Evolutie. Deel XIV

quote:

Op donderdag 9 augustus 2007 20:32 schreef SpecialK het volgende:
Waarom zou je geloof niet met een wetenschappelijke insteek kunnen bekijken? Volgens mij heeft spiritualiteit gewoon een biologische basis en is religie een sociologisch verschijnsel.

quote:

Our results show that the mutation rate to new beneficial alleles is 1000 times as high as previously inferred in the same bacterial species (4, 16). The difference in results can be explained by the differences in the effective population size analyzed. If only very large effective sizes are analyzed, and the effect of clonal interference is not accounted for, then our estimates for Ua and E(sa) for the populations with Ne = 10^7 are similar to those previously obtained (Fig. 1B). However, if these estimates were close to the true values, then we would not expect to see the sweeps of beneficial mutations in the populations with lower Ne that we observed

quote:

Op vrijdag 10 augustus 2007 12:09 schreef Monolith het volgende:
Interessante paper uit science over de mate van voordelige mutaties:
[..]

Hele verhaal

quote:

Op zondag 12 augustus 2007 15:23 schreef bigore het volgende:

[..]

Jij bent toch gelovig? Is dit niet juist een "bewijs" voor evolutie? Ik bedoel, als de mutaties die als voordeel gekenmerkt worden 1000 x sneller zijn als we al dachten dan is dat een big plus voor de evolutietheorie?

quote:

Op donderdag 9 augustus 2007 13:11 schreef Monolith het volgende:

[..]

...en dat filosofen het er toch wel over eens zijn dat de wetenschap niets te zeggen heeft over geloof....

quote:

Op donderdag 26 juli 2007 09:19 schreef Autodidact het volgende:

[..]

quote:

Op zondag 12 augustus 2007 21:30 schreef wijsneus het volgende:

[..]
Ik ben het echter met Dawkins eens: als een god interacteerd met deze wereld betekent dat deze invloed meetbaar moet zijn. Als een invloed meetbaar is moet dit met behulp van de wetenschappelijke methode onderzocht kunnen worden.

quote:

Op dinsdag 14 augustus 2007 15:30 schreef Dwerfion het volgende:

[..]

Precies. De conclusie dat een God aan het werk is geweest, zal echter altijd achterwege moeten biljven, omdat je geen niet-naturalistische verklaring kunt gebruiken in de wetenschap. De verste conclusie die wetenschap kan trekken is "We snappen het nog niet".

quote:

Op dinsdag 14 augustus 2007 15:43 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Als God geen invloed heeft op de wereld, dan kan ie net zo goed niet bestaan.

Als ie wel invloed heeft dan moet dat meetbaar zijn.

quote:

Op dinsdag 14 augustus 2007 15:50 schreef Dwerfion het volgende:

[..]

Fijn als mensen mijn woorden nog even (deels) herhalen

quote:

Simulations of biological evolution, in which computers are used to evolve systems toward a goal, often require many generations to achieve even simple goals. It is therefore of interest to look for generic ways, compatible with natural conditions, in which evolution in simulations can be speeded. Here, we study the impact of temporally varying goals on the speed of evolution, defined as the number of generations needed for an initially random population to achieve a given goal. Using computer simulations, we find that evolution toward goals that change over time can, in certain cases, dramatically speed up evolution compared with evolution toward a fixed goal. The highest speedup is found under modularly varying goals, in which goals change over time such that each new goal shares some of the subproblems with the previous goal. The speedup increases with the complexity of the goal: the harder the problem, the larger the speedup. Modularly varying goals seem to push populations away from local fitness maxima, and guide them toward evolvable and modular solutions. This study suggests that varying environments might significantly contribute to the speed of natural evolution. In addition, it suggests a way to accelerate optimization algorithms and improve evolutionary approaches in engineering.

quote:

Op woensdag 15 augustus 2007 21:25 schreef Monolith het volgende:
Interessante resultaten in evolutie simulatie:
[..]



bron

quote:

Op donderdag 16 augustus 2007 02:06 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Hoe moeilijker je het maakt hoe beter het gaat!

quote:

Op vrijdag 17 augustus 2007 00:06 schreef wijsneus het volgende:
Physicists Discover Inorganic Dust With Lifelike Qualities

An international team has discovered that, under the right conditions, particles of inorganic dust can become organized into helical structures. These structures can interact with one another in ways that are usually associated with organic compounds and with life. Not only do these helical strands interact in a counterintuitive way in which like can attract like, but they also undergo changes that are normally associated with biological molecules, such as DNA and proteins, say the researchers. For example, they can divide to form two copies of the original structure. These new structures can also interact to induce changes in their neighbors. And they can even evolve into yet more structures as less stable ones break down, leaving behind only the fittest structures in the plasma. 'These complex, self-organized plasma structures exhibit all the necessary properties to qualify them as candidates for inorganic living matter,' said the lead researcher. 'They are autonomous, they reproduce and they evolve.

http://www.sciencedaily.com/releases/2007/08/070814150630.htm

via slashdot

quote:

The researchers hint that perhaps an inorganic form of life emerged on the primordial earth, which then acted as the template for the more familiar organic molecules we know today.

quote:

Crystal Structure of an Ancient Protein: Evolution by Conformational Epistasis

The structural mechanisms by which proteins have evolved new functions are known only indirectly. We report x-ray crystal structures of a resurrected ancestral protein—the ~450 million-year-old precursor of vertebrate glucocorticoid (GR) and mineralocorticoid (MR) receptors. Using structural, phylogenetic, and functional analysis, we identify the specific set of historical mutations that recapitulate the evolution of GR’s hormone specificity from an MR-like ancestor. These substitutions repositioned crucial residues to create new receptor-ligand and intraprotein contacts. Strong epistatic interactions occur because one substitution changes the conformational position of another site. "Permissive" mutations—substitutions of no immediate consequence, which stabilize specific elements of the protein and allow it to tolerate subsequent function-switching changes—played a major role in determining GR’s evolutionary trajectory.

quote:

Op donderdag 16 augustus 2007 07:55 schreef bigore het volgende:

[..]

Nature always finds a way

quote:

Op dinsdag 14 augustus 2007 15:43 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Als God geen invloed heeft op de wereld, dan kan ie net zo goed niet bestaan.

Als ie wel invloed heeft dan moet dat meetbaar zijn.

quote:

Op vrijdag 31 augustus 2007 15:08 schreef wijsneus het volgende:
Drive by linkdump:

One Species' Genome Discovered Inside Another's

quote:

Op vrijdag 17 augustus 2007 00:38 schreef wijsneus het volgende:
En dit vindt ik dan weer een boeiende doch vergezochte conclusie:
[..]

quote:

Op maandag 3 september 2007 16:44 schreef Autodidact het volgende:
Walking With Cavemen

Iemand deze al gezien? Ziet er wel leuk uit.

quote:

Op maandag 10 september 2007 13:40 schreef Rasing het volgende:
Een bijdrage van rapper Baas B aan het evolutiedebat: in een interview in het Veronica-magazine was de vraag: God of Darwin?

'Ik geloof wel in een God, maar ik geloof ook dat er buitenaardse wezens zijn. God of Darwin... het zijn voor mij allebei buitenaardse wezens.'

Ali_Kannibali en consorten: er zijn mensen met nóg minder verstand van evolutie.

quote:

Op maandag 10 september 2007 14:37 schreef Monolith het volgende:
Laat die jongen het maar bij rappen houden, daar heeft hij tenminste wel verstand va..oh nee, toch niet.

quote:

Op maandag 10 september 2007 14:39 schreef Rasing het volgende:

[..]

Zelfs dat kan hij niet Misschien doet de natuurlijke selectie zijn werk wel, en hebben we over honderd jaar in ieder geval geen last van zijn nazaten.

quote:

Op maandag 10 september 2007 15:11 schreef Autodidact het volgende:

[..]

Mensen van zijn subspeciës zijn toch vrij goed in het voortplanten? Zo wordt de evolutietheorie als meme er door de natuurlijke selectie uitgefilterd....

quote:

Scientists say velociraptor had feathers

WASHINGTON - Velociraptor, the terrifying predator made famous in the movie "Jurassic Park," appears to have had feathers in real life.

ADVERTISEMENT

A close study of a velociraptor forearm found in Mongolia shows the presence of quill knobs, bumps on the bone where the feathers anchor, researchers report in Friday's edition of the journal Science.

Dinosaurs are believed to be ancestors to modern birds. Evidence of feathered dinosaurs has been found in recent years, and now velociraptor can be added to that list.

"Finding quill knobs on velociraptor ... means that it definitely had feathers. This is something we'd long suspected, but no one had been able to prove," Alan Turner, lead author on the study and a graduate student of paleontology at the American Museum of Natural History and at Columbia University in New York, said in a statement.

The velociraptor the researchers studied was about three feet tall and weighed about 30 pounds. The size of these animals was exaggerated in the movie.

It had short forelimbs, compared to a modern bird, the researchers said, indicating it would not have been able to fly, even though it had feathers.

The feathers may have been useful for display, to shield nests, for temperature control or to help it maneuver while running, they said.

___

quote:

20-09-2007


Deze schedel van de Keniaanse Homo Erectus (foto Reuters)

In Georgië zijn op de beroemde vindplaats Dmanisi veel skeletdelen van Homo erectus gevonden, 1,77 miljoen jaar oud. Ze wijzen uit dat Homo erectus in deze vroege tijd nog veel primitieve kenmerken had.

Tot nu toe gold de Keniase Nariokotomejongen als het typische Homo erectus-skelet. Sinds die vondst in 1984 van dat uitzonderlijk goed bewaard skelet van een tienjarige (gedateerd op 1,55 miljoen jaar geleden) geldt erectus als bijna modern: erg lang, met rechte ribbenkast en met alleen een kleiner brein dan tegenwoordig. Maar in het tijdschrift Nature van vandaag schetst een team van maar liefst achttien archeologen onder leiding van de Georgiër David Lordkipanidze (Nationaal Museum, Tiblisi) een ander beeld. De nu gevonden skeletdelen tonen een aantal duidelijke primitieve kenmerken heeft, die lijken op Australopithecus, de voorganger van Homo. Er zijn uit de evolutie van de mens vrij veel schedels gevonden, maar weinig ander botmateriaal.

Dmanisi stond al bekend om de vondst van relatief kleine H. erectus-schedels. Die worden soms toegewezen aan een aparte soort Homo georgicus, maar vrij algemeen wordt deze als nauw verwant of identiek aan H. erectus gezien. Een toewijzing van Homo georgicus aan de veel primitievere voorganger Homo habilis (ca 2 tot 1,5 miljoen jaar oud) heeft tot nu toe niet veel steun gekregen, al zullen de nu gevonden kenmerken die discussie weer aanwakkeren.

De lange onderbenen van de Dmanisi-mensen lijken op die van moderne mensen: heel geschikt om veel en ver mee te lopen. Maar hun bovenarmen vertonen duidelijk primitieve kenmerken. Wel is onduidelijk welke functie die minder gedraaide vorm van het bovenarmbeen heeft. Ook blijkt uit een Dmanisis-dijbeen dat de Georgische erectus iets korter was: een geschatte lengte van 145 tot 166 cm – tegen een geschatte (volwassen) lengte van de Nariokotome-erectus van 150 tot 169 cm.

(nrc)

quote:

Santos et al.

Genetic isolation through time: allochronic differentiation of a phenologically atypical population of the pine processionary moth

Proceedings of the Royal Society B, Vol 274 No. 1612, pp. 935-941 (7 April 2007)

Allochronic speciation refers to a mode of sympatric speciation in which the differentiation of populations is primarily due to a phenological shift without habitat or host change. However, it has been so far rarely documented. The present paper reports on a plausible case of allochronic differentiation between sympatric populations of the pine processionary moth (PPM), Thaumetopoea pityocampa. The PPM is a Mediterranean insect with winter larval development. A phenologically atypical population with early adult activity and summer larval development was detected 10 years ago in Portugal. Mitochondrial and nuclear sequences strongly suggest that the ‘summer’ individuals are closely related to the sympatric winter population, while microsatellite data show a reduction in allelic richness, a distortion of allelic frequencies and significant genetic differentiation. Moreover, monitoring of adult flights suggests that reproductive activity does not overlap between the summer and winter populations. We postulate that the summer population appeared after a sudden phenological shift of some individuals of the sympatric winter population, leading to a founder effect and complete reproductive isolation. Given that the individuals showing this new phenology are subject to different selection pressures, the observed allochronic differentiation may rapidly lead to deeper divergence.

quote:

Sparkman et al.

An empirical test of evolutionary theories for reproductive senescence and reproductive effort in the garter snake Thamnophis elegans

Proceedings of the Royal Society B, Vol 274 No. 1612, pp. 943-950 (7 April 2007)

Evolutionary theory predicts that differential reproductive effort and rate of reproductive senescence will evolve under different rates of external mortality. We examine the evolutionary divergence of age-specific reproduction in two life-history ecotypes of the western terrestrial garter snake, Thamnophis elegans. We test for the signature of reproductive senescence (decreasing fecundity with age) and increasing reproductive effort with age (increasing reproductive productivity per gram female) in replicate populations of two life-history ecotypes: snakes that grow fast, mature young and have shorter lifespans, and snakes that grow slow, mature late and have long lives. The difference between life-history ecotypes is due to genetic divergence in growth rate. We find reproductive success (live litter mass) increases with age in both ecotypes, but does so more rapidly in the fast-growth ecotype, (ii) reproductive failure increases with age in both ecotypes, but the proportion of reproductive failure to total reproductive output remains invariant, and (iii) reproductive effort remains constant in fast-growth individuals with age, but declines in slow-growth individuals. This illustration of increasing fecundity with age, even at the latest ages, deviates from standard expectations for reproductive senescence, as does the lack of increases in reproductive effort. We discuss our findings in light of recent theories regarding the phenomenon of increased reproduction throughout life in organisms with indeterminate growth and its potential to offset theoretical expectations for the ubiquity of senescence.

quote:

Bragg and Wagner

Protein carbon content evolves in response to carbon availability and may influence the fate of duplicated genes

Proceedings of the Royal Society B, Vol 274 No. 1613, pp. 1063-1070 (22 April 2007)

Natural selection can influence even the lowest level of biological organization, the atomic composition of biological macromolecules. In analysing genome-scale gene expression data, we find that ancestral yeast strains preferentially express proteins with low carbon content during carbon limitation, relative to strains selected in the laboratory under carbon limitation. The likely reason is that the artificially selected strains acquire adaptations that refine their response to the limitation or partly circumvent the limiting condition. This finding extends previous work which shows that natural selection can act on the atomic costs of proteins. We also show that genes with high carbon and nitrogen content are less likely to have duplicates, indicating that atomic composition also plays a role in evolution by gene duplication. Taken together, our results contribute to the emerging view that protein atomic composition influences genome and transcriptome evolution.

quote:

Op donderdag 4 oktober 2007 12:44 schreef Triggershot het volgende:
FOK! wiki/evolutie is ook behoorlijk outdated, als iemand van jullie daar naar wil kijken. [afbeelding]

quote:

Op donderdag 4 oktober 2007 17:16 schreef Triggershot het volgende:

[..]

Niet de inhoudelijkheid, maar laatste keer dat er aan gewerkt is.

quote:

Op donderdag 4 oktober 2007 17:51 schreef Triggershot het volgende:

[..]



Als de user en auteur daarmee content zijn, mij best

quote:

For generations medical orthodoxy has maintained that the appendix is useless, warranting attention only for its tendency to become painfully inflamed and requiring swift removal. But now the reputation of this cul-de-sac in the human gut has been rehabilitated by a theory from a team of immunologists .

The US scientists found that the appendix acted as a "good safe house" for bacteria essential for healthy digestion, in effect re-booting the digestive system after the host has contracted diseases such as amoebic dysentery or cholera, which kill off helpful germs and purge the gut.
Quote:
The theory, developed by a team from Duke University Medical School, North Carolina, and published in the Journal of Theoretical Biology, has sent ripples through the scientific community. It "seems by far the most likely" explanation for the function of the appendix and "makes evolutionary sense", said Douglas Theobald, a professor of biochemistry at Brandeis University in Boston.

quote:

Op dinsdag 9 oktober 2007 11:35 schreef Monolith het volgende:
De blinde darm is misschien toch niet helemaal zo nutteloos als gedacht:
[..]

bron

quote:

Writing this week in the journal Nature, Erez Lieberman, Jean-Baptiste Michel, and colleagues in Harvard's Program for Evolutionary Dynamics, led by Martin A. Nowak, conceive of linguistic development as an essentially evolutionary scheme: Just as genes and organisms undergo natural selection, words -- specifically, irregular verbs that do not take an "-ed" ending in the past tense -- are subject to powerful pressure to "regularize" as the language develops.

"Mathematical analysis of this linguistic evolution reveals that irregular verb conjugations behave in an extremely regular way -- one that can yield predictions and insights into the future stages of a verb's evolutionary trajectory," says Lieberman, a graduate student in applied mathematics in Harvard's School of Engineering and Applied Sciences and in the Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, and an affiliate of Harvard's Program for Evolutionary Dynamics. "We measured something no one really thought could be measured, and got a striking and beautiful result."

http://www.sciencecodex.c(...)re_of_the_past_tense