COR Corona COVID-19 forum
Alles over het corona / COVID-19 virus.
Voortdurend wordt er geroepen, dat er te weinig testcapaciteit is om heel NL ineens te testen. Als dat zo is, dan is er natuurlijk een heel goede wiskundige manier om dit probleem op te lossen, namelijk door te testen in groepen!
Laten we er van uit gaan, dat er op dit moment iets van 5000 bevestigde patienten zijn, en het werkelijke aantal in de praktijk een factor 10 hoger ligt. Dan zijn dat 50.000 geinfecteerde mensen in NL. Dat is ongeveer 1 geinfecteerde per 340 mensen.
Als we nu heel NL onderverdelen in groepen van 100 mensen*, en vervolgens bij al deze mensen speeksel afnemen en dit samen testen. Dan weet je dus alleen of één iemand van groep geinfecteerd is, als het resultaat positief is. Maar, als die ene test negatief is, dan kan je ineens de hele groep infectievrij verklaren.
Met een groepsgrootte van bijvoorbeeld 100 mensen en een kans van één op 340 dat iemand geinfecteerd is, is de kans 1/3 dat iemand in jouw groep geinfecteerd is. Omgekeerd betekent dit, dat je met 100x minder tests, ineens 2/3** van Nederland weer quarantainevrij kan verklaren!
In de vervolgstap hoef je "slechts" 1/3 van NL nog te testen, maar ook hier zou je het weer kunnen onderverdelen in kleinere groepen. Een praktische onderverdeling zou zijn per huishouden een gezamelijke test. Dan heb je gemiddeld toch weer 2,2 tests minder nodig dan wanneer je iedereen zou testen, en in de praktijk zullen die toch gezamelijk in quarantaine gaan.
Er is dus eventueel een compromis tussen "niemand testen" en "iedereen testen" ***
* Waarschijnlijk is de hoeveelheid mensen per groep nog verder te optimaliseren. 100 is een arbitrair getal, gekozen naar buikgevoel. Als de groepen kleiner zijn, dan is het percentage dat infectievrij is hoger, maar heb je meer tests nodig. Als de groepen groter zijn, dan heb je minder tests nodig, maar meer groepen die positief testen. De groepsgrootte is dus afhankelijk van hoeveel testcapaciteit je hebt.
** In de praktijk zal de hoeveelheid groepen die niet geinfecteerd is nog groter zijn, als je de groepen slim kiest en bijvoorbeeld per bedrijf of per familie gaat testen. Praktisch gezien zou het waarschijnlijk per straat gebeuren.
*** Enige praktische voorwaarde is wel, dat een infectie te detecteren is, als het spuug van de geinfecteerde verdunt is met het spuug van alle andere niet-geinfecteerden in de groep.
Laten we er van uit gaan, dat er op dit moment iets van 5000 bevestigde patienten zijn, en het werkelijke aantal in de praktijk een factor 10 hoger ligt. Dan zijn dat 50.000 geinfecteerde mensen in NL. Dat is ongeveer 1 geinfecteerde per 340 mensen.
Als we nu heel NL onderverdelen in groepen van 100 mensen*, en vervolgens bij al deze mensen speeksel afnemen en dit samen testen. Dan weet je dus alleen of één iemand van groep geinfecteerd is, als het resultaat positief is. Maar, als die ene test negatief is, dan kan je ineens de hele groep infectievrij verklaren.
Met een groepsgrootte van bijvoorbeeld 100 mensen en een kans van één op 340 dat iemand geinfecteerd is, is de kans 1/3 dat iemand in jouw groep geinfecteerd is. Omgekeerd betekent dit, dat je met 100x minder tests, ineens 2/3** van Nederland weer quarantainevrij kan verklaren!
In de vervolgstap hoef je "slechts" 1/3 van NL nog te testen, maar ook hier zou je het weer kunnen onderverdelen in kleinere groepen. Een praktische onderverdeling zou zijn per huishouden een gezamelijke test. Dan heb je gemiddeld toch weer 2,2 tests minder nodig dan wanneer je iedereen zou testen, en in de praktijk zullen die toch gezamelijk in quarantaine gaan.
Er is dus eventueel een compromis tussen "niemand testen" en "iedereen testen" ***
* Waarschijnlijk is de hoeveelheid mensen per groep nog verder te optimaliseren. 100 is een arbitrair getal, gekozen naar buikgevoel. Als de groepen kleiner zijn, dan is het percentage dat infectievrij is hoger, maar heb je meer tests nodig. Als de groepen groter zijn, dan heb je minder tests nodig, maar meer groepen die positief testen. De groepsgrootte is dus afhankelijk van hoeveel testcapaciteit je hebt.
** In de praktijk zal de hoeveelheid groepen die niet geinfecteerd is nog groter zijn, als je de groepen slim kiest en bijvoorbeeld per bedrijf of per familie gaat testen. Praktisch gezien zou het waarschijnlijk per straat gebeuren.
*** Enige praktische voorwaarde is wel, dat een infectie te detecteren is, als het spuug van de geinfecteerde verdunt is met het spuug van alle andere niet-geinfecteerden in de groep.
Op donderdag 7 juli 2022 12:47 schreef LordofLeaves het volgende:
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Dit ga ik na mijn werk bestuderen.quote:Op woensdag 1 april 2020 13:17 schreef raptorix het volgende:
https://odino.org/my-favorite-data-structure-hyperloglog/
ROBODEMONS..................|:(
Klopt. Daar wordt al over nagedacht, bijvoorbeeld in Israel:quote:
Voortdurend wordt er geroepen, dat er te weinig testcapaciteit is om heel NL ineens te testen. Als dat zo is, dan is er natuurlijk een heel goede wiskundige manier om dit probleem op te lossen, namelijk door te testen in groepen!
https://www.timesofisrael(...)est-pooling-samples/
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.20039438v1
En in India:
https://www.hindustantime(...)aLKR8euVT5WpQTM.html
Blijkbaar kunnen 32 of 64 samples samengevoegd worden en is de test dan toch gevoelig genoeg.
goed idee!
misschien dan ook maar eens expirimenteren met zelftests?
geen risico meer van besmetting door zorgpersoneel. geen beschermende middelen nodig.
Als je de testgroepen samenstelt uit koppels, stelletjes die zich daarvoor opgeven omdat ze denken dat het wel zal lukken bij de ander slijm te afnemen, na een uitvoerige video-uitleg,
dan zou je de testsetjes kunnen opsturen.
misschien dan ook maar eens expirimenteren met zelftests?
geen risico meer van besmetting door zorgpersoneel. geen beschermende middelen nodig.
Als je de testgroepen samenstelt uit koppels, stelletjes die zich daarvoor opgeven omdat ze denken dat het wel zal lukken bij de ander slijm te afnemen, na een uitvoerige video-uitleg,
dan zou je de testsetjes kunnen opsturen.
uiteindelijk lukt altijd alles
Ik dacht hier ook al een tijdje over: https://odino.org/my-favorite-data-structure-hyperloglog/quote:
[..]
Klopt. Daar wordt al over nagedacht, bijvoorbeeld in Israel:
https://www.timesofisrael(...)est-pooling-samples/
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.20039438v1
En in India:
https://www.hindustantime(...)aLKR8euVT5WpQTM.html
Blijkbaar kunnen 32 of 64 samples samengevoegd worden en is de test dan toch gevoelig genoeg.
🕰️₿🕰️₿🕰️₿🕰️₿🕰️₿🕰️ TikTok next Block
Laat maar, ik las het verkeerd.quote:Als we nu heel NL onderverdelen in groepen van 100 mensen*, en vervolgens bij al deze mensen speeksel afnemen en dit samen testen. Dan weet je dus alleen of één iemand van groep geinfecteerd is, als het resultaat positief is. Maar, als die ene test negatief is, dan kan je ineens de hele groep infectievrij verklaren.
Klinkt interessant, maar is speeksel afnemen bij alle 17 miljoen mensen niet juist één van de problemen met die testen?
Bovendien zou je dat dan wekelijks moeten herhalen, of vaker.
Minister: lt's not particularly silly, is it? I mean, the right leg isn't silly at all and the left leg merely does a forward aerial half turn every alternate step.
Mr Pudey: Yes, but I think that with Government backing I could make it very silly.
Mr Pudey: Yes, but I think that with Government backing I could make it very silly.
Ik denk dat dit vooral een heel goed idee is als de test heel goed is (weinig vals negatieven) en bij een grote kans op geen positieven in je sample.
Dan zou je al het aantal nodige tests reduceren van 17 miljoen naar 7 miljoen.quote:
goed idee!
misschien dan ook maar eens expirimenteren met zelftests?
geen risico meer van besmetting door zorgpersoneel. geen beschermende middelen nodig.
Als je de testgroepen samenstelt uit koppels, stelletjes die zich daarvoor opgeven omdat ze denken dat het wel zal lukken bij de ander slijm te afnemen, na een uitvoerige video-uitleg,
dan zou je de testsetjes kunnen opsturen.
Praktisch voordeel is bovendien dat dat een groep is, die waarschijnlijk sowieso met zijn allen thuis zou (moeten) blijven als eentje van de groep ziek zou zijn. En het zijn mensen die waarschijnlijk geen problemen hebben om bij elkaar slijm af te nemen.
Mochten ze de test "verprutsen" door het monster met hun eigen handen-speeksel te vervuilen, dan is dat geen enkel probleem, aangezien het toch in hetzelfde potje gaat. Echt deskundig hoeven ze dus niet te zijn.
Een andere logische groep zouden bijvoorbeeld directe collegas kunnen zijn. Maar daar zie ik dus het praktische bezwaar dat die wat minder gemotiveerd zijn om bij elkaar slijm af te nemen...
Als je het de mensen zelf laat doen, zoals bovenstaand, dan is het personeel om het af te nemen in ieder geval niet het probleem. En het aantal benodigde tests is ook al meer dan gehalveerd.quote:
[..]
Laat maar, ik las het verkeerd.
Klinkt interessant, maar is speeksel afnemen bij alle 17 miljoen mensen niet juist één van de problemen met die testen?
Bovendien zou je dat dan wekelijks moeten herhalen, of vaker.
Op donderdag 7 juli 2022 12:47 schreef LordofLeaves het volgende:
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Dit kwam toevallig voorbij in de podcast van Jörgen Raymann bij BNR. Het schjnt dat de uitslag niet zozeer wit of zwart is, maar een grijstint. En als je teveel samples bij elkaar voegt, is een enkele positieve patiënt niet uit de test te halen. Dan krijg je dus valse negatieven, met meer verspreiding tot gevolg.
Ik begrijp het niet echt, het eerste stuk wel maar dat laatste niet.quote:
Met een groepsgrootte van bijvoorbeeld 100 mensen en een kans van één op 340 dat iemand geinfecteerd is, is de kans 1/3 dat iemand in jouw groep geinfecteerd is. Omgekeerd betekent dit, dat je met 100x minder tests, ineens 2/3** van Nederland weer quarantainevrij kan verklaren!
Als je 3 groepen van 100 hebt en 1 op de 340 is geïnfecteerd heb je inderdaad een kans van (ongeveer) 1 op 3 dag in jouw groep iemand is geïnfecteerd.
Maar het stuk over 'met 100x minder tests' begrijp ik niet...
[ Bericht 1% gewijzigd door #ANONIEM op 01-04-2020 18:23:40 ]
Je gooit het sample van 100 mensen in een potje en test of daar iets van corona in zit. Dan heb je dus 100x minder tests nodig. Dus met 1 test kan je 2/3 van de groepen coronavrij verklaren. Is dus een stuk efficienter, dan alle personen per persoon testen.quote:
[..]
Ik begrijp het niet echt, het eerste stuk wel maar dat laatste niet.
Als je 3 groepen van 100 hebt en 1 op de 340 is geïnfecteerd heb je inderdaad een kans van (ongeveer) 1 op 3 dag in jouw groep iemand is geïnfecteerd.
Maar het stuk over 'met 100x minder tests' begrijp ik niet...
Alleen volgens freako is het maximale aantal per groepstest dus eerder 32 of 64 mensen, en niet de door mij genoemde 100. Dat doet natuurlijk niets af aan het principe, en de kans dat er iemand in jouw groep geinfecteerd is, is ook ineens een stukje kleiner.
quote:
[..]
Klopt. Daar wordt al over nagedacht, bijvoorbeeld in Israel:
https://www.timesofisrael(...)est-pooling-samples/
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.20039438v1
En in India:
https://www.hindustantime(...)aLKR8euVT5WpQTM.html
Blijkbaar kunnen 32 of 64 samples samengevoegd worden en is de test dan toch gevoelig genoeg.
Op donderdag 7 juli 2022 12:47 schreef LordofLeaves het volgende:
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
ik lees net dat zelftesten eenvoudiger is dan aanvankelijk werd gedacht:quote:
Een andere logische groep zouden bijvoorbeeld directe collegas kunnen zijn. Maar daar zie ik dus het praktische bezwaar dat die wat minder gemotiveerd zijn om bij elkaar slijm af te nemen...
In fact, Wölfel et al. now report that viral material can be readily detected and isolated from nasal swabs, unlike in the case of other airborne viral infections, such as the original SARS. Compared to SARS (which also uses ACE2 to enter cells) in the case of COVID-19, viral genomes (RNA) appear earlier in nasal swabs and at much higher concentration, such that detection is rather easy. In fact, the FDA just approved swabs for tests taken from just from the front of the nose through self-collection, instead of deep in the nasopharynx. The molecular analysis also show that the SARS-Cov2 virus is active and replicates already in the nasopharynx, unlike other respiratory viruses that dwell in deeper regions of the lung.
https://medium.com/@Cance(...)tionale-280e08ceee71
uiteindelijk lukt altijd alles
Ah zoquote:
[..]
Je gooit het sample van 100 mensen in een potje en test of daar iets van corona in zit. Dan heb je dus 100x minder tests nodig. Dus met 1 test kan je 2/3 van de groepen coronavrij verklaren. Is dus een stuk efficienter, dan alle personen per persoon testen.
Alleen volgens freako is het maximale aantal per groepstest dus eerder 32 of 64 mensen, en niet de door mij genoemde 100. Dat doet natuurlijk niets af aan het principe, en de kans dat er iemand in jouw groep geinfecteerd is, is ook ineens een stukje kleiner.
[..]
Slim
Klinkt goed. Langzaam aan lijkt het zelf-groeptesten steeds meer realistisch te worden.quote:
[..]
ik lees net dat zelftesten eenvoudiger is dan aanvankelijk werd gedacht:
In fact, Wölfel et al. now report that viral material can be readily detected and isolated from nasal swabs, unlike in the case of other airborne viral infections, such as the original SARS. Compared to SARS (which also uses ACE2 to enter cells) in the case of COVID-19, viral genomes (RNA) appear earlier in nasal swabs and at much higher concentration, such that detection is rather easy. In fact, the FDA just approved swabs for tests taken from just from the front of the nose through self-collection, instead of deep in the nasopharynx. The molecular analysis also show that the SARS-Cov2 virus is active and replicates already in the nasopharynx, unlike other respiratory viruses that dwell in deeper regions of the lung.
https://medium.com/@:Canc(...)tionale-280e08ceee71
Op donderdag 7 juli 2022 12:47 schreef LordofLeaves het volgende:
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
Bij deze ben jij de marimba van KLB. :P
maar helaas..quote:Op woensdag 1 april 2020 19:31 schreef knoopie het volgende:
[..]
Klinkt goed. Langzaam aan lijkt het zelf-groeptesten steeds meer realistisch te worden.
At this time, anterior nares and mid-turbinate specimen collection are only appropriate for symptomatic patients and both nares should be swabbed. There is currently not enough information to recommend nasal or mid-turbinate testing for asymptomatic persons.
https://www.fda.gov/medic(...)ainingviraltransport
uiteindelijk lukt altijd alles
|
|
