Klopt ja.
Bij zowat elke Linux- en BSD-distributie is er 1 enkele centrale applicatie verantwoordelijk voor het downloaden, installeren en deinstalleren van alle software op de machine: de package manager. Apt in Debian/Ubuntu, Ports in FreeBSD, enzovoort.
Bij Mac OS X houdt iedereen zich om een of andere reden aan de richtlijn dat je applicaties in /Applications staan, en je instellingen in ~/Library/Preferences, en dat het verwijderen van bestanden in die lokaties het verwijderen van je applicatie betekent. Waarschijnlijk omdat bij die club altijd al vaak neergekeken werd op het niet volgen van duidelijke richtlijnen en de developers zich hier dus wat van aantrekken.
In Windows doet elke applicatie het op z'n eigen manier, de een nog rommeliger dan de andere. In principe zou het al redelijk moeten werken als iedereen hun applicatie in Windows Installer (.msi) formaat zou aanleveren, maar dat wordt heel vaak niet gedaan. Dus is het risico dat het systeem langzaam dichtslibt hier groter.