Wetenschappers op FOK! #20 publish and perish

quote:

Op zondag 25 januari 2015 12:00 schreef Zith het volgende:

[..]

Gefeliciteerd!

quote:

Op zondag 25 januari 2015 12:03 schreef Zith het volgende:
Reden van TT:
www.dcscience.net/2014/12(...)ath-of-stefan-grimm/

quote:

Op maandag 26 januari 2015 00:40 schreef Shivo het volgende:
Klasse oompa, gewoon faculty op Berkeley, dat is voor weinigen weggelegd!

quote:

Op maandag 26 januari 2015 00:57 schreef oompaloompa het volgende:

[..]

Thanks, weet ook niet helemaal wat er bij hun mis is gegaan

quote:

Op zondag 25 januari 2015 12:17 schreef oompaloompa het volgende:

[..]

Thanks!

quote:

Op donderdag 29 januari 2015 14:17 schreef Skeletor. het volgende:
Oompa, we zijn trots op je .

quote:

Op zaterdag 31 januari 2015 21:29 schreef Diabox het volgende:
Eergisteren ook mijn eerste manuscript gesubmit bij een Elsevier journal. De status was vanochtend nog 'With Editor', en nu staat ie op 'Decision in Process', volgens:
http://academia.stackexch(...)rial-system-ees-take
is dat al de laatste stap. Gaat dat echt zo snel..?

quote:

Op zaterdag 31 januari 2015 22:06 schreef Skeletor. het volgende:

[..]

Meestal betekent dat dat het artikel doorgestuurd is naar de reviewers. Vanaf dit moment kan het nog even duren .

Spannend! Ik duim voor je.

quote:

Op zaterdag 31 januari 2015 21:29 schreef Diabox het volgende:
Eergisteren ook mijn eerste manuscript gesubmit bij een Elsevier journal. De status was vanochtend nog 'With Editor', en nu staat ie op 'Decision in Process', volgens:
http://academia.stackexch(...)rial-system-ees-take
is dat al de laatste stap. Gaat dat echt zo snel..?

quote:

Op donderdag 29 januari 2015 17:07 schreef xienix84 het volgende:
Super Oompaloompa! Gefeliciteerd!! Mijn promotie tot junior faculty is er ook bijna door, maar de term "tenure" betekent hier helaas bijna niks! Maar goed, eindelijk postdoc af!

Ik meld me eigenlijk veel te weinig in dit topic, maar ik lees wel mee hoor Ik vind het hier dus reuze meevallen met de "shark tank-achtige"-werksfeer. Ik heb vrienden die dat in hun lab wel hebben, maar ik zie er zelf weinig van. Dat kan natuurlijk ook omdat mijn baas Brits is, het hoofd van de groep ook, en de baas van ons centrum Nederlands. Er is hier een "zolang je het maar af krijgt en resultaten laat zien" atmosfeer.

Op het moment zijn wij aan het denken wanneer we terug naar Europa willen. Ik begin langzaam te informeren naar plekken in de UK (daar komt mijn vrouw vandaag en daar hebben we onze PhD gedaan) of Nederland. Maar ik ben al bijna 10 jaar weg uit Nederland dus het hoe & wat van de academische wereld in Nederland is mij een stuk minder bekend... Misschien dat ik, als we daadwerkelijk de stap gaan maken, hier wat informatie zal vragen met betrekking tot solliciteren voor academische banen in NL.

quote:

Op zondag 1 februari 2015 04:02 schreef Shivo het volgende:

[..]

Zo snel een decision betekent meestal geen goed nieuws. Maar zolang je nog niet bent afgewezen is er een kans dat ze het reviewen.

quote:

Op zondag 1 februari 2015 04:04 schreef Shivo het volgende:

[..]

Lastig xienix, Nederland heeft voors en tegens. Minder cut throat maar ook minder spannend.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 04:40 schreef Lyrebird het volgende:
Een faculty positie aan UC Berkeley zonder dat je een postdoc gedaan hebt?

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 16:02 schreef ATuin-hek het volgende:
Dat is nu juist een probleem waar ik tegenaan loop. Ik zou graag verder gaan met een postdoc positie, maar daar zijn er maar bar weinig van te vinden op de diverse vacature sites.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 16:02 schreef ATuin-hek het volgende:
Dat is nu juist een probleem waar ik tegenaan loop. Ik zou graag verder gaan met een postdoc positie, maar daar zijn er maar bar weinig van te vinden op de diverse vacature sites.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 16:02 schreef ATuin-hek het volgende:
Dat is nu juist een probleem waar ik tegenaan loop. Ik zou graag verder gaan met een postdoc positie, maar daar zijn er maar bar weinig van te vinden op de diverse vacature sites.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 17:44 schreef Chicolate het volgende:

[..]

Van de postdoc's in mijn vakgebied hoor ik dat ze vaak via hun promotor/baas zijn gewezen op een 'bevriende' groep, zo van 'ga maar bij x solliciteren, die doet dingen die jij leuk vindt en ik weet/denk dat hij/zij posities beschikbaar heeft'

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 17:44 schreef Chicolate het volgende:

[..]

Van de postdoc's in mijn vakgebied hoor ik dat ze vaak via hun promotor/baas zijn gewezen op een 'bevriende' groep, zo van 'ga maar bij x solliciteren, die doet dingen die jij leuk vindt en ik weet/denk dat hij/zij posities beschikbaar heeft'

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 19:01 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Mijn promotor adviseerde mij de wetenschap uit te gaan en iets te zoeken wat ik wel zou kunnen.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 19:01 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Mijn promotor adviseerde mij de wetenschap uit te gaan en iets te zoeken wat ik wel zou kunnen.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 10:00 schreef Lyrebird het volgende:
Je leert het vak pas echt als je zelf verantwoordelijk bent.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 20:39 schreef Claudia_x het volgende:
Mijn advies zou zijn: blijf in de buurt. Neem wat kleine docent- of onderzoekstaken aan en dan komt de postdocplek er vast wel. Het is heel cru, maar over het algemeen is het uit het oog, uit het hart.

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 22:38 schreef speknek het volgende:
Ik ben administrator van een mailing list op mijn vakgebied. Daar komen ook regelmatig job postings voorbij, dus als je een baan zoekt valt het aan te raden lid te worden van zulke mailing lists (heck als ik graag een baan zou willen kan ik ze achterhouden en er zelf op reageren, hehe).

quote:

Op dinsdag 3 februari 2015 20:39 schreef Claudia_x het volgende:
Mijn advies zou zijn: blijf in de buurt. Neem wat kleine docent- of onderzoekstaken aan en dan komt de postdocplek er vast wel. Het is heel cru, maar over het algemeen is het uit het oog, uit het hart.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 00:23 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Wat alles nog extra moeilijk maakt is dat ze me hier helemaal niets aan mogen bieden zolang het boekje nog niet af en goedgekeurd is.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 02:50 schreef xienix84 het volgende:

[..]

Apart! Is dat iets Nederlands? Of een intern iets? Leipzig is wel leuk trouwens! MPI?

Een relatie is altijd lastig met zoiets. Wij hebben ook dat "two body problem" en ik ben zo ontzettend blij dat mijn (toen nog) vriendin ook een postdoc heeft gevonden. De laatste dag van haar 90 dagen visum weliswaar, maar toch.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 02:50 schreef xienix84 het volgende:

[..]

Apart! Is dat iets Nederlands? Of een intern iets? Leipzig is wel leuk trouwens! MPI?

Een relatie is altijd lastig met zoiets. Wij hebben ook dat "two body problem" en ik ben zo ontzettend blij dat mijn (toen nog) vriendin ook een postdoc heeft gevonden. De laatste dag van haar 90 dagen visum weliswaar, maar toch.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 10:23 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Dat is iets van de universiteit hier. Het idee erachter is dat mensen het behalen van hun phd schijnbaar zo lang mogelijk uit aan het stellen waren door de tijd te vullen met RA baantjes om een zo hoog mogelijke h-index op te bouwen voor de Veni aanvraag. Dat willen ze met deze maatregel dus tegen gaan.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 10:48 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Dat komt door die in mijn ogen veel te korte tijdspanne dat je de veni kunt aanvragen... 2 jaar als je van onderwerp switcht dan is dat amper tijd om een leuk setje artiekelen van het onderwerp te schrijven en voorwerk te doen. Bij mij was die 2 jaar dan ook veel te kort

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 10:49 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ik dacht dat het binnen 3 jaar van het behalen van je doctoraat was?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 00:23 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Wat alles nog extra moeilijk maakt is dat ze me hier helemaal niets aan mogen bieden zolang het boekje nog niet af en goedgekeurd is.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 15:14 schreef motorbloempje het volgende:
en wat is het leuk!!

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 15:04 schreef Claudia_x het volgende:

[..]

Helemaal niet? Ik zie dat aan steeds meer universiteiten junior docenten worden aangesteld. Voor veel onderwijstaken zoals begeleiding van bachelorscripties en tutor zijn van werkgroepen wordt specifiek om net afgestudeerden of beginnend onderzoekers gevraagd. Kun je niet alvast naar zoiets uitkijken, eventueel aan een andere universiteit? (Ik neem aan dat het dan vooral gaat om Utrecht?)

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 15:57 schreef Bosbeetle het volgende:
Hier lopen ook veel MRI mensen rond hè? Kennen jullie een voorbeeld waar je 1 type signaal registreerd en vervolgens naar een ander type signaal kijkt (lijkt me geen rare techniek) en hebben jullie een artikel waarin dat gebruikt wordt.

Mijn zoekterm opties raken een beetje op.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:08 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ik werk met MRI, maar dit is wel wat vaag Kan je iets specifieker zeggen wat je zoekt?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 15:57 schreef Bosbeetle het volgende:
Hier lopen ook veel MRI mensen rond hè? Kennen jullie een voorbeeld waar je 1 type signaal registreerd en vervolgens naar een ander type signaal kijkt (lijkt me geen rare techniek) en hebben jullie een artikel waarin dat gebruikt wordt.

Mijn zoekterm opties raken een beetje op.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:13 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Sorry je heb 2 signalen (in mijn geval ben ik een microscoopist dus 2 fluoforen rood en groen) nu registreer ik rood, ik draai de structuren zodat de rode signalen netjes op elkaar komen te liggen volgens vooropgelegde criterea. Vervolgens wil ik dan kijken naar de groene signalen die op dezelfde manier gedraaid zijn. Zeg maar registreren in 1 kanaal en beoordelen in het andere.

Hij lijkt mij een vrij eenvoudige techniek die wel vaker gebruikt moet worden maar kan het nog niet vinden.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:13 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Sorry je heb 2 signalen (in mijn geval ben ik een microscoopist dus 2 fluoforen rood en groen) nu registreer ik rood, ik draai de structuren zodat de rode signalen netjes op elkaar komen te liggen volgens vooropgelegde criterea. Vervolgens wil ik dan kijken naar de groene signalen die op dezelfde manier gedraaid zijn. Zeg maar registreren in 1 kanaal en beoordelen in het andere.

Hij lijkt mij een vrij eenvoudige techniek die wel vaker gebruikt moet worden maar kan het nog niet vinden.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:15 schreef xienix84 het volgende:

[..]

Sorry, zag deze niet. Nouja, je hebt bijvoorbeeld wel technieken waarbij je functionele informatie op structurele informatie registreert. Of waarbij je verschillende functionele scans over elkaar legt/vergelijkt. Bedoel je zoiets?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:16 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Dat klinkt een beetje als de spatial registration die je bij MRI nodig hebt voor groepsanalyses. Wat je daarbij doet is een functionele scan maken waarbij het daadwerkelijke experiment gedaan wordt. Vervolgens meet je ook een hoog resolutie anatomische scan. Je doet dan eerst een rigide registratie van functionele data naar de anatomische scan, en vervolgens een non-rigide registratie van anatomische scan naar een common space template. Die twee transformaties samen zorgen dan dat je de functionele data in de common space hebt zitten, zodat bijvoorbeeld de visuele cortex van alle proefpersonen mooi overlappen.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:23 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Bijna maar dan zonder die 2de registratie maar die 2de dataset gewoon volgens dezelfde parameters transformeren als je met die rigide registratie hebt gedaan.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:25 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Als de twee datasets voor de transformatie netjes overlappen kan je toch gewoon diezelfde transformatie ook op de tweede toepassen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:25 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Als de twee datasets voor de transformatie netjes overlappen kan je toch gewoon diezelfde transformatie ook op de tweede toepassen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:33 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

het voorbeeld wat ik heb zijn dus 2 structuren die naar elkaar toe lijken te groeien. Zeg een groene slang en rode kubus, als ik nu alle slangen recht leg en zie dat in de tijd de kubussen steeds meer dicht bij de kop van de slang zitten kan ik dus zeggen in de tijd gaat de kop van de slang steeds meer naar de kubus toe.... (zoiets)

De kubussen wil je dus niet alignen

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:33 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

het voorbeeld wat ik heb zijn dus 2 structuren die naar elkaar toe lijken te groeien. Zeg een groene slang en rode kubus, als ik nu alle slangen recht leg en zie dat in de tijd de kubussen steeds meer dicht bij de kop van de slang zitten kan ik dus zeggen in de tijd gaat de kop van de slang steeds meer naar de kubus toe.... (zoiets)

De kubussen wil je dus niet alignen

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:36 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

I am so confused right now Als je aan de slangen gaat draaien kan je toch niet meer zeggen dat ze naar de kubussen groeien?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

grafisch gezien, ik draai dus alleen aan de slangen... en zie nu aan de kubussen dat hij er naartoe kruipt in de tijd... (laten we zeggen ik zet het hoofd altijd rechts)

Ik doe dus niets met de kubbussen dat wil ik juist niet doen maar wel meedraaien met de slangen.

en ik maar denken dat ik het wiel opnieuw aan het uitvinden was

Prachtig mooie illustratie van mijn werk, wat doe je zoal ik draai aan dingen die eruit zien als slangen Het is wel een vereenvoudigd model...

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:54 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

Ja als de kubussen meedraaien met de slangen doe je dus iets met de kubussen Dat is wat ik bedoelde met dezelfde transformatie toepassen op beide datasets zodat de relatieve orientaties hetzelfde blijven.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:55 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Juist ja Ik was verward door de term netjes overlappen ik werk met niet overlappende signalen, sorry voor mijn warrige omschrijving

Zijn daar voorbeelden van

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:03 schreef oompaloompa het volgende:
Kunnen we de op updaten en bosbeetles werkgebied draaien aan slangen noemen?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:14 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]



Ik ben wel bioloog maar gelukkig gaat het niet over echte slangen dan was dit namelijk een erg raar onderzoek geweest, iedereen weet dat slangen blauwe kubussen prefereren.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:14 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]



Ik ben wel bioloog maar gelukkig gaat het niet over echte slangen dan was dit namelijk een erg raar onderzoek geweest, iedereen weet dat slangen blauwe kubussen prefereren.

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 17:02 schreef ATuin-hek het volgende:

[..]

De fMRI preprocessing pipeline is denk ik wel een goed voorbeeld. Alleen zorg je er dan eerst voor dat je twee datasets in dezelfde space terecht komen. Dat is bij jou al het geval.

Misschien dat je hier wat bruikbare voorbeelden uit kan halen:
http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fslcourse/lectures/reg.pdf

quote:

Op zaterdag 31 januari 2015 21:29 schreef Diabox het volgende:
Eergisteren ook mijn eerste manuscript gesubmit bij een Elsevier journal. De status was vanochtend nog 'With Editor', en nu staat ie op 'Decision in Process', volgens:
http://academia.stackexch(...)rial-system-ees-take
is dat al de laatste stap. Gaat dat echt zo snel..?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 19:03 schreef Diabox het volgende:

[..]

Status wijziging vandaag naar 'Under Review', lijkt me goed..?

quote:

Op woensdag 4 februari 2015 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

[ afbeelding ]

grafisch gezien, ik draai dus alleen aan de slangen... en zie nu aan de kubussen dat hij er naartoe kruipt in de tijd... (laten we zeggen ik zet het hoofd altijd rechts)

Ik doe dus niets met de kubbussen dat wil ik juist niet doen maar wel meedraaien met de slangen. De draai parameters haal ik puur uit de slangen, ik ben blind voor de kubussen...

en ik maar denken dat ik het wiel opnieuw aan het uitvinden was

Prachtig mooie illustratie van mijn werk, wat doe je zoal ik draai aan dingen die eruit zien als slangen Het is wel een vereenvoudigd model...

quote:

Op vrijdag 6 februari 2015 17:42 schreef papernote het volgende:

[..]

In de beeldverwerking heet dit inderdaad "registratie". Hoe ik het zou aanpakken: je registreert alle beelden met het groen-kanaal (de slangen) naar één beeld dat je hebt uitgekozen. De transformatie die uit elke registratie komt sla je op en pas je vervolgens toe op het rood-kanaal (de kubussen).

Vervolgens zou je een dichtheidsmaat kunnen uitrekenen, een 2D Gaussian fitten, whatever, om de "kubus-spreiding" te bepalen?

Registratie-tool: http://elastix.isi.uu.nl/ Werkt super goed. Is wel wat complex, maar je kunt er alles mee.

quote:

Op zaterdag 7 februari 2015 04:15 schreef Lyrebird het volgende:
Wij gebruiken imageJ en [url=http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/]stackreg[/url] om onze plaatjes te registreren. Geen idee of dat programma het ook toelaat om alleen slangen te registreren, en de kubussen ongemoeid te laten.