Wetenschappers op FOK! #18 t-test or not t-test, that is the question

quote:

Op vrijdag 26 september 2014 10:05 schreef papernote het volgende:
[..]
http://academic.research.(...)rer#12779261&1112639
Vervang Einstein door je eigen naam. Bij mij zitten er drie mensen tussen mij en Erdös.

Erdos-getal van 4, h-index van 3.

Ik sta er niet eens in

hehe de nobelprijs wordt wel weer lekker gebagataliseerd, de nobelprijs voor de techniek zodat we met een microscoop cellen kunnen zien! (staat in gerenommeerde bladen als de volkskrant) dat kon antonie van leeuwenhoek ook eind 1600 )

quote:

Op vrijdag 10 oktober 2014 17:39 schreef Bosbeetle het volgende:
De collega die in mijn plaats naar een symposium ging eind september (ik kon niet vanwege persoonlijke redenen) heeft nog een hapje met hem gegeten Hij wist het duidelijk nog niet toen.

Over hapje eten gesproken. Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen. Mijn baas houdt zich daar actief mee bezig. Zo worden mensen die gelieerd zijn aan het Nobelcommittee in de watten gelegd. Dat blijkt geen windeieren te leggen.

Het moge duidelijk zijn dat ik hier van gruwel, maar die Nobelprijs kan me sowieso gestolen worden (alhoewel Hell een terechte winnaar is).

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 15:59 schreef Lyrebird het volgende:
[..]
Over hapje eten gesproken. Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen. Mijn baas houdt zich daar actief mee bezig. Zo worden mensen die gelieerd zijn aan het Nobelcommittee in de watten gelegd. Dat blijkt geen windeieren te leggen.
Het moge duidelijk zijn dat ik hier van gruwel, maar die Nobelprijs kan me sowieso gestolen worden (alhoewel Hell een terechte winnaar is).

Tja dit hapje eten was gewoon tussen een workshop/symposium door die hell zelf organiseerde dus dat heeft niet zoveel met watten te maken. Maar inderdaad lobbiën voor zo'n prijs slaat een beetje de plank mis...

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 15:59 schreef Lyrebird het volgende:
Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen.

Moeten ze daarvoor niet eerst in het Engels publiceren? .

quote:

Op dinsdag 14 oktober 2014 01:02 schreef oompaloompa het volgende:
Ik sta er niet eens in

Ik ook alleen met een mini congres papertje van jaren terug... Mijn Neuroimage paper, en wat co-auteurschappen zouden er toch echt ook in moeten staan.

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 16:05 schreef speknek het volgende:

[..]

Moeten ze daarvoor niet eerst in het Engels publiceren? .

Het komt idd niet vaak voor, maar er zijn wel heel wat goede Japanse wetenschappers naar het buitenland verhuisd. Een van die led jongens was ook een Amerikaanse Japanner.

quote:

Op vrijdag 10 oktober 2014 04:35 schreef Lyrebird het volgende:
[..]
Ook in mijn vakgebied. Stefan Hell is een topper in biomedisch imaging. Die heeft zo'n supergroep in een Duits instituut, met een gigantisch budget en een aantal hand picked professoren die hem assisteren. Die lui hebben in bijna iedere uitgave van Nature Photonics, of Nature Medicine of Nature wel een artikel staan. Wel een terechte winnaar.

Een luxe positie dus!
Het beste spul en de beste medewerkers, iets waar ongetwijfeld veel collega's jaloers op zijn.

Ik begrijp dat hij de Nobelprijs heeft gekregen omdat hij op de een of andere manier de fluorescentiemicroscopie naar een hoger niveau tilde? Kan iemand min of meer uitleggen wat hij precies deed? Niet op detailniveau maar op een praktische manier.

Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

[ Bericht 2% gewijzigd door Lyrebird op 16-10-2014 05:56:27 ]

Eiwitten fluoriseren niet vanzelf. Je gebruikt daarvoor eiwitten uit kwallen of koralen. Die GMO je. Je kunt ze in het genoom van je onderzoeksorganisme plaatsen. Bijv binnen de promoter van het gen dat je onderzoekt.
Of je gebruikt ze in combinatie met antilichamen.

Voordeel is dat dit alles in levende cellen kan. Dus de processen in de cel blijven lopen terwijl je aan het 'kijken' bent.

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 13:56 schreef Pandarus het volgende:
Eiwitten fluoriseren niet vanzelf. Je gebruikt daarvoor eiwitten uit kwallen of koralen. Die GMO je. Je kunt ze in het genoom van je onderzoeksorganisme plaatsen. Bijv binnen de promoter van het gen dat je onderzoekt.
Of je gebruikt ze in combinatie met antilichamen.

Voordeel is dat dit alles in levende cellen kan. Dus de processen in de cel blijven lopen terwijl je aan het 'kijken' bent.

NADH, riboflavin, FMH, FAD etc zijn anders bijzonder goede fluorphores.

Ik ben niet zo bekend met de biologische kant van de zaak, als het om fluorescentie gaat. In de praktijk loop ik wel eens tegen autofluorescentie in het netvlies aan, maar wat daar dan biologisch gezien achter zit, durf ik eigenlijk niet te zeggen.

Autofluorescence is tegenwoordig meer een probleem dan een toepassing.

Nou, tegen al het bčtageweld waar ik geen flikker van snap in heb ik zojuist m'n eerste veldwerklocatie gescoord van de 4 á 5 maandag beginnen. Het was een stuk minder 'eng' en officieel dan ik dacht. Fijn!

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 05:47 schreef Lyrebird het volgende:
Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

Wij hebben hier een 4Pi staan en ik gebruik dagelijks een SIM (mijn post-doc is gebaseerd op SIM) ik heb zo'n idee dat Gustafsson ook wel de nobelprijs had kunnen krijgen maar die is helaas al overleden. Ook single molecule imaging doe ik vrij veel en ik heb ook nog nooit achter een STED gezeten, mensen die dat wel gedaan hebben vinden vooral dat er nogal veel licht verloren gaat waardoor je dus vooral weinig signaal krijgt, daarom zijn de publicaties waar met STED goede biologische antwoorden gegeven worden nogal schaars.

Ikzelf denk dat SIM nog een vlucht gaat nemen het is een mathematisch optisch lastige techniek om uit te leggen maar praktisch erg eenvoudig wat voor biologen een grote pré is.

Gisteren m'n eerste colloquium / brown bag gegeven. Was extreem nerveus maar het ging erg goed en was superleuk.

quote:

Op vrijdag 17 oktober 2014 16:11 schreef oompaloompa het volgende:
colloquium / brown bag

soms heb ik het idee dat ik in een andere dimensie leef als ik dit topic doorlees.

http://en.wikipedia.org/wiki/Brown-bag_seminar

ah klinkt een beetje als de werkbesprekingen die ik had toen ik stage liep

quote:

Op vrijdag 17 oktober 2014 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

soms heb ik het idee dat ik in een andere dimensie leef als ik dit topic doorlees.

Het was zonder lunch bedenk ik me net. Gewoon dat je uitgenodigd wordt door een andere universiteit en daar dan een uur je werk presenteert. Was mn eerste keer dus was nogal anxious maar het was superleuk dus na een minuut helemaal in de flow en nu heel blij

Ik vond dit best een leuke conferentie trailer

Komt mijn phd vandaag vragen of ik iets van LaTeX weet omdat hij daarin wil gaan schrijven. Ik heb drie keer the power of christ compels you geroepen, maar zonder gewijd water lijkt het niet te lukken.

Leuk ik had gisteren een stel studenten achter de microscoop voor een cursus en ik stuurde ze weg terwijl we het laatste filmpje maakten, ik gaf aan dat ik de boel wel zou afsluiten en het prima was om naar huis te gaan. Bleven ze gewoon zitten het was al voorbij het einde van de aangegeven tijd. Leuk om te zien dat ze blijkbaar zo enthousiast waren dat ze wilden blijven...

(volgensmij was ik als student wel anders , als dan iemand je mag weg zei had ik mijn tas al in de handen )

quote:

Op woensdag 29 oktober 2014 22:36 schreef speknek het volgende:
Komt mijn phd vandaag vragen of ik iets van LaTeX weet omdat hij daarin wil gaan schrijven. Ik heb drie keer the power of christ compels you geroepen, maar zonder gewijd water lijkt het niet te lukken.

Hoezo dat dan? (Ik ken LaTeX niet echt.)

quote:

Op vrijdag 26 september 2014 10:05 schreef papernote het volgende:

[..]

http://academic.research.(...)rer#12779261&1112639

Vervang Einstein door je eigen naam. Bij mij zitten er drie mensen tussen mij en Erdös.

Fuck it, ik wil nu weten waar dit over gaat.