Wetenschappers op FOK! #18 t-test or not t-test, that is the question

hehe de nobelprijs wordt wel weer lekker gebagataliseerd, de nobelprijs voor de techniek zodat we met een microscoop cellen kunnen zien! (staat in gerenommeerde bladen als de volkskrant) dat kon antonie van leeuwenhoek ook eind 1600 )

quote:

Op vrijdag 10 oktober 2014 17:39 schreef Bosbeetle het volgende:
De collega die in mijn plaats naar een symposium ging eind september (ik kon niet vanwege persoonlijke redenen) heeft nog een hapje met hem gegeten Hij wist het duidelijk nog niet toen.

Over hapje eten gesproken. Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen. Mijn baas houdt zich daar actief mee bezig. Zo worden mensen die gelieerd zijn aan het Nobelcommittee in de watten gelegd. Dat blijkt geen windeieren te leggen.

Het moge duidelijk zijn dat ik hier van gruwel, maar die Nobelprijs kan me sowieso gestolen worden (alhoewel Hell een terechte winnaar is).

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 15:59 schreef Lyrebird het volgende:
[..]
Over hapje eten gesproken. Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen. Mijn baas houdt zich daar actief mee bezig. Zo worden mensen die gelieerd zijn aan het Nobelcommittee in de watten gelegd. Dat blijkt geen windeieren te leggen.
Het moge duidelijk zijn dat ik hier van gruwel, maar die Nobelprijs kan me sowieso gestolen worden (alhoewel Hell een terechte winnaar is).

Tja dit hapje eten was gewoon tussen een workshop/symposium door die hell zelf organiseerde dus dat heeft niet zoveel met watten te maken. Maar inderdaad lobbiën voor zo'n prijs slaat een beetje de plank mis...

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 15:59 schreef Lyrebird het volgende:
Hier in Japan wordt er altijd flink gelobbied om een Nobelprijs aan een Japanner uitgereikt te krijgen.

Moeten ze daarvoor niet eerst in het Engels publiceren? .

quote:

Op dinsdag 14 oktober 2014 01:02 schreef oompaloompa het volgende:
Ik sta er niet eens in

Ik ook alleen met een mini congres papertje van jaren terug... Mijn Neuroimage paper, en wat co-auteurschappen zouden er toch echt ook in moeten staan.

quote:

Op woensdag 15 oktober 2014 16:05 schreef speknek het volgende:

[..]

Moeten ze daarvoor niet eerst in het Engels publiceren? .

Het komt idd niet vaak voor, maar er zijn wel heel wat goede Japanse wetenschappers naar het buitenland verhuisd. Een van die led jongens was ook een Amerikaanse Japanner.

quote:

Op vrijdag 10 oktober 2014 04:35 schreef Lyrebird het volgende:
[..]
Ook in mijn vakgebied. Stefan Hell is een topper in biomedisch imaging. Die heeft zo'n supergroep in een Duits instituut, met een gigantisch budget en een aantal hand picked professoren die hem assisteren. Die lui hebben in bijna iedere uitgave van Nature Photonics, of Nature Medicine of Nature wel een artikel staan. Wel een terechte winnaar.

Een luxe positie dus!
Het beste spul en de beste medewerkers, iets waar ongetwijfeld veel collega's jaloers op zijn.

Ik begrijp dat hij de Nobelprijs heeft gekregen omdat hij op de een of andere manier de fluorescentiemicroscopie naar een hoger niveau tilde? Kan iemand min of meer uitleggen wat hij precies deed? Niet op detailniveau maar op een praktische manier.

Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

[ Bericht 2% gewijzigd door Lyrebird op 16-10-2014 05:56:27 ]

Eiwitten fluoriseren niet vanzelf. Je gebruikt daarvoor eiwitten uit kwallen of koralen. Die GMO je. Je kunt ze in het genoom van je onderzoeksorganisme plaatsen. Bijv binnen de promoter van het gen dat je onderzoekt.
Of je gebruikt ze in combinatie met antilichamen.

Voordeel is dat dit alles in levende cellen kan. Dus de processen in de cel blijven lopen terwijl je aan het 'kijken' bent.

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 13:56 schreef Pandarus het volgende:
Eiwitten fluoriseren niet vanzelf. Je gebruikt daarvoor eiwitten uit kwallen of koralen. Die GMO je. Je kunt ze in het genoom van je onderzoeksorganisme plaatsen. Bijv binnen de promoter van het gen dat je onderzoekt.
Of je gebruikt ze in combinatie met antilichamen.

Voordeel is dat dit alles in levende cellen kan. Dus de processen in de cel blijven lopen terwijl je aan het 'kijken' bent.

NADH, riboflavin, FMH, FAD etc zijn anders bijzonder goede fluorphores.

Ik ben niet zo bekend met de biologische kant van de zaak, als het om fluorescentie gaat. In de praktijk loop ik wel eens tegen autofluorescentie in het netvlies aan, maar wat daar dan biologisch gezien achter zit, durf ik eigenlijk niet te zeggen.

Autofluorescence is tegenwoordig meer een probleem dan een toepassing.

Nou, tegen al het bètageweld waar ik geen flikker van snap in heb ik zojuist m'n eerste veldwerklocatie gescoord van de 4 á 5 maandag beginnen. Het was een stuk minder 'eng' en officieel dan ik dacht. Fijn!

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 05:47 schreef Lyrebird het volgende:
Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

Wij hebben hier een 4Pi staan en ik gebruik dagelijks een SIM (mijn post-doc is gebaseerd op SIM) ik heb zo'n idee dat Gustafsson ook wel de nobelprijs had kunnen krijgen maar die is helaas al overleden. Ook single molecule imaging doe ik vrij veel en ik heb ook nog nooit achter een STED gezeten, mensen die dat wel gedaan hebben vinden vooral dat er nogal veel licht verloren gaat waardoor je dus vooral weinig signaal krijgt, daarom zijn de publicaties waar met STED goede biologische antwoorden gegeven worden nogal schaars.

Ikzelf denk dat SIM nog een vlucht gaat nemen het is een mathematisch optisch lastige techniek om uit te leggen maar praktisch erg eenvoudig wat voor biologen een grote pré is.

Gisteren m'n eerste colloquium / brown bag gegeven. Was extreem nerveus maar het ging erg goed en was superleuk.

quote:

Op vrijdag 17 oktober 2014 16:11 schreef oompaloompa het volgende:
colloquium / brown bag

soms heb ik het idee dat ik in een andere dimensie leef als ik dit topic doorlees.

http://en.wikipedia.org/wiki/Brown-bag_seminar

ah klinkt een beetje als de werkbesprekingen die ik had toen ik stage liep

quote:

Op vrijdag 17 oktober 2014 16:43 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

soms heb ik het idee dat ik in een andere dimensie leef als ik dit topic doorlees.

Het was zonder lunch bedenk ik me net. Gewoon dat je uitgenodigd wordt door een andere universiteit en daar dan een uur je werk presenteert. Was mn eerste keer dus was nogal anxious maar het was superleuk dus na een minuut helemaal in de flow en nu heel blij

Ik vond dit best een leuke conferentie trailer

Komt mijn phd vandaag vragen of ik iets van LaTeX weet omdat hij daarin wil gaan schrijven. Ik heb drie keer the power of christ compels you geroepen, maar zonder gewijd water lijkt het niet te lukken.

Leuk ik had gisteren een stel studenten achter de microscoop voor een cursus en ik stuurde ze weg terwijl we het laatste filmpje maakten, ik gaf aan dat ik de boel wel zou afsluiten en het prima was om naar huis te gaan. Bleven ze gewoon zitten het was al voorbij het einde van de aangegeven tijd. Leuk om te zien dat ze blijkbaar zo enthousiast waren dat ze wilden blijven...

(volgensmij was ik als student wel anders , als dan iemand je mag weg zei had ik mijn tas al in de handen )

quote:

Op woensdag 29 oktober 2014 22:36 schreef speknek het volgende:
Komt mijn phd vandaag vragen of ik iets van LaTeX weet omdat hij daarin wil gaan schrijven. Ik heb drie keer the power of christ compels you geroepen, maar zonder gewijd water lijkt het niet te lukken.

Hoezo dat dan? (Ik ken LaTeX niet echt.)

quote:

Op vrijdag 26 september 2014 10:05 schreef papernote het volgende:

[..]

http://academic.research.(...)rer#12779261&1112639

Vervang Einstein door je eigen naam. Bij mij zitten er drie mensen tussen mij en Erdös.

Fuck it, ik wil nu weten waar dit over gaat.

quote:

Op vrijdag 17 oktober 2014 16:11 schreef oompaloompa het volgende:
Gisteren m'n eerste colloquium / brown bag gegeven. Was extreem nerveus maar het ging erg goed en was superleuk.

Tof!

quote:

Op woensdag 29 oktober 2014 22:36 schreef speknek het volgende:
Komt mijn phd vandaag vragen of ik iets van LaTeX weet omdat hij daarin wil gaan schrijven. Ik heb drie keer the power of christ compels you geroepen, maar zonder gewijd water lijkt het niet te lukken.

Het schrijven in LaTeX vind ik gemakkelijker dan het installeren van en gebruiken van de ondersteunende software.
Ik heb voor een forum wel eens LaTeX gebruikt. Geen probleem. Vervolgens zelf eens geïnstalleerd, ik kreeg het in eerste instantie niet werkend. Later nog eens geprobeerd: toen wel resultaat. Alleen nog steeds geen handige open source software gevonden om het mee te gebruiken. Gewoon simpele kant en klare software waarbij je een template opent (verschillende categorieën) en direct kan beginnen en waarbij je een gebruiksvriendelijke interface hebt. Onder dat gebruiksvriendelijke versta ik dat je er voor kan kiezen om tijdens het typen direct een output te krijgen (een soort van interpreter) of juist met 1 druk op de knop dat even te pauzeren of te hervatten. Dat geneuzel met het installeren, het niet direct een template bij de hand hebben, het uitzoeken hoe je van het bestandje vervolgens een output genereert en zo is voor mij de grootste belemmering om er eens serieus mee aan de slag te gaan. Natuurlijk krijg ik dat wel uitgezocht als ik voldoende gemotiveerd ben maar ik heb geen zin om naar lange Youtubefilmpjes te kijken voor dit soort details, ik wil direct kunnen starten.

Misschien geldt iets soortgelijks voor deze jongen of dit meisje?
Misschien dat als je hem wat op gang helpt met dat softwaregeneuzel dat het typen van de code dan wel lukt? De code zelf is immers niet zo moeilijk voor iedereen die een beetje logisch kan nadenken.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 11:36 schreef Operc het volgende:

[..]

Hoezo dat dan? (Ik ken LaTeX niet echt.)

Geweldige markup language om in je eentje lange stukken te schrijven, maar commentaar proberen te embedden in een pdf is megakut. Dus als supervisor/medeauteur zie ik hem liever gewoon in word typen.

quote:

Op woensdag 29 oktober 2014 10:28 schreef speknek het volgende:
Ik vond dit best een leuke conferentie trailer

NordiCHI 2014 Preview (complete)

Hihi!

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 11:45 schreef speknek het volgende:

[..]

Geweldige markup language om in je eentje lange stukken te schrijven, maar commentaar proberen te embedden in een pdf is megakut. Dus als supervisor/medeauteur zie ik hem liever gewoon in word typen.

Even op de Wikipedia pagina ervan gekeken, lijkt me vooral van toepassing in de beta-wetenschappen? (Met alle formule functies etc.) Voor mij werkt Word + Mendeley eigenlijk prima. (En qua commentaar geven is het wel prettig als dat niet teveel moeite kost nee. )

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 11:45 schreef speknek het volgende:

[..]

Geweldige markup language om in je eentje lange stukken te schrijven, maar commentaar proberen te embedden in een pdf is megakut. Dus als supervisor/medeauteur zie ik hem liever gewoon in word typen.

track changes is zo'n handige uitvinding dat ik het word bijna vergeef dat ze het onderwaterscherm van wp5.1 nooit hebben nageaapt

WP5.1 Daar deed ik m'n eerste niet handgeschreven boekverslagen in

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 11:57 schreef motorbloempje het volgende:
WP5.1 Daar deed ik m'n eerste niet handgeschreven boekverslagen in

Ik snap gewoon niet waarom het onderwaterscherm uit alle wysiwyg tekst editors weggelaten zijn, zelf indesign heeft het niet zo duidelijk als WP5.1 had... Ik wil graag zien wat ik doe, en dan bedoel ik dus ook of mijn bold stopt na het woord dat ik wil of 6 witregels verderop.

(het paragraph tekentje in word doet het een klein beetje maar lang niet zo goed als wp5.1)



ctrl+shif+f7 printen die hap

Commentaar direct invoeren in latex is idd kut, maa er bestaan ook tools van latex die veranderingen laten zien, bijv. latexdiff:
https://nl.sharelatex.com(...)o-tex-documents.html

Voor mij als schrijver is latex veel fijner, zeker omdat ik vrij chaotisch ben, dan is het een stuk fijner dat latex het structureren e.d. van citaties/etc. doet. En gewoon doorschrijven met formules is een stuk fijner.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:00 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Ik snap gewoon niet waarom het onderwaterscherm uit alle wysiwyg tekst editors weggelaten zijn, zelf indesign heeft het niet zo duidelijk als WP5.1 had... Ik wil graag zien wat ik doe, en dan bedoel ik dus ook of mijn bold stopt na het woord dat ik wil of 6 witregels verderop.

(het paragraph tekentje in word doet het een klein beetje maar lang niet zo goed als wp5.1)

[ afbeelding ]

ctrl+shif+f7 printen die hap

Oh, ik vind dat echt de grootste aids ooit. (TS) kan er niet mee omgaan

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:00 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Ik snap gewoon niet waarom het onderwaterscherm uit alle wysiwyg tekst editors weggelaten zijn, zelf indesign heeft het niet zo duidelijk als WP5.1 had... Ik wil graag zien wat ik doe, en dan bedoel ik dus ook of mijn bold stopt na het woord dat ik wil of 6 witregels verderop.

(het paragraph tekentje in word doet het een klein beetje maar lang niet zo goed als wp5.1)

[ afbeelding ]

ctrl+shif+f7 printen die hap

Totaan 2007 had Word dat nog wel, maar verstopt. Dan kon je vanaf de onderkant van het scherm een balk omhoog trekken. Volgens mij is het nu inderdaad weg. Alhoewel ik er ook niet echt meer last van heb dat verborgen codes de boel verstieren, dus ik heb het ook niet meer zo nodig.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:03 schreef motorbloempje het volgende:

[..]

Oh, ik vind dat echt de grootste aids ooit. (TS) kan er niet mee omgaan

het leest een beetje vreemd maar het verklaart wel vaak atypisch gedrag van word. (als in hier staat een shift+enter inplaats van een enter, of de enter is bold en moet dat niet zijn, etc etc)

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 05:47 schreef Lyrebird het volgende:
Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

Dank je voor de uitleg.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:05 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

het leest een beetje vreemd maar het verklaart wel vaak atypisch gedrag van word. (als in hier staat een shift+enter inplaats van een enter, of de enter is bold en moet dat niet zijn, etc etc)

Ik gebruik voor dat soort zaken ook altijd de index (om te zien of er verborgen headings zijn) en regelmatig een CTRL-F op dubbele spaties

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:07 schreef motorbloempje het volgende:

[..]

Ik gebruik voor dat soort zaken ook altijd de index (om te zien of er verborgen headings zijn) en regelmatig een CTRL-F op dubbele spaties

ja de find replace voor dubbele spaties is een must

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:01 schreef Felagund het volgende:
Commentaar direct invoeren in latex is idd kut, maa er bestaan ook tools van latex die veranderingen laten zien, bijv. latexdiff:
https://nl.sharelatex.com(...)o-tex-documents.html

Voor mij als schrijver is latex veel fijner, zeker omdat ik vrij chaotisch ben, dan is het een stuk fijner dat latex het structureren e.d. van citaties/etc. doet. En gewoon doorschrijven met formules is een stuk fijner.

Maar daar kun je alleen nog maar de verschillen zien. Niet per change accepten/rejecten, commentaar toevoegen etc.
Ik snap overigens wel dat je het prettiger vindt schrijven. Ik ben zelf iets visueler ingesteld maar aan de andere kant maak ik mijn websites ook net zo graag in notepad. Om mee samen te werken blijf ik het een gruwel vinden.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:07 schreef motorbloempje het volgende:

[..]

Ik gebruik voor dat soort zaken ook altijd de index (om te zien of er verborgen headings zijn) en regelmatig een CTRL-F op dubbele spaties

Geeft Word geen groene kringeltjes (hoe je die dingen ook noemt. ) onder dubbele spaties dan?

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 05:47 schreef Lyrebird het volgende:
Hell heeft de Nobelprijs voor zijn STED werk gekregen, als ik het goed begrijp, waarmee hij de diffractie-limiet omzeilde.

Als kind heb je misschien wel eens met een vergrootglas geprobeerd om een krant in de fik te steken. Dat werkt het beste als je een zo klein mogelijk focus hebt van de zon. Als je een laser gebruikt in plaats van de zon, en je hebt een goed vergrootglas, dan kun je dat kleinst mogelijke focus verkleinen tot de lengte van een enkele golflengte, kleiner dan een micrometer, en dat wordt dan de diffractie-limiet genoemd. Met die theorie in het achterhoofd zou je dus een microscoop kunnen maken die deeltjes kan onderscheiden ter grootte van een golflengte.

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte. Een nadeel is dat je met electronen eigenlijk alleen van geleidende materialen plaatjes kunt maken, wat in de biologie dus niet echt werkt (er zijn SEMs die dat probleem ondertussen niet meer hebben).

Om in de biologie te kunnen blijven, zijn er betere technieken. Fluorescentiemicroscopie is waarschijnlijk een van de meest gebruikte technieken. Hiermee straal je weefsel aan met een kleur, en je gebruikt een filter om het licht dat door het weefsel zelf wordt uitgestraald, dat vanwege fluorescentie een andere kleur heeft, door te laten om het met een detector (camera) op te vangen. Als je bijvoorbeeld weet hoe eiwitten fluorisceren, kun je (kort door de bocht) filters kiezen om alleen maar eiwitten te laten zien.

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Om heel eerlijk te zijn voelt dit een beetje als een anti-climax, omdat er zo veel uitvindingen in dit vakgebied zijn gedaan die technisch gezien eigenlijk veel interessanter zijn. Ik denk dan aan FRET, FRAP, OCT, Raman imaging, CARS imaging, 2-photon imaging, multi-photon imaging, acousto-optic tomography, opto-acoustic tomography, etc. Ik heb zelf bijvoorbeeld nog nooit een STED microscoop gezien, alhoewel biomedical imaging wel mijn vakgebied is. Zelf had Hell als jonge onderzoeker ook nog de 4pi microscoop uitgedacht, ook geen kattepis. In mijn tijd in Boston hebben we er nog eentje gemaakt.

Neemt niet weg dat Hell echt de absolute top is.

Dank je voor de uitleg. Twee puntjes zijn voor mij niet helemaal duidelijk.

quote:

Om kleinere deeltjes te zien, kun je het beste een kortere golflengte gebruiken (waarbij de golflengte en kleur van het licht aan elkaar gerelateerd zijn - zo heeft rood licht een lange golflengte, en blauw licht een korte golflengte). Electromicroscopen (SEM) gebruiken electronen en een hele korte golflengte.

Ik weet niet goed wat ik me moet voorstellen bij de golflengte bij SEM. Ik weet dat de voorstelling dat elektronen discrete deeltjes zijn niet helemaal klopt maar wat moet ik me concreet voorstellen bij de golflengte bij elektronenmicroscopie.
http://en.wikipedia.org/wiki/Electron_diffraction
Begrijp ik het correct dat de golflengte afhankelijk is van de kinetische energie waarmee de elektronen in aanraking komen met het materiaal en dat die weer afhangt van de potentiaal (hoe groter de potentiaal hoe groter die kinetische energie)?

quote:

Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren.

Dit roept natuurlijk twee vragen op. Hoe zorg je er voor dat het plaatselijk stopt met fluorisceren en waar hangt het van af waar het precies stopt met fluorisceren?

Nog eventjes terugkomende op LaTeX, tegen de tijd dat ik met mijn thesis aan de slag ga zal ik het natuurlijk sowieso wel gebruiken. Voor nu laat ik het maar eventjes zitten.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:18 schreef Bram_van_Loon het volgende:
Dit roept natuurlijk twee vragen op. Hoe zorg je er voor dat het plaatselijk stopt met fluorisceren en waar hangt het van af waar het precies stopt met fluorisceren?

Je stopt de fluoriscentie niet je verschuift door middel van stimulated emmision de fluoriscentie naar een andere gofllengte.



de eerste is je normale laser, daar fluorisceren je moleculen groen, die 2de donut is een andere laser die rood is en heel hoog staat kwa intensiteit. Die donut laser daar dwingt de moleculen die normaal groen zijn rood te fluorisceren. Door alleen naar het groene te kijken kun je dus achterhalen dat de fluoriscentie uit dat kleine stipje in het derde plaatje komt.



iets duidelijker met kleurtjes.

[ Bericht 16% gewijzigd door Bosbeetle op 30-10-2014 12:37:00 ]

quote:

Op donderdag 16 oktober 2014 15:05 schreef Lyrebird het volgende:
Ik ben niet zo bekend met de biologische kant van de zaak, als het om fluorescentie gaat. In de praktijk loop ik wel eens tegen autofluorescentie in het netvlies aan, maar wat daar dan biologisch gezien achter zit, durf ik eigenlijk niet te zeggen.

Een noobvraagje over fluorescentie. Ik begrijp wat fluorescentie is (foton exciteert elektron => elektron naar hoger energieniveau => elektron terug naar een lager energieniveau => licht met een zekere golflengte
Als die laatste golflengte toevallig in het gebied zit wat wij met onze ogen kunnen zien dan hebben wij dat spectaculaire effect.
Alleen, waarom zien wij dat zo weinig? Komt het de ganse tijd met alle materialen voor maar zien wij het normaal gesproken niet omdat het zo weinig gebeurt dat de golflengte van het licht wat door de 'vallende' elektron wordt veroorzaakt toevallig in dat kleine golflengtegebied ligt?

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:30 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Je stopt de fluoriscentie niet je verschuift door middel van stimulated emmision de fluoriscentie naar een andere gofllengte.

Uit de uitleg van Lyrebird.
Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Misschien interpreteerde ik het verkeerd.
In ieder geval bedankt voor de praktische illustratie, dat maakt het helderder.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:13 schreef Operc het volgende:

[..]

Geeft Word geen groene kringeltjes (hoe je die dingen ook noemt. ) onder dubbele spaties dan?

Nope! Althans, niet aan het begin van een zin bijvoorbeeld

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:32 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Een noobvraagje over fluorescentie. Ik begrijp wat fluorescentie is (foton exciteert elektron => elektron naar hoger energieniveau => elektron terug naar een lager energieniveau => licht met een zekere golflengte
Als die laatste golflengte toevallig in het gebied zit wat wij met onze ogen kunnen zien dan hebben wij dat spectaculaire effect.
Alleen, waarom zien wij dat zo weinig? Komt het de ganse tijd met alle materialen voor maar zien wij het normaal gesproken niet omdat het zo weinig gebeurt dat de golflengte van het licht wat door de 'vallende' elektron wordt veroorzaakt toevallig in dat kleine golflengtegebied ligt?

We zien het niet omdat het maar zeer weinig licht is en het aanstralen met veel licht moet gebeuren.

Je straalt aan met een hele berg blauw licht om een beetje groen terug te krijgen. Je moet dus voordat je dat kunt zien al het blauwe licht al weg filteren voordat je het uberhaubt te zien krijgt.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:34 schreef Bram_van_Loon het volgende:

[..]

Uit de uitleg van Lyrebird.
Maar ook met fluorescentie zit je aan de diffractie limiet vast. Het briljante van het werk van Hell was dat hij met een tweede kleur het fluoriscerende weefsel op een speciale manier ging belichten, waardoor hij heel plaatselijk er voor zorgde dat het weefsel stopte met fluorisceren. Hierdoor kon hij het gebiedje dat nog wel fluorisceerde verkleinen, waardoor het gebiedje kleiner werd dan de diffractie limiet. Daardoor kon hij deeltjes onderscheiden die kleiner waren dan de diffractie limiet.

Misschien interpreteerde ik het verkeerd.

zie extra uitleg in die post

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:34 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

We zien het niet omdat het maar zeer weinig licht is en het aanstralen met veel licht moet gebeuren.

Je straalt aan met een hele berg blauw licht om een beetje groen terug te krijgen. Je moet dus voordat je dat kunt zien al het blauwe licht al weg filteren voordat je het uberhaubt te zien krijgt.

We zien in de natuur soms ook met dat de normale lichtinval fluorescentie (kwallen). Vandaar mijn vraag. Ik was dus benieuwd of dat we het vaak niet kunnen zien terwijl het er wel is of dat het juist is dat slechts soms (bepaalde stof, specifieke omstandigheden) dit spontaan optreedt bij een normale lichtinval.

quote:

Op donderdag 30 oktober 2014 12:12 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

ja de find replace voor dubbele spaties is een must

Trouwens, mijn boek over het schrijven van academic fieldnotes is nog uit 't stenen tijdperk

quote:

'While the typewriter provided the standard tool for many classic ethnographers, some handwrote their full notes on pads or in notebooks. Contemporary ethnographers strongly prefer a computer with a standard word processing program. Typing notes with a word processing program not only has the advantage of greater speed (slow typists will soon notice substantial gains in speed and accuracy), but also allows for modification of words, phrases, and sentences in the midst of writing withouth producing messy, hard-to-read pages. And fieldnotes on computers are easily recorded; it is possible, for example, to insert incidents or dialogue subsequently recalled at the appropriate place.' (Emerson, Fretz & Shaw 1995)