COR Corona COVID-19 forum
Alles over het corona / COVID-19 virus.
Als de groeisnelheid van algemene sample A 0,8 is en van de GB-variant 1,3, dan groeit de voorkomendheid van GB met 1,3/0,8 = 1,55 toch? Dat geeft een vertekend beeld van de groeisnelheid van de GB-variant.quote:Op zondag 3 januari 2021 20:20 schreef George_of_the_Jungle het volgende:
[..]
Maar dat maakt voor een steekproef toch niet uit? Je test 1.000 samples van 20.000 of van 10.000, het percentage is tov de samples toch? Of is het een geschat percentage tov het totaal aantal positieve tests? Ff kijken of ik dat kan checken in het Deense rapport voordat m'n eten arriveert, de stop van de vriezer was doorgeslagen tijdens onze vakantie, en mag nu niet ff naar de supermarkt
Antifa
Aha, op die manier.
Als je elke week 1000 samples neemt, en in week 1 is de populatie 100 Engelse en 9900 gewone, dan zul je 10 Engelse aantreffen in je sample en 990 gewone.
Maar als de Engelse verdubbelt, terwijl de gewone 20% afneemt, dan heb je na een week 20 Engelse en 7920 (0.8 * 990) gewone.
Neem je van deze 8120 (7920 +200) 1000 samples dan sample je met grotere intensiteit. Je zou dan 24.9 Engelse aantreffen (100* 200/8120) en 1000-24.9 = 975 gewone samples. De groei is 100%, maar het percentage in de sample is toegenomen van 1% naar 2.49%.
Het percentage van beide varianten in de samples hangt dus af van de groeisnelheid van beiden
Als je elke week 1000 samples neemt, en in week 1 is de populatie 100 Engelse en 9900 gewone, dan zul je 10 Engelse aantreffen in je sample en 990 gewone.
Maar als de Engelse verdubbelt, terwijl de gewone 20% afneemt, dan heb je na een week 20 Engelse en 7920 (0.8 * 990) gewone.
Neem je van deze 8120 (7920 +200) 1000 samples dan sample je met grotere intensiteit. Je zou dan 24.9 Engelse aantreffen (100* 200/8120) en 1000-24.9 = 975 gewone samples. De groei is 100%, maar het percentage in de sample is toegenomen van 1% naar 2.49%.
Het percentage van beide varianten in de samples hangt dus af van de groeisnelheid van beiden
En dan te bedenken dat Denemarken dit goed in kaart heeft. We kunnen alleen maar afwachten waar deze variant zich langzaam maar zeker dominant maakt zonder het te weten.
Ik heb ff gekeken of er al iets van te merken is in Denemarken in het aantal besmettingen. De Engelse variant is het meest aanwezig in het Noorden en Sealand. Vooralsnog is er niet zoiets te zien als in de UK gebeurde eind november, waarbij de regio waar de strain rondwaarde een andere trend vertoonde dan de andere regios.
Data komt hiervandaan, en wordt elke dag om 14u Deense tijd gepost: https://covid19.ssi.dk/overvagningsdata/download-fil-med-overvaagningdata
Ik heb een 7-daagse gemiddelde genomen, en ook in Denemarken lijken ze last te hebben van rapporteringsachterstanden.
Data komt hiervandaan, en wordt elke dag om 14u Deense tijd gepost: https://covid19.ssi.dk/overvagningsdata/download-fil-med-overvaagningdata
Ik heb een 7-daagse gemiddelde genomen, en ook in Denemarken lijken ze last te hebben van rapporteringsachterstanden.
Voor het in kaart brengen van weinig voorkomende mutaties, of deze GB-variant in de beginfase moet je wel veel sequencen, maar zodra de aanwezigheid van deze variant eenmaal substantieel is - 10% ofzo - heb je aan een regelmatige steekproef van 1000 positieven echt wel voldoende om de trend in de gaten te houden.quote:
En dan te bedenken dat Denemarken dit goed in kaart heeft. We kunnen alleen maar afwachten waar deze variant zich langzaam maar zeker dominant maakt zonder het te weten.
Antifa
Ik lees hier dat men in Nederland ongeveer 500 samples per week analyseerde. In tijden met 1000 besmettingen per dag is dat behoorlijk wat, maar in tijdens met 50.000 per week is dat slechts 1%.
Hier staat wel dat het aantal testen wordt uitgebreid, maar daar staat het nogal ongelukkig.
Hoeveel is het nu aangetroffen in Nederland? Bij 9 mensen gelinked aan een basisschool in Rotterdam, zonder duidelijk verband met de UK, en de uitbraak op de school gaat terug to november (maar het is niet duidelijk of de uitbraak van de Engelse variant daar terug gaat tot november.
In Amsterdam bij 5 mensen, waarvan 4 bij het UMC werken, in Nijmegen bij iemand die uit het VK kwam, en in Friesland bij iemand (zie hier).
Ijsland lijkt ook goed een vinger aan de pols te houden. Daar zijn 13 gevallen vastgesteld, 11 aan de grens. 10 uide VK, en 1 die uit Denemarken kwam: https://icelandmonitor.mbl.is/news/news/2020/12/30/eleven_recent_cases_of_british_variant_of_coronavir/
https://icelandmonitor.mb(...)ariant_of_coronavir/
Hier staat wel dat het aantal testen wordt uitgebreid, maar daar staat het nogal ongelukkig.
Waarom meer testen doen op een sample wat al aangetroffen is?quote:Het aantal testen dat wordt uitgevoerd op de Britse variant is verdubbeld. Dat vertelt Susan van den Hof, epidemioloog bij het RIVM, in Nieuws en Co. "Dat wordt waarschijnlijk nog uitgebreid en in de regio Amsterdam zal het nog verder verruimd worden."
Hoeveel is het nu aangetroffen in Nederland? Bij 9 mensen gelinked aan een basisschool in Rotterdam, zonder duidelijk verband met de UK, en de uitbraak op de school gaat terug to november (maar het is niet duidelijk of de uitbraak van de Engelse variant daar terug gaat tot november.
In Amsterdam bij 5 mensen, waarvan 4 bij het UMC werken, in Nijmegen bij iemand die uit het VK kwam, en in Friesland bij iemand (zie hier).
Ijsland lijkt ook goed een vinger aan de pols te houden. Daar zijn 13 gevallen vastgesteld, 11 aan de grens. 10 uide VK, en 1 die uit Denemarken kwam: https://icelandmonitor.mbl.is/news/news/2020/12/30/eleven_recent_cases_of_british_variant_of_coronavir/
https://icelandmonitor.mb(...)ariant_of_coronavir/
https://www.reuters.com/article/uk-health-coronavirus-britain-south-afri-idUSKBN2990T2
Ben wel benieuwd waarop ze dat baseren, maar om tijd te winnen wil je zo min mogelijk importeren en zoveel mogelijk cases opsporen bij binnenkomst. Mensen op vluchten uit ZA, en de hubs Nairobi en Addis Abeba zouden ook achteraf getest moeten worden, 3-5 dagen na aankomst, in het geval ze vlak voor vertrek of tijdens vluchten zijn besmet. Mogelijk een Afrikaans of Aziatisch scenario.
In Zambia werd je voor de zomer in een hotel gezet, op een kamer, voor 2 weken, bijvoorbeeld. Tot je 2 keer negatief getest was. Of gewoon voor 2 weken als er ook maar iemand positief testte op je vlucht.
Ben wel benieuwd waarop ze dat baseren, maar om tijd te winnen wil je zo min mogelijk importeren en zoveel mogelijk cases opsporen bij binnenkomst. Mensen op vluchten uit ZA, en de hubs Nairobi en Addis Abeba zouden ook achteraf getest moeten worden, 3-5 dagen na aankomst, in het geval ze vlak voor vertrek of tijdens vluchten zijn besmet. Mogelijk een Afrikaans of Aziatisch scenario.
In Zambia werd je voor de zomer in een hotel gezet, op een kamer, voor 2 weken, bijvoorbeeld. Tot je 2 keer negatief getest was. Of gewoon voor 2 weken als er ook maar iemand positief testte op je vlucht.
quote:British Health Secretary Matt Hancock said on Monday he was now very worried about the strand found in South Africa.
...
“According to one of the government’s scientific advisers, the reason for Matt Hancock’s ‘incredible worry’ about the South African COVID-19 variant is that they are not as confident the vaccines will be as effective against it as they are for the UK’s variant,” ITV political editor Robert Peston said.
...
Scientists say the new South African variant has multiple mutations in the important “spike” protein that the virus uses to infect human cells.
It has also been associated with a higher viral load, meaning a higher concentration of virus particles in patients’ bodies, possibly contributing to higher levels of transmission.
Oxford’s Bell, who advises the government’s vaccine task force, said on Sunday he thought vaccines would work on the British variant but said there was a “big question mark” as to whether they would work on the South African variant.
https://nyheder.tv2.dk/sa(...)-i-loebet-af-februar
Denemarken verwacht dat de Britse variant dominant wordt in de loop van februari.
Denemarken verwacht dat de Britse variant dominant wordt in de loop van februari.
En gaat in lockdown, terwijl het aantal cases de afgelopen dagen afnaam (vandaag wel weer een stuk hoger).quote:
https://nyheder.tv2.dk/sa(...)-i-loebet-af-februar
Denemarken verwacht dat de Britse variant dominant wordt in de loop van februari.
Ze hebben de maximale groepsgrootte verlaagd van 10 naar 5 en de afstandsregels verhoogd van 1 naar 2 meter in supermarkten/detailhandel (detailhandel is gesloten). Voor de rest waren ze al in een lockdown zoals wij die kennen.quote:
[..]
En gaat in lockdown, terwijl het aantal cases de afgelopen dagen afnaam (vandaag wel weer een stuk hoger).
Thanks voor de verduidelijking, die maat van me klonk dramatischer in whatsapp. Maar ze maken zich wel zorgen dus over de Engelse variant, en ze hebben niet heel veel cases per dag, afgelopen 2 dagen rond de 2000.quote:
[..]
Ze hebben de maximale groepsgrootte verlaagd van 10 naar 5 en de afstandsregels verhoogd van 1 naar 2 meter in supermarkten/detailhandel (detailhandel is gesloten). Voor de rest waren ze al in een lockdown zoals wij die kennen.
Hmmm, eerst leek die tweet gedelete, maar toen ik de VPN aanzwengelde om het artikel van aj.com te lezen stond ie er wel. Gelukkig is het overige nieuws uit Georgia wel positief!
Hoge cijfers weer in de UK. Ben benieuwd hoe dit zich verder ontwikkeld als die strain inderdaad zoveel besmettelijker is...
Die strain is inderdaad veel besmettelijker, dat is wel zeker nu. Kreeg vandaag een mail van uni dat we ons echt aan de regels moeten houden, en als we op kantoor moeten zijn we echt het onze tafel moeten ontsmetten met de middelen in het kanstoor en zeker geen biscuits moeten delen (grote bron van verspreiding in Engeland schijnbaarquote:
[ twitter ]
Hoge cijfers weer in de UK. Ben benieuwd hoe dit zich verder ontwikkeld als die strain inderdaad zoveel besmettelijker is...
).
Nederland zou zich op eenzelfde golf moeten voorbereiden. Kijk niet verbaasd op als de lockdown verlengd gaat worden en de verkiezingen uitgesteld.quote:
Even een paar quotes uit dat stuk:quote:
https://www.sciencemag.or(...)wave-scientists-warn
Ik ben een wetenschappers, en weet hoe voorzichtig je moet zijn met uitspraken over je onderzoek, maar ook dat je uit moet gaan van een precautionary principle. Als ik de data zo lees, en alles wijst in dezelfde richting, dan moet je op basis daarvan nu beslissingen nemen, en niet afwachten op meer onderzoek om te kijken of het wel klopt, en of de besmettelijkheid misschien maar 30% meer is.quote:“We’re relying on multiple streams of imperfect evidence, but pretty much all that evidence is pointing in the same direction now,” says Adam Kucharski, a modeler at the London School of Hygiene & Tropical Medicine. For instance, an analysis by Public Health England showed about 15% of the contacts of people infected with B.1.1.7 in England went on to test positive themselves, compared with 10% of contacts of those infected with other variants.
If other countries that have detected B.1.1.7 also see it surge, it will be “the strongest evidence we will have,” Pybus says. In Ireland, where infections have risen rapidly as well, the variant now accounts for a quarter of sequenced cases. And data from Denmark, which leads the European Union in the sequencing of SARS-CoV-2, aren’t reassuring either. Routine surveillance there has picked up the variant dozens of times; its frequency went from 0.2% of sequenced genomes in early December to 2.3% 3 weeks later. “We have had what looks like a poster child example of exponential growth these last 4 weeks in Denmark,” says genomicist Mads Albertsen of Aalborg University. The numbers are still too low to draw strong conclusions, Albertsen cautions, but if the trend continues it will be a clear sign that many countries may face the same problems as the United Kingdom. “We should start preparing ourselves for the fact that this is happening elsewhere,” Hodcroft says.
En verder:
En gister heeft Duitsland dus ook, wat ik hier al meerdere malen geroepen heb, ingesteld dat mensen die uit het buitenland komen zich ook na aankomst nog een keer moeten laten testen, 2x zelfs binnen 5 dagen, zelfs als de eerste test negatief is. Dat had gelijk moeten gebeuren toen Engeland meldde dat de strain veel besmettelijker was. Voor elke case die je nu bij de grens detecteert en isoleert en makkelijk kunt contact tracen scheelt over 2 maanden tientallen of meer cases per dag.quote:Isolating patients and tracing, quarantining, and testing their contacts is one part of any attempt at doing so; those measures alone can reduce R from about 2 to about 1, Priesemann has shown for Germany. But that effect breaks down when case numbers reach a critical threshold and public health authorities are overwhelmed, which means tougher measures now can help contain the spread of the new variant later. “It’s yet another reason to go for very low numbers,” says Priesemann, who co-authored a December 2020 letter to the The Lancet calling for Europe to adopt a joint strategy to bring down infections fast. Hodcroft agrees. “The case has never been stronger,” she says. “What’s the worst-case scenario here? We overshoot and we get cases so low that we can get rid of a lot of restrictions.”
De 7-daagse gemiddeldes van het aantal nieuw opgenomen mensen per dag en het huidig aantal opgenomen mensen per dag, vanaf het begin van de pandemie, in Engeland. Volgens mij wordt morgen weer de file met de weekly admissions gepost, daarin kun je de ziekenhuisbezetting zien. Op 29 december lagen er 18.008 mensen met Covid in het ziekenhuis, nu dus 31.667. Toen lagen er 57.283 mensen zonder Covid in het ziekenhuis en waren er nog 8.885 bedden vrij. Ik vermoed dat er minder mensen zonder Covid in het ziekenhuis zullen hebben gelegen een week later, maar er waren niet veel bedden meer vrij.
Huidig opgenomen
Nieuw opgenomen
Van: https://www.rivm.nl/nieuws/update-verspreiding-britse-coronavariant-voc-20201201-in-nederland
Er zijn nu zo'n 50 besmettingen aangetroffen in Nederland, en er zijn nu 30 gevallen in de Regio Rijnmond gevonden, die waarschijnlijk voor het grootste deel aan de basisschool gelinked kunnen worden.
Edit: Er worden ongeveer 50.000 testen PER DAG afgenomen, dus er 500 analyses in een week is <0.2%, dat is veel te weinig als je patronen van iets wat nu nog zeldzaam is wilt oppikken. Dat is gewoon lukraak een beetje vissen in een hele grote vijver met de hoop dat je misschien iets vangt.
[ Bericht 2% gewijzigd door George_of_the_Jungle op 07-01-2021 15:36:13 ]
Er zijn nu zo'n 50 besmettingen aangetroffen in Nederland, en er zijn nu 30 gevallen in de Regio Rijnmond gevonden, die waarschijnlijk voor het grootste deel aan de basisschool gelinked kunnen worden.
Uit dat onderzoek:quote:De variant lijkt besmettelijker te zijn, maar tot nu toe is er geen reden om aan te nemen dat het ziekteverloop anders of ernstiger is dan met de variant die op dit moment het meeste in Nederland gevonden wordt.
...
Na een uitbraak op een basisschool waar een besmetting met de Britse coronavariant eind december werd vastgesteld hebben het Erasmus MC en GGD Rotterdam-Rijnmond een grootschalig uitbraakonderzoek opgestart. De eerste resultaten en andere informatie over dit onderzoek zijn op de website van GGD Rotterdam-Rijnmond te vinden.
Maar wat ik totaal niet snap:quote:Leerlingen en docenten van de Willibrordschool en hun huisgenoten is gevraagd zich te laten testen. In de XL-locatie bij Rotterdam The Hague Airport is hiervoor een speciale teststraat opengesteld. Ruim 750 van hen hebben gehoor gegeven aan deze oproep.
De eerste uitslagen van het onderzoek zijn inmiddels bekend. Deze laten zien dat ongeveer tien procent van de geteste personen besmet is met het coronavirus. Op dit moment is bij ten minste 30 personen die te linken zijn aan de school de infectie met de Britse variant van het coronavirus (B1.1.7) vastgesteld. Het Erasmus MC doet nog verder onderzoek om te kijken hoe groot de groep met de Britse variant is. De hier genoemde cijfers zijn dus niet definitief.
Er worden wekelijks meer dan 60.000 testen afgenomen, dus er worden minder dan 1% van die testen onderzocht. De variant waart rond in Nederland, is bewezen besmettelijker, de bron van de uitbraak in Rijnmond is nog niet gevonden, evenals in Amsterdam niet, de mogelijkheid is er om meer monsters te onderzoeken, maar hoeveel aanleiding moet er zijn om dat dan ook daadwerkelijk te gaan doen?quote:Er wordt in Nederland continu steekproefsgewijs nagegaan welke varianten van het coronavirus circuleren, en of het virus verandert. Dat de Britse coronavariant ook in Nederland voorkomt werd vastgesteld in een nationaal surveillanceprogramma waarin met 21 laboratoria in Nederland samengewerkt wordt in de zogenaamde ‘kiemsurveillance’.
...
Op dit moment worden in Nederlands zo wekelijks ongeveer 350-500 monsters onderzocht. Als er aanleiding is, zijn er mogelijkheden om dit onderzoek uit te breiden.
Edit: Er worden ongeveer 50.000 testen PER DAG afgenomen, dus er 500 analyses in een week is <0.2%, dat is veel te weinig als je patronen van iets wat nu nog zeldzaam is wilt oppikken. Dat is gewoon lukraak een beetje vissen in een hele grote vijver met de hoop dat je misschien iets vangt.
[ Bericht 2% gewijzigd door George_of_the_Jungle op 07-01-2021 15:36:13 ]
Dit is ook een lekkere: https://www.oxfordmail.co.uk/news/18991503.bbc-fire-anti-lockdown-oxford-academic-interview/
Niet elke professor, zelfs in Oxford, is voor lockdowns, deze is er zelfs tegen. In maart beweerde ze al dat 50% van de mensen immuun was, en in april dat we herd immunity bereikt hadden.
En dat heeft ze vrolijk volgehouden, zie ook hier: in juni, in juli, adviseerde Australie in juli om te stoppen met lockdowns en dat Zweden het goed had gedaan, en in oktober schreef ze dit stuk om de kwetsbaren te isoleren en de rest z'n gang te laten gaan.
Dat er geen herd immunity wis bereikt is wel duidelijk, dus dat was zeker ook in mei niet het geval. Zweden vind zelf ook dat ze het slecht hebben gedaan en dat het beschermen van kwetsbaren gefaald heeft. In lockdowns worden ook de kwetsbaren beschermt, maar dat heeft duidelijk gefaald in de vorige lockdown in de UK. Ook liggen er nu nu meer jongere mensen in de ziekenhuizen in de UK en worden er dagelijks kinderen opgenomen.
Waarom blijft ze zo star bij haar eigenzienswijzen, ook al blijkt dat ze meerdere keren er gigantisch naast zat met haar modellen?
Haar ex man is Prof Adrian Hill (zie hier), die samen met Prof Sara Gilbert de studie naar en de ontwikkeling van het Oxford vaccin leidt.
Ook baseerde Engeland de eerste lockdown op modellen van Prof Neil Ferguson, die werkt in de groep van Roy Anderson, die Oxford heeft moeten verlaten omdat hij tegen een post van Gupta had gestemd omdat hij dacht dat ze een relatie had met het hoofd van het departement (terwijl ze getrouwd was) en hij heeft zich hier later voor moeten verontschuldigen, en uiteindelijk dus de uni moeten verlaten hierdoor waarna hij de onderzoeksgroep bij het Imperial College heeft opgezet, waar Neil Ferguson dus deel van uit maakt. Zie hier.
Lekker incestueus dus allemaal, maar gelukkig heeft de overheid niet naar Gupta geluisterd in maart.
Niet elke professor, zelfs in Oxford, is voor lockdowns, deze is er zelfs tegen. In maart beweerde ze al dat 50% van de mensen immuun was, en in april dat we herd immunity bereikt hadden.
En dat heeft ze vrolijk volgehouden, zie ook hier: in juni, in juli, adviseerde Australie in juli om te stoppen met lockdowns en dat Zweden het goed had gedaan, en in oktober schreef ze dit stuk om de kwetsbaren te isoleren en de rest z'n gang te laten gaan.
Dat er geen herd immunity wis bereikt is wel duidelijk, dus dat was zeker ook in mei niet het geval. Zweden vind zelf ook dat ze het slecht hebben gedaan en dat het beschermen van kwetsbaren gefaald heeft. In lockdowns worden ook de kwetsbaren beschermt, maar dat heeft duidelijk gefaald in de vorige lockdown in de UK. Ook liggen er nu nu meer jongere mensen in de ziekenhuizen in de UK en worden er dagelijks kinderen opgenomen.
Waarom blijft ze zo star bij haar eigenzienswijzen, ook al blijkt dat ze meerdere keren er gigantisch naast zat met haar modellen?
Haar ex man is Prof Adrian Hill (zie hier), die samen met Prof Sara Gilbert de studie naar en de ontwikkeling van het Oxford vaccin leidt.
Ook baseerde Engeland de eerste lockdown op modellen van Prof Neil Ferguson, die werkt in de groep van Roy Anderson, die Oxford heeft moeten verlaten omdat hij tegen een post van Gupta had gestemd omdat hij dacht dat ze een relatie had met het hoofd van het departement (terwijl ze getrouwd was) en hij heeft zich hier later voor moeten verontschuldigen, en uiteindelijk dus de uni moeten verlaten hierdoor waarna hij de onderzoeksgroep bij het Imperial College heeft opgezet, waar Neil Ferguson dus deel van uit maakt. Zie hier.
Lekker incestueus dus allemaal, maar gelukkig heeft de overheid niet naar Gupta geluisterd in maart.
Wij hadden Ahoy niet nodig uiteindelijk hoop hetzelfde voor de Britten..quote:Britse minister: veldhospitaal gereed voor overvolle ziekenhuizen
In Londen wordt mogelijk opnieuw een veldhospitaal ingezet om de druk op de ziekenhuizen op te vangen. Minister Hancock van Volksgezondheid vreest dat ziekenhuizen de komende twee weken worden overspoeld met coronapatiënten. "Ik ben uiteraard bezorgd over de druk op de zorg."
Hij zegt dat de regering alles doet om de zorg te ondersteunen in regio's waar de druk het hoogst is. "In Londen zorgen we bijvoorbeeld dat het Nightingale veldhospitaal kan bijspringen als dat nodig is."
Tijdens de eerste coronagolf werd voor het eerst gebruikgemaakt van het veldhospitaal, dat vernoemd is naar de beroemde oorlogsverpleegkundige Florence Nightingale. Ook toen werd gevreesd voor een tekort aan ziekenhuisbedden. Ongeveer twintig patiënten zijn in die periode daadwerkelijk in het veldhospitaal beland, terwijl er ruimte is voor ruim 1500 bedden.
