfs daarvoor al, dat er voor het virus nauwelijks 'winst' valt te halen uit strategie 1 en 2.

Nu is het ook zo dat elke mutatie in 1 persoon ontstaat, en die moet dan ook maar net iemand anders besmetten. Dat hangt voor een groot deel van toeval af. En hoe kleiner de populatie mensen met de nieuwe variant is, hoe groter de kans dat zo'n variant uitdooft, puur door stochastic events (geluk/pech, ligt eraan vanuit welke kant je het bekijkt). Is een variant minder besmettelijk dan zal hij moeten vechten tegen de bierkaai en snel uitsterven. Is de variant ongeveer even besmettelijk en hij heeft het geluk dat een van zijn eerste hosts een superspreader was (niet zozeer een zieker iemand, maar iemand die zichzelf met symptomen niet isoleert en naar eenfeest gaat bijvoorbeeld) en weet zich te 'vestigen', dan nog zal de proportie van die variant in het totaal aantal besmettingen nauwelijks toenemen.
Is een variant maar ietsjes besmettelijker, dan is zo'n variant ietsjes minder afhankelijk van geluk om zich verspreiden in de beginfase, maar zal het ook niet snel toenemen in de populatie. Mogelijk zal dat wel leiden tot meer mass-spread events (op kleine en grote schaal), waardoor het meer lokaal de kop op steekt, maar zich niet heel snel onder de hele populatie verspreid.
Is een variant een stuk besmettelijker, dan is zo'n variant dus een stuk minder afhaneklijk van geluk om zich te verspreiden in de beginfase, en zal ook sneller, en gelijkmatiger toenemen in de populatie.
Mutaties ontstaan voortdurend, de meesten hebben geen invloed op het virus of maken het virus zelf kapot, maar sommigen veranderen de eigenschappen van het virus. In principe kan elk virusdeeltje elke keer als het zich repliceert tot een mutatie leiden. Iemand die het virus bij zich draagt zal miljarden virusdeeltjes bij zich dragen, en er zijn miljoenen mensen geinfecteerd op dit moment. Dus ook al is de kans klein per replicatie, en ook al muteren coronavirussen niet zo snel, met zo'n enorme populatie gebeurd dat wel.

Ik denk, door de maatregelen die getrffen zijn, en de alertheid op symptomen, dat het geen toeval is dat de strains die we nu zien vooral strategie 3 gebruiken, waarbij de Britse en Zuid Afrikaanse varianten mutaties hebben waardoor ze zich beter lijken te hechten aan cellen, en de Brazilaanse variant niet alleen mutaties heeft waardoor die zich beter hecht, maar ook nog eens mutaties heeft waardoor hij ongevoelig is voor antistoffen (en het is dus mogelijk niet toevallig dat dat nu net ontstaat in een miljoenen stad waar herd immunity was, en dus heel veel mensen met antistoffen).

Ik weet niet hoeveel 'ruimte' SARS-CoV-2 heeft om langer te overleven buiten een host, mogelijk is dat niet goed mogelijk, maar als dat wel zo is, dan zullen we ook nog wel eens zo'n variant tegenkomen. Al lijkt me dat moeilijker te detecteren.

Dit alles staat los van druk op het virus om minder of meer dodelijk te worden. Vrijwel iedereen overlijdt nadat ze niet meer besmettelijk zijn, dus dat heeft geen invloed in hoe goed het virus zich kan verspreiden, de job is al gedaan. Een dodelijker verloop van de ziekte zal waarschijnlijk ook samenhangen met ergere symptomen, en een sneller opkomen van symptomen, wat kan samenhangen met strategie 2 van verspreiding. Door de alertheid op symptomen is er misschien wel wat evolutionaire druk om minder symptomen te veroorzaken als virus. Hoe langer je als SARS-CoV-2 ongemerkt je gang kunt gaan, des te meer kans op verspreiding je hebt, want bij het eerste kuchje ben je af als het tegenzit. En omdat het toch een luchtweginfectie is, en het infecteren van cellen vaak irritatie opwekt, en je als virus cellen moet infecteren om je te repliceren, denk ik dat er weinig ruimte is voor het virus om in die richting te muteren op dit moment.
  dinsdag 19 januari 2021 @ 17:11:47 #39
14505 OProg
A Life in Music
pi_197509977
Interessant stuk @George_of_the_Jungle . :)

Ik vroeg me eigenlijk nog iets af over die groei van bepaalde varianten binnen een besmette populatie. Is er zoiets dat een variant een andere variant kan doen overheersen? :?

Ik bedoel dan de situatie dat er 2 personen zijn met Covid. Persoon A met variant A en uiteraard B met variant B. Beiden komen in een bepaalde setting bij een persoon terecht, C. Deze krijgt het virus binnen - misschien niet eens in dezelfde hoeveelheid maar de B-variant vaak de de A-variant te gaan overheersen. En dat dus voor meerdere personen.

Ik hoop dat de vraag duidelijk is. :)
[i]"Het is oorlog, bedankt Vannoppen, bedankt Van der Linden. Dit is het laatste dat ik voor de Belgische ploeg gedaan heb. Ze kunnen allemaal de boom in."[/i]
Improv: Rich Tapestry of Life
pi_197510215
quote:
0s.gif Op dinsdag 19 januari 2021 15:52 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Dit alles staat los van druk op het virus om minder of meer dodelijk te worden.
Ik had begrepen dat het idee was dat bij elke mutatie de kans dat er informatie (of hoe je het ook noemt) verloren gaat, vele malen groter is dan dat er informatie bijkomt, en je daarom zou mogen verwachten dat een virus naar verloop van tijd milder wordt.
pi_197510544
Schijnt nu ook een Duitse variant te zijn. Nu nog andere Europese varianten erbij en de collectie virussen is compleet. :)

https://www.telegraaf.nl/(...)ronamutatie-gevonden
Kappers knippen met metaal in je haar en halen zo het goud van je hoofd.
pi_197510669
quote:
0s.gif Op dinsdag 19 januari 2021 17:21 schreef Wegenbouwer het volgende:

[..]

Ik had begrepen dat het idee was dat bij elke mutatie de kans dat er informatie (of hoe je het ook noemt) verloren gaat, vele malen groter is dan dat er informatie bijkomt, en je daarom zou mogen verwachten dat een virus naar verloop van tijd milder wordt.
Inderdaad werd er vroeg in de epidemie over gesproken dat de meeste virussen in de loop de tijd milder worden. Maar ik weet niet of dat stand houdt onder de huidige situatie, waarin we het virus behoorlijk onder druk zetten. Een mutatie moet altijd de kans krijgen zich te verspreiden, en wat dat betreft geven we het virus op dit moment niet veel kans, tenzij de mutatie daar onderuit weet te komen.
pi_197512498
quote:
0s.gif Op dinsdag 19 januari 2021 14:12 schreef pussycatdoll het volgende:
https://nyheder.tv2.dk/20(...)ation-er-det-paa-116

Gisteren of eergisteren was er een discussie in het centrale topic over het R-getal in London (of het gehele VK). Denemarken heeft het R-getal van de "normale" variant op 0,6 gekregen maar voor de Britse mutatie schatten ze het R-getal op 1,16. Vanaf vorige week is het aandeel van Britse mutaties in de stamanalyses gestegen van 3,6% naar 7% van de steekproeven.

Correctie: ze hebben het bijgesteld naar 0,82 voor de Britse mutatie
Correctie: ze hebben het bijgesteld naar 0,82 voor de Britse mutatie
pi_197515368
Dit vind ik apart.
https://www.nu.nl/coronavirus/6102853/rivm-we-zitten-tot-in-april-vast-aan-behoorlijke-set-maatregelen.html

quote:
Er is volgens Van den Hof dus meer nodig om de besmettelijkere coronamutatie in bedwang te houden. "In Engeland is de laatste dagen een afname van het aantal besmettingen te zien. Maar daar mag je alleen contact hebben met mensen van je eigen huishouden, behalve als je alleenstaand bent. Dat is een zwaardere set aan maatregelen dan we op dit moment in Nederland hebben."
Volgens de Oxford Stringency index (hier), die de strictheid van de regels bijhoudt in veel landen, is de score op dit moment voor Nlederland 84.26, terwijl die voor de UK 79.63 is. De maatregelen zijn n NL dus over het algemeen stricter, alleen werken ze schijnbaar iets minder.
pi_197516086
quote:
0s.gif Op dinsdag 19 januari 2021 21:07 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
Dit vind ik apart.
https://www.nu.nl/coronavirus/6102853/rivm-we-zitten-tot-in-april-vast-aan-behoorlijke-set-maatregelen.html
[..]

Volgens de Oxford Stringency index (hier), die de strictheid van de regels bijhoudt in veel landen, is de score op dit moment voor Nlederland 84.26, terwijl die voor de UK 79.63 is. De maatregelen zijn n NL dus over het algemeen stricter, alleen werken ze schijnbaar iets minder.
In engeland mag/mocht je helemaal geen bezoek ontvangen. Hier mag dat wel. Ook vanaf morgen.
Water towers can fly! :D
pi_197517888
quote:
84s.gif Op dinsdag 19 januari 2021 21:31 schreef Starhopper het volgende:

[..]

In engeland mag/mocht je helemaal geen bezoek ontvangen. Hier mag dat wel. Ook vanaf morgen.
Die regel is stricter, en schijnbaar effectief. Maar overall zijn de regels in NL dus stricter. In NL overweegt men een avondklok omdat men 's avonds bij elkaar op bezoek gaat. Mij lijkt ook wel dat het dan eigenlijk effectiever is om te zeggen dat men gewoon niet bij elkaar op bezoek moet gaan, tenzij je een (support-)bubbel vormt.
  Moderator woensdag 20 januari 2021 @ 10:01:35 #47
213134 crew  Momo
WLR en ESF hooligan
pi_197523254
twitter


Zou niet mooi zijn....
pi_197524085
,Er was geen houden aan. Op 2 januari had de eerste bewoonster klachten. We hebben haar meteen gesoleerd, maar in de dagen erna bleek de hele afdeling besmet, op n bewoner na. Even later volgde de tweede afdeling, toen de derde, een paar dagen later de vierde... De GGD begrijpt ook niet hoe dat kan. We zijn altijd superstrikt geweest, strenger dan de landelijke regels.’’ Zo zijn de afdelingen van De Blanckenborg strak gescheiden: de gezamenlijke ruimtes zijn sinds maart dicht. Medewerkers mogen nooit bijspringen op een andere afdeling. Ze hebben altijd standaard een chirurgisch mondmasker, handschoenen en een schort gedragen, bezoek moest een mondkapje op.
https://www.ad.nl/dossier(...)houden-aan~acb02859/
De oorzaak kan zijn dat deze mutant ook via voorwerpen besmettelijker is, bijv. deurklinken, koektrommels etc. Als je iedereen nu eens handschoenen laat dragen?

Je moet echt alles doen wat mogelijk is, want:
ActiZ, de brancheorganisatie van ouderenzorginstellingen, maakt zich serieuze zorgen. ,,We zien nu een aantal ongewoon grote, snelle uitbraken waarbij de verdenking bestaat dat het de Britse variant is. Die verpleeghuizen veranderen in een half ziekenhuis, terwijl ze ook kampen met heel hoge uitval van het personeel'', zegt bestuurder Conny Helder van ActiZ. Zij vreest dat komende weken veel meer verpleeghuizen getroffen worden door grote uitbraken. ,,Als je ziet hoe snel de Britse variant oprukt, en hoeveel besmettelijker die is, denk ik dat we daarin realistisch moeten zijn. Dat is heel zorgelijk, want juist grote uitbraken zijn ontzettend moeilijk voor verpleeghuizen. Als veel medewerkers besmet raken, komt de continuteit van de zorg in het geding.''

dus snel op de situatie inspelen en niet wekenlang polderen.
pi_197524625
quote:
0s.gif Op zondag 17 januari 2021 19:42 schreef Momo het volgende:

[..]

Dit is de grafiek van Yorick, meteen daar onder (met weeknummer):
[ afbeelding ]
Is bekend hoe die samples geselecteerd zijn? Zijn die random geselecteerd of geselecteerd omdat er een vermoeden van de Engelse variant is?
  woensdag 20 januari 2021 @ 11:13:32 #50
67174 Dos37
Come on Twente
pi_197524695
quote:
0s.gif Op woensdag 20 januari 2021 10:01 schreef Momo het volgende:
[ twitter ]

Zou niet mooi zijn....
Lijkt me toch echt wel zaak om deze variant buiten de deur te houden.
Premier League toto winnaar 2007-2008 en [b]2008-2009[/b]
Held Blaise NKUFO [b]All time topscoorder in Enschede[/b]
[b]WE WON IT ELEVEN TIMES![/b]
abonnement iBood bol.com Vodafone Ziggo Coolblue
Forum Opties
Forumhop:
Hop naar:
(afkorting, bv 'KLB')