Evolutie. Deel XV

Ben benieuwd hoe jullie het doen in vergelijking met de andere teams. Houd ons op de hoogte zou ik zeggen.

Interessant artikel in Science:

quote:

Natural Selection Shapes Genome-Wide Patterns of Copy-Number Polymorphism in Drosophila melanogaster
J. J. Emerson, Margarida Cardoso-Moreira, Justin O. Borevitz, Manyuan Long


The role that natural selection plays in governing the locations and early evolution of copy-number mutations remains largely unexplored. We used high-density full-genome tiling arrays to create a fine-scale genomic map of copy-number polymorphisms (CNPs) in Drosophila melanogaster. We inferred a total of 2658 independent CNPs, 56% of which overlap genes. These include CNPs that are likely to be under positive selection, most notably high-frequency duplications encompassing toxin-response genes. The locations and frequencies of CNPs are strongly shaped by purifying selection, with deletions under stronger purifying selection than duplications. Among duplications, those overlapping exons or introns, as well as those falling on the X chromosome, seem to be subject to stronger purifying selection.

Science

quote:

Op vrijdag 20 juni 2008 18:12 schreef Papierversnipperaar het volgende:

[..]

Ik snap veel, maar dit is me iets te technisch. Kan je dit vertalen in Jip en Janneketaal?

Ik zal morgen eens een poging wagen als ik tijd heb. Nu eerst maar eens naar de kroeg.

CNPs hebben te maken met kopieen van bepaalde DNA sequenties in een genoom. Hier een korte definitie:

quote:

Differences in the numbers of copies of large DNA segments are an abundant source of genetic variation in humans (1, 2), mice (3), and flies (4). Because CNPs can create new genes, change gene dosage, reshape gene structures, and/or modify the elements that regulate gene expression, understanding their evolution is at the very heart of understanding how such structural changes in the genome contribute to the phenotypic evolution of organisms.

Het artikel gaat over de invloed van natuurlijke selectie op die CNPs. Er wordt ten eerste gemeld dat er een sterke filterende werking is t.o.v. deleties dan duplicaties en verder dat er op bepaalde posities in een genoom een sterkere filterende werking is t.o.v. CNPs waaronder dus onder andere in het X chromosoom.

Stoute bijen:

quote:

The all-female worker caste of the honey bee (Apis mellifera) is effectively barren in that workers refrain from laying eggs in the presence of a fecund queen. The mechanism by which workers switch off their ovaries in queenright colonies is pheromonally cued, but there is genetically-based variation among individuals: some workers have high thresholds for ovary activation, while for others the response threshold is lower. Genetic variation for threshold response by workers to ovary-suppressing cues is most evident in "anarchist" colonies in which mutant patrilines have a proportion of workers that activate their ovaries and lay eggs, despite the presence of a queen. In this study we use a selected anarchist line to create a backcross queenright colony that segregated for high and low levels of ovary activation. We used 191 informative microsatellite loci, covering all 16 linkage groups to identify QTLs for ovary activation and test the hypothesis that anarchy is recessively inherited. We reject this hypothesis, but identify four QTLs that together explain approximately 25% of the phenotypic variance for ovary activation in our mapping population. They provide the first molecular evidence for the existence of quantitative loci that influence selfish cheating behavior in a social animal.

PubMed

quote:

Op dinsdag 24 juni 2008 23:39 schreef Triggershot het volgende:
Waarom ziet de mens eigenlijk in kleur?

Omdat we trichromatische waarneming hebben. D.w.z. dat het menselijk oog drie soorten receptoren heeft die respectievelijk gevoelig zijn voor blauw, groen en rood. Deze zorgen simpel gezegd gezamenlijk voor de manier waarop wij kleuren waarnemen. Sommige insecten hebben vier soorten receptoren en kunnen daardoor ook ultraviolet waarnemen.

Morgen een artikel in Nature over de evolutionaire transitie van vis naar viervoeter aldus Per Ahlberg. Ben benieuwd.

quote:

Ventastega curonica and the origin of tetrapod morphology
Per E. Ahlberg, Jennifer A. Clack, Ervi macrns Luks caronevic carons, Henning Blom & Ivars Zupincedils caron

The gap in our understanding of the evolutionary transition from fish to tetrapod is beginning to close thanks to the discovery of new intermediate forms such as Tiktaalik roseae. Here we narrow it further by presenting the skull, exceptionally preserved braincase, shoulder girdle and partial pelvis of Ventastega curonica from the Late Devonian of Latvia, a transitional intermediate form between the 'elpistostegids' Panderichthys and Tiktaalik and the Devonian tetrapods (limbed vertebrates) Acanthostega and Ichthyostega. Ventastega is the most primitive Devonian tetrapod represented by extensive remains, and casts light on a part of the phylogeny otherwise only represented by fragmentary taxa: it illuminates the origin of principal tetrapod structures and the extent of morphological diversity among the transitional forms.

Nature

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 11:53 schreef Terecht het volgende:
Hoi, ik heb een vraagje.

Ik ben de laatste tijd wat aan het lezen over evolutie, en nu vraag ik me af of Darwinisme nou wel of niet falsifieerbaar is. Ik heb deze FAQ van Talkorigins gelezen, maar ik ben er nog niet helemaal uit. Misschien dat het nog even moet bezinken, maar klopt het dat het wel of niet falsifieerbaar zijn van Darwinisme in weze staat of valt bij welke definitie van falsifieerbaarheid je aanhangt?

Ten eerste is 'darwinisme' een beetje een vreemde term. Ik neem aan dat je de evolutionaire biologie bedoelt. Dat is echter een vakgebied met een zeer uitgebreide verzameling feiten, hypotheses en theorieën.Misschien kun je duidelijker aangeven bij welke aspecten jij problemen ziet met betrekking tot falsificatie?

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 12:19 schreef Terecht het volgende:

[..]

Wel, ik sprak laatst iemand die zei dat de evolutietheorie niet falsifieerbaar is. Toen ben ik eens op zoek gegaan wat daar nou van waar is, maar van de Talkorigins FAQ ben ik nog niet echt veel wijzer geworden . Als ik het goed begrepen heb, ligt het vooral aan welke criteria je aan het begrip falsifieerbaarheid wilt toekennen of evolutionaire biologie (Darwinian evolution?) falsifieerbaar is of niet.. Klopt dit, of zit ik er gruwelijk naast? Misschien is de vraagstelling wel iets te algemeen, maar zo bekend ben ik niet met de wetenschap achter evolutie .

Dat zal die persoon ongetwijfeld van een of ander creationistisch websiteje geplukt hebben en ik gok niet dat hij zelf erg veel kennis van wetenschapsfilosofie heeft. Falsficatie is een handig hulpmiddel omdat de wetenschap haar theorieën op inductieve wijze opstelt. Dat wil zeggen dat men bijvoorbeeld in een aantal observaties een patroon herkent en hier een min of meer universeel geldende hypothese voor opstelt. Als we bijvoorbeeld opmerken dat een voorwerp van 1 kilo, een voorwerp van 10 kilo en een voorwerp van 100 kilo allemaal met dezelfde versnelling vallen, dan kunnen we de algemenere hypothese opstellen dat elk object ongeacht de massa met dezelfde versnelling valt. Dat is natuurlijk iets dat nooit volledig te testen valt. Deze hypothese doet echter de voorspelling dat wanneer ik een experiment uitvoer door een object te laten vallen en de versnelling meet deze aan een bepaalde waarde moet voldoen. Dat is dus de mogelijkheid om te falsificeren.

Ik gok dat betreffende persoon problemen heeft met het feit dat de evolutionaire biologie zich niet alleen bezighoudt met hoe evolutie op dit moment plaatsvindt, maar ook met hoe de hele geschiedenis van het leven heeft plaatsgevonden. Dat laatste kun je natuurlijk niet in een experiment testen. De theorie en mechanismen doen echter wel degelijk voorspellingen die gefalsificeerd kunnen worden. Dit zijn ten eerste al heel concrete voorspellingen over het verloop van de fossiele geschiedenis. Als er een fossiel van een homo sapiens wordt gevonden die 500 miljoen jaar oud blijkt te zijn, dan heeft de huidige evolutionaire biologie toch een aardig probleem.

quote:

Op donderdag 26 juni 2008 09:55 schreef Monolith het volgende:

[..]

Nature

Hier is overigens een discussie met de auteur van betreffende publicatie aan de gang waarin hij het een en ander uitlegt / verheldert.