De oorsprong van de Indianen is niet geheel duidelijk. Lange tijd werd aangenomen dat ze tijdens de laatste ijstijd, ongeveer 12.000 voor Christus, vanuit Beringia, een landengte tussen Siberië en Alaska, in Amerika terecht zijn gekomen. De oudste Indiaanse cultuur wordt de Cloviscultuur genoemd, genoemd naar Clovis in Nieuw-Mexico, waar sporen van indiaanse aanwezigheid zijn aangetroffen die lange tijd als oudste werden gezien. Er zijn echter enkele problemen met deze theorie, zo zijn er verschillende vindplaatsen die waarschijnlijk ouder zijn dan Clovis (waaronder Monte Verde in Chili).
Veel wetenschappers sluiten andere mogelijkheden niet uit, en de algemene opvatting is tegenwoordig dat Clovis niet de eerste cultuur is, en dat indianen dus al langer in Amerika wonen. Desalniettemin is er niet een theorie betreffende de oorsprong van de Indianen die algemeen wordt aangehangen. Populaire alternatieve theorieën zijn dat Indianen vanuit Polynesië in Amerika terecht zijn gekomen, via de kust van Noordwest-Amerika, of vanuit Europa.
Volgens sommige wetenschappers, waaronder de linguist Joseph Greenberg, zijn de Indianen in ieder geval in drie golven naar Amerika gekomen. De eerste golf zou tijdens de ijstijd zijn gekomen en uiteindelijk het grootste deel van het continent gaan bewonen. De tweede golf zou bestaan hebben uit de Na-Denévolkeren en de derde golf bestond uit de Eskimo's en Aleoeten. Dat Eskimo's en Aleoeten later dan de Indianen Amerika hebben bereikt wordt door de wetenschappelijke gemeenschap onderschreven, maar deze theorie wordt door de meeste historici en archeologen verworpen.
I noticed you noticing me, so I just want to put you on notice that I noticed you too.