De komst van de Duitse Orde
Aan het eind van de 12e eeuw worden de Balten geconfronteerd met een macht die hun toekomst definitief zal veranderen. Tot dan toe waren er wel enkele kleine handelsnederzettingen aan de kust van niet-Baltische volkeren, maar die beïnvloeden de interne structuren niet. De komst van katholieke missionarissen beïnvloede deze structuren wel. In 1184 landt de Bremense augustijn Meinhard in het gebied van de Lijflanders. Hij doet pogingen hen te kerstenen. Die pogingen hebben aanvankelijk enig succes en Meinhard wordt benoemd tot bischop van Lijfland. De opvolger van Meinhard, Bertold, vindt al snel de dood waarna er onder aansporing van paus Innocentius III meer nadruk op een bekering van de Balten wordt gelegd. Innocentius gaat zelfs zover dat hij in oktober 1199 per pauselijke bul de christenen van Saxen en Westfalen oproept tot een kruistocht 'ter bescherming van de christenen in Lijfland'.
De nieuwe bischop van Lijfland, Albert, sticht daarop de stad Riga. Riga wordt bevolkt door kolonisten voornamelijk afkomstig uit Bremen en Hamburg. Alberts broer Théodoric reist naar Rome om daar met de paus de organisatie van deze kruistocht te bespreken. Bij pauselijke bul wordt in 2004 de Zwaardbroeders (officiëel Fratres militiae Christi) opgericht. Een militaire monnikenorde die de bischop moet bijstaan.
Aan de zuidkant van het Balticum vinden dezelfde ontwikkelingen plaats. In 1225 richt de Hertog van Mazovië de orde van de broeders van de militai Christi in Pruisen op. Echt veel effect heeft dit niet, al in hetzelfde jaar sneuvelt het merendeel van deze broeders. Conrad van Mazovië zoekt dan een sterkere militaire macht. Hij vindt die in de Duitse Orde, die al ervaring heeft met kruistochten in Palestina. In 1230 stemt de grootmeester van de Duitse Orde, Herman von Salza, na lang beraad in met dit verzoek. Nadat de Mindaugas de Zwaardbroeders vernietigend verslaat wordt de Duitse Orde aktief in het hele Balticum.
Met hulp van de Deense koning worden uiteindelijk de meeste Baltische volkeren overwonnen. Zij worden onder dwang gekerstend. Niet alleen hun geloof verliezen ze, ook hun vrijheid. Uit de Duitse gebieden komt een grote stroom aan kolonisten die de nieuwe steden Riga, Tartu en Tallinn bevolken. De diverse Baltische volkeren die overwonnen zijn worden lijfeigenen van de orde. In 1309 verplaatst de grootmeester de hoofdzetel van de orde van Venetië naar Mariënburg (tegenwoordig Malborg) in Pruissen.
De oostelijke expansie van de Duitse Orde wordt in 1242 een halt toe geroepen door de Novogorodse prins Alexander Nevski. Hij verslaat de Duitse Orde op het Peipsi-meer. Maar niet alle Baltische volkeren zijn overwonnen. De Litouwers blijken een taaie tegenstander te zijn. Nooit lukt het de Duitse Orde hen op de knieën te dwingen. De Zjemajten aan de kust worden wel enkele keren verslagen maar slagen er iedere keer in om met Litouwse hulp de Duitse Orde weer af te schudden.
Één keer doet Mindaugas een poging om toe te geven aan de Duitse Orde. Hij liet zich dopen en stichte een bisdom in Litouwen. In 1253 werd hij tot koning gekroond, op gelijke voet met de Westerse vorsten. 8 Jaar duurde de rust, de Duitse Orde probeerde in die periode de Zjemajten te verslaan. Maar opnieuw zonder succes. Mindaugas steunde in het geheim de Zjemaiten in hun verzet, terwijl diverse overwonnen Baltische volkeren regelmatig in opstand kwamen. Nadat Mindaugas ook nog eens een alliantie met prins Alexander Nevski aanging werd de situatie voor de Duitse Orde wederom kritiek. Er werd een nieuwe kruistocht uitgeroepen. Na de dood van Mindaugas zouden zijn opvolgers zich niet opnieuw laten kerstenen, het maakte toch niks uit, de Orde bleef religieuze kruistochten voeren. De eerstvolgende sterke Groothertog was Gediminas. Hij voerde een sterke expansiepolitiek naar het zuiden en zuid-oosten. Tegelijkertijd sloot hij wisselende allianties met de Bischop van Riga, de Orde en diverse andere heersers. Er ontstond een machtsevenwicht tussen de Orde en de Litouwers, geen van hen kon de ander tot een definitieve nederlaag dwingen.
Sluwe huwelijken van opvolgers van Gediminas veranderden dit machtsevenwicht. De kleinzoon van Gediminas, Jogaila, werd na een lange machtsstrijd samen met zijn neef Vytautas heerser van Litouwen. Tijdens die machtsstrijd werden de meest ongebruikelijke allianties gesmeed. De meest invloedrijke alliantie die het machtsevenwicht deed kantelen ontstond in 1384 en 1385. In Polen was een opvolgingscrisis ontstaan. Koning Louis liet bij zijn dood alleen twee dochters na. Maria was al getrouws, met Sigismund van Luxemburg, de 11-jarige Hedwig was alleen verloofd met Willem van Oostenrijk. De Poolse adel zag geen van beiden zitten als toekomstig Pools koning, ze zochten een nieuwe koning die de Poolse belangen tegenover de Duitse Orde goed kon verdedigen. Dus werd er een blik richting Litouwen geworpen. Jogaila werd uitgenodigd en accepteerde de uitnodiging. Hij trouwde met Hedwig, werd katholiek en Koning van Polen. Op 14 augustus 1385 werd in Kreve de Unie van Polen en Litouwen afgekondigd. Jogaila en de Litouwse adel lieten zich dopen. Jogailo ging regeren als Vladislav Jagiello. Na aanvakelijk verzet accepteerde zijn neef Vytautas de unie en werd Jogaila's plaatsvervanger in Vilnius. In de praktijk ontstond er een gemenebest van 2 onafhankelijke staten met een twee-hoofdige leiding. Jogaila als Pools koning en Vytautas als Litouws groothertog.
Expansie
Onder leiding van Vytautas ontwikkelde zich een uitgestrekt Litouws groothertogdom. De meeste staatsstructuren ten zuiden van Litouwen waren weggevaagd doord e diverse ruitervolkeren en hun afstammelingen. Het aantal sterke steden was gereduceerd tot Smolensk en Novgorod. Zelfs het oude religieuze centrum van Kiev was vrijwel helemaal verwoest. Moskovië was in die tijd een van de minder beduidende stadstaatjes, tribuutplichtig aan de Khan van de Gouden Horde.
In het machtsvacuüm na de tergtrekking van de diverse ruitervolkeren kon Litouwen zich razendsnel uitbreiden. Serieuze oorlogvoering was alleen nodig om Smolensk te veroveren. Novgorod was te sterk en werd niet betrokken bij de Litouwse expansie. De meeste staatjes gingen min of meer vrijwillig voer naar de Litouwse Groothertog. Deze trad in de plaats van de Khan. Aan hen waren zij schatplichtig. Maar hij beloofde ook hulp aan de plaatselijke edelen. Veelal werd een ver familielid van de oude groothertog Gediminas vorst van de nieuwe vazalstaat. De plaatselike structuren bleven in stand, de oude rechten werden zelfs schriftelijk gegarandeerd. Een groot deel van deze nieuwe gebieden lagen in de oude Baltische stamlanden. Niet uit te sluiten valt dat hier nog veel Balten woonden die nog niet door de Slaven waren geassimileerd.
Uiteindelijk zou deze staat tot aan de Zwarte Zee lopen. Zo ontstond er een los staatsverband waar meerdere volkeren door elkaar leefden, ieder met zijn eigen taal en gebruiken. De diverse religies werden erkend. Tenminste 5 religies werden beoefend in het groothertogdom, katholicisme, orthodox christendom, heidendom, islam en jodendom. Deze staatsstructuur bleef in stand zolang de groothertogen voldoende militaire macht hadden en tegelijkertijd de rechten en zelfstandigheid van de plaatselijke heersers ongemoeid lieten. Ook de afwezigheid van andere pretendenten was zeer belangrijk.
Dit wankele evenwicht bleef niet veel langer dan 1 eeuw in stand. Onder ander onder druk van de katholieke hierarchie werd de katholieke kerk meer bevoordeeld dan de andere kerken. Regelmatig zorgde het overlijden van een groothertog voor een bittere machtsstrijd waar beide pretendenten overal waar het maar kon hun allianties zochten, ook met de Duitse Orde, met het in opmars zijnde Moskovië, met de bischop van Riga of met ieder ander heerser die van nut kon zijn. In de 15e eeuw brokkelde als gevolg van diverse opvolgingsoorlogen de grondvesten van het groothertogdom af. Het was uiteindelijk de Moskouwse heerser Ivan III die hiervan profiteerde. Hij overtuigde diverse heersers van staatjes aan de oostkant van het groothertogdom hem als hun leenheer te erkennen en zo het groothertogdom te verlaten. Deze tendens werd versterkt omdat noch de groothertog, noch de Poolse koning bereid waren hun vazallen aan de oostgrens bij te staan tegen strooptochten van vazalstaten van Ivan III. In snel tempo stapten de diverse leenheren over naar Moskovië. Alleen in Novogorod was een omgekeerde tendens. Bevreesd door de almacht van Ivan III wilden zij aansluiting bij het veel vrijere groothertogdom. Maar ook voor hen was het te laat. Ivan III slaagde erin om Novogorod te veroveren. Zeker nadat Ivan III werd opgevolgd door een vande meest hardvochtige heersers in het Kremlin, Ivan de Verschrikkelijke was het pleit beslecht.