Je eigen wetenschappelijk onderzoek

Ik moet volgend jaar aan mijn bachelor scriptie beginnen voor mijn studie Theologie. Ik heb alleen nog geen onderwerp. Misschien kunnen de WFL-fokkers mij daar wel bij helpen.

Ah, wolkjes, ik heb nog wel met mijn wolkengidsjes en fototoestel wolken lopen classificeren

Ik doe zelf onderzoek naar zwaartekracht in 3 dimensies. In 3 dimensies worden een boel problemen een stuk beter behandelbaar dan in 4 dimensies. Er zijn zelfs mensen die claimen dat ze een theorie van quantumzwaartekracht in 3 dimensies consistent kunnen opschrijven, en dat zou als speeltuin enorme inzichten kunnen geven voor het 4-dimensionale geval.

Op dit moment ben ik concreet bezig met supergravitatie. Supergravitatie is een vorm van supersymmetrie. Wat je bij symmetrieën vaak doet is globale symmetrieën (over de gehele ruimtetijd hetzelfde) promoveren naar lokale symmetrieën (in elk ruimtetijd punt anders, dus afhankelijk van je ruimtetijd coordinaten) om zo je symmetriegroep uit te breiden. In het standaardmodel genereer je zo de 3 bekende krachten. In het geval van supersymmetrie blijkt heel eigenaardig opeens zwaartekracht zo in je raamwerk te verschijnen.

We zijn nu bezig om een meer algemene supergravitatietheorie in 3 dimensies op te stellen, door te kijken naar analogieën met de andere 3 krachten (de zogenaamde Yang-Mills multipletten). Dit blijkt ons enorm veel rekenwerk te besparen.

Leuk topic

Ik heb voor mijn bachelorthesis de invloed van ouders en peers op middelengebruik van adolescenten onderzocht (literatuurstudie) (kinder & jeugdpsychologie).

En voor een andere opdracht of anonimiteit en boete invloed hebben op het overtreden van sociale normen. (sociale psychologie).

Of gold dit niet als Science?

[ Bericht 21% gewijzigd door Ali_Kannibali op 01-07-2009 13:15:56 ]

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 12:26 schreef thijsdetweede het volgende:
Welke 3 dimensies beschrijf je dan? 2x ruimte, 1x tijd, neem ik aan? Of maakt dat weer eens niet uit? Ben altijd voorstander van conceptuele versimpelingen die het begrijpen makkelijker maken. Volgens mijn beperkte kennis van quantum en ART zitten er een paar knijterharde paradoxen in quantumzwaartekracht. Vallen die er nou ineens uit in 1 dimensie minder, of heb je nog meer trucendozen open moeten trekken?

2 ruimte, 1 tijd inderdaad; dit wordt vaak samengevat als (2+1). In 3 ruimtelijke dimensies zonder tijd zou alles statisch zijn, en dat is niet bijzonder spannend om te onderzoeken Het probleem bij een theorie van quantumzwaartekracht, is dat zo'n theorie vaak niet-renormalizeerbaar is. Dat betekent dat zaken oneindig worden. In het algemeen worden theorieën beter hanteerbaar in minder dimensies.

Overigens is het verhaal nog wat subtieler, aangezien conventionele algemene relativiteit in 3 dimensies niet zo spannend is; je hebt namelijk geen extra vrijheidsgraden voor zwaartekrachtsgolven, en dat maakt zwaartekracht een globaal verschijnsel. Je moet dus extra geometrische termen aan je theorie toevoegen om überhaupt zoiets als "gravitonen" te krijgen, want gravitonen zijn de quanta van zwaartekrachtsgolven.

quote:

En mag ik de hele bende samenvatten dat jullie unificatiepoging (in 3D, weliswaar) neer komt op de zwaartekracht een tijds- en plaats afhankelijk karakter te geven? En if so, waar moet je het kreng dan een functie van laten zijn?

Uhm...niet echt Bij transformaties heb je altijd een transformatieparameter. Als ik bijvoorbeeld een golffunctie wil roteren, dan is die parameter simpelweg een hoek. Nou kun je die hoek constant kiezen. Dit geeft in veel theorieën een symmetrie; de golffunctie is alleen maar bepaald op een constante rotatie na. Maar je kunt die hoek ook als functie van de ruimte- en tijdscoordinaten gaan zien. Dit zal in het algemeen geen symmetrie meer zijn. Maar je kunt wel eisen dat dit een symmetrie is, en kijken wat voor termen je moet toevoegen om de hele theorie invariant te houden onder zo'n variabele hoek.

In het standaardmodel blijkt dit de manier te zijn om krachten te introduceren, dus door je symmetriegroep uit te breiden.

Supersymmetrie is een symmetrie tussen bosonen en fermionen. Hierin zitten ook weer van die constante transformatieparameters, alleen is de structuur ietsje ingewikkelder (het zijn spinoren). De volgende stap is nu vrij voor de hand liggend: maak die parameters weer lokaal door ze te laten afhangen van de ruimte- en tijdscoordinaten, en kijk wat je theorie moet doen om invariant te blijven.

Het blijkt dat deze uitbreiding van je symmetriegroep een nieuwe symmetrie introduceert: translatie in de ruimte en tijd. Dit is precies de symmetriegroep van de algemene relativiteitstheorie, en dus kun je losjes zeggen dat door je supersymmetriegroep uit te breiden van globaal (constant over de gehele ruimtetijd) naar lokaal (mag per punt in de ruimtetijd varieren), je een nieuw veld nodig hebt wat precies je zwaartekracht beschrijft.

Een bijzonder elegant en krachtig mechanisme in de natuurkunde, dus

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 12:27 schreef thijsdetweede het volgende:

[..]

Het grootste nadeel van dit werk is dat je nooit vakantie hebt. Als ik vanaf het strand omhoog kijk zie ik toch die verdomde cumulus weer. Om maar te zwijgen over hoe ik zit te stuiteren op mijn vliegtuigstoel tijdens het stijgen en landen

Ja, dat heb ik ook inderdaad Zit ik de persoon naast me uit te leggen wat voor wolken daar nou hangen, maar gek genoeg zijn ze nooit echt geïnteresseerd

Meteorologie was altijd een serieuze keuze voor me geweest; heb het altijd machtig interessant gevonden

Ey dat is nog eens een leuk topic Voor nu even een TVP, dan post ik morgen na mijn tentamen iets over autosegmentatie in MRI beelden. Dat was het onderwerp van mijn Bsc. thesis Ben ook nog bezig met een leuk project over de live detectie van catheters bij doorlichtings behandelingen.

Ha, je hebt het topic echt geopend. Leuk.

Interessant allemaal!

Thijs: worden bij ‘normale’ simulaties ook LES-simulaties gebruikt, of worden daar RANS-verwante modellen gebruikt?

Ik ben zelf afgestapt van het onderzoek en heb voor het grote geld gekozen, maar ik zal m'n afstudeeronderzoek eens samenvatten als ik meer tijd heb.

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 10:57 schreef thijsdetweede het volgende:
Naar aanleiding van 'de toekomst van WFL' discussie, leek het me wel aardig om een topic op te zetten waarin iedereen kan babbelen over zijn eigen onderzoek. Maar dan wel inhoudelijk. Vaak is het hardstikke leuk om wat meer te weten over hoe andere vakgebieden werken, maar hoe ga je die discussie aan op FOK?
Vaak vind ik het ook erg leuk om wat uit te leggen over mijn eigen werk, maar ik ga er geen topic over opzetten

Daarom deze topic: Waar gaat jouw Bachelor/Master/Projectmatig/AIO/.... onderzoek over? Wat zijn je doelen, uitdagingen, 'grote ontdekkingen', frustraties? Kan je het WFL publiek (nieuwsgierig, intelligent, maar weet niks van je eigen kleine vakgebied) uitleggen waar je mee bezig bent? Nou ja, zoiets dus.

Hoewel W&F natuurlijk alles omvat, lijkt het me voor de coherentie redelijk om (voorlopig) de amerikaanse interpretatie van Science te volgen: Natuurwetenschappen en Filosofie dus hier.

Vind het al zeer bezwaarlijk om inhoudelijk over mijn eigen wetenschappelijke onderzoeken te praten met 'buitenstaanders'. Vooral 'waarschijnlijk' met leken, maar omdat aan een forum of internet toe te vertrouwen. Mij niet gezien. Ik pas. Mede ook omdat het totaal geen toegevoegde waarde biedt aan een dergelijk onderzoek zelf. Een begeleider/deskundige of iemand die bepaalde betrokkenheid toont kan van toegevoegde waarde zijn. Maar dit...beetje tricky

TVP, interessant!

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 14:26 schreef ATuin-hek het volgende:
Ey dat is nog eens een leuk topic Voor nu even een TVP, dan post ik morgen na mijn tentamen iets over autosegmentatie in MRI beelden. Dat was het onderwerp van mijn Bsc. thesis Ben ook nog bezig met een leuk project over de live detectie van catheters bij doorlichtings behandelingen.

Nou bij deze dan

Ik ben dus voor mijn Bsc. opdracht bezig geweest met de automatisch detectie en segmentatie van Multiple Sclerosis laesies in multi-modale MRI data. Ik heb dit gedaan in het kader van The Grand Segmentation Challenge II. Dit was een internationale wedstrijd met de afsluiting bij het MICCAI (Medical Image Computing and Computer Assisted INtervention) congres in New York.
De reden dat aandacht wordt besteed aan dit veld is dat tegenwoordig alle segmentaties met de hand worden gedaan. Een medische specialist moet 1 a 2 uur de tijd nemen om plaatje voor plaatje de complete MRI scan door te zoeken en de laesies aan te geven. Los van het tijdrovende karakter geeft dit als extra probleem dat twee verschillende experts het lang niet altijd eens zijn over wat wel of geen laesie is. Bepaalde aspecten van MS klassificatie en dus ook medicatie worden mede bepaald door het aantal laesies en hoeveel er in een bepaalde periode bij komen. Het is dus niet handig om bij de eerste scan een te trigger happy expert te hebben en bij de tweede een te voorzichtige, of vice versa.
Wat we uiteindelijk gedaan hebben is per voxel proberen zo veel mogelijk data te verzamelen. We hadden daar 5 verschillende scans voor beschikbaar, plus een set trainingsdata met handmatige segmentaties. De scans bestonden uit twee reguliere modaliteiten (T1 en T2), twee DTI modaliteiten (FA en MD) en een FLAIR scan.Natuurlijk de intensiteiten in de verschillende scans zelf, maar ook informatie als gradienten, lokale gemiddelden, lokale histogrammen etc. Als extra bron van informatie hebben we een brain atlas tegen de scans geregistreerd, om zo gerichter in de witte materie (waar bijna alle MS laesies zitten) te kunnen zoeken. Al deze data (225 velden) hebben we voor elke voxel in een feature vector gepropt. Omdat zelfs op een stevige computer met Matlab het wat vervelend rekenen is in 225 dimensies (duurt allemaal zo lang) hebben we een priciple component analyses toegepast om het allemaal wat makkelijker te verwerken te maken. Met behulp van de handmatige segmentatie zijn twee regionen gedefineerd in een 6-dimensionale ruimte.
Dit is ook gedaan voor de scans die we moesten segmenteren als onderdeel van de wedstrijd. Elke voxel van de onbekende scan werd in deze 6-dimensionale ruimte geplaatst en gesegmenteerd naar hand van de nabijheid van de twee regionen. Degene waar hij het dichtst bij lang werd zijn label. Aan het einde is nog een kleine filter stap toegevoegt om wat false positive minilaesies op te ruimen.
Dit alles heeft ons een kleine publicatie opgelevert vanwege het meedoen, met uiteindelijk een negende plaats in het eindklassement
_{Van de 30 oorspronkkelijke deelnemers hebben maar 9 teams alles tot aan de workshop doorgezet, waar wij dus laatste van waren}

De paper: http://www.insight-journal.org/browse/publication/604
Niet echt boeiend tijdschrift, maar toch leuk voor een Bsc. opdracht

Voor een tweetal vakken ben ik nu bezig met een grote opdracht waarbij ik een particle filter opzet om een real time katheter detectie te realiseren voor gebruik bij bepaalde operaties waar doorlichting gebruikt wordt. Maar daarover later meer, want moet zo eerst maar eens dat tentamen gaan maken

Oh en over uitleg aan leken... ik snap niet waarom dat een probleem zou moeten zijn. Als mensen geintresseerd zijn in wat je doet is dat toch leuk? Het is ook nog eens een mooie oefening voor je eigen begrip om het aan anderen uit te leggen.

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 23:27 schreef thijsdetweede het volgende:
Hangt ervan af wat je onder normale simulaties verstaat. De klimaat en weersvoorspellingen (die modellen zijn slechts in detail verschillend van elkaar) zijn RANS-achtig; ze hebben een resolutie van typisch 10-100km, afhankelijk van wat je wil en of je Japanner bent. Dus wordt alle turbulentie sowieso gemodelleerd. Interessant is overigens nu wel dat de zeer hogeresolutiemodellen zo langzamerhand in de buurt van de 1 of een paar km kruipen.
Dat lijkt mooi, en dat is het ook, maar dat zorgt ook voor een paar stevige problemen. Zo is het wolkenmodel in de klimaatmodel behoorlijk gebaseerd op de statistische aanname dat er veel wolken in je gridboxje passen. Op hoge resolutie loop je daar de soep in, en kan het zelfs voorkomen dat je de grootste wolken begint op te lossen, met als effect dat je ze gaat dubbel tellen. Oplossingen voor dit soort effecten zijn een hot topic; de meest voor de hand liggende methode lijkt te zitten in stochastische parameterisaties.

Met ‘gewone’ simulaties bedoelde ik inderdaad GFS-achtige weermodellen.

Wel typisch dat het fijner worden van je grid in de meteorologie een nadeel kan zijn. Dat heb ik nog nooit in een ander vakgebied gehoord.

Met stochastische parameterisaties bedoel je dat wolken kunnen ontstaan of verdwijnen door kansrekening in combinatie met bijvoorbeeld luchtvochtheid, dampspanningen en druk? Zo wordt in ieder geval het ontstaan en verdwijnen van waterdruppels in ‘mijn’ vakgebied gemodelleerd. Zoals condensatie in supersonische stromingen of het ontstaan van luchtbelletjes in hydrodynamische systemen (cavitatie).

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 23:35 schreef thijsdetweede het volgende:

[..]

Tricky?? De enige reden die ik kan verzinnen is dat je op deze manier misschien wat van je anonimiteit opgeeft. Maar verder.... Ik vind het als wetenschapper bij de kerntaken horen om zo veel mogelijk uit te dragen wat voor onderzoek je doet. Daar betaalt de gemeenschap je immers voor! Bovendien vereist uitleg aan 'leken' (yeah right, alsof Haus, Pfaf, Hekje en de rest stupide zijn) dat je je onderwerp echt goed moet begrijpen. En stukken daarbuiten ook. Verder is het gewoon leuk. Als ze me de gang laten gaan, vertel ik ook op verjaardagsfeestjes over mijn werk hoor!

Vind jij mensen als Robbert Dijkgraaf of Vincent Icke, topwetenschappers die regelmatig hun passie uitdragen in de media, dan ook raar en onbezonnen?

Oh Thijs dat is niet wat ik allemaal beweer. Maar goed, ik vind wat ik vind. Jij wat jij vind, daarvoor hoeven we niet in discussie te gaan.Toch? Succes!

Geinig topic

Ik werk als promovendus bij het Nederlands Kanker Instituut in een Chemisch Biologielab en doe onderzoek naar MHC (Major Histocompatibility Complex) moleculen. Deze binden aan stukjes viraal- of tumoreiwit en laten deze vervolgens aan het celoppervlak zien aan zogenaamde T cellen, als die dit herkennen als lichaamsvreemd dan doden ze de geinfecteerde cel. In het geval van autoimmuunziekten (oa diabetes) of host vs graft (afstoten van donororganen) herkent het lichaam per ongeluk lichaamseigen eiwitten en doodt vervolgens eigen cellen.

Wij proberen de stukjes virus/tumoreiwit, peptiden genaamd, te verbeteren voor betere herkenning door T cellen dmv allerhande chemische trucs. We werken hieraan met scheikundigen en moleculair biologen, zelf ben ik het laatste. Hiermee hopen we uiteindelijk richting vaccinatiestrategieen voor kanker of virussen te gaan en/of een betere behandeling voor autoimmuunziekten.

De evolutie van membraaneiwitten.

Er is een idee over hoe in de tijd van monomeer naar een dimeer met eventueel omgekeerde orientatie wat daarna die 2 domeinen weer aanelkaar zijn gaan zitten. Ik ben onderzoek aan het doen aan een tussenvorm.

Ik ben naar dual topology eitwitten gaan kijken met dus bijde orrientatie mogenlijkheden.
Hierin kwam een mooie tussenvorm voor in de databasen die wezen op dat een deel toch 1 orientatie zou moeten hebben. Er zijn interesante uitkomsten maar onderhand moest ik stoppen met onderzoek doen maar ik moet nog het verslag schrijven. Vooralsnog lijkt er een 1ste/2de auteurschap in te zitten als iemand anders de andere resterende experimenten gaat doen. Danwel ik zelf mocht ik later daar een PhD gaan doen.

leuk topic

quote:

Op woensdag 1 juli 2009 10:57 schreef thijsdetweede het volgende:
Naar aanleiding van 'de toekomst van WFL' discussie, leek het me wel aardig om een topic op te zetten waarin iedereen kan babbelen over zijn eigen onderzoek. Maar dan wel inhoudelijk. Vaak is het hardstikke leuk om wat meer te weten over hoe andere vakgebieden werken, maar hoe ga je die discussie aan op FOK?
Vaak vind ik het ook erg leuk om wat uit te leggen over mijn eigen werk, maar ik ga er geen topic over opzetten

Daarom deze topic: Waar gaat jouw Bachelor/Master/Projectmatig/AIO/.... onderzoek over? Wat zijn je doelen, uitdagingen, 'grote ontdekkingen', frustraties? Kan je het WFL publiek (nieuwsgierig, intelligent, maar weet niks van je eigen kleine vakgebied) uitleggen waar je mee bezig bent? Nou ja, zoiets dus.

Hoewel W&F natuurlijk alles omvat, lijkt het me voor de coherentie redelijk om (voorlopig) de amerikaanse interpretatie van Science te volgen: Natuurwetenschappen en Filosofie dus hier.

He wat jammer, ik had hier graag wat willen posten.

quote:

Op vrijdag 31 juli 2009 17:39 schreef thabit het volgende:

[..]

He wat jammer, ik had hier graag wat willen posten.

Als je je niet aan zijn vertaling, maar aan science houdt, mag dat toch gewoon.

quote:

Op vrijdag 31 juli 2009 17:39 schreef thabit het volgende:

[..]

He wat jammer, ik had hier graag wat willen posten.

Namens Thijs versoepel ik de regels, zodat de Wiskunde er ook binnen gaat vallen.