Onnatuurlijke aminozuren in eiwitten

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 15:47 schreef Bosbeetle het volgende:
Wat vinden jullie hiervan?

(waarom reageert niemand iets waar het vroegere topic ook al last van had)

Het is nogal geavanceerde materie. Ik denk dat velen het niet zo goed kunnen volgen. Wat het toevoegen van meer aminozuren toevoegd is mij nog onduidelijk. De 20tal die er al zijn, zijn al verantwoordelijk voor miljoenen verschillende eiwitstructuren.

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 16:03 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

nou zoals in de OP gezegd het toevoegen van actieve groepen, denk aan een gekoppeld medicijn op een specifieke plek aan een drager eiwit. Die groep kan dan zo gemaakt worden dat hij alleen in specifieke condities losgelaten wordt, bijvoorbeeld de lage pH van een lysozoom, of de reducerende condities in een cel. Volgensmij zijn de mogelijkheden legio.

Volgens mij kan dat ook al met de bestaande eiwitten of niet?

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 16:10 schreef Bosbeetle het volgende:

Niet zo specifiek dan koppel je aan een lysine die in het eiwit voorkomt maar vaak zitten er meerdere lysines in het eiwit dus weet je nooit waar je precies aan koppelt. Ook de daadwerkelijke chemische koppeling is beperkt bij lysines.

In dit geval kan het zelfs zo dat je het medicijn maakt met een aminozuur groep en dat hij dan direct ingebouwd wordt. Denk in dat geval ook aan het creeren van een grote poly-medicijn structuur gewoon door een sequentie te maken (zo kun je dus een medicijn maken met heel veel active groepen, die ruimtelijk op specifieke plaatsen zit)

Naast deze toepassingen zijn natuurlijk de experimentele tools die je hier mee kunt maken onbegrensd.

De reactieve zones zitten vaak ingebed in een 3 dimensionale eiwitstructuur en alleen eiwitten met een specifieke structuur kunnen dan reageren. Met meerdere aminozuren is het misschien eenvoudiger maar dan nog. Menselijk DNA van een 3 naar 4 codon systeem brengen heeft nogal wat voeten in de aarde. Voorlopig zie ik nog geen mensen met een 4 codon verschijnen.

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 16:31 schreef Bosbeetle het volgende:
Het cyclisch maken van eiwitten bijvoorbeeld een goede toepassing (wat de auteurs van het artikel ook hebben gedaan en dus mogelijk is). Je hebt eiwitten die door een conformatie verandering actief zijn. Voor die conformatie verandering is vaak een ander eiwit nodig. Als je nou door 2 groepen van niet natuurlijk amminozuren aan elkaar kunt koppelen de conformatie verandert en zo een constitutief actief eiwit kunt maken en zuiveren.

[ afbeelding ]

Zoals je hierboven ziet, De rode en de blauwe groep komen normaal niet in eiwitten voor. Door het toepassen van click chemistry kunnen door het toevoegen van koper die 2 groepen aan elkaar gekoppeld worden. In het gelletje zie je dat de aan elkaar gekoppelde vorm iets sneller loopt.

Dat gaan leken dus niet snappen he

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 18:10 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Sorry je ziet een 2de bandje ontstaan die 2de is iets anders dan die eerste. Dat is een manier om eiwit te laten zien.

Wees trouwens blij dat ik de MS spectra er niet bij heb gezet

Dat andere eiwit gaat dus sneller door de gel omdat die aminozuren aan elkaar gekoppeld zijn, dus minder weerstand van de polyacryl? (Ik neem aan dat het een polyacrylgel is)

Interessant topic trouwens

quote:

Op vrijdag 19 maart 2010 18:10 schreef Bosbeetle het volgende:


Wees trouwens blij dat ik de MS spectra er niet bij heb gezet

Doe is. Ik ben gek op dingen die ik niet snap.

dus in feite worrd het gewoon makkelijker voor ons om eiwitten te manipuleren en voor bepaalde doeleinden te specificeren, bijvoorbeeld voor mediyijnen. geld dan niet hetzelfde voor de iets minder gunstige ontwikkelingen? (ik noem maar een dwarsstraat, biologische wapens)

Ik herinner me dat er wel meer dan 21 aminozuren zijn. Maar die zijn net als alle andere eiwitten 100% natuurlijk hoor. Ze komen alleen niet zoveel voor en zijn veel later ontdekt dan die eerste 20 stuks.

Klinkt interessant. En de mogelijkheden lijken legio. Zeker in bestrijding van ziektes. Alleen is het de vraag hoe de nieuwe structuur wordt opgenomen in een lichaam. Reageert het wel zoals verwacht? Of denkt het lichaam, je bekijkt het maar en plegen cellen massaal apoptose?
Ook kan je je afvragen hoe effectief het zal zijn. de 3 codon had 4*4*4 = 64 mogelijkheden. Toch zijn er 20 aminizuren. De laatste plek in de codon is dus al van minder invloed aangezien in veel gevallen er eenzelfde aminozuur uitrolt. Wat is de reden daarvan? Dat kan misschien zo wel worden verklaard.

Ik ben wel benieuwd hoe het zit met de kans op fouten. Hoe groter een codon des te groter wordt de kans op een fout in aminozuur/eiwit. Komen er veel mer fouten en wat heeft dit voor invloed zijn wel belangrijke vragen dan.

Ik vind het een mooie doorbraak, die je zeker op bacterieel niveau moet zien. Uitkomsten van testen hiermee kunnen vele inzichten geven in de natuur en hoe die reageert op bepaalde verandering, of in de manier waarop wij ziektes beter kunnen bestrijden etc.

quote:

Op donderdag 25 maart 2010 17:11 schreef Bosbeetle het volgende:

[..]

Ja er zijn honderden aminozuren er worden er alleen maar 21 ingebouwd in eiwitten. In mijn eerste post heb ik ook staan 'natuurlijk voorkomen in eiwitten'. Er is 1 aminozuur dat wel buiten het normale reeksje valt en die recent is ontdekt en dat is een bacterie die een selanolysine kan inbouwen.

Welke bacterie??

quote:

Op donderdag 25 maart 2010 16:16 schreef One_of_the_few het volgende:
Klinkt interessant. En de mogelijkheden lijken legio. Zeker in bestrijding van ziektes. Alleen is het de vraag hoe de nieuwe structuur wordt opgenomen in een lichaam. Reageert het wel zoals verwacht? Of denkt het lichaam, je bekijkt het maar en plegen cellen massaal apoptose?
Ook kan je je afvragen hoe effectief het zal zijn. de 3 codon had 4*4*4 = 64 mogelijkheden. Toch zijn er 20 aminizuren. De laatste plek in de codon is dus al van minder invloed aangezien in veel gevallen er eenzelfde aminozuur uitrolt. Wat is de reden daarvan? Dat kan misschien zo wel worden verklaard.

Zoals je zelf al aangeeft is de reden dat er van de mogelijkheden vele hetzelfde opleveren fout tolerantie (meestal 3 codons voor hetzelfde aminozuur). Daar blijkt maar weer eens uit wat voor een krachtig systeem dit is. Enerzijds flexibel en anderzijds robuust.