Substraat-eiwit interactie simuleren in PyMol

Weet niet of hier mensen zitten die ervaring hebben met PyMol maar kan het altijd proberen. Ik heb een 3D structuur van GAL2, een galactose transporter van bakkersgist. Dit is gegenereerd met PHYRE2, de output was een .pdb file. Nu wil ik in PyMol glucose laten binden aan deze structuur, maar kom er niet uit hoe? Enige tutorial die ik vond ging over een eiwit waarbij het substraat waren inbegrepen, maar ik mijn geval moet ik het substraat dus zelf op de goede plek plaatsen lijkt me? Ik heb wel een .pdb bestand van glucose gevonden en dat weten te combineren met mijn eiwitstructuur, maar dan staat glucose er gewoon naast. Heb een educational license btw.

quote:

Op zaterdag 25 maart 2017 19:23 schreef Pandarus het volgende:
Ik zou eens kijken naar Ligand Dock van Rosetta.

Heb het uiteindelijk met deze methode gedaan: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4653388/

Rosetta kan, maar ik las dat het voornamelijk op supercomputers wordt gedraaid. Die heb ik niet.

quote:

Op dinsdag 28 maart 2017 08:55 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Goed bezig... kun je het filmpje (of het statische resultaat) hier ook laten zien. Altijd leuk om zulke dingen te zien.

Nee, want NDA. :S Maar wildtype mag vast wel, zal straks een screenshot maken.

Eerst laat je het programma mogelijke active sites genereren, zogenaamde clefts:



Omdat mijn eiwit een transporter is ga ik ervan uit dat de rode cleft correct is. De clefts aan de zijkant kloppen sowieso niet, want daar zit het membraam. Je selecteert de target, het ligand (glucose) en de juiste cleft, dan krijg je dit:



Tijdens het simuleren zie je het programma steeds anders posities voor het ligand proberen, je kan zelf instellen hoe vaak ie dat doet. Standaard probeert ie het 500 keer. Op basis van een score (CF) wordt berekend welke resultaten het meest waarschijnlijk zijn, de top 10 wordt weergeven:



Daarna kan je het zelf helemaal aanpassen en visualiseren hoe je wil. Bijvoorbeeld, voor het beste resultaat (volgens het programma):



Het is natuurlijk maar een benadering van de werkelijkheid, zeker omdat het een voorspelde structuur is, en er zitten wat haken en ogen aan, maar het is wel gaaf. Helpt ook zeker bij het visualiseren van mijn resultaat.

quote:

Op dinsdag 28 maart 2017 13:11 schreef Bosbeetle het volgende:
Nice... volgende stap is het gewoon met x-ray kristallografie bekijken met de ligand erbij

Gaan ze niet doen want tijd en zo.

quote:

Op dinsdag 28 maart 2017 13:13 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Zitten de residueën die in jullie mutant (of andere bekende mutanten) gemuteerd zijn ook daar in de buurt? Dat zou je natuurlijk indicaties geven of het echt de bindingsplaats is van het ligand

Ja, als je de clefts die niet logisch zijn buiten beschouwing laat is de 'beste' degene waar ook mijn residueën zitten.

Je kan trouwens ook zeggen dat een bepaald residue sowieso bij de clefts moet zitten, ook handig.

quote:

Op dinsdag 28 maart 2017 13:16 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Vergeet niet dat een eventuele mutatie in het "membraan-deel" natuurlijk ook de gehele conformatie van het eiwit kan veranderen, en dus ook die cleft...

Ja, natuurlijk. Dat zal je ook niet terugvinden in het model, aangezien het berekend is op basis van homologie en natuurkunde. Het is dan ook meer een visualisatietool op basis waarvan ik verklaren hoe en wat dan een verklaring op zichzelf.