Het grote bètastudententopic! #65 - DNA über alles! _O_

quote:

Op zondag 1 maart 2015 18:10 schreef Rezania het volgende:

[..]

Dat een zeer groot deel van het DNA niet voor eiwitten codeert klopt gewoon hoor.

Mmh, ik zie het ja. Ze claimden dat 80% enig doel had, maar dat is nu een factor 10 omlaag bijgesteld

Al het niet-eiwit-coderende DNA is indirect onderdeel van de epigenetische code.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 18:20 schreef Rezania het volgende:

[..]

DNA kan nog meer doelen hebben dan enkel coderen voor eiwitten.

Doh.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 18:35 schreef Rezania het volgende:

[..]

Nou dan, wat ben jij verbaast dan?

Ik blijf het een laag percentage vinden

quote:

Op zondag 1 maart 2015 18:43 schreef Rezania het volgende:

[..]

Wat jij vindt is niet relevant! SCIENCE BITCH!

Is ook maar een mening

DNAtopic

Bestaan er eigenlijk minors gefocust op mathematische biologie? Ik kwam namelijk dit, dit, en dit tegen. Dit wekte mijn interesse, maar ik vraag me af welke studies het beste bij dit soort onderwerpen passen?

quote:

Op zondag 1 maart 2015 21:51 schreef netchip het volgende:
Bestaan er eigenlijk minors gefocust op mathematische biologie? Ik kwam namelijk dit, dit, en dit tegen. Dit wekte mijn interesse, maar ik vraag me af welke studies het beste bij dit soort onderwerpen passen?

Ik geloof dat ze in Nijmegen bij wiskunde wel onderzoek in die richting doen. Gewoon wiskunde studeren lijkt me dan het handigst, en dan je keuzevakken goed kiezen. In de Volkskrant stond een paar weken terug een voorbeeldje (het ging over mensen die hun master aan een andere uni doen dan hun bachelor) van een meisje die biologie en wiskunde had gestudeerd in de bachelor, en nu naar Nijmegen was gegaan voor haar master om die richting op te kunnen.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 21:51 schreef netchip het volgende:
Bestaan er eigenlijk minors gefocust op mathematische biologie? Ik kwam namelijk dit, dit, en dit tegen. Dit wekte mijn interesse, maar ik vraag me af welke studies het beste bij dit soort onderwerpen passen?

misschien dit?http://www.few.vu.nl/nl/s(...)e-wiskunde/index.asp

Bij het programma staat ook mathematical modelling. Ik denk dat dat wel in de buurt komt van wat jij wil.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 21:51 schreef netchip het volgende:
Bestaan er eigenlijk minors gefocust op mathematische biologie? Ik kwam namelijk dit, dit, en dit tegen. Dit wekte mijn interesse, maar ik vraag me af welke studies het beste bij dit soort onderwerpen passen?

Interessante richting qua hoeveelheid werk. Daar zit zeker veel toekomst in en ik zie het niet snel gebeuren dat die markt verzadigd geraakt met afgestudeerden (te moeilijk en te saai voor de meeste mensen). Als je iets in die richting wil doen dan zou ik me vooral op de wiskunde/informatica richten en daarnaast een paar basisvakken voor biologie volgen (celbiologie), niet andersom. Die biologie pik je zo op, de rest kost meer moeite.

Ik ben van voor de minors joh!

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:06 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Interessante richting qua hoeveelheid werk. Daar zit zeker veel toekomst in en ik zie het niet snel gebeuren dat die markt verzadigd geraakt met afgestudeerden (te moeilijk en te saai voor de meeste mensen). Als je iets in die richting wil doen dan zou ik me vooral op de wiskunde/informatica richten en daarnaast een paar basisvakken voor biologie volgen (celbiologie), niet andersom. Die biologie pik je zo op, de rest kost meer moeite.

Onzin, het biologie deel kost je echt niet minder moeite dan het wiskundige deel Als je de biologische processen niet volledig snapt kan je nooit wiskunde daarop loslaten.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 22:58 schreef Gentianella het volgende:

[..]

Ik geloof dat ze in Nijmegen bij wiskunde wel onderzoek in die richting doen. Gewoon wiskunde studeren lijkt me dan het handigst, en dan je keuzevakken goed kiezen. In de Volkskrant stond een paar weken terug een voorbeeldje (het ging over mensen die hun master aan een andere uni doen dan hun bachelor) van een meisje die biologie en wiskunde had gestudeerd in de bachelor, en nu naar Nijmegen was gegaan voor haar master om die richting op te kunnen.

Aha, daar zal ik dan naar kijken.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:00 schreef RRuben het volgende:

[..]

misschien dit?http://www.few.vu.nl/nl/s(...)e-wiskunde/index.asp

Bij het programma staat ook mathematical modelling. Ik denk dat dat wel in de buurt komt van wat jij wil.

Zoiets ja, maar het hoeft niet biomedisch te zijn.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:06 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Interessante richting qua hoeveelheid werk. Daar zit zeker veel toekomst in en ik zie het niet snel gebeuren dat die markt verzadigd geraakt met afgestudeerden (te moeilijk en te saai voor de meeste mensen). Als je iets in die richting wil doen dan zou ik me vooral op de wiskunde/informatica richten en daarnaast een paar basisvakken voor biologie volgen (celbiologie), niet andersom. Die biologie pik je zo op, de rest kost meer moeite.

Mijn huidige plan is om, als ik in Nederland ga studeren, wis- en natuurkunde te doen. Een biologie bachelor trekt me echt niet, veel te veel vakken zoals diergedrag. En ik heb het biologie programma bekeken: ze hebben maar een wiskunde vak dat je wiskunde skills op het niveau van wiskunde A brengt. Da's dus ook niets voor mij.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:17 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Onzin, het biologie deel kost je echt niet minder moeite dan het wiskundige deel Als je de biologische processen niet volledig snapt kan je nooit wiskunde daarop loslaten.

Je hoeft niet het gehele biologiecurriculum te doorlopen om de relevante biologische processen te begrijpen (DNA-analyse, eiwitvouwing, ...) en je kan gemakkelijk wat bijlezen wanneer je met bepaalde onderzoek start wat wel meer specialistische biologiekennis verijest (in twee weken tijd kan je zo'n handboek bestuderen, probeer maar eens in twee weken tijd complexe analyse af te handelen).

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:17 schreef netchip het volgende:
Mijn huidige plan is om, als ik in Nederland ga studeren, wis- en natuurkunde te doen.

Goed plan! Met die basis heb je erg veel mogelijkheden en kan je erg veel kanten uit.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:24 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Je hoeft niet het gehele biologiecurriculum te doorlopen om de relevante biologische processen te begrijpen (DNA-analyse, eiwitvouwing, ...) en je kan gemakkelijk wat bijlezen wanneer je met bepaalde onderzoek start wat wel meer specialistische biologiekennis verijest (in twee weken tijd kan je zo'n handboek bestuderen, probeer maar eens in twee weken tijd complexe analyse af te handelen).

Ik denk echt dat je het onderschat

quote:

Op zondag 1 maart 2015 23:35 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Ik denk echt dat je het onderschat

Ik heb zelf flink wat biologieboeken gelezen van A-Z (celbiologie, immunologie, DNA, anatomie, fysiologie). Als je een beetje een nerd bent dan wil je begrijpen hoe je eigen lichaam werkt, vind ik.
Zolang je het niet hoeft te reproduceren (alles begrijpen maar niet details memoriseren die je on the fly kan opzoeken) haal je best 20 bladzijden per uur, in een week tijd heb je dus zo'n boek van A-Z doorgewerkt met ook nog wat tijd over om meer aandacht te besteden aan de lastigere delen.
Ik zie 1 probleem voor de wiskunde/informatica-student, die is niet gewend om lange teksten te lezen. Dat went wel.

quote:

Op zondag 1 maart 2015 17:46 schreef netchip het volgende:

[..]

DNA verandert niet door prikkels van buitenaf, zoals zingen.

Hier haak ik ook nog even op in.

SPOILER

Om spoilers te kunnen lezen moet je zijn ingelogd. Je moet je daarvoor eerst gratis Registreren. Ook kun je spoilers niet lezen als je een ban hebt.

Er zijn wel meer voorbeelden bekend maar 1 voorbeeld is dat ze vaststelden dat bij een bevolking die een chronisch voedingstekort had het DNA dusdanig wijzigde dat ze minder voedsel nodig hadden. Best interessant, die epigenetica, daar zou ik graag nog eens meer over lezen.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 00:03 schreef Rezania het volgende:

[..]

Dit ja. Iets begrijpen, ook al is het 'maar' een biologisch systeem, kost wel iets meer moeite dan snel een samenvatting doorlezen. Om cellen goed te kunnen modelleren heb je inzicht nodig in celbiologie, biochemie en biofysica om maar wat te noemen. Dat is heel wat anders dan leren dat een boom hout- en bastvaten heeft en een koei 4 poten om maar wat te noemen.

Vooropgesteld dat allicht nog niet alle details bekend zijn, hoe ingewikkeld is het om een mentaal overzicht te vormen als je voor alle componenten leest hoe ze werken. Ik neem dan maar even aan dat iemand die een wiskundige opleiding aankan snel en gemakkelijk begrippen zoals diffusie, osmose, na/ka-pomp, het belang van ionen in kanalen, eiwittranslatie, de invloed van ladingen op het vouwen van eiwitten, de principes van enzymen, het knippen en plakken van stukken DNA etc. begrijpt om maar wat elementaire voorbeeldjes te noemen. Ik begrijp jouw punt hoor, je moet allerlei kennis paraat hebben om het totaalplaatje te overzien.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 00:29 schreef Rezania het volgende:

[..]

Dan heb je een model waarvan alles al staat beschreven en maar een enkele vorm heeft. Daar heb je dus niks aan. Het voordeel van modelleren is juist dat je situaties kan simuleren aan de hand van bekende situatie. En je gaat mij niet vertellen dat jij kan voorspellen hoe iets zal werken onder andere omstandigheden als jou het inzicht ontbreekt over hoe iets nou precies werkt; signalen, kinetiek, thermodynamica, vouwing, kwantummechanica, alles.

De werking van enzymen bijvoorbeeld. Jij denkt dan "Een enzym verlaagt de activeringsenergie van een reactie." Dat klopt, maar dat is dr meest basale vorm. Maak daar een model van en je hebt er niks aan, echt niks. Ik wil juist weten hoe een enzym precies werkt, overal waardes aan toekennen. Dan pas kan ik vervolgens met een wiskundig model voorspellen hoe het zich gaat gedragen onder andere omstandigheden of hoe ik de omstandigheden voor dat enzym kan optimaliseren. Wederom heb je daar inzicht voor nodig. een model toepassen van een gewoon enzym op een enzym dat moet binden aan een ligand voor een conformatieverandering voordat het werkt gaat niet. Daar heb je precies dat inzicht voor nodig, niet enkel kennis, anders ga je zwaar de fout in.

Fair enough. Je komt dan echter eerder op een combi van wiskunde, informatica, chemie en natuurkunde terecht met wat elementaire biologie dan op een combi van wiskunde, informatica en biologie, nietwaar?

quote:

Op zondag 1 maart 2015 21:51 schreef netchip het volgende:
Bestaan er eigenlijk minors gefocust op mathematische biologie? Ik kwam namelijk dit, dit, en dit tegen. Dit wekte mijn interesse, maar ik vraag me af welke studies het beste bij dit soort onderwerpen passen?

Deze bijvoorbeeld?

https://ssc.wur.nl/Rooster/MinorProgramma/WUSYB

Welke studie daar het beste bij past? Ik denk biologie en anders wiskunde. Systeembiologie heb je op cellulair niveau, maar kun je ook proberen toe te passen op ecologisch niveau.
Als je het op moleculair niveau toepast heet het al fysische chemie.
Natuurlijk wel interessant om de relevante cellulaire processen/metabolic pathways te vangen in differentiaalvergelijking/ en/of linieare algebra als het gaat over bijv een bacterie die medicijnen produceert of over kanker- of hersencellen.

Bioinformatica is nu nog meer genetisch, maar ik denk dat dat gaat veranderen de komende 20 jaar. Nu is het vooral databases met genomen en zoekalgoritmes enzo.
Waar je nu in Nederland al hele opleidingen bioinformatica hebt heb je op sommige plekken in de wereld ook MSc'en met als track systems biology.

Biologie is simpel? Tuurlijk. Is ook waarom de snelste supercomputers met biologische vraagstukken bezig zijn, zoals eiwitvouwing.

En er is ook nog eens zo iets als dingen uit je hoofd leren. Ja, buiten de wis- en natuurkunde doet men daar nog aan.
http://www.cc.gatech.edu/(...)tabolic_pathways.png

Maar als het ingewikkeld wordt dan zal Bram het wel weer geen biologie meer vinden. Of, omdat het om alleen eerstegraads benaderingen gaat, omdat het voor meer detail nu nog te complex is, zal de wiskunde die je er voor nodig hebt wel te basaal zijn.

Biologie nu is wat scheikunde 40 jaar geleden was. Daarom winnen ook elke keer biologen zowel de nobelprijs voor de chemie als voor de fysiologie&geneeskunde.
Scheikundigen houden zich nu bezig met natuurkunde. Is niet voor niets dat natuurkundigen zelf in een crisis zitten. Theoretische natuurkunde lijkt om een dood spoor te zitten, en de experimentalisten hebben apparatuur van miljarden nodig.


Tja, je kunt net zo goed zeggen dat een wiskundeboek 4x minder tekst heeft, en dat je dat na 1 keer lezen ook snapt.
Ik doe zelf een biochemie-opleiding en ik merk juist dat ik de biologie altijd onderschat. Met wis of scheikunde is het zo makkelijk om precies te weten hoe je iets onder de knie krijgt.
En dat zeg ik als geheugenwonder.

En daarvan los nog staande de labskills die je nodig hebt om als wetenschapper in de moleculaire&cellbiologie/biochemie iets klaar te spelen. Dat haal je niet uit een boekje.

[ Bericht 3% gewijzigd door Pandarus op 02-03-2015 01:24:13 ]

quote:

Op maandag 2 maart 2015 09:09 schreef Rezania het volgende:

[..]

Zo kan je alles wel onder de noemer natuurkunde schuiven.

Natuurkunde en chemie. Tja, de bouwsteentjes die jij noemde vallen onder deze vakgebieden: quantummechanica, thermodynamica, kinetiek.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 13:07 schreef Rezania het volgende:
Ik werd net aangesproken door een IO'er, blijkbaar mag ik niet fucken met Jezus want dat beledig je God. Wist niet dat er zulke religieuze figuren rondliepen op de TU.

Mijn TU heeft/had zelfs een 'stilteruimte' waar moslims kunnen bidden.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 01:17 schreef Pandarus het volgende:
Biologie is simpel? Tuurlijk. Is ook waarom de snelste supercomputers met biologische vraagstukken bezig zijn, zoals eiwitvouwing.

Complexiteit is juist mogelijk dankzij eenvoud. Juist omdat legosteentjes (of bakstenen voor volwassenen ) op zichzelf eenvoudig zijn kan je de meest uiteenlopende en eventueel complexe constructies maken, juist omdat logische schakelelementen op ziczhzelf eenvoudig zijn kan je complexe rekennetwerken maken, juist omdat neuronen op zichzelf eenvoudig zijn kan je complexe hersenen krijgen, juist omdat aminozuren op ziczhelf eenvoudig zijn kan je de meest uiteenlopende eiwitten bouwen, juist omdat DNA-moleculen op zichzelf eenvoudig zijn (4 elementjes die twee paren vormen) kan je heel de genetische code hiermee maken. Eenvoud leidt tot complexiteit. Alleen is de complexiteit op een gegeven moment zo hoog dat een mens het niet kan bijbenen en dat hij computers moet inschakelen, de mens moet dan proberen om de basisprincipes goed te begrijpen zodat met die basisprincipes een computer het zware rekenwerk kan doen. Hoe dan ook moet je een balans zoeken tussen een aantal vakgebieden als je zoiets wil doen, daar zullen we het met zijn allen wel over eens zijn, de vraag is welke verhouding je nodig hebt.

quote:

Maar als het ingewikkeld wordt dan zal Bram het wel weer geen biologie meer vinden. Of, omdat het om alleen eerstegraads benaderingen gaat, omdat het voor meer detail nu nog te complex is, zal de wiskunde die je er voor nodig hebt wel te basaal zijn.

Nee en nee.

Snap weinig van je post, vooral taalkundig gezien.

Ja, ook in de biologie heb je simpele en complexe dingen. DNA code is een voorbeeld van een simpel vraagstuk. Iedereen kan met een tabel basenparen omzetten in aminozuren. Maar niemand kan van een aminozuursequentie zomaar naar een 3d structuur.

En naast de genetische code is er ook nog de epigenetische code, en die is zo complex dat deze als code bijna niet te herkennen is.

Snap ook niet waarom een aminozuur simpel is. Zijn zat moleculen die simpeler zijn.

DNA bestaat trouwens niet uit alleen de nucleobasen. Weet niet of dit luiheid of gewoon gebrek aan gevoel voor wat belangrijk is is, dat je dat wel zo durft te stellen. Denk dat laatste.
De rest van het DNA-molecul draagt net zo veel bij aan de verklaringskracht van het hele model.

[ Bericht 11% gewijzigd door Pandarus op 02-03-2015 17:05:42 ]

Jongens, kap deze discussie maar want Bram vindt toch alles wat geen wiskunde is simpel en niet de moeite waard.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:05 schreef Mitsu het volgende:
Jongens, kap deze discussie maar want Bram vindt toch alles wat geen wiskunde is simpel en niet de moeite waard.

Ik was ook al uitgetuned ja

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:05 schreef Mitsu het volgende:
Jongens, kap deze discussie maar want Bram vindt toch alles wat geen wiskunde is simpel en niet de moeite waard.

Ik denk dat Bram bedoelt dat een vak als Biochemie makkelijker voor een wiskundige is, dan een vak als Complexe Analyse of Topologie voor een bioloog. Geen idee of het waar is.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:05 schreef Mitsu het volgende:
Jongens, kap deze discussie maar want Bram vindt toch alles wat geen wiskunde is simpel en niet de moeite waard.

Niet gelezen maar eens met Bram.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:05 schreef Mitsu het volgende:
Jongens, kap deze discussie maar want Bram vindt toch alles wat geen wiskunde is simpel en niet de moeite waard.

Je kunt zijn post reporten.

EXA

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:16 schreef Pandarus het volgende:

[..]

Je kunt zijn post reporten.

nou nou nou

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:16 schreef Pandarus het volgende:

[..]

Je kunt zijn post reporten.

Lol

Als je vindt dat discussie geen nut heeft en dat dat aan die user ligt, is dat het logische vervolg.

Raar dat je anderen oproept te stoppen met reageren op uitspraken van een ander.

[ Bericht 16% gewijzigd door Pandarus op 02-03-2015 17:28:58 ]

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:16 schreef Pandarus het volgende:

[..]

Je kunt zijn post reporten.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 01:17 schreef Pandarus het volgende:

[..]

Deze bijvoorbeeld?

https://ssc.wur.nl/Rooster/MinorProgramma/WUSYB

Welke studie daar het beste bij past? Ik denk biologie en anders wiskunde. Systeembiologie heb je op cellulair niveau, maar kun je ook proberen toe te passen op ecologisch niveau.
Als je het op moleculair niveau toepast heet het al fysische chemie.

Zoiets, ja, maar dan gerichter op wiskunde. Ik vind programmeren erg leuk, maar ik wil geen informatica studeren. De theorie erachter maakt me eigenlijk niet zoveel uit, en die kennis ga je ook nooit gebruiken buiten de informatica.

quote:

Natuurlijk wel interessant om de relevante cellulaire processen/metabolic pathways te vangen in differentiaalvergelijking/ en/of linieare algebra als het gaat over bijv een bacterie die medicijnen produceert of over kanker- of hersencellen.

Dat kan een LST'er ook wel, bijvoorbeeld. Kijk eens naar de mathematische fysica, dat is een tak van de natuurkunde die steeds meer leunt op de wiskunde waarvan eerst werd gezegd dat het nutteloos is: de algebra en de topologie.

quote:

Bioinformatica is nu nog meer genetisch, maar ik denk dat dat gaat veranderen de komende 20 jaar. Nu is het vooral databases met genomen en zoekalgoritmes enzo.
Waar je nu in Nederland al hele opleidingen bioinformatica hebt heb je op sommige plekken in de wereld ook MSc'en met als track systems biology.

Biologie is simpel? Tuurlijk. Is ook waarom de snelste supercomputers met biologische vraagstukken bezig zijn, zoals eiwitvouwing.

En er is ook nog eens zo iets als dingen uit je hoofd leren. Ja, buiten de wis- en natuurkunde doet men daar nog aan.
http://www.cc.gatech.edu/(...)tabolic_pathways.png

Maar als het ingewikkeld wordt dan zal Bram het wel weer geen biologie meer vinden. Of, omdat het om alleen eerstegraads benaderingen gaat, omdat het voor meer detail nu nog te complex is, zal de wiskunde die je er voor nodig hebt wel te basaal zijn.

Biologie nu is wat scheikunde 40 jaar geleden was. Daarom winnen ook elke keer biologen zowel de nobelprijs voor de chemie als voor de fysiologie&geneeskunde.
Scheikundigen houden zich nu bezig met natuurkunde. Is niet voor niets dat natuurkundigen zelf in een crisis zitten. Theoretische natuurkunde lijkt om een dood spoor te zitten, en de experimentalisten hebben apparatuur van miljarden nodig.

De mathematische fysica (snaartheorie, loop quantum gravity) is juist veelbelovend. Met die machines van tientallen miljarden kunnen we wel het universum verklaren, uiteindelijk. Vanaf het begin tot nu.

quote:

Tja, je kunt net zo goed zeggen dat een wiskundeboek 4x minder tekst heeft, en dat je dat na 1 keer lezen ook snapt.
Ik doe zelf een biochemie-opleiding en ik merk juist dat ik de biologie altijd onderschat. Met wis of scheikunde is het zo makkelijk om precies te weten hoe je iets onder de knie krijgt.
En dat zeg ik als geheugenwonder.

Iets kunnen is natuurlijk anders dan begrijpen en kunnen bewijzen waarom iets zo is.

quote:

En daarvan los nog staande de labskills die je nodig hebt om als wetenschapper in de moleculaire&cellbiologie/biochemie iets klaar te spelen. Dat haal je niet uit een boekje.

Als systeem bioloog/mathematisch celbioloog heb je toch geen lab skills nodig?

quote:

Op maandag 2 maart 2015 17:23 schreef Pandarus het volgende:
Als je vindt dat discussie geen nut heeft en dat dat aan die user ligt, is dat het logische vervolg.

Raar dat je anderen oproept te stoppen met reageren op uitspraken van een ander.

Ik heb de politie al gebeld, ze gaan zo langs bij Virgiel.

quote:

Op maandag 2 maart 2015 18:03 schreef Bravebart het volgende:

[..]

Ik heb de politie al gebeld, ze gaan zo langs bij Virgiel.

Is Mitsu lid van Virgiel?