Heb het uiteindelijk met deze methode gedaan: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4653388/quote:Op zaterdag 25 maart 2017 19:23 schreef Pandarus het volgende:
Ik zou eens kijken naar Ligand Dock van Rosetta.
Rosetta kan, maar ik las dat het voornamelijk op supercomputers wordt gedraaid. Die heb ik niet.
Goed bezig... kun je het filmpje (of het statische resultaat) hier ook laten zien. Altijd leuk om zulke dingen te zien.quote:
[..]
Heb het uiteindelijk met deze methode gedaan: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4653388/
Rosetta kan, maar ik las dat het voornamelijk op supercomputers wordt gedraaid. Die heb ik niet.
Nee, want NDA. :S Maar wildtype mag vast wel, zal straks een screenshot maken.quote:Op dinsdag 28 maart 2017 08:55 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Goed bezig... kun je het filmpje (of het statische resultaat) hier ook laten zien. Altijd leuk om zulke dingen te zien.
quote:Op dinsdag 28 maart 2017 09:42 schreef Rezania het volgende:
[..]
Maar wildtype mag vast wel, zal straks een screenshot maken.
Omdat mijn eiwit een transporter is ga ik ervan uit dat de rode cleft correct is. De clefts aan de zijkant kloppen sowieso niet, want daar zit het membraam.
Je selecteert de target, het ligand (glucose) en de juiste cleft, dan krijg je dit:
Tijdens het simuleren zie je het programma steeds anders posities voor het ligand proberen, je kan zelf instellen hoe vaak ie dat doet. Standaard probeert ie het 500 keer. Op basis van een score (CF) wordt berekend welke resultaten het meest waarschijnlijk zijn, de top 10 wordt weergeven:
Daarna kan je het zelf helemaal aanpassen en visualiseren hoe je wil. Bijvoorbeeld, voor het beste resultaat (volgens het programma):
Het is natuurlijk maar een benadering van de werkelijkheid, zeker omdat het een voorspelde structuur is, en er zitten wat haken en ogen aan, maar het is wel gaaf. Helpt ook zeker bij het visualiseren van mijn resultaat.
Gaan ze niet doen want tijd en zo.quote:
Nice... volgende stap is het gewoon met x-ray kristallografie bekijken met de ligand erbij
Zitten de residueën die in jullie mutant (of andere bekende mutanten) gemuteerd zijn ook daar in de buurt? Dat zou je natuurlijk indicaties geven of het echt de bindingsplaats is van het ligandquote:
Op Ja, als je de clefts die niet logisch zijn buiten beschouwing laat is de 'beste' degene waar ook mijn residueën zitten.quote:Op dinsdag 28 maart 2017 13:13 schreef Bosbeetle het volgende:
[..]
Zitten de residueën die in jullie mutant (of andere bekende mutanten) gemuteerd zijn ook daar in de buurt? Dat zou je natuurlijk indicaties geven of het echt de bindingsplaats is van het ligand
Je kan trouwens ook zeggen dat een bepaald residue sowieso bij de clefts moet zitten, ook handig.
Vergeet niet dat een eventuele mutatie in het "membraan-deel" natuurlijk ook de gehele conformatie van het eiwit kan veranderen, en dus ook die cleft...quote:
[..]
Ja, als je de clefts die niet logisch zijn buiten beschouwing laat is de 'beste' degene waar ook mijn residueën zitten.
Niet helemaal want een effect hoeft niet lokaal te zijn (zie bovenstaande post)quote:
Je kan trouwens ook zeggen dat een bepaald residue sowieso bij de clefts moet zitten, ook handig.
Ja, natuurlijk. Dat zal je ook niet terugvinden in het model, aangezien het berekend is op basis van homologie en natuurkunde. Het is dan ook meer een visualisatietool op basis waarvan ik verklaren hoe en wat dan een verklaring op zichzelf.quote:
[..]
Vergeet niet dat een eventuele mutatie in het "membraan-deel" natuurlijk ook de gehele conformatie van het eiwit kan veranderen, en dus ook die cleft...