In 1982 werd Janmaat gekozen als lid van de Tweede Kamer voor de Centrumpartij. Hij beloofde zich met de CP via de parlementaire weg in te spannen voor de belangen van de autochtone arbeiders en middenstand. Zijn favoriete onderwerpen in die tijd waren de bevolkingspolitiek en het vreemdelingenbeleid, waarbij hij dwars inging tegen de koers van de andere politieke partijen. Economische en materialistische argumenten vormden de hoofdmoot van zijn politieke betoog. Zo zag hij de relatief sterke toename van het aantal immigranten (deels vluchtelingen) in Nederland in de eerste plaats als een financieel probleem: "Elke vluchteling kost ons, laten we zeggen: tweehonderdduizend gulden? En hoeveel zullen er dit jaar binnenkomen? Honderdduizend? Dat kunnen we toch niet opbrengen?".In zijn proefschrift Kennis, macht en moraal: de productie van wetenschappelijke kennis over de economische effecten van migratie naar Nederland, 1960-2005 (Amsterdam 2010) stelt Jan van de Beek dat partijen als de CP en de CD een grote hypotheek legden op elke economische analyse van de voor- en nadelen van immigratie (blz 183). "[De aanwezigheid van het extreemnationalisme] bracht de intellectuele elite tot de overtuiging dat Janmaat geen ammunitie verschaft mocht worden, bijvoorbeeld in de vorm van gegevens of kennis die zijn probleemdefinitie zouden ondersteunen." (blz 272)
Janmaat verwierp zelf nadrukkelijk het stempel 'extreemrechts'. Hij beschouwde zichzelf als een politicus met staatsnationalistische en sociaal-conservatieve opvattingen.
Een van de uitspraken die Janmaat deed in de uitzending in het kader van de zendtijd voor politieke partijen, was: "Wij schaffen, zodra we de mogelijkheid en de macht hebben, de multiculturele samenleving af"; daarnaast werden door hem tijdens demonstraties verkiezingsleuzen gebezigd als "Vol = Vol" en "Eigen Volk Eerst". Deze en andere uitspraken leidden tot veroordelingen door de rechterlijke macht wegens het aanzetten tot rassenhaat en discriminatie. De officier van Justitie stelde in haar requisitoir dat deze leuzen eigenlijk nog erger waren dan openlijk racisme. "Een versluierende tekst zal door een grotere groep overgenomen worden zonder dat men zich realiseert wat men eigenlijk zegt. Het enge gedachtegoed zal daardoor mogelijk makkelijker ingang vinden."
Janmaats standpunten brachten hem in een totaal sociaal en parlementair isolement. Als hij het woord voerde over bepaalde onderwerpen, verlieten sommige Kamerleden demonstratief de vergaderzaal; anderen onderbraken zijn redevoeringen herhaaldelijk of weigerden hem te woord te staan. Ook zijn vroegere vriend Peter Lankhorst die in 1981 Kamerlid was geworden voor de Politieke Partij Radikalen, negeerde hem zo veel mogelijk. Tot in de jaren negentig werd het als uiterst riskant gezien om zich op een normale manier met Janmaat te onderhouden. Fennema merkte naar aanleiding van een lunchinvitatie door Janmaat en Schuurman na een interview het volgende op
"Maar ik dacht: 'Wat als ik nu zometeen in het restaurant van de Tweede Kamer bij het echtpaar Janmaat aan tafel zit? Dan kan ik mijn wetenschappelijke carrière wel op mijn buik schrijven.' Dus toen heb ik snel een smoes verzonnen dat ik geen tijd had. Tja, eigenlijk enorm laf. ..."
Volgens de politicoloog Meindert Fennema werden in totaal zo'n 300 processen tegen Janmaat aangespannen. Dit leidde tot meerdere veroordelingen. Het gerechtshof in Den Haag veroordeelde hem op 28 maart 1995 tot een boete van 2000 gulden (ruim ¤ 900), waarvan de helft voorwaardelijk of 35 dagen gevangenisstraf, waarvan vijftien dagen voorwaardelijk. Op 23 december 1996 veroordeelde het gerechtshof in Amsterdam Janmaat tot 3000 gulden (ruim ¤ 1300) boete of veertig dagen hechtenis. De laatste veroordeling sprak het gerechtshof in Arnhem op 29 december 1997 uit: twee weken voorwaardelijke celstraf en een boete van 7500 gulden (ruim ¤ 3400). Een decennium later werden soortgelijke uitlatingen ook door anderen wel gedaan, en werden ze niet door iedereen meer als kwetsend ervaren. Het is tegenwoordig niet zeer waarschijnlijk dat iemand voor dit soort leuzen nog veroordeeld wordt. Op 15 oktober 1984 werd Janmaat geroyeerd als lid van de Centrumpartij, waarna hij als onafhankelijk Kamerlid verder ging. Een week later, 22 oktober, werd zijn arbeidsovereenkomst met twee middelbare scholen te Rijswijk (Zuid-Holland) en Den Haag door de rechter ontbonden. Janmaat ontving hierbij een schadevergoeding van vijfentwintigduizend gulden.
Op 29 maart 1986 wist hij zichzelf, samen met enige anderen, ternauwernood in veiligheid te stellen toen een hotel aan de Linge in Kedichem, waar hij met kaderleden van de Centrumpartij over een verzoening vergaderde, zeer snel afbrandde als gevolg van een aanval met keien, traangas en rookbommen (vermoedelijk op basis van fosfor) door groepen links-radicale actievoerders . Janmaats latere echtgenote Wil Schuurman raakte hierbij zwaargewond; haar been moest worden geamputeerd als gevolg van ernstige snijwonden na een val door een raam. Later dat jaar deed Janmaat als kandidaat voor de Centrum Democraten mee aan de verkiezingen, maar hij behaalde geen zetel.
Janmaat in de Tweede KamerIn 1989 keerde hij terug in de Tweede Kamer, als vertegenwoordiger van dezelfde Centrum Democraten. Aanvankelijk als eenmansfractie, maar vanaf 1994 was hij leider van een driemansfractie.
In 1998 verloren de Centrum Democraten, die daarvoor met allerlei interne partijstrubbelingen in het nieuws waren gekomen, alle zetels in de Tweede Kamer. Electoraal werd Janmaat met zijn CD al geruime tijd bij rechtse kiezers hevige concurrentie aangedaan door VVD-leider Frits Bolkestein, die als eerste politicus van één van de grotere partijen de thema’s immigratie en integratie centraal stelde. Janmaat zelf weet de nederlaag voornamelijk aan verkiezingsfraude met stemcomputers. Zo zei hij toen hij in 1999 te gast was in het televisieprogramma Het zwarte schaap van Inge Diepman: "Ze hebben versneld stemmachines ingevoerd en de computerprogrammeur bepaalt de uitslag."
De partijen waarvan Janmaat lijsttrekker was, kregen bij landelijke verkiezingen nooit meer dan 2,4% van de stemmen. Die relatief kleine aanhang kon volgens verschillende analyses verklaard worden vanuit het isolement waarin Janmaat en zijn partij verkeerden, zijn gebrek aan charisma en zijn controversiële uitspraken. Zo verklaarde hij in een televisie-interview het "niet erg" te vinden dat PvdA-minister Ien Dales was overleden, omdat zij immers "buitengewoon" tegenstandster van de CD was. Ook de stelselmatige publieke verguizing in de media, het onderwijs en bij de overheid speelde een rol. Verder maakte het hardnekkige gerucht dat toegeven dat je CP en later CD stemde toentertijd soms reden voor ontslag kon zijn, het niet aantrekkelijk om op Janmaat te stemmen.
Ik noem een Tony van Heemschut,een Loeki Knol,een Brammetje Biesterveld en natuurlijk een Japie Stobbe !